src/jalview/appletgui/APopupMenu.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.4)
   3  * Copyright (C) 2008 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8  * of the License, or (at your option) any later version.
   9  *
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13  * GNU General Public License for more details.
  14  *
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA
  18  */
  19 package jalview.appletgui;
  20
  21 import java.util.*;
  22
  23 import java.awt.*;
  24 import java.awt.event.*;
  25
  26 import jalview.analysis.*;
  27 import jalview.commands.*;
  28 import jalview.datamodel.*;
  29 import jalview.schemes.*;
  30 import jalview.util.UrlLink;
  31 import jalview.io.AppletFormatAdapter;
  32
  33 public class APopupMenu extends java.awt.PopupMenu implements
  34         ActionListener, ItemListener
  35 {
  36   Menu groupMenu = new Menu();
  37
  38   MenuItem editGroupName = new MenuItem();
  39
  40   protected MenuItem clustalColour = new MenuItem();
  41
  42   protected MenuItem zappoColour = new MenuItem();
  43
  44   protected MenuItem taylorColour = new MenuItem();
  45
  46   protected MenuItem hydrophobicityColour = new MenuItem();
  47
  48   protected MenuItem helixColour = new MenuItem();
  49
  50   protected MenuItem strandColour = new MenuItem();
  51
  52   protected MenuItem turnColour = new MenuItem();
  53
  54   protected MenuItem buriedColour = new MenuItem();
  55
  56   protected CheckboxMenuItem abovePIDColour = new CheckboxMenuItem();
  57
  58   protected MenuItem userDefinedColour = new MenuItem();
  59
  60   protected MenuItem PIDColour = new MenuItem();
  61
  62   protected MenuItem BLOSUM62Colour = new MenuItem();
  63
  64   MenuItem noColourmenuItem = new MenuItem();
  65
  66   protected CheckboxMenuItem conservationMenuItem = new CheckboxMenuItem();
  67
  68   final AlignmentPanel ap;
  69
  70   MenuItem unGroupMenuItem = new MenuItem();
  71
  72   MenuItem nucleotideMenuItem = new MenuItem();
  73
  74   Menu colourMenu = new Menu();
  75
  76   CheckboxMenuItem showBoxes = new CheckboxMenuItem();
  77
  78   CheckboxMenuItem showText = new CheckboxMenuItem();
  79
  80   CheckboxMenuItem showColourText = new CheckboxMenuItem();
  81
  82   Menu editMenu = new Menu("Edit");
  83
  84   MenuItem copy = new MenuItem("Copy (Jalview Only)");
  85
  86   MenuItem cut = new MenuItem("Cut (Jalview Only)");
  87
  88   MenuItem toUpper = new MenuItem("To Upper Case");
  89
  90   MenuItem toLower = new MenuItem("To Lower Case");
  91
  92   MenuItem toggleCase = new MenuItem("Toggle Case");
  93
  94   Menu outputmenu = new Menu();
  95
  96   Menu seqMenu = new Menu();
  97
  98   MenuItem pdb = new MenuItem();
  99
 100   MenuItem hideSeqs = new MenuItem();
 101
 102   MenuItem repGroup = new MenuItem();
 103
 104   MenuItem sequenceName = new MenuItem("Edit Name/Description");
 105
 106   MenuItem sequenceFeature = new MenuItem("Create Sequence Feature");
 107
 108   MenuItem editSequence = new MenuItem("Edit Sequence");
 109
 110   Sequence seq;
 111
 112   MenuItem revealAll = new MenuItem();
 113
 114   Menu menu1 = new Menu();
 115
 116   public APopupMenu(AlignmentPanel apanel, final Sequence seq, Vector links)
 117   {
 118     // /////////////////////////////////////////////////////////
 119     // If this is activated from the sequence panel, the user may want to
 120     // edit or annotate a particular residue. Therefore display the residue menu
 121     //
 122     // If from the IDPanel, we must display the sequence menu
 123     // ////////////////////////////////////////////////////////
 124
 125     this.ap = apanel;
 126     this.seq = seq;
 127
 128     try
 129     {
 130       jbInit();
 131     } catch (Exception e)
 132     {
 133       e.printStackTrace();
 134     }
 135
 136     for (int i = 0; i < jalview.io.AppletFormatAdapter.WRITEABLE_FORMATS.length; i++)
 137     {
 138       MenuItem item = new MenuItem(
 139               jalview.io.AppletFormatAdapter.WRITEABLE_FORMATS[i]);
 140
 141       item.addActionListener(this);
 142       outputmenu.add(item);
 143     }
 144
 145     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
 146
 147     if (sg != null && sg.getSize() > 0)
 148     {
 149       editGroupName.setLabel(sg.getName());
 150       showText.setState(sg.getDisplayText());
 151       showColourText.setState(sg.getColourText());
 152       showBoxes.setState(sg.getDisplayBoxes());
 153       if (!ap.av.alignment.getGroups().contains(sg))
 154       {
 155         groupMenu.remove(unGroupMenuItem);
 156       }
 157
 158     }
 159     else
 160     {
 161       remove(hideSeqs);
 162       remove(groupMenu);
 163     }
 164
 165     if (links != null && links.size() > 0)
 166     {
 167       Menu linkMenu = new Menu("Link");
 168       String link;
 169       for (int i = 0; i < links.size(); i++)
 170       {
 171         link = links.elementAt(i).toString();
 172         UrlLink urlLink = new UrlLink(link);
 173         if (!urlLink.isValid())
 174         {
 175           System.err.println(urlLink.getInvalidMessage());
 176           continue;
 177         }
 178         final String target = urlLink.getTarget(); // link.substring(0,
 179                                                     // link.indexOf("|"));
 180         final String label = urlLink.getLabel();
 181         if (urlLink.isDynamic())
 182         {
 183
 184           // collect matching db-refs
 185           DBRefEntry[] dbr = jalview.util.DBRefUtils.selectRefs(seq
 186                   .getDBRef(), new String[]
 187           { target });
 188           // collect id string too
 189           String id = seq.getName();
 190           String descr = seq.getDescription();
 191           if (descr!=null && descr.length()<1)
 192           {
 193             descr = null;
 194           }
 195           if (dbr != null)
 196           {
 197             for (int r = 0; r < dbr.length; r++)
 198             {
 199               if (id != null && dbr[r].getAccessionId().equals(id))
 200               {
 201                 // suppress duplicate link creation for the bare sequence ID
 202                 // string with this link
 203                 id = null;
 204               }
 205               // create Bare ID link for this RUL
 206               String[] urls = urlLink.makeUrls(dbr[r].getAccessionId(),
 207                       true);
 208               if (urls != null)
 209               {
 210                 for (int u = 0; u < urls.length; u += 2)
 211                 {
 212                   addshowLink(linkMenu, label + "|" + urls[u], urls[u + 1]);
 213                 }
 214               }
 215             }
 216           }
 217           if (id != null)
 218           {
 219             // create Bare ID link for this RUL
 220             String[] urls = urlLink.makeUrls(id, true);
 221             if (urls != null)
 222             {
 223               for (int u = 0; u < urls.length; u += 2)
 224               {
 225                 addshowLink(linkMenu, label, urls[u + 1]);
 226               }
 227             }
 228             // addshowLink(linkMenu, target, url_pref + id + url_suff);
 229           }
 230           // Now construct URLs from description but only try to do it for regex URL links
 231           if (descr != null && urlLink.getRegexReplace()!=null)
 232           {
 233             // create link for this URL from description only if regex matches
 234             String[] urls = urlLink.makeUrls(descr, true);
 235             if (urls != null)
 236             {
 237               for (int u = 0; u < urls.length; u += 2)
 238               {
 239                 addshowLink(linkMenu, label, urls[u + 1]);
 240               }
 241             }
 242           }
 243         }
 244         else
 245         {
 246           addshowLink(linkMenu, target, urlLink.getUrl_prefix()); // link.substring(link.lastIndexOf("|")+1));
 247         }
 248         /*
 249          * final String url;
 250          *
 251          * if (link.indexOf("$SEQUENCE_ID$") > -1) { // Substitute SEQUENCE_ID
 252          * string and any matching database reference accessions String url_pref =
 253          * link.substring(link.indexOf("|") + 1, link.indexOf("$SEQUENCE_ID$"));
 254          *
 255          * String url_suff = link.substring(link.indexOf("$SEQUENCE_ID$") + 13);
 256          *  // collect matching db-refs DBRefEntry[] dbr =
 257          * jalview.util.DBRefUtils.selectRefs(seq.getDBRef(), new
 258          * String[]{target}); // collect id string too String id =
 259          * seq.getName(); if (id.indexOf("|") > -1) { id =
 260          * id.substring(id.lastIndexOf("|") + 1); } if (dbr!=null) { for (int
 261          * r=0;r<dbr.length; r++) { if (dbr[r].getAccessionId().equals(id)) { //
 262          * suppress duplicate link creation for the bare sequence ID string with
 263          * this link id = null; } addshowLink(linkMenu,
 264          * dbr[r].getSource()+"|"+dbr[r].getAccessionId(), target,
 265          * url_pref+dbr[r].getAccessionId()+url_suff); } } if (id!=null) { //
 266          * create Bare ID link for this RUL addshowLink(linkMenu, target,
 267          * url_pref + id + url_suff); } } else { addshowLink(linkMenu, target,
 268          * link.substring(link.lastIndexOf("|")+1)); }
 269          */
 270       }
 271
 272       if (seq != null)
 273       {
 274         seqMenu.add(linkMenu);
 275       }
 276       else
 277       {
 278         add(linkMenu);
 279       }
 280     }
 281     if (seq != null)
 282     {
 283       seqMenu.setLabel(seq.getName());
 284       repGroup.setLabel("Represent Group with " + seq.getName());
 285     }
 286     else
 287     {
 288       remove(seqMenu);
 289     }
 290
 291     if (!ap.av.hasHiddenRows)
 292     {
 293       remove(revealAll);
 294     }
 295   }
 296
 297   /**
 298    * add a show URL menu item to the given linkMenu
 299    *
 300    * @param linkMenu
 301    * @param target -
 302    *                menu label string
 303    * @param url -
 304    *                url to open
 305    */
 306   private void addshowLink(Menu linkMenu, final String target,
 307           final String url)
 308   {
 309     addshowLink(linkMenu, target, target, url);
 310   }
 311
 312   /**
 313    * add a show URL menu item to the given linkMenu
 314    *
 315    * @param linkMenu
 316    * @param target -
 317    *                URL target window
 318    * @param label -
 319    *                menu label string
 320    * @param url -
 321    *                url to open
 322    */
 323   private void addshowLink(Menu linkMenu, final String target,
 324           final String label, final String url)
 325   {
 326     MenuItem item = new MenuItem(label);
 327     item.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()
 328     {
 329       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 330       {
 331         ap.alignFrame.showURL(url, target);
 332       }
 333     });
 334     linkMenu.add(item);
 335   }
 336
 337   public void itemStateChanged(ItemEvent evt)
 338   {
 339     if (evt.getSource() == abovePIDColour)
 340     {
 341       abovePIDColour_itemStateChanged();
 342     }
 343     else if (evt.getSource() == showColourText)
 344     {
 345       showColourText_itemStateChanged();
 346     }
 347     else if (evt.getSource() == showText)
 348     {
 349       showText_itemStateChanged();
 350     }
 351     else if (evt.getSource() == showBoxes)
 352     {
 353       showBoxes_itemStateChanged();
 354     }
 355   }
 356
 357   public void actionPerformed(ActionEvent evt)
 358   {
 359     Object source = evt.getSource();
 360     if (source == clustalColour)
 361     {
 362       clustalColour_actionPerformed();
 363     }
 364     else if (source == zappoColour)
 365     {
 366       zappoColour_actionPerformed();
 367     }
 368     else if (source == taylorColour)
 369     {
 370       taylorColour_actionPerformed();
 371     }
 372     else if (source == hydrophobicityColour)
 373     {
 374       hydrophobicityColour_actionPerformed();
 375     }
 376     else if (source == helixColour)
 377     {
 378       helixColour_actionPerformed();
 379     }
 380     else if (source == strandColour)
 381     {
 382       strandColour_actionPerformed();
 383     }
 384     else if (source == turnColour)
 385     {
 386       turnColour_actionPerformed();
 387     }
 388     else if (source == buriedColour)
 389     {
 390       buriedColour_actionPerformed();
 391     }
 392     else if (source == nucleotideMenuItem)
 393     {
 394       nucleotideMenuItem_actionPerformed();
 395     }
 396
 397     else if (source == userDefinedColour)
 398     {
 399       userDefinedColour_actionPerformed();
 400     }
 401     else if (source == PIDColour)
 402     {
 403       PIDColour_actionPerformed();
 404     }
 405     else if (source == BLOSUM62Colour)
 406     {
 407       BLOSUM62Colour_actionPerformed();
 408     }
 409     else if (source == noColourmenuItem)
 410     {
 411       noColourmenuItem_actionPerformed();
 412     }
 413     else if (source == conservationMenuItem)
 414     {
 415       conservationMenuItem_itemStateChanged();
 416     }
 417     else if (source == unGroupMenuItem)
 418     {
 419       unGroupMenuItem_actionPerformed();
 420     }
 421
 422     else if (source == sequenceName)
 423     {
 424       editName();
 425     }
 426     else if (source == pdb)
 427     {
 428       addPDB();
 429     }
 430     else if (source == hideSeqs)
 431     {
 432       hideSequences(false);
 433     }
 434     else if (source == repGroup)
 435     {
 436       hideSequences(true);
 437     }
 438     else if (source == revealAll)
 439     {
 440       ap.av.showAllHiddenSeqs();
 441     }
 442
 443     else if (source == editGroupName)
 444     {
 445       EditNameDialog dialog = new EditNameDialog(getGroup().getName(),
 446               getGroup().getDescription(), "       Group Name",
 447               "Group Description", ap.alignFrame,
 448               "Edit Group Name / Description", 500, 100, true);
 449
 450       if (dialog.accept)
 451       {
 452         getGroup().setName(dialog.getName().replace(' ', '_'));
 453         getGroup().setDescription(dialog.getDescription());
 454       }
 455
 456     }
 457     else if (source == copy)
 458     {
 459       ap.alignFrame.copy_actionPerformed();
 460     }
 461     else if (source == cut)
 462     {
 463       ap.alignFrame.cut_actionPerformed();
 464     }
 465     else if (source == editSequence)
 466     {
 467       SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
 468
 469       if (sg != null)
 470       {
 471         if (seq == null)
 472           seq = (Sequence) sg.getSequenceAt(0);
 473
 474         EditNameDialog dialog = new EditNameDialog(seq.getSequenceAsString(
 475                 sg.getStartRes(), sg.getEndRes() + 1), null,
 476                 "Edit Sequence ", null,
 477
 478                 ap.alignFrame, "Edit Sequence", 500, 100, true);
 479
 480         if (dialog.accept)
 481         {
 482           EditCommand editCommand = new EditCommand("Edit Sequences",
 483                   EditCommand.REPLACE, dialog.getName().replace(' ',
 484                           ap.av.getGapCharacter()), sg
 485                           .getSequencesAsArray(ap.av.hiddenRepSequences),
 486                   sg.getStartRes(), sg.getEndRes() + 1, ap.av.alignment);
 487
 488           ap.alignFrame.addHistoryItem(editCommand);
 489
 490           ap.av.firePropertyChange("alignment", null, ap.av.getAlignment()
 491                   .getSequences());
 492         }
 493       }
 494     }
 495     else if (source == toUpper || source == toLower || source == toggleCase)
 496     {
 497       SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
 498       Vector regions = new Vector();
 499       if (sg != null)
 500       {
 501         int start = sg.getStartRes();
 502         int end = sg.getEndRes() + 1;
 503
 504         do
 505         {
 506           if (ap.av.hasHiddenColumns)
 507           {
 508             if (start == 0)
 509             {
 510               start = ap.av.colSel.adjustForHiddenColumns(start);
 511             }
 512
 513             end = ap.av.colSel.getHiddenBoundaryRight(start);
 514             if (start == end)
 515             {
 516               end = sg.getEndRes() + 1;
 517             }
 518             if (end > sg.getEndRes())
 519             {
 520               end = sg.getEndRes() + 1;
 521             }
 522           }
 523
 524           regions.addElement(new int[]
 525           { start, end });
 526
 527           if (ap.av.hasHiddenColumns)
 528           {
 529             start = ap.av.colSel.adjustForHiddenColumns(end);
 530             start = ap.av.colSel.getHiddenBoundaryLeft(start) + 1;
 531           }
 532         } while (end < sg.getEndRes());
 533
 534         int[][] startEnd = new int[regions.size()][2];
 535         for (int i = 0; i < regions.size(); i++)
 536         {
 537           startEnd[i] = (int[]) regions.elementAt(i);
 538         }
 539
 540         String description;
 541         int caseChange;
 542
 543         if (source == toggleCase)
 544         {
 545           description = "Toggle Case";
 546           caseChange = ChangeCaseCommand.TOGGLE_CASE;
 547         }
 548         else if (source == toUpper)
 549         {
 550           description = "To Upper Case";
 551           caseChange = ChangeCaseCommand.TO_UPPER;
 552         }
 553         else
 554         {
 555           description = "To Lower Case";
 556           caseChange = ChangeCaseCommand.TO_LOWER;
 557         }
 558
 559         ChangeCaseCommand caseCommand = new ChangeCaseCommand(description,
 560                 sg.getSequencesAsArray(ap.av.hiddenRepSequences), startEnd,
 561                 caseChange);
 562
 563         ap.alignFrame.addHistoryItem(caseCommand);
 564
 565         ap.av.firePropertyChange("alignment", null, ap.av.getAlignment()
 566                 .getSequences());
 567
 568       }
 569     }
 570     else if (source == sequenceFeature)
 571     {
 572       SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
 573       if (sg == null)
 574       {
 575         return;
 576       }
 577
 578       int gSize = sg.getSize();
 579       SequenceI[] seqs = new SequenceI[gSize];
 580       SequenceFeature[] features = new SequenceFeature[gSize];
 581
 582       for (int i = 0; i < gSize; i++)
 583       {
 584         seqs[i] = sg.getSequenceAt(i);
 585         int start = sg.getSequenceAt(i).findPosition(sg.getStartRes());
 586         int end = sg.findEndRes(sg.getSequenceAt(i));
 587         features[i] = new SequenceFeature(null, null, null, start, end,
 588                 "Jalview");
 589       }
 590
 591       if (ap.seqPanel.seqCanvas.getFeatureRenderer().amendFeatures(seqs,
 592               features, true, ap))
 593       {
 594         ap.alignFrame.sequenceFeatures.setState(true);
 595         ap.av.showSequenceFeatures(true);
 596         ap.highlightSearchResults(null);
 597       }
 598     }
 599     else
 600     {
 601       outputText(evt);
 602     }
 603
 604   }
 605
 606   void outputText(ActionEvent e)
 607   {
 608     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(true, ap.alignFrame);
 609
 610     Frame frame = new Frame();
 611     frame.add(cap);
 612     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, "Selection output - "
 613             + e.getActionCommand(), 600, 500);
 614
 615     cap.setText(new jalview.io.AppletFormatAdapter().formatSequences(e
 616             .getActionCommand(), new Alignment(ap.av
 617             .getSelectionAsNewSequence()), ap.av.showJVSuffix));
 618
 619   }
 620
 621   void editName()
 622   {
 623     EditNameDialog dialog = new EditNameDialog(seq.getName(), seq
 624             .getDescription(), "       Sequence Name",
 625             "Sequence Description", ap.alignFrame,
 626             "Edit Sequence Name / Description", 500, 100, true);
 627
 628     if (dialog.accept)
 629     {
 630       seq.setName(dialog.getName());
 631       seq.setDescription(dialog.getDescription());
 632       ap.paintAlignment(false);
 633     }
 634   }
 635
 636   void addPDB()
 637   {
 638     if (seq.getPDBId() != null)
 639     {
 640       PDBEntry entry = (PDBEntry) seq.getPDBId().firstElement();
 641
 642       if (ap.av.applet.jmolAvailable)
 643         new jalview.appletgui.AppletJmol(entry, new Sequence[]
 644         { seq }, null, ap, AppletFormatAdapter.URL);
 645       else
 646         new MCview.AppletPDBViewer(entry, new Sequence[]
 647         { seq }, null, ap, AppletFormatAdapter.URL);
 648
 649     }
 650     else
 651     {
 652       CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(true, ap.alignFrame);
 653       cap.setText("Paste your PDB file here.");
 654       cap.setPDBImport(seq);
 655       Frame frame = new Frame();
 656       frame.add(cap);
 657       jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, "Paste PDB file ", 400, 300);
 658     }
 659   }
 660
 661   private void jbInit() throws Exception
 662   {
 663     groupMenu.setLabel("Group");
 664     groupMenu.setLabel("Selection");
 665     sequenceFeature.addActionListener(this);
 666
 667     editGroupName.addActionListener(this);
 668     unGroupMenuItem.setLabel("Remove Group");
 669     unGroupMenuItem.addActionListener(this);
 670
 671     nucleotideMenuItem.setLabel("Nucleotide");
 672     nucleotideMenuItem.addActionListener(this);
 673     conservationMenuItem.addItemListener(this);
 674     abovePIDColour.addItemListener(this);
 675     colourMenu.setLabel("Group Colour");
 676     showBoxes.setLabel("Boxes");
 677     showBoxes.setState(true);
 678     showBoxes.addItemListener(this);
 679     sequenceName.addActionListener(this);
 680
 681     showText.setLabel("Text");
 682     showText.addItemListener(this);
 683     showColourText.setLabel("Colour Text");
 684     showColourText.addItemListener(this);
 685     outputmenu.setLabel("Output to Textbox...");
 686     seqMenu.setLabel("Sequence");
 687     pdb.setLabel("View PDB Structure");
 688     hideSeqs.setLabel("Hide Sequences");
 689     repGroup.setLabel("Represent Group with");
 690     revealAll.setLabel("Reveal All");
 691     menu1.setLabel("Group");
 692     add(groupMenu);
 693     this.add(seqMenu);
 694     this.add(hideSeqs);
 695     this.add(revealAll);
 696     groupMenu.add(editGroupName);
 697     groupMenu.add(editMenu);
 698     groupMenu.add(outputmenu);
 699     groupMenu.add(sequenceFeature);
 700     groupMenu.add(menu1);
 701
 702     colourMenu.add(noColourmenuItem);
 703     colourMenu.add(clustalColour);
 704     colourMenu.add(BLOSUM62Colour);
 705     colourMenu.add(PIDColour);
 706     colourMenu.add(zappoColour);
 707     colourMenu.add(taylorColour);
 708     colourMenu.add(hydrophobicityColour);
 709     colourMenu.add(helixColour);
 710     colourMenu.add(strandColour);
 711     colourMenu.add(turnColour);
 712     colourMenu.add(buriedColour);
 713     colourMenu.add(nucleotideMenuItem);
 714     colourMenu.add(userDefinedColour);
 715     colourMenu.addSeparator();
 716     colourMenu.add(abovePIDColour);
 717     colourMenu.add(conservationMenuItem);
 718
 719     noColourmenuItem.setLabel("None");
 720     noColourmenuItem.addActionListener(this);
 721
 722     clustalColour.setLabel("Clustalx colours");
 723     clustalColour.addActionListener(this);
 724     zappoColour.setLabel("Zappo");
 725     zappoColour.addActionListener(this);
 726     taylorColour.setLabel("Taylor");
 727     taylorColour.addActionListener(this);
 728     hydrophobicityColour.setLabel("Hydrophobicity");
 729     hydrophobicityColour.addActionListener(this);
 730     helixColour.setLabel("Helix propensity");
 731     helixColour.addActionListener(this);
 732     strandColour.setLabel("Strand propensity");
 733     strandColour.addActionListener(this);
 734     turnColour.setLabel("Turn propensity");
 735     turnColour.addActionListener(this);
 736     buriedColour.setLabel("Buried Index");
 737     buriedColour.addActionListener(this);
 738     abovePIDColour.setLabel("Above % Identity");
 739
 740     userDefinedColour.setLabel("User Defined");
 741     userDefinedColour.addActionListener(this);
 742     PIDColour.setLabel("Percentage Identity");
 743     PIDColour.addActionListener(this);
 744     BLOSUM62Colour.setLabel("BLOSUM62");
 745     BLOSUM62Colour.addActionListener(this);
 746     conservationMenuItem.setLabel("Conservation");
 747
 748     editMenu.add(copy);
 749     copy.addActionListener(this);
 750     editMenu.add(cut);
 751     cut.addActionListener(this);
 752
 753     editMenu.add(editSequence);
 754     editSequence.addActionListener(this);
 755
 756     editMenu.add(toUpper);
 757     toUpper.addActionListener(this);
 758     editMenu.add(toLower);
 759     toLower.addActionListener(this);
 760     editMenu.add(toggleCase);
 761     seqMenu.add(sequenceName);
 762     seqMenu.add(pdb);
 763     seqMenu.add(repGroup);
 764     menu1.add(unGroupMenuItem);
 765     menu1.add(colourMenu);
 766     menu1.add(showBoxes);
 767     menu1.add(showText);
 768     menu1.add(showColourText);
 769     toggleCase.addActionListener(this);
 770     pdb.addActionListener(this);
 771     hideSeqs.addActionListener(this);
 772     repGroup.addActionListener(this);
 773     revealAll.addActionListener(this);
 774   }
 775
 776   void refresh()
 777   {
 778     ap.paintAlignment(true);
 779   }
 780
 781   protected void clustalColour_actionPerformed()
 782   {
 783     SequenceGroup sg = getGroup();
 784     sg.cs = new ClustalxColourScheme(sg
 785             .getSequences(ap.av.hiddenRepSequences), ap.av.alignment
 786             .getWidth());
 787     refresh();
 788   }
 789
 790   protected void zappoColour_actionPerformed()
 791   {
 792     getGroup().cs = new ZappoColourScheme();
 793     refresh();
 794   }
 795
 796   protected void taylorColour_actionPerformed()
 797   {
 798     getGroup().cs = new TaylorColourScheme();
 799     refresh();
 800   }
 801
 802   protected void hydrophobicityColour_actionPerformed()
 803   {
 804     getGroup().cs = new HydrophobicColourScheme();
 805     refresh();
 806   }
 807
 808   protected void helixColour_actionPerformed()
 809   {
 810     getGroup().cs = new HelixColourScheme();
 811     refresh();
 812   }
 813
 814   protected void strandColour_actionPerformed()
 815   {
 816     getGroup().cs = new StrandColourScheme();
 817     refresh();
 818   }
 819
 820   protected void turnColour_actionPerformed()
 821   {
 822     getGroup().cs = new TurnColourScheme();
 823     refresh();
 824   }
 825
 826   protected void buriedColour_actionPerformed()
 827   {
 828     getGroup().cs = new BuriedColourScheme();
 829     refresh();
 830   }
 831
 832   public void nucleotideMenuItem_actionPerformed()
 833   {
 834     getGroup().cs = new NucleotideColourScheme();
 835     refresh();
 836   }
 837
 838   protected void abovePIDColour_itemStateChanged()
 839   {
 840     SequenceGroup sg = getGroup();
 841     if (sg.cs == null)
 842     {
 843       return;
 844     }
 845
 846     if (abovePIDColour.getState())
 847     {
 848       sg.cs.setConsensus(AAFrequency.calculate(sg
 849               .getSequences(ap.av.hiddenRepSequences), 0, ap.av.alignment
 850               .getWidth()));
 851       int threshold = SliderPanel.setPIDSliderSource(ap, sg.cs, getGroup()
 852               .getName());
 853
 854       sg.cs.setThreshold(threshold, ap.av.getIgnoreGapsConsensus());
 855
 856       SliderPanel.showPIDSlider();
 857
 858     }
 859     else
 860     // remove PIDColouring
 861     {
 862       sg.cs.setThreshold(0, ap.av.getIgnoreGapsConsensus());
 863     }
 864
 865     refresh();
 866
 867   }
 868
 869   protected void userDefinedColour_actionPerformed()
 870   {
 871     new UserDefinedColours(ap, getGroup());
 872   }
 873
 874   protected void PIDColour_actionPerformed()
 875   {
 876     SequenceGroup sg = getGroup();
 877     sg.cs = new PIDColourScheme();
 878     sg.cs.setConsensus(AAFrequency.calculate(sg
 879             .getSequences(ap.av.hiddenRepSequences), 0, ap.av.alignment
 880             .getWidth()));
 881     refresh();
 882   }
 883
 884   protected void BLOSUM62Colour_actionPerformed()
 885   {
 886     SequenceGroup sg = getGroup();
 887
 888     sg.cs = new Blosum62ColourScheme();
 889
 890     sg.cs.setConsensus(AAFrequency.calculate(sg
 891             .getSequences(ap.av.hiddenRepSequences), 0, ap.av.alignment
 892             .getWidth()));
 893
 894     refresh();
 895   }
 896
 897   protected void noColourmenuItem_actionPerformed()
 898   {
 899     getGroup().cs = null;
 900     refresh();
 901   }
 902
 903   protected void conservationMenuItem_itemStateChanged()
 904   {
 905     SequenceGroup sg = getGroup();
 906     if (sg.cs == null)
 907     {
 908       return;
 909     }
 910
 911     if (conservationMenuItem.getState())
 912     {
 913
 914       Conservation c = new Conservation("Group",
 915               ResidueProperties.propHash, 3, sg
 916                       .getSequences(ap.av.hiddenRepSequences), 0,
 917               ap.av.alignment.getWidth());
 918
 919       c.calculate();
 920       c.verdict(false, ap.av.ConsPercGaps);
 921
 922       sg.cs.setConservation(c);
 923
 924       SliderPanel.setConservationSlider(ap, sg.cs, sg.getName());
 925       SliderPanel.showConservationSlider();
 926     }
 927     else
 928     // remove ConservationColouring
 929     {
 930       sg.cs.setConservation(null);
 931     }
 932
 933     refresh();
 934   }
 935
 936   SequenceGroup getGroup()
 937   {
 938     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
 939
 940     // this method won't add a new group if it already exists
 941     if (sg != null)
 942     {
 943       ap.av.alignment.addGroup(sg);
 944     }
 945
 946     return sg;
 947   }
 948
 949   void unGroupMenuItem_actionPerformed()
 950   {
 951     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
 952     ap.av.alignment.deleteGroup(sg);
 953     ap.av.setSelectionGroup(null);
 954     ap.paintAlignment(true);
 955   }
 956
 957   public void showColourText_itemStateChanged()
 958   {
 959     getGroup().setColourText(showColourText.getState());
 960     refresh();
 961   }
 962
 963   public void showText_itemStateChanged()
 964   {
 965     getGroup().setDisplayText(showText.getState());
 966     refresh();
 967   }
 968
 969   public void showBoxes_itemStateChanged()
 970   {
 971     getGroup().setDisplayBoxes(showBoxes.getState());
 972     refresh();
 973   }
 974
 975   void hideSequences(boolean representGroup)
 976   {
 977     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
 978     if (sg == null || sg.getSize() < 1)
 979     {
 980       ap.av.hideSequence(new SequenceI[]
 981       { seq });
 982       return;
 983     }
 984
 985     ap.av.setSelectionGroup(null);
 986
 987     if (representGroup)
 988     {
 989       ap.av.hideRepSequences(seq, sg);
 990
 991       return;
 992     }
 993
 994     int gsize = sg.getSize();
 995     SequenceI[] hseqs;
 996
 997     hseqs = new SequenceI[gsize];
 998
 999     int index = 0;
1000     for (int i = 0; i < gsize; i++)
1001     {
1002       hseqs[index++] = sg.getSequenceAt(i);
1003     }
1004
1005     ap.av.hideSequence(hseqs);
1006   }
1007
1008 }