src/jalview/appletgui/APopupMenu.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
   3  * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  10  *
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15  *
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  17  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  18  */
  19 package jalview.appletgui;
  20
  21 import java.util.*;
  22 import java.awt.*;
  23 import java.awt.event.*;
  24
  25 import jalview.analysis.*;
  26 import jalview.commands.*;
  27 import jalview.datamodel.*;
  28 import jalview.schemes.*;
  29 import jalview.util.MessageManager;
  30 import jalview.util.UrlLink;
  31 import jalview.io.AppletFormatAdapter;
  32 import jalview.io.SequenceAnnotationReport;
  33
  34 public class APopupMenu extends java.awt.PopupMenu implements
  35         ActionListener, ItemListener
  36 {
  37   Menu groupMenu = new Menu();
  38
  39   MenuItem editGroupName = new MenuItem();
  40
  41   protected MenuItem clustalColour = new MenuItem();
  42
  43   protected MenuItem zappoColour = new MenuItem();
  44
  45   protected MenuItem taylorColour = new MenuItem();
  46
  47   protected MenuItem hydrophobicityColour = new MenuItem();
  48
  49   protected MenuItem helixColour = new MenuItem();
  50
  51   protected MenuItem strandColour = new MenuItem();
  52
  53   protected MenuItem turnColour = new MenuItem();
  54
  55   protected MenuItem buriedColour = new MenuItem();
  56
  57   protected CheckboxMenuItem abovePIDColour = new CheckboxMenuItem();
  58
  59   protected MenuItem userDefinedColour = new MenuItem();
  60
  61   protected MenuItem PIDColour = new MenuItem();
  62
  63   protected MenuItem BLOSUM62Colour = new MenuItem();
  64
  65   MenuItem noColourmenuItem = new MenuItem();
  66
  67   protected CheckboxMenuItem conservationMenuItem = new CheckboxMenuItem();
  68
  69   final AlignmentPanel ap;
  70
  71   MenuItem unGroupMenuItem = new MenuItem();
  72
  73   MenuItem createGroupMenuItem = new MenuItem();
  74
  75   MenuItem nucleotideMenuItem = new MenuItem();
  76
  77   Menu colourMenu = new Menu();
  78
  79   CheckboxMenuItem showBoxes = new CheckboxMenuItem();
  80
  81   CheckboxMenuItem showText = new CheckboxMenuItem();
  82
  83   CheckboxMenuItem showColourText = new CheckboxMenuItem();
  84
  85   CheckboxMenuItem displayNonconserved = new CheckboxMenuItem();
  86
  87   Menu editMenu = new Menu(MessageManager.getString("action.edit"));
  88
  89   MenuItem copy = new MenuItem(MessageManager.getString("label.jalview_copy"));
  90
  91   MenuItem cut = new MenuItem(MessageManager.getString("label.jalview_cut"));
  92
  93   MenuItem toUpper = new MenuItem(MessageManager.getString("label.to_upper_case"));
  94
  95   MenuItem toLower = new MenuItem(MessageManager.getString("label.to_lower_case"));
  96
  97   MenuItem toggleCase = new MenuItem(MessageManager.getString("label.toggle_case"));
  98
  99   Menu outputmenu = new Menu();
 100
 101   Menu seqMenu = new Menu();
 102
 103   MenuItem pdb = new MenuItem();
 104
 105   MenuItem hideSeqs = new MenuItem();
 106
 107   MenuItem repGroup = new MenuItem();
 108
 109   MenuItem sequenceName = new MenuItem(MessageManager.getString("label.edit_name_description"));
 110
 111   MenuItem sequenceFeature = new MenuItem(MessageManager.getString("label.create_sequence_feature"));
 112
 113   MenuItem editSequence = new MenuItem(MessageManager.getString("label.edit_sequence"));
 114
 115   MenuItem sequenceDetails = new MenuItem(MessageManager.getString("label.sequence_details") + "...");
 116
 117   MenuItem selSeqDetails = new MenuItem(MessageManager.getString("label.sequence_details") + "...");
 118
 119   MenuItem makeReferenceSeq = new MenuItem();
 120
 121   Sequence seq;
 122
 123   MenuItem revealAll = new MenuItem();
 124
 125   MenuItem revealSeq = new MenuItem();
 126
 127   /**
 128    * index of sequence to be revealed
 129    */
 130   int revealSeq_index = -1;
 131
 132   Menu menu1 = new Menu();
 133
 134   public APopupMenu(AlignmentPanel apanel, final Sequence seq, Vector links)
 135   {
 136     // /////////////////////////////////////////////////////////
 137     // If this is activated from the sequence panel, the user may want to
 138     // edit or annotate a particular residue. Therefore display the residue menu
 139     //
 140     // If from the IDPanel, we must display the sequence menu
 141     // ////////////////////////////////////////////////////////
 142
 143     this.ap = apanel;
 144     this.seq = seq;
 145
 146     try
 147     {
 148       jbInit();
 149     } catch (Exception e)
 150     {
 151       e.printStackTrace();
 152     }
 153
 154     for (int i = 0; i < jalview.io.AppletFormatAdapter.WRITEABLE_FORMATS.length; i++)
 155     {
 156       MenuItem item = new MenuItem(
 157               jalview.io.AppletFormatAdapter.WRITEABLE_FORMATS[i]);
 158
 159       item.addActionListener(this);
 160       outputmenu.add(item);
 161     }
 162
 163     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
 164
 165     if (sg != null && sg.getSize() > 0)
 166     {
 167       editGroupName.setLabel(MessageManager.formatMessage("label.name_param", new String[]{sg.getName()}));
 168       showText.setState(sg.getDisplayText());
 169       showColourText.setState(sg.getColourText());
 170       showBoxes.setState(sg.getDisplayBoxes());
 171       displayNonconserved.setState(sg.getShowNonconserved());
 172       if (!ap.av.getAlignment().getGroups().contains(sg))
 173       {
 174         menu1.setLabel(MessageManager.getString("action.edit_new_group"));
 175         groupMenu.remove(unGroupMenuItem);
 176       } else {
 177         menu1.setLabel(MessageManager.getString("action.edit_group"));
 178         groupMenu.remove(createGroupMenuItem);
 179       }
 180
 181     }
 182     else
 183     {
 184       remove(hideSeqs);
 185       remove(groupMenu);
 186     }
 187
 188     if (links != null && links.size() > 0)
 189     {
 190       Menu linkMenu = new Menu(MessageManager.getString("action.link"));
 191       String link;
 192       for (int i = 0; i < links.size(); i++)
 193       {
 194         link = links.elementAt(i).toString();
 195         UrlLink urlLink = new UrlLink(link);
 196         if (!urlLink.isValid())
 197         {
 198           System.err.println(urlLink.getInvalidMessage());
 199           continue;
 200         }
 201         final String target = urlLink.getTarget(); // link.substring(0,
 202         // link.indexOf("|"));
 203         final String label = urlLink.getLabel();
 204         if (seq != null && urlLink.isDynamic())
 205         {
 206
 207           // collect matching db-refs
 208           DBRefEntry[] dbr = jalview.util.DBRefUtils.selectRefs(
 209                   seq.getDBRef(), new String[]
 210                   { target });
 211           // collect id string too
 212           String id = seq.getName();
 213           String descr = seq.getDescription();
 214           if (descr != null && descr.length() < 1)
 215           {
 216             descr = null;
 217           }
 218           if (dbr != null)
 219           {
 220             for (int r = 0; r < dbr.length; r++)
 221             {
 222               if (id != null && dbr[r].getAccessionId().equals(id))
 223               {
 224                 // suppress duplicate link creation for the bare sequence ID
 225                 // string with this link
 226                 id = null;
 227               }
 228               // create Bare ID link for this RUL
 229               String[] urls = urlLink.makeUrls(dbr[r].getAccessionId(),
 230                       true);
 231               if (urls != null)
 232               {
 233                 for (int u = 0; u < urls.length; u += 2)
 234                 {
 235                   addshowLink(linkMenu, label + "|" + urls[u], urls[u + 1]);
 236                 }
 237               }
 238             }
 239           }
 240           if (id != null)
 241           {
 242             // create Bare ID link for this RUL
 243             String[] urls = urlLink.makeUrls(id, true);
 244             if (urls != null)
 245             {
 246               for (int u = 0; u < urls.length; u += 2)
 247               {
 248                 addshowLink(linkMenu, label, urls[u + 1]);
 249               }
 250             }
 251             // addshowLink(linkMenu, target, url_pref + id + url_suff);
 252           }
 253           // Now construct URLs from description but only try to do it for regex
 254           // URL links
 255           if (descr != null && urlLink.getRegexReplace() != null)
 256           {
 257             // create link for this URL from description only if regex matches
 258             String[] urls = urlLink.makeUrls(descr, true);
 259             if (urls != null)
 260             {
 261               for (int u = 0; u < urls.length; u += 2)
 262               {
 263                 addshowLink(linkMenu, label, urls[u + 1]);
 264               }
 265             }
 266           }
 267         }
 268         else
 269         {
 270           addshowLink(linkMenu, target, urlLink.getUrl_prefix()); // link.substring(link.lastIndexOf("|")+1));
 271         }
 272         /*
 273          * final String url;
 274          *
 275          * if (link.indexOf("$SEQUENCE_ID$") > -1) { // Substitute SEQUENCE_ID
 276          * string and any matching database reference accessions String url_pref
 277          * = link.substring(link.indexOf("|") + 1,
 278          * link.indexOf("$SEQUENCE_ID$"));
 279          *
 280          * String url_suff = link.substring(link.indexOf("$SEQUENCE_ID$") + 13);
 281          * // collect matching db-refs DBRefEntry[] dbr =
 282          * jalview.util.DBRefUtils.selectRefs(seq.getDBRef(), new
 283          * String[]{target}); // collect id string too String id =
 284          * seq.getName(); if (id.indexOf("|") > -1) { id =
 285          * id.substring(id.lastIndexOf("|") + 1); } if (dbr!=null) { for (int
 286          * r=0;r<dbr.length; r++) { if (dbr[r].getAccessionId().equals(id)) { //
 287          * suppress duplicate link creation for the bare sequence ID string with
 288          * this link id = null; } addshowLink(linkMenu,
 289          * dbr[r].getSource()+"|"+dbr[r].getAccessionId(), target,
 290          * url_pref+dbr[r].getAccessionId()+url_suff); } } if (id!=null) { //
 291          * create Bare ID link for this RUL addshowLink(linkMenu, target,
 292          * url_pref + id + url_suff); } } else { addshowLink(linkMenu, target,
 293          * link.substring(link.lastIndexOf("|")+1)); }
 294          */
 295       }
 296       if (linkMenu.getItemCount() > 0)
 297       {
 298         if (seq != null)
 299         {
 300           seqMenu.add(linkMenu);
 301         }
 302         else
 303         {
 304           add(linkMenu);
 305         }
 306       }
 307     }
 308     // TODO: add group link menu entry here
 309     if (seq != null)
 310     {
 311       seqMenu.setLabel(seq.getName());
 312       if (seq == ap.av.getAlignment().getSeqrep())
 313       {
 314         makeReferenceSeq.setLabel(MessageManager.getString("action.unmark_as_reference"));// Unmark representative");
 315       } else {
 316         makeReferenceSeq.setLabel(MessageManager.getString("action.set_as_reference")); // );
 317       }
 318       repGroup.setLabel(MessageManager.formatMessage("label.represent_group_with", new String[]{seq.getName()}));
 319     }
 320     else
 321     {
 322       remove(seqMenu);
 323     }
 324
 325     if (!ap.av.hasHiddenRows())
 326     {
 327       remove(revealAll);
 328       remove(revealSeq);
 329     }
 330     else
 331     {
 332       final int index = ap.av.getAlignment().findIndex(seq);
 333
 334       if (ap.av.adjustForHiddenSeqs(index)
 335               - ap.av.adjustForHiddenSeqs(index - 1) > 1)
 336       {
 337         revealSeq_index = index;
 338       }
 339       else
 340       {
 341         remove(revealSeq);
 342       }
 343     }
 344   }
 345
 346   /**
 347    * add a show URL menu item to the given linkMenu
 348    *
 349    * @param linkMenu
 350    * @param target
 351    *          - menu label string
 352    * @param url
 353    *          - url to open
 354    */
 355   private void addshowLink(Menu linkMenu, final String target,
 356           final String url)
 357   {
 358     addshowLink(linkMenu, target, target, url);
 359   }
 360
 361   /**
 362    * add a show URL menu item to the given linkMenu
 363    *
 364    * @param linkMenu
 365    * @param target
 366    *          - URL target window
 367    * @param label
 368    *          - menu label string
 369    * @param url
 370    *          - url to open
 371    */
 372   private void addshowLink(Menu linkMenu, final String target,
 373           final String label, final String url)
 374   {
 375     MenuItem item = new MenuItem(label);
 376     item.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()
 377     {
 378       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 379       {
 380         ap.alignFrame.showURL(url, target);
 381       }
 382     });
 383     linkMenu.add(item);
 384   }
 385
 386   public void itemStateChanged(ItemEvent evt)
 387   {
 388     if (evt.getSource() == abovePIDColour)
 389     {
 390       abovePIDColour_itemStateChanged();
 391     }
 392     else if (evt.getSource() == showColourText)
 393     {
 394       showColourText_itemStateChanged();
 395     }
 396     else if (evt.getSource() == showText)
 397     {
 398       showText_itemStateChanged();
 399     }
 400     else if (evt.getSource() == showBoxes)
 401     {
 402       showBoxes_itemStateChanged();
 403     }
 404     else if (evt.getSource() == displayNonconserved)
 405     {
 406       this.showNonconserved_itemStateChanged();
 407     }
 408   }
 409
 410   public void actionPerformed(ActionEvent evt)
 411   {
 412     Object source = evt.getSource();
 413     if (source == clustalColour)
 414     {
 415       clustalColour_actionPerformed();
 416     }
 417     else if (source == zappoColour)
 418     {
 419       zappoColour_actionPerformed();
 420     }
 421     else if (source == taylorColour)
 422     {
 423       taylorColour_actionPerformed();
 424     }
 425     else if (source == hydrophobicityColour)
 426     {
 427       hydrophobicityColour_actionPerformed();
 428     }
 429     else if (source == helixColour)
 430     {
 431       helixColour_actionPerformed();
 432     }
 433     else if (source == strandColour)
 434     {
 435       strandColour_actionPerformed();
 436     }
 437     else if (source == turnColour)
 438     {
 439       turnColour_actionPerformed();
 440     }
 441     else if (source == buriedColour)
 442     {
 443       buriedColour_actionPerformed();
 444     }
 445     else if (source == nucleotideMenuItem)
 446     {
 447       nucleotideMenuItem_actionPerformed();
 448     }
 449
 450     else if (source == userDefinedColour)
 451     {
 452       userDefinedColour_actionPerformed();
 453     }
 454     else if (source == PIDColour)
 455     {
 456       PIDColour_actionPerformed();
 457     }
 458     else if (source == BLOSUM62Colour)
 459     {
 460       BLOSUM62Colour_actionPerformed();
 461     }
 462     else if (source == noColourmenuItem)
 463     {
 464       noColourmenuItem_actionPerformed();
 465     }
 466     else if (source == conservationMenuItem)
 467     {
 468       conservationMenuItem_itemStateChanged();
 469     }
 470     else if (source == unGroupMenuItem)
 471     {
 472       unGroupMenuItem_actionPerformed();
 473     }
 474
 475     else if (source == createGroupMenuItem)
 476     {
 477       createGroupMenuItem_actionPerformed();
 478     }
 479
 480     else if (source == sequenceName)
 481     {
 482       editName();
 483     }
 484     else if (source == makeReferenceSeq)
 485     {
 486       makeReferenceSeq_actionPerformed();
 487     }
 488     else if (source == sequenceDetails)
 489     {
 490       showSequenceDetails();
 491     }
 492     else if (source == selSeqDetails)
 493     {
 494       showSequenceSelectionDetails();
 495     }
 496     else if (source == pdb)
 497     {
 498       addPDB();
 499     }
 500     else if (source == hideSeqs)
 501     {
 502       hideSequences(false);
 503     }
 504     else if (source == repGroup)
 505     {
 506       hideSequences(true);
 507     }
 508     else if (source == revealSeq)
 509     {
 510       ap.av.showSequence(revealSeq_index);
 511     }
 512     else if (source == revealAll)
 513     {
 514       ap.av.showAllHiddenSeqs();
 515     }
 516
 517     else if (source == editGroupName)
 518     {
 519       EditNameDialog dialog = new EditNameDialog(getGroup().getName(),
 520               getGroup().getDescription(), "       Group Name",
 521               "Group Description", ap.alignFrame,
 522               "Edit Group Name / Description", 500, 100, true);
 523
 524       if (dialog.accept)
 525       {
 526         getGroup().setName(dialog.getName().replace(' ', '_'));
 527         getGroup().setDescription(dialog.getDescription());
 528       }
 529
 530     }
 531     else if (source == copy)
 532     {
 533       ap.alignFrame.copy_actionPerformed();
 534     }
 535     else if (source == cut)
 536     {
 537       ap.alignFrame.cut_actionPerformed();
 538     }
 539     else if (source == editSequence)
 540     {
 541       SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
 542
 543       if (sg != null)
 544       {
 545         if (seq == null)
 546           seq = (Sequence) sg.getSequenceAt(0);
 547
 548         EditNameDialog dialog = new EditNameDialog(seq.getSequenceAsString(
 549                 sg.getStartRes(), sg.getEndRes() + 1), null,
 550                 "Edit Sequence ", null,
 551
 552                 ap.alignFrame, "Edit Sequence", 500, 100, true);
 553
 554         if (dialog.accept)
 555         {
 556           EditCommand editCommand = new EditCommand("Edit Sequences",
 557                   EditCommand.REPLACE, dialog.getName().replace(' ',
 558                           ap.av.getGapCharacter()),
 559                   sg.getSequencesAsArray(ap.av.getHiddenRepSequences()),
 560                   sg.getStartRes(), sg.getEndRes() + 1,
 561                   ap.av.getAlignment());
 562
 563           ap.alignFrame.addHistoryItem(editCommand);
 564
 565           ap.av.firePropertyChange("alignment", null, ap.av.getAlignment()
 566                   .getSequences());
 567         }
 568       }
 569     }
 570     else if (source == toUpper || source == toLower || source == toggleCase)
 571     {
 572       SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
 573       Vector regions = new Vector();
 574       if (sg != null)
 575       {
 576         int[][] startEnd = ap.av.getVisibleRegionBoundaries(
 577                 sg.getStartRes(), sg.getEndRes() + 1);
 578
 579         String description;
 580         int caseChange;
 581
 582         if (source == toggleCase)
 583         {
 584           description = "Toggle Case";
 585           caseChange = ChangeCaseCommand.TOGGLE_CASE;
 586         }
 587         else if (source == toUpper)
 588         {
 589           description = "To Upper Case";
 590           caseChange = ChangeCaseCommand.TO_UPPER;
 591         }
 592         else
 593         {
 594           description = "To Lower Case";
 595           caseChange = ChangeCaseCommand.TO_LOWER;
 596         }
 597
 598         ChangeCaseCommand caseCommand = new ChangeCaseCommand(description,
 599                 sg.getSequencesAsArray(ap.av.getHiddenRepSequences()),
 600                 startEnd, caseChange);
 601
 602         ap.alignFrame.addHistoryItem(caseCommand);
 603
 604         ap.av.firePropertyChange("alignment", null, ap.av.getAlignment()
 605                 .getSequences());
 606
 607       }
 608     }
 609     else if (source == sequenceFeature)
 610     {
 611       SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
 612       if (sg == null)
 613       {
 614         return;
 615       }
 616
 617       int rsize = 0, gSize = sg.getSize();
 618       SequenceI[] rseqs, seqs = new SequenceI[gSize];
 619       SequenceFeature[] tfeatures, features = new SequenceFeature[gSize];
 620
 621       for (int i = 0; i < gSize; i++)
 622       {
 623         int start = sg.getSequenceAt(i).findPosition(sg.getStartRes());
 624         int end = sg.findEndRes(sg.getSequenceAt(i));
 625         if (start <= end)
 626         {
 627           seqs[rsize] = sg.getSequenceAt(i);
 628           features[rsize] = new SequenceFeature(null, null, null, start,
 629                   end, "Jalview");
 630           rsize++;
 631         }
 632       }
 633       rseqs = new SequenceI[rsize];
 634       tfeatures = new SequenceFeature[rsize];
 635       System.arraycopy(seqs, 0, rseqs, 0, rsize);
 636       System.arraycopy(features, 0, tfeatures, 0, rsize);
 637       features = tfeatures;
 638       seqs = rseqs;
 639
 640       if (ap.seqPanel.seqCanvas.getFeatureRenderer().amendFeatures(seqs,
 641               features, true, ap))
 642       {
 643         ap.alignFrame.sequenceFeatures.setState(true);
 644         ap.av.showSequenceFeatures(true);
 645         ap.highlightSearchResults(null);
 646       }
 647     }
 648     else
 649     {
 650       outputText(evt);
 651     }
 652
 653   }
 654
 655   void outputText(ActionEvent e)
 656   {
 657     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(true, ap.alignFrame);
 658
 659     Frame frame = new Frame();
 660     frame.add(cap);
 661     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame,
 662                 MessageManager.formatMessage("label.selection_output_command", new String[]{e.getActionCommand()}),600, 500);
 663     // JBPNote: getSelectionAsNewSequence behaviour has changed - this method
 664     // now returns a full copy of sequence data
 665     // TODO consider using getSequenceSelection instead here
 666
 667     cap.setText(new jalview.io.AppletFormatAdapter().formatSequences(
 668             e.getActionCommand(),
 669             new Alignment(ap.av.getSelectionAsNewSequence()),
 670             ap.av.showJVSuffix));
 671
 672   }
 673
 674   protected void showSequenceSelectionDetails()
 675   {
 676     createSequenceDetailsReport(ap.av.getSequenceSelection());
 677   }
 678
 679   protected void showSequenceDetails()
 680   {
 681     createSequenceDetailsReport(new SequenceI[]
 682     { seq });
 683   }
 684
 685   public void createSequenceDetailsReport(SequenceI[] sequences)
 686   {
 687
 688     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(false, ap.alignFrame);
 689
 690     StringBuffer contents = new StringBuffer();
 691     for (SequenceI seq : sequences)
 692     {
 693       contents.append(MessageManager.formatMessage("label.annotation_for_displayid",new String[]{seq.getDisplayId(true)}));
 694       new SequenceAnnotationReport(null)
 695               .createSequenceAnnotationReport(
 696                       contents,
 697                       seq,
 698                       true,
 699                       true,
 700                       false,
 701                       (ap.seqPanel.seqCanvas.fr != null) ? ap.seqPanel.seqCanvas.fr.minmax
 702                               : null);
 703       contents.append("</p>");
 704     }
 705     Frame frame = new Frame();
 706     frame.add(cap);
 707     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, "Sequence Details for "
 708             + (sequences.length == 1 ? sequences[0].getDisplayId(true)
 709                     : "Selection"), 600, 500);
 710     cap.setText(MessageManager.formatMessage("label.html_content", new String[]{contents.toString()}));
 711   }
 712
 713   void editName()
 714   {
 715     EditNameDialog dialog = new EditNameDialog(seq.getName(),
 716             seq.getDescription(), "       Sequence Name",
 717             "Sequence Description", ap.alignFrame,
 718             "Edit Sequence Name / Description", 500, 100, true);
 719
 720     if (dialog.accept)
 721     {
 722       seq.setName(dialog.getName());
 723       seq.setDescription(dialog.getDescription());
 724       ap.paintAlignment(false);
 725     }
 726   }
 727
 728   void addPDB()
 729   {
 730     if (seq.getPDBId() != null)
 731     {
 732       PDBEntry entry = (PDBEntry) seq.getPDBId().firstElement();
 733
 734       if (ap.av.applet.jmolAvailable)
 735         new jalview.appletgui.AppletJmol(entry, new Sequence[]
 736         { seq }, null, ap, AppletFormatAdapter.URL);
 737       else
 738         new MCview.AppletPDBViewer(entry, new Sequence[]
 739         { seq }, null, ap, AppletFormatAdapter.URL);
 740
 741     }
 742     else
 743     {
 744       CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(true, ap.alignFrame);
 745       cap.setText(MessageManager.getString("label.paste_pdb_file"));
 746       cap.setPDBImport(seq);
 747       Frame frame = new Frame();
 748       frame.add(cap);
 749       jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame,
 750               MessageManager.formatMessage("label.paste_pdb_file_for_sequence",  new String[]{seq.getName()}), 400, 300);
 751     }
 752   }
 753
 754   private void jbInit() throws Exception
 755   {
 756     groupMenu.setLabel(MessageManager.getString("label.selection"));
 757     sequenceFeature.addActionListener(this);
 758
 759     editGroupName.addActionListener(this);
 760     unGroupMenuItem.setLabel(MessageManager.getString("action.remove_group"));
 761     unGroupMenuItem.addActionListener(this);
 762
 763     createGroupMenuItem.setLabel(MessageManager.getString("action.create_group"));
 764     createGroupMenuItem.addActionListener(this);
 765
 766     nucleotideMenuItem.setLabel(MessageManager.getString("label.nucleotide"));
 767     nucleotideMenuItem.addActionListener(this);
 768     conservationMenuItem.addItemListener(this);
 769     abovePIDColour.addItemListener(this);
 770     colourMenu.setLabel(MessageManager.getString("label.group_colour"));
 771     showBoxes.setLabel(MessageManager.getString("label.boxes"));
 772     showBoxes.setState(true);
 773     showBoxes.addItemListener(this);
 774     sequenceName.addActionListener(this);
 775     sequenceDetails.addActionListener(this);
 776     selSeqDetails.addActionListener(this);
 777     displayNonconserved.setLabel(MessageManager.getString("label.show_non_conversed"));
 778     displayNonconserved.setState(false);
 779     displayNonconserved.addItemListener(this);
 780     showText.setLabel(MessageManager.getString("label.text"));
 781     showText.addItemListener(this);
 782     showColourText.setLabel(MessageManager.getString("label.colour_text"));
 783     showColourText.addItemListener(this);
 784     outputmenu.setLabel(MessageManager.getString("label.out_to_textbox"));
 785     seqMenu.setLabel(MessageManager.getString("label.sequence"));
 786     pdb.setLabel(MessageManager.getString("label.view_pdb_structure"));
 787     hideSeqs.setLabel(MessageManager.getString("action.hide_sequences"));
 788     repGroup.setLabel(MessageManager.formatMessage("label.represent_group_with", new String[]{""}));
 789     revealAll.setLabel(MessageManager.getString("action.reveal_all"));
 790     revealSeq.setLabel(MessageManager.getString("action.reveal_sequences"));
 791     menu1.setLabel(MessageManager.getString("label.group")+":");
 792     add(groupMenu);
 793     this.add(seqMenu);
 794     this.add(hideSeqs);
 795     this.add(revealSeq);
 796     this.add(revealAll);
 797     // groupMenu.add(selSeqDetails);
 798     groupMenu.add(editMenu);
 799     groupMenu.add(outputmenu);
 800     groupMenu.add(sequenceFeature);
 801     groupMenu.add(createGroupMenuItem);
 802     groupMenu.add(unGroupMenuItem);
 803     groupMenu.add(menu1);
 804
 805     colourMenu.add(noColourmenuItem);
 806     colourMenu.add(clustalColour);
 807     colourMenu.add(BLOSUM62Colour);
 808     colourMenu.add(PIDColour);
 809     colourMenu.add(zappoColour);
 810     colourMenu.add(taylorColour);
 811     colourMenu.add(hydrophobicityColour);
 812     colourMenu.add(helixColour);
 813     colourMenu.add(strandColour);
 814     colourMenu.add(turnColour);
 815     colourMenu.add(buriedColour);
 816     colourMenu.add(nucleotideMenuItem);
 817     colourMenu.add(userDefinedColour);
 818     colourMenu.addSeparator();
 819     colourMenu.add(abovePIDColour);
 820     colourMenu.add(conservationMenuItem);
 821
 822     noColourmenuItem.setLabel("None");
 823     noColourmenuItem.addActionListener(this);
 824
 825     clustalColour.setLabel("Clustalx colours");
 826     clustalColour.addActionListener(this);
 827     zappoColour.setLabel("Zappo");
 828     zappoColour.addActionListener(this);
 829     taylorColour.setLabel("Taylor");
 830     taylorColour.addActionListener(this);
 831     hydrophobicityColour.setLabel("Hydrophobicity");
 832     hydrophobicityColour.addActionListener(this);
 833     helixColour.setLabel("Helix propensity");
 834     helixColour.addActionListener(this);
 835     strandColour.setLabel("Strand propensity");
 836     strandColour.addActionListener(this);
 837     turnColour.setLabel("Turn propensity");
 838     turnColour.addActionListener(this);
 839     buriedColour.setLabel("Buried Index");
 840     buriedColour.addActionListener(this);
 841     abovePIDColour.setLabel("Above % Identity");
 842
 843     userDefinedColour.setLabel("User Defined");
 844     userDefinedColour.addActionListener(this);
 845     PIDColour.setLabel("Percentage Identity");
 846     PIDColour.addActionListener(this);
 847     BLOSUM62Colour.setLabel("BLOSUM62");
 848     BLOSUM62Colour.addActionListener(this);
 849     conservationMenuItem.setLabel("Conservation");
 850
 851     editMenu.add(copy);
 852     copy.addActionListener(this);
 853     editMenu.add(cut);
 854     cut.addActionListener(this);
 855
 856     editMenu.add(editSequence);
 857     editSequence.addActionListener(this);
 858
 859     editMenu.add(toUpper);
 860     toUpper.addActionListener(this);
 861     editMenu.add(toLower);
 862     toLower.addActionListener(this);
 863     editMenu.add(toggleCase);
 864     seqMenu.add(sequenceName);
 865     seqMenu.add(makeReferenceSeq);
 866     // seqMenu.add(sequenceDetails);
 867
 868     if (!ap.av.applet.useXtrnalSviewer)
 869     {
 870       seqMenu.add(pdb);
 871     }
 872     seqMenu.add(repGroup);
 873     menu1.add(editGroupName);
 874     menu1.add(colourMenu);
 875     menu1.add(showBoxes);
 876     menu1.add(showText);
 877     menu1.add(showColourText);
 878     menu1.add(displayNonconserved);
 879     toggleCase.addActionListener(this);
 880     pdb.addActionListener(this);
 881     hideSeqs.addActionListener(this);
 882     repGroup.addActionListener(this);
 883     revealAll.addActionListener(this);
 884     revealSeq.addActionListener(this);
 885     makeReferenceSeq.addActionListener(this);
 886   }
 887
 888   void refresh()
 889   {
 890     ap.paintAlignment(true);
 891   }
 892
 893   protected void clustalColour_actionPerformed()
 894   {
 895     SequenceGroup sg = getGroup();
 896     sg.cs = new ClustalxColourScheme(sg, ap.av.getHiddenRepSequences());
 897     refresh();
 898   }
 899
 900   protected void zappoColour_actionPerformed()
 901   {
 902     getGroup().cs = new ZappoColourScheme();
 903     refresh();
 904   }
 905
 906   protected void taylorColour_actionPerformed()
 907   {
 908     getGroup().cs = new TaylorColourScheme();
 909     refresh();
 910   }
 911
 912   protected void hydrophobicityColour_actionPerformed()
 913   {
 914     getGroup().cs = new HydrophobicColourScheme();
 915     refresh();
 916   }
 917
 918   protected void helixColour_actionPerformed()
 919   {
 920     getGroup().cs = new HelixColourScheme();
 921     refresh();
 922   }
 923
 924   protected void strandColour_actionPerformed()
 925   {
 926     getGroup().cs = new StrandColourScheme();
 927     refresh();
 928   }
 929
 930   protected void turnColour_actionPerformed()
 931   {
 932     getGroup().cs = new TurnColourScheme();
 933     refresh();
 934   }
 935
 936   protected void buriedColour_actionPerformed()
 937   {
 938     getGroup().cs = new BuriedColourScheme();
 939     refresh();
 940   }
 941
 942   public void nucleotideMenuItem_actionPerformed()
 943   {
 944     getGroup().cs = new NucleotideColourScheme();
 945     refresh();
 946   }
 947
 948   protected void abovePIDColour_itemStateChanged()
 949   {
 950     SequenceGroup sg = getGroup();
 951     if (sg.cs == null)
 952     {
 953       return;
 954     }
 955
 956     if (abovePIDColour.getState())
 957     {
 958       sg.cs.setConsensus(AAFrequency.calculate(sg.getSequences(ap.av
 959               .getHiddenRepSequences()), 0, ap.av.getAlignment().getWidth()));
 960       int threshold = SliderPanel.setPIDSliderSource(ap, sg.cs, getGroup()
 961               .getName());
 962
 963       sg.cs.setThreshold(threshold, ap.av.getIgnoreGapsConsensus());
 964
 965       SliderPanel.showPIDSlider();
 966
 967     }
 968     else
 969     // remove PIDColouring
 970     {
 971       sg.cs.setThreshold(0, ap.av.getIgnoreGapsConsensus());
 972     }
 973
 974     refresh();
 975
 976   }
 977
 978   protected void userDefinedColour_actionPerformed()
 979   {
 980     new UserDefinedColours(ap, getGroup());
 981   }
 982
 983   protected void PIDColour_actionPerformed()
 984   {
 985     SequenceGroup sg = getGroup();
 986     sg.cs = new PIDColourScheme();
 987     sg.cs.setConsensus(AAFrequency.calculate(sg.getSequences(ap.av
 988             .getHiddenRepSequences()), 0, ap.av.getAlignment().getWidth()));
 989     refresh();
 990   }
 991
 992   protected void BLOSUM62Colour_actionPerformed()
 993   {
 994     SequenceGroup sg = getGroup();
 995
 996     sg.cs = new Blosum62ColourScheme();
 997
 998     sg.cs.setConsensus(AAFrequency.calculate(sg.getSequences(ap.av
 999             .getHiddenRepSequences()), 0, ap.av.getAlignment().getWidth()));
1000
1001     refresh();
1002   }
1003
1004   protected void noColourmenuItem_actionPerformed()
1005   {
1006     getGroup().cs = null;
1007     refresh();
1008   }
1009
1010   protected void conservationMenuItem_itemStateChanged()
1011   {
1012     SequenceGroup sg = getGroup();
1013     if (sg.cs == null)
1014     {
1015       return;
1016     }
1017
1018     if (conservationMenuItem.getState())
1019     {
1020
1021       sg.cs.setConservation(Conservation.calculateConservation("Group",
1022               ResidueProperties.propHash, 3, sg.getSequences(ap.av
1023                       .getHiddenRepSequences()), 0, ap.av.getAlignment()
1024                       .getWidth(), false, ap.av.getConsPercGaps(), false));
1025       SliderPanel.setConservationSlider(ap, sg.cs, sg.getName());
1026       SliderPanel.showConservationSlider();
1027     }
1028     else
1029     // remove ConservationColouring
1030     {
1031       sg.cs.setConservation(null);
1032     }
1033
1034     refresh();
1035   }
1036
1037   SequenceGroup getGroup()
1038   {
1039     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
1040
1041     // this method won't add a new group if it already exists
1042     if (sg != null)
1043     {
1044       ap.av.getAlignment().addGroup(sg);
1045     }
1046
1047     return sg;
1048   }
1049
1050   void unGroupMenuItem_actionPerformed()
1051   {
1052     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
1053     ap.av.getAlignment().deleteGroup(sg);
1054     ap.av.setSelectionGroup(null);
1055     ap.paintAlignment(true);
1056   }
1057
1058   void createGroupMenuItem_actionPerformed()
1059   {
1060     getGroup(); // implicitly create group
1061     refresh();
1062   }
1063
1064   public void showColourText_itemStateChanged()
1065   {
1066     getGroup().setColourText(showColourText.getState());
1067     refresh();
1068   }
1069
1070   public void showText_itemStateChanged()
1071   {
1072     getGroup().setDisplayText(showText.getState());
1073     refresh();
1074   }
1075   public void makeReferenceSeq_actionPerformed()
1076   {
1077     if (!ap.av.getAlignment().hasSeqrep())
1078     {
1079       // initialise the display flags so the user sees something happen
1080       ap.av.setDisplayReferenceSeq(true);
1081       ap.av.setColourByReferenceSeq(true);
1082       ap.av.getAlignment().setSeqrep(seq);
1083     }
1084     else
1085     {
1086       if (ap.av.getAlignment().getSeqrep() == seq)
1087       {
1088         ap.av.getAlignment().setSeqrep(null);
1089       }
1090       else
1091       {
1092         ap.av.getAlignment().setSeqrep(seq);
1093       }
1094     }
1095     refresh();
1096   }
1097
1098   public void showNonconserved_itemStateChanged()
1099   {
1100     getGroup().setShowNonconserved(this.displayNonconserved.getState());
1101     refresh();
1102   }
1103
1104   public void showBoxes_itemStateChanged()
1105   {
1106     getGroup().setDisplayBoxes(showBoxes.getState());
1107     refresh();
1108   }
1109
1110   void hideSequences(boolean representGroup)
1111   {
1112     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
1113     if (sg == null || sg.getSize() < 1)
1114     {
1115       ap.av.hideSequence(new SequenceI[]
1116       { seq });
1117       return;
1118     }
1119
1120     ap.av.setSelectionGroup(null);
1121
1122     if (representGroup)
1123     {
1124       ap.av.hideRepSequences(seq, sg);
1125
1126       return;
1127     }
1128
1129     int gsize = sg.getSize();
1130     SequenceI[] hseqs;
1131
1132     hseqs = new SequenceI[gsize];
1133
1134     int index = 0;
1135     for (int i = 0; i < gsize; i++)
1136     {
1137       hseqs[index++] = sg.getSequenceAt(i);
1138     }
1139
1140     ap.av.hideSequence(hseqs);
1141     ap.av.sendSelection();
1142   }
1143
1144 }