src/jalview/analysis/SequenceFeatureFetcher.java

   1 package jalview.analysis;\r
   2 \r
   3 import java.io.*;\r
   4 import java.util.*;\r
   5 import jalview.io.*;\r
   6 import jalview.gui.*;\r
   7 import jalview.datamodel.*;\r
   8 \r
   9 public class SequenceFeatureFetcher implements Runnable\r
  10 {\r
  11   AlignmentI align;\r
  12   AlignmentPanel ap;\r
  13 \r
  14   public SequenceFeatureFetcher(AlignmentI align, AlignmentPanel ap)\r
  15   {\r
  16     this.align = align;\r
  17     this.ap = ap;\r
  18     Thread thread = new Thread(this);\r
  19     thread.start();\r
  20   }\r
  21 \r
  22   public void run()\r
  23 {\r
  24 \r
  25   String cache = jalview.bin.Cache.getProperty("UNIPROT_CACHE");\r
  26 \r
  27   RandomAccessFile out = null;\r
  28 \r
  29   try{\r
  30     if (cache == null)\r
  31     {\r
  32       jalview.bin.Cache.setProperty("UNIPROT_CACHE", System.getProperty("user.home/uniprot.xml"));\r
  33     }\r
  34 \r
  35 \r
  36 \r
  37     File test = new File(cache);\r
  38     if( !test.exists() )\r
  39     {\r
  40       out = new RandomAccessFile(cache, "rw");\r
  41       out.writeBytes("<?xml version=\"1.0\" encoding=\"UTF-8\"?>\n");\r
  42       out.writeBytes("<UNIPROT_CACHE>\n");\r
  43     }\r
  44     else\r
  45     {\r
  46       out = new RandomAccessFile(cache, "rw");\r
  47       // open exisiting cache and remove </UNIPROT_CACHE> from the end\r
  48       long lastLine = 0;\r
  49       String data;\r
  50       while ( (data = out.readLine()) != null)\r
  51       {\r
  52         if (data.indexOf("</entry>") > -1)\r
  53           lastLine = out.getFilePointer();\r
  54 \r
  55       }\r
  56       out.seek(lastLine);\r
  57     }\r
  58 \r
  59     int seqIndex = 0;\r
  60     Vector sequences = align.getSequences();\r
  61 \r
  62     while (seqIndex < sequences.size())\r
  63     {\r
  64       ArrayList ids = new ArrayList();\r
  65       for (int i = 0; seqIndex < sequences.size() && i < 50; seqIndex++, i++)\r
  66       {\r
  67         SequenceI sequence = (SequenceI) sequences.get(seqIndex);\r
  68         ids.add(sequence.getName());\r
  69       }\r
  70 \r
  71       tryLocalCacheFirst(ids, align);\r
  72 \r
  73       if (ids.size() > 0)\r
  74       {\r
  75         StringBuffer remainingIds = new StringBuffer("uniprot:");\r
  76         for (int i = 0; i < ids.size(); i++)\r
  77           remainingIds.append(ids.get(i) + ";");\r
  78 \r
  79          EBIFetchClient ebi = new EBIFetchClient();\r
  80         String[] result = ebi.fetchData(remainingIds.toString(), "xml", null);\r
  81 \r
  82         if(result!=null)\r
  83           ReadUniprotFile(result, out, align);\r
  84       }\r
  85 \r
  86     }\r
  87 \r
  88     if (out != null)\r
  89     {\r
  90       out.writeBytes("</UNIPROT_CACHE>\n");\r
  91       out.close();\r
  92     }\r
  93   }catch(Exception ex){ex.printStackTrace();}\r
  94 \r
  95 \r
  96 }\r
  97 \r
  98 void ReadUniprotFile(String [] result, RandomAccessFile out, AlignmentI align)\r
  99 {\r
 100   SequenceI sequence = null;\r
 101   Vector features = null;\r
 102   String type, description, status, start, end, pdb = null;\r
 103 \r
 104 \r
 105   for (int r = 0; r < result.length; r++)\r
 106   {\r
 107     if(sequence==null && result[r].indexOf("<name>")>-1)\r
 108     {\r
 109       long filePointer = 0;\r
 110 \r
 111       if(out!=null)\r
 112       try{\r
 113         filePointer=out.getFilePointer();\r
 114         out.writeBytes("<entry>\n");\r
 115       }catch(Exception ex){}\r
 116 \r
 117       sequence = align.findName( parseElement( result[r], "<name>" , out)) ;\r
 118       if(sequence==null)\r
 119       {\r
 120         System.out.println("Couldnt find sequence id. Suggestion is "+result[r]);\r
 121 \r
 122         // this entry has been suggested by ebi.\r
 123         // doesn't match id in alignment file\r
 124         try   { out.setLength(filePointer);  }  catch (Exception ex) {}\r
 125         // now skip to next entry\r
 126         while( result[r].indexOf("</entry>")==-1)\r
 127           r++;\r
 128       }\r
 129 \r
 130       features = new Vector();\r
 131       type=""; start="0"; end="0"; description=""; status=""; pdb="";\r
 132 \r
 133     }\r
 134 \r
 135     if(sequence==null)\r
 136       continue;\r
 137 \r
 138      if( result[r].indexOf("<property type=\"pdb accession\"")>-1)\r
 139      {\r
 140        pdb = parseValue( result[r], "value=" , out);\r
 141        sequence.setPDBId(pdb);\r
 142      }\r
 143 \r
 144      if(result[r].indexOf("feature type")>-1)\r
 145      {\r
 146        type = parseValue( result[r], "type=" , out);\r
 147        description = parseValue( result[r], "description=" , null );\r
 148        status = parseValue ( result[r], "status=", null);\r
 149 \r
 150        while( result[r].indexOf("position")==-1)\r
 151        {\r
 152            r++;  //<location>\r
 153        }\r
 154       // r++;\r
 155        if(result[r].indexOf("begin")>-1)\r
 156        {\r
 157          start = parseValue( result[r], "position=" , out);\r
 158          end = parseValue( result[++r], "position=" , out);\r
 159        }\r
 160        else\r
 161        {\r
 162          start = parseValue( result[r], "position=" , out);\r
 163          end = parseValue(   result[r], "position=" , null);\r
 164        }\r
 165        int sstart = Integer.parseInt(start);\r
 166        int eend = Integer.parseInt(end);\r
 167        if(out!=null)\r
 168          try{ out.writeBytes("</feature>\n"); }catch(Exception ex){}\r
 169 \r
 170 \r
 171        if(sstart>=sequence.getStart() && eend<=sequence.getEnd())\r
 172        {\r
 173          SequenceFeature sf = new SequenceFeature(type,\r
 174              sstart,\r
 175              eend,\r
 176              description,\r
 177              status);\r
 178          features.add(sf);\r
 179        }\r
 180      }\r
 181 \r
 182      if(result[r].indexOf("</entry>")>-1)\r
 183      {\r
 184        if(features!=null)\r
 185          sequence.setSequenceFeatures( features );\r
 186        features = null;\r
 187        sequence = null;\r
 188        if(out!=null)\r
 189          try{  out.writeBytes("</entry>\n"); }catch(Exception ex){}\r
 190 \r
 191      }\r
 192   }\r
 193 \r
 194   ap.RefreshPanels();\r
 195 \r
 196 }\r
 197 \r
 198 void tryLocalCacheFirst(ArrayList ids, AlignmentI align)\r
 199 {\r
 200   ArrayList cacheData = new ArrayList();\r
 201   try{\r
 202     BufferedReader in = new BufferedReader(\r
 203           new FileReader(jalview.bin.Cache.getProperty("UNIPROT_CACHE")));\r
 204 \r
 205     // read through cache file, if the cache has sequences we're looking for\r
 206     // add the lines to a new String array, Readthis new array and\r
 207     // make sure we remove the ids from the list to retrieve from EBI\r
 208     String data;\r
 209     while( ( data=in.readLine())!=null)\r
 210     {\r
 211       if(data.indexOf("name")>-1)\r
 212       {\r
 213         String name = parseElement( data, "<name>" , null) ;\r
 214         if(ids.contains( name ) )\r
 215         {\r
 216           cacheData.add("<entry>");\r
 217           cacheData.add(data);\r
 218           while( data.indexOf("</entry>")==-1)\r
 219           {\r
 220             data = in.readLine();\r
 221             cacheData.add(data);\r
 222           }\r
 223           cacheData.add(data);\r
 224 \r
 225           ids.remove( name );\r
 226         }\r
 227       }\r
 228     }\r
 229   }\r
 230   catch(Exception ex){ex.printStackTrace();}\r
 231 \r
 232   String [] localData = new String[cacheData.size()];\r
 233   cacheData.toArray( localData );\r
 234   if(localData!=null && localData.length>0)\r
 235     ReadUniprotFile(localData, null, align);\r
 236 }\r
 237 \r
 238 \r
 239 String parseValue(String line, String tag, RandomAccessFile out)\r
 240 {\r
 241   if(out!=null)\r
 242     try{  out.writeBytes(line+"\n"); }catch(Exception ex){}\r
 243 \r
 244 \r
 245   int index = line.indexOf(tag)+tag.length()+1;\r
 246   if(index==tag.length())\r
 247     return "";\r
 248 \r
 249   return line.substring( index, line.indexOf("\"", index+1) );\r
 250 }\r
 251 \r
 252 \r
 253 String parseElement(String line, String tag, RandomAccessFile out)\r
 254 {\r
 255   if (out != null)\r
 256     try\r
 257     {\r
 258       out.writeBytes(line + "\n");\r
 259     }\r
 260     catch (Exception ex)\r
 261     {}\r
 262 \r
 263   int index = line.indexOf(tag) + tag.length();\r
 264   return line.substring(index, line.indexOf("</"));\r
 265 }\r
 266 \r
 267 \r
 268 }\r