src/jalview/analysis/SequenceFeatureFetcher.java

   1 package jalview.analysis;\r
   2 \r
   3 import java.io.*;\r
   4 import java.util.*;\r
   5 import jalview.io.*;\r
   6 import jalview.gui.*;\r
   7 import jalview.datamodel.*;\r
   8 \r
   9 public class SequenceFeatureFetcher implements Runnable\r
  10 {\r
  11   AlignmentI align;\r
  12   AlignmentPanel ap;\r
  13 \r
  14   public SequenceFeatureFetcher(AlignmentI align, AlignmentPanel ap)\r
  15   {\r
  16     this.align = align;\r
  17     this.ap = ap;\r
  18     Thread thread = new Thread(this);\r
  19     thread.start();\r
  20   }\r
  21 \r
  22   public void run()\r
  23 {\r
  24 \r
  25   String cache = jalview.bin.Cache.getProperty("UNIPROT_CACHE");\r
  26 \r
  27   RandomAccessFile out = null;\r
  28 \r
  29   try{\r
  30     if (cache == null)\r
  31     {\r
  32       jalview.bin.Cache.setProperty("UNIPROT_CACHE", System.getProperty("user.home")+"/uniprot.xml");\r
  33       cache = jalview.bin.Cache.getProperty("UNIPROT_CACHE");\r
  34     }\r
  35 \r
  36 \r
  37 \r
  38     File test = new File(cache);\r
  39     if( !test.exists() )\r
  40     {\r
  41       out = new RandomAccessFile(cache, "rw");\r
  42       out.writeBytes("<?xml version=\"1.0\" encoding=\"UTF-8\"?>\n");\r
  43       out.writeBytes("<UNIPROT_CACHE>\n");\r
  44     }\r
  45     else\r
  46     {\r
  47       out = new RandomAccessFile(cache, "rw");\r
  48       // open exisiting cache and remove </UNIPROT_CACHE> from the end\r
  49       long lastLine = 0;\r
  50       String data;\r
  51       while ( (data = out.readLine()) != null)\r
  52       {\r
  53         if (data.indexOf("</entry>") > -1)\r
  54           lastLine = out.getFilePointer();\r
  55 \r
  56       }\r
  57       out.seek(lastLine);\r
  58     }\r
  59 \r
  60     int seqIndex = 0;\r
  61     Vector sequences = align.getSequences();\r
  62 \r
  63     while (seqIndex < sequences.size())\r
  64     {\r
  65       ArrayList ids = new ArrayList();\r
  66       for (int i = 0; seqIndex < sequences.size() && i < 50; seqIndex++, i++)\r
  67       {\r
  68         SequenceI sequence = (SequenceI) sequences.get(seqIndex);\r
  69         ids.add(sequence.getName());\r
  70       }\r
  71 \r
  72       tryLocalCacheFirst(ids, align);\r
  73 \r
  74       if (ids.size() > 0)\r
  75       {\r
  76         StringBuffer remainingIds = new StringBuffer("uniprot:");\r
  77         for (int i = 0; i < ids.size(); i++)\r
  78           remainingIds.append(ids.get(i) + ";");\r
  79 \r
  80          EBIFetchClient ebi = new EBIFetchClient();\r
  81         String[] result = ebi.fetchData(remainingIds.toString(), "xml", null);\r
  82 \r
  83         if(result!=null)\r
  84           ReadUniprotFile(result, out, align);\r
  85       }\r
  86 \r
  87     }\r
  88 \r
  89     if (out != null)\r
  90     {\r
  91       out.writeBytes("</UNIPROT_CACHE>\n");\r
  92       out.close();\r
  93     }\r
  94   }catch(Exception ex){ex.printStackTrace();}\r
  95 \r
  96 \r
  97 }\r
  98 \r
  99 void ReadUniprotFile(String [] result, RandomAccessFile out, AlignmentI align)\r
 100 {\r
 101   SequenceI sequence = null;\r
 102   Vector features = null;\r
 103   String type, description, status, start, end, pdb = null;\r
 104 \r
 105 \r
 106   for (int r = 0; r < result.length; r++)\r
 107   {\r
 108     if(sequence==null && result[r].indexOf("<name>")>-1)\r
 109     {\r
 110       long filePointer = 0;\r
 111 \r
 112       if(out!=null)\r
 113       try{\r
 114         filePointer=out.getFilePointer();\r
 115         out.writeBytes("<entry>\n");\r
 116       }catch(Exception ex){}\r
 117 \r
 118       sequence = align.findName( parseElement( result[r], "<name>" , out)) ;\r
 119       if(sequence==null)\r
 120       {\r
 121         System.out.println("Couldnt find sequence id. Suggestion is "+result[r]);\r
 122 \r
 123         // this entry has been suggested by ebi.\r
 124         // doesn't match id in alignment file\r
 125         try   { out.setLength(filePointer);  }  catch (Exception ex) {}\r
 126         // now skip to next entry\r
 127         while( result[r].indexOf("</entry>")==-1)\r
 128           r++;\r
 129       }\r
 130 \r
 131       features = new Vector();\r
 132       type=""; start="0"; end="0"; description=""; status=""; pdb="";\r
 133 \r
 134     }\r
 135 \r
 136     if(sequence==null)\r
 137       continue;\r
 138 \r
 139      if( result[r].indexOf("<property type=\"pdb accession\"")>-1)\r
 140      {\r
 141        pdb = parseValue( result[r], "value=" , out);\r
 142        sequence.setPDBId(pdb);\r
 143      }\r
 144 \r
 145      if(result[r].indexOf("feature type")>-1)\r
 146      {\r
 147        type = parseValue( result[r], "type=" , out);\r
 148        description = parseValue( result[r], "description=" , null );\r
 149        status = parseValue ( result[r], "status=", null);\r
 150 \r
 151        while( result[r].indexOf("position")==-1)\r
 152        {\r
 153            r++;  //<location>\r
 154        }\r
 155       // r++;\r
 156        if(result[r].indexOf("begin")>-1)\r
 157        {\r
 158          start = parseValue( result[r], "position=" , out);\r
 159          end = parseValue( result[++r], "position=" , out);\r
 160        }\r
 161        else\r
 162        {\r
 163          start = parseValue( result[r], "position=" , out);\r
 164          end = parseValue(   result[r], "position=" , null);\r
 165        }\r
 166        int sstart = Integer.parseInt(start);\r
 167        int eend = Integer.parseInt(end);\r
 168        if(out!=null)\r
 169          try{ out.writeBytes("</feature>\n"); }catch(Exception ex){}\r
 170 \r
 171 \r
 172        if(sstart>=sequence.getStart() && eend<=sequence.getEnd())\r
 173        {\r
 174          SequenceFeature sf = new SequenceFeature(type,\r
 175              sstart,\r
 176              eend,\r
 177              description,\r
 178              status);\r
 179          features.add(sf);\r
 180        }\r
 181      }\r
 182 \r
 183      if(result[r].indexOf("</entry>")>-1)\r
 184      {\r
 185        if(features!=null)\r
 186          sequence.setSequenceFeatures( features );\r
 187        features = null;\r
 188        sequence = null;\r
 189        if(out!=null)\r
 190          try{  out.writeBytes("</entry>\n"); }catch(Exception ex){}\r
 191 \r
 192      }\r
 193   }\r
 194 \r
 195   ap.RefreshPanels();\r
 196 \r
 197 }\r
 198 \r
 199 void tryLocalCacheFirst(ArrayList ids, AlignmentI align)\r
 200 {\r
 201   ArrayList cacheData = new ArrayList();\r
 202   try{\r
 203     BufferedReader in = new BufferedReader(\r
 204           new FileReader(jalview.bin.Cache.getProperty("UNIPROT_CACHE")));\r
 205 \r
 206     // read through cache file, if the cache has sequences we're looking for\r
 207     // add the lines to a new String array, Readthis new array and\r
 208     // make sure we remove the ids from the list to retrieve from EBI\r
 209     String data;\r
 210     while( ( data=in.readLine())!=null)\r
 211     {\r
 212       if(data.indexOf("name")>-1)\r
 213       {\r
 214         String name = parseElement( data, "<name>" , null) ;\r
 215         if(ids.contains( name ) )\r
 216         {\r
 217           cacheData.add("<entry>");\r
 218           cacheData.add(data);\r
 219           while( data.indexOf("</entry>")==-1)\r
 220           {\r
 221             data = in.readLine();\r
 222             cacheData.add(data);\r
 223           }\r
 224           cacheData.add(data);\r
 225 \r
 226           ids.remove( name );\r
 227         }\r
 228       }\r
 229     }\r
 230   }\r
 231   catch(Exception ex){ex.printStackTrace();}\r
 232 \r
 233   String [] localData = new String[cacheData.size()];\r
 234   cacheData.toArray( localData );\r
 235   if(localData!=null && localData.length>0)\r
 236     ReadUniprotFile(localData, null, align);\r
 237 }\r
 238 \r
 239 \r
 240 String parseValue(String line, String tag, RandomAccessFile out)\r
 241 {\r
 242   if(out!=null)\r
 243     try{  out.writeBytes(line+"\n"); }catch(Exception ex){}\r
 244 \r
 245 \r
 246   int index = line.indexOf(tag)+tag.length()+1;\r
 247   if(index==tag.length())\r
 248     return "";\r
 249 \r
 250   return line.substring( index, line.indexOf("\"", index+1) );\r
 251 }\r
 252 \r
 253 \r
 254 String parseElement(String line, String tag, RandomAccessFile out)\r
 255 {\r
 256   if (out != null)\r
 257     try\r
 258     {\r
 259       out.writeBytes(line + "\n");\r
 260     }\r
 261     catch (Exception ex)\r
 262     {}\r
 263 \r
 264   int index = line.indexOf(tag) + tag.length();\r
 265   return line.substring(index, line.indexOf("</"));\r
 266 }\r
 267 \r
 268 \r
 269 }\r