src/jalview/appletgui/APopupMenu.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 \r
  20 package jalview.appletgui;\r
  21 \r
  22 import java.awt.*;\r
  23 import java.awt.event.*;\r
  24 import java.util.Vector;\r
  25 \r
  26 import jalview.analysis.*;\r
  27 import jalview.datamodel.*;\r
  28 import jalview.schemes.*;\r
  29 \r
  30 public class APopupMenu\r
  31     extends java.awt.PopupMenu\r
  32 {\r
  33   Menu groupMenu = new Menu();\r
  34   protected MenuItem clustalColour = new MenuItem();\r
  35   protected MenuItem zappoColour = new MenuItem();\r
  36   protected MenuItem taylorColour = new MenuItem();\r
  37   protected MenuItem hydrophobicityColour = new MenuItem();\r
  38   protected MenuItem helixColour = new MenuItem();\r
  39   protected MenuItem strandColour = new MenuItem();\r
  40   protected MenuItem turnColour = new MenuItem();\r
  41   protected MenuItem buriedColour = new MenuItem();\r
  42   protected CheckboxMenuItem abovePIDColour = new CheckboxMenuItem();\r
  43   protected MenuItem userDefinedColour = new MenuItem();\r
  44   protected MenuItem PIDColour = new MenuItem();\r
  45   protected MenuItem BLOSUM62Colour = new MenuItem();\r
  46   MenuItem noColourmenuItem = new MenuItem();\r
  47   protected CheckboxMenuItem conservationMenuItem = new CheckboxMenuItem();\r
  48 \r
  49   final AlignmentPanel ap;\r
  50   MenuItem unGroupMenuItem = new MenuItem();\r
  51   MenuItem nucleotideMenuItem = new MenuItem();\r
  52   Menu colourMenu = new Menu();\r
  53   CheckboxMenuItem showBoxes = new CheckboxMenuItem();\r
  54   CheckboxMenuItem showText = new CheckboxMenuItem();\r
  55   CheckboxMenuItem showColourText = new CheckboxMenuItem();\r
  56 \r
  57   public APopupMenu(AlignmentPanel apanel, final Sequence seq, Vector links)\r
  58   {\r
  59     ///////////////////////////////////////////////////////////\r
  60     // If this is activated from the sequence panel, the user may want to\r
  61     // edit or annotate a particular residue. Therefore display the residue menu\r
  62     //\r
  63     // If from the IDPanel, we must display the sequence menu\r
  64     //////////////////////////////////////////////////////////\r
  65 \r
  66     this.ap = apanel;\r
  67 \r
  68     try\r
  69     {\r
  70       jbInit();\r
  71     }\r
  72     catch (Exception e)\r
  73     {\r
  74       e.printStackTrace();\r
  75     }\r
  76 \r
  77     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();\r
  78     if (sg != null)\r
  79     {\r
  80       showText.setState(sg.getDisplayText());\r
  81       showColourText.setState(sg.getColourText());\r
  82       showBoxes.setState(sg.getDisplayBoxes());\r
  83     }\r
  84 \r
  85     if (!ap.av.alignment.getGroups().contains(sg))\r
  86     {\r
  87       groupMenu.remove(unGroupMenuItem);\r
  88     }\r
  89 \r
  90     if (seq != null && links!=null)\r
  91     {\r
  92       Menu linkMenu = new Menu("Link");\r
  93       MenuItem item;\r
  94       String link;\r
  95       for(int i=0; i<links.size(); i++)\r
  96       {\r
  97         link = links.elementAt(i).toString();\r
  98         final String target = link.substring(0, link.indexOf("|"));\r
  99         item = new MenuItem(target);\r
 100         final String url = link.substring(link.indexOf("|")+1, link.indexOf("$SEQUENCE_ID$"))\r
 101                + seq.getName() +\r
 102                link.substring(link.indexOf("$SEQUENCE_ID$") + 13);\r
 103 \r
 104            item.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()\r
 105            {\r
 106                public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 107                {\r
 108                   ap.alignFrame.showURL(url, target);\r
 109                }\r
 110            });\r
 111           linkMenu.add(item);\r
 112       }\r
 113       add(linkMenu);\r
 114 \r
 115       item = new MenuItem("Show PDB Structure");\r
 116       item.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()\r
 117            {\r
 118                public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 119                {\r
 120                   addPDB(seq);\r
 121                }\r
 122            });\r
 123 \r
 124       add(item);\r
 125 \r
 126 \r
 127     }\r
 128   }\r
 129 \r
 130   void addPDB(Sequence seq)\r
 131   {\r
 132     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(true, ap.alignFrame.applet);\r
 133     cap.setText("Paste your PDB file here.");\r
 134     cap.setPDBImport(seq, ap.seqPanel.seqCanvas);\r
 135     Frame frame = new Frame();\r
 136     frame.add(cap);\r
 137     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, "Paste PDB file ", 400, 300);\r
 138   }\r
 139 \r
 140   private void jbInit()\r
 141       throws Exception\r
 142   {\r
 143     groupMenu.setLabel("Group");\r
 144     groupMenu.setLabel("Define");\r
 145 \r
 146     unGroupMenuItem.setLabel("Remove Group");\r
 147     unGroupMenuItem.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()\r
 148     {\r
 149       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 150       {\r
 151         unGroupMenuItem_actionPerformed(e);\r
 152       }\r
 153     });\r
 154 \r
 155     nucleotideMenuItem.setLabel("Nucleotide");\r
 156     nucleotideMenuItem.addActionListener(new ActionListener()\r
 157     {\r
 158       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 159       {\r
 160         nucleotideMenuItem_actionPerformed(e);\r
 161       }\r
 162     });\r
 163     conservationMenuItem.addItemListener(new ItemListener()\r
 164     {\r
 165       public void itemStateChanged(ItemEvent itemEvent)\r
 166       {\r
 167         conservationMenuItem_itemStateChanged(itemEvent);\r
 168       }\r
 169     });\r
 170     abovePIDColour.addItemListener(new ItemListener()\r
 171     {\r
 172       public void itemStateChanged(ItemEvent itemEvent)\r
 173       {\r
 174         abovePIDColour_itemStateChanged(itemEvent);\r
 175       }\r
 176     });\r
 177     colourMenu.setLabel("Group Colour");\r
 178     showBoxes.setLabel("Boxes");\r
 179     showBoxes.setState(true);\r
 180     showBoxes.addItemListener(new ItemListener()\r
 181     {\r
 182       public void itemStateChanged(ItemEvent itemEvent)\r
 183       {\r
 184         showBoxes_itemStateChanged(itemEvent);\r
 185       }\r
 186     });\r
 187 \r
 188     showText.setLabel("Text");\r
 189     showText.addItemListener(new ItemListener()\r
 190     {\r
 191       public void itemStateChanged(ItemEvent itemEvent)\r
 192       {\r
 193         showText_itemStateChanged(itemEvent);\r
 194       }\r
 195     });\r
 196     showColourText.setLabel("Colour Text");\r
 197     showColourText.addItemListener(new ItemListener()\r
 198     {\r
 199       public void itemStateChanged(ItemEvent itemEvent)\r
 200       {\r
 201         showColourText_itemStateChanged(itemEvent);\r
 202       }\r
 203     });\r
 204 \r
 205     add(groupMenu);\r
 206     groupMenu.add(unGroupMenuItem);\r
 207     groupMenu.add(colourMenu);\r
 208     groupMenu.addSeparator();\r
 209     groupMenu.add(showBoxes);\r
 210     groupMenu.add(showText);\r
 211     groupMenu.add(showColourText);\r
 212     colourMenu.add(noColourmenuItem);\r
 213     colourMenu.add(clustalColour);\r
 214     colourMenu.add(BLOSUM62Colour);\r
 215     colourMenu.add(PIDColour);\r
 216     colourMenu.add(zappoColour);\r
 217     colourMenu.add(taylorColour);\r
 218     colourMenu.add(hydrophobicityColour);\r
 219     colourMenu.add(helixColour);\r
 220     colourMenu.add(strandColour);\r
 221     colourMenu.add(turnColour);\r
 222     colourMenu.add(buriedColour);\r
 223     colourMenu.add(nucleotideMenuItem);\r
 224     colourMenu.add(userDefinedColour);\r
 225     colourMenu.addSeparator();\r
 226     colourMenu.add(abovePIDColour);\r
 227     colourMenu.add(conservationMenuItem);\r
 228 \r
 229     noColourmenuItem.setLabel("None");\r
 230     noColourmenuItem.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()\r
 231     {\r
 232       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 233       {\r
 234         noColourmenuItem_actionPerformed(e);\r
 235       }\r
 236     });\r
 237 \r
 238     clustalColour.setLabel("Clustalx colours");\r
 239     clustalColour.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()\r
 240     {\r
 241       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 242       {\r
 243         clustalColour_actionPerformed(e);\r
 244       }\r
 245     });\r
 246     zappoColour.setLabel("Zappo");\r
 247     zappoColour.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()\r
 248     {\r
 249       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 250       {\r
 251         zappoColour_actionPerformed(e);\r
 252       }\r
 253     });\r
 254     taylorColour.setLabel("Taylor");\r
 255     taylorColour.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()\r
 256     {\r
 257       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 258       {\r
 259         taylorColour_actionPerformed(e);\r
 260       }\r
 261     });\r
 262     hydrophobicityColour.setLabel("Hydrophobicity");\r
 263     hydrophobicityColour.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()\r
 264     {\r
 265       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 266       {\r
 267         hydrophobicityColour_actionPerformed(e);\r
 268       }\r
 269     });\r
 270     helixColour.setLabel("Helix propensity");\r
 271     helixColour.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()\r
 272     {\r
 273       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 274       {\r
 275         helixColour_actionPerformed(e);\r
 276       }\r
 277     });\r
 278     strandColour.setLabel("Strand propensity");\r
 279     strandColour.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()\r
 280     {\r
 281       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 282       {\r
 283         strandColour_actionPerformed(e);\r
 284       }\r
 285     });\r
 286     turnColour.setLabel("Turn propensity");\r
 287     turnColour.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()\r
 288     {\r
 289       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 290       {\r
 291         turnColour_actionPerformed(e);\r
 292       }\r
 293     });\r
 294     buriedColour.setLabel("Buried Index");\r
 295     buriedColour.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()\r
 296     {\r
 297       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 298       {\r
 299         buriedColour_actionPerformed(e);\r
 300       }\r
 301     });\r
 302     abovePIDColour.setLabel("Above % Identity");\r
 303 \r
 304     userDefinedColour.setLabel("User Defined");\r
 305     userDefinedColour.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()\r
 306     {\r
 307       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 308       {\r
 309         userDefinedColour_actionPerformed(e);\r
 310       }\r
 311     });\r
 312     PIDColour.setLabel("Percentage Identity");\r
 313     PIDColour.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()\r
 314     {\r
 315       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 316       {\r
 317         PIDColour_actionPerformed(e);\r
 318       }\r
 319     });\r
 320     BLOSUM62Colour.setLabel("BLOSUM62");\r
 321     BLOSUM62Colour.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()\r
 322     {\r
 323       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 324       {\r
 325         BLOSUM62Colour_actionPerformed(e);\r
 326       }\r
 327     });\r
 328     conservationMenuItem.setLabel("Conservation");\r
 329 \r
 330   }\r
 331 \r
 332   void refresh()\r
 333   {\r
 334     SequenceGroup sg = getGroup();\r
 335     if(sg!=null)\r
 336     {\r
 337       SuperGroup superG = ap.av.alignment.getSuperGroup(sg);\r
 338 \r
 339       if (superG != null)\r
 340       {\r
 341         superG.setSuperGroupProperties(sg);\r
 342       }\r
 343         }\r
 344     ap.seqPanel.seqCanvas.repaint();\r
 345     if(ap.overviewPanel!=null)\r
 346       ap.overviewPanel.updateOverviewImage();\r
 347   }\r
 348 \r
 349   protected void clustalColour_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 350   {\r
 351     SequenceGroup sg = getGroup();\r
 352     sg.cs = new ClustalxColourScheme(sg.sequences, ap.av.alignment.getWidth());\r
 353     refresh();\r
 354   }\r
 355 \r
 356   protected void zappoColour_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 357   {\r
 358     getGroup().cs = new ZappoColourScheme();\r
 359     refresh();\r
 360   }\r
 361 \r
 362   protected void taylorColour_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 363   {\r
 364     getGroup().cs = new TaylorColourScheme();\r
 365     refresh();\r
 366   }\r
 367 \r
 368   protected void hydrophobicityColour_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 369   {\r
 370     getGroup().cs = new HydrophobicColourScheme();\r
 371     refresh();\r
 372   }\r
 373 \r
 374   protected void helixColour_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 375   {\r
 376     getGroup().cs = new HelixColourScheme();\r
 377     refresh();\r
 378   }\r
 379 \r
 380   protected void strandColour_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 381   {\r
 382     getGroup().cs = new StrandColourScheme();\r
 383     refresh();\r
 384   }\r
 385 \r
 386   protected void turnColour_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 387   {\r
 388     getGroup().cs = new TurnColourScheme();\r
 389     refresh();\r
 390   }\r
 391 \r
 392   protected void buriedColour_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 393   {\r
 394     getGroup().cs = new BuriedColourScheme();\r
 395     refresh();\r
 396   }\r
 397 \r
 398   public void nucleotideMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 399   {\r
 400     getGroup().cs = new NucleotideColourScheme();\r
 401     refresh();\r
 402   }\r
 403 \r
 404   protected void abovePIDColour_itemStateChanged(ItemEvent ie)\r
 405   {\r
 406     SequenceGroup sg = getGroup();\r
 407     if(sg.cs==null)\r
 408           return;\r
 409 \r
 410     if (abovePIDColour.getState())\r
 411     {\r
 412       sg.cs.setConsensus(AAFrequency.calculate(sg.sequences, 0,\r
 413                                                ap.av.alignment.getWidth()));\r
 414       int threshold = SliderPanel.setPIDSliderSource(ap, sg.cs,\r
 415           getGroup().getName());\r
 416 \r
 417       sg.cs.setThreshold(threshold, ap.av.getIgnoreGapsConsensus());\r
 418 \r
 419       SliderPanel.showPIDSlider();\r
 420 \r
 421     }\r
 422     else // remove PIDColouring\r
 423     {\r
 424       sg.cs.setThreshold(0, ap.av.getIgnoreGapsConsensus());\r
 425     }\r
 426 \r
 427     refresh();\r
 428 \r
 429   }\r
 430 \r
 431   protected void userDefinedColour_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 432   {\r
 433     new UserDefinedColours(ap, getGroup());\r
 434   }\r
 435 \r
 436   protected void PIDColour_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 437   {\r
 438     SequenceGroup sg = getGroup();\r
 439     sg.cs = new PIDColourScheme();\r
 440     sg.cs.setConsensus(AAFrequency.calculate(sg.sequences, 0,\r
 441                                              ap.av.alignment.getWidth()));\r
 442     refresh();\r
 443   }\r
 444 \r
 445   protected void BLOSUM62Colour_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 446   {\r
 447     SequenceGroup sg = getGroup();\r
 448 \r
 449     sg.cs = new Blosum62ColourScheme();\r
 450 \r
 451     sg.cs.setConsensus(AAFrequency.calculate(sg.sequences, 0,\r
 452                                              ap.av.alignment.getWidth()));\r
 453 \r
 454     refresh();\r
 455   }\r
 456 \r
 457   protected void noColourmenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 458   {\r
 459     getGroup().cs = null;\r
 460     refresh();\r
 461   }\r
 462 \r
 463   protected void conservationMenuItem_itemStateChanged(ItemEvent ie)\r
 464   {\r
 465     SequenceGroup sg = getGroup();\r
 466     if(sg.cs==null)\r
 467           return;\r
 468 \r
 469     if (conservationMenuItem.getState())\r
 470     {\r
 471 \r
 472       Conservation c = new Conservation("Group",\r
 473                                         ResidueProperties.propHash, 3,\r
 474                                         sg.sequences, 0,\r
 475                                         ap.av.alignment.getWidth());\r
 476 \r
 477       c.calculate();\r
 478       c.verdict(false, ap.av.ConsPercGaps);\r
 479 \r
 480       sg.cs.setConservation(c);\r
 481 \r
 482       SliderPanel.setConservationSlider(ap, sg.cs, sg.getName());\r
 483       SliderPanel.showConservationSlider();\r
 484     }\r
 485     else // remove ConservationColouring\r
 486     {\r
 487       sg.cs.setConservation(null);\r
 488     }\r
 489 \r
 490     refresh();\r
 491   }\r
 492 \r
 493 \r
 494   SequenceGroup getGroup()\r
 495   {\r
 496     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();\r
 497 \r
 498     // this method won't add a new group if it already exists\r
 499     if(sg!=null)\r
 500       ap.av.alignment.addGroup(sg);\r
 501 \r
 502     return sg;\r
 503   }\r
 504 \r
 505   void unGroupMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 506   {\r
 507     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();\r
 508     ap.av.alignment.deleteGroup(sg);\r
 509     ap.av.setSelectionGroup(null);\r
 510     ap.repaint();\r
 511   }\r
 512 \r
 513   public void showColourText_itemStateChanged(ItemEvent itemEvent)\r
 514   {\r
 515     getGroup().setColourText(showColourText.getState());\r
 516     refresh();\r
 517   }\r
 518 \r
 519   public void showText_itemStateChanged(ItemEvent itemEvent)\r
 520   {\r
 521     getGroup().setDisplayText(showText.getState());\r
 522     refresh();\r
 523   }\r
 524 \r
 525   public void showBoxes_itemStateChanged(ItemEvent itemEvent)\r
 526   {\r
 527     getGroup().setDisplayBoxes(showBoxes.getState());\r
 528     refresh();\r
 529   }\r
 530 \r
 531 }\r