src/jalview/api/AlignCalcWorkerI.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.api;
  22
  23 import jalview.datamodel.AlignmentAnnotation;
  24
  25 /**
  26  * Interface describing a worker that calculates alignment annotation(s). The
  27  * main (re-)calculation should be performed by the inherited run() method.
  28  */
  29 public interface AlignCalcWorkerI extends Runnable
  30 {
  31   /**
  32    * Answers true if this worker updates the given annotation (regardless of its
  33    * current state)
  34    *
  35    * @param annot
  36    * @return
  37    */
  38   public boolean involves(AlignmentAnnotation annot);
  39
  40   /**
  41    * Updates the display of calculated annotation values (does not recalculate
  42    * the values). This allows for quick redraw of annotations when display
  43    * settings are changed.
  44    */
  45   public void updateAnnotation();
  46
  47   /**
  48    * Removes any annotation managed by this worker from the alignment
  49    */
  50   void removeAnnotation();
  51 }