src/jalview/appletgui/APopupMenu.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2007 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 \r
  20 package jalview.appletgui;\r
  21 \r
  22 import java.util.*;\r
  23 \r
  24 import java.awt.*;\r
  25 import java.awt.event.*;\r
  26 \r
  27 import jalview.analysis.*;\r
  28 import jalview.commands.*;\r
  29 import jalview.datamodel.*;\r
  30 import jalview.schemes.*;\r
  31 \r
  32 public class APopupMenu\r
  33     extends java.awt.PopupMenu implements ActionListener, ItemListener\r
  34 {\r
  35   Menu groupMenu = new Menu();\r
  36   MenuItem editGroupName = new MenuItem();\r
  37   protected MenuItem clustalColour = new MenuItem();\r
  38   protected MenuItem zappoColour = new MenuItem();\r
  39   protected MenuItem taylorColour = new MenuItem();\r
  40   protected MenuItem hydrophobicityColour = new MenuItem();\r
  41   protected MenuItem helixColour = new MenuItem();\r
  42   protected MenuItem strandColour = new MenuItem();\r
  43   protected MenuItem turnColour = new MenuItem();\r
  44   protected MenuItem buriedColour = new MenuItem();\r
  45   protected CheckboxMenuItem abovePIDColour = new CheckboxMenuItem();\r
  46   protected MenuItem userDefinedColour = new MenuItem();\r
  47   protected MenuItem PIDColour = new MenuItem();\r
  48   protected MenuItem BLOSUM62Colour = new MenuItem();\r
  49   MenuItem noColourmenuItem = new MenuItem();\r
  50   protected CheckboxMenuItem conservationMenuItem = new CheckboxMenuItem();\r
  51 \r
  52   final AlignmentPanel ap;\r
  53   MenuItem unGroupMenuItem = new MenuItem();\r
  54   MenuItem nucleotideMenuItem = new MenuItem();\r
  55   Menu colourMenu = new Menu();\r
  56   CheckboxMenuItem showBoxes = new CheckboxMenuItem();\r
  57   CheckboxMenuItem showText = new CheckboxMenuItem();\r
  58   CheckboxMenuItem showColourText = new CheckboxMenuItem();\r
  59   Menu editMenu = new Menu("Edit");\r
  60   MenuItem copy = new MenuItem("Copy (Jalview Only)");\r
  61   MenuItem cut = new MenuItem("Cut (Jalview Only)");\r
  62   MenuItem toUpper = new MenuItem("To Upper Case");\r
  63   MenuItem toLower = new MenuItem("To Lower Case");\r
  64   MenuItem toggleCase = new MenuItem("Toggle Case");\r
  65   Menu outputmenu = new Menu();\r
  66   Menu seqMenu = new Menu();\r
  67   MenuItem pdb = new MenuItem();\r
  68   MenuItem hideSeqs = new MenuItem();\r
  69   MenuItem repGroup = new MenuItem();\r
  70   MenuItem sequenceName = new MenuItem("Edit Name/Description");\r
  71 \r
  72   Sequence seq;\r
  73   MenuItem revealAll = new MenuItem();\r
  74   Menu menu1 = new Menu();\r
  75 \r
  76   public APopupMenu(AlignmentPanel apanel, final Sequence seq, Vector links)\r
  77   {\r
  78     ///////////////////////////////////////////////////////////\r
  79     // If this is activated from the sequence panel, the user may want to\r
  80     // edit or annotate a particular residue. Therefore display the residue menu\r
  81     //\r
  82     // If from the IDPanel, we must display the sequence menu\r
  83     //////////////////////////////////////////////////////////\r
  84 \r
  85     this.ap = apanel;\r
  86     this.seq = seq;\r
  87 \r
  88     try\r
  89     {\r
  90       jbInit();\r
  91     }\r
  92     catch (Exception e)\r
  93     {\r
  94       e.printStackTrace();\r
  95     }\r
  96 \r
  97     for (int i = 0; i < jalview.io.AppletFormatAdapter.WRITEABLE_FORMATS.length;\r
  98          i++)\r
  99     {\r
 100       MenuItem item = new MenuItem(jalview.io.AppletFormatAdapter.\r
 101                                    WRITEABLE_FORMATS[i]);\r
 102 \r
 103       item.addActionListener(this);\r
 104       outputmenu.add(item);\r
 105     }\r
 106 \r
 107     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();\r
 108 \r
 109     if (sg != null && sg.getSize() > 0)\r
 110     {\r
 111       editGroupName.setLabel(sg.getName());\r
 112       showText.setState(sg.getDisplayText());\r
 113       showColourText.setState(sg.getColourText());\r
 114       showBoxes.setState(sg.getDisplayBoxes());\r
 115       if (!ap.av.alignment.getGroups().contains(sg))\r
 116       {\r
 117         groupMenu.remove(unGroupMenuItem);\r
 118       }\r
 119 \r
 120     }\r
 121     else\r
 122     {\r
 123       remove(hideSeqs);\r
 124       remove(groupMenu);\r
 125     }\r
 126 \r
 127     if (links != null)\r
 128     {\r
 129       Menu linkMenu = new Menu("Link");\r
 130       MenuItem item;\r
 131       String link;\r
 132       for (int i = 0; i < links.size(); i++)\r
 133       {\r
 134         link = links.elementAt(i).toString();\r
 135         final String target = link.substring(0, link.indexOf("|"));\r
 136         item = new MenuItem(target);\r
 137 \r
 138         final String url;\r
 139 \r
 140         if (link.indexOf("$SEQUENCE_ID$") > -1)\r
 141         {\r
 142           String id = seq.getName();\r
 143           if (id.indexOf("|") > -1)\r
 144           {\r
 145             id = id.substring(id.lastIndexOf("|") + 1);\r
 146           }\r
 147 \r
 148           url = link.substring(link.indexOf("|") + 1,\r
 149                                link.indexOf("$SEQUENCE_ID$"))\r
 150               + id +\r
 151               link.substring(link.indexOf("$SEQUENCE_ID$") + 13);\r
 152         }\r
 153         else\r
 154         {\r
 155           url = link.substring(link.lastIndexOf("|") + 1);\r
 156         }\r
 157 \r
 158         item.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()\r
 159         {\r
 160           public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 161           {\r
 162             ap.alignFrame.showURL(url, target);\r
 163           }\r
 164         });\r
 165         linkMenu.add(item);\r
 166       }\r
 167       if (seq != null)\r
 168       {\r
 169         seqMenu.add(linkMenu);\r
 170       }\r
 171       else\r
 172       {\r
 173         add(linkMenu);\r
 174       }\r
 175     }\r
 176     if (seq != null)\r
 177     {\r
 178       seqMenu.setLabel(seq.getName());\r
 179       repGroup.setLabel("Represent Group with " + seq.getName());\r
 180     }\r
 181     else\r
 182     {\r
 183       remove(seqMenu);\r
 184     }\r
 185 \r
 186     if (!ap.av.hasHiddenRows)\r
 187     {\r
 188       remove(revealAll);\r
 189     }\r
 190   }\r
 191 \r
 192   public void itemStateChanged(ItemEvent evt)\r
 193   {\r
 194     if (evt.getSource() == abovePIDColour)\r
 195     {\r
 196       abovePIDColour_itemStateChanged();\r
 197     }\r
 198     else if (evt.getSource() == showColourText)\r
 199     {\r
 200       showColourText_itemStateChanged();\r
 201     }\r
 202     else if (evt.getSource() == showText)\r
 203     {\r
 204       showText_itemStateChanged();\r
 205     }\r
 206     else if (evt.getSource() == showBoxes)\r
 207     {\r
 208       showBoxes_itemStateChanged();\r
 209     }\r
 210   }\r
 211 \r
 212   public void actionPerformed(ActionEvent evt)\r
 213   {\r
 214     Object source = evt.getSource();\r
 215     if (source == clustalColour)\r
 216     {\r
 217       clustalColour_actionPerformed();\r
 218     }\r
 219     else if (source == zappoColour)\r
 220     {\r
 221       zappoColour_actionPerformed();\r
 222     }\r
 223     else if (source == taylorColour)\r
 224     {\r
 225       taylorColour_actionPerformed();\r
 226     }\r
 227     else if (source == hydrophobicityColour)\r
 228     {\r
 229       hydrophobicityColour_actionPerformed();\r
 230     }\r
 231     else if (source == helixColour)\r
 232     {\r
 233       helixColour_actionPerformed();\r
 234     }\r
 235     else if (source == strandColour)\r
 236     {\r
 237       strandColour_actionPerformed();\r
 238     }\r
 239     else if (source == turnColour)\r
 240     {\r
 241       turnColour_actionPerformed();\r
 242     }\r
 243     else if (source == buriedColour)\r
 244     {\r
 245       buriedColour_actionPerformed();\r
 246     }\r
 247     else if (source == nucleotideMenuItem)\r
 248     {\r
 249       nucleotideMenuItem_actionPerformed();\r
 250     }\r
 251 \r
 252     else if (source == userDefinedColour)\r
 253     {\r
 254       userDefinedColour_actionPerformed();\r
 255     }\r
 256     else if (source == PIDColour)\r
 257     {\r
 258       PIDColour_actionPerformed();\r
 259     }\r
 260     else if (source == BLOSUM62Colour)\r
 261     {\r
 262       BLOSUM62Colour_actionPerformed();\r
 263     }\r
 264     else if (source == noColourmenuItem)\r
 265     {\r
 266       noColourmenuItem_actionPerformed();\r
 267     }\r
 268     else if (source == conservationMenuItem)\r
 269     {\r
 270       conservationMenuItem_itemStateChanged();\r
 271     }\r
 272     else if (source == unGroupMenuItem)\r
 273     {\r
 274       unGroupMenuItem_actionPerformed();\r
 275     }\r
 276 \r
 277     else if (source == sequenceName)\r
 278     {\r
 279       editName();\r
 280     }\r
 281     else if (source == pdb)\r
 282     {\r
 283       addPDB();\r
 284     }\r
 285     else if (source == hideSeqs)\r
 286     {\r
 287       hideSequences(false);\r
 288     }\r
 289     else if (source == repGroup)\r
 290     {\r
 291       hideSequences(true);\r
 292     }\r
 293     else if (source == revealAll)\r
 294     {\r
 295       ap.av.showAllHiddenSeqs();\r
 296     }\r
 297 \r
 298     else if (source == editGroupName)\r
 299     {\r
 300       EditNameDialog dialog = new EditNameDialog(\r
 301           getGroup().getName(),\r
 302           getGroup().getDescription(),\r
 303           "       Group Name",\r
 304           "Group Description",\r
 305           ap,\r
 306           "Edit Group Name / Description");\r
 307 \r
 308       if (dialog.accept)\r
 309       {\r
 310 \r
 311         getGroup().setName(dialog.getName().replace(' ', '_'));\r
 312         getGroup().setDescription(dialog.getDescription());\r
 313       }\r
 314 \r
 315     }\r
 316     else if (source == copy)\r
 317     {\r
 318       ap.alignFrame.copy_actionPerformed();\r
 319     }\r
 320     else if (source == cut)\r
 321     {\r
 322       ap.alignFrame.cut_actionPerformed();\r
 323     }\r
 324     else if (source == toUpper || source == toLower || source == toggleCase)\r
 325     {\r
 326       SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();\r
 327       Vector regions = new Vector();\r
 328       if (sg != null)\r
 329       {\r
 330         int start = sg.getStartRes();\r
 331         int end = sg.getEndRes() + 1;\r
 332 \r
 333         do\r
 334         {\r
 335           if (ap.av.hasHiddenColumns)\r
 336           {\r
 337             if (start == 0)\r
 338             {\r
 339               start = ap.av.colSel.adjustForHiddenColumns(start);\r
 340             }\r
 341 \r
 342             end = ap.av.colSel.getHiddenBoundaryRight(start);\r
 343             if (start == end)\r
 344             {\r
 345               end = sg.getEndRes() + 1;\r
 346             }\r
 347             if (end > sg.getEndRes())\r
 348             {\r
 349               end = sg.getEndRes() + 1;\r
 350             }\r
 351           }\r
 352 \r
 353           regions.addElement(new int[]\r
 354                              {start, end});\r
 355 \r
 356           if (ap.av.hasHiddenColumns)\r
 357           {\r
 358             start = ap.av.colSel.adjustForHiddenColumns(end);\r
 359             start = ap.av.colSel.getHiddenBoundaryLeft(start) + 1;\r
 360           }\r
 361         }\r
 362         while (end < sg.getEndRes());\r
 363 \r
 364         int[][] startEnd = new int[regions.size()][2];\r
 365         for (int i = 0; i < regions.size(); i++)\r
 366         {\r
 367           startEnd[i] = (int[]) regions.elementAt(i);\r
 368         }\r
 369 \r
 370         String description;\r
 371         int caseChange;\r
 372 \r
 373         if (source == toggleCase)\r
 374         {\r
 375           description = "Toggle Case";\r
 376           caseChange = ChangeCaseCommand.TOGGLE_CASE;\r
 377         }\r
 378         else if (source == toUpper)\r
 379         {\r
 380           description = "To Upper Case";\r
 381           caseChange = ChangeCaseCommand.TO_UPPER;\r
 382         }\r
 383         else\r
 384         {\r
 385           description = "To Lower Case";\r
 386           caseChange = ChangeCaseCommand.TO_LOWER;\r
 387         }\r
 388 \r
 389         ChangeCaseCommand caseCommand = new ChangeCaseCommand(\r
 390             description, sg.getSequencesAsArray(ap.av.hiddenRepSequences),\r
 391             startEnd, caseChange\r
 392             );\r
 393 \r
 394         ap.alignFrame.addHistoryItem(caseCommand);\r
 395 \r
 396         ap.av.firePropertyChange("alignment", null,\r
 397                                  ap.av.getAlignment().getSequences());\r
 398 \r
 399       }\r
 400     }\r
 401     else\r
 402     {\r
 403       outputText(evt);\r
 404     }\r
 405 \r
 406   }\r
 407 \r
 408   void outputText(ActionEvent e)\r
 409   {\r
 410     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(true, ap.alignFrame);\r
 411 \r
 412     Frame frame = new Frame();\r
 413     frame.add(cap);\r
 414     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame,\r
 415                                      "Selection output - " + e.getActionCommand(),\r
 416                                      600, 500);\r
 417 \r
 418     cap.setText(new jalview.io.AppletFormatAdapter().formatSequences(\r
 419         e.getActionCommand(),\r
 420         new Alignment(ap.av.getSelectionAsNewSequence()),\r
 421         ap.av.showJVSuffix));\r
 422 \r
 423   }\r
 424 \r
 425   void editName()\r
 426   {\r
 427     EditNameDialog dialog = new EditNameDialog(\r
 428         seq.getName(),\r
 429         seq.getDescription(),\r
 430         "       Sequence Name",\r
 431         "Sequence Description",\r
 432         ap,\r
 433         "Edit Sequence Name / Description");\r
 434 \r
 435     if (dialog.accept)\r
 436     {\r
 437       seq.setName(dialog.getName());\r
 438       seq.setDescription(dialog.getDescription());\r
 439       ap.paintAlignment(false);\r
 440     }\r
 441   }\r
 442 \r
 443   void addPDB()\r
 444   {\r
 445     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(true, ap.alignFrame);\r
 446     cap.setText("Paste your PDB file here.");\r
 447     cap.setPDBImport(seq);\r
 448     Frame frame = new Frame();\r
 449     frame.add(cap);\r
 450     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, "Paste PDB file ", 400, 300);\r
 451   }\r
 452 \r
 453   private void jbInit()\r
 454       throws Exception\r
 455   {\r
 456     groupMenu.setLabel("Group");\r
 457     groupMenu.setLabel("Selection");\r
 458 \r
 459     editGroupName.addActionListener(this);\r
 460     unGroupMenuItem.setLabel("Remove Group");\r
 461     unGroupMenuItem.addActionListener(this);\r
 462 \r
 463     nucleotideMenuItem.setLabel("Nucleotide");\r
 464     nucleotideMenuItem.addActionListener(this);\r
 465     conservationMenuItem.addItemListener(this);\r
 466     abovePIDColour.addItemListener(this);\r
 467     colourMenu.setLabel("Group Colour");\r
 468     showBoxes.setLabel("Boxes");\r
 469     showBoxes.setState(true);\r
 470     showBoxes.addItemListener(this);\r
 471     sequenceName.addActionListener(this);\r
 472 \r
 473     showText.setLabel("Text");\r
 474     showText.addItemListener(this);\r
 475     showColourText.setLabel("Colour Text");\r
 476     showColourText.addItemListener(this);\r
 477     outputmenu.setLabel("Output to Textbox...");\r
 478     seqMenu.setLabel("Sequence");\r
 479     pdb.setLabel("View PDB Structure");\r
 480     hideSeqs.setLabel("Hide Sequences");\r
 481     repGroup.setLabel("Represent Group with");\r
 482     revealAll.setLabel("Reveal All");\r
 483     menu1.setLabel("Group");\r
 484     add(groupMenu);\r
 485     this.add(seqMenu);\r
 486     this.add(hideSeqs);\r
 487     this.add(revealAll);\r
 488     groupMenu.add(editGroupName);\r
 489     groupMenu.add(editMenu);\r
 490     groupMenu.add(outputmenu);\r
 491     groupMenu.add(menu1);\r
 492     colourMenu.add(noColourmenuItem);\r
 493     colourMenu.add(clustalColour);\r
 494     colourMenu.add(BLOSUM62Colour);\r
 495     colourMenu.add(PIDColour);\r
 496     colourMenu.add(zappoColour);\r
 497     colourMenu.add(taylorColour);\r
 498     colourMenu.add(hydrophobicityColour);\r
 499     colourMenu.add(helixColour);\r
 500     colourMenu.add(strandColour);\r
 501     colourMenu.add(turnColour);\r
 502     colourMenu.add(buriedColour);\r
 503     colourMenu.add(nucleotideMenuItem);\r
 504     colourMenu.add(userDefinedColour);\r
 505     colourMenu.addSeparator();\r
 506     colourMenu.add(abovePIDColour);\r
 507     colourMenu.add(conservationMenuItem);\r
 508 \r
 509     noColourmenuItem.setLabel("None");\r
 510     noColourmenuItem.addActionListener(this);\r
 511 \r
 512     clustalColour.setLabel("Clustalx colours");\r
 513     clustalColour.addActionListener(this);\r
 514     zappoColour.setLabel("Zappo");\r
 515     zappoColour.addActionListener(this);\r
 516     taylorColour.setLabel("Taylor");\r
 517     taylorColour.addActionListener(this);\r
 518     hydrophobicityColour.setLabel("Hydrophobicity");\r
 519     hydrophobicityColour.addActionListener(this);\r
 520     helixColour.setLabel("Helix propensity");\r
 521     helixColour.addActionListener(this);\r
 522     strandColour.setLabel("Strand propensity");\r
 523     strandColour.addActionListener(this);\r
 524     turnColour.setLabel("Turn propensity");\r
 525     turnColour.addActionListener(this);\r
 526     buriedColour.setLabel("Buried Index");\r
 527     buriedColour.addActionListener(this);\r
 528     abovePIDColour.setLabel("Above % Identity");\r
 529 \r
 530     userDefinedColour.setLabel("User Defined");\r
 531     userDefinedColour.addActionListener(this);\r
 532     PIDColour.setLabel("Percentage Identity");\r
 533     PIDColour.addActionListener(this);\r
 534     BLOSUM62Colour.setLabel("BLOSUM62");\r
 535     BLOSUM62Colour.addActionListener(this);\r
 536     conservationMenuItem.setLabel("Conservation");\r
 537 \r
 538     editMenu.add(copy);\r
 539     copy.addActionListener(this);\r
 540     editMenu.add(cut);\r
 541     cut.addActionListener(this);\r
 542     editMenu.add(toUpper);\r
 543     toUpper.addActionListener(this);\r
 544     editMenu.add(toLower);\r
 545     toLower.addActionListener(this);\r
 546     editMenu.add(toggleCase);\r
 547     seqMenu.add(sequenceName);\r
 548     seqMenu.add(pdb);\r
 549     seqMenu.add(repGroup);\r
 550     menu1.add(unGroupMenuItem);\r
 551     menu1.add(colourMenu);\r
 552     menu1.add(showBoxes);\r
 553     menu1.add(showText);\r
 554     menu1.add(showColourText);\r
 555     toggleCase.addActionListener(this);\r
 556     pdb.addActionListener(this);\r
 557     hideSeqs.addActionListener(this);\r
 558     repGroup.addActionListener(this);\r
 559     revealAll.addActionListener(this);\r
 560   }\r
 561 \r
 562   void refresh()\r
 563   {\r
 564     ap.paintAlignment(true);\r
 565   }\r
 566 \r
 567   protected void clustalColour_actionPerformed()\r
 568   {\r
 569     SequenceGroup sg = getGroup();\r
 570     sg.cs = new ClustalxColourScheme(sg.getSequences(ap.av.hiddenRepSequences),\r
 571                                      ap.av.alignment.getWidth());\r
 572     refresh();\r
 573   }\r
 574 \r
 575   protected void zappoColour_actionPerformed()\r
 576   {\r
 577     getGroup().cs = new ZappoColourScheme();\r
 578     refresh();\r
 579   }\r
 580 \r
 581   protected void taylorColour_actionPerformed()\r
 582   {\r
 583     getGroup().cs = new TaylorColourScheme();\r
 584     refresh();\r
 585   }\r
 586 \r
 587   protected void hydrophobicityColour_actionPerformed()\r
 588   {\r
 589     getGroup().cs = new HydrophobicColourScheme();\r
 590     refresh();\r
 591   }\r
 592 \r
 593   protected void helixColour_actionPerformed()\r
 594   {\r
 595     getGroup().cs = new HelixColourScheme();\r
 596     refresh();\r
 597   }\r
 598 \r
 599   protected void strandColour_actionPerformed()\r
 600   {\r
 601     getGroup().cs = new StrandColourScheme();\r
 602     refresh();\r
 603   }\r
 604 \r
 605   protected void turnColour_actionPerformed()\r
 606   {\r
 607     getGroup().cs = new TurnColourScheme();\r
 608     refresh();\r
 609   }\r
 610 \r
 611   protected void buriedColour_actionPerformed()\r
 612   {\r
 613     getGroup().cs = new BuriedColourScheme();\r
 614     refresh();\r
 615   }\r
 616 \r
 617   public void nucleotideMenuItem_actionPerformed()\r
 618   {\r
 619     getGroup().cs = new NucleotideColourScheme();\r
 620     refresh();\r
 621   }\r
 622 \r
 623   protected void abovePIDColour_itemStateChanged()\r
 624   {\r
 625     SequenceGroup sg = getGroup();\r
 626     if (sg.cs == null)\r
 627     {\r
 628       return;\r
 629     }\r
 630 \r
 631     if (abovePIDColour.getState())\r
 632     {\r
 633       sg.cs.setConsensus(AAFrequency.calculate(sg.getSequences(ap.av.\r
 634           hiddenRepSequences), 0,\r
 635                                                ap.av.alignment.getWidth()));\r
 636       int threshold = SliderPanel.setPIDSliderSource(ap, sg.cs,\r
 637           getGroup().getName());\r
 638 \r
 639       sg.cs.setThreshold(threshold, ap.av.getIgnoreGapsConsensus());\r
 640 \r
 641       SliderPanel.showPIDSlider();\r
 642 \r
 643     }\r
 644     else // remove PIDColouring\r
 645     {\r
 646       sg.cs.setThreshold(0, ap.av.getIgnoreGapsConsensus());\r
 647     }\r
 648 \r
 649     refresh();\r
 650 \r
 651   }\r
 652 \r
 653   protected void userDefinedColour_actionPerformed()\r
 654   {\r
 655     new UserDefinedColours(ap, getGroup());\r
 656   }\r
 657 \r
 658   protected void PIDColour_actionPerformed()\r
 659   {\r
 660     SequenceGroup sg = getGroup();\r
 661     sg.cs = new PIDColourScheme();\r
 662     sg.cs.setConsensus(AAFrequency.calculate(sg.getSequences(ap.av.\r
 663         hiddenRepSequences), 0,\r
 664                                              ap.av.alignment.getWidth()));\r
 665     refresh();\r
 666   }\r
 667 \r
 668   protected void BLOSUM62Colour_actionPerformed()\r
 669   {\r
 670     SequenceGroup sg = getGroup();\r
 671 \r
 672     sg.cs = new Blosum62ColourScheme();\r
 673 \r
 674     sg.cs.setConsensus(AAFrequency.calculate(sg.getSequences(ap.av.\r
 675         hiddenRepSequences), 0,\r
 676                                              ap.av.alignment.getWidth()));\r
 677 \r
 678     refresh();\r
 679   }\r
 680 \r
 681   protected void noColourmenuItem_actionPerformed()\r
 682   {\r
 683     getGroup().cs = null;\r
 684     refresh();\r
 685   }\r
 686 \r
 687   protected void conservationMenuItem_itemStateChanged()\r
 688   {\r
 689     SequenceGroup sg = getGroup();\r
 690     if (sg.cs == null)\r
 691     {\r
 692       return;\r
 693     }\r
 694 \r
 695     if (conservationMenuItem.getState())\r
 696     {\r
 697 \r
 698       Conservation c = new Conservation("Group",\r
 699                                         ResidueProperties.propHash, 3,\r
 700                                         sg.getSequences(ap.av.\r
 701           hiddenRepSequences), 0,\r
 702                                         ap.av.alignment.getWidth());\r
 703 \r
 704       c.calculate();\r
 705       c.verdict(false, ap.av.ConsPercGaps);\r
 706 \r
 707       sg.cs.setConservation(c);\r
 708 \r
 709       SliderPanel.setConservationSlider(ap, sg.cs, sg.getName());\r
 710       SliderPanel.showConservationSlider();\r
 711     }\r
 712     else // remove ConservationColouring\r
 713     {\r
 714       sg.cs.setConservation(null);\r
 715     }\r
 716 \r
 717     refresh();\r
 718   }\r
 719 \r
 720   SequenceGroup getGroup()\r
 721   {\r
 722     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();\r
 723 \r
 724     // this method won't add a new group if it already exists\r
 725     if (sg != null)\r
 726     {\r
 727       ap.av.alignment.addGroup(sg);\r
 728     }\r
 729 \r
 730     return sg;\r
 731   }\r
 732 \r
 733   void unGroupMenuItem_actionPerformed()\r
 734   {\r
 735     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();\r
 736     ap.av.alignment.deleteGroup(sg);\r
 737     ap.av.setSelectionGroup(null);\r
 738     ap.paintAlignment(true);\r
 739   }\r
 740 \r
 741   public void showColourText_itemStateChanged()\r
 742   {\r
 743     getGroup().setColourText(showColourText.getState());\r
 744     refresh();\r
 745   }\r
 746 \r
 747   public void showText_itemStateChanged()\r
 748   {\r
 749     getGroup().setDisplayText(showText.getState());\r
 750     refresh();\r
 751   }\r
 752 \r
 753   public void showBoxes_itemStateChanged()\r
 754   {\r
 755     getGroup().setDisplayBoxes(showBoxes.getState());\r
 756     refresh();\r
 757   }\r
 758 \r
 759   void hideSequences(boolean representGroup)\r
 760   {\r
 761     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();\r
 762     if (sg == null || sg.getSize() < 1)\r
 763     {\r
 764       ap.av.hideSequence(new SequenceI[]\r
 765                          {seq});\r
 766       return;\r
 767     }\r
 768 \r
 769     ap.av.setSelectionGroup(null);\r
 770 \r
 771     if (representGroup)\r
 772     {\r
 773       ap.av.hideRepSequences(seq, sg);\r
 774 \r
 775       return;\r
 776     }\r
 777 \r
 778     int gsize = sg.getSize();\r
 779     SequenceI[] hseqs;\r
 780 \r
 781     hseqs = new SequenceI[gsize];\r
 782 \r
 783     int index = 0;\r
 784     for (int i = 0; i < gsize; i++)\r
 785     {\r
 786       hseqs[index++] = sg.getSequenceAt(i);\r
 787     }\r
 788 \r
 789     ap.av.hideSequence(hseqs);\r
 790   }\r
 791 \r
 792 }\r