src/jalview/appletgui/APopupMenu.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 \r
  20 package jalview.appletgui;\r
  21 \r
  22 import java.awt.*;\r
  23 import java.awt.event.*;\r
  24 import java.util.Vector;\r
  25 \r
  26 import jalview.analysis.*;\r
  27 import jalview.datamodel.*;\r
  28 import jalview.schemes.*;\r
  29 \r
  30 public class APopupMenu\r
  31     extends java.awt.PopupMenu implements ActionListener, ItemListener\r
  32 {\r
  33   Menu groupMenu = new Menu();\r
  34   protected MenuItem clustalColour = new MenuItem();\r
  35   protected MenuItem zappoColour = new MenuItem();\r
  36   protected MenuItem taylorColour = new MenuItem();\r
  37   protected MenuItem hydrophobicityColour = new MenuItem();\r
  38   protected MenuItem helixColour = new MenuItem();\r
  39   protected MenuItem strandColour = new MenuItem();\r
  40   protected MenuItem turnColour = new MenuItem();\r
  41   protected MenuItem buriedColour = new MenuItem();\r
  42   protected CheckboxMenuItem abovePIDColour = new CheckboxMenuItem();\r
  43   protected MenuItem userDefinedColour = new MenuItem();\r
  44   protected MenuItem PIDColour = new MenuItem();\r
  45   protected MenuItem BLOSUM62Colour = new MenuItem();\r
  46   MenuItem noColourmenuItem = new MenuItem();\r
  47   protected CheckboxMenuItem conservationMenuItem = new CheckboxMenuItem();\r
  48 \r
  49   final AlignmentPanel ap;\r
  50   MenuItem unGroupMenuItem = new MenuItem();\r
  51   MenuItem nucleotideMenuItem = new MenuItem();\r
  52   Menu colourMenu = new Menu();\r
  53   CheckboxMenuItem showBoxes = new CheckboxMenuItem();\r
  54   CheckboxMenuItem showText = new CheckboxMenuItem();\r
  55   CheckboxMenuItem showColourText = new CheckboxMenuItem();\r
  56   Menu editMenu = new Menu("Edit");\r
  57   MenuItem copy = new MenuItem("Copy (Jalview Only)");\r
  58   MenuItem cut = new MenuItem("Cut (Jalview Only)");\r
  59   MenuItem toUpper = new MenuItem("To Upper Case");\r
  60   MenuItem toLower = new MenuItem("To Lower Case");\r
  61   MenuItem toggleCase = new MenuItem("Toggle Case");\r
  62 \r
  63   public APopupMenu(AlignmentPanel apanel, final Sequence seq, Vector links)\r
  64   {\r
  65     ///////////////////////////////////////////////////////////\r
  66     // If this is activated from the sequence panel, the user may want to\r
  67     // edit or annotate a particular residue. Therefore display the residue menu\r
  68     //\r
  69     // If from the IDPanel, we must display the sequence menu\r
  70     //////////////////////////////////////////////////////////\r
  71 \r
  72     this.ap = apanel;\r
  73 \r
  74     try\r
  75     {\r
  76       jbInit();\r
  77     }\r
  78     catch (Exception e)\r
  79     {\r
  80       e.printStackTrace();\r
  81     }\r
  82 \r
  83     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();\r
  84 \r
  85     if (sg != null && sg.getSize(false)>0)\r
  86     {\r
  87       showText.setState(sg.getDisplayText());\r
  88       showColourText.setState(sg.getColourText());\r
  89       showBoxes.setState(sg.getDisplayBoxes());\r
  90       if (!ap.av.alignment.getGroups().contains(sg))\r
  91       {\r
  92         groupMenu.remove(unGroupMenuItem);\r
  93       }\r
  94 \r
  95     }\r
  96     else\r
  97     {\r
  98       remove(groupMenu);\r
  99       remove(editMenu);\r
 100     }\r
 101 \r
 102     if (links!=null)\r
 103     {\r
 104       Menu linkMenu = new Menu("Link");\r
 105       MenuItem item;\r
 106       String link;\r
 107       for(int i=0; i<links.size(); i++)\r
 108       {\r
 109         link = links.elementAt(i).toString();\r
 110         final String target = link.substring(0, link.indexOf("|"));\r
 111         item = new MenuItem(target);\r
 112 \r
 113         final String url;\r
 114 \r
 115         if (link.indexOf("$SEQUENCE_ID$") > -1)\r
 116         {\r
 117           String id = seq.getName();\r
 118           if (id.indexOf("|") > -1)\r
 119             id = id.substring(id.lastIndexOf("|") + 1);\r
 120 \r
 121           url = link.substring(link.indexOf("|") + 1,\r
 122                                link.indexOf("$SEQUENCE_ID$"))\r
 123               + id +\r
 124               link.substring(link.indexOf("$SEQUENCE_ID$") + 13);\r
 125         }\r
 126         else\r
 127           url = link.substring(link.lastIndexOf("|")+1);\r
 128 \r
 129            item.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()\r
 130            {\r
 131                public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 132                {\r
 133                   ap.alignFrame.showURL(url, target);\r
 134                }\r
 135            });\r
 136           linkMenu.add(item);\r
 137       }\r
 138       add(linkMenu);\r
 139 \r
 140       if(seq!=null)\r
 141       {\r
 142         item = new MenuItem("Show PDB Structure");\r
 143         item.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()\r
 144         {\r
 145           public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 146           {\r
 147             addPDB(seq);\r
 148           }\r
 149         });\r
 150 \r
 151         add(item);\r
 152       }\r
 153     }\r
 154   }\r
 155 \r
 156   public void itemStateChanged(ItemEvent evt)\r
 157   {\r
 158     if(evt.getSource()==abovePIDColour)\r
 159       abovePIDColour_itemStateChanged();\r
 160     else if(evt.getSource()==showColourText)\r
 161       showColourText_itemStateChanged();\r
 162     else if(evt.getSource()==showText)\r
 163       showText_itemStateChanged();\r
 164     else if(evt.getSource()==showBoxes)\r
 165        showBoxes_itemStateChanged()   ;\r
 166   }\r
 167 \r
 168   public void actionPerformed(ActionEvent evt)\r
 169   {\r
 170     Object source = evt.getSource();\r
 171     if(source==clustalColour)\r
 172       clustalColour_actionPerformed();\r
 173     else if(source==zappoColour)\r
 174       zappoColour_actionPerformed();\r
 175     else if(source==taylorColour)\r
 176       taylorColour_actionPerformed();\r
 177     else if(source==hydrophobicityColour)\r
 178       hydrophobicityColour_actionPerformed();\r
 179     else if(source==helixColour)\r
 180       helixColour_actionPerformed();\r
 181     else if(source==strandColour)\r
 182       strandColour_actionPerformed();\r
 183     else if(source==clustalColour)\r
 184       turnColour_actionPerformed();\r
 185     else if(source==buriedColour)\r
 186       buriedColour_actionPerformed();\r
 187     else if(source==nucleotideMenuItem)\r
 188       nucleotideMenuItem_actionPerformed();\r
 189 \r
 190     else if(source==userDefinedColour)\r
 191           userDefinedColour_actionPerformed();\r
 192         else if(source==PIDColour)\r
 193        PIDColour_actionPerformed();\r
 194      else if(source==BLOSUM62Colour)\r
 195       BLOSUM62Colour_actionPerformed();\r
 196     else if(source==noColourmenuItem)\r
 197       noColourmenuItem_actionPerformed();\r
 198     else if(source==conservationMenuItem)\r
 199         conservationMenuItem_itemStateChanged();\r
 200       else if(source==unGroupMenuItem)\r
 201       unGroupMenuItem_actionPerformed();\r
 202 \r
 203     else if(source==copy)\r
 204       ap.alignFrame.copy_actionPerformed();\r
 205     else if(source==cut)\r
 206       ap.alignFrame.cut_actionPerformed();\r
 207     else if(source==toUpper || source==toLower || source==toggleCase)\r
 208     {\r
 209       SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();\r
 210       if (sg != null)\r
 211       {\r
 212         for (int g = 0; g < sg.getSize(true); g++)\r
 213         {\r
 214           if (source == toggleCase)\r
 215            ((SequenceI) sg.getSequences(true).elementAt(g))\r
 216           .toggleCase(sg.getStartRes(), sg.getEndRes() + 1);\r
 217           else\r
 218             ((SequenceI) sg.getSequences(true).elementAt(g))\r
 219                 .changeCase(source == toUpper, sg.getStartRes(),\r
 220                                            sg.getEndRes() + 1);\r
 221         }\r
 222         ap.seqPanel.seqCanvas.repaint();\r
 223       }\r
 224     }\r
 225 \r
 226   }\r
 227 \r
 228   void addPDB(Sequence seq)\r
 229   {\r
 230     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(true, ap.alignFrame);\r
 231     cap.setText("Paste your PDB file here.");\r
 232     cap.setPDBImport(seq);\r
 233     Frame frame = new Frame();\r
 234     frame.add(cap);\r
 235     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, "Paste PDB file ", 400, 300);\r
 236   }\r
 237 \r
 238   private void jbInit()\r
 239       throws Exception\r
 240   {\r
 241     groupMenu.setLabel("Group");\r
 242     groupMenu.setLabel("Define");\r
 243 \r
 244     unGroupMenuItem.setLabel("Remove Group");\r
 245     unGroupMenuItem.addActionListener(this);\r
 246 \r
 247     nucleotideMenuItem.setLabel("Nucleotide");\r
 248     nucleotideMenuItem.addActionListener(this);\r
 249     conservationMenuItem.addItemListener(this);\r
 250     abovePIDColour.addItemListener(this);\r
 251     colourMenu.setLabel("Group Colour");\r
 252     showBoxes.setLabel("Boxes");\r
 253     showBoxes.setState(true);\r
 254     showBoxes.addItemListener(this);\r
 255 \r
 256     showText.setLabel("Text");\r
 257     showText.addItemListener(this);\r
 258     showColourText.setLabel("Colour Text");\r
 259     showColourText.addItemListener(this);\r
 260 \r
 261     add(groupMenu);\r
 262     groupMenu.add(unGroupMenuItem);\r
 263     groupMenu.add(colourMenu);\r
 264     groupMenu.addSeparator();\r
 265     groupMenu.add(showBoxes);\r
 266     groupMenu.add(showText);\r
 267     groupMenu.add(showColourText);\r
 268     colourMenu.add(noColourmenuItem);\r
 269     colourMenu.add(clustalColour);\r
 270     colourMenu.add(BLOSUM62Colour);\r
 271     colourMenu.add(PIDColour);\r
 272     colourMenu.add(zappoColour);\r
 273     colourMenu.add(taylorColour);\r
 274     colourMenu.add(hydrophobicityColour);\r
 275     colourMenu.add(helixColour);\r
 276     colourMenu.add(strandColour);\r
 277     colourMenu.add(turnColour);\r
 278     colourMenu.add(buriedColour);\r
 279     colourMenu.add(nucleotideMenuItem);\r
 280     colourMenu.add(userDefinedColour);\r
 281     colourMenu.addSeparator();\r
 282     colourMenu.add(abovePIDColour);\r
 283     colourMenu.add(conservationMenuItem);\r
 284 \r
 285     noColourmenuItem.setLabel("None");\r
 286     noColourmenuItem.addActionListener(this);\r
 287 \r
 288     clustalColour.setLabel("Clustalx colours");\r
 289     clustalColour.addActionListener(this);\r
 290     zappoColour.setLabel("Zappo");\r
 291     zappoColour.addActionListener(this);\r
 292     taylorColour.setLabel("Taylor");\r
 293     taylorColour.addActionListener(this);\r
 294     hydrophobicityColour.setLabel("Hydrophobicity");\r
 295     hydrophobicityColour.addActionListener(this);\r
 296     helixColour.setLabel("Helix propensity");\r
 297     helixColour.addActionListener(this);\r
 298     strandColour.setLabel("Strand propensity");\r
 299     strandColour.addActionListener(this);\r
 300     turnColour.setLabel("Turn propensity");\r
 301     turnColour.addActionListener(this);\r
 302     buriedColour.setLabel("Buried Index");\r
 303     buriedColour.addActionListener(this);\r
 304     abovePIDColour.setLabel("Above % Identity");\r
 305 \r
 306     userDefinedColour.setLabel("User Defined");\r
 307     userDefinedColour.addActionListener(this);\r
 308     PIDColour.setLabel("Percentage Identity");\r
 309     PIDColour.addActionListener(this);\r
 310     BLOSUM62Colour.setLabel("BLOSUM62");\r
 311     BLOSUM62Colour.addActionListener(this);\r
 312     conservationMenuItem.setLabel("Conservation");\r
 313 \r
 314     add(editMenu);\r
 315     editMenu.add(copy);\r
 316     copy.addActionListener(this);\r
 317     editMenu.add(cut);\r
 318     cut.addActionListener(this);\r
 319     editMenu.add(toUpper);\r
 320     toUpper.addActionListener(this);\r
 321     editMenu.add(toLower);\r
 322     toLower.addActionListener(this);\r
 323     editMenu.add(toggleCase);\r
 324     toggleCase.addActionListener(this);\r
 325 \r
 326   }\r
 327 \r
 328   void refresh()\r
 329   {\r
 330     ap.seqPanel.seqCanvas.repaint();\r
 331     if(ap.overviewPanel!=null)\r
 332       ap.overviewPanel.updateOverviewImage();\r
 333   }\r
 334 \r
 335   protected void clustalColour_actionPerformed()\r
 336   {\r
 337     SequenceGroup sg = getGroup();\r
 338     sg.cs = new ClustalxColourScheme(sg.getSequences(true), ap.av.alignment.getWidth());\r
 339     refresh();\r
 340   }\r
 341 \r
 342   protected void zappoColour_actionPerformed()\r
 343   {\r
 344     getGroup().cs = new ZappoColourScheme();\r
 345     refresh();\r
 346   }\r
 347 \r
 348   protected void taylorColour_actionPerformed()\r
 349   {\r
 350     getGroup().cs = new TaylorColourScheme();\r
 351     refresh();\r
 352   }\r
 353 \r
 354   protected void hydrophobicityColour_actionPerformed()\r
 355   {\r
 356     getGroup().cs = new HydrophobicColourScheme();\r
 357     refresh();\r
 358   }\r
 359 \r
 360   protected void helixColour_actionPerformed()\r
 361   {\r
 362     getGroup().cs = new HelixColourScheme();\r
 363     refresh();\r
 364   }\r
 365 \r
 366   protected void strandColour_actionPerformed()\r
 367   {\r
 368     getGroup().cs = new StrandColourScheme();\r
 369     refresh();\r
 370   }\r
 371 \r
 372   protected void turnColour_actionPerformed()\r
 373   {\r
 374     getGroup().cs = new TurnColourScheme();\r
 375     refresh();\r
 376   }\r
 377 \r
 378   protected void buriedColour_actionPerformed()\r
 379   {\r
 380     getGroup().cs = new BuriedColourScheme();\r
 381     refresh();\r
 382   }\r
 383 \r
 384   public void nucleotideMenuItem_actionPerformed()\r
 385   {\r
 386     getGroup().cs = new NucleotideColourScheme();\r
 387     refresh();\r
 388   }\r
 389 \r
 390   protected void abovePIDColour_itemStateChanged()\r
 391   {\r
 392     SequenceGroup sg = getGroup();\r
 393     if(sg.cs==null)\r
 394           return;\r
 395 \r
 396     if (abovePIDColour.getState())\r
 397     {\r
 398       sg.cs.setConsensus(AAFrequency.calculate(sg.getSequences(true), 0,\r
 399                                                ap.av.alignment.getWidth()));\r
 400       int threshold = SliderPanel.setPIDSliderSource(ap, sg.cs,\r
 401           getGroup().getName());\r
 402 \r
 403       sg.cs.setThreshold(threshold, ap.av.getIgnoreGapsConsensus());\r
 404 \r
 405       SliderPanel.showPIDSlider();\r
 406 \r
 407     }\r
 408     else // remove PIDColouring\r
 409     {\r
 410       sg.cs.setThreshold(0, ap.av.getIgnoreGapsConsensus());\r
 411     }\r
 412 \r
 413     refresh();\r
 414 \r
 415   }\r
 416 \r
 417   protected void userDefinedColour_actionPerformed()\r
 418   {\r
 419     new UserDefinedColours(ap, getGroup());\r
 420   }\r
 421 \r
 422   protected void PIDColour_actionPerformed()\r
 423   {\r
 424     SequenceGroup sg = getGroup();\r
 425     sg.cs = new PIDColourScheme();\r
 426     sg.cs.setConsensus(AAFrequency.calculate(sg.getSequences(true), 0,\r
 427                                              ap.av.alignment.getWidth()));\r
 428     refresh();\r
 429   }\r
 430 \r
 431   protected void BLOSUM62Colour_actionPerformed()\r
 432   {\r
 433     SequenceGroup sg = getGroup();\r
 434 \r
 435     sg.cs = new Blosum62ColourScheme();\r
 436 \r
 437     sg.cs.setConsensus(AAFrequency.calculate(sg.getSequences(true), 0,\r
 438                                              ap.av.alignment.getWidth()));\r
 439 \r
 440     refresh();\r
 441   }\r
 442 \r
 443   protected void noColourmenuItem_actionPerformed()\r
 444   {\r
 445     getGroup().cs = null;\r
 446     refresh();\r
 447   }\r
 448 \r
 449   protected void conservationMenuItem_itemStateChanged()\r
 450   {\r
 451     SequenceGroup sg = getGroup();\r
 452     if(sg.cs==null)\r
 453           return;\r
 454 \r
 455     if (conservationMenuItem.getState())\r
 456     {\r
 457 \r
 458       Conservation c = new Conservation("Group",\r
 459                                         ResidueProperties.propHash, 3,\r
 460                                         sg.getSequences(true), 0,\r
 461                                         ap.av.alignment.getWidth());\r
 462 \r
 463       c.calculate();\r
 464       c.verdict(false, ap.av.ConsPercGaps);\r
 465 \r
 466       sg.cs.setConservation(c);\r
 467 \r
 468       SliderPanel.setConservationSlider(ap, sg.cs, sg.getName());\r
 469       SliderPanel.showConservationSlider();\r
 470     }\r
 471     else // remove ConservationColouring\r
 472     {\r
 473       sg.cs.setConservation(null);\r
 474     }\r
 475 \r
 476     refresh();\r
 477   }\r
 478 \r
 479 \r
 480   SequenceGroup getGroup()\r
 481   {\r
 482     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();\r
 483 \r
 484     // this method won't add a new group if it already exists\r
 485     if(sg!=null)\r
 486       ap.av.alignment.addGroup(sg);\r
 487 \r
 488     return sg;\r
 489   }\r
 490 \r
 491   void unGroupMenuItem_actionPerformed()\r
 492   {\r
 493     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();\r
 494     ap.av.alignment.deleteGroup(sg);\r
 495     ap.av.setSelectionGroup(null);\r
 496     ap.repaint();\r
 497   }\r
 498 \r
 499   public void showColourText_itemStateChanged()\r
 500   {\r
 501     getGroup().setColourText(showColourText.getState());\r
 502     refresh();\r
 503   }\r
 504 \r
 505   public void showText_itemStateChanged()\r
 506   {\r
 507     getGroup().setDisplayText(showText.getState());\r
 508     refresh();\r
 509   }\r
 510 \r
 511   public void showBoxes_itemStateChanged()\r
 512   {\r
 513     getGroup().setDisplayBoxes(showBoxes.getState());\r
 514     refresh();\r
 515   }\r
 516 \r
 517 }\r