src/jalview/analysis/scoremodels/SWDistanceModel.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.analysis.scoremodels;
  22
  23 import jalview.analysis.AlignSeq;
  24 import jalview.api.analysis.DistanceScoreModelI;
  25 import jalview.datamodel.AlignmentView;
  26 import jalview.datamodel.SequenceI;
  27 import jalview.math.Matrix;
  28 import jalview.math.MatrixI;
  29 import jalview.util.Comparison;
  30
  31 public class SWDistanceModel implements DistanceScoreModelI
  32 {
  33
  34   @Override
  35   public MatrixI findDistances(AlignmentView seqData)
  36   {
  37     SequenceI[] sequenceString = seqData.getVisibleAlignment(
  38             Comparison.GAP_SPACE).getSequencesArray();
  39     int noseqs = sequenceString.length;
  40     double[][] distances = new double[noseqs][noseqs];
  41
  42     double max = -1;
  43
  44     for (int i = 0; i < (noseqs - 1); i++)
  45     {
  46       for (int j = i; j < noseqs; j++)
  47       {
  48         AlignSeq as = new AlignSeq(sequenceString[i], sequenceString[j],
  49                 seqData.isNa() ? "dna" : "pep");
  50         as.calcScoreMatrix();
  51         as.traceAlignment();
  52         as.printAlignment(System.out);
  53         distances[i][j] = as.maxscore;
  54
  55         if (max < distances[i][j])
  56         {
  57           max = distances[i][j];
  58         }
  59       }
  60     }
  61
  62     for (int i = 0; i < (noseqs - 1); i++)
  63     {
  64       for (int j = i; j < noseqs; j++)
  65       {
  66         distances[i][j] = max - distances[i][j];
  67         distances[j][i] = distances[i][j];
  68       }
  69     }
  70
  71     return new Matrix(distances);
  72   }
  73
  74   @Override
  75   public String getName()
  76   {
  77     return "Smith Waterman Score";
  78   }
  79
  80   @Override
  81   public boolean isDNA()
  82   {
  83     return true;
  84   }
  85
  86   @Override
  87   public boolean isProtein()
  88   {
  89     return true;
  90   }
  91
  92   @Override
  93   public String toString()
  94   {
  95     return "Score between two sequences aligned with Smith Waterman with default Peptide/Nucleotide matrix";
  96   }
  97 }