src/jalview/api/ViewStyleI.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.api;
  22
  23 import java.awt.Color;
  24
  25 public interface ViewStyleI
  26 {
  27
  28   void setColourAppliesToAllGroups(boolean b);
  29
  30   boolean getColourAppliesToAllGroups();
  31
  32   boolean getAbovePIDThreshold();
  33
  34   void setIncrement(int inc);
  35
  36   int getIncrement();
  37
  38   boolean getConservationSelected();
  39
  40   void setConservationSelected(boolean b);
  41
  42   void setShowHiddenMarkers(boolean show);
  43
  44   boolean getShowHiddenMarkers();
  45
  46   void setScaleRightWrapped(boolean b);
  47
  48   void setScaleLeftWrapped(boolean b);
  49
  50   void setScaleAboveWrapped(boolean b);
  51
  52   boolean getScaleLeftWrapped();
  53
  54   boolean getScaleAboveWrapped();
  55
  56   boolean getScaleRightWrapped();
  57
  58   void setAbovePIDThreshold(boolean b);
  59
  60   void setThreshold(int thresh);
  61
  62   int getThreshold();
  63
  64   boolean getShowJVSuffix();
  65
  66   void setShowJVSuffix(boolean b);
  67
  68   void setWrapAlignment(boolean state);
  69
  70   void setShowText(boolean state);
  71
  72   void setRenderGaps(boolean state);
  73
  74   boolean getColourText();
  75
  76   void setColourText(boolean state);
  77
  78   void setShowBoxes(boolean state);
  79
  80   boolean getWrapAlignment();
  81
  82   boolean getShowText();
  83
  84   int getWrappedWidth();
  85
  86   void setWrappedWidth(int w);
  87
  88   int getCharHeight();
  89
  90   void setCharHeight(int h);
  91
  92   int getCharWidth();
  93
  94   void setCharWidth(int w);
  95
  96   boolean getShowBoxes();
  97
  98   boolean getShowUnconserved();
  99
 100   void setShowUnconserved(boolean showunconserved);
 101
 102   /**
 103    * @return true if a reference sequence is set and should be displayed
 104    */
 105   boolean isDisplayReferenceSeq();
 106
 107   /**
 108    * @return set the flag for displaying reference sequences when they are
 109    *         available
 110    */
 111   void setDisplayReferenceSeq(boolean displayReferenceSeq);
 112
 113   /**
 114    * @return true if colourschemes should render according to reference sequence
 115    *         rather than consensus if available
 116    */
 117   boolean isColourByReferenceSeq();
 118
 119   void setSeqNameItalics(boolean default1);
 120
 121   void setShowSequenceFeatures(boolean b);
 122
 123   boolean isShowSequenceFeatures();
 124
 125   boolean isRightAlignIds();
 126
 127   void setRightAlignIds(boolean rightAlignIds);
 128
 129   /**
 130    * Returns true if annotation panel should be shown below alignment
 131    *
 132    * @return
 133    */
 134   boolean isShowAnnotation();
 135
 136   /**
 137    * Set flag for whether annotation panel should be shown below alignment
 138    *
 139    * @param b
 140    */
 141   void setShowAnnotation(boolean b);
 142
 143   void setShowSequenceFeaturesHeight(boolean selected);
 144
 145   /**
 146    * @return true set flag for deciding if colourschemes should render according
 147    *         to reference sequence rather than consensus if available
 148    */
 149   void setColourByReferenceSeq(boolean colourByReferenceSeq);
 150
 151   Color getTextColour();
 152
 153   Color getTextColour2();
 154
 155   int getThresholdTextColour();
 156
 157   boolean isConservationColourSelected();
 158
 159   boolean isRenderGaps();
 160
 161   boolean isShowColourText();
 162
 163   boolean isShowSequenceFeaturesHeight();
 164
 165   void setConservationColourSelected(boolean conservationColourSelected);
 166
 167   void setShowColourText(boolean showColourText);
 168
 169   void setTextColour(Color textColour);
 170
 171   void setThresholdTextColour(int thresholdTextColour);
 172
 173   void setTextColour2(Color textColour2);
 174
 175   boolean isSeqNameItalics();
 176
 177   void setUpperCasebold(boolean upperCasebold);
 178
 179   boolean isUpperCasebold();
 180
 181   boolean sameStyle(ViewStyleI them);
 182
 183   void setFontName(String name);
 184
 185   void setFontStyle(int style);
 186
 187   void setFontSize(int size);
 188
 189   int getFontStyle();
 190
 191   String getFontName();
 192
 193   int getFontSize();
 194
 195   /**
 196    * @return width of Sequence and Annotation ID margin. If less than zero, then
 197    *         width will be autocalculated
 198    */
 199   int getIdWidth();
 200
 201   /**
 202    * Set width if
 203    *
 204    * @param i
 205    */
 206
 207   void setIdWidth(int i);
 208
 209   /**
 210    * centre columnar annotation labels in displayed alignment annotation
 211    */
 212   boolean isCentreColumnLabels();
 213
 214   /**
 215    * centre columnar annotation labels in displayed alignment annotation
 216    */
 217   void setCentreColumnLabels(boolean centreColumnLabels);
 218
 219   /**
 220    * enable or disable the display of Database Cross References in the sequence
 221    * ID tooltip
 222    */
 223   void setShowDBRefs(boolean showdbrefs);
 224
 225   /**
 226    *
 227    * @return true if Database References are to be displayed on tooltips.
 228    */
 229   boolean isShowDBRefs();
 230
 231   /**
 232    *
 233    * @return true if Non-positional features are to be displayed on tooltips.
 234    */
 235   boolean isShowNPFeats();
 236
 237   /**
 238    * enable or disable the display of Non-Positional sequence features in the
 239    * sequence ID tooltip
 240    *
 241    * @param show
 242    */
 243   void setShowNPFeats(boolean shownpfeats);
 244
 245   /**
 246    * Get flag to scale protein residues 3 times the width of cDNA bases (only
 247    * applicable in SplitFrame views)
 248    *
 249    * @return
 250    */
 251   boolean isScaleProteinAsCdna();
 252
 253   /**
 254    * Set flag to scale protein residues 3 times the width of cDNA bases (only
 255    * applicable in SplitFrame views)
 256    *
 257    * @return
 258    */
 259   void setScaleProteinAsCdna(boolean b);
 260 }