JAL-3949 fixed failing commandlinetests due to more output and line count limit
[jalview.git] / src / jalview / api / AlignmentViewPanel.java
1 /*
2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
4  * 
5  * This file is part of Jalview.
6  * 
7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
8  * modify it under the terms of the GNU General Public License 
9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
10  * of the License, or (at your option) any later version.
11  *  
12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
16  * 
17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
20  */
21 package jalview.api;
22
23 import jalview.datamodel.AlignmentI;
24 import jalview.structure.StructureSelectionManager;
25
26 /**
27  * abstract interface implemented by alignment panels holding an alignment view
28  * 
29  * @author JimP
30  * 
31  */
32 public interface AlignmentViewPanel extends OOMHandlerI
33 {
34
35   AlignViewportI getAlignViewport();
36
37   AlignmentI getAlignment();
38
39   StructureSelectionManager getStructureSelectionManager();
40
41   /**
42    * repaint the alignment view after a datamodel update.
43    * 
44    * @param updateOverview
45    *          - if true, the overview panel will also be updated and repainted
46    * @param updateStructures
47    *          - if true then any linked structure views will also be updated
48    */
49   void paintAlignment(boolean updateOverview, boolean updateStructures);
50
51   /**
52    * automatically adjust annotation panel height for new annotation whilst
53    * ensuring the alignment is still visible.
54    */
55   void adjustAnnotationHeight();
56
57   FeatureRenderer getFeatureRenderer();
58
59   FeatureRenderer cloneFeatureRenderer();
60
61   /**
62    * 
63    * @return displayed name for the view
64    */
65   String getViewName();
66 }