src/jalview/analysis/Dna.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8)
   3  * Copyright (C) 2012 J Procter, AM Waterhouse, LM Lui, J Engelhardt, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  10  *
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15  *
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  17  */
  18 package jalview.analysis;
  19
  20 import java.util.ArrayList;
  21 import java.util.Hashtable;
  22 import java.util.Vector;
  23
  24 import jalview.datamodel.AlignedCodonFrame;
  25 import jalview.datamodel.Alignment;
  26 import jalview.datamodel.AlignmentAnnotation;
  27 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  28 import jalview.datamodel.Annotation;
  29 import jalview.datamodel.DBRefEntry;
  30 import jalview.datamodel.FeatureProperties;
  31 import jalview.datamodel.Mapping;
  32 import jalview.datamodel.Sequence;
  33 import jalview.datamodel.SequenceFeature;
  34 import jalview.datamodel.SequenceI;
  35 import jalview.schemes.ResidueProperties;
  36 import jalview.util.MapList;
  37 import jalview.util.ShiftList;
  38
  39 public class Dna
  40 {
  41   /**
  42    *
  43    * @param cdp1
  44    * @param cdp2
  45    * @return -1 if cdp1 aligns before cdp2, 0 if in the same column or cdp2 is
  46    *         null, +1 if after cdp2
  47    */
  48   private static int compare_codonpos(int[] cdp1, int[] cdp2)
  49   {
  50     if (cdp2 == null
  51             || (cdp1[0] == cdp2[0] && cdp1[1] == cdp2[1] && cdp1[2] == cdp2[2]))
  52       return 0;
  53     if (cdp1[0] < cdp2[0] || cdp1[1] < cdp2[1] || cdp1[2] < cdp2[2])
  54       return -1; // one base in cdp1 precedes the corresponding base in the
  55     // other codon
  56     return 1; // one base in cdp1 appears after the corresponding base in the
  57     // other codon.
  58   }
  59
  60   /**
  61    * DNA->mapped protein sequence alignment translation given set of sequences
  62    * 1. id distinct coding regions within selected region for each sequence 2.
  63    * generate peptides based on inframe (or given) translation or (optionally
  64    * and where specified) out of frame translations (annotated appropriately) 3.
  65    * align peptides based on codon alignment
  66    */
  67   /**
  68    * id potential products from dna 1. search for distinct products within
  69    * selected region for each selected sequence 2. group by associated DB type.
  70    * 3. return as form for input into above function
  71    */
  72   /**
  73    *
  74    */
  75   /**
  76    * create a new alignment of protein sequences by an inframe translation of
  77    * the provided NA sequences
  78    *
  79    * @param selection
  80    * @param seqstring
  81    * @param viscontigs
  82    * @param gapCharacter
  83    * @param annotations
  84    * @param aWidth
  85    * @param dataset
  86    *          destination dataset for translated sequences and mappings
  87    * @return
  88    */
  89   public static AlignmentI CdnaTranslate(SequenceI[] selection,
  90           String[] seqstring, int viscontigs[], char gapCharacter,
  91           AlignmentAnnotation[] annotations, int aWidth, Alignment dataset)
  92   {
  93     return CdnaTranslate(selection, seqstring, null, viscontigs,
  94             gapCharacter, annotations, aWidth, dataset);
  95   }
  96
  97   /**
  98    *
  99    * @param selection
 100    * @param seqstring
 101    * @param product
 102    *          - array of DbRefEntry objects from which exon map in seqstring is
 103    *          derived
 104    * @param viscontigs
 105    * @param gapCharacter
 106    * @param annotations
 107    * @param aWidth
 108    * @param dataset
 109    * @return
 110    */
 111   public static AlignmentI CdnaTranslate(SequenceI[] selection,
 112           String[] seqstring, DBRefEntry[] product, int viscontigs[],
 113           char gapCharacter, AlignmentAnnotation[] annotations, int aWidth,
 114           Alignment dataset)
 115   {
 116     AlignedCodonFrame codons = new AlignedCodonFrame(aWidth); // stores hash of
 117     // subsequent
 118     // positions for
 119     // each codon
 120     // start position
 121     // in alignment
 122     int s, sSize = selection.length;
 123     Vector pepseqs = new Vector();
 124     for (s = 0; s < sSize; s++)
 125     {
 126       SequenceI newseq = translateCodingRegion(selection[s], seqstring[s],
 127               viscontigs, codons, gapCharacter,
 128               (product != null) ? product[s] : null, false); // possibly anonymous
 129       // product
 130       if (newseq != null)
 131       {
 132         pepseqs.addElement(newseq);
 133         SequenceI ds = newseq;
 134         if (dataset != null)
 135         {
 136           while (ds.getDatasetSequence() != null)
 137           {
 138             ds = ds.getDatasetSequence();
 139           }
 140           dataset.addSequence(ds);
 141         }
 142       }
 143     }
 144     if (codons.aaWidth == 0)
 145       return null;
 146     SequenceI[] newseqs = new SequenceI[pepseqs.size()];
 147     pepseqs.copyInto(newseqs);
 148     AlignmentI al = new Alignment(newseqs);
 149     al.padGaps(); // ensure we look aligned.
 150     al.setDataset(dataset);
 151     translateAlignedAnnotations(annotations, al, codons);
 152     al.addCodonFrame(codons);
 153     return al;
 154   }
 155
 156   /**
 157    * fake the collection of DbRefs with associated exon mappings to identify if
 158    * a translation would generate distinct product in the currently selected
 159    * region.
 160    *
 161    * @param selection
 162    * @param viscontigs
 163    * @return
 164    */
 165   public static boolean canTranslate(SequenceI[] selection,
 166           int viscontigs[])
 167   {
 168     for (int gd = 0; gd < selection.length; gd++)
 169     {
 170       SequenceI dna = selection[gd];
 171       jalview.datamodel.DBRefEntry[] dnarefs = jalview.util.DBRefUtils
 172               .selectRefs(dna.getDBRef(),
 173                       jalview.datamodel.DBRefSource.DNACODINGDBS);
 174       if (dnarefs != null)
 175       {
 176         // intersect with pep
 177         // intersect with pep
 178         Vector mappedrefs = new Vector();
 179         DBRefEntry[] refs = dna.getDBRef();
 180         for (int d = 0; d < refs.length; d++)
 181         {
 182           if (refs[d].getMap() != null && refs[d].getMap().getMap() != null
 183                   && refs[d].getMap().getMap().getFromRatio() == 3
 184                   && refs[d].getMap().getMap().getToRatio() == 1)
 185           {
 186             mappedrefs.addElement(refs[d]); // add translated protein maps
 187           }
 188         }
 189         dnarefs = new DBRefEntry[mappedrefs.size()];
 190         mappedrefs.copyInto(dnarefs);
 191         for (int d = 0; d < dnarefs.length; d++)
 192         {
 193           Mapping mp = dnarefs[d].getMap();
 194           if (mp != null)
 195           {
 196             for (int vc = 0; vc < viscontigs.length; vc += 2)
 197             {
 198               int[] mpr = mp.locateMappedRange(viscontigs[vc],
 199                       viscontigs[vc + 1]);
 200               if (mpr != null)
 201               {
 202                 return true;
 203               }
 204             }
 205           }
 206         }
 207       }
 208     }
 209     return false;
 210   }
 211
 212   /**
 213    * generate a set of translated protein products from annotated sequenceI
 214    *
 215    * @param selection
 216    * @param viscontigs
 217    * @param gapCharacter
 218    * @param dataset
 219    *          destination dataset for translated sequences
 220    * @param annotations
 221    * @param aWidth
 222    * @return
 223    */
 224   public static AlignmentI CdnaTranslate(SequenceI[] selection,
 225           int viscontigs[], char gapCharacter, Alignment dataset)
 226   {
 227     int alwidth = 0;
 228     Vector cdnasqs = new Vector();
 229     Vector cdnasqi = new Vector();
 230     Vector cdnaprod = new Vector();
 231     for (int gd = 0; gd < selection.length; gd++)
 232     {
 233       SequenceI dna = selection[gd];
 234       jalview.datamodel.DBRefEntry[] dnarefs = jalview.util.DBRefUtils
 235               .selectRefs(dna.getDBRef(),
 236                       jalview.datamodel.DBRefSource.DNACODINGDBS);
 237       if (dnarefs != null)
 238       {
 239         // intersect with pep
 240         Vector mappedrefs = new Vector();
 241         DBRefEntry[] refs = dna.getDBRef();
 242         for (int d = 0; d < refs.length; d++)
 243         {
 244           if (refs[d].getMap() != null && refs[d].getMap().getMap() != null
 245                   && refs[d].getMap().getMap().getFromRatio() == 3
 246                   && refs[d].getMap().getMap().getToRatio() == 1)
 247           {
 248             mappedrefs.addElement(refs[d]); // add translated protein maps
 249           }
 250         }
 251         dnarefs = new DBRefEntry[mappedrefs.size()];
 252         mappedrefs.copyInto(dnarefs);
 253         for (int d = 0; d < dnarefs.length; d++)
 254         {
 255           Mapping mp = dnarefs[d].getMap();
 256           StringBuffer sqstr = new StringBuffer();
 257           if (mp != null)
 258           {
 259             Mapping intersect = mp.intersectVisContigs(viscontigs);
 260             // generate seqstring for this sequence based on mapping
 261
 262             if (sqstr.length() > alwidth)
 263               alwidth = sqstr.length();
 264             cdnasqs.addElement(sqstr.toString());
 265             cdnasqi.addElement(dna);
 266             cdnaprod.addElement(intersect);
 267           }
 268         }
 269       }
 270       SequenceI[] cdna = new SequenceI[cdnasqs.size()];
 271       DBRefEntry[] prods = new DBRefEntry[cdnaprod.size()];
 272       String[] xons = new String[cdnasqs.size()];
 273       cdnasqs.copyInto(xons);
 274       cdnaprod.copyInto(prods);
 275       cdnasqi.copyInto(cdna);
 276       return CdnaTranslate(cdna, xons, prods, viscontigs, gapCharacter,
 277               null, alwidth, dataset);
 278     }
 279     return null;
 280   }
 281
 282   /**
 283    * translate na alignment annotations onto translated amino acid alignment al
 284    * using codon mapping codons
 285    *
 286    * @param annotations
 287    * @param al
 288    * @param codons
 289    */
 290   public static void translateAlignedAnnotations(
 291           AlignmentAnnotation[] annotations, AlignmentI al,
 292           AlignedCodonFrame codons)
 293   {
 294     // //////////////////////////////
 295     // Copy annotations across
 296     //
 297     // Can only do this for columns with consecutive codons, or where
 298     // annotation is sequence associated.
 299
 300     int pos, a, aSize;
 301     if (annotations != null)
 302     {
 303       for (int i = 0; i < annotations.length; i++)
 304       {
 305         // Skip any autogenerated annotation
 306         if (annotations[i].autoCalculated)
 307         {
 308           continue;
 309         }
 310
 311         aSize = codons.getaaWidth(); // aa alignment width.
 312         jalview.datamodel.Annotation[] anots = (annotations[i].annotations == null) ? null
 313                 : new jalview.datamodel.Annotation[aSize];
 314         if (anots != null)
 315         {
 316           for (a = 0; a < aSize; a++)
 317           {
 318             // process through codon map.
 319             if (codons.codons[a] != null
 320                     && codons.codons[a][0] == (codons.codons[a][2] - 2))
 321             {
 322               anots[a] = getCodonAnnotation(codons.codons[a],
 323                       annotations[i].annotations);
 324             }
 325           }
 326         }
 327
 328         jalview.datamodel.AlignmentAnnotation aa = new jalview.datamodel.AlignmentAnnotation(
 329                 annotations[i].label, annotations[i].description, anots);
 330         aa.graph = annotations[i].graph;
 331         aa.graphGroup = annotations[i].graphGroup;
 332         aa.graphHeight = annotations[i].graphHeight;
 333         if (annotations[i].getThreshold() != null)
 334         {
 335           aa.setThreshold(new jalview.datamodel.GraphLine(annotations[i]
 336                   .getThreshold()));
 337         }
 338         if (annotations[i].hasScore)
 339         {
 340           aa.setScore(annotations[i].getScore());
 341         }
 342         if (annotations[i].sequenceRef != null)
 343         {
 344           SequenceI aaSeq = codons
 345                   .getAaForDnaSeq(annotations[i].sequenceRef);
 346           if (aaSeq != null)
 347           {
 348             // aa.compactAnnotationArray(); // throw away alignment annotation
 349             // positioning
 350             aa.setSequenceRef(aaSeq);
 351             aa.createSequenceMapping(aaSeq, aaSeq.getStart(), true); // rebuild
 352             // mapping
 353             aa.adjustForAlignment();
 354             aaSeq.addAlignmentAnnotation(aa);
 355           }
 356
 357         }
 358         al.addAnnotation(aa);
 359       }
 360     }
 361   }
 362
 363   private static Annotation getCodonAnnotation(int[] is,
 364           Annotation[] annotations)
 365   {
 366     // Have a look at all the codon positions for annotation and put the first
 367     // one found into the translated annotation pos.
 368     int contrib = 0;
 369     Annotation annot = null;
 370     for (int p = 0; p < 3; p++)
 371     {
 372       if (annotations[is[p]] != null)
 373       {
 374         if (annot == null)
 375         {
 376           annot = new Annotation(annotations[is[p]]);
 377           contrib = 1;
 378         }
 379         else
 380         {
 381           // merge with last
 382           Annotation cpy = new Annotation(annotations[is[p]]);
 383           if (annot.colour == null)
 384           {
 385             annot.colour = cpy.colour;
 386           }
 387           if (annot.description == null || annot.description.length() == 0)
 388           {
 389             annot.description = cpy.description;
 390           }
 391           if (annot.displayCharacter == null)
 392           {
 393             annot.displayCharacter = cpy.displayCharacter;
 394           }
 395           if (annot.secondaryStructure == 0)
 396           {
 397             annot.secondaryStructure = cpy.secondaryStructure;
 398           }
 399           annot.value += cpy.value;
 400           contrib++;
 401         }
 402       }
 403     }
 404     if (contrib > 1)
 405     {
 406       annot.value /= (float) contrib;
 407     }
 408     return annot;
 409   }
 410
 411   /**
 412    * Translate a na sequence
 413    *
 414    * @param selection
 415    *          sequence displayed under viscontigs visible columns
 416    * @param seqstring
 417    *          ORF read in some global alignment reference frame
 418    * @param viscontigs
 419    *          mapping from global reference frame to visible seqstring ORF read
 420    * @param codons
 421    *          Definition of global ORF alignment reference frame
 422    * @param gapCharacter
 423    * @return sequence ready to be added to alignment.
 424    * @deprecated Use {@link #translateCodingRegion(SequenceI,String,int[],AlignedCodonFrame,char,DBRefEntry,boolean)} instead
 425    */
 426   public static SequenceI translateCodingRegion(SequenceI selection,
 427           String seqstring, int[] viscontigs, AlignedCodonFrame codons,
 428           char gapCharacter, DBRefEntry product)
 429   {
 430     return translateCodingRegion(selection, seqstring, viscontigs, codons,
 431             gapCharacter, product, false);
 432   }
 433
 434   /**
 435    * Translate a na sequence
 436    *
 437    * @param selection
 438    *          sequence displayed under viscontigs visible columns
 439    * @param seqstring
 440    *          ORF read in some global alignment reference frame
 441    * @param viscontigs
 442    *          mapping from global reference frame to visible seqstring ORF read
 443    * @param codons
 444    *          Definition of global ORF alignment reference frame
 445    * @param gapCharacter
 446    * @param starForStop when true stop codons will translate as '*', otherwise as 'X'
 447    * @return sequence ready to be added to alignment.
 448    */
 449   public static SequenceI translateCodingRegion(SequenceI selection,
 450           String seqstring, int[] viscontigs, AlignedCodonFrame codons,
 451           char gapCharacter, DBRefEntry product, final boolean starForStop)
 452   {
 453     java.util.List skip = new ArrayList();
 454     int skipint[] = null;
 455     ShiftList vismapping = new ShiftList(); // map from viscontigs to seqstring
 456     // intervals
 457     int vc, scontigs[] = new int[viscontigs.length];
 458     int npos = 0;
 459     for (vc = 0; vc < viscontigs.length; vc += 2)
 460     {
 461       if (vc == 0)
 462       {
 463         vismapping.addShift(npos, viscontigs[vc]);
 464       }
 465       else
 466       {
 467         // hidden region
 468         vismapping.addShift(npos, viscontigs[vc] - viscontigs[vc - 1] + 1);
 469       }
 470       scontigs[vc] = viscontigs[vc];
 471       scontigs[vc + 1] = viscontigs[vc + 1];
 472     }
 473
 474     StringBuffer protein = new StringBuffer();
 475     String seq = seqstring.replace('U', 'T');
 476     char codon[] = new char[3];
 477     int cdp[] = new int[3], rf = 0, lastnpos = 0, nend;
 478     int aspos = 0;
 479     int resSize = 0;
 480     for (npos = 0, nend = seq.length(); npos < nend; npos++)
 481     {
 482       if (!jalview.util.Comparison.isGap(seq.charAt(npos)))
 483       {
 484         cdp[rf] = npos; // store position
 485         codon[rf++] = seq.charAt(npos); // store base
 486       }
 487       // filled an RF yet ?
 488       if (rf == 3)
 489       {
 490         String aa = ResidueProperties.codonTranslate(new String(codon));
 491         rf = 0;
 492         if (aa == null)
 493         {
 494           aa = String.valueOf(gapCharacter);
 495           if (skipint == null)
 496           {
 497             skipint = new int[]
 498             { cdp[0], cdp[2] };
 499           }
 500           skipint[1] = cdp[2];
 501         }
 502         else
 503         {
 504           if (skipint != null)
 505           {
 506             // edit scontigs
 507             skipint[0] = vismapping.shift(skipint[0]);
 508             skipint[1] = vismapping.shift(skipint[1]);
 509             for (vc = 0; vc < scontigs.length; )
 510             {
 511               if (scontigs[vc + 1] < skipint[0])
 512               {
 513                 // before skipint starts
 514                 vc += 2;
 515                 continue;
 516               }
 517               if (scontigs[vc]>skipint[1])
 518               {
 519                 // finished editing so
 520                 break;
 521               }
 522               // Edit the contig list to include the skipped region which did not translate
 523               int[] t;
 524               // from : s1 e1 s2 e2 s3 e3
 525               // to s:  s1 e1 s2 k0 k1 e2 s3 e3
 526               // list increases by one unless one boundary (s2==k0 or e2==k1) matches, and decreases by one if skipint intersects whole visible contig
 527               if (scontigs[vc] <= skipint[0])
 528               {
 529                 if (skipint[0] == scontigs[vc])
 530                 {
 531                   // skipint at start of contig
 532                   // shift the start of this contig
 533                   if (scontigs[vc + 1] > skipint[1])
 534                   {
 535                     scontigs[vc] = skipint[1];
 536                     vc+=2;
 537                   }
 538                   else
 539                   {
 540                     if (scontigs[vc+1]==skipint[1])
 541                     {
 542                       // remove the contig
 543                       t = new int[scontigs.length - 2];
 544                       if (vc > 0)
 545                       {
 546                         System.arraycopy(scontigs, 0, t, 0, vc - 1);
 547                       }
 548                       if (vc + 2 < t.length)
 549                       {
 550                         System.arraycopy(scontigs, vc + 2, t, vc, t.length
 551                               - vc + 2);
 552                       }
 553                       scontigs=t;
 554                     } else {
 555                       // truncate contig to before the skipint region
 556                       scontigs[vc+1] = skipint[0]-1;
 557                       vc+=2;
 558                     }
 559                   }
 560                 }
 561                 else
 562                 {
 563                   // scontig starts before start of skipint
 564                   if (scontigs[vc+1]<skipint[1]) {
 565                     // skipint truncates end of scontig
 566                     scontigs[vc+1] = skipint[0]-1;
 567                     vc+=2;
 568                   } else {
 569                     // divide region to new contigs
 570                     t = new int[scontigs.length + 2];
 571                     System.arraycopy(scontigs, 0, t, 0, vc +1);
 572                     t[vc+1] = skipint[0];
 573                     t[vc+2] = skipint[1];
 574                     System.arraycopy(scontigs, vc + 1, t, vc+3, scontigs.length-(vc+1));
 575                     scontigs=t;
 576                     vc+=4;
 577                   }
 578                 }
 579               }
 580             }
 581             skip.add(skipint);
 582             skipint = null;
 583           }
 584           if (aa.equals("STOP"))
 585           {
 586             aa = starForStop ? "*" : "X";
 587           }
 588           resSize++;
 589         }
 590         // insert/delete gaps prior to this codon - if necessary
 591         boolean findpos = true;
 592         while (findpos)
 593         {
 594           // first ensure that the codons array is long enough.
 595           codons.checkCodonFrameWidth(aspos);
 596           // now check to see if we place the aa at the current aspos in the
 597           // protein alignment
 598           switch (Dna.compare_codonpos(cdp, codons.codons[aspos]))
 599           {
 600           case -1:
 601             codons.insertAAGap(aspos, gapCharacter);
 602             findpos = false;
 603             break;
 604           case +1:
 605             // this aa appears after the aligned codons at aspos, so prefix it
 606             // with a gap
 607             aa = "" + gapCharacter + aa;
 608             aspos++;
 609             // if (aspos >= codons.aaWidth)
 610             // codons.aaWidth = aspos + 1;
 611             break; // check the next position for alignment
 612           case 0:
 613             // codon aligns at aspos position.
 614             findpos = false;
 615           }
 616         }
 617         // codon aligns with all other sequence residues found at aspos
 618         protein.append(aa);
 619         lastnpos = npos;
 620         if (codons.codons[aspos] == null)
 621         {
 622           // mark this column as aligning to this aligned reading frame
 623           codons.codons[aspos] = new int[]
 624           { cdp[0], cdp[1], cdp[2] };
 625         }
 626         if (aspos >= codons.aaWidth)
 627         {
 628           // update maximum alignment width
 629           // (we can do this without calling checkCodonFrameWidth because it was
 630           // already done above)
 631           codons.setAaWidth(aspos);
 632         }
 633         // ready for next translated reading frame alignment position (if any)
 634         aspos++;
 635       }
 636     }
 637     if (resSize > 0)
 638     {
 639       SequenceI newseq = new Sequence(selection.getName(),
 640               protein.toString());
 641       if (rf != 0)
 642       {
 643         if (jalview.bin.Cache.log!=null) {
 644           jalview.bin.Cache.log.debug("trimming contigs for incomplete terminal codon.");
 645         } else {
 646           System.err.println("trimming contigs for incomplete terminal codon.");
 647         }
 648         // map and trim contigs to ORF region
 649         vc = scontigs.length - 1;
 650         lastnpos = vismapping.shift(lastnpos); // place npos in context of
 651         // whole dna alignment (rather
 652         // than visible contigs)
 653         // incomplete ORF could be broken over one or two visible contig
 654         // intervals.
 655         while (vc >= 0 && scontigs[vc] > lastnpos)
 656         {
 657           if (vc > 0 && scontigs[vc - 1] > lastnpos)
 658           {
 659             vc -= 2;
 660           }
 661           else
 662           {
 663             // correct last interval in list.
 664             scontigs[vc] = lastnpos;
 665           }
 666         }
 667
 668         if (vc > 0 && (vc + 1) < scontigs.length)
 669         {
 670           // truncate map list to just vc elements
 671           int t[] = new int[vc + 1];
 672           System.arraycopy(scontigs, 0, t, 0, vc + 1);
 673           scontigs = t;
 674         }
 675         if (vc <= 0)
 676           scontigs = null;
 677       }
 678       if (scontigs != null)
 679       {
 680         npos = 0;
 681         // map scontigs to actual sequence positions on selection
 682         for (vc = 0; vc < scontigs.length; vc += 2)
 683         {
 684           scontigs[vc] = selection.findPosition(scontigs[vc]); // not from 1!
 685           scontigs[vc + 1] = selection.findPosition(scontigs[vc + 1]); // exclusive
 686           if (scontigs[vc + 1] == selection.getEnd())
 687             break;
 688         }
 689         // trim trailing empty intervals.
 690         if ((vc + 2) < scontigs.length)
 691         {
 692           int t[] = new int[vc + 2];
 693           System.arraycopy(scontigs, 0, t, 0, vc + 2);
 694           scontigs = t;
 695         }
 696         /*
 697          * delete intervals in scontigs which are not translated. 1. map skip
 698          * into sequence position intervals 2. truncate existing ranges and add
 699          * new ranges to exclude untranslated regions. if (skip.size()>0) {
 700          * Vector narange = new Vector(); for (vc=0; vc<scontigs.length; vc++) {
 701          * narange.addElement(new int[] {scontigs[vc]}); } int sint=0,iv[]; vc =
 702          * 0; while (sint<skip.size()) { skipint = (int[]) skip.elementAt(sint);
 703          * do { iv = (int[]) narange.elementAt(vc); if (iv[0]>=skipint[0] &&
 704          * iv[0]<=skipint[1]) { if (iv[0]==skipint[0]) { // delete beginning of
 705          * range } else { // truncate range and create new one if necessary iv =
 706          * (int[]) narange.elementAt(vc+1); if (iv[0]<=skipint[1]) { // truncate
 707          * range iv[0] = skipint[1]; } else { } } } else if (iv[0]<skipint[0]) {
 708          * iv = (int[]) narange.elementAt(vc+1); } } while (iv[0]) } }
 709          */
 710         MapList map = new MapList(scontigs, new int[]
 711         { 1, resSize }, 3, 1);
 712
 713         // update newseq as if it was generated as mapping from product
 714
 715         if (product != null)
 716         {
 717           newseq.setName(product.getSource() + "|"
 718                   + product.getAccessionId());
 719           if (product.getMap() != null)
 720           {
 721             // Mapping mp = product.getMap();
 722             // newseq.setStart(mp.getPosition(scontigs[0]));
 723             // newseq.setEnd(mp
 724             // .getPosition(scontigs[scontigs.length - 1]));
 725           }
 726         }
 727         transferCodedFeatures(selection, newseq, map, null, null);
 728         SequenceI rseq = newseq.deriveSequence(); // construct a dataset
 729         // sequence for our new
 730         // peptide, regardless.
 731         // store a mapping (this actually stores a mapping between the dataset
 732         // sequences for the two sequences
 733         codons.addMap(selection, rseq, map);
 734         return rseq;
 735       }
 736     }
 737     // register the mapping somehow
 738     //
 739     return null;
 740   }
 741
 742   /**
 743    * Given a peptide newly translated from a dna sequence, copy over and set any
 744    * features on the peptide from the DNA. If featureTypes is null, all features
 745    * on the dna sequence are searched (rather than just the displayed ones), and
 746    * similarly for featureGroups.
 747    *
 748    * @param dna
 749    * @param pep
 750    * @param map
 751    * @param featureTypes
 752    *          hash who's keys are the displayed feature type strings
 753    * @param featureGroups
 754    *          hash where keys are feature groups and values are Boolean objects
 755    *          indicating if they are displayed.
 756    */
 757   private static void transferCodedFeatures(SequenceI dna, SequenceI pep,
 758           MapList map, Hashtable featureTypes, Hashtable featureGroups)
 759   {
 760     SequenceFeature[] sf = (dna.getDatasetSequence()!=null ? dna.getDatasetSequence() : dna).getSequenceFeatures();
 761     Boolean fgstate;
 762     jalview.datamodel.DBRefEntry[] dnarefs = jalview.util.DBRefUtils
 763             .selectRefs(dna.getDBRef(),
 764                     jalview.datamodel.DBRefSource.DNACODINGDBS);
 765     if (dnarefs != null)
 766     {
 767       // intersect with pep
 768       for (int d = 0; d < dnarefs.length; d++)
 769       {
 770         Mapping mp = dnarefs[d].getMap();
 771         if (mp != null)
 772         {
 773         }
 774       }
 775     }
 776     if (sf != null)
 777     {
 778       for (int f = 0; f < sf.length; f++)
 779       {
 780         fgstate = (featureGroups == null) ? null : ((Boolean) featureGroups
 781                 .get(sf[f].featureGroup));
 782         if ((featureTypes == null || featureTypes.containsKey(sf[f]
 783                 .getType())) && (fgstate == null || fgstate.booleanValue()))
 784         {
 785           if (FeatureProperties.isCodingFeature(null, sf[f].getType()))
 786           {
 787             // if (map.intersectsFrom(sf[f].begin, sf[f].end))
 788             {
 789
 790             }
 791           }
 792         }
 793       }
 794     }
 795   }
 796 }