JAL-2416 order score models by order of addition rather than name
[jalview.git] / src / jalview / api / AlignViewControllerI.java
1 /*
2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
4  * 
5  * This file is part of Jalview.
6  * 
7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
8  * modify it under the terms of the GNU General Public License 
9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
10  * of the License, or (at your option) any later version.
11  *  
12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
16  * 
17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
20  */
21 package jalview.api;
22
23 import jalview.io.DataSourceType;
24
25 import java.util.List;
26
27 /**
28  * prototype abstract controller for a Jalview alignment view
29  * 
30  * @author jimp
31  * 
32  *         All operations should return true if the view has changed as a result
33  *         of the operation
34  * 
35  *         The controller holds methods that operate on an alignment view,
36  *         modifying its state in some way that may result in side effects
37  *         reflected in an associated GUI
38  * 
39  */
40 public interface AlignViewControllerI
41 {
42
43   public boolean makeGroupsFromSelection();
44
45   public boolean createGroup();
46
47   public boolean unGroup();
48
49   public boolean deleteGroups();
50
51   public void setViewportAndAlignmentPanel(AlignViewportI viewport,
52           AlignmentViewPanel alignPanel);
53
54   /**
55    * Mark columns in the current column selection according to positions of
56    * sequence features
57    * 
58    * @param invert
59    *          - when set, mark all but columns containing given type
60    * @param extendCurrent
61    *          - when set, do not clear existing column selection
62    * @param toggle
63    *          - rather than explicitly set, toggle selection state
64    * @param featureType
65    *          - feature type string
66    * @return true if operation affected state
67    */
68   boolean markColumnsContainingFeatures(boolean invert,
69           boolean extendCurrent, boolean toggle, String featureType);
70
71   /**
72    * sort the alignment or current selection by average score over the given set
73    * of features
74    * 
75    * @param typ
76    *          list of feature names or null to use currently displayed features
77    */
78   void sortAlignmentByFeatureScore(List<String> typ);
79
80   /**
81    * sort the alignment or current selection by distribution of the given set of
82    * features
83    * 
84    * @param typ
85    *          list of feature names or null to use currently displayed features
86    */
87   void sortAlignmentByFeatureDensity(List<String> typ);
88
89   /**
90    * add a features file of some kind to the current view
91    * 
92    * @param file
93    * @param sourceType
94    * @param relaxedIdMatching
95    *          if true, try harder to match up IDs with local sequence data
96    * @return true if parsing resulted in something being imported to the view or
97    *         dataset
98    */
99   public boolean parseFeaturesFile(String file, DataSourceType sourceType,
100           boolean relaxedIdMatching);
101
102   /**
103    * mark columns containing highlighted regions (e.g. from search, structure
104    * highlight, or a mouse over event in another viewer)
105    * 
106    * @param invert
107    * @param extendCurrent
108    * @param toggle
109    * @return
110    */
111   boolean markHighlightedColumns(boolean invert, boolean extendCurrent,
112           boolean toggle);
113
114 }