src/jalview/analysis/scoremodels/SmithWatermanModel.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
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   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.analysis.scoremodels;
  22
  23 import jalview.analysis.AlignSeq;
  24 import jalview.api.analysis.SimilarityParamsI;
  25 import jalview.api.analysis.SimilarityScoreModelI;
  26 import jalview.datamodel.AlignmentView;
  27 import jalview.datamodel.SequenceI;
  28 import jalview.math.Matrix;
  29 import jalview.math.MatrixI;
  30 import jalview.util.Comparison;
  31
  32 /**
  33  * A class that computes pairwise similarity scores using the Smith-Waterman
  34  * alignment algorithm
  35  */
  36 public class SmithWatermanModel implements SimilarityScoreModelI
  37 {
  38   private static final String NAME = "Smith Waterman Score";
  39
  40   private String description;
  41
  42   /**
  43    * Constructor
  44    */
  45   public SmithWatermanModel()
  46   {
  47   }
  48
  49   @Override
  50   public MatrixI findSimilarities(AlignmentView seqData,
  51           SimilarityParamsI options)
  52   {
  53     SequenceI[] sequenceString = seqData.getVisibleAlignment(
  54             Comparison.GAP_SPACE).getSequencesArray();
  55     int noseqs = sequenceString.length;
  56     double[][] distances = new double[noseqs][noseqs];
  57
  58     double max = -1;
  59
  60     for (int i = 0; i < (noseqs - 1); i++)
  61     {
  62       for (int j = i; j < noseqs; j++)
  63       {
  64         AlignSeq as = new AlignSeq(sequenceString[i], sequenceString[j],
  65                 seqData.isNa() ? "dna" : "pep");
  66         as.calcScoreMatrix();
  67         as.traceAlignment();
  68         as.printAlignment(System.out);
  69         distances[i][j] = as.maxscore;
  70
  71         if (max < distances[i][j])
  72         {
  73           max = distances[i][j];
  74         }
  75       }
  76     }
  77
  78     return new Matrix(distances);
  79   }
  80
  81   @Override
  82   public String getName()
  83   {
  84     return NAME;
  85   }
  86
  87   @Override
  88   public boolean isDNA()
  89   {
  90     return true;
  91   }
  92
  93   @Override
  94   public boolean isProtein()
  95   {
  96     return true;
  97   }
  98
  99   @Override
 100   public String getDescription()
 101   {
 102     return description;
 103   }
 104 }