src/jalview/api/AlignmentRowsCollectionI.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.api;
  22
  23 import jalview.datamodel.SequenceI;
  24
  25 public interface AlignmentRowsCollectionI extends Iterable<Integer>
  26 {
  27   /**
  28    * Answers if the sequence at the given position is hidden.
  29    *
  30    * @param r
  31    *          the row index to check
  32    * @return true if the sequence at r is hidden
  33    */
  34   public boolean isHidden(int r);
  35
  36   /**
  37    * Answers if any row in this collection is hidden
  38    *
  39    * @return true if there is at least 1 hidden row
  40    */
  41   public boolean hasHidden();
  42
  43   /**
  44    * Answers the sequence at the given position in the alignment
  45    *
  46    * @param r
  47    *          the row index to locate
  48    * @return the sequence
  49    */
  50   public SequenceI getSequence(int r);
  51 }