src/jalview/appletgui/APopupMenu.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Development Version 2.4.1)
   3  * Copyright (C) 2009 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8  * of the License, or (at your option) any later version.
   9  *
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13  * GNU General Public License for more details.
  14  *
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA
  18  */
  19 package jalview.appletgui;
  20
  21 import java.util.*;
  22
  23 import java.awt.*;
  24 import java.awt.event.*;
  25
  26 import jalview.analysis.*;
  27 import jalview.commands.*;
  28 import jalview.datamodel.*;
  29 import jalview.schemes.*;
  30 import jalview.util.UrlLink;
  31 import jalview.io.AppletFormatAdapter;
  32
  33 public class APopupMenu extends java.awt.PopupMenu implements
  34         ActionListener, ItemListener
  35 {
  36   Menu groupMenu = new Menu();
  37
  38   MenuItem editGroupName = new MenuItem();
  39
  40   protected MenuItem clustalColour = new MenuItem();
  41
  42   protected MenuItem zappoColour = new MenuItem();
  43
  44   protected MenuItem taylorColour = new MenuItem();
  45
  46   protected MenuItem hydrophobicityColour = new MenuItem();
  47
  48   protected MenuItem helixColour = new MenuItem();
  49
  50   protected MenuItem strandColour = new MenuItem();
  51
  52   protected MenuItem turnColour = new MenuItem();
  53
  54   protected MenuItem buriedColour = new MenuItem();
  55
  56   protected CheckboxMenuItem abovePIDColour = new CheckboxMenuItem();
  57
  58   protected MenuItem userDefinedColour = new MenuItem();
  59
  60   protected MenuItem PIDColour = new MenuItem();
  61
  62   protected MenuItem BLOSUM62Colour = new MenuItem();
  63
  64   MenuItem noColourmenuItem = new MenuItem();
  65
  66   protected CheckboxMenuItem conservationMenuItem = new CheckboxMenuItem();
  67
  68   final AlignmentPanel ap;
  69
  70   MenuItem unGroupMenuItem = new MenuItem();
  71
  72   MenuItem nucleotideMenuItem = new MenuItem();
  73
  74   Menu colourMenu = new Menu();
  75
  76   CheckboxMenuItem showBoxes = new CheckboxMenuItem();
  77
  78   CheckboxMenuItem showText = new CheckboxMenuItem();
  79
  80   CheckboxMenuItem showColourText = new CheckboxMenuItem();
  81
  82   CheckboxMenuItem displayNonconserved = new CheckboxMenuItem();
  83
  84   Menu editMenu = new Menu("Edit");
  85
  86   MenuItem copy = new MenuItem("Copy (Jalview Only)");
  87
  88   MenuItem cut = new MenuItem("Cut (Jalview Only)");
  89
  90   MenuItem toUpper = new MenuItem("To Upper Case");
  91
  92   MenuItem toLower = new MenuItem("To Lower Case");
  93
  94   MenuItem toggleCase = new MenuItem("Toggle Case");
  95
  96   Menu outputmenu = new Menu();
  97
  98   Menu seqMenu = new Menu();
  99
 100   MenuItem pdb = new MenuItem();
 101
 102   MenuItem hideSeqs = new MenuItem();
 103
 104   MenuItem repGroup = new MenuItem();
 105
 106   MenuItem sequenceName = new MenuItem("Edit Name/Description");
 107
 108   MenuItem sequenceFeature = new MenuItem("Create Sequence Feature");
 109
 110   MenuItem editSequence = new MenuItem("Edit Sequence");
 111
 112   Sequence seq;
 113
 114   MenuItem revealAll = new MenuItem();
 115
 116   Menu menu1 = new Menu();
 117
 118   public APopupMenu(AlignmentPanel apanel, final Sequence seq, Vector links)
 119   {
 120     // /////////////////////////////////////////////////////////
 121     // If this is activated from the sequence panel, the user may want to
 122     // edit or annotate a particular residue. Therefore display the residue menu
 123     //
 124     // If from the IDPanel, we must display the sequence menu
 125     // ////////////////////////////////////////////////////////
 126
 127     this.ap = apanel;
 128     this.seq = seq;
 129
 130     try
 131     {
 132       jbInit();
 133     } catch (Exception e)
 134     {
 135       e.printStackTrace();
 136     }
 137
 138     for (int i = 0; i < jalview.io.AppletFormatAdapter.WRITEABLE_FORMATS.length; i++)
 139     {
 140       MenuItem item = new MenuItem(
 141               jalview.io.AppletFormatAdapter.WRITEABLE_FORMATS[i]);
 142
 143       item.addActionListener(this);
 144       outputmenu.add(item);
 145     }
 146
 147     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
 148
 149     if (sg != null && sg.getSize() > 0)
 150     {
 151       editGroupName.setLabel(sg.getName());
 152       showText.setState(sg.getDisplayText());
 153       showColourText.setState(sg.getColourText());
 154       showBoxes.setState(sg.getDisplayBoxes());
 155       displayNonconserved.setState(sg.getShowunconserved());
 156       if (!ap.av.alignment.getGroups().contains(sg))
 157       {
 158         groupMenu.remove(unGroupMenuItem);
 159       }
 160
 161     }
 162     else
 163     {
 164       remove(hideSeqs);
 165       remove(groupMenu);
 166     }
 167
 168     if (links != null && links.size() > 0)
 169     {
 170       Menu linkMenu = new Menu("Link");
 171       String link;
 172       for (int i = 0; i < links.size(); i++)
 173       {
 174         link = links.elementAt(i).toString();
 175         UrlLink urlLink = new UrlLink(link);
 176         if (!urlLink.isValid())
 177         {
 178           System.err.println(urlLink.getInvalidMessage());
 179           continue;
 180         }
 181         final String target = urlLink.getTarget(); // link.substring(0,
 182         // link.indexOf("|"));
 183         final String label = urlLink.getLabel();
 184         if (urlLink.isDynamic())
 185         {
 186
 187           // collect matching db-refs
 188           DBRefEntry[] dbr = jalview.util.DBRefUtils.selectRefs(seq
 189                   .getDBRef(), new String[]
 190           { target });
 191           // collect id string too
 192           String id = seq.getName();
 193           String descr = seq.getDescription();
 194           if (descr != null && descr.length() < 1)
 195           {
 196             descr = null;
 197           }
 198           if (dbr != null)
 199           {
 200             for (int r = 0; r < dbr.length; r++)
 201             {
 202               if (id != null && dbr[r].getAccessionId().equals(id))
 203               {
 204                 // suppress duplicate link creation for the bare sequence ID
 205                 // string with this link
 206                 id = null;
 207               }
 208               // create Bare ID link for this RUL
 209               String[] urls = urlLink.makeUrls(dbr[r].getAccessionId(),
 210                       true);
 211               if (urls != null)
 212               {
 213                 for (int u = 0; u < urls.length; u += 2)
 214                 {
 215                   addshowLink(linkMenu, label + "|" + urls[u], urls[u + 1]);
 216                 }
 217               }
 218             }
 219           }
 220           if (id != null)
 221           {
 222             // create Bare ID link for this RUL
 223             String[] urls = urlLink.makeUrls(id, true);
 224             if (urls != null)
 225             {
 226               for (int u = 0; u < urls.length; u += 2)
 227               {
 228                 addshowLink(linkMenu, label, urls[u + 1]);
 229               }
 230             }
 231             // addshowLink(linkMenu, target, url_pref + id + url_suff);
 232           }
 233           // Now construct URLs from description but only try to do it for regex
 234           // URL links
 235           if (descr != null && urlLink.getRegexReplace() != null)
 236           {
 237             // create link for this URL from description only if regex matches
 238             String[] urls = urlLink.makeUrls(descr, true);
 239             if (urls != null)
 240             {
 241               for (int u = 0; u < urls.length; u += 2)
 242               {
 243                 addshowLink(linkMenu, label, urls[u + 1]);
 244               }
 245             }
 246           }
 247         }
 248         else
 249         {
 250           addshowLink(linkMenu, target, urlLink.getUrl_prefix()); // link.substring(link.lastIndexOf("|")+1));
 251         }
 252         /*
 253          * final String url;
 254          *
 255          * if (link.indexOf("$SEQUENCE_ID$") > -1) { // Substitute SEQUENCE_ID
 256          * string and any matching database reference accessions String url_pref
 257          * = link.substring(link.indexOf("|") + 1,
 258          * link.indexOf("$SEQUENCE_ID$"));
 259          *
 260          * String url_suff = link.substring(link.indexOf("$SEQUENCE_ID$") + 13);
 261          * // collect matching db-refs DBRefEntry[] dbr =
 262          * jalview.util.DBRefUtils.selectRefs(seq.getDBRef(), new
 263          * String[]{target}); // collect id string too String id =
 264          * seq.getName(); if (id.indexOf("|") > -1) { id =
 265          * id.substring(id.lastIndexOf("|") + 1); } if (dbr!=null) { for (int
 266          * r=0;r<dbr.length; r++) { if (dbr[r].getAccessionId().equals(id)) { //
 267          * suppress duplicate link creation for the bare sequence ID string with
 268          * this link id = null; } addshowLink(linkMenu,
 269          * dbr[r].getSource()+"|"+dbr[r].getAccessionId(), target,
 270          * url_pref+dbr[r].getAccessionId()+url_suff); } } if (id!=null) { //
 271          * create Bare ID link for this RUL addshowLink(linkMenu, target,
 272          * url_pref + id + url_suff); } } else { addshowLink(linkMenu, target,
 273          * link.substring(link.lastIndexOf("|")+1)); }
 274          */
 275       }
 276       if (linkMenu.getItemCount() > 0)
 277       {
 278         if (seq != null)
 279         {
 280           seqMenu.add(linkMenu);
 281         }
 282         else
 283         {
 284           add(linkMenu);
 285         }
 286       }
 287     }
 288     if (seq != null)
 289     {
 290       seqMenu.setLabel(seq.getName());
 291       repGroup.setLabel("Represent Group with " + seq.getName());
 292     }
 293     else
 294     {
 295       remove(seqMenu);
 296     }
 297
 298     if (!ap.av.hasHiddenRows)
 299     {
 300       remove(revealAll);
 301     }
 302   }
 303
 304   /**
 305    * add a show URL menu item to the given linkMenu
 306    *
 307    * @param linkMenu
 308    * @param target
 309    *          - menu label string
 310    * @param url
 311    *          - url to open
 312    */
 313   private void addshowLink(Menu linkMenu, final String target,
 314           final String url)
 315   {
 316     addshowLink(linkMenu, target, target, url);
 317   }
 318
 319   /**
 320    * add a show URL menu item to the given linkMenu
 321    *
 322    * @param linkMenu
 323    * @param target
 324    *          - URL target window
 325    * @param label
 326    *          - menu label string
 327    * @param url
 328    *          - url to open
 329    */
 330   private void addshowLink(Menu linkMenu, final String target,
 331           final String label, final String url)
 332   {
 333     MenuItem item = new MenuItem(label);
 334     item.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()
 335     {
 336       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 337       {
 338         ap.alignFrame.showURL(url, target);
 339       }
 340     });
 341     linkMenu.add(item);
 342   }
 343
 344   public void itemStateChanged(ItemEvent evt)
 345   {
 346     if (evt.getSource() == abovePIDColour)
 347     {
 348       abovePIDColour_itemStateChanged();
 349     }
 350     else if (evt.getSource() == showColourText)
 351     {
 352       showColourText_itemStateChanged();
 353     }
 354     else if (evt.getSource() == showText)
 355     {
 356       showText_itemStateChanged();
 357     }
 358     else if (evt.getSource() == showBoxes)
 359     {
 360       showBoxes_itemStateChanged();
 361     }
 362     else if (evt.getSource() == displayNonconserved)
 363     {
 364       this.showNonconserved_itemStateChanged();
 365     }
 366   }
 367
 368   public void actionPerformed(ActionEvent evt)
 369   {
 370     Object source = evt.getSource();
 371     if (source == clustalColour)
 372     {
 373       clustalColour_actionPerformed();
 374     }
 375     else if (source == zappoColour)
 376     {
 377       zappoColour_actionPerformed();
 378     }
 379     else if (source == taylorColour)
 380     {
 381       taylorColour_actionPerformed();
 382     }
 383     else if (source == hydrophobicityColour)
 384     {
 385       hydrophobicityColour_actionPerformed();
 386     }
 387     else if (source == helixColour)
 388     {
 389       helixColour_actionPerformed();
 390     }
 391     else if (source == strandColour)
 392     {
 393       strandColour_actionPerformed();
 394     }
 395     else if (source == turnColour)
 396     {
 397       turnColour_actionPerformed();
 398     }
 399     else if (source == buriedColour)
 400     {
 401       buriedColour_actionPerformed();
 402     }
 403     else if (source == nucleotideMenuItem)
 404     {
 405       nucleotideMenuItem_actionPerformed();
 406     }
 407
 408     else if (source == userDefinedColour)
 409     {
 410       userDefinedColour_actionPerformed();
 411     }
 412     else if (source == PIDColour)
 413     {
 414       PIDColour_actionPerformed();
 415     }
 416     else if (source == BLOSUM62Colour)
 417     {
 418       BLOSUM62Colour_actionPerformed();
 419     }
 420     else if (source == noColourmenuItem)
 421     {
 422       noColourmenuItem_actionPerformed();
 423     }
 424     else if (source == conservationMenuItem)
 425     {
 426       conservationMenuItem_itemStateChanged();
 427     }
 428     else if (source == unGroupMenuItem)
 429     {
 430       unGroupMenuItem_actionPerformed();
 431     }
 432
 433     else if (source == sequenceName)
 434     {
 435       editName();
 436     }
 437     else if (source == pdb)
 438     {
 439       addPDB();
 440     }
 441     else if (source == hideSeqs)
 442     {
 443       hideSequences(false);
 444     }
 445     else if (source == repGroup)
 446     {
 447       hideSequences(true);
 448     }
 449     else if (source == revealAll)
 450     {
 451       ap.av.showAllHiddenSeqs();
 452     }
 453
 454     else if (source == editGroupName)
 455     {
 456       EditNameDialog dialog = new EditNameDialog(getGroup().getName(),
 457               getGroup().getDescription(), "       Group Name",
 458               "Group Description", ap.alignFrame,
 459               "Edit Group Name / Description", 500, 100, true);
 460
 461       if (dialog.accept)
 462       {
 463         getGroup().setName(dialog.getName().replace(' ', '_'));
 464         getGroup().setDescription(dialog.getDescription());
 465       }
 466
 467     }
 468     else if (source == copy)
 469     {
 470       ap.alignFrame.copy_actionPerformed();
 471     }
 472     else if (source == cut)
 473     {
 474       ap.alignFrame.cut_actionPerformed();
 475     }
 476     else if (source == editSequence)
 477     {
 478       SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
 479
 480       if (sg != null)
 481       {
 482         if (seq == null)
 483           seq = (Sequence) sg.getSequenceAt(0);
 484
 485         EditNameDialog dialog = new EditNameDialog(seq.getSequenceAsString(
 486                 sg.getStartRes(), sg.getEndRes() + 1), null,
 487                 "Edit Sequence ", null,
 488
 489                 ap.alignFrame, "Edit Sequence", 500, 100, true);
 490
 491         if (dialog.accept)
 492         {
 493           EditCommand editCommand = new EditCommand("Edit Sequences",
 494                   EditCommand.REPLACE, dialog.getName().replace(' ',
 495                           ap.av.getGapCharacter()), sg
 496                           .getSequencesAsArray(ap.av.hiddenRepSequences),
 497                   sg.getStartRes(), sg.getEndRes() + 1, ap.av.alignment);
 498
 499           ap.alignFrame.addHistoryItem(editCommand);
 500
 501           ap.av.firePropertyChange("alignment", null, ap.av.getAlignment()
 502                   .getSequences());
 503         }
 504       }
 505     }
 506     else if (source == toUpper || source == toLower || source == toggleCase)
 507     {
 508       SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
 509       Vector regions = new Vector();
 510       if (sg != null)
 511       {
 512         int start = sg.getStartRes();
 513         int end = sg.getEndRes() + 1;
 514
 515         do
 516         {
 517           if (ap.av.hasHiddenColumns)
 518           {
 519             if (start == 0)
 520             {
 521               start = ap.av.colSel.adjustForHiddenColumns(start);
 522             }
 523
 524             end = ap.av.colSel.getHiddenBoundaryRight(start);
 525             if (start == end)
 526             {
 527               end = sg.getEndRes() + 1;
 528             }
 529             if (end > sg.getEndRes())
 530             {
 531               end = sg.getEndRes() + 1;
 532             }
 533           }
 534
 535           regions.addElement(new int[]
 536           { start, end });
 537
 538           if (ap.av.hasHiddenColumns)
 539           {
 540             start = ap.av.colSel.adjustForHiddenColumns(end);
 541             start = ap.av.colSel.getHiddenBoundaryLeft(start) + 1;
 542           }
 543         } while (end < sg.getEndRes());
 544
 545         int[][] startEnd = new int[regions.size()][2];
 546         for (int i = 0; i < regions.size(); i++)
 547         {
 548           startEnd[i] = (int[]) regions.elementAt(i);
 549         }
 550
 551         String description;
 552         int caseChange;
 553
 554         if (source == toggleCase)
 555         {
 556           description = "Toggle Case";
 557           caseChange = ChangeCaseCommand.TOGGLE_CASE;
 558         }
 559         else if (source == toUpper)
 560         {
 561           description = "To Upper Case";
 562           caseChange = ChangeCaseCommand.TO_UPPER;
 563         }
 564         else
 565         {
 566           description = "To Lower Case";
 567           caseChange = ChangeCaseCommand.TO_LOWER;
 568         }
 569
 570         ChangeCaseCommand caseCommand = new ChangeCaseCommand(description,
 571                 sg.getSequencesAsArray(ap.av.hiddenRepSequences), startEnd,
 572                 caseChange);
 573
 574         ap.alignFrame.addHistoryItem(caseCommand);
 575
 576         ap.av.firePropertyChange("alignment", null, ap.av.getAlignment()
 577                 .getSequences());
 578
 579       }
 580     }
 581     else if (source == sequenceFeature)
 582     {
 583       SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
 584       if (sg == null)
 585       {
 586         return;
 587       }
 588
 589
 590       int rsize=0,gSize = sg.getSize();
 591       SequenceI[] rseqs,seqs = new SequenceI[gSize];
 592       SequenceFeature[] tfeatures,features = new SequenceFeature[gSize];
 593
 594       for (int i = 0; i < gSize; i++)
 595       {
 596         int start = sg.getSequenceAt(i).findPosition(sg.getStartRes());
 597         int end = sg.findEndRes(sg.getSequenceAt(i));
 598         if (start<=end)
 599         {
 600           seqs[rsize] = sg.getSequenceAt(i);
 601           features[rsize] = new SequenceFeature(null, null, null, start, end,
 602                 "Jalview");
 603           rsize++;
 604         }
 605       }
 606       rseqs = new SequenceI[rsize];
 607       tfeatures = new SequenceFeature[rsize];
 608       System.arraycopy(seqs,0,rseqs, 0, rsize);
 609       System.arraycopy(features, 0, tfeatures, 0, rsize);
 610       features = tfeatures;
 611       seqs = rseqs;
 612
 613       if (ap.seqPanel.seqCanvas.getFeatureRenderer().amendFeatures(seqs,
 614               features, true, ap))
 615       {
 616         ap.alignFrame.sequenceFeatures.setState(true);
 617         ap.av.showSequenceFeatures(true);
 618         ap.highlightSearchResults(null);
 619       }
 620     }
 621     else
 622     {
 623       outputText(evt);
 624     }
 625
 626   }
 627
 628   void outputText(ActionEvent e)
 629   {
 630     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(true, ap.alignFrame);
 631
 632     Frame frame = new Frame();
 633     frame.add(cap);
 634     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, "Selection output - "
 635             + e.getActionCommand(), 600, 500);
 636
 637     cap.setText(new jalview.io.AppletFormatAdapter().formatSequences(e
 638             .getActionCommand(), new Alignment(ap.av
 639             .getSelectionAsNewSequence()), ap.av.showJVSuffix));
 640
 641   }
 642
 643   void editName()
 644   {
 645     EditNameDialog dialog = new EditNameDialog(seq.getName(), seq
 646             .getDescription(), "       Sequence Name",
 647             "Sequence Description", ap.alignFrame,
 648             "Edit Sequence Name / Description", 500, 100, true);
 649
 650     if (dialog.accept)
 651     {
 652       seq.setName(dialog.getName());
 653       seq.setDescription(dialog.getDescription());
 654       ap.paintAlignment(false);
 655     }
 656   }
 657
 658   void addPDB()
 659   {
 660     if (seq.getPDBId() != null)
 661     {
 662       PDBEntry entry = (PDBEntry) seq.getPDBId().firstElement();
 663
 664       if (ap.av.applet.jmolAvailable)
 665         new jalview.appletgui.AppletJmol(entry, new Sequence[]
 666         { seq }, null, ap, AppletFormatAdapter.URL);
 667       else
 668         new MCview.AppletPDBViewer(entry, new Sequence[]
 669         { seq }, null, ap, AppletFormatAdapter.URL);
 670
 671     }
 672     else
 673     {
 674       CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(true, ap.alignFrame);
 675       cap.setText("Paste your PDB file here.");
 676       cap.setPDBImport(seq);
 677       Frame frame = new Frame();
 678       frame.add(cap);
 679       jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, "Paste PDB file ", 400, 300);
 680     }
 681   }
 682
 683   private void jbInit() throws Exception
 684   {
 685     groupMenu.setLabel("Group");
 686     groupMenu.setLabel("Selection");
 687     sequenceFeature.addActionListener(this);
 688
 689     editGroupName.addActionListener(this);
 690     unGroupMenuItem.setLabel("Remove Group");
 691     unGroupMenuItem.addActionListener(this);
 692
 693     nucleotideMenuItem.setLabel("Nucleotide");
 694     nucleotideMenuItem.addActionListener(this);
 695     conservationMenuItem.addItemListener(this);
 696     abovePIDColour.addItemListener(this);
 697     colourMenu.setLabel("Group Colour");
 698     showBoxes.setLabel("Boxes");
 699     showBoxes.setState(true);
 700     showBoxes.addItemListener(this);
 701     sequenceName.addActionListener(this);
 702     displayNonconserved.setLabel("Show Nonconserved");
 703     displayNonconserved.setState(false);
 704     displayNonconserved.addItemListener(this);
 705     showText.setLabel("Text");
 706     showText.addItemListener(this);
 707     showColourText.setLabel("Colour Text");
 708     showColourText.addItemListener(this);
 709     outputmenu.setLabel("Output to Textbox...");
 710     seqMenu.setLabel("Sequence");
 711     pdb.setLabel("View PDB Structure");
 712     hideSeqs.setLabel("Hide Sequences");
 713     repGroup.setLabel("Represent Group with");
 714     revealAll.setLabel("Reveal All");
 715     menu1.setLabel("Group");
 716     add(groupMenu);
 717     this.add(seqMenu);
 718     this.add(hideSeqs);
 719     this.add(revealAll);
 720     groupMenu.add(editGroupName);
 721     groupMenu.add(editMenu);
 722     groupMenu.add(outputmenu);
 723     groupMenu.add(sequenceFeature);
 724     groupMenu.add(menu1);
 725
 726     colourMenu.add(noColourmenuItem);
 727     colourMenu.add(clustalColour);
 728     colourMenu.add(BLOSUM62Colour);
 729     colourMenu.add(PIDColour);
 730     colourMenu.add(zappoColour);
 731     colourMenu.add(taylorColour);
 732     colourMenu.add(hydrophobicityColour);
 733     colourMenu.add(helixColour);
 734     colourMenu.add(strandColour);
 735     colourMenu.add(turnColour);
 736     colourMenu.add(buriedColour);
 737     colourMenu.add(nucleotideMenuItem);
 738     colourMenu.add(userDefinedColour);
 739     colourMenu.addSeparator();
 740     colourMenu.add(abovePIDColour);
 741     colourMenu.add(conservationMenuItem);
 742
 743     noColourmenuItem.setLabel("None");
 744     noColourmenuItem.addActionListener(this);
 745
 746     clustalColour.setLabel("Clustalx colours");
 747     clustalColour.addActionListener(this);
 748     zappoColour.setLabel("Zappo");
 749     zappoColour.addActionListener(this);
 750     taylorColour.setLabel("Taylor");
 751     taylorColour.addActionListener(this);
 752     hydrophobicityColour.setLabel("Hydrophobicity");
 753     hydrophobicityColour.addActionListener(this);
 754     helixColour.setLabel("Helix propensity");
 755     helixColour.addActionListener(this);
 756     strandColour.setLabel("Strand propensity");
 757     strandColour.addActionListener(this);
 758     turnColour.setLabel("Turn propensity");
 759     turnColour.addActionListener(this);
 760     buriedColour.setLabel("Buried Index");
 761     buriedColour.addActionListener(this);
 762     abovePIDColour.setLabel("Above % Identity");
 763
 764     userDefinedColour.setLabel("User Defined");
 765     userDefinedColour.addActionListener(this);
 766     PIDColour.setLabel("Percentage Identity");
 767     PIDColour.addActionListener(this);
 768     BLOSUM62Colour.setLabel("BLOSUM62");
 769     BLOSUM62Colour.addActionListener(this);
 770     conservationMenuItem.setLabel("Conservation");
 771
 772     editMenu.add(copy);
 773     copy.addActionListener(this);
 774     editMenu.add(cut);
 775     cut.addActionListener(this);
 776
 777     editMenu.add(editSequence);
 778     editSequence.addActionListener(this);
 779
 780     editMenu.add(toUpper);
 781     toUpper.addActionListener(this);
 782     editMenu.add(toLower);
 783     toLower.addActionListener(this);
 784     editMenu.add(toggleCase);
 785     seqMenu.add(sequenceName);
 786     seqMenu.add(pdb);
 787     seqMenu.add(repGroup);
 788     menu1.add(unGroupMenuItem);
 789     menu1.add(colourMenu);
 790     menu1.add(showBoxes);
 791     menu1.add(showText);
 792     menu1.add(showColourText);
 793     menu1.add(displayNonconserved);
 794     toggleCase.addActionListener(this);
 795     pdb.addActionListener(this);
 796     hideSeqs.addActionListener(this);
 797     repGroup.addActionListener(this);
 798     revealAll.addActionListener(this);
 799   }
 800
 801   void refresh()
 802   {
 803     ap.paintAlignment(true);
 804   }
 805
 806   protected void clustalColour_actionPerformed()
 807   {
 808     SequenceGroup sg = getGroup();
 809     sg.cs = new ClustalxColourScheme(sg
 810             .getSequences(ap.av.hiddenRepSequences), ap.av.alignment
 811             .getWidth());
 812     refresh();
 813   }
 814
 815   protected void zappoColour_actionPerformed()
 816   {
 817     getGroup().cs = new ZappoColourScheme();
 818     refresh();
 819   }
 820
 821   protected void taylorColour_actionPerformed()
 822   {
 823     getGroup().cs = new TaylorColourScheme();
 824     refresh();
 825   }
 826
 827   protected void hydrophobicityColour_actionPerformed()
 828   {
 829     getGroup().cs = new HydrophobicColourScheme();
 830     refresh();
 831   }
 832
 833   protected void helixColour_actionPerformed()
 834   {
 835     getGroup().cs = new HelixColourScheme();
 836     refresh();
 837   }
 838
 839   protected void strandColour_actionPerformed()
 840   {
 841     getGroup().cs = new StrandColourScheme();
 842     refresh();
 843   }
 844
 845   protected void turnColour_actionPerformed()
 846   {
 847     getGroup().cs = new TurnColourScheme();
 848     refresh();
 849   }
 850
 851   protected void buriedColour_actionPerformed()
 852   {
 853     getGroup().cs = new BuriedColourScheme();
 854     refresh();
 855   }
 856
 857   public void nucleotideMenuItem_actionPerformed()
 858   {
 859     getGroup().cs = new NucleotideColourScheme();
 860     refresh();
 861   }
 862
 863   protected void abovePIDColour_itemStateChanged()
 864   {
 865     SequenceGroup sg = getGroup();
 866     if (sg.cs == null)
 867     {
 868       return;
 869     }
 870
 871     if (abovePIDColour.getState())
 872     {
 873       sg.cs.setConsensus(AAFrequency.calculate(sg
 874               .getSequences(ap.av.hiddenRepSequences), 0, ap.av.alignment
 875               .getWidth()));
 876       int threshold = SliderPanel.setPIDSliderSource(ap, sg.cs, getGroup()
 877               .getName());
 878
 879       sg.cs.setThreshold(threshold, ap.av.getIgnoreGapsConsensus());
 880
 881       SliderPanel.showPIDSlider();
 882
 883     }
 884     else
 885     // remove PIDColouring
 886     {
 887       sg.cs.setThreshold(0, ap.av.getIgnoreGapsConsensus());
 888     }
 889
 890     refresh();
 891
 892   }
 893
 894   protected void userDefinedColour_actionPerformed()
 895   {
 896     new UserDefinedColours(ap, getGroup());
 897   }
 898
 899   protected void PIDColour_actionPerformed()
 900   {
 901     SequenceGroup sg = getGroup();
 902     sg.cs = new PIDColourScheme();
 903     sg.cs.setConsensus(AAFrequency.calculate(sg
 904             .getSequences(ap.av.hiddenRepSequences), 0, ap.av.alignment
 905             .getWidth()));
 906     refresh();
 907   }
 908
 909   protected void BLOSUM62Colour_actionPerformed()
 910   {
 911     SequenceGroup sg = getGroup();
 912
 913     sg.cs = new Blosum62ColourScheme();
 914
 915     sg.cs.setConsensus(AAFrequency.calculate(sg
 916             .getSequences(ap.av.hiddenRepSequences), 0, ap.av.alignment
 917             .getWidth()));
 918
 919     refresh();
 920   }
 921
 922   protected void noColourmenuItem_actionPerformed()
 923   {
 924     getGroup().cs = null;
 925     refresh();
 926   }
 927
 928   protected void conservationMenuItem_itemStateChanged()
 929   {
 930     SequenceGroup sg = getGroup();
 931     if (sg.cs == null)
 932     {
 933       return;
 934     }
 935
 936     if (conservationMenuItem.getState())
 937     {
 938
 939       Conservation c = new Conservation("Group",
 940               ResidueProperties.propHash, 3, sg
 941                       .getSequences(ap.av.hiddenRepSequences), 0,
 942               ap.av.alignment.getWidth());
 943
 944       c.calculate();
 945       c.verdict(false, ap.av.ConsPercGaps);
 946
 947       sg.cs.setConservation(c);
 948
 949       SliderPanel.setConservationSlider(ap, sg.cs, sg.getName());
 950       SliderPanel.showConservationSlider();
 951     }
 952     else
 953     // remove ConservationColouring
 954     {
 955       sg.cs.setConservation(null);
 956     }
 957
 958     refresh();
 959   }
 960
 961   SequenceGroup getGroup()
 962   {
 963     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
 964
 965     // this method won't add a new group if it already exists
 966     if (sg != null)
 967     {
 968       ap.av.alignment.addGroup(sg);
 969     }
 970
 971     return sg;
 972   }
 973
 974   void unGroupMenuItem_actionPerformed()
 975   {
 976     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
 977     ap.av.alignment.deleteGroup(sg);
 978     ap.av.setSelectionGroup(null);
 979     ap.paintAlignment(true);
 980   }
 981
 982   public void showColourText_itemStateChanged()
 983   {
 984     getGroup().setColourText(showColourText.getState());
 985     refresh();
 986   }
 987
 988   public void showText_itemStateChanged()
 989   {
 990     getGroup().setDisplayText(showText.getState());
 991     refresh();
 992   }
 993
 994   public void showNonconserved_itemStateChanged()
 995   {
 996     getGroup().setShowunconserved(this.displayNonconserved.getState());
 997     refresh();
 998   }
 999
1000   public void showBoxes_itemStateChanged()
1001   {
1002     getGroup().setDisplayBoxes(showBoxes.getState());
1003     refresh();
1004   }
1005
1006   void hideSequences(boolean representGroup)
1007   {
1008     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
1009     if (sg == null || sg.getSize() < 1)
1010     {
1011       ap.av.hideSequence(new SequenceI[]
1012       { seq });
1013       return;
1014     }
1015
1016     ap.av.setSelectionGroup(null);
1017
1018     if (representGroup)
1019     {
1020       ap.av.hideRepSequences(seq, sg);
1021
1022       return;
1023     }
1024
1025     int gsize = sg.getSize();
1026     SequenceI[] hseqs;
1027
1028     hseqs = new SequenceI[gsize];
1029
1030     int index = 0;
1031     for (int i = 0; i < gsize; i++)
1032     {
1033       hseqs[index++] = sg.getSequenceAt(i);
1034     }
1035
1036     ap.av.hideSequence(hseqs);
1037   }
1038
1039 }