src/jalview/appletgui/APopupMenu.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2007 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 \r
  20 package jalview.appletgui;\r
  21 \r
  22 import java.util.*;\r
  23 \r
  24 import java.awt.*;\r
  25 import java.awt.event.*;\r
  26 \r
  27 import jalview.analysis.*;\r
  28 import jalview.commands.*;\r
  29 import jalview.datamodel.*;\r
  30 import jalview.schemes.*;\r
  31 import jalview.io.AppletFormatAdapter;\r
  32 \r
  33 public class APopupMenu\r
  34     extends java.awt.PopupMenu implements ActionListener, ItemListener\r
  35 {\r
  36   Menu groupMenu = new Menu();\r
  37   MenuItem editGroupName = new MenuItem();\r
  38   protected MenuItem clustalColour = new MenuItem();\r
  39   protected MenuItem zappoColour = new MenuItem();\r
  40   protected MenuItem taylorColour = new MenuItem();\r
  41   protected MenuItem hydrophobicityColour = new MenuItem();\r
  42   protected MenuItem helixColour = new MenuItem();\r
  43   protected MenuItem strandColour = new MenuItem();\r
  44   protected MenuItem turnColour = new MenuItem();\r
  45   protected MenuItem buriedColour = new MenuItem();\r
  46   protected CheckboxMenuItem abovePIDColour = new CheckboxMenuItem();\r
  47   protected MenuItem userDefinedColour = new MenuItem();\r
  48   protected MenuItem PIDColour = new MenuItem();\r
  49   protected MenuItem BLOSUM62Colour = new MenuItem();\r
  50   MenuItem noColourmenuItem = new MenuItem();\r
  51   protected CheckboxMenuItem conservationMenuItem = new CheckboxMenuItem();\r
  52 \r
  53   final AlignmentPanel ap;\r
  54   MenuItem unGroupMenuItem = new MenuItem();\r
  55   MenuItem nucleotideMenuItem = new MenuItem();\r
  56   Menu colourMenu = new Menu();\r
  57   CheckboxMenuItem showBoxes = new CheckboxMenuItem();\r
  58   CheckboxMenuItem showText = new CheckboxMenuItem();\r
  59   CheckboxMenuItem showColourText = new CheckboxMenuItem();\r
  60   Menu editMenu = new Menu("Edit");\r
  61   MenuItem copy = new MenuItem("Copy (Jalview Only)");\r
  62   MenuItem cut = new MenuItem("Cut (Jalview Only)");\r
  63   MenuItem toUpper = new MenuItem("To Upper Case");\r
  64   MenuItem toLower = new MenuItem("To Lower Case");\r
  65   MenuItem toggleCase = new MenuItem("Toggle Case");\r
  66   Menu outputmenu = new Menu();\r
  67   Menu seqMenu = new Menu();\r
  68   MenuItem pdb = new MenuItem();\r
  69   MenuItem hideSeqs = new MenuItem();\r
  70   MenuItem repGroup = new MenuItem();\r
  71   MenuItem sequenceName = new MenuItem("Edit Name/Description");\r
  72   MenuItem sequenceFeature = new MenuItem("Create Sequence Feature");\r
  73   MenuItem editSequence = new MenuItem("Edit Sequence");\r
  74 \r
  75   Sequence seq;\r
  76   MenuItem revealAll = new MenuItem();\r
  77   Menu menu1 = new Menu();\r
  78 \r
  79   public APopupMenu(AlignmentPanel apanel, final Sequence seq, Vector links)\r
  80   {\r
  81     ///////////////////////////////////////////////////////////\r
  82     // If this is activated from the sequence panel, the user may want to\r
  83     // edit or annotate a particular residue. Therefore display the residue menu\r
  84     //\r
  85     // If from the IDPanel, we must display the sequence menu\r
  86     //////////////////////////////////////////////////////////\r
  87 \r
  88     this.ap = apanel;\r
  89     this.seq = seq;\r
  90 \r
  91     try\r
  92     {\r
  93       jbInit();\r
  94     }\r
  95     catch (Exception e)\r
  96     {\r
  97       e.printStackTrace();\r
  98     }\r
  99 \r
 100     for (int i = 0; i < jalview.io.AppletFormatAdapter.WRITEABLE_FORMATS.length;\r
 101          i++)\r
 102     {\r
 103       MenuItem item = new MenuItem(jalview.io.AppletFormatAdapter.\r
 104                                    WRITEABLE_FORMATS[i]);\r
 105 \r
 106       item.addActionListener(this);\r
 107       outputmenu.add(item);\r
 108     }\r
 109 \r
 110     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();\r
 111 \r
 112     if (sg != null && sg.getSize() > 0)\r
 113     {\r
 114       editGroupName.setLabel(sg.getName());\r
 115       showText.setState(sg.getDisplayText());\r
 116       showColourText.setState(sg.getColourText());\r
 117       showBoxes.setState(sg.getDisplayBoxes());\r
 118       if (!ap.av.alignment.getGroups().contains(sg))\r
 119       {\r
 120         groupMenu.remove(unGroupMenuItem);\r
 121       }\r
 122 \r
 123     }\r
 124     else\r
 125     {\r
 126       remove(hideSeqs);\r
 127       remove(groupMenu);\r
 128     }\r
 129 \r
 130     if (links != null)\r
 131     {\r
 132       Menu linkMenu = new Menu("Link");\r
 133       MenuItem item;\r
 134       String link;\r
 135       for (int i = 0; i < links.size(); i++)\r
 136       {\r
 137         link = links.elementAt(i).toString();\r
 138         final String target = link.substring(0, link.indexOf("|"));\r
 139         item = new MenuItem(target);\r
 140 \r
 141         final String url;\r
 142 \r
 143         if (link.indexOf("$SEQUENCE_ID$") > -1)\r
 144         {\r
 145           String id = seq.getName();\r
 146           if (id.indexOf("|") > -1)\r
 147           {\r
 148             id = id.substring(id.lastIndexOf("|") + 1);\r
 149           }\r
 150 \r
 151           url = link.substring(link.indexOf("|") + 1,\r
 152                                link.indexOf("$SEQUENCE_ID$"))\r
 153               + id +\r
 154               link.substring(link.indexOf("$SEQUENCE_ID$") + 13);\r
 155         }\r
 156         else\r
 157         {\r
 158           url = link.substring(link.lastIndexOf("|") + 1);\r
 159         }\r
 160 \r
 161         item.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()\r
 162         {\r
 163           public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 164           {\r
 165             ap.alignFrame.showURL(url, target);\r
 166           }\r
 167         });\r
 168         linkMenu.add(item);\r
 169       }\r
 170       if (seq != null)\r
 171       {\r
 172         seqMenu.add(linkMenu);\r
 173       }\r
 174       else\r
 175       {\r
 176         add(linkMenu);\r
 177       }\r
 178     }\r
 179     if (seq != null)\r
 180     {\r
 181       seqMenu.setLabel(seq.getName());\r
 182       repGroup.setLabel("Represent Group with " + seq.getName());\r
 183     }\r
 184     else\r
 185     {\r
 186       remove(seqMenu);\r
 187     }\r
 188 \r
 189     if (!ap.av.hasHiddenRows)\r
 190     {\r
 191       remove(revealAll);\r
 192     }\r
 193   }\r
 194 \r
 195   public void itemStateChanged(ItemEvent evt)\r
 196   {\r
 197     if (evt.getSource() == abovePIDColour)\r
 198     {\r
 199       abovePIDColour_itemStateChanged();\r
 200     }\r
 201     else if (evt.getSource() == showColourText)\r
 202     {\r
 203       showColourText_itemStateChanged();\r
 204     }\r
 205     else if (evt.getSource() == showText)\r
 206     {\r
 207       showText_itemStateChanged();\r
 208     }\r
 209     else if (evt.getSource() == showBoxes)\r
 210     {\r
 211       showBoxes_itemStateChanged();\r
 212     }\r
 213   }\r
 214 \r
 215   public void actionPerformed(ActionEvent evt)\r
 216   {\r
 217     Object source = evt.getSource();\r
 218     if (source == clustalColour)\r
 219     {\r
 220       clustalColour_actionPerformed();\r
 221     }\r
 222     else if (source == zappoColour)\r
 223     {\r
 224       zappoColour_actionPerformed();\r
 225     }\r
 226     else if (source == taylorColour)\r
 227     {\r
 228       taylorColour_actionPerformed();\r
 229     }\r
 230     else if (source == hydrophobicityColour)\r
 231     {\r
 232       hydrophobicityColour_actionPerformed();\r
 233     }\r
 234     else if (source == helixColour)\r
 235     {\r
 236       helixColour_actionPerformed();\r
 237     }\r
 238     else if (source == strandColour)\r
 239     {\r
 240       strandColour_actionPerformed();\r
 241     }\r
 242     else if (source == turnColour)\r
 243     {\r
 244       turnColour_actionPerformed();\r
 245     }\r
 246     else if (source == buriedColour)\r
 247     {\r
 248       buriedColour_actionPerformed();\r
 249     }\r
 250     else if (source == nucleotideMenuItem)\r
 251     {\r
 252       nucleotideMenuItem_actionPerformed();\r
 253     }\r
 254 \r
 255     else if (source == userDefinedColour)\r
 256     {\r
 257       userDefinedColour_actionPerformed();\r
 258     }\r
 259     else if (source == PIDColour)\r
 260     {\r
 261       PIDColour_actionPerformed();\r
 262     }\r
 263     else if (source == BLOSUM62Colour)\r
 264     {\r
 265       BLOSUM62Colour_actionPerformed();\r
 266     }\r
 267     else if (source == noColourmenuItem)\r
 268     {\r
 269       noColourmenuItem_actionPerformed();\r
 270     }\r
 271     else if (source == conservationMenuItem)\r
 272     {\r
 273       conservationMenuItem_itemStateChanged();\r
 274     }\r
 275     else if (source == unGroupMenuItem)\r
 276     {\r
 277       unGroupMenuItem_actionPerformed();\r
 278     }\r
 279 \r
 280     else if (source == sequenceName)\r
 281     {\r
 282       editName();\r
 283     }\r
 284     else if (source == pdb)\r
 285     {\r
 286       addPDB();\r
 287     }\r
 288     else if (source == hideSeqs)\r
 289     {\r
 290       hideSequences(false);\r
 291     }\r
 292     else if (source == repGroup)\r
 293     {\r
 294       hideSequences(true);\r
 295     }\r
 296     else if (source == revealAll)\r
 297     {\r
 298       ap.av.showAllHiddenSeqs();\r
 299     }\r
 300 \r
 301     else if (source == editGroupName)\r
 302     {\r
 303       EditNameDialog dialog = new EditNameDialog(\r
 304           getGroup().getName(),\r
 305           getGroup().getDescription(),\r
 306           "       Group Name",\r
 307           "Group Description",\r
 308           ap.alignFrame,\r
 309           "Edit Group Name / Description",\r
 310           500,100, true);\r
 311 \r
 312       if (dialog.accept)\r
 313       {\r
 314         getGroup().setName(dialog.getName().replace(' ', '_'));\r
 315         getGroup().setDescription(dialog.getDescription());\r
 316       }\r
 317 \r
 318     }\r
 319     else if (source == copy)\r
 320     {\r
 321       ap.alignFrame.copy_actionPerformed();\r
 322     }\r
 323     else if (source == cut)\r
 324     {\r
 325       ap.alignFrame.cut_actionPerformed();\r
 326     }\r
 327     else if(source == editSequence)\r
 328     {\r
 329       SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();\r
 330 \r
 331       if(sg!=null)\r
 332       {\r
 333         if (seq == null)\r
 334           seq = (Sequence) sg.getSequenceAt(0);\r
 335 \r
 336         EditNameDialog dialog = new EditNameDialog(seq.getSequenceAsString(\r
 337             sg.getStartRes(),\r
 338             sg.getEndRes() + 1),\r
 339                                                    null,\r
 340                                                    "Edit Sequence ",\r
 341                                                    null,\r
 342 \r
 343                                                    ap.alignFrame,\r
 344                                                    "Edit Sequence",\r
 345                                                    500, 100, true);\r
 346 \r
 347         if (dialog.accept)\r
 348         {\r
 349           EditCommand editCommand = new EditCommand(\r
 350               "Edit Sequences", EditCommand.REPLACE,\r
 351               dialog.getName().replace(' ', ap.av.getGapCharacter()),\r
 352               sg.getSequencesAsArray(ap.av.hiddenRepSequences),\r
 353               sg.getStartRes(), sg.getEndRes()+1, ap.av.alignment\r
 354               );\r
 355 \r
 356           ap.alignFrame.addHistoryItem(editCommand);\r
 357 \r
 358           ap.av.firePropertyChange("alignment", null,\r
 359                                  ap.av.getAlignment().getSequences());\r
 360         }\r
 361       }\r
 362     }\r
 363     else if (source == toUpper || source == toLower || source == toggleCase)\r
 364     {\r
 365       SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();\r
 366       Vector regions = new Vector();\r
 367       if (sg != null)\r
 368       {\r
 369         int start = sg.getStartRes();\r
 370         int end = sg.getEndRes() + 1;\r
 371 \r
 372         do\r
 373         {\r
 374           if (ap.av.hasHiddenColumns)\r
 375           {\r
 376             if (start == 0)\r
 377             {\r
 378               start = ap.av.colSel.adjustForHiddenColumns(start);\r
 379             }\r
 380 \r
 381             end = ap.av.colSel.getHiddenBoundaryRight(start);\r
 382             if (start == end)\r
 383             {\r
 384               end = sg.getEndRes() + 1;\r
 385             }\r
 386             if (end > sg.getEndRes())\r
 387             {\r
 388               end = sg.getEndRes() + 1;\r
 389             }\r
 390           }\r
 391 \r
 392           regions.addElement(new int[]\r
 393                              {start, end});\r
 394 \r
 395           if (ap.av.hasHiddenColumns)\r
 396           {\r
 397             start = ap.av.colSel.adjustForHiddenColumns(end);\r
 398             start = ap.av.colSel.getHiddenBoundaryLeft(start) + 1;\r
 399           }\r
 400         }\r
 401         while (end < sg.getEndRes());\r
 402 \r
 403         int[][] startEnd = new int[regions.size()][2];\r
 404         for (int i = 0; i < regions.size(); i++)\r
 405         {\r
 406           startEnd[i] = (int[]) regions.elementAt(i);\r
 407         }\r
 408 \r
 409         String description;\r
 410         int caseChange;\r
 411 \r
 412         if (source == toggleCase)\r
 413         {\r
 414           description = "Toggle Case";\r
 415           caseChange = ChangeCaseCommand.TOGGLE_CASE;\r
 416         }\r
 417         else if (source == toUpper)\r
 418         {\r
 419           description = "To Upper Case";\r
 420           caseChange = ChangeCaseCommand.TO_UPPER;\r
 421         }\r
 422         else\r
 423         {\r
 424           description = "To Lower Case";\r
 425           caseChange = ChangeCaseCommand.TO_LOWER;\r
 426         }\r
 427 \r
 428         ChangeCaseCommand caseCommand = new ChangeCaseCommand(\r
 429             description, sg.getSequencesAsArray(ap.av.hiddenRepSequences),\r
 430             startEnd, caseChange\r
 431             );\r
 432 \r
 433         ap.alignFrame.addHistoryItem(caseCommand);\r
 434 \r
 435         ap.av.firePropertyChange("alignment", null,\r
 436                                  ap.av.getAlignment().getSequences());\r
 437 \r
 438       }\r
 439     }\r
 440     else if(source == sequenceFeature)\r
 441     {\r
 442       SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();\r
 443       if (sg == null)\r
 444       {\r
 445         return;\r
 446       }\r
 447 \r
 448       int gSize = sg.getSize();\r
 449       SequenceI[] seqs = new SequenceI[gSize];\r
 450       SequenceFeature[] features = new SequenceFeature[gSize];\r
 451 \r
 452       for (int i = 0; i < gSize; i++)\r
 453       {\r
 454         seqs[i] = sg.getSequenceAt(i);\r
 455         int start = sg.getSequenceAt(i).findPosition(sg.getStartRes());\r
 456         int end = sg.findEndRes(sg.getSequenceAt(i));\r
 457         features[i] = new SequenceFeature(null, null, null, start, end,\r
 458                                           "Jalview");\r
 459       }\r
 460 \r
 461       if (ap.seqPanel.seqCanvas.getFeatureRenderer()\r
 462           .amendFeatures(seqs, features, true, ap))\r
 463       {\r
 464         ap.alignFrame.sequenceFeatures.setState(true);\r
 465         ap.av.showSequenceFeatures(true);\r
 466         ap.highlightSearchResults(null);\r
 467       }\r
 468     }\r
 469     else\r
 470     {\r
 471       outputText(evt);\r
 472     }\r
 473 \r
 474   }\r
 475 \r
 476   void outputText(ActionEvent e)\r
 477   {\r
 478     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(true, ap.alignFrame);\r
 479 \r
 480     Frame frame = new Frame();\r
 481     frame.add(cap);\r
 482     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame,\r
 483                                      "Selection output - " + e.getActionCommand(),\r
 484                                      600, 500);\r
 485 \r
 486     cap.setText(new jalview.io.AppletFormatAdapter().formatSequences(\r
 487         e.getActionCommand(),\r
 488         new Alignment(ap.av.getSelectionAsNewSequence()),\r
 489         ap.av.showJVSuffix));\r
 490 \r
 491   }\r
 492 \r
 493   void editName()\r
 494   {\r
 495     EditNameDialog dialog = new EditNameDialog(\r
 496         seq.getName(),\r
 497         seq.getDescription(),\r
 498         "       Sequence Name",\r
 499         "Sequence Description",\r
 500         ap.alignFrame,\r
 501         "Edit Sequence Name / Description",\r
 502         500,100, true);\r
 503 \r
 504     if (dialog.accept)\r
 505     {\r
 506       seq.setName(dialog.getName());\r
 507       seq.setDescription(dialog.getDescription());\r
 508       ap.paintAlignment(false);\r
 509     }\r
 510   }\r
 511 \r
 512   void addPDB()\r
 513   {\r
 514     if(seq.getPDBId()!=null)\r
 515     {\r
 516       PDBEntry entry = (PDBEntry)seq.getPDBId().firstElement();\r
 517 \r
 518       if ( ap.av.applet.jmolAvailable )\r
 519        new jalview.appletgui.AppletJmol(entry,\r
 520                                         new Sequence[]{seq},\r
 521                                         null,\r
 522                                         ap,\r
 523                                         AppletFormatAdapter.URL);\r
 524      else\r
 525        new MCview.AppletPDBViewer(entry,\r
 526                                   new Sequence[]{seq},\r
 527                                   null,\r
 528                                   ap,\r
 529                                   AppletFormatAdapter.URL);\r
 530 \r
 531     }\r
 532     else\r
 533     {\r
 534       CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(true, ap.alignFrame);\r
 535       cap.setText("Paste your PDB file here.");\r
 536       cap.setPDBImport(seq);\r
 537       Frame frame = new Frame();\r
 538       frame.add(cap);\r
 539       jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, "Paste PDB file ", 400, 300);\r
 540     }\r
 541   }\r
 542 \r
 543   private void jbInit()\r
 544       throws Exception\r
 545   {\r
 546     groupMenu.setLabel("Group");\r
 547     groupMenu.setLabel("Selection");\r
 548     sequenceFeature.addActionListener(this);\r
 549 \r
 550     editGroupName.addActionListener(this);\r
 551     unGroupMenuItem.setLabel("Remove Group");\r
 552     unGroupMenuItem.addActionListener(this);\r
 553 \r
 554     nucleotideMenuItem.setLabel("Nucleotide");\r
 555     nucleotideMenuItem.addActionListener(this);\r
 556     conservationMenuItem.addItemListener(this);\r
 557     abovePIDColour.addItemListener(this);\r
 558     colourMenu.setLabel("Group Colour");\r
 559     showBoxes.setLabel("Boxes");\r
 560     showBoxes.setState(true);\r
 561     showBoxes.addItemListener(this);\r
 562     sequenceName.addActionListener(this);\r
 563 \r
 564     showText.setLabel("Text");\r
 565     showText.addItemListener(this);\r
 566     showColourText.setLabel("Colour Text");\r
 567     showColourText.addItemListener(this);\r
 568     outputmenu.setLabel("Output to Textbox...");\r
 569     seqMenu.setLabel("Sequence");\r
 570     pdb.setLabel("View PDB Structure");\r
 571     hideSeqs.setLabel("Hide Sequences");\r
 572     repGroup.setLabel("Represent Group with");\r
 573     revealAll.setLabel("Reveal All");\r
 574     menu1.setLabel("Group");\r
 575     add(groupMenu);\r
 576     this.add(seqMenu);\r
 577     this.add(hideSeqs);\r
 578     this.add(revealAll);\r
 579     groupMenu.add(editGroupName);\r
 580     groupMenu.add(editMenu);\r
 581     groupMenu.add(outputmenu);\r
 582     groupMenu.add(sequenceFeature);\r
 583     groupMenu.add(menu1);\r
 584 \r
 585     colourMenu.add(noColourmenuItem);\r
 586     colourMenu.add(clustalColour);\r
 587     colourMenu.add(BLOSUM62Colour);\r
 588     colourMenu.add(PIDColour);\r
 589     colourMenu.add(zappoColour);\r
 590     colourMenu.add(taylorColour);\r
 591     colourMenu.add(hydrophobicityColour);\r
 592     colourMenu.add(helixColour);\r
 593     colourMenu.add(strandColour);\r
 594     colourMenu.add(turnColour);\r
 595     colourMenu.add(buriedColour);\r
 596     colourMenu.add(nucleotideMenuItem);\r
 597     colourMenu.add(userDefinedColour);\r
 598     colourMenu.addSeparator();\r
 599     colourMenu.add(abovePIDColour);\r
 600     colourMenu.add(conservationMenuItem);\r
 601 \r
 602     noColourmenuItem.setLabel("None");\r
 603     noColourmenuItem.addActionListener(this);\r
 604 \r
 605     clustalColour.setLabel("Clustalx colours");\r
 606     clustalColour.addActionListener(this);\r
 607     zappoColour.setLabel("Zappo");\r
 608     zappoColour.addActionListener(this);\r
 609     taylorColour.setLabel("Taylor");\r
 610     taylorColour.addActionListener(this);\r
 611     hydrophobicityColour.setLabel("Hydrophobicity");\r
 612     hydrophobicityColour.addActionListener(this);\r
 613     helixColour.setLabel("Helix propensity");\r
 614     helixColour.addActionListener(this);\r
 615     strandColour.setLabel("Strand propensity");\r
 616     strandColour.addActionListener(this);\r
 617     turnColour.setLabel("Turn propensity");\r
 618     turnColour.addActionListener(this);\r
 619     buriedColour.setLabel("Buried Index");\r
 620     buriedColour.addActionListener(this);\r
 621     abovePIDColour.setLabel("Above % Identity");\r
 622 \r
 623     userDefinedColour.setLabel("User Defined");\r
 624     userDefinedColour.addActionListener(this);\r
 625     PIDColour.setLabel("Percentage Identity");\r
 626     PIDColour.addActionListener(this);\r
 627     BLOSUM62Colour.setLabel("BLOSUM62");\r
 628     BLOSUM62Colour.addActionListener(this);\r
 629     conservationMenuItem.setLabel("Conservation");\r
 630 \r
 631     editMenu.add(copy);\r
 632     copy.addActionListener(this);\r
 633     editMenu.add(cut);\r
 634     cut.addActionListener(this);\r
 635 \r
 636     editMenu.add(editSequence);\r
 637     editSequence.addActionListener(this);\r
 638 \r
 639     editMenu.add(toUpper);\r
 640     toUpper.addActionListener(this);\r
 641     editMenu.add(toLower);\r
 642     toLower.addActionListener(this);\r
 643     editMenu.add(toggleCase);\r
 644     seqMenu.add(sequenceName);\r
 645     seqMenu.add(pdb);\r
 646     seqMenu.add(repGroup);\r
 647     menu1.add(unGroupMenuItem);\r
 648     menu1.add(colourMenu);\r
 649     menu1.add(showBoxes);\r
 650     menu1.add(showText);\r
 651     menu1.add(showColourText);\r
 652     toggleCase.addActionListener(this);\r
 653     pdb.addActionListener(this);\r
 654     hideSeqs.addActionListener(this);\r
 655     repGroup.addActionListener(this);\r
 656     revealAll.addActionListener(this);\r
 657   }\r
 658 \r
 659   void refresh()\r
 660   {\r
 661     ap.paintAlignment(true);\r
 662   }\r
 663 \r
 664   protected void clustalColour_actionPerformed()\r
 665   {\r
 666     SequenceGroup sg = getGroup();\r
 667     sg.cs = new ClustalxColourScheme(sg.getSequences(ap.av.hiddenRepSequences),\r
 668                                      ap.av.alignment.getWidth());\r
 669     refresh();\r
 670   }\r
 671 \r
 672   protected void zappoColour_actionPerformed()\r
 673   {\r
 674     getGroup().cs = new ZappoColourScheme();\r
 675     refresh();\r
 676   }\r
 677 \r
 678   protected void taylorColour_actionPerformed()\r
 679   {\r
 680     getGroup().cs = new TaylorColourScheme();\r
 681     refresh();\r
 682   }\r
 683 \r
 684   protected void hydrophobicityColour_actionPerformed()\r
 685   {\r
 686     getGroup().cs = new HydrophobicColourScheme();\r
 687     refresh();\r
 688   }\r
 689 \r
 690   protected void helixColour_actionPerformed()\r
 691   {\r
 692     getGroup().cs = new HelixColourScheme();\r
 693     refresh();\r
 694   }\r
 695 \r
 696   protected void strandColour_actionPerformed()\r
 697   {\r
 698     getGroup().cs = new StrandColourScheme();\r
 699     refresh();\r
 700   }\r
 701 \r
 702   protected void turnColour_actionPerformed()\r
 703   {\r
 704     getGroup().cs = new TurnColourScheme();\r
 705     refresh();\r
 706   }\r
 707 \r
 708   protected void buriedColour_actionPerformed()\r
 709   {\r
 710     getGroup().cs = new BuriedColourScheme();\r
 711     refresh();\r
 712   }\r
 713 \r
 714   public void nucleotideMenuItem_actionPerformed()\r
 715   {\r
 716     getGroup().cs = new NucleotideColourScheme();\r
 717     refresh();\r
 718   }\r
 719 \r
 720   protected void abovePIDColour_itemStateChanged()\r
 721   {\r
 722     SequenceGroup sg = getGroup();\r
 723     if (sg.cs == null)\r
 724     {\r
 725       return;\r
 726     }\r
 727 \r
 728     if (abovePIDColour.getState())\r
 729     {\r
 730       sg.cs.setConsensus(AAFrequency.calculate(sg.getSequences(ap.av.\r
 731           hiddenRepSequences), 0,\r
 732                                                ap.av.alignment.getWidth()));\r
 733       int threshold = SliderPanel.setPIDSliderSource(ap, sg.cs,\r
 734           getGroup().getName());\r
 735 \r
 736       sg.cs.setThreshold(threshold, ap.av.getIgnoreGapsConsensus());\r
 737 \r
 738       SliderPanel.showPIDSlider();\r
 739 \r
 740     }\r
 741     else // remove PIDColouring\r
 742     {\r
 743       sg.cs.setThreshold(0, ap.av.getIgnoreGapsConsensus());\r
 744     }\r
 745 \r
 746     refresh();\r
 747 \r
 748   }\r
 749 \r
 750   protected void userDefinedColour_actionPerformed()\r
 751   {\r
 752     new UserDefinedColours(ap, getGroup());\r
 753   }\r
 754 \r
 755   protected void PIDColour_actionPerformed()\r
 756   {\r
 757     SequenceGroup sg = getGroup();\r
 758     sg.cs = new PIDColourScheme();\r
 759     sg.cs.setConsensus(AAFrequency.calculate(sg.getSequences(ap.av.\r
 760         hiddenRepSequences), 0,\r
 761                                              ap.av.alignment.getWidth()));\r
 762     refresh();\r
 763   }\r
 764 \r
 765   protected void BLOSUM62Colour_actionPerformed()\r
 766   {\r
 767     SequenceGroup sg = getGroup();\r
 768 \r
 769     sg.cs = new Blosum62ColourScheme();\r
 770 \r
 771     sg.cs.setConsensus(AAFrequency.calculate(sg.getSequences(ap.av.\r
 772         hiddenRepSequences), 0,\r
 773                                              ap.av.alignment.getWidth()));\r
 774 \r
 775     refresh();\r
 776   }\r
 777 \r
 778   protected void noColourmenuItem_actionPerformed()\r
 779   {\r
 780     getGroup().cs = null;\r
 781     refresh();\r
 782   }\r
 783 \r
 784   protected void conservationMenuItem_itemStateChanged()\r
 785   {\r
 786     SequenceGroup sg = getGroup();\r
 787     if (sg.cs == null)\r
 788     {\r
 789       return;\r
 790     }\r
 791 \r
 792     if (conservationMenuItem.getState())\r
 793     {\r
 794 \r
 795       Conservation c = new Conservation("Group",\r
 796                                         ResidueProperties.propHash, 3,\r
 797                                         sg.getSequences(ap.av.\r
 798           hiddenRepSequences), 0,\r
 799                                         ap.av.alignment.getWidth());\r
 800 \r
 801       c.calculate();\r
 802       c.verdict(false, ap.av.ConsPercGaps);\r
 803 \r
 804       sg.cs.setConservation(c);\r
 805 \r
 806       SliderPanel.setConservationSlider(ap, sg.cs, sg.getName());\r
 807       SliderPanel.showConservationSlider();\r
 808     }\r
 809     else // remove ConservationColouring\r
 810     {\r
 811       sg.cs.setConservation(null);\r
 812     }\r
 813 \r
 814     refresh();\r
 815   }\r
 816 \r
 817   SequenceGroup getGroup()\r
 818   {\r
 819     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();\r
 820 \r
 821     // this method won't add a new group if it already exists\r
 822     if (sg != null)\r
 823     {\r
 824       ap.av.alignment.addGroup(sg);\r
 825     }\r
 826 \r
 827     return sg;\r
 828   }\r
 829 \r
 830   void unGroupMenuItem_actionPerformed()\r
 831   {\r
 832     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();\r
 833     ap.av.alignment.deleteGroup(sg);\r
 834     ap.av.setSelectionGroup(null);\r
 835     ap.paintAlignment(true);\r
 836   }\r
 837 \r
 838   public void showColourText_itemStateChanged()\r
 839   {\r
 840     getGroup().setColourText(showColourText.getState());\r
 841     refresh();\r
 842   }\r
 843 \r
 844   public void showText_itemStateChanged()\r
 845   {\r
 846     getGroup().setDisplayText(showText.getState());\r
 847     refresh();\r
 848   }\r
 849 \r
 850   public void showBoxes_itemStateChanged()\r
 851   {\r
 852     getGroup().setDisplayBoxes(showBoxes.getState());\r
 853     refresh();\r
 854   }\r
 855 \r
 856   void hideSequences(boolean representGroup)\r
 857   {\r
 858     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();\r
 859     if (sg == null || sg.getSize() < 1)\r
 860     {\r
 861       ap.av.hideSequence(new SequenceI[]\r
 862                          {seq});\r
 863       return;\r
 864     }\r
 865 \r
 866     ap.av.setSelectionGroup(null);\r
 867 \r
 868     if (representGroup)\r
 869     {\r
 870       ap.av.hideRepSequences(seq, sg);\r
 871 \r
 872       return;\r
 873     }\r
 874 \r
 875     int gsize = sg.getSize();\r
 876     SequenceI[] hseqs;\r
 877 \r
 878     hseqs = new SequenceI[gsize];\r
 879 \r
 880     int index = 0;\r
 881     for (int i = 0; i < gsize; i++)\r
 882     {\r
 883       hseqs[index++] = sg.getSequenceAt(i);\r
 884     }\r
 885 \r
 886     ap.av.hideSequence(hseqs);\r
 887   }\r
 888 \r
 889 }\r