src/jalview/analysis/Dna.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.2)
   3  * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.analysis;
  22
  23 import jalview.datamodel.AlignedCodonFrame;
  24 import jalview.datamodel.Alignment;
  25 import jalview.datamodel.AlignmentAnnotation;
  26 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  27 import jalview.datamodel.Annotation;
  28 import jalview.datamodel.DBRefEntry;
  29 import jalview.datamodel.FeatureProperties;
  30 import jalview.datamodel.Mapping;
  31 import jalview.datamodel.Sequence;
  32 import jalview.datamodel.SequenceFeature;
  33 import jalview.datamodel.SequenceI;
  34 import jalview.schemes.ResidueProperties;
  35 import jalview.util.MapList;
  36 import jalview.util.ShiftList;
  37
  38 import java.util.ArrayList;
  39 import java.util.Hashtable;
  40 import java.util.Vector;
  41
  42 public class Dna
  43 {
  44   /**
  45    *
  46    * @param cdp1
  47    * @param cdp2
  48    * @return -1 if cdp1 aligns before cdp2, 0 if in the same column or cdp2 is
  49    *         null, +1 if after cdp2
  50    */
  51   private static int compare_codonpos(int[] cdp1, int[] cdp2)
  52   {
  53     if (cdp2 == null
  54             || (cdp1[0] == cdp2[0] && cdp1[1] == cdp2[1] && cdp1[2] == cdp2[2]))
  55     {
  56       return 0;
  57     }
  58     if (cdp1[0] < cdp2[0] || cdp1[1] < cdp2[1] || cdp1[2] < cdp2[2])
  59      {
  60       return -1; // one base in cdp1 precedes the corresponding base in the
  61     }
  62     // other codon
  63     return 1; // one base in cdp1 appears after the corresponding base in the
  64     // other codon.
  65   }
  66
  67   /**
  68    * DNA->mapped protein sequence alignment translation given set of sequences
  69    * 1. id distinct coding regions within selected region for each sequence 2.
  70    * generate peptides based on inframe (or given) translation or (optionally
  71    * and where specified) out of frame translations (annotated appropriately) 3.
  72    * align peptides based on codon alignment
  73    */
  74   /**
  75    * id potential products from dna 1. search for distinct products within
  76    * selected region for each selected sequence 2. group by associated DB type.
  77    * 3. return as form for input into above function
  78    */
  79   /**
  80    *
  81    */
  82   /**
  83    * create a new alignment of protein sequences by an inframe translation of
  84    * the provided NA sequences
  85    *
  86    * @param selection
  87    * @param seqstring
  88    * @param viscontigs
  89    * @param gapCharacter
  90    * @param annotations
  91    * @param aWidth
  92    * @param dataset
  93    *          destination dataset for translated sequences and mappings
  94    * @return
  95    */
  96   public static AlignmentI CdnaTranslate(SequenceI[] selection,
  97           String[] seqstring, int viscontigs[], char gapCharacter,
  98           AlignmentAnnotation[] annotations, int aWidth, Alignment dataset)
  99   {
 100     return CdnaTranslate(selection, seqstring, null, viscontigs,
 101             gapCharacter, annotations, aWidth, dataset);
 102   }
 103
 104   /**
 105    *
 106    * @param selection
 107    * @param seqstring
 108    * @param product
 109    *          - array of DbRefEntry objects from which exon map in seqstring is
 110    *          derived
 111    * @param viscontigs
 112    * @param gapCharacter
 113    * @param annotations
 114    * @param aWidth
 115    * @param dataset
 116    * @return
 117    */
 118   public static AlignmentI CdnaTranslate(SequenceI[] selection,
 119           String[] seqstring, DBRefEntry[] product, int viscontigs[],
 120           char gapCharacter, AlignmentAnnotation[] annotations, int aWidth,
 121           Alignment dataset)
 122   {
 123     AlignedCodonFrame codons = new AlignedCodonFrame(aWidth); // stores hash of
 124     // subsequent
 125     // positions for
 126     // each codon
 127     // start position
 128     // in alignment
 129     int s, sSize = selection.length;
 130     Vector pepseqs = new Vector();
 131     for (s = 0; s < sSize; s++)
 132     {
 133       SequenceI newseq = translateCodingRegion(selection[s], seqstring[s],
 134               viscontigs, codons, gapCharacter,
 135               (product != null) ? product[s] : null, false); // possibly
 136                                                              // anonymous
 137       // product
 138       if (newseq != null)
 139       {
 140         pepseqs.addElement(newseq);
 141         SequenceI ds = newseq;
 142         if (dataset != null)
 143         {
 144           while (ds.getDatasetSequence() != null)
 145           {
 146             ds = ds.getDatasetSequence();
 147           }
 148           dataset.addSequence(ds);
 149         }
 150       }
 151     }
 152     if (codons.aaWidth == 0)
 153     {
 154       return null;
 155     }
 156     SequenceI[] newseqs = new SequenceI[pepseqs.size()];
 157     pepseqs.copyInto(newseqs);
 158     AlignmentI al = new Alignment(newseqs);
 159     al.padGaps(); // ensure we look aligned.
 160     al.setDataset(dataset);
 161     translateAlignedAnnotations(annotations, al, codons);
 162     al.addCodonFrame(codons);
 163     return al;
 164   }
 165
 166   /**
 167    * fake the collection of DbRefs with associated exon mappings to identify if
 168    * a translation would generate distinct product in the currently selected
 169    * region.
 170    *
 171    * @param selection
 172    * @param viscontigs
 173    * @return
 174    */
 175   public static boolean canTranslate(SequenceI[] selection,
 176           int viscontigs[])
 177   {
 178     for (int gd = 0; gd < selection.length; gd++)
 179     {
 180       SequenceI dna = selection[gd];
 181       jalview.datamodel.DBRefEntry[] dnarefs = jalview.util.DBRefUtils
 182               .selectRefs(dna.getDBRef(),
 183                       jalview.datamodel.DBRefSource.DNACODINGDBS);
 184       if (dnarefs != null)
 185       {
 186         // intersect with pep
 187         // intersect with pep
 188         Vector mappedrefs = new Vector();
 189         DBRefEntry[] refs = dna.getDBRef();
 190         for (int d = 0; d < refs.length; d++)
 191         {
 192           if (refs[d].getMap() != null && refs[d].getMap().getMap() != null
 193                   && refs[d].getMap().getMap().getFromRatio() == 3
 194                   && refs[d].getMap().getMap().getToRatio() == 1)
 195           {
 196             mappedrefs.addElement(refs[d]); // add translated protein maps
 197           }
 198         }
 199         dnarefs = new DBRefEntry[mappedrefs.size()];
 200         mappedrefs.copyInto(dnarefs);
 201         for (int d = 0; d < dnarefs.length; d++)
 202         {
 203           Mapping mp = dnarefs[d].getMap();
 204           if (mp != null)
 205           {
 206             for (int vc = 0; vc < viscontigs.length; vc += 2)
 207             {
 208               int[] mpr = mp.locateMappedRange(viscontigs[vc],
 209                       viscontigs[vc + 1]);
 210               if (mpr != null)
 211               {
 212                 return true;
 213               }
 214             }
 215           }
 216         }
 217       }
 218     }
 219     return false;
 220   }
 221
 222   /**
 223    * generate a set of translated protein products from annotated sequenceI
 224    *
 225    * @param selection
 226    * @param viscontigs
 227    * @param gapCharacter
 228    * @param dataset
 229    *          destination dataset for translated sequences
 230    * @param annotations
 231    * @param aWidth
 232    * @return
 233    */
 234   public static AlignmentI CdnaTranslate(SequenceI[] selection,
 235           int viscontigs[], char gapCharacter, Alignment dataset)
 236   {
 237     int alwidth = 0;
 238     Vector cdnasqs = new Vector();
 239     Vector cdnasqi = new Vector();
 240     Vector cdnaprod = new Vector();
 241     for (int gd = 0; gd < selection.length; gd++)
 242     {
 243       SequenceI dna = selection[gd];
 244       jalview.datamodel.DBRefEntry[] dnarefs = jalview.util.DBRefUtils
 245               .selectRefs(dna.getDBRef(),
 246                       jalview.datamodel.DBRefSource.DNACODINGDBS);
 247       if (dnarefs != null)
 248       {
 249         // intersect with pep
 250         Vector mappedrefs = new Vector();
 251         DBRefEntry[] refs = dna.getDBRef();
 252         for (int d = 0; d < refs.length; d++)
 253         {
 254           if (refs[d].getMap() != null && refs[d].getMap().getMap() != null
 255                   && refs[d].getMap().getMap().getFromRatio() == 3
 256                   && refs[d].getMap().getMap().getToRatio() == 1)
 257           {
 258             mappedrefs.addElement(refs[d]); // add translated protein maps
 259           }
 260         }
 261         dnarefs = new DBRefEntry[mappedrefs.size()];
 262         mappedrefs.copyInto(dnarefs);
 263         for (int d = 0; d < dnarefs.length; d++)
 264         {
 265           Mapping mp = dnarefs[d].getMap();
 266           StringBuffer sqstr = new StringBuffer();
 267           if (mp != null)
 268           {
 269             Mapping intersect = mp.intersectVisContigs(viscontigs);
 270             // generate seqstring for this sequence based on mapping
 271
 272             if (sqstr.length() > alwidth)
 273             {
 274               alwidth = sqstr.length();
 275             }
 276             cdnasqs.addElement(sqstr.toString());
 277             cdnasqi.addElement(dna);
 278             cdnaprod.addElement(intersect);
 279           }
 280         }
 281       }
 282       SequenceI[] cdna = new SequenceI[cdnasqs.size()];
 283       DBRefEntry[] prods = new DBRefEntry[cdnaprod.size()];
 284       String[] xons = new String[cdnasqs.size()];
 285       cdnasqs.copyInto(xons);
 286       cdnaprod.copyInto(prods);
 287       cdnasqi.copyInto(cdna);
 288       return CdnaTranslate(cdna, xons, prods, viscontigs, gapCharacter,
 289               null, alwidth, dataset);
 290     }
 291     return null;
 292   }
 293
 294   /**
 295    * translate na alignment annotations onto translated amino acid alignment al
 296    * using codon mapping codons
 297    *
 298    * @param annotations
 299    * @param al
 300    * @param codons
 301    */
 302   public static void translateAlignedAnnotations(
 303           AlignmentAnnotation[] annotations, AlignmentI al,
 304           AlignedCodonFrame codons)
 305   {
 306     // //////////////////////////////
 307     // Copy annotations across
 308     //
 309     // Can only do this for columns with consecutive codons, or where
 310     // annotation is sequence associated.
 311
 312     int pos, a, aSize;
 313     if (annotations != null)
 314     {
 315       for (int i = 0; i < annotations.length; i++)
 316       {
 317         // Skip any autogenerated annotation
 318         if (annotations[i].autoCalculated)
 319         {
 320           continue;
 321         }
 322
 323         // skip hidden sequence annotations
 324         final SequenceI seqRef = annotations[i].sequenceRef;
 325         if (seqRef != null && !annotations[i].visible)
 326         {
 327           continue;
 328         }
 329
 330         aSize = codons.getaaWidth(); // aa alignment width.
 331         jalview.datamodel.Annotation[] anots = (annotations[i].annotations == null) ? null
 332                 : new jalview.datamodel.Annotation[aSize];
 333         if (anots != null)
 334         {
 335           for (a = 0; a < aSize; a++)
 336           {
 337             // process through codon map.
 338             if (a < codons.codons.length && codons.codons[a] != null
 339                     && codons.codons[a][0] == (codons.codons[a][2] - 2))
 340             {
 341               anots[a] = getCodonAnnotation(codons.codons[a],
 342                       annotations[i].annotations);
 343             }
 344           }
 345         }
 346
 347         jalview.datamodel.AlignmentAnnotation aa = new jalview.datamodel.AlignmentAnnotation(
 348                 annotations[i].label, annotations[i].description, anots);
 349         aa.graph = annotations[i].graph;
 350         aa.graphGroup = annotations[i].graphGroup;
 351         aa.graphHeight = annotations[i].graphHeight;
 352         if (annotations[i].getThreshold() != null)
 353         {
 354           aa.setThreshold(new jalview.datamodel.GraphLine(annotations[i]
 355                   .getThreshold()));
 356         }
 357         if (annotations[i].hasScore)
 358         {
 359           aa.setScore(annotations[i].getScore());
 360         }
 361         if (seqRef != null)
 362         {
 363           SequenceI aaSeq = codons
 364                   .getAaForDnaSeq(seqRef);
 365           if (aaSeq != null)
 366           {
 367             // aa.compactAnnotationArray(); // throw away alignment annotation
 368             // positioning
 369             aa.setSequenceRef(aaSeq);
 370             aa.createSequenceMapping(aaSeq, aaSeq.getStart(), true); // rebuild
 371             // mapping
 372             aa.adjustForAlignment();
 373             aaSeq.addAlignmentAnnotation(aa);
 374           }
 375
 376         }
 377         al.addAnnotation(aa);
 378       }
 379     }
 380   }
 381
 382   private static Annotation getCodonAnnotation(int[] is,
 383           Annotation[] annotations)
 384   {
 385     // Have a look at all the codon positions for annotation and put the first
 386     // one found into the translated annotation pos.
 387     int contrib = 0;
 388     Annotation annot = null;
 389     for (int p = 0; p < 3; p++)
 390     {
 391       if (annotations[is[p]] != null)
 392       {
 393         if (annot == null)
 394         {
 395           annot = new Annotation(annotations[is[p]]);
 396           contrib = 1;
 397         }
 398         else
 399         {
 400           // merge with last
 401           Annotation cpy = new Annotation(annotations[is[p]]);
 402           if (annot.colour == null)
 403           {
 404             annot.colour = cpy.colour;
 405           }
 406           if (annot.description == null || annot.description.length() == 0)
 407           {
 408             annot.description = cpy.description;
 409           }
 410           if (annot.displayCharacter == null)
 411           {
 412             annot.displayCharacter = cpy.displayCharacter;
 413           }
 414           if (annot.secondaryStructure == 0)
 415           {
 416             annot.secondaryStructure = cpy.secondaryStructure;
 417           }
 418           annot.value += cpy.value;
 419           contrib++;
 420         }
 421       }
 422     }
 423     if (contrib > 1)
 424     {
 425       annot.value /= contrib;
 426     }
 427     return annot;
 428   }
 429
 430   /**
 431    * Translate a na sequence
 432    *
 433    * @param selection
 434    *          sequence displayed under viscontigs visible columns
 435    * @param seqstring
 436    *          ORF read in some global alignment reference frame
 437    * @param viscontigs
 438    *          mapping from global reference frame to visible seqstring ORF read
 439    * @param codons
 440    *          Definition of global ORF alignment reference frame
 441    * @param gapCharacter
 442    * @return sequence ready to be added to alignment.
 443    * @deprecated Use
 444    *             {@link #translateCodingRegion(SequenceI,String,int[],AlignedCodonFrame,char,DBRefEntry,boolean)}
 445    *             instead
 446    */
 447   @Deprecated
 448   public static SequenceI translateCodingRegion(SequenceI selection,
 449           String seqstring, int[] viscontigs, AlignedCodonFrame codons,
 450           char gapCharacter, DBRefEntry product)
 451   {
 452     return translateCodingRegion(selection, seqstring, viscontigs, codons,
 453             gapCharacter, product, false);
 454   }
 455
 456   /**
 457    * Translate a na sequence
 458    *
 459    * @param selection
 460    *          sequence displayed under viscontigs visible columns
 461    * @param seqstring
 462    *          ORF read in some global alignment reference frame
 463    * @param viscontigs
 464    *          mapping from global reference frame to visible seqstring ORF read
 465    * @param codons
 466    *          Definition of global ORF alignment reference frame
 467    * @param gapCharacter
 468    * @param starForStop
 469    *          when true stop codons will translate as '*', otherwise as 'X'
 470    * @return sequence ready to be added to alignment.
 471    */
 472   public static SequenceI translateCodingRegion(SequenceI selection,
 473           String seqstring, int[] viscontigs, AlignedCodonFrame codons,
 474           char gapCharacter, DBRefEntry product, final boolean starForStop)
 475   {
 476     java.util.List skip = new ArrayList();
 477     int skipint[] = null;
 478     ShiftList vismapping = new ShiftList(); // map from viscontigs to seqstring
 479     // intervals
 480     int vc, scontigs[] = new int[viscontigs.length];
 481     int npos = 0;
 482     for (vc = 0; vc < viscontigs.length; vc += 2)
 483     {
 484       if (vc == 0)
 485       {
 486         vismapping.addShift(npos, viscontigs[vc]);
 487       }
 488       else
 489       {
 490         // hidden region
 491         vismapping.addShift(npos, viscontigs[vc] - viscontigs[vc - 1] + 1);
 492       }
 493       scontigs[vc] = viscontigs[vc];
 494       scontigs[vc + 1] = viscontigs[vc + 1];
 495     }
 496
 497     StringBuffer protein = new StringBuffer();
 498     String seq = seqstring.replace('U', 'T');
 499     char codon[] = new char[3];
 500     int cdp[] = new int[3], rf = 0, lastnpos = 0, nend;
 501     int aspos = 0;
 502     int resSize = 0;
 503     for (npos = 0, nend = seq.length(); npos < nend; npos++)
 504     {
 505       if (!jalview.util.Comparison.isGap(seq.charAt(npos)))
 506       {
 507         cdp[rf] = npos; // store position
 508         codon[rf++] = seq.charAt(npos); // store base
 509       }
 510       // filled an RF yet ?
 511       if (rf == 3)
 512       {
 513         String aa = ResidueProperties.codonTranslate(new String(codon));
 514         rf = 0;
 515         if (aa == null)
 516         {
 517           aa = String.valueOf(gapCharacter);
 518           if (skipint == null)
 519           {
 520             skipint = new int[]
 521             { cdp[0], cdp[2] };
 522           }
 523           skipint[1] = cdp[2];
 524         }
 525         else
 526         {
 527           if (skipint != null)
 528           {
 529             // edit scontigs
 530             skipint[0] = vismapping.shift(skipint[0]);
 531             skipint[1] = vismapping.shift(skipint[1]);
 532             for (vc = 0; vc < scontigs.length;)
 533             {
 534               if (scontigs[vc + 1] < skipint[0])
 535               {
 536                 // before skipint starts
 537                 vc += 2;
 538                 continue;
 539               }
 540               if (scontigs[vc] > skipint[1])
 541               {
 542                 // finished editing so
 543                 break;
 544               }
 545               // Edit the contig list to include the skipped region which did
 546               // not translate
 547               int[] t;
 548               // from : s1 e1 s2 e2 s3 e3
 549               // to s: s1 e1 s2 k0 k1 e2 s3 e3
 550               // list increases by one unless one boundary (s2==k0 or e2==k1)
 551               // matches, and decreases by one if skipint intersects whole
 552               // visible contig
 553               if (scontigs[vc] <= skipint[0])
 554               {
 555                 if (skipint[0] == scontigs[vc])
 556                 {
 557                   // skipint at start of contig
 558                   // shift the start of this contig
 559                   if (scontigs[vc + 1] > skipint[1])
 560                   {
 561                     scontigs[vc] = skipint[1];
 562                     vc += 2;
 563                   }
 564                   else
 565                   {
 566                     if (scontigs[vc + 1] == skipint[1])
 567                     {
 568                       // remove the contig
 569                       t = new int[scontigs.length - 2];
 570                       if (vc > 0)
 571                       {
 572                         System.arraycopy(scontigs, 0, t, 0, vc - 1);
 573                       }
 574                       if (vc + 2 < t.length)
 575                       {
 576                         System.arraycopy(scontigs, vc + 2, t, vc, t.length
 577                                 - vc + 2);
 578                       }
 579                       scontigs = t;
 580                     }
 581                     else
 582                     {
 583                       // truncate contig to before the skipint region
 584                       scontigs[vc + 1] = skipint[0] - 1;
 585                       vc += 2;
 586                     }
 587                   }
 588                 }
 589                 else
 590                 {
 591                   // scontig starts before start of skipint
 592                   if (scontigs[vc + 1] < skipint[1])
 593                   {
 594                     // skipint truncates end of scontig
 595                     scontigs[vc + 1] = skipint[0] - 1;
 596                     vc += 2;
 597                   }
 598                   else
 599                   {
 600                     // divide region to new contigs
 601                     t = new int[scontigs.length + 2];
 602                     System.arraycopy(scontigs, 0, t, 0, vc + 1);
 603                     t[vc + 1] = skipint[0];
 604                     t[vc + 2] = skipint[1];
 605                     System.arraycopy(scontigs, vc + 1, t, vc + 3,
 606                             scontigs.length - (vc + 1));
 607                     scontigs = t;
 608                     vc += 4;
 609                   }
 610                 }
 611               }
 612             }
 613             skip.add(skipint);
 614             skipint = null;
 615           }
 616           if (aa.equals("STOP"))
 617           {
 618             aa = starForStop ? "*" : "X";
 619           }
 620           resSize++;
 621         }
 622         // insert/delete gaps prior to this codon - if necessary
 623         boolean findpos = true;
 624         while (findpos)
 625         {
 626           // first ensure that the codons array is long enough.
 627           codons.checkCodonFrameWidth(aspos);
 628           // now check to see if we place the aa at the current aspos in the
 629           // protein alignment
 630           switch (Dna.compare_codonpos(cdp, codons.codons[aspos]))
 631           {
 632           case -1:
 633             codons.insertAAGap(aspos, gapCharacter);
 634             findpos = false;
 635             break;
 636           case +1:
 637             // this aa appears after the aligned codons at aspos, so prefix it
 638             // with a gap
 639             aa = "" + gapCharacter + aa;
 640             aspos++;
 641             // if (aspos >= codons.aaWidth)
 642             // codons.aaWidth = aspos + 1;
 643             break; // check the next position for alignment
 644           case 0:
 645             // codon aligns at aspos position.
 646             findpos = false;
 647           }
 648         }
 649         // codon aligns with all other sequence residues found at aspos
 650         protein.append(aa);
 651         lastnpos = npos;
 652         if (codons.codons[aspos] == null)
 653         {
 654           // mark this column as aligning to this aligned reading frame
 655           codons.codons[aspos] = new int[]
 656           { cdp[0], cdp[1], cdp[2] };
 657         }
 658         if (aspos >= codons.aaWidth)
 659         {
 660           // update maximum alignment width
 661           // (we can do this without calling checkCodonFrameWidth because it was
 662           // already done above)
 663           codons.setAaWidth(aspos);
 664         }
 665         // ready for next translated reading frame alignment position (if any)
 666         aspos++;
 667       }
 668     }
 669     if (resSize > 0)
 670     {
 671       SequenceI newseq = new Sequence(selection.getName(),
 672               protein.toString());
 673       if (rf != 0)
 674       {
 675         if (jalview.bin.Cache.log != null)
 676         {
 677           jalview.bin.Cache.log
 678                   .debug("trimming contigs for incomplete terminal codon.");
 679         }
 680         else
 681         {
 682           System.err
 683                   .println("trimming contigs for incomplete terminal codon.");
 684         }
 685         // map and trim contigs to ORF region
 686         vc = scontigs.length - 1;
 687         lastnpos = vismapping.shift(lastnpos); // place npos in context of
 688         // whole dna alignment (rather
 689         // than visible contigs)
 690         // incomplete ORF could be broken over one or two visible contig
 691         // intervals.
 692         while (vc >= 0 && scontigs[vc] > lastnpos)
 693         {
 694           if (vc > 0 && scontigs[vc - 1] > lastnpos)
 695           {
 696             vc -= 2;
 697           }
 698           else
 699           {
 700             // correct last interval in list.
 701             scontigs[vc] = lastnpos;
 702           }
 703         }
 704
 705         if (vc > 0 && (vc + 1) < scontigs.length)
 706         {
 707           // truncate map list to just vc elements
 708           int t[] = new int[vc + 1];
 709           System.arraycopy(scontigs, 0, t, 0, vc + 1);
 710           scontigs = t;
 711         }
 712         if (vc <= 0)
 713         {
 714           scontigs = null;
 715         }
 716       }
 717       if (scontigs != null)
 718       {
 719         npos = 0;
 720         // map scontigs to actual sequence positions on selection
 721         for (vc = 0; vc < scontigs.length; vc += 2)
 722         {
 723           scontigs[vc] = selection.findPosition(scontigs[vc]); // not from 1!
 724           scontigs[vc + 1] = selection.findPosition(scontigs[vc + 1]); // exclusive
 725           if (scontigs[vc + 1] == selection.getEnd())
 726           {
 727             break;
 728           }
 729         }
 730         // trim trailing empty intervals.
 731         if ((vc + 2) < scontigs.length)
 732         {
 733           int t[] = new int[vc + 2];
 734           System.arraycopy(scontigs, 0, t, 0, vc + 2);
 735           scontigs = t;
 736         }
 737         /*
 738          * delete intervals in scontigs which are not translated. 1. map skip
 739          * into sequence position intervals 2. truncate existing ranges and add
 740          * new ranges to exclude untranslated regions. if (skip.size()>0) {
 741          * Vector narange = new Vector(); for (vc=0; vc<scontigs.length; vc++) {
 742          * narange.addElement(new int[] {scontigs[vc]}); } int sint=0,iv[]; vc =
 743          * 0; while (sint<skip.size()) { skipint = (int[]) skip.elementAt(sint);
 744          * do { iv = (int[]) narange.elementAt(vc); if (iv[0]>=skipint[0] &&
 745          * iv[0]<=skipint[1]) { if (iv[0]==skipint[0]) { // delete beginning of
 746          * range } else { // truncate range and create new one if necessary iv =
 747          * (int[]) narange.elementAt(vc+1); if (iv[0]<=skipint[1]) { // truncate
 748          * range iv[0] = skipint[1]; } else { } } } else if (iv[0]<skipint[0]) {
 749          * iv = (int[]) narange.elementAt(vc+1); } } while (iv[0]) } }
 750          */
 751         MapList map = new MapList(scontigs, new int[]
 752         { 1, resSize }, 3, 1);
 753
 754         // update newseq as if it was generated as mapping from product
 755
 756         if (product != null)
 757         {
 758           newseq.setName(product.getSource() + "|"
 759                   + product.getAccessionId());
 760           if (product.getMap() != null)
 761           {
 762             // Mapping mp = product.getMap();
 763             // newseq.setStart(mp.getPosition(scontigs[0]));
 764             // newseq.setEnd(mp
 765             // .getPosition(scontigs[scontigs.length - 1]));
 766           }
 767         }
 768         transferCodedFeatures(selection, newseq, map, null, null);
 769         SequenceI rseq = newseq.deriveSequence(); // construct a dataset
 770         // sequence for our new
 771         // peptide, regardless.
 772         // store a mapping (this actually stores a mapping between the dataset
 773         // sequences for the two sequences
 774         codons.addMap(selection, rseq, map);
 775         return rseq;
 776       }
 777     }
 778     // register the mapping somehow
 779     //
 780     return null;
 781   }
 782
 783   /**
 784    * Given a peptide newly translated from a dna sequence, copy over and set any
 785    * features on the peptide from the DNA. If featureTypes is null, all features
 786    * on the dna sequence are searched (rather than just the displayed ones), and
 787    * similarly for featureGroups.
 788    *
 789    * @param dna
 790    * @param pep
 791    * @param map
 792    * @param featureTypes
 793    *          hash who's keys are the displayed feature type strings
 794    * @param featureGroups
 795    *          hash where keys are feature groups and values are Boolean objects
 796    *          indicating if they are displayed.
 797    */
 798   private static void transferCodedFeatures(SequenceI dna, SequenceI pep,
 799           MapList map, Hashtable featureTypes, Hashtable featureGroups)
 800   {
 801     SequenceFeature[] sf = (dna.getDatasetSequence() != null ? dna
 802             .getDatasetSequence() : dna).getSequenceFeatures();
 803     Boolean fgstate;
 804     jalview.datamodel.DBRefEntry[] dnarefs = jalview.util.DBRefUtils
 805             .selectRefs(dna.getDBRef(),
 806                     jalview.datamodel.DBRefSource.DNACODINGDBS);
 807     if (dnarefs != null)
 808     {
 809       // intersect with pep
 810       for (int d = 0; d < dnarefs.length; d++)
 811       {
 812         Mapping mp = dnarefs[d].getMap();
 813         if (mp != null)
 814         {
 815         }
 816       }
 817     }
 818     if (sf != null)
 819     {
 820       for (int f = 0; f < sf.length; f++)
 821       {
 822         fgstate = (featureGroups == null) ? null : ((Boolean) featureGroups
 823                 .get(sf[f].featureGroup));
 824         if ((featureTypes == null || featureTypes.containsKey(sf[f]
 825                 .getType())) && (fgstate == null || fgstate.booleanValue()))
 826         {
 827           if (FeatureProperties.isCodingFeature(null, sf[f].getType()))
 828           {
 829             // if (map.intersectsFrom(sf[f].begin, sf[f].end))
 830             {
 831
 832             }
 833           }
 834         }
 835       }
 836     }
 837   }
 838 }