src/jalview/api/AlignViewportI.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.api;
  22
  23 import jalview.analysis.Conservation;
  24 import jalview.datamodel.AlignmentAnnotation;
  25 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  26 import jalview.datamodel.AlignmentView;
  27 import jalview.datamodel.CigarArray;
  28 import jalview.datamodel.ColumnSelection;
  29 import jalview.datamodel.ProfilesI;
  30 import jalview.datamodel.SearchResultsI;
  31 import jalview.datamodel.SequenceCollectionI;
  32 import jalview.datamodel.SequenceGroup;
  33 import jalview.datamodel.SequenceI;
  34 import jalview.renderer.ResidueShaderI;
  35 import jalview.schemes.ColourSchemeI;
  36
  37 import java.awt.Color;
  38 import java.util.Hashtable;
  39 import java.util.List;
  40 import java.util.Map;
  41
  42 /**
  43  * @author jimp
  44  *
  45  */
  46 public interface AlignViewportI extends ViewStyleI
  47 {
  48
  49   int getEndRes();
  50
  51   /**
  52    * calculate the height for visible annotation, revalidating bounds where
  53    * necessary ABSTRACT GUI METHOD
  54    *
  55    * @return total height of annotation
  56    */
  57   public int calcPanelHeight();
  58
  59   /**
  60    * Answers true if the viewport has at least one column selected
  61    *
  62    * @return
  63    */
  64   boolean hasSelectedColumns();
  65
  66   /**
  67    * Answers true if the viewport has at least one hidden column
  68    *
  69    * @return
  70    */
  71   boolean hasHiddenColumns();
  72
  73   boolean isValidCharWidth();
  74
  75   boolean isShowConsensusHistogram();
  76
  77   boolean isShowSequenceLogo();
  78
  79   boolean isNormaliseSequenceLogo();
  80
  81   ColourSchemeI getGlobalColourScheme();
  82
  83   /**
  84    * Returns an object that describes colouring (including any thresholding or
  85    * fading) of the alignment
  86    *
  87    * @return
  88    */
  89   ResidueShaderI getResidueShading();
  90
  91   AlignmentI getAlignment();
  92
  93   ColumnSelection getColumnSelection();
  94
  95   ProfilesI getSequenceConsensusHash();
  96
  97   /**
  98    * Get consensus data table for the cDNA complement of this alignment (if any)
  99    *
 100    * @return
 101    */
 102   Hashtable[] getComplementConsensusHash();
 103
 104   Hashtable[] getRnaStructureConsensusHash();
 105
 106   boolean isIgnoreGapsConsensus();
 107
 108   boolean isCalculationInProgress(AlignmentAnnotation alignmentAnnotation);
 109
 110   AlignmentAnnotation getAlignmentQualityAnnot();
 111
 112   AlignmentAnnotation getAlignmentConservationAnnotation();
 113
 114   /**
 115    * get the container for alignment consensus annotation
 116    *
 117    * @return
 118    */
 119   AlignmentAnnotation getAlignmentConsensusAnnotation();
 120
 121   /**
 122    * get the container for cDNA complement consensus annotation
 123    *
 124    * @return
 125    */
 126   AlignmentAnnotation getComplementConsensusAnnotation();
 127
 128   /**
 129    * Test to see if viewport is still open and active
 130    *
 131    * @return true indicates that all references to viewport should be dropped
 132    */
 133   boolean isClosed();
 134
 135   /**
 136    * Dispose of all references or resources held by the viewport
 137    */
 138   void dispose();
 139
 140   /**
 141    * get the associated calculation thread manager for the view
 142    *
 143    * @return
 144    */
 145   AlignCalcManagerI getCalcManager();
 146
 147   /**
 148    * get the percentage gaps allowed in a conservation calculation
 149    *
 150    */
 151   public int getConsPercGaps();
 152
 153   /**
 154    * set the consensus result object for the viewport
 155    *
 156    * @param hconsensus
 157    */
 158   void setSequenceConsensusHash(ProfilesI hconsensus);
 159
 160   /**
 161    * Set the cDNA complement consensus for the viewport
 162    *
 163    * @param hconsensus
 164    */
 165   void setComplementConsensusHash(Hashtable[] hconsensus);
 166
 167   /**
 168    *
 169    * @return the alignment annotation row for the structure consensus
 170    *         calculation
 171    */
 172   AlignmentAnnotation getAlignmentStrucConsensusAnnotation();
 173
 174   /**
 175    * set the Rna structure consensus result object for the viewport
 176    *
 177    * @param hStrucConsensus
 178    */
 179   void setRnaStructureConsensusHash(Hashtable[] hStrucConsensus);
 180
 181   /**
 182    * Sets the colour scheme for the background alignment (as distinct from
 183    * sub-groups, which may have their own colour schemes). A null value is used
 184    * for no residue colour (white).
 185    *
 186    * @param cs
 187    */
 188   void setGlobalColourScheme(ColourSchemeI cs);
 189
 190   Map<SequenceI, SequenceCollectionI> getHiddenRepSequences();
 191
 192   void setHiddenRepSequences(
 193           Map<SequenceI, SequenceCollectionI> hiddenRepSequences);
 194
 195   /**
 196    * hides or shows dynamic annotation rows based on groups and group and
 197    * alignment associated auto-annotation state flags apply the current
 198    * group/autoannotation settings to the alignment view. Usually you should
 199    * call the AlignmentViewPanel.adjustAnnotationHeight() method afterwards to
 200    * ensure the annotation panel bounds are set correctly.
 201    *
 202    * @param applyGlobalSettings
 203    *          - apply to all autoannotation rows or just the ones associated
 204    *          with the current visible region
 205    * @param preserveNewGroupSettings
 206    *          - don't apply global settings to groups which don't already have
 207    *          group associated annotation
 208    */
 209   void updateGroupAnnotationSettings(boolean applyGlobalSettings,
 210           boolean preserveNewGroupSettings);
 211
 212   void setSequenceColour(SequenceI seq, Color col);
 213
 214   Color getSequenceColour(SequenceI seq);
 215
 216   void updateSequenceIdColours();
 217
 218   SequenceGroup getSelectionGroup();
 219
 220   /**
 221    * get the currently selected sequence objects or all the sequences in the
 222    * alignment. TODO: change to List<>
 223    *
 224    * @return array of references to sequence objects
 225    */
 226   SequenceI[] getSequenceSelection();
 227
 228   void clearSequenceColours();
 229
 230   /**
 231    * This method returns the visible alignment as text, as seen on the GUI, ie
 232    * if columns are hidden they will not be returned in the result. Use this for
 233    * calculating trees, PCA, redundancy etc on views which contain hidden
 234    * columns.
 235    *
 236    * @return String[]
 237    */
 238   CigarArray getViewAsCigars(boolean selectedRegionOnly);
 239
 240   /**
 241    * return a compact representation of the current alignment selection to pass
 242    * to an analysis function
 243    *
 244    * @param selectedOnly
 245    *          boolean true to just return the selected view
 246    * @return AlignmentView
 247    */
 248   AlignmentView getAlignmentView(boolean selectedOnly);
 249
 250   /**
 251    * return a compact representation of the current alignment selection to pass
 252    * to an analysis function
 253    *
 254    * @param selectedOnly
 255    *          boolean true to just return the selected view
 256    * @param markGroups
 257    *          boolean true to annotate the alignment view with groups on the
 258    *          alignment (and intersecting with selected region if selectedOnly
 259    *          is true)
 260    * @return AlignmentView
 261    */
 262   AlignmentView getAlignmentView(boolean selectedOnly, boolean markGroups);
 263
 264   /**
 265    * This method returns the visible alignment as text, as seen on the GUI, ie
 266    * if columns are hidden they will not be returned in the result. Use this for
 267    * calculating trees, PCA, redundancy etc on views which contain hidden
 268    * columns. This method doesn't exclude hidden sequences from the output.
 269    *
 270    * @param selectedRegionOnly
 271    *          - determines if only the selected region or entire alignment is
 272    *          exported
 273    * @return String[]
 274    */
 275   String[] getViewAsString(boolean selectedRegionOnly);
 276
 277   /**
 278    * This method returns the visible alignment as text, as seen on the GUI, ie
 279    * if columns are hidden they will not be returned in the result. Use this for
 280    * calculating trees, PCA, redundancy etc on views which contain hidden
 281    * columns.
 282    *
 283    * @param selectedRegionOnly
 284    *          - determines if only the selected region or entire alignment is
 285    *          exported
 286    * @param isExportHiddenSeqs
 287    *          - determines if hidden sequences would be exported or not.
 288    *
 289    * @return String[]
 290    */
 291   String[] getViewAsString(boolean selectedRegionOnly,
 292           boolean isExportHiddenSeqs);
 293
 294   void setSelectionGroup(SequenceGroup sg);
 295
 296   char getGapCharacter();
 297
 298   void setColumnSelection(ColumnSelection cs);
 299
 300   void setConservation(Conservation cons);
 301
 302   /**
 303    * get a copy of the currently visible alignment annotation
 304    *
 305    * @param selectedOnly
 306    *          if true - trim to selected regions on the alignment
 307    * @return an empty list or new alignment annotation objects shown only
 308    *         visible columns trimmed to selected region only
 309    */
 310   List<AlignmentAnnotation> getVisibleAlignmentAnnotation(
 311           boolean selectedOnly);
 312
 313   FeaturesDisplayedI getFeaturesDisplayed();
 314
 315   String getSequenceSetId();
 316
 317   boolean areFeaturesDisplayed();
 318
 319   void setFeaturesDisplayed(FeaturesDisplayedI featuresDisplayedI);
 320
 321   void alignmentChanged(AlignmentViewPanel ap);
 322
 323   /**
 324    * @return the padGaps
 325    */
 326   boolean isPadGaps();
 327
 328   /**
 329    * @param padGaps
 330    *          the padGaps to set
 331    */
 332   void setPadGaps(boolean padGaps);
 333
 334   /**
 335    * return visible region boundaries within given column range
 336    *
 337    * @param min
 338    *          first column (inclusive, from 0)
 339    * @param max
 340    *          last column (exclusive)
 341    * @return int[][] range of {start,end} visible positions
 342    */
 343   List<int[]> getVisibleRegionBoundaries(int min, int max);
 344
 345   /**
 346    * This method returns an array of new SequenceI objects derived from the
 347    * whole alignment or just the current selection with start and end points
 348    * adjusted
 349    *
 350    * @note if you need references to the actual SequenceI objects in the
 351    *       alignment or currently selected then use getSequenceSelection()
 352    * @return selection as new sequenceI objects
 353    */
 354   SequenceI[] getSelectionAsNewSequence();
 355
 356   void invertColumnSelection();
 357
 358   /**
 359    * broadcast selection to any interested parties
 360    */
 361   void sendSelection();
 362
 363   /**
 364    * calculate the row position for alignmentIndex if all hidden sequences were
 365    * shown
 366    *
 367    * @param alignmentIndex
 368    * @return adjusted row position
 369    */
 370   int adjustForHiddenSeqs(int alignmentIndex);
 371
 372   boolean hasHiddenRows();
 373
 374   /**
 375    *
 376    * @return a copy of this view's current display settings
 377    */
 378   public ViewStyleI getViewStyle();
 379
 380   /**
 381    * update the view's display settings with the given style set
 382    *
 383    * @param settingsForView
 384    */
 385   public void setViewStyle(ViewStyleI settingsForView);
 386
 387   /**
 388    * Returns a viewport which holds the cDna for this (protein), or vice versa,
 389    * or null if none is set.
 390    *
 391    * @return
 392    */
 393   AlignViewportI getCodingComplement();
 394
 395   /**
 396    * Sets the viewport which holds the cDna for this (protein), or vice versa.
 397    * Implementation should guarantee that the reciprocal relationship is always
 398    * set, i.e. each viewport is the complement of the other.
 399    */
 400   void setCodingComplement(AlignViewportI sl);
 401
 402   /**
 403    * Answers true if viewport hosts DNA/RNA, else false.
 404    *
 405    * @return
 406    */
 407   boolean isNucleotide();
 408
 409   /**
 410    * Returns an id guaranteed to be unique for this viewport.
 411    *
 412    * @return
 413    */
 414   String getViewId();
 415
 416   /**
 417    * Return true if view should scroll to show the highlighted region of a
 418    * sequence
 419    *
 420    * @return
 421    */
 422   boolean isFollowHighlight();
 423
 424   /**
 425    * Set whether view should scroll to show the highlighted region of a sequence
 426    */
 427   void setFollowHighlight(boolean b);
 428
 429   public void applyFeaturesStyle(FeatureSettingsModelI featureSettings);
 430
 431   /**
 432    * check if current selection group is defined on the view, or is simply a
 433    * temporary group.
 434    *
 435    * @return true if group is defined on the alignment
 436    */
 437   boolean isSelectionDefinedGroup();
 438
 439   /**
 440    *
 441    * @return true if there are search results on the view
 442    */
 443   boolean hasSearchResults();
 444
 445   /**
 446    * set the search results for the view
 447    *
 448    * @param results
 449    *          - or null to clear current results
 450    */
 451   void setSearchResults(SearchResultsI results);
 452
 453   /**
 454    * get search results for this view (if any)
 455    *
 456    * @return search results or null
 457    */
 458   SearchResultsI getSearchResults();
 459 }