src/jalview/appletgui/APopupMenu.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 \r
  20 package jalview.appletgui;\r
  21 \r
  22 import java.awt.*;\r
  23 import java.awt.event.*;\r
  24 import java.util.Vector;\r
  25 \r
  26 import jalview.analysis.*;\r
  27 import jalview.datamodel.*;\r
  28 import jalview.schemes.*;\r
  29 \r
  30 public class APopupMenu\r
  31     extends java.awt.PopupMenu implements ActionListener, ItemListener\r
  32 {\r
  33   Menu groupMenu = new Menu();\r
  34   protected MenuItem clustalColour = new MenuItem();\r
  35   protected MenuItem zappoColour = new MenuItem();\r
  36   protected MenuItem taylorColour = new MenuItem();\r
  37   protected MenuItem hydrophobicityColour = new MenuItem();\r
  38   protected MenuItem helixColour = new MenuItem();\r
  39   protected MenuItem strandColour = new MenuItem();\r
  40   protected MenuItem turnColour = new MenuItem();\r
  41   protected MenuItem buriedColour = new MenuItem();\r
  42   protected CheckboxMenuItem abovePIDColour = new CheckboxMenuItem();\r
  43   protected MenuItem userDefinedColour = new MenuItem();\r
  44   protected MenuItem PIDColour = new MenuItem();\r
  45   protected MenuItem BLOSUM62Colour = new MenuItem();\r
  46   MenuItem noColourmenuItem = new MenuItem();\r
  47   protected CheckboxMenuItem conservationMenuItem = new CheckboxMenuItem();\r
  48 \r
  49   final AlignmentPanel ap;\r
  50   MenuItem unGroupMenuItem = new MenuItem();\r
  51   MenuItem nucleotideMenuItem = new MenuItem();\r
  52   Menu colourMenu = new Menu();\r
  53   CheckboxMenuItem showBoxes = new CheckboxMenuItem();\r
  54   CheckboxMenuItem showText = new CheckboxMenuItem();\r
  55   CheckboxMenuItem showColourText = new CheckboxMenuItem();\r
  56   Menu editMenu = new Menu("Edit");\r
  57   MenuItem copy = new MenuItem("Copy (Jalview Only)");\r
  58   MenuItem cut = new MenuItem("Cut (Jalview Only)");\r
  59   MenuItem toUpper = new MenuItem("To Upper Case");\r
  60   MenuItem toLower = new MenuItem("To Lower Case");\r
  61   MenuItem toggleCase = new MenuItem("Toggle Case");\r
  62   Menu outputmenu = new Menu();\r
  63   Menu seqMenu = new Menu();\r
  64   MenuItem pdb = new MenuItem();\r
  65   MenuItem hideSeqs = new MenuItem();\r
  66   MenuItem repGroup = new MenuItem();\r
  67 \r
  68   Sequence seq;\r
  69   MenuItem revealAll = new MenuItem();\r
  70 \r
  71   public APopupMenu(AlignmentPanel apanel, final Sequence seq, Vector links)\r
  72   {\r
  73     ///////////////////////////////////////////////////////////\r
  74     // If this is activated from the sequence panel, the user may want to\r
  75     // edit or annotate a particular residue. Therefore display the residue menu\r
  76     //\r
  77     // If from the IDPanel, we must display the sequence menu\r
  78     //////////////////////////////////////////////////////////\r
  79 \r
  80     this.ap = apanel;\r
  81     this.seq = seq;\r
  82 \r
  83     try\r
  84     {\r
  85       jbInit();\r
  86     }\r
  87     catch (Exception e)\r
  88     {\r
  89       e.printStackTrace();\r
  90     }\r
  91 \r
  92     for (int i = 0; i < jalview.io.AppletFormatAdapter.formats.size()-1; i++)\r
  93     {\r
  94       MenuItem item = new MenuItem( (String) jalview.io.AppletFormatAdapter.formats.\r
  95                                      elementAt(\r
  96                                          i));\r
  97       item.addActionListener(this);\r
  98       outputmenu.add(item);\r
  99     }\r
 100 \r
 101     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();\r
 102 \r
 103     if (sg != null && sg.getSize(false)>0)\r
 104     {\r
 105       showText.setState(sg.getDisplayText());\r
 106       showColourText.setState(sg.getColourText());\r
 107       showBoxes.setState(sg.getDisplayBoxes());\r
 108       if (!ap.av.alignment.getGroups().contains(sg))\r
 109       {\r
 110         groupMenu.remove(unGroupMenuItem);\r
 111       }\r
 112 \r
 113     }\r
 114     else\r
 115     {\r
 116       remove(groupMenu);\r
 117     }\r
 118 \r
 119     if (links!=null)\r
 120     {\r
 121       Menu linkMenu = new Menu("Link");\r
 122       MenuItem item;\r
 123       String link;\r
 124       for(int i=0; i<links.size(); i++)\r
 125       {\r
 126         link = links.elementAt(i).toString();\r
 127         final String target = link.substring(0, link.indexOf("|"));\r
 128         item = new MenuItem(target);\r
 129 \r
 130         final String url;\r
 131 \r
 132         if (link.indexOf("$SEQUENCE_ID$") > -1)\r
 133         {\r
 134           String id = seq.getName();\r
 135           if (id.indexOf("|") > -1)\r
 136             id = id.substring(id.lastIndexOf("|") + 1);\r
 137 \r
 138           url = link.substring(link.indexOf("|") + 1,\r
 139                                link.indexOf("$SEQUENCE_ID$"))\r
 140               + id +\r
 141               link.substring(link.indexOf("$SEQUENCE_ID$") + 13);\r
 142         }\r
 143         else\r
 144           url = link.substring(link.lastIndexOf("|")+1);\r
 145 \r
 146            item.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()\r
 147            {\r
 148                public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 149                {\r
 150                   ap.alignFrame.showURL(url, target);\r
 151                }\r
 152            });\r
 153           linkMenu.add(item);\r
 154       }\r
 155       seqMenu.add(linkMenu);\r
 156     }\r
 157     if(seq!=null)\r
 158     {\r
 159       seqMenu.setLabel(seq.getName());\r
 160       repGroup.setLabel("Represent Group with " + seq.getName());\r
 161     }\r
 162     else\r
 163       remove(seqMenu);\r
 164 \r
 165     if(!ap.av.hasHiddenRows)\r
 166       remove(revealAll);\r
 167   }\r
 168 \r
 169   public void itemStateChanged(ItemEvent evt)\r
 170   {\r
 171     if(evt.getSource()==abovePIDColour)\r
 172       abovePIDColour_itemStateChanged();\r
 173     else if(evt.getSource()==showColourText)\r
 174       showColourText_itemStateChanged();\r
 175     else if(evt.getSource()==showText)\r
 176       showText_itemStateChanged();\r
 177     else if(evt.getSource()==showBoxes)\r
 178        showBoxes_itemStateChanged()   ;\r
 179   }\r
 180 \r
 181   public void actionPerformed(ActionEvent evt)\r
 182   {\r
 183     Object source = evt.getSource();\r
 184     if(source==clustalColour)\r
 185       clustalColour_actionPerformed();\r
 186     else if(source==zappoColour)\r
 187       zappoColour_actionPerformed();\r
 188     else if(source==taylorColour)\r
 189       taylorColour_actionPerformed();\r
 190     else if(source==hydrophobicityColour)\r
 191       hydrophobicityColour_actionPerformed();\r
 192     else if(source==helixColour)\r
 193       helixColour_actionPerformed();\r
 194     else if(source==strandColour)\r
 195       strandColour_actionPerformed();\r
 196     else if(source==clustalColour)\r
 197       turnColour_actionPerformed();\r
 198     else if(source==buriedColour)\r
 199       buriedColour_actionPerformed();\r
 200     else if(source==nucleotideMenuItem)\r
 201       nucleotideMenuItem_actionPerformed();\r
 202 \r
 203     else if (source == userDefinedColour)\r
 204       userDefinedColour_actionPerformed();\r
 205     else if (source == PIDColour)\r
 206       PIDColour_actionPerformed();\r
 207     else if (source == BLOSUM62Colour)\r
 208       BLOSUM62Colour_actionPerformed();\r
 209     else if (source == noColourmenuItem)\r
 210       noColourmenuItem_actionPerformed();\r
 211     else if (source == conservationMenuItem)\r
 212       conservationMenuItem_itemStateChanged();\r
 213     else if (source == unGroupMenuItem)\r
 214       unGroupMenuItem_actionPerformed();\r
 215 \r
 216     else if(source == pdb)\r
 217       addPDB();\r
 218     else if(source == hideSeqs)\r
 219       hideSequences(false);\r
 220     else if(source == repGroup)\r
 221       hideSequences(true);\r
 222     else if(source == revealAll)\r
 223     {\r
 224         ap.av.showAllHiddenSeqs();\r
 225         ap.repaint();\r
 226     }\r
 227 \r
 228     else if(source==copy)\r
 229       ap.alignFrame.copy_actionPerformed();\r
 230     else if(source==cut)\r
 231       ap.alignFrame.cut_actionPerformed();\r
 232     else if(source==toUpper || source==toLower || source==toggleCase)\r
 233     {\r
 234       SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();\r
 235       if (sg != null)\r
 236       {\r
 237         for (int g = 0; g < sg.getSize(true); g++)\r
 238         {\r
 239           if (source == toggleCase)\r
 240            ((SequenceI) sg.getSequences(true).elementAt(g))\r
 241           .toggleCase(sg.getStartRes(), sg.getEndRes() + 1);\r
 242           else\r
 243             ((SequenceI) sg.getSequences(true).elementAt(g))\r
 244                 .changeCase(source == toUpper, sg.getStartRes(),\r
 245                                            sg.getEndRes() + 1);\r
 246         }\r
 247         ap.seqPanel.seqCanvas.repaint();\r
 248       }\r
 249     }\r
 250     else\r
 251       outputText(evt);\r
 252 \r
 253   }\r
 254 \r
 255   void outputText(ActionEvent e)\r
 256   {\r
 257     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(false, ap.alignFrame);\r
 258     Vector vseqs = new Vector();\r
 259 \r
 260       String [] selection = ap.av.getViewAsString(true);\r
 261       SequenceI [] seqs = ap.av.getSelectionAsNewSequence();\r
 262       if (selection != null)\r
 263       {\r
 264         for (int i = 0; i < selection.length; i++)\r
 265         {\r
 266           Sequence seq = new Sequence(\r
 267               seqs[i].getName(),\r
 268               selection[i],\r
 269               seqs[i].getStart(), seqs[i].getEnd());\r
 270           seq.setDescription(seqs[i].getDescription());\r
 271           vseqs.addElement( seq );\r
 272       }\r
 273     }\r
 274 \r
 275     Frame frame = new Frame();\r
 276     frame.add(cap);\r
 277     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame,\r
 278                                      "Selection output - " + e.getActionCommand(),\r
 279                                      600, 500);\r
 280 \r
 281     cap.setText(new jalview.io.AppletFormatAdapter().formatSequences(\r
 282         e.getActionCommand(),\r
 283         vseqs,\r
 284         ap.av.showJVSuffix));\r
 285 \r
 286   }\r
 287 \r
 288   void addPDB()\r
 289   {\r
 290     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(true, ap.alignFrame);\r
 291     cap.setText("Paste your PDB file here.");\r
 292     cap.setPDBImport(seq);\r
 293     Frame frame = new Frame();\r
 294     frame.add(cap);\r
 295     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, "Paste PDB file ", 400, 300);\r
 296   }\r
 297 \r
 298   private void jbInit()\r
 299       throws Exception\r
 300   {\r
 301     groupMenu.setLabel("Group");\r
 302     groupMenu.setLabel("Selection");\r
 303 \r
 304     unGroupMenuItem.setLabel("Remove Group");\r
 305     unGroupMenuItem.addActionListener(this);\r
 306 \r
 307     nucleotideMenuItem.setLabel("Nucleotide");\r
 308     nucleotideMenuItem.addActionListener(this);\r
 309     conservationMenuItem.addItemListener(this);\r
 310     abovePIDColour.addItemListener(this);\r
 311     colourMenu.setLabel("Group Colour");\r
 312     showBoxes.setLabel("Boxes");\r
 313     showBoxes.setState(true);\r
 314     showBoxes.addItemListener(this);\r
 315 \r
 316     showText.setLabel("Text");\r
 317     showText.addItemListener(this);\r
 318     showColourText.setLabel("Colour Text");\r
 319     showColourText.addItemListener(this);\r
 320     outputmenu.setLabel("Output to Textbox...");\r
 321     seqMenu.setLabel("Sequence");\r
 322     pdb.setLabel("View PDB Structure");\r
 323     hideSeqs.setLabel("Hide Sequences");\r
 324     repGroup.setLabel("Represent Group with");\r
 325     revealAll.setLabel("Reveal All");\r
 326 \r
 327     add(groupMenu);\r
 328     this.add(seqMenu);\r
 329     this.add(hideSeqs);\r
 330     this.add(revealAll);\r
 331     groupMenu.add(editMenu);\r
 332     groupMenu.add(outputmenu);\r
 333     groupMenu.addSeparator();\r
 334     groupMenu.add(unGroupMenuItem);\r
 335     groupMenu.add(colourMenu);\r
 336     groupMenu.add(showBoxes);\r
 337     groupMenu.add(showText);\r
 338     groupMenu.add(showColourText);\r
 339     colourMenu.add(noColourmenuItem);\r
 340     colourMenu.add(clustalColour);\r
 341     colourMenu.add(BLOSUM62Colour);\r
 342     colourMenu.add(PIDColour);\r
 343     colourMenu.add(zappoColour);\r
 344     colourMenu.add(taylorColour);\r
 345     colourMenu.add(hydrophobicityColour);\r
 346     colourMenu.add(helixColour);\r
 347     colourMenu.add(strandColour);\r
 348     colourMenu.add(turnColour);\r
 349     colourMenu.add(buriedColour);\r
 350     colourMenu.add(nucleotideMenuItem);\r
 351     colourMenu.add(userDefinedColour);\r
 352     colourMenu.addSeparator();\r
 353     colourMenu.add(abovePIDColour);\r
 354     colourMenu.add(conservationMenuItem);\r
 355 \r
 356     noColourmenuItem.setLabel("None");\r
 357     noColourmenuItem.addActionListener(this);\r
 358 \r
 359     clustalColour.setLabel("Clustalx colours");\r
 360     clustalColour.addActionListener(this);\r
 361     zappoColour.setLabel("Zappo");\r
 362     zappoColour.addActionListener(this);\r
 363     taylorColour.setLabel("Taylor");\r
 364     taylorColour.addActionListener(this);\r
 365     hydrophobicityColour.setLabel("Hydrophobicity");\r
 366     hydrophobicityColour.addActionListener(this);\r
 367     helixColour.setLabel("Helix propensity");\r
 368     helixColour.addActionListener(this);\r
 369     strandColour.setLabel("Strand propensity");\r
 370     strandColour.addActionListener(this);\r
 371     turnColour.setLabel("Turn propensity");\r
 372     turnColour.addActionListener(this);\r
 373     buriedColour.setLabel("Buried Index");\r
 374     buriedColour.addActionListener(this);\r
 375     abovePIDColour.setLabel("Above % Identity");\r
 376 \r
 377     userDefinedColour.setLabel("User Defined");\r
 378     userDefinedColour.addActionListener(this);\r
 379     PIDColour.setLabel("Percentage Identity");\r
 380     PIDColour.addActionListener(this);\r
 381     BLOSUM62Colour.setLabel("BLOSUM62");\r
 382     BLOSUM62Colour.addActionListener(this);\r
 383     conservationMenuItem.setLabel("Conservation");\r
 384 \r
 385     editMenu.add(copy);\r
 386     copy.addActionListener(this);\r
 387     editMenu.add(cut);\r
 388     cut.addActionListener(this);\r
 389     editMenu.add(toUpper);\r
 390     toUpper.addActionListener(this);\r
 391     editMenu.add(toLower);\r
 392     toLower.addActionListener(this);\r
 393     editMenu.add(toggleCase);\r
 394     seqMenu.add(pdb);\r
 395     seqMenu.add(repGroup);\r
 396     toggleCase.addActionListener(this);\r
 397     pdb.addActionListener(this);\r
 398     hideSeqs.addActionListener(this);\r
 399     repGroup.addActionListener(this);\r
 400     revealAll.addActionListener(this);\r
 401 \r
 402   }\r
 403 \r
 404   void refresh()\r
 405   {\r
 406     ap.seqPanel.seqCanvas.repaint();\r
 407     if(ap.overviewPanel!=null)\r
 408       ap.overviewPanel.updateOverviewImage();\r
 409   }\r
 410 \r
 411   protected void clustalColour_actionPerformed()\r
 412   {\r
 413     SequenceGroup sg = getGroup();\r
 414     sg.cs = new ClustalxColourScheme(sg.getSequences(true), ap.av.alignment.getWidth());\r
 415     refresh();\r
 416   }\r
 417 \r
 418   protected void zappoColour_actionPerformed()\r
 419   {\r
 420     getGroup().cs = new ZappoColourScheme();\r
 421     refresh();\r
 422   }\r
 423 \r
 424   protected void taylorColour_actionPerformed()\r
 425   {\r
 426     getGroup().cs = new TaylorColourScheme();\r
 427     refresh();\r
 428   }\r
 429 \r
 430   protected void hydrophobicityColour_actionPerformed()\r
 431   {\r
 432     getGroup().cs = new HydrophobicColourScheme();\r
 433     refresh();\r
 434   }\r
 435 \r
 436   protected void helixColour_actionPerformed()\r
 437   {\r
 438     getGroup().cs = new HelixColourScheme();\r
 439     refresh();\r
 440   }\r
 441 \r
 442   protected void strandColour_actionPerformed()\r
 443   {\r
 444     getGroup().cs = new StrandColourScheme();\r
 445     refresh();\r
 446   }\r
 447 \r
 448   protected void turnColour_actionPerformed()\r
 449   {\r
 450     getGroup().cs = new TurnColourScheme();\r
 451     refresh();\r
 452   }\r
 453 \r
 454   protected void buriedColour_actionPerformed()\r
 455   {\r
 456     getGroup().cs = new BuriedColourScheme();\r
 457     refresh();\r
 458   }\r
 459 \r
 460   public void nucleotideMenuItem_actionPerformed()\r
 461   {\r
 462     getGroup().cs = new NucleotideColourScheme();\r
 463     refresh();\r
 464   }\r
 465 \r
 466   protected void abovePIDColour_itemStateChanged()\r
 467   {\r
 468     SequenceGroup sg = getGroup();\r
 469     if(sg.cs==null)\r
 470           return;\r
 471 \r
 472     if (abovePIDColour.getState())\r
 473     {\r
 474       sg.cs.setConsensus(AAFrequency.calculate(sg.getSequences(true), 0,\r
 475                                                ap.av.alignment.getWidth()));\r
 476       int threshold = SliderPanel.setPIDSliderSource(ap, sg.cs,\r
 477           getGroup().getName());\r
 478 \r
 479       sg.cs.setThreshold(threshold, ap.av.getIgnoreGapsConsensus());\r
 480 \r
 481       SliderPanel.showPIDSlider();\r
 482 \r
 483     }\r
 484     else // remove PIDColouring\r
 485     {\r
 486       sg.cs.setThreshold(0, ap.av.getIgnoreGapsConsensus());\r
 487     }\r
 488 \r
 489     refresh();\r
 490 \r
 491   }\r
 492 \r
 493   protected void userDefinedColour_actionPerformed()\r
 494   {\r
 495     new UserDefinedColours(ap, getGroup());\r
 496   }\r
 497 \r
 498   protected void PIDColour_actionPerformed()\r
 499   {\r
 500     SequenceGroup sg = getGroup();\r
 501     sg.cs = new PIDColourScheme();\r
 502     sg.cs.setConsensus(AAFrequency.calculate(sg.getSequences(true), 0,\r
 503                                              ap.av.alignment.getWidth()));\r
 504     refresh();\r
 505   }\r
 506 \r
 507   protected void BLOSUM62Colour_actionPerformed()\r
 508   {\r
 509     SequenceGroup sg = getGroup();\r
 510 \r
 511     sg.cs = new Blosum62ColourScheme();\r
 512 \r
 513     sg.cs.setConsensus(AAFrequency.calculate(sg.getSequences(true), 0,\r
 514                                              ap.av.alignment.getWidth()));\r
 515 \r
 516     refresh();\r
 517   }\r
 518 \r
 519   protected void noColourmenuItem_actionPerformed()\r
 520   {\r
 521     getGroup().cs = null;\r
 522     refresh();\r
 523   }\r
 524 \r
 525   protected void conservationMenuItem_itemStateChanged()\r
 526   {\r
 527     SequenceGroup sg = getGroup();\r
 528     if(sg.cs==null)\r
 529           return;\r
 530 \r
 531     if (conservationMenuItem.getState())\r
 532     {\r
 533 \r
 534       Conservation c = new Conservation("Group",\r
 535                                         ResidueProperties.propHash, 3,\r
 536                                         sg.getSequences(true), 0,\r
 537                                         ap.av.alignment.getWidth());\r
 538 \r
 539       c.calculate();\r
 540       c.verdict(false, ap.av.ConsPercGaps);\r
 541 \r
 542       sg.cs.setConservation(c);\r
 543 \r
 544       SliderPanel.setConservationSlider(ap, sg.cs, sg.getName());\r
 545       SliderPanel.showConservationSlider();\r
 546     }\r
 547     else // remove ConservationColouring\r
 548     {\r
 549       sg.cs.setConservation(null);\r
 550     }\r
 551 \r
 552     refresh();\r
 553   }\r
 554 \r
 555 \r
 556   SequenceGroup getGroup()\r
 557   {\r
 558     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();\r
 559 \r
 560     // this method won't add a new group if it already exists\r
 561     if(sg!=null)\r
 562       ap.av.alignment.addGroup(sg);\r
 563 \r
 564     return sg;\r
 565   }\r
 566 \r
 567   void unGroupMenuItem_actionPerformed()\r
 568   {\r
 569     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();\r
 570     ap.av.alignment.deleteGroup(sg);\r
 571     ap.av.setSelectionGroup(null);\r
 572     ap.repaint();\r
 573   }\r
 574 \r
 575   public void showColourText_itemStateChanged()\r
 576   {\r
 577     getGroup().setColourText(showColourText.getState());\r
 578     refresh();\r
 579   }\r
 580 \r
 581   public void showText_itemStateChanged()\r
 582   {\r
 583     getGroup().setDisplayText(showText.getState());\r
 584     refresh();\r
 585   }\r
 586 \r
 587   public void showBoxes_itemStateChanged()\r
 588   {\r
 589     getGroup().setDisplayBoxes(showBoxes.getState());\r
 590     refresh();\r
 591   }\r
 592 \r
 593   void hideSequences(boolean representGroup)\r
 594   {\r
 595     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();\r
 596     if(sg==null || sg.getSize(false)<1)\r
 597     {\r
 598       ap.av.hideSequence(seq);\r
 599       return;\r
 600     }\r
 601 \r
 602       int index = 0;\r
 603       while(index < sg.getSize(false))\r
 604       {\r
 605         if(representGroup && sg.getSequenceAt(index)!=seq)\r
 606         {\r
 607           seq.addHiddenSequence(sg.getSequenceAt(index));\r
 608           ap.av.hideSequence(sg.getSequenceAt(index));\r
 609         }\r
 610         else if(!representGroup)\r
 611         {\r
 612           ap.av.hideSequence(sg.getSequenceAt(index));\r
 613         }\r
 614         index ++;\r
 615       }\r
 616 \r
 617       ap.av.setSelectionGroup(null);\r
 618       ap.repaint();\r
 619       refresh();\r
 620     }\r
 621 \r
 622 }\r