src/jalview/analysis/scoremodels/FeatureScoreModel.java

   1 package jalview.analysis.scoremodels;
   2
   3 import jalview.api.analysis.ScoreModelI;
   4 import jalview.api.analysis.ViewBasedAnalysisI;
   5 import jalview.datamodel.AlignmentView;
   6 import jalview.datamodel.SequenceFeature;
   7 import jalview.datamodel.SequenceI;
   8 import jalview.util.Comparison;
   9
  10 import java.util.ArrayList;
  11 import java.util.Arrays;
  12 import java.util.Hashtable;
  13 import java.util.List;
  14
  15 public class FeatureScoreModel implements ScoreModelI, ViewBasedAnalysisI
  16 {
  17   jalview.api.FeatureRenderer fr;
  18
  19   @Override
  20   public boolean configureFromAlignmentView(
  21           jalview.api.AlignmentViewPanel view)
  22   {
  23     fr = view.cloneFeatureRenderer();
  24     return true;
  25   }
  26
  27   @Override
  28   public float[][] findDistances(AlignmentView seqData)
  29   {
  30
  31     SequenceI[] sequenceString = seqData.getVisibleAlignment(
  32             Comparison.GapChars.charAt(0)).getSequencesArray();
  33     int noseqs = sequenceString.length;
  34     int cpwidth = seqData.getWidth();
  35     float[][] distance = new float[noseqs][noseqs];
  36     float max = 0;
  37     for (int cpos = 0; cpos < cpwidth; cpos++)
  38     {
  39       // get visible features at cpos under view's display settings and compare
  40       // them
  41       for (int i = 0; i < (noseqs - 1); i++)
  42       {
  43         List<SequenceFeature> sf = fr.findFeaturesAtRes(sequenceString[i],
  44                 cpos);
  45         for (int j = i + 1; j < noseqs; j++)
  46         {
  47           List<SequenceFeature> jsf = fr.findFeaturesAtRes(
  48                   sequenceString[i], cpos);
  49           // compare the two lists of features...
  50
  51           if (max < distance[i][j])
  52           {
  53             max = distance[i][j];
  54           }
  55         }
  56       }
  57     }
  58
  59     for (int i = 0; i < (noseqs - 1); i++)
  60     {
  61       for (int j = i; j < noseqs; j++)
  62       {
  63         distance[i][j] = max - distance[i][j];
  64         distance[j][i] = distance[i][j];
  65       }
  66     }
  67
  68     return distance;
  69   }
  70
  71   @Override
  72   public String getName()
  73   {
  74     return "Smith Waterman Score";
  75   }
  76
  77   @Override
  78   public boolean isDNA()
  79   {
  80     return true;
  81   }
  82
  83   @Override
  84   public boolean isProtein()
  85   {
  86     return true;
  87   }
  88
  89   public String toString()
  90   {
  91     return "Score between two sequences aligned with Smith Waterman with default Peptide/Nucleotide matrix";
  92   }
  93 }