src/jalview/analysis/scoremodels/SWScoreModel.java

   1 package jalview.analysis.scoremodels;
   2
   3 import jalview.analysis.AlignSeq;
   4 import jalview.api.analysis.ScoreModelI;
   5 import jalview.datamodel.AlignmentView;
   6 import jalview.datamodel.SequenceI;
   7 import jalview.util.Comparison;
   8
   9 public class SWScoreModel implements ScoreModelI
  10 {
  11
  12   @Override
  13   public float[][] findDistances(AlignmentView seqData)
  14   {
  15     SequenceI[] sequenceString = seqData
  16             .getVisibleAlignment(Comparison.GapChars.charAt(0)).getSequencesArray();
  17     int noseqs = sequenceString.length;
  18     float[][] distance = new float[noseqs][noseqs];
  19
  20      float max = -1;
  21
  22       for (int i = 0; i < (noseqs - 1); i++) { for (int j = i; j < noseqs; j++)
  23       { AlignSeq as = new AlignSeq(sequenceString[i], sequenceString[j], seqData.isNa() ? "dna" : "pep");
  24       as.calcScoreMatrix(); as.traceAlignment(); as.printAlignment(System.out);
  25       distance[i][j] = (float) as.maxscore;
  26
  27       if (max < distance[i][j]) { max = distance[i][j]; } } }
  28
  29       for (int i = 0; i < (noseqs - 1); i++) { for (int j = i; j < noseqs; j++)
  30       { distance[i][j] = max - distance[i][j]; distance[j][i] = distance[i][j];
  31       } }
  32
  33     return distance;
  34   }
  35
  36   @Override
  37   public String getName()
  38   {
  39     return "Smith Waterman Score";
  40   }
  41   @Override
  42   public boolean isDNA()
  43   {
  44     return true;
  45   }
  46   @Override
  47   public boolean isProtein()
  48   {
  49     return true;
  50   }
  51   public String toString() {
  52     return "Score between two sequences aligned with Smith Waterman with default Peptide/Nucleotide matrix";
  53   }
  54 }