src/jalview/api/analysis/SimilarityParamsI.java

   1 package jalview.api.analysis;
   2
   3 /**
   4  * A description of options when computing percentage identity of two aligned
   5  * sequences
   6  */
   7 public interface SimilarityParamsI
   8 {
   9   /**
  10    * Answers true if gap-gap aligned positions should be included in the
  11    * calculation
  12    *
  13    * @return
  14    */
  15   boolean includeGappedColumns();
  16
  17   /**
  18    * Answers true if gap-residue alignment is considered a match
  19    *
  20    * @return
  21    */
  22   // TODO is this specific to a PID score only?
  23   // score matrix will compute whatever is configured for gap-residue
  24   boolean matchGaps();
  25
  26   /**
  27    * Answers true if gaps are included in the calculation. This may affect the
  28    * calculated score, the denominator (normalisation factor) of the score, or
  29    * both. Gap-gap positions are included if this and includeGappedColumns both
  30    * answer true.
  31    *
  32    * @return
  33    */
  34   boolean includeGaps();
  35
  36   /**
  37    * Answers true if only the shortest sequence length is used to divide the
  38    * total score, false if the longest sequence length
  39    *
  40    * @return
  41    */
  42   boolean denominateByShortestLength();
  43 }