src/jalview/analysis/SeqsetUtils.java

   1 package jalview.analysis;
   2
   3 import jalview.datamodel.SequenceI;
   4 import java.util.Hashtable;
   5
   6 /**
   7  * <p>Title: </p>
   8  *
   9  * <p>Description: </p>
  10  *
  11  * <p>Copyright: Copyright (c) 2004</p>
  12  *
  13  * <p>Company: Dundee University</p>
  14  *
  15  * @author not attributable
  16  * @version 1.0
  17  */
  18 public class SeqsetUtils
  19 {
  20   public static Hashtable uniquify(SequenceI[] sequences)
  21   {
  22     // Generate a safely named sequence set and a hash to recover the sequence names
  23     Hashtable map = new Hashtable();
  24     for (int i = 0; i < sequences.length; i++)
  25     {
  26       String safename = new String("Sequence" + i);
  27       map.put(safename, sequences[i].getName());
  28       sequences[i].setName(safename);
  29     }
  30     return map;
  31   }
  32
  33   public static boolean deuniquify(Hashtable map, SequenceI[] sequences)
  34   {
  35     // recover unsafe sequence names for a sequence set
  36     boolean allfound = true;
  37     for (int i = 0; i < sequences.length; i++)
  38     {
  39       if (map.containsKey(sequences[i].getName()))
  40       {
  41         String unsafename = (String) map.get(sequences[i].getName());
  42         sequences[i].setName(unsafename);
  43       }
  44       else
  45       {
  46         allfound = false;
  47       }
  48     }
  49     return allfound;
  50   }
  51
  52 }