JAL-2909 Tidy up bam file cigar code
[jalview.git] / src / jalview / api / AlignViewportI.java
1 /*
2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
4  * 
5  * This file is part of Jalview.
6  * 
7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
8  * modify it under the terms of the GNU General Public License 
9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
10  * of the License, or (at your option) any later version.
11  *  
12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
16  * 
17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
20  */
21 package jalview.api;
22
23 import jalview.analysis.Conservation;
24 import jalview.analysis.TreeModel;
25 import jalview.datamodel.AlignmentAnnotation;
26 import jalview.datamodel.AlignmentI;
27 import jalview.datamodel.AlignmentView;
28 import jalview.datamodel.ColumnSelection;
29 import jalview.datamodel.ProfilesI;
30 import jalview.datamodel.SearchResultsI;
31 import jalview.datamodel.SequenceCollectionI;
32 import jalview.datamodel.SequenceGroup;
33 import jalview.datamodel.SequenceI;
34 import jalview.renderer.ResidueShaderI;
35 import jalview.schemes.ColourSchemeI;
36 import jalview.viewmodel.ViewportRanges;
37
38 import java.awt.Color;
39 import java.awt.Font;
40 import java.util.Hashtable;
41 import java.util.List;
42 import java.util.Map;
43
44 /**
45  * @author jimp
46  * 
47  */
48 public interface AlignViewportI extends ViewStyleI
49 {
50
51   /**
52    * Get the ranges object containing details of the start and end sequences and
53    * residues
54    * 
55    * @return
56    */
57   public ViewportRanges getRanges();
58
59   /**
60    * calculate the height for visible annotation, revalidating bounds where
61    * necessary ABSTRACT GUI METHOD
62    * 
63    * @return total height of annotation
64    */
65   public int calcPanelHeight();
66
67   /**
68    * Answers true if the viewport has at least one column selected
69    * 
70    * @return
71    */
72   boolean hasSelectedColumns();
73
74   /**
75    * Answers true if the viewport has at least one hidden column
76    * 
77    * @return
78    */
79   boolean hasHiddenColumns();
80
81   boolean isValidCharWidth();
82
83   boolean isShowConsensusHistogram();
84
85   boolean isShowSequenceLogo();
86
87   boolean isNormaliseSequenceLogo();
88
89   ColourSchemeI getGlobalColourScheme();
90
91   /**
92    * Returns an object that describes colouring (including any thresholding or
93    * fading) of the alignment
94    * 
95    * @return
96    */
97   ResidueShaderI getResidueShading();
98
99   AlignmentI getAlignment();
100
101   ColumnSelection getColumnSelection();
102
103   ProfilesI getSequenceConsensusHash();
104
105   /**
106    * Get consensus data table for the cDNA complement of this alignment (if any)
107    * 
108    * @return
109    */
110   Hashtable[] getComplementConsensusHash();
111
112   Hashtable[] getRnaStructureConsensusHash();
113
114   boolean isIgnoreGapsConsensus();
115
116   boolean isCalculationInProgress(AlignmentAnnotation alignmentAnnotation);
117
118   AlignmentAnnotation getAlignmentQualityAnnot();
119
120   AlignmentAnnotation getAlignmentConservationAnnotation();
121
122   /**
123    * get the container for alignment consensus annotation
124    * 
125    * @return
126    */
127   AlignmentAnnotation getAlignmentConsensusAnnotation();
128
129   /**
130    * get the container for alignment gap annotation
131    * 
132    * @return
133    */
134   AlignmentAnnotation getAlignmentGapAnnotation();
135
136   /**
137    * get the container for cDNA complement consensus annotation
138    * 
139    * @return
140    */
141   AlignmentAnnotation getComplementConsensusAnnotation();
142
143   /**
144    * Test to see if viewport is still open and active
145    * 
146    * @return true indicates that all references to viewport should be dropped
147    */
148   boolean isClosed();
149
150   /**
151    * Dispose of all references or resources held by the viewport
152    */
153   void dispose();
154
155   /**
156    * get the associated calculation thread manager for the view
157    * 
158    * @return
159    */
160   AlignCalcManagerI getCalcManager();
161
162   /**
163    * get the percentage gaps allowed in a conservation calculation
164    * 
165    */
166   public int getConsPercGaps();
167
168   /**
169    * set the consensus result object for the viewport
170    * 
171    * @param hconsensus
172    */
173   void setSequenceConsensusHash(ProfilesI hconsensus);
174
175   /**
176    * Set the cDNA complement consensus for the viewport
177    * 
178    * @param hconsensus
179    */
180   void setComplementConsensusHash(Hashtable[] hconsensus);
181
182   /**
183    * 
184    * @return the alignment annotation row for the structure consensus
185    *         calculation
186    */
187   AlignmentAnnotation getAlignmentStrucConsensusAnnotation();
188
189   /**
190    * set the Rna structure consensus result object for the viewport
191    * 
192    * @param hStrucConsensus
193    */
194   void setRnaStructureConsensusHash(Hashtable[] hStrucConsensus);
195
196   /**
197    * Sets the colour scheme for the background alignment (as distinct from
198    * sub-groups, which may have their own colour schemes). A null value is used
199    * for no residue colour (white).
200    * 
201    * @param cs
202    */
203   void setGlobalColourScheme(ColourSchemeI cs);
204
205   Map<SequenceI, SequenceCollectionI> getHiddenRepSequences();
206
207   void setHiddenRepSequences(
208           Map<SequenceI, SequenceCollectionI> hiddenRepSequences);
209
210   /**
211    * hides or shows dynamic annotation rows based on groups and group and
212    * alignment associated auto-annotation state flags apply the current
213    * group/autoannotation settings to the alignment view. Usually you should
214    * call the AlignmentViewPanel.adjustAnnotationHeight() method afterwards to
215    * ensure the annotation panel bounds are set correctly.
216    * 
217    * @param applyGlobalSettings
218    *          - apply to all autoannotation rows or just the ones associated
219    *          with the current visible region
220    * @param preserveNewGroupSettings
221    *          - don't apply global settings to groups which don't already have
222    *          group associated annotation
223    */
224   void updateGroupAnnotationSettings(boolean applyGlobalSettings,
225           boolean preserveNewGroupSettings);
226
227   void setSequenceColour(SequenceI seq, Color col);
228
229   Color getSequenceColour(SequenceI seq);
230
231   void updateSequenceIdColours();
232
233   SequenceGroup getSelectionGroup();
234
235   /**
236    * get the currently selected sequence objects or all the sequences in the
237    * alignment. TODO: change to List<>
238    * 
239    * @return array of references to sequence objects
240    */
241   SequenceI[] getSequenceSelection();
242
243   void clearSequenceColours();
244
245   /**
246    * return a compact representation of the current alignment selection to pass
247    * to an analysis function
248    * 
249    * @param selectedOnly
250    *          boolean true to just return the selected view
251    * @return AlignmentView
252    */
253   AlignmentView getAlignmentView(boolean selectedOnly);
254
255   /**
256    * return a compact representation of the current alignment selection to pass
257    * to an analysis function
258    * 
259    * @param selectedOnly
260    *          boolean true to just return the selected view
261    * @param markGroups
262    *          boolean true to annotate the alignment view with groups on the
263    *          alignment (and intersecting with selected region if selectedOnly
264    *          is true)
265    * @return AlignmentView
266    */
267   AlignmentView getAlignmentView(boolean selectedOnly, boolean markGroups);
268
269   /**
270    * This method returns the visible alignment as text, as seen on the GUI, ie
271    * if columns are hidden they will not be returned in the result. Use this for
272    * calculating trees, PCA, redundancy etc on views which contain hidden
273    * columns. This method doesn't exclude hidden sequences from the output.
274    *
275    * @param selectedRegionOnly
276    *          - determines if only the selected region or entire alignment is
277    *          exported
278    * @return String[]
279    */
280   String[] getViewAsString(boolean selectedRegionOnly);
281
282   /**
283    * This method returns the visible alignment as text, as seen on the GUI, ie
284    * if columns are hidden they will not be returned in the result. Use this for
285    * calculating trees, PCA, redundancy etc on views which contain hidden
286    * columns.
287    * 
288    * @param selectedRegionOnly
289    *          - determines if only the selected region or entire alignment is
290    *          exported
291    * @param isExportHiddenSeqs
292    *          - determines if hidden sequences would be exported or not.
293    * 
294    * @return String[]
295    */
296   String[] getViewAsString(boolean selectedRegionOnly,
297           boolean isExportHiddenSeqs);
298
299   void setSelectionGroup(SequenceGroup sg);
300
301   char getGapCharacter();
302
303   void setColumnSelection(ColumnSelection cs);
304
305   void setConservation(Conservation cons);
306
307   /**
308    * get a copy of the currently visible alignment annotation
309    * 
310    * @param selectedOnly
311    *          if true - trim to selected regions on the alignment
312    * @return an empty list or new alignment annotation objects shown only
313    *         visible columns trimmed to selected region only
314    */
315   List<AlignmentAnnotation> getVisibleAlignmentAnnotation(
316           boolean selectedOnly);
317
318   FeaturesDisplayedI getFeaturesDisplayed();
319
320   String getSequenceSetId();
321
322   boolean areFeaturesDisplayed();
323
324   void setFeaturesDisplayed(FeaturesDisplayedI featuresDisplayedI);
325
326   void alignmentChanged(AlignmentViewPanel ap);
327
328   /**
329    * @return the padGaps
330    */
331   boolean isPadGaps();
332
333   /**
334    * @param padGaps
335    *          the padGaps to set
336    */
337   void setPadGaps(boolean padGaps);
338
339   /**
340    * return visible region boundaries within given column range
341    * 
342    * @param min
343    *          first column (inclusive, from 0)
344    * @param max
345    *          last column (exclusive)
346    * @return int[][] range of {start,end} visible positions
347    */
348   List<int[]> getVisibleRegionBoundaries(int min, int max);
349
350   /**
351    * This method returns an array of new SequenceI objects derived from the
352    * whole alignment or just the current selection with start and end points
353    * adjusted
354    * 
355    * @note if you need references to the actual SequenceI objects in the
356    *       alignment or currently selected then use getSequenceSelection()
357    * @return selection as new sequenceI objects
358    */
359   SequenceI[] getSelectionAsNewSequence();
360
361   void invertColumnSelection();
362
363   /**
364    * broadcast selection to any interested parties
365    */
366   void sendSelection();
367
368   /**
369    * calculate the row position for alignmentIndex if all hidden sequences were
370    * shown
371    * 
372    * @param alignmentIndex
373    * @return adjusted row position
374    */
375   int adjustForHiddenSeqs(int alignmentIndex);
376
377   boolean hasHiddenRows();
378
379   /**
380    * 
381    * @return a copy of this view's current display settings
382    */
383   public ViewStyleI getViewStyle();
384
385   /**
386    * update the view's display settings with the given style set
387    * 
388    * @param settingsForView
389    */
390   public void setViewStyle(ViewStyleI settingsForView);
391
392   /**
393    * Returns a viewport which holds the cDna for this (protein), or vice versa,
394    * or null if none is set.
395    * 
396    * @return
397    */
398   AlignViewportI getCodingComplement();
399
400   /**
401    * Sets the viewport which holds the cDna for this (protein), or vice versa.
402    * Implementation should guarantee that the reciprocal relationship is always
403    * set, i.e. each viewport is the complement of the other.
404    */
405   void setCodingComplement(AlignViewportI sl);
406
407   /**
408    * Answers true if viewport hosts DNA/RNA, else false.
409    * 
410    * @return
411    */
412   boolean isNucleotide();
413
414   /**
415    * Returns an id guaranteed to be unique for this viewport.
416    * 
417    * @return
418    */
419   String getViewId();
420
421   /**
422    * Return true if view should scroll to show the highlighted region of a
423    * sequence
424    * 
425    * @return
426    */
427   boolean isFollowHighlight();
428
429   /**
430    * Set whether view should scroll to show the highlighted region of a sequence
431    */
432   void setFollowHighlight(boolean b);
433
434   public void applyFeaturesStyle(FeatureSettingsModelI featureSettings);
435
436   /**
437    * check if current selection group is defined on the view, or is simply a
438    * temporary group.
439    * 
440    * @return true if group is defined on the alignment
441    */
442   boolean isSelectionDefinedGroup();
443
444   /**
445    * 
446    * @return true if there are search results on the view
447    */
448   boolean hasSearchResults();
449
450   /**
451    * set the search results for the view
452    * 
453    * @param results
454    *          - or null to clear current results
455    */
456   void setSearchResults(SearchResultsI results);
457
458   /**
459    * get search results for this view (if any)
460    * 
461    * @return search results or null
462    */
463   SearchResultsI getSearchResults();
464
465   /**
466    * Updates view settings with the given font. You may need to call
467    * AlignmentPanel.fontChanged to update the layout geometry.
468    * 
469    * @param setGrid
470    *          when true, charWidth/height is set according to font metrics
471    */
472   void setFont(Font newFont, boolean b);
473
474   /**
475    * Answers true if split screen protein and cDNA use the same font
476    * 
477    * @return
478    */
479   @Override
480   boolean isProteinFontAsCdna();
481
482   /**
483    * Set the flag for whether split screen protein and cDNA use the same font
484    * 
485    * @return
486    */
487   @Override
488   void setProteinFontAsCdna(boolean b);
489
490   public abstract TreeModel getCurrentTree();
491
492   public abstract void setCurrentTree(TreeModel tree);
493 }