src/jalview/appletgui/APopupMenu.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer
   3  * Copyright (C) 2007 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8  * of the License, or (at your option) any later version.
   9  *
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13  * GNU General Public License for more details.
  14  *
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA
  18  */
  19
  20 package jalview.appletgui;
  21
  22 import java.util.*;
  23
  24 import java.awt.*;
  25 import java.awt.event.*;
  26
  27 import jalview.analysis.*;
  28 import jalview.commands.*;
  29 import jalview.datamodel.*;
  30 import jalview.schemes.*;
  31 import jalview.util.UrlLink;
  32 import jalview.io.AppletFormatAdapter;
  33
  34 public class APopupMenu
  35     extends java.awt.PopupMenu implements ActionListener, ItemListener
  36 {
  37   Menu groupMenu = new Menu();
  38   MenuItem editGroupName = new MenuItem();
  39   protected MenuItem clustalColour = new MenuItem();
  40   protected MenuItem zappoColour = new MenuItem();
  41   protected MenuItem taylorColour = new MenuItem();
  42   protected MenuItem hydrophobicityColour = new MenuItem();
  43   protected MenuItem helixColour = new MenuItem();
  44   protected MenuItem strandColour = new MenuItem();
  45   protected MenuItem turnColour = new MenuItem();
  46   protected MenuItem buriedColour = new MenuItem();
  47   protected CheckboxMenuItem abovePIDColour = new CheckboxMenuItem();
  48   protected MenuItem userDefinedColour = new MenuItem();
  49   protected MenuItem PIDColour = new MenuItem();
  50   protected MenuItem BLOSUM62Colour = new MenuItem();
  51   MenuItem noColourmenuItem = new MenuItem();
  52   protected CheckboxMenuItem conservationMenuItem = new CheckboxMenuItem();
  53
  54   final AlignmentPanel ap;
  55   MenuItem unGroupMenuItem = new MenuItem();
  56   MenuItem nucleotideMenuItem = new MenuItem();
  57   Menu colourMenu = new Menu();
  58   CheckboxMenuItem showBoxes = new CheckboxMenuItem();
  59   CheckboxMenuItem showText = new CheckboxMenuItem();
  60   CheckboxMenuItem showColourText = new CheckboxMenuItem();
  61   Menu editMenu = new Menu("Edit");
  62   MenuItem copy = new MenuItem("Copy (Jalview Only)");
  63   MenuItem cut = new MenuItem("Cut (Jalview Only)");
  64   MenuItem toUpper = new MenuItem("To Upper Case");
  65   MenuItem toLower = new MenuItem("To Lower Case");
  66   MenuItem toggleCase = new MenuItem("Toggle Case");
  67   Menu outputmenu = new Menu();
  68   Menu seqMenu = new Menu();
  69   MenuItem pdb = new MenuItem();
  70   MenuItem hideSeqs = new MenuItem();
  71   MenuItem repGroup = new MenuItem();
  72   MenuItem sequenceName = new MenuItem("Edit Name/Description");
  73   MenuItem sequenceFeature = new MenuItem("Create Sequence Feature");
  74   MenuItem editSequence = new MenuItem("Edit Sequence");
  75
  76   Sequence seq;
  77   MenuItem revealAll = new MenuItem();
  78   Menu menu1 = new Menu();
  79
  80   public APopupMenu(AlignmentPanel apanel, final Sequence seq, Vector links)
  81   {
  82     ///////////////////////////////////////////////////////////
  83     // If this is activated from the sequence panel, the user may want to
  84     // edit or annotate a particular residue. Therefore display the residue menu
  85     //
  86     // If from the IDPanel, we must display the sequence menu
  87     //////////////////////////////////////////////////////////
  88
  89     this.ap = apanel;
  90     this.seq = seq;
  91
  92     try
  93     {
  94       jbInit();
  95     }
  96     catch (Exception e)
  97     {
  98       e.printStackTrace();
  99     }
 100
 101     for (int i = 0; i < jalview.io.AppletFormatAdapter.WRITEABLE_FORMATS.length;
 102          i++)
 103     {
 104       MenuItem item = new MenuItem(jalview.io.AppletFormatAdapter.
 105                                    WRITEABLE_FORMATS[i]);
 106
 107       item.addActionListener(this);
 108       outputmenu.add(item);
 109     }
 110
 111     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
 112
 113     if (sg != null && sg.getSize() > 0)
 114     {
 115       editGroupName.setLabel(sg.getName());
 116       showText.setState(sg.getDisplayText());
 117       showColourText.setState(sg.getColourText());
 118       showBoxes.setState(sg.getDisplayBoxes());
 119       if (!ap.av.alignment.getGroups().contains(sg))
 120       {
 121         groupMenu.remove(unGroupMenuItem);
 122       }
 123
 124     }
 125     else
 126     {
 127       remove(hideSeqs);
 128       remove(groupMenu);
 129     }
 130
 131     if (links != null && links.size()>0)
 132     {
 133       Menu linkMenu = new Menu("Link");
 134       String link;
 135       for (int i = 0; i < links.size(); i++)
 136       {
 137         link = links.elementAt(i).toString();
 138         UrlLink urlLink = new UrlLink(link);
 139         if (!urlLink.isValid())
 140         {
 141           System.err.println(urlLink.getInvalidMessage());
 142           continue;
 143         }
 144         final String target = urlLink.getTarget(); // link.substring(0, link.indexOf("|"));
 145         final String label = urlLink.getLabel();
 146         if (urlLink.isDynamic())
 147         {
 148
 149           // collect matching db-refs
 150           DBRefEntry[] dbr = jalview.util.DBRefUtils.selectRefs(seq.getDBRef(), new String[]{target});
 151           // collect id string too
 152           String id = seq.getName();
 153           if (dbr!=null)
 154           {
 155             for (int r=0;r<dbr.length; r++)
 156             {
 157               if (id!=null && dbr[r].getAccessionId().equals(id))
 158               {
 159                 // suppress duplicate link creation for the bare sequence ID string with this link
 160                 id = null;
 161               }
 162               // create Bare ID link for this RUL
 163               String[] urls = urlLink.makeUrls(dbr[r].getAccessionId(), true);
 164               if (urls!=null)
 165               {
 166                 for (int u=0; u<urls.length; u+=2)
 167                 {
 168                   addshowLink(linkMenu, label+"|"+urls[u],urls[u+1]);
 169                 }
 170               }
 171             }
 172           }
 173           if (id!=null)
 174           {
 175             // create Bare ID link for this RUL
 176             String[] urls = urlLink.makeUrls(id, true);
 177             if (urls!=null)
 178             {
 179               for (int u=0; u<urls.length; u+=2)
 180               {
 181                 addshowLink(linkMenu, label,urls[u+1]);
 182               }
 183             }
 184             // addshowLink(linkMenu, target,  url_pref + id + url_suff);
 185           }
 186         } else {
 187           addshowLink(linkMenu, target, urlLink.getUrl_prefix()); // link.substring(link.lastIndexOf("|")+1));
 188         }
 189         /*final String url;
 190
 191         if (link.indexOf("$SEQUENCE_ID$") > -1)
 192         {
 193           // Substitute SEQUENCE_ID string and any matching database reference accessions
 194           String url_pref = link.substring(link.indexOf("|") + 1,
 195                   link.indexOf("$SEQUENCE_ID$"));
 196
 197           String url_suff = link.substring(link.indexOf("$SEQUENCE_ID$") + 13);
 198
 199           // collect matching db-refs
 200           DBRefEntry[] dbr = jalview.util.DBRefUtils.selectRefs(seq.getDBRef(), new String[]{target});
 201           // collect id string too
 202           String id = seq.getName();
 203           if (id.indexOf("|") > -1)
 204           {
 205             id = id.substring(id.lastIndexOf("|") + 1);
 206           }
 207           if (dbr!=null)
 208           {
 209             for (int r=0;r<dbr.length; r++)
 210             {
 211               if (dbr[r].getAccessionId().equals(id))
 212               {
 213                 // suppress duplicate link creation for the bare sequence ID string with this link
 214                 id = null;
 215               }
 216               addshowLink(linkMenu, dbr[r].getSource()+"|"+dbr[r].getAccessionId(), target,
 217                       url_pref+dbr[r].getAccessionId()+url_suff);
 218             }
 219           }
 220           if (id!=null)
 221           {
 222             // create Bare ID link for this RUL
 223             addshowLink(linkMenu, target,  url_pref + id + url_suff);
 224           }
 225         } else {
 226           addshowLink(linkMenu, target, link.substring(link.lastIndexOf("|")+1));
 227         } */
 228       }
 229
 230       if (seq != null)
 231       {
 232         seqMenu.add(linkMenu);
 233       }
 234       else
 235       {
 236         add(linkMenu);
 237       }
 238     }
 239     if (seq != null)
 240     {
 241       seqMenu.setLabel(seq.getName());
 242       repGroup.setLabel("Represent Group with " + seq.getName());
 243     }
 244     else
 245     {
 246       remove(seqMenu);
 247     }
 248
 249     if (!ap.av.hasHiddenRows)
 250     {
 251       remove(revealAll);
 252     }
 253   }
 254   /**
 255    * add a show URL menu item to the given linkMenu
 256    * @param linkMenu
 257    * @param target - menu label string
 258    * @param url - url to open
 259    */
 260   private void addshowLink(Menu linkMenu, final String target, final String url)
 261   {
 262     addshowLink(linkMenu, target, target, url);
 263   }
 264   /**
 265    * add a show URL menu item to the given linkMenu
 266    * @param linkMenu
 267    * @param target - URL target window
 268    * @param label - menu label string
 269    * @param url - url to open
 270    */
 271   private void addshowLink(Menu linkMenu, final String target, final String label, final String url)
 272   {
 273     MenuItem item = new MenuItem(label);
 274     item.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()
 275     {
 276       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 277       {
 278         ap.alignFrame.showURL(url, target);
 279       }
 280     });
 281     linkMenu.add(item);
 282   }
 283
 284
 285   public void itemStateChanged(ItemEvent evt)
 286   {
 287     if (evt.getSource() == abovePIDColour)
 288     {
 289       abovePIDColour_itemStateChanged();
 290     }
 291     else if (evt.getSource() == showColourText)
 292     {
 293       showColourText_itemStateChanged();
 294     }
 295     else if (evt.getSource() == showText)
 296     {
 297       showText_itemStateChanged();
 298     }
 299     else if (evt.getSource() == showBoxes)
 300     {
 301       showBoxes_itemStateChanged();
 302     }
 303   }
 304
 305   public void actionPerformed(ActionEvent evt)
 306   {
 307     Object source = evt.getSource();
 308     if (source == clustalColour)
 309     {
 310       clustalColour_actionPerformed();
 311     }
 312     else if (source == zappoColour)
 313     {
 314       zappoColour_actionPerformed();
 315     }
 316     else if (source == taylorColour)
 317     {
 318       taylorColour_actionPerformed();
 319     }
 320     else if (source == hydrophobicityColour)
 321     {
 322       hydrophobicityColour_actionPerformed();
 323     }
 324     else if (source == helixColour)
 325     {
 326       helixColour_actionPerformed();
 327     }
 328     else if (source == strandColour)
 329     {
 330       strandColour_actionPerformed();
 331     }
 332     else if (source == turnColour)
 333     {
 334       turnColour_actionPerformed();
 335     }
 336     else if (source == buriedColour)
 337     {
 338       buriedColour_actionPerformed();
 339     }
 340     else if (source == nucleotideMenuItem)
 341     {
 342       nucleotideMenuItem_actionPerformed();
 343     }
 344
 345     else if (source == userDefinedColour)
 346     {
 347       userDefinedColour_actionPerformed();
 348     }
 349     else if (source == PIDColour)
 350     {
 351       PIDColour_actionPerformed();
 352     }
 353     else if (source == BLOSUM62Colour)
 354     {
 355       BLOSUM62Colour_actionPerformed();
 356     }
 357     else if (source == noColourmenuItem)
 358     {
 359       noColourmenuItem_actionPerformed();
 360     }
 361     else if (source == conservationMenuItem)
 362     {
 363       conservationMenuItem_itemStateChanged();
 364     }
 365     else if (source == unGroupMenuItem)
 366     {
 367       unGroupMenuItem_actionPerformed();
 368     }
 369
 370     else if (source == sequenceName)
 371     {
 372       editName();
 373     }
 374     else if (source == pdb)
 375     {
 376       addPDB();
 377     }
 378     else if (source == hideSeqs)
 379     {
 380       hideSequences(false);
 381     }
 382     else if (source == repGroup)
 383     {
 384       hideSequences(true);
 385     }
 386     else if (source == revealAll)
 387     {
 388       ap.av.showAllHiddenSeqs();
 389     }
 390
 391     else if (source == editGroupName)
 392     {
 393       EditNameDialog dialog = new EditNameDialog(
 394           getGroup().getName(),
 395           getGroup().getDescription(),
 396           "       Group Name",
 397           "Group Description",
 398           ap.alignFrame,
 399           "Edit Group Name / Description",
 400           500,100, true);
 401
 402       if (dialog.accept)
 403       {
 404         getGroup().setName(dialog.getName().replace(' ', '_'));
 405         getGroup().setDescription(dialog.getDescription());
 406       }
 407
 408     }
 409     else if (source == copy)
 410     {
 411       ap.alignFrame.copy_actionPerformed();
 412     }
 413     else if (source == cut)
 414     {
 415       ap.alignFrame.cut_actionPerformed();
 416     }
 417     else if(source == editSequence)
 418     {
 419       SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
 420
 421       if(sg!=null)
 422       {
 423         if (seq == null)
 424           seq = (Sequence) sg.getSequenceAt(0);
 425
 426         EditNameDialog dialog = new EditNameDialog(seq.getSequenceAsString(
 427             sg.getStartRes(),
 428             sg.getEndRes() + 1),
 429                                                    null,
 430                                                    "Edit Sequence ",
 431                                                    null,
 432
 433                                                    ap.alignFrame,
 434                                                    "Edit Sequence",
 435                                                    500, 100, true);
 436
 437         if (dialog.accept)
 438         {
 439           EditCommand editCommand = new EditCommand(
 440               "Edit Sequences", EditCommand.REPLACE,
 441               dialog.getName().replace(' ', ap.av.getGapCharacter()),
 442               sg.getSequencesAsArray(ap.av.hiddenRepSequences),
 443               sg.getStartRes(), sg.getEndRes()+1, ap.av.alignment
 444               );
 445
 446           ap.alignFrame.addHistoryItem(editCommand);
 447
 448           ap.av.firePropertyChange("alignment", null,
 449                                  ap.av.getAlignment().getSequences());
 450         }
 451       }
 452     }
 453     else if (source == toUpper || source == toLower || source == toggleCase)
 454     {
 455       SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
 456       Vector regions = new Vector();
 457       if (sg != null)
 458       {
 459         int start = sg.getStartRes();
 460         int end = sg.getEndRes() + 1;
 461
 462         do
 463         {
 464           if (ap.av.hasHiddenColumns)
 465           {
 466             if (start == 0)
 467             {
 468               start = ap.av.colSel.adjustForHiddenColumns(start);
 469             }
 470
 471             end = ap.av.colSel.getHiddenBoundaryRight(start);
 472             if (start == end)
 473             {
 474               end = sg.getEndRes() + 1;
 475             }
 476             if (end > sg.getEndRes())
 477             {
 478               end = sg.getEndRes() + 1;
 479             }
 480           }
 481
 482           regions.addElement(new int[]
 483                              {start, end});
 484
 485           if (ap.av.hasHiddenColumns)
 486           {
 487             start = ap.av.colSel.adjustForHiddenColumns(end);
 488             start = ap.av.colSel.getHiddenBoundaryLeft(start) + 1;
 489           }
 490         }
 491         while (end < sg.getEndRes());
 492
 493         int[][] startEnd = new int[regions.size()][2];
 494         for (int i = 0; i < regions.size(); i++)
 495         {
 496           startEnd[i] = (int[]) regions.elementAt(i);
 497         }
 498
 499         String description;
 500         int caseChange;
 501
 502         if (source == toggleCase)
 503         {
 504           description = "Toggle Case";
 505           caseChange = ChangeCaseCommand.TOGGLE_CASE;
 506         }
 507         else if (source == toUpper)
 508         {
 509           description = "To Upper Case";
 510           caseChange = ChangeCaseCommand.TO_UPPER;
 511         }
 512         else
 513         {
 514           description = "To Lower Case";
 515           caseChange = ChangeCaseCommand.TO_LOWER;
 516         }
 517
 518         ChangeCaseCommand caseCommand = new ChangeCaseCommand(
 519             description, sg.getSequencesAsArray(ap.av.hiddenRepSequences),
 520             startEnd, caseChange
 521             );
 522
 523         ap.alignFrame.addHistoryItem(caseCommand);
 524
 525         ap.av.firePropertyChange("alignment", null,
 526                                  ap.av.getAlignment().getSequences());
 527
 528       }
 529     }
 530     else if(source == sequenceFeature)
 531     {
 532       SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
 533       if (sg == null)
 534       {
 535         return;
 536       }
 537
 538       int gSize = sg.getSize();
 539       SequenceI[] seqs = new SequenceI[gSize];
 540       SequenceFeature[] features = new SequenceFeature[gSize];
 541
 542       for (int i = 0; i < gSize; i++)
 543       {
 544         seqs[i] = sg.getSequenceAt(i);
 545         int start = sg.getSequenceAt(i).findPosition(sg.getStartRes());
 546         int end = sg.findEndRes(sg.getSequenceAt(i));
 547         features[i] = new SequenceFeature(null, null, null, start, end,
 548                                           "Jalview");
 549       }
 550
 551       if (ap.seqPanel.seqCanvas.getFeatureRenderer()
 552           .amendFeatures(seqs, features, true, ap))
 553       {
 554         ap.alignFrame.sequenceFeatures.setState(true);
 555         ap.av.showSequenceFeatures(true);
 556         ap.highlightSearchResults(null);
 557       }
 558     }
 559     else
 560     {
 561       outputText(evt);
 562     }
 563
 564   }
 565
 566   void outputText(ActionEvent e)
 567   {
 568     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(true, ap.alignFrame);
 569
 570     Frame frame = new Frame();
 571     frame.add(cap);
 572     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame,
 573                                      "Selection output - " + e.getActionCommand(),
 574                                      600, 500);
 575
 576     cap.setText(new jalview.io.AppletFormatAdapter().formatSequences(
 577         e.getActionCommand(),
 578         new Alignment(ap.av.getSelectionAsNewSequence()),
 579         ap.av.showJVSuffix));
 580
 581   }
 582
 583   void editName()
 584   {
 585     EditNameDialog dialog = new EditNameDialog(
 586         seq.getName(),
 587         seq.getDescription(),
 588         "       Sequence Name",
 589         "Sequence Description",
 590         ap.alignFrame,
 591         "Edit Sequence Name / Description",
 592         500,100, true);
 593
 594     if (dialog.accept)
 595     {
 596       seq.setName(dialog.getName());
 597       seq.setDescription(dialog.getDescription());
 598       ap.paintAlignment(false);
 599     }
 600   }
 601
 602   void addPDB()
 603   {
 604     if(seq.getPDBId()!=null)
 605     {
 606       PDBEntry entry = (PDBEntry)seq.getPDBId().firstElement();
 607
 608       if ( ap.av.applet.jmolAvailable )
 609        new jalview.appletgui.AppletJmol(entry,
 610                                         new Sequence[]{seq},
 611                                         null,
 612                                         ap,
 613                                         AppletFormatAdapter.URL);
 614      else
 615        new MCview.AppletPDBViewer(entry,
 616                                   new Sequence[]{seq},
 617                                   null,
 618                                   ap,
 619                                   AppletFormatAdapter.URL);
 620
 621     }
 622     else
 623     {
 624       CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(true, ap.alignFrame);
 625       cap.setText("Paste your PDB file here.");
 626       cap.setPDBImport(seq);
 627       Frame frame = new Frame();
 628       frame.add(cap);
 629       jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, "Paste PDB file ", 400, 300);
 630     }
 631   }
 632
 633   private void jbInit()
 634       throws Exception
 635   {
 636     groupMenu.setLabel("Group");
 637     groupMenu.setLabel("Selection");
 638     sequenceFeature.addActionListener(this);
 639
 640     editGroupName.addActionListener(this);
 641     unGroupMenuItem.setLabel("Remove Group");
 642     unGroupMenuItem.addActionListener(this);
 643
 644     nucleotideMenuItem.setLabel("Nucleotide");
 645     nucleotideMenuItem.addActionListener(this);
 646     conservationMenuItem.addItemListener(this);
 647     abovePIDColour.addItemListener(this);
 648     colourMenu.setLabel("Group Colour");
 649     showBoxes.setLabel("Boxes");
 650     showBoxes.setState(true);
 651     showBoxes.addItemListener(this);
 652     sequenceName.addActionListener(this);
 653
 654     showText.setLabel("Text");
 655     showText.addItemListener(this);
 656     showColourText.setLabel("Colour Text");
 657     showColourText.addItemListener(this);
 658     outputmenu.setLabel("Output to Textbox...");
 659     seqMenu.setLabel("Sequence");
 660     pdb.setLabel("View PDB Structure");
 661     hideSeqs.setLabel("Hide Sequences");
 662     repGroup.setLabel("Represent Group with");
 663     revealAll.setLabel("Reveal All");
 664     menu1.setLabel("Group");
 665     add(groupMenu);
 666     this.add(seqMenu);
 667     this.add(hideSeqs);
 668     this.add(revealAll);
 669     groupMenu.add(editGroupName);
 670     groupMenu.add(editMenu);
 671     groupMenu.add(outputmenu);
 672     groupMenu.add(sequenceFeature);
 673     groupMenu.add(menu1);
 674
 675     colourMenu.add(noColourmenuItem);
 676     colourMenu.add(clustalColour);
 677     colourMenu.add(BLOSUM62Colour);
 678     colourMenu.add(PIDColour);
 679     colourMenu.add(zappoColour);
 680     colourMenu.add(taylorColour);
 681     colourMenu.add(hydrophobicityColour);
 682     colourMenu.add(helixColour);
 683     colourMenu.add(strandColour);
 684     colourMenu.add(turnColour);
 685     colourMenu.add(buriedColour);
 686     colourMenu.add(nucleotideMenuItem);
 687     colourMenu.add(userDefinedColour);
 688     colourMenu.addSeparator();
 689     colourMenu.add(abovePIDColour);
 690     colourMenu.add(conservationMenuItem);
 691
 692     noColourmenuItem.setLabel("None");
 693     noColourmenuItem.addActionListener(this);
 694
 695     clustalColour.setLabel("Clustalx colours");
 696     clustalColour.addActionListener(this);
 697     zappoColour.setLabel("Zappo");
 698     zappoColour.addActionListener(this);
 699     taylorColour.setLabel("Taylor");
 700     taylorColour.addActionListener(this);
 701     hydrophobicityColour.setLabel("Hydrophobicity");
 702     hydrophobicityColour.addActionListener(this);
 703     helixColour.setLabel("Helix propensity");
 704     helixColour.addActionListener(this);
 705     strandColour.setLabel("Strand propensity");
 706     strandColour.addActionListener(this);
 707     turnColour.setLabel("Turn propensity");
 708     turnColour.addActionListener(this);
 709     buriedColour.setLabel("Buried Index");
 710     buriedColour.addActionListener(this);
 711     abovePIDColour.setLabel("Above % Identity");
 712
 713     userDefinedColour.setLabel("User Defined");
 714     userDefinedColour.addActionListener(this);
 715     PIDColour.setLabel("Percentage Identity");
 716     PIDColour.addActionListener(this);
 717     BLOSUM62Colour.setLabel("BLOSUM62");
 718     BLOSUM62Colour.addActionListener(this);
 719     conservationMenuItem.setLabel("Conservation");
 720
 721     editMenu.add(copy);
 722     copy.addActionListener(this);
 723     editMenu.add(cut);
 724     cut.addActionListener(this);
 725
 726     editMenu.add(editSequence);
 727     editSequence.addActionListener(this);
 728
 729     editMenu.add(toUpper);
 730     toUpper.addActionListener(this);
 731     editMenu.add(toLower);
 732     toLower.addActionListener(this);
 733     editMenu.add(toggleCase);
 734     seqMenu.add(sequenceName);
 735     seqMenu.add(pdb);
 736     seqMenu.add(repGroup);
 737     menu1.add(unGroupMenuItem);
 738     menu1.add(colourMenu);
 739     menu1.add(showBoxes);
 740     menu1.add(showText);
 741     menu1.add(showColourText);
 742     toggleCase.addActionListener(this);
 743     pdb.addActionListener(this);
 744     hideSeqs.addActionListener(this);
 745     repGroup.addActionListener(this);
 746     revealAll.addActionListener(this);
 747   }
 748
 749   void refresh()
 750   {
 751     ap.paintAlignment(true);
 752   }
 753
 754   protected void clustalColour_actionPerformed()
 755   {
 756     SequenceGroup sg = getGroup();
 757     sg.cs = new ClustalxColourScheme(sg.getSequences(ap.av.hiddenRepSequences),
 758                                      ap.av.alignment.getWidth());
 759     refresh();
 760   }
 761
 762   protected void zappoColour_actionPerformed()
 763   {
 764     getGroup().cs = new ZappoColourScheme();
 765     refresh();
 766   }
 767
 768   protected void taylorColour_actionPerformed()
 769   {
 770     getGroup().cs = new TaylorColourScheme();
 771     refresh();
 772   }
 773
 774   protected void hydrophobicityColour_actionPerformed()
 775   {
 776     getGroup().cs = new HydrophobicColourScheme();
 777     refresh();
 778   }
 779
 780   protected void helixColour_actionPerformed()
 781   {
 782     getGroup().cs = new HelixColourScheme();
 783     refresh();
 784   }
 785
 786   protected void strandColour_actionPerformed()
 787   {
 788     getGroup().cs = new StrandColourScheme();
 789     refresh();
 790   }
 791
 792   protected void turnColour_actionPerformed()
 793   {
 794     getGroup().cs = new TurnColourScheme();
 795     refresh();
 796   }
 797
 798   protected void buriedColour_actionPerformed()
 799   {
 800     getGroup().cs = new BuriedColourScheme();
 801     refresh();
 802   }
 803
 804   public void nucleotideMenuItem_actionPerformed()
 805   {
 806     getGroup().cs = new NucleotideColourScheme();
 807     refresh();
 808   }
 809
 810   protected void abovePIDColour_itemStateChanged()
 811   {
 812     SequenceGroup sg = getGroup();
 813     if (sg.cs == null)
 814     {
 815       return;
 816     }
 817
 818     if (abovePIDColour.getState())
 819     {
 820       sg.cs.setConsensus(AAFrequency.calculate(sg.getSequences(ap.av.
 821           hiddenRepSequences), 0,
 822                                                ap.av.alignment.getWidth()));
 823       int threshold = SliderPanel.setPIDSliderSource(ap, sg.cs,
 824           getGroup().getName());
 825
 826       sg.cs.setThreshold(threshold, ap.av.getIgnoreGapsConsensus());
 827
 828       SliderPanel.showPIDSlider();
 829
 830     }
 831     else // remove PIDColouring
 832     {
 833       sg.cs.setThreshold(0, ap.av.getIgnoreGapsConsensus());
 834     }
 835
 836     refresh();
 837
 838   }
 839
 840   protected void userDefinedColour_actionPerformed()
 841   {
 842     new UserDefinedColours(ap, getGroup());
 843   }
 844
 845   protected void PIDColour_actionPerformed()
 846   {
 847     SequenceGroup sg = getGroup();
 848     sg.cs = new PIDColourScheme();
 849     sg.cs.setConsensus(AAFrequency.calculate(sg.getSequences(ap.av.
 850         hiddenRepSequences), 0,
 851                                              ap.av.alignment.getWidth()));
 852     refresh();
 853   }
 854
 855   protected void BLOSUM62Colour_actionPerformed()
 856   {
 857     SequenceGroup sg = getGroup();
 858
 859     sg.cs = new Blosum62ColourScheme();
 860
 861     sg.cs.setConsensus(AAFrequency.calculate(sg.getSequences(ap.av.
 862         hiddenRepSequences), 0,
 863                                              ap.av.alignment.getWidth()));
 864
 865     refresh();
 866   }
 867
 868   protected void noColourmenuItem_actionPerformed()
 869   {
 870     getGroup().cs = null;
 871     refresh();
 872   }
 873
 874   protected void conservationMenuItem_itemStateChanged()
 875   {
 876     SequenceGroup sg = getGroup();
 877     if (sg.cs == null)
 878     {
 879       return;
 880     }
 881
 882     if (conservationMenuItem.getState())
 883     {
 884
 885       Conservation c = new Conservation("Group",
 886                                         ResidueProperties.propHash, 3,
 887                                         sg.getSequences(ap.av.
 888           hiddenRepSequences), 0,
 889                                         ap.av.alignment.getWidth());
 890
 891       c.calculate();
 892       c.verdict(false, ap.av.ConsPercGaps);
 893
 894       sg.cs.setConservation(c);
 895
 896       SliderPanel.setConservationSlider(ap, sg.cs, sg.getName());
 897       SliderPanel.showConservationSlider();
 898     }
 899     else // remove ConservationColouring
 900     {
 901       sg.cs.setConservation(null);
 902     }
 903
 904     refresh();
 905   }
 906
 907   SequenceGroup getGroup()
 908   {
 909     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
 910
 911     // this method won't add a new group if it already exists
 912     if (sg != null)
 913     {
 914       ap.av.alignment.addGroup(sg);
 915     }
 916
 917     return sg;
 918   }
 919
 920   void unGroupMenuItem_actionPerformed()
 921   {
 922     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
 923     ap.av.alignment.deleteGroup(sg);
 924     ap.av.setSelectionGroup(null);
 925     ap.paintAlignment(true);
 926   }
 927
 928   public void showColourText_itemStateChanged()
 929   {
 930     getGroup().setColourText(showColourText.getState());
 931     refresh();
 932   }
 933
 934   public void showText_itemStateChanged()
 935   {
 936     getGroup().setDisplayText(showText.getState());
 937     refresh();
 938   }
 939
 940   public void showBoxes_itemStateChanged()
 941   {
 942     getGroup().setDisplayBoxes(showBoxes.getState());
 943     refresh();
 944   }
 945
 946   void hideSequences(boolean representGroup)
 947   {
 948     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
 949     if (sg == null || sg.getSize() < 1)
 950     {
 951       ap.av.hideSequence(new SequenceI[]
 952                          {seq});
 953       return;
 954     }
 955
 956     ap.av.setSelectionGroup(null);
 957
 958     if (representGroup)
 959     {
 960       ap.av.hideRepSequences(seq, sg);
 961
 962       return;
 963     }
 964
 965     int gsize = sg.getSize();
 966     SequenceI[] hseqs;
 967
 968     hseqs = new SequenceI[gsize];
 969
 970     int index = 0;
 971     for (int i = 0; i < gsize; i++)
 972     {
 973       hseqs[index++] = sg.getSequenceAt(i);
 974     }
 975
 976     ap.av.hideSequence(hseqs);
 977   }
 978
 979 }