src/jalview/appletgui/APopupMenu.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.appletgui;
  22
  23 import jalview.analysis.AAFrequency;
  24 import jalview.analysis.AlignmentAnnotationUtils;
  25 import jalview.analysis.AlignmentUtils;
  26 import jalview.analysis.Conservation;
  27 import jalview.commands.ChangeCaseCommand;
  28 import jalview.commands.EditCommand;
  29 import jalview.commands.EditCommand.Action;
  30 import jalview.datamodel.AlignmentAnnotation;
  31 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  32 import jalview.datamodel.DBRefEntry;
  33 import jalview.datamodel.PDBEntry;
  34 import jalview.datamodel.SequenceFeature;
  35 import jalview.datamodel.SequenceGroup;
  36 import jalview.datamodel.SequenceI;
  37 import jalview.io.AppletFormatAdapter;
  38 import jalview.io.SequenceAnnotationReport;
  39 import jalview.schemes.Blosum62ColourScheme;
  40 import jalview.schemes.BuriedColourScheme;
  41 import jalview.schemes.ClustalxColourScheme;
  42 import jalview.schemes.HelixColourScheme;
  43 import jalview.schemes.HydrophobicColourScheme;
  44 import jalview.schemes.NucleotideColourScheme;
  45 import jalview.schemes.PIDColourScheme;
  46 import jalview.schemes.ResidueProperties;
  47 import jalview.schemes.StrandColourScheme;
  48 import jalview.schemes.TaylorColourScheme;
  49 import jalview.schemes.TurnColourScheme;
  50 import jalview.schemes.ZappoColourScheme;
  51 import jalview.util.MessageManager;
  52 import jalview.util.UrlLink;
  53
  54 import java.awt.CheckboxMenuItem;
  55 import java.awt.Frame;
  56 import java.awt.Menu;
  57 import java.awt.MenuItem;
  58 import java.awt.event.ActionEvent;
  59 import java.awt.event.ActionListener;
  60 import java.awt.event.ItemEvent;
  61 import java.awt.event.ItemListener;
  62 import java.util.Arrays;
  63 import java.util.Collections;
  64 import java.util.LinkedHashMap;
  65 import java.util.List;
  66 import java.util.Map;
  67 import java.util.TreeMap;
  68 import java.util.Vector;
  69
  70 public class APopupMenu extends java.awt.PopupMenu implements
  71         ActionListener, ItemListener
  72 {
  73   private static final String ALL_ANNOTATIONS = "All";
  74
  75   Menu groupMenu = new Menu();
  76
  77   MenuItem editGroupName = new MenuItem();
  78
  79   protected MenuItem clustalColour = new MenuItem();
  80
  81   protected MenuItem zappoColour = new MenuItem();
  82
  83   protected MenuItem taylorColour = new MenuItem();
  84
  85   protected MenuItem hydrophobicityColour = new MenuItem();
  86
  87   protected MenuItem helixColour = new MenuItem();
  88
  89   protected MenuItem strandColour = new MenuItem();
  90
  91   protected MenuItem turnColour = new MenuItem();
  92
  93   protected MenuItem buriedColour = new MenuItem();
  94
  95   protected CheckboxMenuItem abovePIDColour = new CheckboxMenuItem();
  96
  97   protected MenuItem userDefinedColour = new MenuItem();
  98
  99   protected MenuItem PIDColour = new MenuItem();
 100
 101   protected MenuItem BLOSUM62Colour = new MenuItem();
 102
 103   MenuItem noColourmenuItem = new MenuItem();
 104
 105   protected CheckboxMenuItem conservationMenuItem = new CheckboxMenuItem();
 106
 107   final AlignmentPanel ap;
 108
 109   MenuItem unGroupMenuItem = new MenuItem();
 110
 111   MenuItem createGroupMenuItem = new MenuItem();
 112
 113   MenuItem nucleotideMenuItem = new MenuItem();
 114
 115   Menu colourMenu = new Menu();
 116
 117   CheckboxMenuItem showBoxes = new CheckboxMenuItem();
 118
 119   CheckboxMenuItem showText = new CheckboxMenuItem();
 120
 121   CheckboxMenuItem showColourText = new CheckboxMenuItem();
 122
 123   CheckboxMenuItem displayNonconserved = new CheckboxMenuItem();
 124
 125   Menu seqShowAnnotationsMenu = new Menu(
 126           MessageManager.getString("label.show_annotations"));
 127
 128   Menu seqHideAnnotationsMenu = new Menu(
 129           MessageManager.getString("label.hide_annotations"));
 130
 131   MenuItem seqAddReferenceAnnotations = new MenuItem(
 132           MessageManager.getString("label.add_reference_annotations"));
 133
 134   Menu groupShowAnnotationsMenu = new Menu(
 135           MessageManager.getString("label.show_annotations"));
 136
 137   Menu groupHideAnnotationsMenu = new Menu(
 138           MessageManager.getString("label.hide_annotations"));
 139
 140   MenuItem groupAddReferenceAnnotations = new MenuItem(
 141           MessageManager.getString("label.add_reference_annotations"));
 142
 143   Menu editMenu = new Menu(MessageManager.getString("action.edit"));
 144
 145   MenuItem copy = new MenuItem(MessageManager.getString("action.copy"));
 146
 147   MenuItem cut = new MenuItem(MessageManager.getString("action.cut"));
 148
 149   MenuItem toUpper = new MenuItem(
 150           MessageManager.getString("label.to_upper_case"));
 151
 152   MenuItem toLower = new MenuItem(
 153           MessageManager.getString("label.to_lower_case"));
 154
 155   MenuItem toggleCase = new MenuItem(
 156           MessageManager.getString("label.toggle_case"));
 157
 158   Menu outputmenu = new Menu();
 159
 160   Menu seqMenu = new Menu();
 161
 162   MenuItem pdb = new MenuItem();
 163
 164   MenuItem hideSeqs = new MenuItem();
 165
 166   MenuItem repGroup = new MenuItem();
 167
 168   MenuItem sequenceName = new MenuItem(
 169           MessageManager.getString("label.edit_name_description"));
 170
 171   MenuItem sequenceFeature = new MenuItem(
 172           MessageManager.getString("label.create_sequence_feature"));
 173
 174   MenuItem editSequence = new MenuItem(
 175           MessageManager.getString("label.edit_sequence"));
 176
 177   MenuItem sequenceDetails = new MenuItem(
 178           MessageManager.getString("label.sequence_details") + "...");
 179
 180   MenuItem selSeqDetails = new MenuItem(
 181           MessageManager.getString("label.sequence_details") + "...");
 182
 183   MenuItem makeReferenceSeq = new MenuItem();
 184
 185   SequenceI seq;
 186
 187   MenuItem revealAll = new MenuItem();
 188
 189   MenuItem revealSeq = new MenuItem();
 190
 191   /**
 192    * index of sequence to be revealed
 193    */
 194   int revealSeq_index = -1;
 195
 196   Menu menu1 = new Menu();
 197
 198   public APopupMenu(AlignmentPanel apanel, final SequenceI seq,
 199           Vector<String> links)
 200   {
 201     // /////////////////////////////////////////////////////////
 202     // If this is activated from the sequence panel, the user may want to
 203     // edit or annotate a particular residue. Therefore display the residue menu
 204     //
 205     // If from the IDPanel, we must display the sequence menu
 206     // ////////////////////////////////////////////////////////
 207
 208     this.ap = apanel;
 209     this.seq = seq;
 210
 211     try
 212     {
 213       jbInit();
 214     } catch (Exception e)
 215     {
 216       e.printStackTrace();
 217     }
 218
 219     for (int i = 0; i < jalview.io.AppletFormatAdapter.WRITEABLE_FORMATS.length; i++)
 220     {
 221       MenuItem item = new MenuItem(
 222               jalview.io.AppletFormatAdapter.WRITEABLE_FORMATS[i]);
 223
 224       item.addActionListener(this);
 225       outputmenu.add(item);
 226     }
 227
 228     buildAnnotationSubmenus();
 229
 230     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
 231     if (sg != null && sg.getSize() > 0)
 232     {
 233       editGroupName.setLabel(MessageManager.formatMessage(
 234               "label.name_param", new Object[]
 235               { sg.getName() }));
 236       showText.setState(sg.getDisplayText());
 237       showColourText.setState(sg.getColourText());
 238       showBoxes.setState(sg.getDisplayBoxes());
 239       displayNonconserved.setState(sg.getShowNonconserved());
 240       if (!ap.av.getAlignment().getGroups().contains(sg))
 241       {
 242         menu1.setLabel(MessageManager.getString("action.edit_new_group"));
 243         groupMenu.remove(unGroupMenuItem);
 244       }
 245       else
 246       {
 247         menu1.setLabel(MessageManager.getString("action.edit_group"));
 248         groupMenu.remove(createGroupMenuItem);
 249       }
 250
 251     }
 252     else
 253     {
 254       remove(hideSeqs);
 255       remove(groupMenu);
 256     }
 257
 258     if (links != null && links.size() > 0)
 259     {
 260       Menu linkMenu = new Menu(MessageManager.getString("action.link"));
 261       for (int i = 0; i < links.size(); i++)
 262       {
 263         String link = links.elementAt(i);
 264         UrlLink urlLink = new UrlLink(link);
 265         if (!urlLink.isValid())
 266         {
 267           System.err.println(urlLink.getInvalidMessage());
 268           continue;
 269         }
 270         final String target = urlLink.getTarget(); // link.substring(0,
 271         // link.indexOf("|"));
 272         final String label = urlLink.getLabel();
 273         if (seq != null && urlLink.isDynamic())
 274         {
 275
 276           // collect matching db-refs
 277           DBRefEntry[] dbr = jalview.util.DBRefUtils.selectRefs(
 278                   seq.getDBRef(), new String[]
 279                   { target });
 280           // collect id string too
 281           String id = seq.getName();
 282           String descr = seq.getDescription();
 283           if (descr != null && descr.length() < 1)
 284           {
 285             descr = null;
 286           }
 287           if (dbr != null)
 288           {
 289             for (int r = 0; r < dbr.length; r++)
 290             {
 291               if (id != null && dbr[r].getAccessionId().equals(id))
 292               {
 293                 // suppress duplicate link creation for the bare sequence ID
 294                 // string with this link
 295                 id = null;
 296               }
 297               // create Bare ID link for this RUL
 298               String[] urls = urlLink.makeUrls(dbr[r].getAccessionId(),
 299                       true);
 300               if (urls != null)
 301               {
 302                 for (int u = 0; u < urls.length; u += 2)
 303                 {
 304                   addshowLink(linkMenu, label + "|" + urls[u], urls[u + 1]);
 305                 }
 306               }
 307             }
 308           }
 309           if (id != null)
 310           {
 311             // create Bare ID link for this RUL
 312             String[] urls = urlLink.makeUrls(id, true);
 313             if (urls != null)
 314             {
 315               for (int u = 0; u < urls.length; u += 2)
 316               {
 317                 addshowLink(linkMenu, label, urls[u + 1]);
 318               }
 319             }
 320             // addshowLink(linkMenu, target, url_pref + id + url_suff);
 321           }
 322           // Now construct URLs from description but only try to do it for regex
 323           // URL links
 324           if (descr != null && urlLink.getRegexReplace() != null)
 325           {
 326             // create link for this URL from description only if regex matches
 327             String[] urls = urlLink.makeUrls(descr, true);
 328             if (urls != null)
 329             {
 330               for (int u = 0; u < urls.length; u += 2)
 331               {
 332                 addshowLink(linkMenu, label, urls[u + 1]);
 333               }
 334             }
 335           }
 336         }
 337         else
 338         {
 339           addshowLink(linkMenu, target, urlLink.getUrl_prefix()); // link.substring(link.lastIndexOf("|")+1));
 340         }
 341         /*
 342          * final String url;
 343          *
 344          * if (link.indexOf("$SEQUENCE_ID$") > -1) { // Substitute SEQUENCE_ID
 345          * string and any matching database reference accessions String url_pref
 346          * = link.substring(link.indexOf("|") + 1,
 347          * link.indexOf("$SEQUENCE_ID$"));
 348          *
 349          * String url_suff = link.substring(link.indexOf("$SEQUENCE_ID$") + 13);
 350          * // collect matching db-refs DBRefEntry[] dbr =
 351          * jalview.util.DBRefUtils.selectRefs(seq.getDBRef(), new
 352          * String[]{target}); // collect id string too String id =
 353          * seq.getName(); if (id.indexOf("|") > -1) { id =
 354          * id.substring(id.lastIndexOf("|") + 1); } if (dbr!=null) { for (int
 355          * r=0;r<dbr.length; r++) { if (dbr[r].getAccessionId().equals(id)) { //
 356          * suppress duplicate link creation for the bare sequence ID string with
 357          * this link id = null; } addshowLink(linkMenu,
 358          * dbr[r].getSource()+"|"+dbr[r].getAccessionId(), target,
 359          * url_pref+dbr[r].getAccessionId()+url_suff); } } if (id!=null) { //
 360          * create Bare ID link for this RUL addshowLink(linkMenu, target,
 361          * url_pref + id + url_suff); } } else { addshowLink(linkMenu, target,
 362          * link.substring(link.lastIndexOf("|")+1)); }
 363          */
 364       }
 365       if (linkMenu.getItemCount() > 0)
 366       {
 367         if (seq != null)
 368         {
 369           seqMenu.add(linkMenu);
 370         }
 371         else
 372         {
 373           add(linkMenu);
 374         }
 375       }
 376     }
 377     // TODO: add group link menu entry here
 378     if (seq != null)
 379     {
 380       seqMenu.setLabel(seq.getName());
 381       if (seq == ap.av.getAlignment().getSeqrep())
 382       {
 383         makeReferenceSeq.setLabel(MessageManager
 384                 .getString("action.unmark_as_reference"));// Unmark
 385                                                           // representative");
 386       }
 387       else
 388       {
 389         makeReferenceSeq.setLabel(MessageManager
 390                 .getString("action.set_as_reference")); // );
 391       }
 392       repGroup.setLabel(MessageManager.formatMessage(
 393               "label.represent_group_with", new Object[]
 394               { seq.getName() }));
 395     }
 396     else
 397     {
 398       remove(seqMenu);
 399     }
 400
 401     if (!ap.av.hasHiddenRows())
 402     {
 403       remove(revealAll);
 404       remove(revealSeq);
 405     }
 406     else
 407     {
 408       final int index = ap.av.getAlignment().findIndex(seq);
 409
 410       if (ap.av.adjustForHiddenSeqs(index)
 411               - ap.av.adjustForHiddenSeqs(index - 1) > 1)
 412       {
 413         revealSeq_index = index;
 414       }
 415       else
 416       {
 417         remove(revealSeq);
 418       }
 419     }
 420   }
 421
 422   /**
 423    * Build menus for annotation types that may be shown or hidden, and for
 424    * 'reference annotations' that may be added to the alignment.
 425    */
 426   private void buildAnnotationSubmenus()
 427   {
 428     /*
 429      * First for the currently selected sequence (if there is one):
 430      */
 431     final List<SequenceI> selectedSequence = (seq == null ? Collections
 432             .<SequenceI> emptyList() : Arrays.asList(seq));
 433     buildAnnotationTypesMenus(seqShowAnnotationsMenu,
 434             seqHideAnnotationsMenu, selectedSequence);
 435     configureReferenceAnnotationsMenu(seqAddReferenceAnnotations,
 436             selectedSequence);
 437
 438     /*
 439      * and repeat for the current selection group (if there is one):
 440      */
 441     final List<SequenceI> selectedGroup = (ap.av.getSelectionGroup() == null ? Collections
 442             .<SequenceI> emptyList() : ap.av.getSelectionGroup()
 443             .getSequences());
 444     buildAnnotationTypesMenus(groupShowAnnotationsMenu,
 445             groupHideAnnotationsMenu, selectedGroup);
 446     configureReferenceAnnotationsMenu(groupAddReferenceAnnotations,
 447             selectedGroup);
 448   }
 449
 450   /**
 451    * Determine whether or not to enable 'add reference annotations' menu item.
 452    * It is enable if there are any annotations, on any of the selected
 453    * sequences, which are not yet on the alignment (visible or not).
 454    *
 455    * @param menu
 456    * @param forSequences
 457    */
 458   private void configureReferenceAnnotationsMenu(MenuItem menuItem,
 459           List<SequenceI> forSequences)
 460   {
 461     menuItem.setEnabled(false);
 462
 463     /*
 464      * Temporary store to hold distinct calcId / type pairs for the tooltip.
 465      * Using TreeMap means calcIds are shown in alphabetical order.
 466      */
 467     Map<String, String> tipEntries = new TreeMap<String, String>();
 468     final Map<SequenceI, List<AlignmentAnnotation>> candidates = new LinkedHashMap<SequenceI, List<AlignmentAnnotation>>();
 469     AlignmentI al = this.ap.av.getAlignment();
 470     AlignmentUtils.findAddableReferenceAnnotations(forSequences,
 471             tipEntries, candidates, al);
 472     if (!candidates.isEmpty())
 473     {
 474       StringBuilder tooltip = new StringBuilder(64);
 475       tooltip.append(MessageManager.getString("label.add_annotations_for"));
 476
 477       /*
 478        * Found annotations that could be added. Enable the menu item, and
 479        * configure its action.
 480        */
 481       menuItem.setEnabled(true);
 482
 483       menuItem.addActionListener(new ActionListener()
 484       {
 485         @Override
 486         public void actionPerformed(ActionEvent e)
 487         {
 488           addReferenceAnnotations_actionPerformed(candidates);
 489         }
 490       });
 491     }
 492   }
 493
 494   /**
 495    * Add annotations to the sequences and to the alignment.
 496    *
 497    * @param candidates
 498    *          a map whose keys are sequences on the alignment, and values a list
 499    *          of annotations to add to each sequence
 500    */
 501   protected void addReferenceAnnotations_actionPerformed(
 502           Map<SequenceI, List<AlignmentAnnotation>> candidates)
 503   {
 504     final SequenceGroup selectionGroup = this.ap.av.getSelectionGroup();
 505     final AlignmentI alignment = this.ap.getAlignment();
 506     AlignmentUtils.addReferenceAnnotations(candidates, alignment,
 507             selectionGroup);
 508     refresh();
 509   }
 510
 511   /**
 512    * add a show URL menu item to the given linkMenu
 513    *
 514    * @param linkMenu
 515    * @param target
 516    *          - menu label string
 517    * @param url
 518    *          - url to open
 519    */
 520   private void addshowLink(Menu linkMenu, final String target,
 521           final String url)
 522   {
 523     addshowLink(linkMenu, target, target, url);
 524   }
 525
 526   /**
 527    * add a show URL menu item to the given linkMenu
 528    *
 529    * @param linkMenu
 530    * @param target
 531    *          - URL target window
 532    * @param label
 533    *          - menu label string
 534    * @param url
 535    *          - url to open
 536    */
 537   private void addshowLink(Menu linkMenu, final String target,
 538           final String label, final String url)
 539   {
 540     MenuItem item = new MenuItem(label);
 541     item.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()
 542     {
 543       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 544       {
 545         ap.alignFrame.showURL(url, target);
 546       }
 547     });
 548     linkMenu.add(item);
 549   }
 550
 551   public void itemStateChanged(ItemEvent evt)
 552   {
 553     if (evt.getSource() == abovePIDColour)
 554     {
 555       abovePIDColour_itemStateChanged();
 556     }
 557     else if (evt.getSource() == showColourText)
 558     {
 559       showColourText_itemStateChanged();
 560     }
 561     else if (evt.getSource() == showText)
 562     {
 563       showText_itemStateChanged();
 564     }
 565     else if (evt.getSource() == showBoxes)
 566     {
 567       showBoxes_itemStateChanged();
 568     }
 569     else if (evt.getSource() == displayNonconserved)
 570     {
 571       this.showNonconserved_itemStateChanged();
 572     }
 573   }
 574
 575   public void actionPerformed(ActionEvent evt)
 576   {
 577     Object source = evt.getSource();
 578     if (source == clustalColour)
 579     {
 580       clustalColour_actionPerformed();
 581     }
 582     else if (source == zappoColour)
 583     {
 584       zappoColour_actionPerformed();
 585     }
 586     else if (source == taylorColour)
 587     {
 588       taylorColour_actionPerformed();
 589     }
 590     else if (source == hydrophobicityColour)
 591     {
 592       hydrophobicityColour_actionPerformed();
 593     }
 594     else if (source == helixColour)
 595     {
 596       helixColour_actionPerformed();
 597     }
 598     else if (source == strandColour)
 599     {
 600       strandColour_actionPerformed();
 601     }
 602     else if (source == turnColour)
 603     {
 604       turnColour_actionPerformed();
 605     }
 606     else if (source == buriedColour)
 607     {
 608       buriedColour_actionPerformed();
 609     }
 610     else if (source == nucleotideMenuItem)
 611     {
 612       nucleotideMenuItem_actionPerformed();
 613     }
 614
 615     else if (source == userDefinedColour)
 616     {
 617       userDefinedColour_actionPerformed();
 618     }
 619     else if (source == PIDColour)
 620     {
 621       PIDColour_actionPerformed();
 622     }
 623     else if (source == BLOSUM62Colour)
 624     {
 625       BLOSUM62Colour_actionPerformed();
 626     }
 627     else if (source == noColourmenuItem)
 628     {
 629       noColourmenuItem_actionPerformed();
 630     }
 631     else if (source == conservationMenuItem)
 632     {
 633       conservationMenuItem_itemStateChanged();
 634     }
 635     else if (source == unGroupMenuItem)
 636     {
 637       unGroupMenuItem_actionPerformed();
 638     }
 639
 640     else if (source == createGroupMenuItem)
 641     {
 642       createGroupMenuItem_actionPerformed();
 643     }
 644
 645     else if (source == sequenceName)
 646     {
 647       editName();
 648     }
 649     else if (source == makeReferenceSeq)
 650     {
 651       makeReferenceSeq_actionPerformed();
 652     }
 653     else if (source == sequenceDetails)
 654     {
 655       showSequenceDetails();
 656     }
 657     else if (source == selSeqDetails)
 658     {
 659       showSequenceSelectionDetails();
 660     }
 661     else if (source == pdb)
 662     {
 663       addPDB();
 664     }
 665     else if (source == hideSeqs)
 666     {
 667       hideSequences(false);
 668     }
 669     else if (source == repGroup)
 670     {
 671       hideSequences(true);
 672     }
 673     else if (source == revealSeq)
 674     {
 675       ap.av.showSequence(revealSeq_index);
 676     }
 677     else if (source == revealAll)
 678     {
 679       ap.av.showAllHiddenSeqs();
 680     }
 681
 682     else if (source == editGroupName)
 683     {
 684       EditNameDialog dialog = new EditNameDialog(getGroup().getName(),
 685               getGroup().getDescription(), "       Group Name",
 686               "Group Description", ap.alignFrame,
 687               "Edit Group Name / Description", 500, 100, true);
 688
 689       if (dialog.accept)
 690       {
 691         getGroup().setName(dialog.getName().replace(' ', '_'));
 692         getGroup().setDescription(dialog.getDescription());
 693       }
 694
 695     }
 696     else if (source == copy)
 697     {
 698       ap.alignFrame.copy_actionPerformed();
 699     }
 700     else if (source == cut)
 701     {
 702       ap.alignFrame.cut_actionPerformed();
 703     }
 704     else if (source == editSequence)
 705     {
 706       SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
 707
 708       if (sg != null)
 709       {
 710         if (seq == null)
 711         {
 712           seq = sg.getSequenceAt(0);
 713         }
 714
 715         EditNameDialog dialog = new EditNameDialog(seq.getSequenceAsString(
 716                 sg.getStartRes(), sg.getEndRes() + 1), null,
 717                 "Edit Sequence ", null,
 718
 719                 ap.alignFrame, "Edit Sequence", 500, 100, true);
 720
 721         if (dialog.accept)
 722         {
 723           EditCommand editCommand = new EditCommand(MessageManager.getString("label.edit_sequences"),
 724                   Action.REPLACE, dialog.getName().replace(' ',
 725                           ap.av.getGapCharacter()),
 726                   sg.getSequencesAsArray(ap.av.getHiddenRepSequences()),
 727                   sg.getStartRes(), sg.getEndRes() + 1,
 728                   ap.av.getAlignment());
 729
 730           ap.alignFrame.addHistoryItem(editCommand);
 731
 732           ap.av.firePropertyChange("alignment", null, ap.av.getAlignment()
 733                   .getSequences());
 734         }
 735       }
 736     }
 737     else if (source == toUpper || source == toLower || source == toggleCase)
 738     {
 739       SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
 740       if (sg != null)
 741       {
 742         List<int[]> startEnd = ap.av.getVisibleRegionBoundaries(
 743                 sg.getStartRes(), sg.getEndRes() + 1);
 744
 745         String description;
 746         int caseChange;
 747
 748         if (source == toggleCase)
 749         {
 750           description = "Toggle Case";
 751           caseChange = ChangeCaseCommand.TOGGLE_CASE;
 752         }
 753         else if (source == toUpper)
 754         {
 755           description = "To Upper Case";
 756           caseChange = ChangeCaseCommand.TO_UPPER;
 757         }
 758         else
 759         {
 760           description = "To Lower Case";
 761           caseChange = ChangeCaseCommand.TO_LOWER;
 762         }
 763
 764         ChangeCaseCommand caseCommand = new ChangeCaseCommand(description,
 765                 sg.getSequencesAsArray(ap.av.getHiddenRepSequences()),
 766                 startEnd, caseChange);
 767
 768         ap.alignFrame.addHistoryItem(caseCommand);
 769
 770         ap.av.firePropertyChange("alignment", null, ap.av.getAlignment()
 771                 .getSequences());
 772
 773       }
 774     }
 775     else if (source == sequenceFeature)
 776     {
 777       SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
 778       if (sg == null)
 779       {
 780         return;
 781       }
 782
 783       int rsize = 0, gSize = sg.getSize();
 784       SequenceI[] rseqs, seqs = new SequenceI[gSize];
 785       SequenceFeature[] tfeatures, features = new SequenceFeature[gSize];
 786
 787       for (int i = 0; i < gSize; i++)
 788       {
 789         int start = sg.getSequenceAt(i).findPosition(sg.getStartRes());
 790         int end = sg.findEndRes(sg.getSequenceAt(i));
 791         if (start <= end)
 792         {
 793           seqs[rsize] = sg.getSequenceAt(i);
 794           features[rsize] = new SequenceFeature(null, null, null, start,
 795                   end, "Jalview");
 796           rsize++;
 797         }
 798       }
 799       rseqs = new SequenceI[rsize];
 800       tfeatures = new SequenceFeature[rsize];
 801       System.arraycopy(seqs, 0, rseqs, 0, rsize);
 802       System.arraycopy(features, 0, tfeatures, 0, rsize);
 803       features = tfeatures;
 804       seqs = rseqs;
 805
 806       if (ap.seqPanel.seqCanvas.getFeatureRenderer().amendFeatures(seqs,
 807               features, true, ap))
 808       {
 809         ap.alignFrame.sequenceFeatures.setState(true);
 810         ap.av.setShowSequenceFeatures(true);;
 811         ap.highlightSearchResults(null);
 812       }
 813     }
 814     else
 815     {
 816       outputText(evt);
 817     }
 818
 819   }
 820
 821   void outputText(ActionEvent e)
 822   {
 823     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(true, ap.alignFrame);
 824
 825     Frame frame = new Frame();
 826     frame.add(cap);
 827     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, MessageManager.formatMessage(
 828             "label.selection_output_command", new Object[]
 829             { e.getActionCommand() }), 600, 500);
 830     // JBPNote: getSelectionAsNewSequence behaviour has changed - this method
 831     // now returns a full copy of sequence data
 832     // TODO consider using getSequenceSelection instead here
 833
 834     cap.setText(new jalview.io.AppletFormatAdapter().formatSequences(
 835             e.getActionCommand(), ap.av.getShowJVSuffix(), ap, true));
 836
 837   }
 838
 839   protected void showSequenceSelectionDetails()
 840   {
 841     createSequenceDetailsReport(ap.av.getSequenceSelection());
 842   }
 843
 844   protected void showSequenceDetails()
 845   {
 846     createSequenceDetailsReport(new SequenceI[]
 847     { seq });
 848   }
 849
 850   public void createSequenceDetailsReport(SequenceI[] sequences)
 851   {
 852
 853     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(false, ap.alignFrame);
 854
 855     StringBuffer contents = new StringBuffer();
 856     for (SequenceI seq : sequences)
 857     {
 858       contents.append(MessageManager.formatMessage(
 859               "label.annotation_for_displayid", new Object[]
 860               { seq.getDisplayId(true) }));
 861       new SequenceAnnotationReport(null)
 862               .createSequenceAnnotationReport(
 863                       contents,
 864                       seq,
 865                       true,
 866                       true,
 867                       false,
 868                       (ap.seqPanel.seqCanvas.fr != null) ? ap.seqPanel.seqCanvas.fr.getMinMax()
 869                               : null);
 870       contents.append("</p>");
 871     }
 872     Frame frame = new Frame();
 873     frame.add(cap);
 874     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, "Sequence Details for "
 875             + (sequences.length == 1 ? sequences[0].getDisplayId(true)
 876                     : "Selection"), 600, 500);
 877     cap.setText(MessageManager.formatMessage("label.html_content",
 878             new Object[]
 879             { contents.toString() }));
 880   }
 881
 882   void editName()
 883   {
 884     EditNameDialog dialog = new EditNameDialog(seq.getName(),
 885             seq.getDescription(), "       Sequence Name",
 886             "Sequence Description", ap.alignFrame,
 887             "Edit Sequence Name / Description", 500, 100, true);
 888
 889     if (dialog.accept)
 890     {
 891       seq.setName(dialog.getName());
 892       seq.setDescription(dialog.getDescription());
 893       ap.paintAlignment(false);
 894     }
 895   }
 896
 897   void addPDB()
 898   {
 899     if (seq.getAllPDBEntries() != null)
 900     {
 901       PDBEntry entry = seq.getAllPDBEntries().firstElement();
 902
 903       if (ap.av.applet.jmolAvailable)
 904       {
 905         new jalview.appletgui.AppletJmol(entry, new SequenceI[]
 906         { seq }, null, ap, AppletFormatAdapter.URL);
 907       }
 908       else
 909       {
 910         new MCview.AppletPDBViewer(entry, new SequenceI[]
 911         { seq }, null, ap, AppletFormatAdapter.URL);
 912       }
 913
 914     }
 915     else
 916     {
 917       CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(true, ap.alignFrame);
 918       cap.setText(MessageManager.getString("label.paste_pdb_file"));
 919       cap.setPDBImport(seq);
 920       Frame frame = new Frame();
 921       frame.add(cap);
 922       jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, MessageManager.formatMessage(
 923               "label.paste_pdb_file_for_sequence", new Object[]
 924               { seq.getName() }), 400, 300);
 925     }
 926   }
 927
 928   private void jbInit() throws Exception
 929   {
 930     groupMenu.setLabel(MessageManager.getString("label.selection"));
 931     sequenceFeature.addActionListener(this);
 932
 933     editGroupName.addActionListener(this);
 934     unGroupMenuItem.setLabel(MessageManager
 935             .getString("action.remove_group"));
 936     unGroupMenuItem.addActionListener(this);
 937
 938     createGroupMenuItem.setLabel(MessageManager
 939             .getString("action.create_group"));
 940     createGroupMenuItem.addActionListener(this);
 941
 942     nucleotideMenuItem.setLabel(MessageManager
 943             .getString("label.nucleotide"));
 944     nucleotideMenuItem.addActionListener(this);
 945     conservationMenuItem.addItemListener(this);
 946     abovePIDColour.addItemListener(this);
 947     colourMenu.setLabel(MessageManager.getString("label.group_colour"));
 948     showBoxes.setLabel(MessageManager.getString("action.boxes"));
 949     showBoxes.setState(true);
 950     showBoxes.addItemListener(this);
 951     sequenceName.addActionListener(this);
 952     sequenceDetails.addActionListener(this);
 953     selSeqDetails.addActionListener(this);
 954     displayNonconserved.setLabel(MessageManager
 955             .getString("label.show_non_conversed"));
 956     displayNonconserved.setState(false);
 957     displayNonconserved.addItemListener(this);
 958     showText.setLabel(MessageManager.getString("action.text"));
 959     showText.addItemListener(this);
 960     showColourText.setLabel(MessageManager.getString("label.colour_text"));
 961     showColourText.addItemListener(this);
 962     outputmenu.setLabel(MessageManager.getString("label.out_to_textbox"));
 963     seqMenu.setLabel(MessageManager.getString("label.sequence"));
 964     pdb.setLabel(MessageManager.getString("label.view_pdb_structure"));
 965     hideSeqs.setLabel(MessageManager.getString("action.hide_sequences"));
 966     repGroup.setLabel(MessageManager.formatMessage(
 967             "label.represent_group_with", new Object[]
 968             { "" }));
 969     revealAll.setLabel(MessageManager.getString("action.reveal_all"));
 970     revealSeq.setLabel(MessageManager.getString("action.reveal_sequences"));
 971     menu1.setLabel(MessageManager.getString("label.group") + ":");
 972     add(groupMenu);
 973     this.add(seqMenu);
 974     this.add(hideSeqs);
 975     this.add(revealSeq);
 976     this.add(revealAll);
 977     // groupMenu.add(selSeqDetails);
 978     groupMenu.add(groupShowAnnotationsMenu);
 979     groupMenu.add(groupHideAnnotationsMenu);
 980     groupMenu.add(groupAddReferenceAnnotations);
 981     groupMenu.add(editMenu);
 982     groupMenu.add(outputmenu);
 983     groupMenu.add(sequenceFeature);
 984     groupMenu.add(createGroupMenuItem);
 985     groupMenu.add(unGroupMenuItem);
 986     groupMenu.add(menu1);
 987
 988     colourMenu.add(noColourmenuItem);
 989     colourMenu.add(clustalColour);
 990     colourMenu.add(BLOSUM62Colour);
 991     colourMenu.add(PIDColour);
 992     colourMenu.add(zappoColour);
 993     colourMenu.add(taylorColour);
 994     colourMenu.add(hydrophobicityColour);
 995     colourMenu.add(helixColour);
 996     colourMenu.add(strandColour);
 997     colourMenu.add(turnColour);
 998     colourMenu.add(buriedColour);
 999     colourMenu.add(nucleotideMenuItem);
1000     colourMenu.add(userDefinedColour);
1001     colourMenu.addSeparator();
1002     colourMenu.add(abovePIDColour);
1003     colourMenu.add(conservationMenuItem);
1004
1005     noColourmenuItem.setLabel(MessageManager.getString("label.none"));
1006     noColourmenuItem.addActionListener(this);
1007
1008     clustalColour.setLabel(MessageManager.getString("label.clustalx_colours"));
1009     clustalColour.addActionListener(this);
1010     zappoColour.setLabel(MessageManager.getString("label.zappo"));
1011     zappoColour.addActionListener(this);
1012     taylorColour.setLabel(MessageManager.getString("label.taylor"));
1013     taylorColour.addActionListener(this);
1014     hydrophobicityColour.setLabel(MessageManager.getString("label.hydrophobicity"));
1015     hydrophobicityColour.addActionListener(this);
1016     helixColour.setLabel(MessageManager.getString("label.helix_propensity"));
1017     helixColour.addActionListener(this);
1018     strandColour.setLabel(MessageManager.getString("label.strand_propensity"));
1019     strandColour.addActionListener(this);
1020     turnColour.setLabel(MessageManager.getString("label.turn_propensity"));
1021     turnColour.addActionListener(this);
1022     buriedColour.setLabel(MessageManager.getString("label.buried_index"));
1023     buriedColour.addActionListener(this);
1024     abovePIDColour.setLabel(MessageManager.getString("label.above_identity_percentage"));
1025
1026     userDefinedColour.setLabel(MessageManager.getString("action.user_defined"));
1027     userDefinedColour.addActionListener(this);
1028     PIDColour.setLabel(MessageManager.getString("action.percentage_identity"));
1029     PIDColour.addActionListener(this);
1030     BLOSUM62Colour.setLabel("BLOSUM62");
1031     BLOSUM62Colour.addActionListener(this);
1032     conservationMenuItem.setLabel(MessageManager.getString("label.conservation"));
1033
1034     editMenu.add(copy);
1035     copy.addActionListener(this);
1036     editMenu.add(cut);
1037     cut.addActionListener(this);
1038
1039     editMenu.add(editSequence);
1040     editSequence.addActionListener(this);
1041
1042     editMenu.add(toUpper);
1043     toUpper.addActionListener(this);
1044     editMenu.add(toLower);
1045     toLower.addActionListener(this);
1046     editMenu.add(toggleCase);
1047     seqMenu.add(seqShowAnnotationsMenu);
1048     seqMenu.add(seqHideAnnotationsMenu);
1049     seqMenu.add(seqAddReferenceAnnotations);
1050     seqMenu.add(sequenceName);
1051     seqMenu.add(makeReferenceSeq);
1052     // seqMenu.add(sequenceDetails);
1053
1054     if (!ap.av.applet.useXtrnalSviewer)
1055     {
1056       seqMenu.add(pdb);
1057     }
1058     seqMenu.add(repGroup);
1059     menu1.add(editGroupName);
1060     menu1.add(colourMenu);
1061     menu1.add(showBoxes);
1062     menu1.add(showText);
1063     menu1.add(showColourText);
1064     menu1.add(displayNonconserved);
1065     toggleCase.addActionListener(this);
1066     pdb.addActionListener(this);
1067     hideSeqs.addActionListener(this);
1068     repGroup.addActionListener(this);
1069     revealAll.addActionListener(this);
1070     revealSeq.addActionListener(this);
1071     makeReferenceSeq.addActionListener(this);
1072   }
1073
1074   void refresh()
1075   {
1076     ap.paintAlignment(true);
1077   }
1078
1079   protected void clustalColour_actionPerformed()
1080   {
1081     SequenceGroup sg = getGroup();
1082     sg.cs = new ClustalxColourScheme(sg, ap.av.getHiddenRepSequences());
1083     refresh();
1084   }
1085
1086   protected void zappoColour_actionPerformed()
1087   {
1088     getGroup().cs = new ZappoColourScheme();
1089     refresh();
1090   }
1091
1092   protected void taylorColour_actionPerformed()
1093   {
1094     getGroup().cs = new TaylorColourScheme();
1095     refresh();
1096   }
1097
1098   protected void hydrophobicityColour_actionPerformed()
1099   {
1100     getGroup().cs = new HydrophobicColourScheme();
1101     refresh();
1102   }
1103
1104   protected void helixColour_actionPerformed()
1105   {
1106     getGroup().cs = new HelixColourScheme();
1107     refresh();
1108   }
1109
1110   protected void strandColour_actionPerformed()
1111   {
1112     getGroup().cs = new StrandColourScheme();
1113     refresh();
1114   }
1115
1116   protected void turnColour_actionPerformed()
1117   {
1118     getGroup().cs = new TurnColourScheme();
1119     refresh();
1120   }
1121
1122   protected void buriedColour_actionPerformed()
1123   {
1124     getGroup().cs = new BuriedColourScheme();
1125     refresh();
1126   }
1127
1128   public void nucleotideMenuItem_actionPerformed()
1129   {
1130     getGroup().cs = new NucleotideColourScheme();
1131     refresh();
1132   }
1133
1134   protected void abovePIDColour_itemStateChanged()
1135   {
1136     SequenceGroup sg = getGroup();
1137     if (sg.cs == null)
1138     {
1139       return;
1140     }
1141
1142     if (abovePIDColour.getState())
1143     {
1144       sg.cs.setConsensus(AAFrequency.calculate(sg.getSequences(ap.av
1145               .getHiddenRepSequences()), 0, ap.av.getAlignment().getWidth()));
1146       int threshold = SliderPanel.setPIDSliderSource(ap, sg.cs, getGroup()
1147               .getName());
1148
1149       sg.cs.setThreshold(threshold, ap.av.isIgnoreGapsConsensus());
1150
1151       SliderPanel.showPIDSlider();
1152
1153     }
1154     else
1155     // remove PIDColouring
1156     {
1157       sg.cs.setThreshold(0, ap.av.isIgnoreGapsConsensus());
1158     }
1159
1160     refresh();
1161
1162   }
1163
1164   protected void userDefinedColour_actionPerformed()
1165   {
1166     new UserDefinedColours(ap, getGroup());
1167   }
1168
1169   protected void PIDColour_actionPerformed()
1170   {
1171     SequenceGroup sg = getGroup();
1172     sg.cs = new PIDColourScheme();
1173     sg.cs.setConsensus(AAFrequency.calculate(sg.getSequences(ap.av
1174             .getHiddenRepSequences()), 0, ap.av.getAlignment().getWidth()));
1175     refresh();
1176   }
1177
1178   protected void BLOSUM62Colour_actionPerformed()
1179   {
1180     SequenceGroup sg = getGroup();
1181
1182     sg.cs = new Blosum62ColourScheme();
1183
1184     sg.cs.setConsensus(AAFrequency.calculate(sg.getSequences(ap.av
1185             .getHiddenRepSequences()), 0, ap.av.getAlignment().getWidth()));
1186
1187     refresh();
1188   }
1189
1190   protected void noColourmenuItem_actionPerformed()
1191   {
1192     getGroup().cs = null;
1193     refresh();
1194   }
1195
1196   protected void conservationMenuItem_itemStateChanged()
1197   {
1198     SequenceGroup sg = getGroup();
1199     if (sg.cs == null)
1200     {
1201       return;
1202     }
1203
1204     if (conservationMenuItem.getState())
1205     {
1206
1207       sg.cs.setConservation(Conservation.calculateConservation("Group",
1208               ResidueProperties.propHash, 3, sg.getSequences(ap.av
1209                       .getHiddenRepSequences()), 0, ap.av.getAlignment()
1210                       .getWidth(), false, ap.av.getConsPercGaps(), false));
1211       SliderPanel.setConservationSlider(ap, sg.cs, sg.getName());
1212       SliderPanel.showConservationSlider();
1213     }
1214     else
1215     // remove ConservationColouring
1216     {
1217       sg.cs.setConservation(null);
1218     }
1219
1220     refresh();
1221   }
1222
1223   SequenceGroup getGroup()
1224   {
1225     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
1226
1227     // this method won't add a new group if it already exists
1228     if (sg != null)
1229     {
1230       ap.av.getAlignment().addGroup(sg);
1231     }
1232
1233     return sg;
1234   }
1235
1236   void unGroupMenuItem_actionPerformed()
1237   {
1238     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
1239     ap.av.getAlignment().deleteGroup(sg);
1240     ap.av.setSelectionGroup(null);
1241     ap.paintAlignment(true);
1242   }
1243
1244   void createGroupMenuItem_actionPerformed()
1245   {
1246     getGroup(); // implicitly create group
1247     refresh();
1248   }
1249
1250   public void showColourText_itemStateChanged()
1251   {
1252     getGroup().setColourText(showColourText.getState());
1253     refresh();
1254   }
1255
1256   public void showText_itemStateChanged()
1257   {
1258     getGroup().setDisplayText(showText.getState());
1259     refresh();
1260   }
1261   public void makeReferenceSeq_actionPerformed()
1262   {
1263     if (!ap.av.getAlignment().hasSeqrep())
1264     {
1265       // initialise the display flags so the user sees something happen
1266       ap.av.setDisplayReferenceSeq(true);
1267       ap.av.setColourByReferenceSeq(true);
1268       ap.av.getAlignment().setSeqrep(seq);
1269     }
1270     else
1271     {
1272       if (ap.av.getAlignment().getSeqrep() == seq)
1273       {
1274         ap.av.getAlignment().setSeqrep(null);
1275       }
1276       else
1277       {
1278         ap.av.getAlignment().setSeqrep(seq);
1279       }
1280     }
1281     refresh();
1282   }
1283
1284   public void showNonconserved_itemStateChanged()
1285   {
1286     getGroup().setShowNonconserved(this.displayNonconserved.getState());
1287     refresh();
1288   }
1289
1290   public void showBoxes_itemStateChanged()
1291   {
1292     getGroup().setDisplayBoxes(showBoxes.getState());
1293     refresh();
1294   }
1295
1296   void hideSequences(boolean representGroup)
1297   {
1298     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
1299     if (sg == null || sg.getSize() < 1)
1300     {
1301       ap.av.hideSequence(new SequenceI[]
1302       { seq });
1303       return;
1304     }
1305
1306     ap.av.setSelectionGroup(null);
1307
1308     if (representGroup)
1309     {
1310       ap.av.hideRepSequences(seq, sg);
1311
1312       return;
1313     }
1314
1315     int gsize = sg.getSize();
1316     SequenceI[] hseqs;
1317
1318     hseqs = new SequenceI[gsize];
1319
1320     int index = 0;
1321     for (int i = 0; i < gsize; i++)
1322     {
1323       hseqs[index++] = sg.getSequenceAt(i);
1324     }
1325
1326     ap.av.hideSequence(hseqs);
1327     ap.av.sendSelection();
1328   }
1329
1330   /**
1331    * Add annotation types to 'Show annotations' and/or 'Hide annotations' menus.
1332    * "All" is added first, followed by a separator. Then add any annotation
1333    * types associated with the current selection. Separate menus are built for
1334    * the selected sequence group (if any), and the selected sequence.
1335    * <p>
1336    * Some annotation rows are always rendered together - these can be identified
1337    * by a common graphGroup property > -1. Only one of each group will be marked
1338    * as visible (to avoid duplication of the display). For such groups we add a
1339    * composite type name, e.g.
1340    * <p>
1341    * IUPredWS (Long), IUPredWS (Short)
1342    *
1343    * @param seq
1344    */
1345   protected void buildAnnotationTypesMenus(Menu showMenu, Menu hideMenu,
1346           List<SequenceI> forSequences)
1347   {
1348     showMenu.removeAll();
1349     hideMenu.removeAll();
1350
1351     final List<String> all = Arrays.asList(ALL_ANNOTATIONS);
1352     addAnnotationTypeToShowHide(showMenu, forSequences, "", all, true, true);
1353     addAnnotationTypeToShowHide(hideMenu, forSequences, "", all, true,
1354             false);
1355     showMenu.addSeparator();
1356     hideMenu.addSeparator();
1357
1358     final AlignmentAnnotation[] annotations = ap.getAlignment()
1359             .getAlignmentAnnotation();
1360
1361     /*
1362      * Find shown/hidden annotations types, distinguished by source (calcId),
1363      * and grouped by graphGroup. Using LinkedHashMap means we will retrieve in
1364      * the insertion order, which is the order of the annotations on the
1365      * alignment.
1366      */
1367     Map<String, List<List<String>>> shownTypes = new LinkedHashMap<String, List<List<String>>>();
1368     Map<String, List<List<String>>> hiddenTypes = new LinkedHashMap<String, List<List<String>>>();
1369     AlignmentAnnotationUtils.getShownHiddenTypes(shownTypes,
1370             hiddenTypes,
1371             AlignmentAnnotationUtils.asList(annotations),
1372             forSequences);
1373
1374     for (String calcId : hiddenTypes.keySet())
1375     {
1376       for (List<String> type : hiddenTypes.get(calcId))
1377       {
1378         addAnnotationTypeToShowHide(showMenu, forSequences,
1379                 calcId, type, false, true);
1380       }
1381     }
1382     // grey out 'show annotations' if none are hidden
1383     showMenu.setEnabled(!hiddenTypes.isEmpty());
1384
1385     for (String calcId : shownTypes.keySet())
1386     {
1387       for (List<String> type : shownTypes.get(calcId))
1388       {
1389         addAnnotationTypeToShowHide(hideMenu, forSequences,
1390                 calcId, type, false, false);
1391       }
1392     }
1393     // grey out 'hide annotations' if none are shown
1394     hideMenu.setEnabled(!shownTypes.isEmpty());
1395   }
1396
1397   /**
1398    * Add one annotation type to the 'Show Annotations' or 'Hide Annotations'
1399    * menus.
1400    *
1401    * @param showOrHideMenu
1402    *          the menu to add to
1403    * @param forSequences
1404    *          the sequences whose annotations may be shown or hidden
1405    * @param calcId
1406    * @param types
1407    *          the label to add
1408    * @param allTypes
1409    *          if true this is a special label meaning 'All'
1410    * @param actionIsShow
1411    *          if true, the select menu item action is to show the annotation
1412    *          type, else hide
1413    */
1414   protected void addAnnotationTypeToShowHide(Menu showOrHideMenu,
1415           final List<SequenceI> forSequences, String calcId,
1416           final List<String> types, final boolean allTypes,
1417           final boolean actionIsShow)
1418   {
1419     String label = types.toString(); // [a, b, c]
1420     label = label.substring(1, label.length() - 1);
1421     final MenuItem item = new MenuItem(label);
1422     item.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()
1423     {
1424       @Override
1425       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1426       {
1427         AlignmentUtils.showOrHideSequenceAnnotations(ap.getAlignment(), types,
1428                 forSequences, allTypes, actionIsShow);
1429         refresh();
1430       }
1431     });
1432     showOrHideMenu.add(item);
1433   }
1434
1435 }