src/jalview/analysis/scoremodels/PairwiseSeqScoreModel.java

   1 package jalview.analysis.scoremodels;
   2
   3 import jalview.api.analysis.ScoreModelI;
   4 import jalview.datamodel.AlignmentView;
   5 import jalview.schemes.ScoreMatrix;
   6 import jalview.util.Comparison;
   7
   8 public abstract class PairwiseSeqScoreModel implements ScoreModelI
   9 {
  10   abstract public int getPairwiseScore(char c, char d);
  11
  12   public float[][] findDistances(AlignmentView seqData)
  13   {
  14     String[] sequenceString = seqData
  15             .getSequenceStrings(Comparison.GapChars.charAt(0));
  16     int noseqs = sequenceString.length;
  17     float[][] distance = new float[noseqs][noseqs];
  18
  19     int maxscore = 0;
  20     int end = sequenceString[0].length();
  21     for (int i = 0; i < (noseqs - 1); i++)
  22     {
  23       for (int j = i; j < noseqs; j++)
  24       {
  25         int score = 0;
  26
  27         for (int k = 0; k < end; k++)
  28         {
  29           try
  30           {
  31             score += getPairwiseScore(sequenceString[i].charAt(k),
  32                     sequenceString[j].charAt(k));
  33           } catch (Exception ex)
  34           {
  35             System.err.println("err creating " + getName() + " tree");
  36             ex.printStackTrace();
  37           }
  38         }
  39
  40         distance[i][j] = (float) score;
  41
  42         if (score > maxscore)
  43         {
  44           maxscore = score;
  45         }
  46       }
  47     }
  48
  49     for (int i = 0; i < (noseqs - 1); i++)
  50     {
  51       for (int j = i; j < noseqs; j++)
  52       {
  53         distance[i][j] = (float) maxscore - distance[i][j];
  54         distance[j][i] = distance[i][j];
  55       }
  56     }
  57     return distance;
  58   }
  59
  60   abstract public int[][] getMatrix();
  61 }