src/jalview/analysis/ParseProperties.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.analysis;
  22
  23 import jalview.datamodel.AlignmentAnnotation;
  24 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  25 import jalview.datamodel.SequenceI;
  26
  27 import com.stevesoft.pat.Regex;
  28
  29 public class ParseProperties
  30 {
  31   /**
  32    * Methods for parsing free text properties on alignments and sequences. There
  33    * are a number of ways we might want to do this: arbitrary regex. and an
  34    * associated score name for the number that's extracted. Regex that provides
  35    * both score and name.
  36    *
  37    * We may also want to : - modify description to remove parsed numbers (this
  38    * behaviour is dangerous since exporting the alignment would lose the
  39    * original form then) -
  40    *
  41    */
  42   /**
  43    * The alignment being operated on
  44    */
  45   private AlignmentI al = null;
  46
  47   /**
  48    * initialise a new property parser
  49    *
  50    * @param al
  51    */
  52   public ParseProperties(AlignmentI al)
  53   {
  54     this.al = al;
  55   }
  56
  57   public int getScoresFromDescription(String ScoreName,
  58           String ScoreDescriptions, String regex, boolean repeat)
  59   {
  60     return getScoresFromDescription(new String[] { ScoreName },
  61             new String[]
  62             { ScoreDescriptions }, regex, repeat);
  63   }
  64
  65   public int getScoresFromDescription(String[] ScoreNames,
  66           String[] ScoreDescriptions, String regex, boolean repeat)
  67   {
  68     return getScoresFromDescription(al.getSequencesArray(), ScoreNames,
  69             ScoreDescriptions, regex, repeat);
  70   }
  71
  72   /**
  73    * Extract scores for sequences by applying regex to description string.
  74    *
  75    * @param seqs
  76    *          seuqences to extract annotation from.
  77    * @param ScoreNames
  78    *          labels for each numeric field in regex match
  79    * @param ScoreDescriptions
  80    *          description for each numeric field in regex match
  81    * @param regex
  82    *          Regular Expression string for passing to
  83    *          <code>new com.stevesoft.patt.Regex(regex)</code>
  84    * @param repeat
  85    *          true means the regex will be applied multiple times along the
  86    *          description string of each sequence
  87    * @return total number of sequences that matched the regex
  88    */
  89   public int getScoresFromDescription(SequenceI[] seqs, String[] ScoreNames,
  90           String[] ScoreDescriptions, String regex, boolean repeat)
  91   {
  92     int count = 0;
  93     Regex pattern = new Regex(regex);
  94     if (pattern.numSubs() > ScoreNames.length)
  95     {
  96       // Check that we have enough labels and descriptions for any parsed
  97       // scores.
  98       int onamelen = ScoreNames.length;
  99       String[] tnames = new String[pattern.numSubs() + 1];
 100       System.arraycopy(ScoreNames, 0, tnames, 0, ScoreNames.length);
 101       String base = tnames[ScoreNames.length - 1];
 102       ScoreNames = tnames;
 103       String descrbase = ScoreDescriptions[onamelen - 1];
 104       if (descrbase == null)
 105       {
 106         descrbase = "Score parsed from (" + regex + ")";
 107       }
 108       tnames = new String[pattern.numSubs() + 1];
 109       System.arraycopy(ScoreDescriptions, 0, tnames, 0,
 110               ScoreDescriptions.length);
 111       ScoreDescriptions = tnames;
 112       for (int i = onamelen; i < ScoreNames.length; i++)
 113       {
 114         ScoreNames[i] = base + "_" + i;
 115         ScoreDescriptions[i] = descrbase + " (column " + i + ")";
 116       }
 117     }
 118     for (int i = 0; i < seqs.length; i++)
 119     {
 120       String descr = seqs[i].getDescription();
 121       if (descr == null)
 122       {
 123         continue;
 124       }
 125       int pos = 0;
 126       boolean added = false;
 127       int reps = 0;
 128       while ((repeat || pos == 0) && pattern.searchFrom(descr, pos))
 129       {
 130         pos = pattern.matchedTo();
 131         for (int cols = 0; cols < pattern.numSubs(); cols++)
 132         {
 133           String sstring = pattern.stringMatched(cols + 1);
 134           double score = Double.NaN;
 135           try
 136           {
 137             score = Double.valueOf(sstring).doubleValue();
 138           } catch (Exception e)
 139           {
 140             // don't try very hard to parse if regex was wrong.
 141             continue;
 142           }
 143           // add score to sequence annotation.
 144           AlignmentAnnotation an = new AlignmentAnnotation(
 145                   ScoreNames[cols] + ((reps > 0) ? "_" + reps : ""),
 146                   ScoreDescriptions[cols], null);
 147           an.setScore(score);
 148           System.out.println(seqs[i].getName() + " score: '"
 149                   + ScoreNames[cols] + "' = " + score); // DEBUG
 150           an.setSequenceRef(seqs[i]);
 151           seqs[i].addAlignmentAnnotation(an);
 152           al.addAnnotation(an);
 153           added = true;
 154         }
 155         reps++; // repeated matches
 156       }
 157       if (added)
 158       {
 159         count++;
 160       }
 161     }
 162     return count;
 163   }
 164 }