src/jalview/appletgui/APopupMenu.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.4)
   3  * Copyright (C) 2008 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8  * of the License, or (at your option) any later version.
   9  *
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13  * GNU General Public License for more details.
  14  *
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA
  18  */
  19 package jalview.appletgui;
  20
  21 import java.util.*;
  22
  23 import java.awt.*;
  24 import java.awt.event.*;
  25
  26 import jalview.analysis.*;
  27 import jalview.commands.*;
  28 import jalview.datamodel.*;
  29 import jalview.schemes.*;
  30 import jalview.util.UrlLink;
  31 import jalview.io.AppletFormatAdapter;
  32
  33 public class APopupMenu extends java.awt.PopupMenu implements
  34         ActionListener, ItemListener
  35 {
  36   Menu groupMenu = new Menu();
  37
  38   MenuItem editGroupName = new MenuItem();
  39
  40   protected MenuItem clustalColour = new MenuItem();
  41
  42   protected MenuItem zappoColour = new MenuItem();
  43
  44   protected MenuItem taylorColour = new MenuItem();
  45
  46   protected MenuItem hydrophobicityColour = new MenuItem();
  47
  48   protected MenuItem helixColour = new MenuItem();
  49
  50   protected MenuItem strandColour = new MenuItem();
  51
  52   protected MenuItem turnColour = new MenuItem();
  53
  54   protected MenuItem buriedColour = new MenuItem();
  55
  56   protected CheckboxMenuItem abovePIDColour = new CheckboxMenuItem();
  57
  58   protected MenuItem userDefinedColour = new MenuItem();
  59
  60   protected MenuItem PIDColour = new MenuItem();
  61
  62   protected MenuItem BLOSUM62Colour = new MenuItem();
  63
  64   MenuItem noColourmenuItem = new MenuItem();
  65
  66   protected CheckboxMenuItem conservationMenuItem = new CheckboxMenuItem();
  67
  68   final AlignmentPanel ap;
  69
  70   MenuItem unGroupMenuItem = new MenuItem();
  71
  72   MenuItem nucleotideMenuItem = new MenuItem();
  73
  74   Menu colourMenu = new Menu();
  75
  76   CheckboxMenuItem showBoxes = new CheckboxMenuItem();
  77
  78   CheckboxMenuItem showText = new CheckboxMenuItem();
  79
  80   CheckboxMenuItem showColourText = new CheckboxMenuItem();
  81
  82   CheckboxMenuItem displayNonconserved = new CheckboxMenuItem();
  83
  84   Menu editMenu = new Menu("Edit");
  85
  86   MenuItem copy = new MenuItem("Copy (Jalview Only)");
  87
  88   MenuItem cut = new MenuItem("Cut (Jalview Only)");
  89
  90   MenuItem toUpper = new MenuItem("To Upper Case");
  91
  92   MenuItem toLower = new MenuItem("To Lower Case");
  93
  94   MenuItem toggleCase = new MenuItem("Toggle Case");
  95
  96   Menu outputmenu = new Menu();
  97
  98   Menu seqMenu = new Menu();
  99
 100   MenuItem pdb = new MenuItem();
 101
 102   MenuItem hideSeqs = new MenuItem();
 103
 104   MenuItem repGroup = new MenuItem();
 105
 106   MenuItem sequenceName = new MenuItem("Edit Name/Description");
 107
 108   MenuItem sequenceFeature = new MenuItem("Create Sequence Feature");
 109
 110   MenuItem editSequence = new MenuItem("Edit Sequence");
 111
 112   Sequence seq;
 113
 114   MenuItem revealAll = new MenuItem();
 115
 116   Menu menu1 = new Menu();
 117
 118   public APopupMenu(AlignmentPanel apanel, final Sequence seq, Vector links)
 119   {
 120     // /////////////////////////////////////////////////////////
 121     // If this is activated from the sequence panel, the user may want to
 122     // edit or annotate a particular residue. Therefore display the residue menu
 123     //
 124     // If from the IDPanel, we must display the sequence menu
 125     // ////////////////////////////////////////////////////////
 126
 127     this.ap = apanel;
 128     this.seq = seq;
 129
 130     try
 131     {
 132       jbInit();
 133     } catch (Exception e)
 134     {
 135       e.printStackTrace();
 136     }
 137
 138     for (int i = 0; i < jalview.io.AppletFormatAdapter.WRITEABLE_FORMATS.length; i++)
 139     {
 140       MenuItem item = new MenuItem(
 141               jalview.io.AppletFormatAdapter.WRITEABLE_FORMATS[i]);
 142
 143       item.addActionListener(this);
 144       outputmenu.add(item);
 145     }
 146
 147     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
 148
 149     if (sg != null && sg.getSize() > 0)
 150     {
 151       editGroupName.setLabel(sg.getName());
 152       showText.setState(sg.getDisplayText());
 153       showColourText.setState(sg.getColourText());
 154       showBoxes.setState(sg.getDisplayBoxes());
 155       displayNonconserved.setState(sg.getShowunconserved());
 156       if (!ap.av.alignment.getGroups().contains(sg))
 157       {
 158         groupMenu.remove(unGroupMenuItem);
 159       }
 160
 161     }
 162     else
 163     {
 164       remove(hideSeqs);
 165       remove(groupMenu);
 166     }
 167
 168     if (links != null && links.size() > 0)
 169     {
 170       Menu linkMenu = new Menu("Link");
 171       String link;
 172       for (int i = 0; i < links.size(); i++)
 173       {
 174         link = links.elementAt(i).toString();
 175         UrlLink urlLink = new UrlLink(link);
 176         if (!urlLink.isValid())
 177         {
 178           System.err.println(urlLink.getInvalidMessage());
 179           continue;
 180         }
 181         final String target = urlLink.getTarget(); // link.substring(0,
 182                                                     // link.indexOf("|"));
 183         final String label = urlLink.getLabel();
 184         if (urlLink.isDynamic())
 185         {
 186
 187           // collect matching db-refs
 188           DBRefEntry[] dbr = jalview.util.DBRefUtils.selectRefs(seq
 189                   .getDBRef(), new String[]
 190           { target });
 191           // collect id string too
 192           String id = seq.getName();
 193           String descr = seq.getDescription();
 194           if (descr!=null && descr.length()<1)
 195           {
 196             descr = null;
 197           }
 198           if (dbr != null)
 199           {
 200             for (int r = 0; r < dbr.length; r++)
 201             {
 202               if (id != null && dbr[r].getAccessionId().equals(id))
 203               {
 204                 // suppress duplicate link creation for the bare sequence ID
 205                 // string with this link
 206                 id = null;
 207               }
 208               // create Bare ID link for this RUL
 209               String[] urls = urlLink.makeUrls(dbr[r].getAccessionId(),
 210                       true);
 211               if (urls != null)
 212               {
 213                 for (int u = 0; u < urls.length; u += 2)
 214                 {
 215                   addshowLink(linkMenu, label + "|" + urls[u], urls[u + 1]);
 216                 }
 217               }
 218             }
 219           }
 220           if (id != null)
 221           {
 222             // create Bare ID link for this RUL
 223             String[] urls = urlLink.makeUrls(id, true);
 224             if (urls != null)
 225             {
 226               for (int u = 0; u < urls.length; u += 2)
 227               {
 228                 addshowLink(linkMenu, label, urls[u + 1]);
 229               }
 230             }
 231             // addshowLink(linkMenu, target, url_pref + id + url_suff);
 232           }
 233           // Now construct URLs from description but only try to do it for regex URL links
 234           if (descr != null && urlLink.getRegexReplace()!=null)
 235           {
 236             // create link for this URL from description only if regex matches
 237             String[] urls = urlLink.makeUrls(descr, true);
 238             if (urls != null)
 239             {
 240               for (int u = 0; u < urls.length; u += 2)
 241               {
 242                 addshowLink(linkMenu, label, urls[u + 1]);
 243               }
 244             }
 245           }
 246         }
 247         else
 248         {
 249           addshowLink(linkMenu, target, urlLink.getUrl_prefix()); // link.substring(link.lastIndexOf("|")+1));
 250         }
 251         /*
 252          * final String url;
 253          *
 254          * if (link.indexOf("$SEQUENCE_ID$") > -1) { // Substitute SEQUENCE_ID
 255          * string and any matching database reference accessions String url_pref =
 256          * link.substring(link.indexOf("|") + 1, link.indexOf("$SEQUENCE_ID$"));
 257          *
 258          * String url_suff = link.substring(link.indexOf("$SEQUENCE_ID$") + 13);
 259          *  // collect matching db-refs DBRefEntry[] dbr =
 260          * jalview.util.DBRefUtils.selectRefs(seq.getDBRef(), new
 261          * String[]{target}); // collect id string too String id =
 262          * seq.getName(); if (id.indexOf("|") > -1) { id =
 263          * id.substring(id.lastIndexOf("|") + 1); } if (dbr!=null) { for (int
 264          * r=0;r<dbr.length; r++) { if (dbr[r].getAccessionId().equals(id)) { //
 265          * suppress duplicate link creation for the bare sequence ID string with
 266          * this link id = null; } addshowLink(linkMenu,
 267          * dbr[r].getSource()+"|"+dbr[r].getAccessionId(), target,
 268          * url_pref+dbr[r].getAccessionId()+url_suff); } } if (id!=null) { //
 269          * create Bare ID link for this RUL addshowLink(linkMenu, target,
 270          * url_pref + id + url_suff); } } else { addshowLink(linkMenu, target,
 271          * link.substring(link.lastIndexOf("|")+1)); }
 272          */
 273       }
 274
 275       if (seq != null)
 276       {
 277         seqMenu.add(linkMenu);
 278       }
 279       else
 280       {
 281         add(linkMenu);
 282       }
 283     }
 284     if (seq != null)
 285     {
 286       seqMenu.setLabel(seq.getName());
 287       repGroup.setLabel("Represent Group with " + seq.getName());
 288     }
 289     else
 290     {
 291       remove(seqMenu);
 292     }
 293
 294     if (!ap.av.hasHiddenRows)
 295     {
 296       remove(revealAll);
 297     }
 298   }
 299
 300   /**
 301    * add a show URL menu item to the given linkMenu
 302    *
 303    * @param linkMenu
 304    * @param target -
 305    *                menu label string
 306    * @param url -
 307    *                url to open
 308    */
 309   private void addshowLink(Menu linkMenu, final String target,
 310           final String url)
 311   {
 312     addshowLink(linkMenu, target, target, url);
 313   }
 314
 315   /**
 316    * add a show URL menu item to the given linkMenu
 317    *
 318    * @param linkMenu
 319    * @param target -
 320    *                URL target window
 321    * @param label -
 322    *                menu label string
 323    * @param url -
 324    *                url to open
 325    */
 326   private void addshowLink(Menu linkMenu, final String target,
 327           final String label, final String url)
 328   {
 329     MenuItem item = new MenuItem(label);
 330     item.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()
 331     {
 332       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 333       {
 334         ap.alignFrame.showURL(url, target);
 335       }
 336     });
 337     linkMenu.add(item);
 338   }
 339
 340   public void itemStateChanged(ItemEvent evt)
 341   {
 342     if (evt.getSource() == abovePIDColour)
 343     {
 344       abovePIDColour_itemStateChanged();
 345     }
 346     else if (evt.getSource() == showColourText)
 347     {
 348       showColourText_itemStateChanged();
 349     }
 350     else if (evt.getSource() == showText)
 351     {
 352       showText_itemStateChanged();
 353     }
 354     else if (evt.getSource() == showBoxes)
 355     {
 356       showBoxes_itemStateChanged();
 357     }
 358     else if (evt.getSource() == displayNonconserved)
 359     {
 360       this.showNonconserved_itemStateChanged();
 361     }
 362   }
 363
 364   public void actionPerformed(ActionEvent evt)
 365   {
 366     Object source = evt.getSource();
 367     if (source == clustalColour)
 368     {
 369       clustalColour_actionPerformed();
 370     }
 371     else if (source == zappoColour)
 372     {
 373       zappoColour_actionPerformed();
 374     }
 375     else if (source == taylorColour)
 376     {
 377       taylorColour_actionPerformed();
 378     }
 379     else if (source == hydrophobicityColour)
 380     {
 381       hydrophobicityColour_actionPerformed();
 382     }
 383     else if (source == helixColour)
 384     {
 385       helixColour_actionPerformed();
 386     }
 387     else if (source == strandColour)
 388     {
 389       strandColour_actionPerformed();
 390     }
 391     else if (source == turnColour)
 392     {
 393       turnColour_actionPerformed();
 394     }
 395     else if (source == buriedColour)
 396     {
 397       buriedColour_actionPerformed();
 398     }
 399     else if (source == nucleotideMenuItem)
 400     {
 401       nucleotideMenuItem_actionPerformed();
 402     }
 403
 404     else if (source == userDefinedColour)
 405     {
 406       userDefinedColour_actionPerformed();
 407     }
 408     else if (source == PIDColour)
 409     {
 410       PIDColour_actionPerformed();
 411     }
 412     else if (source == BLOSUM62Colour)
 413     {
 414       BLOSUM62Colour_actionPerformed();
 415     }
 416     else if (source == noColourmenuItem)
 417     {
 418       noColourmenuItem_actionPerformed();
 419     }
 420     else if (source == conservationMenuItem)
 421     {
 422       conservationMenuItem_itemStateChanged();
 423     }
 424     else if (source == unGroupMenuItem)
 425     {
 426       unGroupMenuItem_actionPerformed();
 427     }
 428
 429     else if (source == sequenceName)
 430     {
 431       editName();
 432     }
 433     else if (source == pdb)
 434     {
 435       addPDB();
 436     }
 437     else if (source == hideSeqs)
 438     {
 439       hideSequences(false);
 440     }
 441     else if (source == repGroup)
 442     {
 443       hideSequences(true);
 444     }
 445     else if (source == revealAll)
 446     {
 447       ap.av.showAllHiddenSeqs();
 448     }
 449
 450     else if (source == editGroupName)
 451     {
 452       EditNameDialog dialog = new EditNameDialog(getGroup().getName(),
 453               getGroup().getDescription(), "       Group Name",
 454               "Group Description", ap.alignFrame,
 455               "Edit Group Name / Description", 500, 100, true);
 456
 457       if (dialog.accept)
 458       {
 459         getGroup().setName(dialog.getName().replace(' ', '_'));
 460         getGroup().setDescription(dialog.getDescription());
 461       }
 462
 463     }
 464     else if (source == copy)
 465     {
 466       ap.alignFrame.copy_actionPerformed();
 467     }
 468     else if (source == cut)
 469     {
 470       ap.alignFrame.cut_actionPerformed();
 471     }
 472     else if (source == editSequence)
 473     {
 474       SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
 475
 476       if (sg != null)
 477       {
 478         if (seq == null)
 479           seq = (Sequence) sg.getSequenceAt(0);
 480
 481         EditNameDialog dialog = new EditNameDialog(seq.getSequenceAsString(
 482                 sg.getStartRes(), sg.getEndRes() + 1), null,
 483                 "Edit Sequence ", null,
 484
 485                 ap.alignFrame, "Edit Sequence", 500, 100, true);
 486
 487         if (dialog.accept)
 488         {
 489           EditCommand editCommand = new EditCommand("Edit Sequences",
 490                   EditCommand.REPLACE, dialog.getName().replace(' ',
 491                           ap.av.getGapCharacter()), sg
 492                           .getSequencesAsArray(ap.av.hiddenRepSequences),
 493                   sg.getStartRes(), sg.getEndRes() + 1, ap.av.alignment);
 494
 495           ap.alignFrame.addHistoryItem(editCommand);
 496
 497           ap.av.firePropertyChange("alignment", null, ap.av.getAlignment()
 498                   .getSequences());
 499         }
 500       }
 501     }
 502     else if (source == toUpper || source == toLower || source == toggleCase)
 503     {
 504       SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
 505       Vector regions = new Vector();
 506       if (sg != null)
 507       {
 508         int start = sg.getStartRes();
 509         int end = sg.getEndRes() + 1;
 510
 511         do
 512         {
 513           if (ap.av.hasHiddenColumns)
 514           {
 515             if (start == 0)
 516             {
 517               start = ap.av.colSel.adjustForHiddenColumns(start);
 518             }
 519
 520             end = ap.av.colSel.getHiddenBoundaryRight(start);
 521             if (start == end)
 522             {
 523               end = sg.getEndRes() + 1;
 524             }
 525             if (end > sg.getEndRes())
 526             {
 527               end = sg.getEndRes() + 1;
 528             }
 529           }
 530
 531           regions.addElement(new int[]
 532           { start, end });
 533
 534           if (ap.av.hasHiddenColumns)
 535           {
 536             start = ap.av.colSel.adjustForHiddenColumns(end);
 537             start = ap.av.colSel.getHiddenBoundaryLeft(start) + 1;
 538           }
 539         } while (end < sg.getEndRes());
 540
 541         int[][] startEnd = new int[regions.size()][2];
 542         for (int i = 0; i < regions.size(); i++)
 543         {
 544           startEnd[i] = (int[]) regions.elementAt(i);
 545         }
 546
 547         String description;
 548         int caseChange;
 549
 550         if (source == toggleCase)
 551         {
 552           description = "Toggle Case";
 553           caseChange = ChangeCaseCommand.TOGGLE_CASE;
 554         }
 555         else if (source == toUpper)
 556         {
 557           description = "To Upper Case";
 558           caseChange = ChangeCaseCommand.TO_UPPER;
 559         }
 560         else
 561         {
 562           description = "To Lower Case";
 563           caseChange = ChangeCaseCommand.TO_LOWER;
 564         }
 565
 566         ChangeCaseCommand caseCommand = new ChangeCaseCommand(description,
 567                 sg.getSequencesAsArray(ap.av.hiddenRepSequences), startEnd,
 568                 caseChange);
 569
 570         ap.alignFrame.addHistoryItem(caseCommand);
 571
 572         ap.av.firePropertyChange("alignment", null, ap.av.getAlignment()
 573                 .getSequences());
 574
 575       }
 576     }
 577     else if (source == sequenceFeature)
 578     {
 579       SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
 580       if (sg == null)
 581       {
 582         return;
 583       }
 584
 585       int gSize = sg.getSize();
 586       SequenceI[] seqs = new SequenceI[gSize];
 587       SequenceFeature[] features = new SequenceFeature[gSize];
 588
 589       for (int i = 0; i < gSize; i++)
 590       {
 591         seqs[i] = sg.getSequenceAt(i);
 592         int start = sg.getSequenceAt(i).findPosition(sg.getStartRes());
 593         int end = sg.findEndRes(sg.getSequenceAt(i));
 594         features[i] = new SequenceFeature(null, null, null, start, end,
 595                 "Jalview");
 596       }
 597
 598       if (ap.seqPanel.seqCanvas.getFeatureRenderer().amendFeatures(seqs,
 599               features, true, ap))
 600       {
 601         ap.alignFrame.sequenceFeatures.setState(true);
 602         ap.av.showSequenceFeatures(true);
 603         ap.highlightSearchResults(null);
 604       }
 605     }
 606     else
 607     {
 608       outputText(evt);
 609     }
 610
 611   }
 612
 613   void outputText(ActionEvent e)
 614   {
 615     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(true, ap.alignFrame);
 616
 617     Frame frame = new Frame();
 618     frame.add(cap);
 619     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, "Selection output - "
 620             + e.getActionCommand(), 600, 500);
 621
 622     cap.setText(new jalview.io.AppletFormatAdapter().formatSequences(e
 623             .getActionCommand(), new Alignment(ap.av
 624             .getSelectionAsNewSequence()), ap.av.showJVSuffix));
 625
 626   }
 627
 628   void editName()
 629   {
 630     EditNameDialog dialog = new EditNameDialog(seq.getName(), seq
 631             .getDescription(), "       Sequence Name",
 632             "Sequence Description", ap.alignFrame,
 633             "Edit Sequence Name / Description", 500, 100, true);
 634
 635     if (dialog.accept)
 636     {
 637       seq.setName(dialog.getName());
 638       seq.setDescription(dialog.getDescription());
 639       ap.paintAlignment(false);
 640     }
 641   }
 642
 643   void addPDB()
 644   {
 645     if (seq.getPDBId() != null)
 646     {
 647       PDBEntry entry = (PDBEntry) seq.getPDBId().firstElement();
 648
 649       if (ap.av.applet.jmolAvailable)
 650         new jalview.appletgui.AppletJmol(entry, new Sequence[]
 651         { seq }, null, ap, AppletFormatAdapter.URL);
 652       else
 653         new MCview.AppletPDBViewer(entry, new Sequence[]
 654         { seq }, null, ap, AppletFormatAdapter.URL);
 655
 656     }
 657     else
 658     {
 659       CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(true, ap.alignFrame);
 660       cap.setText("Paste your PDB file here.");
 661       cap.setPDBImport(seq);
 662       Frame frame = new Frame();
 663       frame.add(cap);
 664       jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, "Paste PDB file ", 400, 300);
 665     }
 666   }
 667
 668   private void jbInit() throws Exception
 669   {
 670     groupMenu.setLabel("Group");
 671     groupMenu.setLabel("Selection");
 672     sequenceFeature.addActionListener(this);
 673
 674     editGroupName.addActionListener(this);
 675     unGroupMenuItem.setLabel("Remove Group");
 676     unGroupMenuItem.addActionListener(this);
 677
 678     nucleotideMenuItem.setLabel("Nucleotide");
 679     nucleotideMenuItem.addActionListener(this);
 680     conservationMenuItem.addItemListener(this);
 681     abovePIDColour.addItemListener(this);
 682     colourMenu.setLabel("Group Colour");
 683     showBoxes.setLabel("Boxes");
 684     showBoxes.setState(true);
 685     showBoxes.addItemListener(this);
 686     sequenceName.addActionListener(this);
 687     displayNonconserved.setLabel("Show Nonconserved");
 688     displayNonconserved.setState(false);
 689     displayNonconserved.addItemListener(this);
 690     showText.setLabel("Text");
 691     showText.addItemListener(this);
 692     showColourText.setLabel("Colour Text");
 693     showColourText.addItemListener(this);
 694     outputmenu.setLabel("Output to Textbox...");
 695     seqMenu.setLabel("Sequence");
 696     pdb.setLabel("View PDB Structure");
 697     hideSeqs.setLabel("Hide Sequences");
 698     repGroup.setLabel("Represent Group with");
 699     revealAll.setLabel("Reveal All");
 700     menu1.setLabel("Group");
 701     add(groupMenu);
 702     this.add(seqMenu);
 703     this.add(hideSeqs);
 704     this.add(revealAll);
 705     groupMenu.add(editGroupName);
 706     groupMenu.add(editMenu);
 707     groupMenu.add(outputmenu);
 708     groupMenu.add(sequenceFeature);
 709     groupMenu.add(menu1);
 710
 711     colourMenu.add(noColourmenuItem);
 712     colourMenu.add(clustalColour);
 713     colourMenu.add(BLOSUM62Colour);
 714     colourMenu.add(PIDColour);
 715     colourMenu.add(zappoColour);
 716     colourMenu.add(taylorColour);
 717     colourMenu.add(hydrophobicityColour);
 718     colourMenu.add(helixColour);
 719     colourMenu.add(strandColour);
 720     colourMenu.add(turnColour);
 721     colourMenu.add(buriedColour);
 722     colourMenu.add(nucleotideMenuItem);
 723     colourMenu.add(userDefinedColour);
 724     colourMenu.addSeparator();
 725     colourMenu.add(abovePIDColour);
 726     colourMenu.add(conservationMenuItem);
 727
 728     noColourmenuItem.setLabel("None");
 729     noColourmenuItem.addActionListener(this);
 730
 731     clustalColour.setLabel("Clustalx colours");
 732     clustalColour.addActionListener(this);
 733     zappoColour.setLabel("Zappo");
 734     zappoColour.addActionListener(this);
 735     taylorColour.setLabel("Taylor");
 736     taylorColour.addActionListener(this);
 737     hydrophobicityColour.setLabel("Hydrophobicity");
 738     hydrophobicityColour.addActionListener(this);
 739     helixColour.setLabel("Helix propensity");
 740     helixColour.addActionListener(this);
 741     strandColour.setLabel("Strand propensity");
 742     strandColour.addActionListener(this);
 743     turnColour.setLabel("Turn propensity");
 744     turnColour.addActionListener(this);
 745     buriedColour.setLabel("Buried Index");
 746     buriedColour.addActionListener(this);
 747     abovePIDColour.setLabel("Above % Identity");
 748
 749     userDefinedColour.setLabel("User Defined");
 750     userDefinedColour.addActionListener(this);
 751     PIDColour.setLabel("Percentage Identity");
 752     PIDColour.addActionListener(this);
 753     BLOSUM62Colour.setLabel("BLOSUM62");
 754     BLOSUM62Colour.addActionListener(this);
 755     conservationMenuItem.setLabel("Conservation");
 756
 757     editMenu.add(copy);
 758     copy.addActionListener(this);
 759     editMenu.add(cut);
 760     cut.addActionListener(this);
 761
 762     editMenu.add(editSequence);
 763     editSequence.addActionListener(this);
 764
 765     editMenu.add(toUpper);
 766     toUpper.addActionListener(this);
 767     editMenu.add(toLower);
 768     toLower.addActionListener(this);
 769     editMenu.add(toggleCase);
 770     seqMenu.add(sequenceName);
 771     seqMenu.add(pdb);
 772     seqMenu.add(repGroup);
 773     menu1.add(unGroupMenuItem);
 774     menu1.add(colourMenu);
 775     menu1.add(showBoxes);
 776     menu1.add(showText);
 777     menu1.add(showColourText);
 778     menu1.add(displayNonconserved);
 779     toggleCase.addActionListener(this);
 780     pdb.addActionListener(this);
 781     hideSeqs.addActionListener(this);
 782     repGroup.addActionListener(this);
 783     revealAll.addActionListener(this);
 784   }
 785
 786   void refresh()
 787   {
 788     ap.paintAlignment(true);
 789   }
 790
 791   protected void clustalColour_actionPerformed()
 792   {
 793     SequenceGroup sg = getGroup();
 794     sg.cs = new ClustalxColourScheme(sg
 795             .getSequences(ap.av.hiddenRepSequences), ap.av.alignment
 796             .getWidth());
 797     refresh();
 798   }
 799
 800   protected void zappoColour_actionPerformed()
 801   {
 802     getGroup().cs = new ZappoColourScheme();
 803     refresh();
 804   }
 805
 806   protected void taylorColour_actionPerformed()
 807   {
 808     getGroup().cs = new TaylorColourScheme();
 809     refresh();
 810   }
 811
 812   protected void hydrophobicityColour_actionPerformed()
 813   {
 814     getGroup().cs = new HydrophobicColourScheme();
 815     refresh();
 816   }
 817
 818   protected void helixColour_actionPerformed()
 819   {
 820     getGroup().cs = new HelixColourScheme();
 821     refresh();
 822   }
 823
 824   protected void strandColour_actionPerformed()
 825   {
 826     getGroup().cs = new StrandColourScheme();
 827     refresh();
 828   }
 829
 830   protected void turnColour_actionPerformed()
 831   {
 832     getGroup().cs = new TurnColourScheme();
 833     refresh();
 834   }
 835
 836   protected void buriedColour_actionPerformed()
 837   {
 838     getGroup().cs = new BuriedColourScheme();
 839     refresh();
 840   }
 841
 842   public void nucleotideMenuItem_actionPerformed()
 843   {
 844     getGroup().cs = new NucleotideColourScheme();
 845     refresh();
 846   }
 847
 848   protected void abovePIDColour_itemStateChanged()
 849   {
 850     SequenceGroup sg = getGroup();
 851     if (sg.cs == null)
 852     {
 853       return;
 854     }
 855
 856     if (abovePIDColour.getState())
 857     {
 858       sg.cs.setConsensus(AAFrequency.calculate(sg
 859               .getSequences(ap.av.hiddenRepSequences), 0, ap.av.alignment
 860               .getWidth()));
 861       int threshold = SliderPanel.setPIDSliderSource(ap, sg.cs, getGroup()
 862               .getName());
 863
 864       sg.cs.setThreshold(threshold, ap.av.getIgnoreGapsConsensus());
 865
 866       SliderPanel.showPIDSlider();
 867
 868     }
 869     else
 870     // remove PIDColouring
 871     {
 872       sg.cs.setThreshold(0, ap.av.getIgnoreGapsConsensus());
 873     }
 874
 875     refresh();
 876
 877   }
 878
 879   protected void userDefinedColour_actionPerformed()
 880   {
 881     new UserDefinedColours(ap, getGroup());
 882   }
 883
 884   protected void PIDColour_actionPerformed()
 885   {
 886     SequenceGroup sg = getGroup();
 887     sg.cs = new PIDColourScheme();
 888     sg.cs.setConsensus(AAFrequency.calculate(sg
 889             .getSequences(ap.av.hiddenRepSequences), 0, ap.av.alignment
 890             .getWidth()));
 891     refresh();
 892   }
 893
 894   protected void BLOSUM62Colour_actionPerformed()
 895   {
 896     SequenceGroup sg = getGroup();
 897
 898     sg.cs = new Blosum62ColourScheme();
 899
 900     sg.cs.setConsensus(AAFrequency.calculate(sg
 901             .getSequences(ap.av.hiddenRepSequences), 0, ap.av.alignment
 902             .getWidth()));
 903
 904     refresh();
 905   }
 906
 907   protected void noColourmenuItem_actionPerformed()
 908   {
 909     getGroup().cs = null;
 910     refresh();
 911   }
 912
 913   protected void conservationMenuItem_itemStateChanged()
 914   {
 915     SequenceGroup sg = getGroup();
 916     if (sg.cs == null)
 917     {
 918       return;
 919     }
 920
 921     if (conservationMenuItem.getState())
 922     {
 923
 924       Conservation c = new Conservation("Group",
 925               ResidueProperties.propHash, 3, sg
 926                       .getSequences(ap.av.hiddenRepSequences), 0,
 927               ap.av.alignment.getWidth());
 928
 929       c.calculate();
 930       c.verdict(false, ap.av.ConsPercGaps);
 931
 932       sg.cs.setConservation(c);
 933
 934       SliderPanel.setConservationSlider(ap, sg.cs, sg.getName());
 935       SliderPanel.showConservationSlider();
 936     }
 937     else
 938     // remove ConservationColouring
 939     {
 940       sg.cs.setConservation(null);
 941     }
 942
 943     refresh();
 944   }
 945
 946   SequenceGroup getGroup()
 947   {
 948     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
 949
 950     // this method won't add a new group if it already exists
 951     if (sg != null)
 952     {
 953       ap.av.alignment.addGroup(sg);
 954     }
 955
 956     return sg;
 957   }
 958
 959   void unGroupMenuItem_actionPerformed()
 960   {
 961     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
 962     ap.av.alignment.deleteGroup(sg);
 963     ap.av.setSelectionGroup(null);
 964     ap.paintAlignment(true);
 965   }
 966
 967   public void showColourText_itemStateChanged()
 968   {
 969     getGroup().setColourText(showColourText.getState());
 970     refresh();
 971   }
 972
 973   public void showText_itemStateChanged()
 974   {
 975     getGroup().setDisplayText(showText.getState());
 976     refresh();
 977   }
 978
 979   public void showNonconserved_itemStateChanged()
 980   {
 981     getGroup().setShowunconserved(this.displayNonconserved.getState());
 982     refresh();
 983   }
 984
 985   public void showBoxes_itemStateChanged()
 986   {
 987     getGroup().setDisplayBoxes(showBoxes.getState());
 988     refresh();
 989   }
 990
 991   void hideSequences(boolean representGroup)
 992   {
 993     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
 994     if (sg == null || sg.getSize() < 1)
 995     {
 996       ap.av.hideSequence(new SequenceI[]
 997       { seq });
 998       return;
 999     }
1000
1001     ap.av.setSelectionGroup(null);
1002
1003     if (representGroup)
1004     {
1005       ap.av.hideRepSequences(seq, sg);
1006
1007       return;
1008     }
1009
1010     int gsize = sg.getSize();
1011     SequenceI[] hseqs;
1012
1013     hseqs = new SequenceI[gsize];
1014
1015     int index = 0;
1016     for (int i = 0; i < gsize; i++)
1017     {
1018       hseqs[index++] = sg.getSequenceAt(i);
1019     }
1020
1021     ap.av.hideSequence(hseqs);
1022   }
1023
1024 }