src/jalview/analysis/scoremodels/DistanceScoreModel.java

   1 package jalview.analysis.scoremodels;
   2
   3 import jalview.api.analysis.ScoreModelI;
   4 import jalview.api.analysis.SimilarityParamsI;
   5 import jalview.datamodel.AlignmentView;
   6 import jalview.math.MatrixI;
   7
   8 public abstract class DistanceScoreModel implements ScoreModelI
   9 {
  10   /**
  11    * A similarity score is calculated by first computing a distance score, and
  12    * then reversing the min-max range of the score values
  13    */
  14   @Override
  15   public MatrixI findSimilarities(AlignmentView seqData,
  16           SimilarityParamsI options)
  17   {
  18     MatrixI distances = findDistances(seqData, options);
  19
  20     MatrixI similarities = distanceToSimilarity(distances);
  21
  22     return similarities;
  23   }
  24
  25   /**
  26    * Converts distance scores to similarity scores, by reversing the range of
  27    * score values so that max becomes min and vice versa. The input matrix is
  28    * not modified.
  29    *
  30    * @param distances
  31    */
  32   public static MatrixI distanceToSimilarity(MatrixI distances)
  33   {
  34     MatrixI similarities = distances.copy();
  35
  36     similarities.reverseRange(false);
  37
  38     return similarities;
  39   }
  40 }