src/jalview/api/AlignViewportI.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.api;
  22
  23 import java.awt.Color;
  24 import java.awt.Font;
  25 import java.util.Hashtable;
  26 import java.util.Iterator;
  27 import java.util.List;
  28 import java.util.Map;
  29
  30 import jalview.analysis.Conservation;
  31 import jalview.analysis.TreeModel;
  32 import jalview.datamodel.AlignmentAnnotation;
  33 import jalview.datamodel.AlignmentExportData;
  34 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  35 import jalview.datamodel.AlignmentView;
  36 import jalview.datamodel.ColumnSelection;
  37 import jalview.datamodel.ContactListI;
  38 import jalview.datamodel.ContactMatrixI;
  39 import jalview.datamodel.ProfilesI;
  40 import jalview.datamodel.SearchResultsI;
  41 import jalview.datamodel.SequenceCollectionI;
  42 import jalview.datamodel.SequenceGroup;
  43 import jalview.datamodel.SequenceI;
  44 import jalview.renderer.ResidueShaderI;
  45 import jalview.schemes.ColourSchemeI;
  46 import jalview.viewmodel.ViewportRanges;
  47
  48 /**
  49  * @author jimp
  50  *
  51  */
  52 public interface AlignViewportI extends ViewStyleI
  53 {
  54
  55   /**
  56    * Get the ranges object containing details of the start and end sequences and
  57    * residues
  58    *
  59    * @return
  60    */
  61   public ViewportRanges getRanges();
  62
  63   /**
  64    * calculate the height for visible annotation, revalidating bounds where
  65    * necessary ABSTRACT GUI METHOD
  66    *
  67    * @return total height of annotation
  68    */
  69   public int calcPanelHeight();
  70
  71   /**
  72    * Answers true if the viewport has at least one column selected
  73    *
  74    * @return
  75    */
  76   boolean hasSelectedColumns();
  77
  78   /**
  79    * Answers true if the viewport has at least one hidden column
  80    *
  81    * @return
  82    */
  83   boolean hasHiddenColumns();
  84
  85   boolean isValidCharWidth();
  86
  87   boolean isShowConsensusHistogram();
  88
  89   boolean isShowSequenceLogo();
  90
  91   boolean isNormaliseSequenceLogo();
  92
  93   ColourSchemeI getGlobalColourScheme();
  94
  95   /**
  96    * Returns an object that describes colouring (including any thresholding or
  97    * fading) of the alignment
  98    *
  99    * @return
 100    */
 101   ResidueShaderI getResidueShading();
 102
 103   AlignmentI getAlignment();
 104
 105   ColumnSelection getColumnSelection();
 106
 107   ProfilesI getSequenceConsensusHash();
 108
 109   /**
 110    * Get consensus data table for the cDNA complement of this alignment (if any)
 111    *
 112    * @return
 113    */
 114   Hashtable<String, Object>[] getComplementConsensusHash();
 115
 116   Hashtable<String, Object>[] getRnaStructureConsensusHash();
 117
 118   boolean isIgnoreGapsConsensus();
 119
 120   boolean isCalculationInProgress(AlignmentAnnotation alignmentAnnotation);
 121
 122   AlignmentAnnotation getAlignmentQualityAnnot();
 123
 124   AlignmentAnnotation getAlignmentConservationAnnotation();
 125
 126   /**
 127    * get the container for alignment consensus annotation
 128    *
 129    * @return
 130    */
 131   AlignmentAnnotation getAlignmentConsensusAnnotation();
 132
 133   /**
 134    * get the container for alignment gap annotation
 135    *
 136    * @return
 137    */
 138   AlignmentAnnotation getAlignmentGapAnnotation();
 139
 140   /**
 141    * get the container for cDNA complement consensus annotation
 142    *
 143    * @return
 144    */
 145   AlignmentAnnotation getComplementConsensusAnnotation();
 146
 147   /**
 148    * Test to see if viewport is still open and active
 149    *
 150    * @return true indicates that all references to viewport should be dropped
 151    */
 152   boolean isClosed();
 153
 154   /**
 155    * Dispose of all references or resources held by the viewport
 156    */
 157   void dispose();
 158
 159   /**
 160    * get the associated calculation thread manager for the view
 161    *
 162    * @return
 163    */
 164   AlignCalcManagerI getCalcManager();
 165
 166   /**
 167    * get the percentage gaps allowed in a conservation calculation
 168    *
 169    */
 170   public int getConsPercGaps();
 171
 172   /**
 173    * set the consensus result object for the viewport
 174    *
 175    * @param hconsensus
 176    */
 177   void setSequenceConsensusHash(ProfilesI hconsensus);
 178
 179   /**
 180    * Set the cDNA complement consensus for the viewport
 181    *
 182    * @param hconsensus
 183    */
 184   void setComplementConsensusHash(Hashtable<String, Object>[] hconsensus);
 185
 186   /**
 187    *
 188    * @return the alignment annotation row for the structure consensus
 189    *         calculation
 190    */
 191   AlignmentAnnotation getAlignmentStrucConsensusAnnotation();
 192
 193   /**
 194    * set the Rna structure consensus result object for the viewport
 195    *
 196    * @param hStrucConsensus
 197    */
 198   void setRnaStructureConsensusHash(
 199           Hashtable<String, Object>[] hStrucConsensus);
 200
 201   /**
 202    * Sets the colour scheme for the background alignment (as distinct from
 203    * sub-groups, which may have their own colour schemes). A null value is used
 204    * for no residue colour (white).
 205    *
 206    * @param cs
 207    */
 208   void setGlobalColourScheme(ColourSchemeI cs);
 209
 210   Map<SequenceI, SequenceCollectionI> getHiddenRepSequences();
 211
 212   void setHiddenRepSequences(
 213           Map<SequenceI, SequenceCollectionI> hiddenRepSequences);
 214
 215   /**
 216    * hides or shows dynamic annotation rows based on groups and group and
 217    * alignment associated auto-annotation state flags apply the current
 218    * group/autoannotation settings to the alignment view. Usually you should
 219    * call the AlignmentViewPanel.adjustAnnotationHeight() method afterwards to
 220    * ensure the annotation panel bounds are set correctly.
 221    *
 222    * @param applyGlobalSettings
 223    *          - apply to all autoannotation rows or just the ones associated
 224    *          with the current visible region
 225    * @param preserveNewGroupSettings
 226    *          - don't apply global settings to groups which don't already have
 227    *          group associated annotation
 228    */
 229   void updateGroupAnnotationSettings(boolean applyGlobalSettings,
 230           boolean preserveNewGroupSettings);
 231
 232   void setSequenceColour(SequenceI seq, Color col);
 233
 234   Color getSequenceColour(SequenceI seq);
 235
 236   void updateSequenceIdColours();
 237
 238   SequenceGroup getSelectionGroup();
 239
 240   /**
 241    * get the currently selected sequence objects or all the sequences in the
 242    * alignment. TODO: change to List<>
 243    *
 244    * @return array of references to sequence objects
 245    */
 246   SequenceI[] getSequenceSelection();
 247
 248   void clearSequenceColours();
 249
 250   /**
 251    * return a compact representation of the current alignment selection to pass
 252    * to an analysis function
 253    *
 254    * @param selectedOnly
 255    *          boolean true to just return the selected view
 256    * @return AlignmentView
 257    */
 258   AlignmentView getAlignmentView(boolean selectedOnly);
 259
 260   /**
 261    * return a compact representation of the current alignment selection to pass
 262    * to an analysis function
 263    *
 264    * @param selectedOnly
 265    *          boolean true to just return the selected view
 266    * @param markGroups
 267    *          boolean true to annotate the alignment view with groups on the
 268    *          alignment (and intersecting with selected region if selectedOnly
 269    *          is true)
 270    * @return AlignmentView
 271    */
 272   AlignmentView getAlignmentView(boolean selectedOnly, boolean markGroups);
 273
 274   /**
 275    * This method returns the visible alignment as text, as seen on the GUI, ie
 276    * if columns are hidden they will not be returned in the result. Use this for
 277    * calculating trees, PCA, redundancy etc on views which contain hidden
 278    * columns. This method doesn't exclude hidden sequences from the output.
 279    *
 280    * @param selectedRegionOnly
 281    *          - determines if only the selected region or entire alignment is
 282    *          exported
 283    * @return String[]
 284    */
 285   String[] getViewAsString(boolean selectedRegionOnly);
 286
 287   /**
 288    * This method returns the visible alignment as text, as seen on the GUI, ie
 289    * if columns are hidden they will not be returned in the result. Use this for
 290    * calculating trees, PCA, redundancy etc on views which contain hidden
 291    * columns.
 292    *
 293    * @param selectedRegionOnly
 294    *          - determines if only the selected region or entire alignment is
 295    *          exported
 296    * @param isExportHiddenSeqs
 297    *          - determines if hidden sequences would be exported or not.
 298    *
 299    * @return String[]
 300    */
 301   String[] getViewAsString(boolean selectedRegionOnly,
 302           boolean isExportHiddenSeqs);
 303
 304   void setSelectionGroup(SequenceGroup sg);
 305
 306   char getGapCharacter();
 307
 308   void setColumnSelection(ColumnSelection cs);
 309
 310   void setConservation(Conservation cons);
 311
 312   /**
 313    * get a copy of the currently visible alignment annotation
 314    *
 315    * @param selectedOnly
 316    *          if true - trim to selected regions on the alignment
 317    * @return an empty list or new alignment annotation objects shown only
 318    *         visible columns trimmed to selected region only
 319    */
 320   List<AlignmentAnnotation> getVisibleAlignmentAnnotation(
 321           boolean selectedOnly);
 322
 323   FeaturesDisplayedI getFeaturesDisplayed();
 324
 325   String getSequenceSetId();
 326
 327   boolean areFeaturesDisplayed();
 328
 329   void setFeaturesDisplayed(FeaturesDisplayedI featuresDisplayedI);
 330
 331   void alignmentChanged(AlignmentViewPanel ap);
 332
 333   /**
 334    * @return the padGaps
 335    */
 336   boolean isPadGaps();
 337
 338   /**
 339    * @param padGaps
 340    *          the padGaps to set
 341    */
 342   void setPadGaps(boolean padGaps);
 343
 344   /**
 345    * return visible region boundaries within given column range
 346    *
 347    * @param min
 348    *          first column (inclusive, from 0)
 349    * @param max
 350    *          last column (exclusive)
 351    * @return int[][] range of {start,end} visible positions
 352    */
 353   List<int[]> getVisibleRegionBoundaries(int min, int max);
 354
 355   /**
 356    * This method returns an array of new SequenceI objects derived from the
 357    * whole alignment or just the current selection with start and end points
 358    * adjusted
 359    *
 360    * @note if you need references to the actual SequenceI objects in the
 361    *       alignment or currently selected then use getSequenceSelection()
 362    * @return selection as new sequenceI objects
 363    */
 364   SequenceI[] getSelectionAsNewSequence();
 365
 366   void invertColumnSelection();
 367
 368   /**
 369    * broadcast selection to any interested parties
 370    */
 371   void sendSelection();
 372
 373   /**
 374    * calculate the row position for alignmentIndex if all hidden sequences were
 375    * shown
 376    *
 377    * @param alignmentIndex
 378    * @return adjusted row position
 379    */
 380   int adjustForHiddenSeqs(int alignmentIndex);
 381
 382   boolean hasHiddenRows();
 383
 384   /**
 385    *
 386    * @return a copy of this view's current display settings
 387    */
 388   public ViewStyleI getViewStyle();
 389
 390   /**
 391    * update the view's display settings with the given style set
 392    *
 393    * @param settingsForView
 394    */
 395   public void setViewStyle(ViewStyleI settingsForView);
 396
 397   /**
 398    * Returns a viewport which holds the cDna for this (protein), or vice versa,
 399    * or null if none is set.
 400    *
 401    * @return
 402    */
 403   AlignViewportI getCodingComplement();
 404
 405   /**
 406    * Sets the viewport which holds the cDna for this (protein), or vice versa.
 407    * Implementation should guarantee that the reciprocal relationship is always
 408    * set, i.e. each viewport is the complement of the other.
 409    */
 410   void setCodingComplement(AlignViewportI sl);
 411
 412   /**
 413    * Answers true if viewport hosts DNA/RNA, else false.
 414    *
 415    * @return
 416    */
 417   boolean isNucleotide();
 418
 419   /**
 420    * Returns an id guaranteed to be unique for this viewport.
 421    *
 422    * @return
 423    */
 424   String getViewId();
 425
 426   /**
 427    * Return true if view should scroll to show the highlighted region of a
 428    * sequence
 429    *
 430    * @return
 431    */
 432   boolean isFollowHighlight();
 433
 434   /**
 435    * Set whether view should scroll to show the highlighted region of a sequence
 436    */
 437   void setFollowHighlight(boolean b);
 438
 439   /**
 440    * configure the feature renderer with predefined feature settings
 441    *
 442    * @param featureSettings
 443    */
 444   public void applyFeaturesStyle(FeatureSettingsModelI featureSettings);
 445
 446   /**
 447    * Apply the given feature settings on top of existing feature settings.
 448    */
 449   public void mergeFeaturesStyle(FeatureSettingsModelI featureSettings);
 450
 451   /**
 452    * check if current selection group is defined on the view, or is simply a
 453    * temporary group.
 454    *
 455    * @return true if group is defined on the alignment
 456    */
 457   boolean isSelectionDefinedGroup();
 458
 459   /**
 460    *
 461    * @return true if there are search results on the view
 462    */
 463   boolean hasSearchResults();
 464
 465   /**
 466    * set the search results for the view
 467    *
 468    * @param results
 469    *          - or null to clear current results
 470    */
 471   void setSearchResults(SearchResultsI results);
 472
 473   /**
 474    * get search results for this view (if any)
 475    *
 476    * @return search results or null
 477    */
 478   SearchResultsI getSearchResults();
 479
 480   /**
 481    * Retrieve a ContactListI corresponding to column in an annotation row in an
 482    * alignment.
 483    *
 484    * @param _aa
 485    *          - annotation with associated matrix data
 486    * @param column
 487    *          - column in alignment where _aa is associated
 488    */
 489   ContactListI getContactList(AlignmentAnnotation _aa, int column);
 490
 491   /**
 492    * Updates view settings with the given font. You may need to call
 493    * AlignmentPanel.fontChanged to update the layout geometry.
 494    *
 495    * @param setGrid
 496    *          when true, charWidth/height is set according to font metrics
 497    */
 498   void setFont(Font newFont, boolean b);
 499
 500   /**
 501    * Answers true if split screen protein and cDNA use the same font
 502    *
 503    * @return
 504    */
 505   @Override
 506   boolean isProteinFontAsCdna();
 507
 508   /**
 509    * Set the flag for whether split screen protein and cDNA use the same font
 510    *
 511    * @return
 512    */
 513   @Override
 514   void setProteinFontAsCdna(boolean b);
 515
 516   TreeModel getCurrentTree();
 517
 518   void setCurrentTree(TreeModel tree);
 519
 520   /**
 521    * Answers a data bean containing data for export as configured by the
 522    * supplied options
 523    *
 524    * @param options
 525    * @return
 526    */
 527   AlignmentExportData getAlignExportData(AlignExportSettingsI options);
 528
 529   /**
 530    * @param update
 531    *          - set the flag for updating structures on next repaint
 532    */
 533   void setUpdateStructures(boolean update);
 534
 535   /**
 536    *
 537    * @return true if structure views will be updated on next refresh
 538    */
 539   boolean isUpdateStructures();
 540
 541   /**
 542    * check if structure views need to be updated, and clear the flag afterwards.
 543    *
 544    * @return if an update is needed
 545    */
 546   boolean needToUpdateStructureViews();
 547
 548   /**
 549    * Adds sequencegroup to the alignment in the view. Also adds a group to the
 550    * complement view if one is defined.
 551    *
 552    * @param sequenceGroup
 553    *          - a group defined on sequences in the alignment held by the view
 554    */
 555   void addSequenceGroup(SequenceGroup sequenceGroup);
 556
 557   /**
 558    * Returns an interator over the [start, end] column positions of the visible
 559    * regions of the alignment
 560    *
 561    * @param selectedRegionOnly
 562    *          if true, and the view has a selection region, then only the
 563    *          intersection of visible columns with the selection region is
 564    *          returned
 565    * @return
 566    */
 567   Iterator<int[]> getViewAsVisibleContigs(boolean selectedRegionOnly);
 568   /**
 569    * notify all concerned that the alignment data has changed and derived data
 570    * needs to be recalculated
 571    */
 572   public void notifyAlignmentChanged();
 573
 574   /**
 575    * retrieve a matrix associated with the view's alignment's annotation
 576    * @param alignmentAnnotation
 577    * @return contact matrix or NULL
 578    */
 579   ContactMatrixI getContactMatrix(AlignmentAnnotation alignmentAnnotation);
 580 }