src/jalview/api/analysis/PairwiseScoreModelI.java

   1 package jalview.api.analysis;
   2
   3 /**
   4  * An interface that describes classes that can compute similarity (aka
   5  * substitution) scores for pairs of residues
   6  */
   7 public interface PairwiseScoreModelI
   8 {
   9   /**
  10    * Answers a similarity score between two sequence characters (for
  11    * substitution of the first by the second). Typically the highest scores are
  12    * for identity, and the lowest for substitution of a residue by one with very
  13    * different properties.
  14    *
  15    * @param c
  16    * @param d
  17    * @return
  18    */
  19   abstract public float getPairwiseScore(char c, char d);
  20   // TODO make this static when Java 8
  21
  22 }