src/jalview/api/ComplexAlignFile.java

   1 package jalview.api;
   2
   3 import jalview.datamodel.ColumnSelection;
   4 import jalview.datamodel.SequenceI;
   5 import jalview.schemes.ColourSchemeI;
   6
   7 /**
   8  * This interface should be implemented by complex file parser with the ability
   9  * to store linked data and complex view states in addition to Alignment data
  10  *
  11  *
  12  */
  13 public interface ComplexAlignFile
  14 {
  15   /**
  16    * Determines if Sequence features should be shown
  17    *
  18    * @return
  19    */
  20   public boolean isShowSeqFeatures();
  21
  22   /**
  23    * Obtains the colour scheme from a complex file parser
  24    *
  25    * @return
  26    */
  27   public ColourSchemeI getColourScheme();
  28
  29   /**
  30    * Retrieves the Column selection/hidden column from a complex file parser
  31    *
  32    * @return
  33    */
  34   public ColumnSelection getColumnSelection();
  35
  36   /**
  37    * Retrieves hidden sequences from a complex file parser
  38    *
  39    * @return
  40    */
  41   public SequenceI[] getHiddenSequences();
  42
  43   /**
  44    * Retrieves displayed features from a complex file parser
  45    *
  46    * @return
  47    */
  48   public FeaturesDisplayedI getDisplayedFeatures();
  49 }