src/jalview/api/analysis/DistanceScoreModelI.java

   1 package jalview.api.analysis;
   2
   3 import jalview.datamodel.AlignmentView;
   4 import jalview.math.MatrixI;
   5
   6 /**
   7  * A sequence distance score models, that provides a method to compute distances
   8  * between pairs of sequences
   9  *
  10  * @author gmcarstairs
  11  *
  12  */
  13 public interface DistanceScoreModelI extends ScoreModelI
  14 {
  15   /**
  16    * Returns a distance score for the given sequence regions, that is, a matrix
  17    * whose value [i][j] is the distance of sequence i from sequence j by some
  18    * measure
  19    *
  20    * @param seqData
  21    * @return
  22    */
  23   MatrixI findDistances(AlignmentView seqData);
  24 }