src/jalview/analysis/scoremodels/SmithWatermanModel.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
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   6  *
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  11  *
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  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.analysis.scoremodels;
  22
  23 import jalview.analysis.AlignSeq;
  24 import jalview.api.AlignmentViewPanel;
  25 import jalview.api.analysis.ScoreModelI;
  26 import jalview.api.analysis.SimilarityParamsI;
  27 import jalview.datamodel.AlignmentView;
  28 import jalview.datamodel.SequenceI;
  29 import jalview.math.Matrix;
  30 import jalview.math.MatrixI;
  31 import jalview.util.Comparison;
  32
  33 /**
  34  * A class that computes pairwise similarity scores using the Smith-Waterman
  35  * alignment algorithm
  36  */
  37 public class SmithWatermanModel extends SimilarityScoreModel
  38 {
  39   private static final String NAME = "Smith Waterman Score";
  40
  41   private String description;
  42
  43   /**
  44    * Constructor
  45    */
  46   public SmithWatermanModel()
  47   {
  48   }
  49
  50   @Override
  51   public MatrixI findSimilarities(AlignmentView seqData,
  52           SimilarityParamsI options)
  53   {
  54     SequenceI[] sequenceString = seqData
  55             .getVisibleAlignment(Comparison.GAP_SPACE).getSequencesArray();
  56     int noseqs = sequenceString.length;
  57     double[][] distances = new double[noseqs][noseqs];
  58
  59     double max = -1;
  60
  61     for (int i = 0; i < (noseqs - 1); i++)
  62     {
  63       for (int j = i; j < noseqs; j++)
  64       {
  65         AlignSeq as = new AlignSeq(sequenceString[i], sequenceString[j],
  66                 seqData.isNa() ? "dna" : "pep");
  67         as.calcScoreMatrix();
  68         as.traceAlignment();
  69         as.printAlignment(System.out);
  70         distances[i][j] = as.maxscore;
  71
  72         if (max < distances[i][j])
  73         {
  74           max = distances[i][j];
  75         }
  76       }
  77     }
  78
  79     return new Matrix(distances);
  80   }
  81
  82   @Override
  83   public String getName()
  84   {
  85     return NAME;
  86   }
  87
  88   @Override
  89   public boolean isDNA()
  90   {
  91     return true;
  92   }
  93
  94   @Override
  95   public boolean isProtein()
  96   {
  97     return true;
  98   }
  99
 100   @Override
 101   public String getDescription()
 102   {
 103     return description;
 104   }
 105
 106   @Override
 107   public ScoreModelI getInstance(AlignmentViewPanel avp)
 108   {
 109     return this;
 110   }
 111 }