src/jalview/appletgui/APopupMenu.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2007 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 \r
  20 package jalview.appletgui;\r
  21 \r
  22 import java.util.*;\r
  23 \r
  24 import java.awt.*;\r
  25 import java.awt.event.*;\r
  26 \r
  27 import jalview.analysis.*;\r
  28 import jalview.commands.*;\r
  29 import jalview.datamodel.*;\r
  30 import jalview.schemes.*;\r
  31 import jalview.io.AppletFormatAdapter;\r
  32 \r
  33 public class APopupMenu\r
  34     extends java.awt.PopupMenu implements ActionListener, ItemListener\r
  35 {\r
  36   Menu groupMenu = new Menu();\r
  37   MenuItem editGroupName = new MenuItem();\r
  38   protected MenuItem clustalColour = new MenuItem();\r
  39   protected MenuItem zappoColour = new MenuItem();\r
  40   protected MenuItem taylorColour = new MenuItem();\r
  41   protected MenuItem hydrophobicityColour = new MenuItem();\r
  42   protected MenuItem helixColour = new MenuItem();\r
  43   protected MenuItem strandColour = new MenuItem();\r
  44   protected MenuItem turnColour = new MenuItem();\r
  45   protected MenuItem buriedColour = new MenuItem();\r
  46   protected CheckboxMenuItem abovePIDColour = new CheckboxMenuItem();\r
  47   protected MenuItem userDefinedColour = new MenuItem();\r
  48   protected MenuItem PIDColour = new MenuItem();\r
  49   protected MenuItem BLOSUM62Colour = new MenuItem();\r
  50   MenuItem noColourmenuItem = new MenuItem();\r
  51   protected CheckboxMenuItem conservationMenuItem = new CheckboxMenuItem();\r
  52 \r
  53   final AlignmentPanel ap;\r
  54   MenuItem unGroupMenuItem = new MenuItem();\r
  55   MenuItem nucleotideMenuItem = new MenuItem();\r
  56   Menu colourMenu = new Menu();\r
  57   CheckboxMenuItem showBoxes = new CheckboxMenuItem();\r
  58   CheckboxMenuItem showText = new CheckboxMenuItem();\r
  59   CheckboxMenuItem showColourText = new CheckboxMenuItem();\r
  60   Menu editMenu = new Menu("Edit");\r
  61   MenuItem copy = new MenuItem("Copy (Jalview Only)");\r
  62   MenuItem cut = new MenuItem("Cut (Jalview Only)");\r
  63   MenuItem toUpper = new MenuItem("To Upper Case");\r
  64   MenuItem toLower = new MenuItem("To Lower Case");\r
  65   MenuItem toggleCase = new MenuItem("Toggle Case");\r
  66   Menu outputmenu = new Menu();\r
  67   Menu seqMenu = new Menu();\r
  68   MenuItem pdb = new MenuItem();\r
  69   MenuItem hideSeqs = new MenuItem();\r
  70   MenuItem repGroup = new MenuItem();\r
  71   MenuItem sequenceName = new MenuItem("Edit Name/Description");\r
  72   MenuItem sequenceFeature = new MenuItem("Create Sequence Feature");\r
  73 \r
  74   Sequence seq;\r
  75   MenuItem revealAll = new MenuItem();\r
  76   Menu menu1 = new Menu();\r
  77 \r
  78   public APopupMenu(AlignmentPanel apanel, final Sequence seq, Vector links)\r
  79   {\r
  80     ///////////////////////////////////////////////////////////\r
  81     // If this is activated from the sequence panel, the user may want to\r
  82     // edit or annotate a particular residue. Therefore display the residue menu\r
  83     //\r
  84     // If from the IDPanel, we must display the sequence menu\r
  85     //////////////////////////////////////////////////////////\r
  86 \r
  87     this.ap = apanel;\r
  88     this.seq = seq;\r
  89 \r
  90     try\r
  91     {\r
  92       jbInit();\r
  93     }\r
  94     catch (Exception e)\r
  95     {\r
  96       e.printStackTrace();\r
  97     }\r
  98 \r
  99     for (int i = 0; i < jalview.io.AppletFormatAdapter.WRITEABLE_FORMATS.length;\r
 100          i++)\r
 101     {\r
 102       MenuItem item = new MenuItem(jalview.io.AppletFormatAdapter.\r
 103                                    WRITEABLE_FORMATS[i]);\r
 104 \r
 105       item.addActionListener(this);\r
 106       outputmenu.add(item);\r
 107     }\r
 108 \r
 109     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();\r
 110 \r
 111     if (sg != null && sg.getSize() > 0)\r
 112     {\r
 113       editGroupName.setLabel(sg.getName());\r
 114       showText.setState(sg.getDisplayText());\r
 115       showColourText.setState(sg.getColourText());\r
 116       showBoxes.setState(sg.getDisplayBoxes());\r
 117       if (!ap.av.alignment.getGroups().contains(sg))\r
 118       {\r
 119         groupMenu.remove(unGroupMenuItem);\r
 120       }\r
 121 \r
 122     }\r
 123     else\r
 124     {\r
 125       remove(hideSeqs);\r
 126       remove(groupMenu);\r
 127     }\r
 128 \r
 129     if (links != null)\r
 130     {\r
 131       Menu linkMenu = new Menu("Link");\r
 132       MenuItem item;\r
 133       String link;\r
 134       for (int i = 0; i < links.size(); i++)\r
 135       {\r
 136         link = links.elementAt(i).toString();\r
 137         final String target = link.substring(0, link.indexOf("|"));\r
 138         item = new MenuItem(target);\r
 139 \r
 140         final String url;\r
 141 \r
 142         if (link.indexOf("$SEQUENCE_ID$") > -1)\r
 143         {\r
 144           String id = seq.getName();\r
 145           if (id.indexOf("|") > -1)\r
 146           {\r
 147             id = id.substring(id.lastIndexOf("|") + 1);\r
 148           }\r
 149 \r
 150           url = link.substring(link.indexOf("|") + 1,\r
 151                                link.indexOf("$SEQUENCE_ID$"))\r
 152               + id +\r
 153               link.substring(link.indexOf("$SEQUENCE_ID$") + 13);\r
 154         }\r
 155         else\r
 156         {\r
 157           url = link.substring(link.lastIndexOf("|") + 1);\r
 158         }\r
 159 \r
 160         item.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()\r
 161         {\r
 162           public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 163           {\r
 164             ap.alignFrame.showURL(url, target);\r
 165           }\r
 166         });\r
 167         linkMenu.add(item);\r
 168       }\r
 169       if (seq != null)\r
 170       {\r
 171         seqMenu.add(linkMenu);\r
 172       }\r
 173       else\r
 174       {\r
 175         add(linkMenu);\r
 176       }\r
 177     }\r
 178     if (seq != null)\r
 179     {\r
 180       seqMenu.setLabel(seq.getName());\r
 181       repGroup.setLabel("Represent Group with " + seq.getName());\r
 182     }\r
 183     else\r
 184     {\r
 185       remove(seqMenu);\r
 186     }\r
 187 \r
 188     if (!ap.av.hasHiddenRows)\r
 189     {\r
 190       remove(revealAll);\r
 191     }\r
 192   }\r
 193 \r
 194   public void itemStateChanged(ItemEvent evt)\r
 195   {\r
 196     if (evt.getSource() == abovePIDColour)\r
 197     {\r
 198       abovePIDColour_itemStateChanged();\r
 199     }\r
 200     else if (evt.getSource() == showColourText)\r
 201     {\r
 202       showColourText_itemStateChanged();\r
 203     }\r
 204     else if (evt.getSource() == showText)\r
 205     {\r
 206       showText_itemStateChanged();\r
 207     }\r
 208     else if (evt.getSource() == showBoxes)\r
 209     {\r
 210       showBoxes_itemStateChanged();\r
 211     }\r
 212   }\r
 213 \r
 214   public void actionPerformed(ActionEvent evt)\r
 215   {\r
 216     Object source = evt.getSource();\r
 217     if (source == clustalColour)\r
 218     {\r
 219       clustalColour_actionPerformed();\r
 220     }\r
 221     else if (source == zappoColour)\r
 222     {\r
 223       zappoColour_actionPerformed();\r
 224     }\r
 225     else if (source == taylorColour)\r
 226     {\r
 227       taylorColour_actionPerformed();\r
 228     }\r
 229     else if (source == hydrophobicityColour)\r
 230     {\r
 231       hydrophobicityColour_actionPerformed();\r
 232     }\r
 233     else if (source == helixColour)\r
 234     {\r
 235       helixColour_actionPerformed();\r
 236     }\r
 237     else if (source == strandColour)\r
 238     {\r
 239       strandColour_actionPerformed();\r
 240     }\r
 241     else if (source == turnColour)\r
 242     {\r
 243       turnColour_actionPerformed();\r
 244     }\r
 245     else if (source == buriedColour)\r
 246     {\r
 247       buriedColour_actionPerformed();\r
 248     }\r
 249     else if (source == nucleotideMenuItem)\r
 250     {\r
 251       nucleotideMenuItem_actionPerformed();\r
 252     }\r
 253 \r
 254     else if (source == userDefinedColour)\r
 255     {\r
 256       userDefinedColour_actionPerformed();\r
 257     }\r
 258     else if (source == PIDColour)\r
 259     {\r
 260       PIDColour_actionPerformed();\r
 261     }\r
 262     else if (source == BLOSUM62Colour)\r
 263     {\r
 264       BLOSUM62Colour_actionPerformed();\r
 265     }\r
 266     else if (source == noColourmenuItem)\r
 267     {\r
 268       noColourmenuItem_actionPerformed();\r
 269     }\r
 270     else if (source == conservationMenuItem)\r
 271     {\r
 272       conservationMenuItem_itemStateChanged();\r
 273     }\r
 274     else if (source == unGroupMenuItem)\r
 275     {\r
 276       unGroupMenuItem_actionPerformed();\r
 277     }\r
 278 \r
 279     else if (source == sequenceName)\r
 280     {\r
 281       editName();\r
 282     }\r
 283     else if (source == pdb)\r
 284     {\r
 285       addPDB();\r
 286     }\r
 287     else if (source == hideSeqs)\r
 288     {\r
 289       hideSequences(false);\r
 290     }\r
 291     else if (source == repGroup)\r
 292     {\r
 293       hideSequences(true);\r
 294     }\r
 295     else if (source == revealAll)\r
 296     {\r
 297       ap.av.showAllHiddenSeqs();\r
 298     }\r
 299 \r
 300     else if (source == editGroupName)\r
 301     {\r
 302       EditNameDialog dialog = new EditNameDialog(\r
 303           getGroup().getName(),\r
 304           getGroup().getDescription(),\r
 305           "       Group Name",\r
 306           "Group Description",\r
 307           ap.alignFrame,\r
 308           "Edit Group Name / Description",\r
 309           500,100);\r
 310 \r
 311       if (dialog.accept)\r
 312       {\r
 313 \r
 314         getGroup().setName(dialog.getName().replace(' ', '_'));\r
 315         getGroup().setDescription(dialog.getDescription());\r
 316       }\r
 317 \r
 318     }\r
 319     else if (source == copy)\r
 320     {\r
 321       ap.alignFrame.copy_actionPerformed();\r
 322     }\r
 323     else if (source == cut)\r
 324     {\r
 325       ap.alignFrame.cut_actionPerformed();\r
 326     }\r
 327     else if (source == toUpper || source == toLower || source == toggleCase)\r
 328     {\r
 329       SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();\r
 330       Vector regions = new Vector();\r
 331       if (sg != null)\r
 332       {\r
 333         int start = sg.getStartRes();\r
 334         int end = sg.getEndRes() + 1;\r
 335 \r
 336         do\r
 337         {\r
 338           if (ap.av.hasHiddenColumns)\r
 339           {\r
 340             if (start == 0)\r
 341             {\r
 342               start = ap.av.colSel.adjustForHiddenColumns(start);\r
 343             }\r
 344 \r
 345             end = ap.av.colSel.getHiddenBoundaryRight(start);\r
 346             if (start == end)\r
 347             {\r
 348               end = sg.getEndRes() + 1;\r
 349             }\r
 350             if (end > sg.getEndRes())\r
 351             {\r
 352               end = sg.getEndRes() + 1;\r
 353             }\r
 354           }\r
 355 \r
 356           regions.addElement(new int[]\r
 357                              {start, end});\r
 358 \r
 359           if (ap.av.hasHiddenColumns)\r
 360           {\r
 361             start = ap.av.colSel.adjustForHiddenColumns(end);\r
 362             start = ap.av.colSel.getHiddenBoundaryLeft(start) + 1;\r
 363           }\r
 364         }\r
 365         while (end < sg.getEndRes());\r
 366 \r
 367         int[][] startEnd = new int[regions.size()][2];\r
 368         for (int i = 0; i < regions.size(); i++)\r
 369         {\r
 370           startEnd[i] = (int[]) regions.elementAt(i);\r
 371         }\r
 372 \r
 373         String description;\r
 374         int caseChange;\r
 375 \r
 376         if (source == toggleCase)\r
 377         {\r
 378           description = "Toggle Case";\r
 379           caseChange = ChangeCaseCommand.TOGGLE_CASE;\r
 380         }\r
 381         else if (source == toUpper)\r
 382         {\r
 383           description = "To Upper Case";\r
 384           caseChange = ChangeCaseCommand.TO_UPPER;\r
 385         }\r
 386         else\r
 387         {\r
 388           description = "To Lower Case";\r
 389           caseChange = ChangeCaseCommand.TO_LOWER;\r
 390         }\r
 391 \r
 392         ChangeCaseCommand caseCommand = new ChangeCaseCommand(\r
 393             description, sg.getSequencesAsArray(ap.av.hiddenRepSequences),\r
 394             startEnd, caseChange\r
 395             );\r
 396 \r
 397         ap.alignFrame.addHistoryItem(caseCommand);\r
 398 \r
 399         ap.av.firePropertyChange("alignment", null,\r
 400                                  ap.av.getAlignment().getSequences());\r
 401 \r
 402       }\r
 403     }\r
 404     else if(source == sequenceFeature)\r
 405     {\r
 406       SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();\r
 407       if (sg == null)\r
 408       {\r
 409         return;\r
 410       }\r
 411 \r
 412       int gSize = sg.getSize();\r
 413       SequenceI[] seqs = new SequenceI[gSize];\r
 414       SequenceFeature[] features = new SequenceFeature[gSize];\r
 415 \r
 416       for (int i = 0; i < gSize; i++)\r
 417       {\r
 418         seqs[i] = sg.getSequenceAt(i);\r
 419         int start = sg.getSequenceAt(i).findPosition(sg.getStartRes());\r
 420         int end = sg.findEndRes(sg.getSequenceAt(i));\r
 421         features[i] = new SequenceFeature(null, null, null, start, end,\r
 422                                           "Jalview");\r
 423       }\r
 424 \r
 425       if (ap.seqPanel.seqCanvas.getFeatureRenderer()\r
 426           .createNewFeatures(seqs, features, ap))\r
 427       {\r
 428         ap.alignFrame.sequenceFeatures.setState(true);\r
 429         ap.av.showSequenceFeatures(true);\r
 430         ap.highlightSearchResults(null);\r
 431       }\r
 432     }\r
 433     else\r
 434     {\r
 435       outputText(evt);\r
 436     }\r
 437 \r
 438   }\r
 439 \r
 440   void outputText(ActionEvent e)\r
 441   {\r
 442     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(true, ap.alignFrame);\r
 443 \r
 444     Frame frame = new Frame();\r
 445     frame.add(cap);\r
 446     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame,\r
 447                                      "Selection output - " + e.getActionCommand(),\r
 448                                      600, 500);\r
 449 \r
 450     cap.setText(new jalview.io.AppletFormatAdapter().formatSequences(\r
 451         e.getActionCommand(),\r
 452         new Alignment(ap.av.getSelectionAsNewSequence()),\r
 453         ap.av.showJVSuffix));\r
 454 \r
 455   }\r
 456 \r
 457   void editName()\r
 458   {\r
 459     EditNameDialog dialog = new EditNameDialog(\r
 460         seq.getName(),\r
 461         seq.getDescription(),\r
 462         "       Sequence Name",\r
 463         "Sequence Description",\r
 464         ap.alignFrame,\r
 465         "Edit Sequence Name / Description",\r
 466         500,100);\r
 467 \r
 468     if (dialog.accept)\r
 469     {\r
 470       seq.setName(dialog.getName());\r
 471       seq.setDescription(dialog.getDescription());\r
 472       ap.paintAlignment(false);\r
 473     }\r
 474   }\r
 475 \r
 476   void addPDB()\r
 477   {\r
 478     if(seq.getPDBId()!=null)\r
 479     {\r
 480       PDBEntry entry = (PDBEntry)seq.getPDBId().firstElement();\r
 481 \r
 482       if ( ap.av.applet.jmolAvailable )\r
 483        new jalview.appletgui.AppletJmol(entry,\r
 484                                         new Sequence[]\r
 485                                         {seq},\r
 486                                         ap,\r
 487                                         AppletFormatAdapter.URL);\r
 488      else\r
 489 \r
 490        new MCview.AppletPDBViewer(entry,\r
 491                                   new Sequence[]\r
 492                                   {seq},\r
 493                                   ap,\r
 494                                   AppletFormatAdapter.URL);\r
 495 \r
 496     }\r
 497     else\r
 498     {\r
 499       CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(true, ap.alignFrame);\r
 500       cap.setText("Paste your PDB file here.");\r
 501       cap.setPDBImport(seq);\r
 502       Frame frame = new Frame();\r
 503       frame.add(cap);\r
 504       jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, "Paste PDB file ", 400, 300);\r
 505     }\r
 506   }\r
 507 \r
 508   private void jbInit()\r
 509       throws Exception\r
 510   {\r
 511     groupMenu.setLabel("Group");\r
 512     groupMenu.setLabel("Selection");\r
 513     sequenceFeature.addActionListener(this);\r
 514 \r
 515     editGroupName.addActionListener(this);\r
 516     unGroupMenuItem.setLabel("Remove Group");\r
 517     unGroupMenuItem.addActionListener(this);\r
 518 \r
 519     nucleotideMenuItem.setLabel("Nucleotide");\r
 520     nucleotideMenuItem.addActionListener(this);\r
 521     conservationMenuItem.addItemListener(this);\r
 522     abovePIDColour.addItemListener(this);\r
 523     colourMenu.setLabel("Group Colour");\r
 524     showBoxes.setLabel("Boxes");\r
 525     showBoxes.setState(true);\r
 526     showBoxes.addItemListener(this);\r
 527     sequenceName.addActionListener(this);\r
 528 \r
 529     showText.setLabel("Text");\r
 530     showText.addItemListener(this);\r
 531     showColourText.setLabel("Colour Text");\r
 532     showColourText.addItemListener(this);\r
 533     outputmenu.setLabel("Output to Textbox...");\r
 534     seqMenu.setLabel("Sequence");\r
 535     pdb.setLabel("View PDB Structure");\r
 536     hideSeqs.setLabel("Hide Sequences");\r
 537     repGroup.setLabel("Represent Group with");\r
 538     revealAll.setLabel("Reveal All");\r
 539     menu1.setLabel("Group");\r
 540     add(groupMenu);\r
 541     this.add(seqMenu);\r
 542     this.add(hideSeqs);\r
 543     this.add(revealAll);\r
 544     groupMenu.add(editGroupName);\r
 545     groupMenu.add(editMenu);\r
 546     groupMenu.add(outputmenu);\r
 547     groupMenu.add(sequenceFeature);\r
 548     groupMenu.add(menu1);\r
 549 \r
 550     colourMenu.add(noColourmenuItem);\r
 551     colourMenu.add(clustalColour);\r
 552     colourMenu.add(BLOSUM62Colour);\r
 553     colourMenu.add(PIDColour);\r
 554     colourMenu.add(zappoColour);\r
 555     colourMenu.add(taylorColour);\r
 556     colourMenu.add(hydrophobicityColour);\r
 557     colourMenu.add(helixColour);\r
 558     colourMenu.add(strandColour);\r
 559     colourMenu.add(turnColour);\r
 560     colourMenu.add(buriedColour);\r
 561     colourMenu.add(nucleotideMenuItem);\r
 562     colourMenu.add(userDefinedColour);\r
 563     colourMenu.addSeparator();\r
 564     colourMenu.add(abovePIDColour);\r
 565     colourMenu.add(conservationMenuItem);\r
 566 \r
 567     noColourmenuItem.setLabel("None");\r
 568     noColourmenuItem.addActionListener(this);\r
 569 \r
 570     clustalColour.setLabel("Clustalx colours");\r
 571     clustalColour.addActionListener(this);\r
 572     zappoColour.setLabel("Zappo");\r
 573     zappoColour.addActionListener(this);\r
 574     taylorColour.setLabel("Taylor");\r
 575     taylorColour.addActionListener(this);\r
 576     hydrophobicityColour.setLabel("Hydrophobicity");\r
 577     hydrophobicityColour.addActionListener(this);\r
 578     helixColour.setLabel("Helix propensity");\r
 579     helixColour.addActionListener(this);\r
 580     strandColour.setLabel("Strand propensity");\r
 581     strandColour.addActionListener(this);\r
 582     turnColour.setLabel("Turn propensity");\r
 583     turnColour.addActionListener(this);\r
 584     buriedColour.setLabel("Buried Index");\r
 585     buriedColour.addActionListener(this);\r
 586     abovePIDColour.setLabel("Above % Identity");\r
 587 \r
 588     userDefinedColour.setLabel("User Defined");\r
 589     userDefinedColour.addActionListener(this);\r
 590     PIDColour.setLabel("Percentage Identity");\r
 591     PIDColour.addActionListener(this);\r
 592     BLOSUM62Colour.setLabel("BLOSUM62");\r
 593     BLOSUM62Colour.addActionListener(this);\r
 594     conservationMenuItem.setLabel("Conservation");\r
 595 \r
 596     editMenu.add(copy);\r
 597     copy.addActionListener(this);\r
 598     editMenu.add(cut);\r
 599     cut.addActionListener(this);\r
 600     editMenu.add(toUpper);\r
 601     toUpper.addActionListener(this);\r
 602     editMenu.add(toLower);\r
 603     toLower.addActionListener(this);\r
 604     editMenu.add(toggleCase);\r
 605     seqMenu.add(sequenceName);\r
 606     seqMenu.add(pdb);\r
 607     seqMenu.add(repGroup);\r
 608     menu1.add(unGroupMenuItem);\r
 609     menu1.add(colourMenu);\r
 610     menu1.add(showBoxes);\r
 611     menu1.add(showText);\r
 612     menu1.add(showColourText);\r
 613     toggleCase.addActionListener(this);\r
 614     pdb.addActionListener(this);\r
 615     hideSeqs.addActionListener(this);\r
 616     repGroup.addActionListener(this);\r
 617     revealAll.addActionListener(this);\r
 618   }\r
 619 \r
 620   void refresh()\r
 621   {\r
 622     ap.paintAlignment(true);\r
 623   }\r
 624 \r
 625   protected void clustalColour_actionPerformed()\r
 626   {\r
 627     SequenceGroup sg = getGroup();\r
 628     sg.cs = new ClustalxColourScheme(sg.getSequences(ap.av.hiddenRepSequences),\r
 629                                      ap.av.alignment.getWidth());\r
 630     refresh();\r
 631   }\r
 632 \r
 633   protected void zappoColour_actionPerformed()\r
 634   {\r
 635     getGroup().cs = new ZappoColourScheme();\r
 636     refresh();\r
 637   }\r
 638 \r
 639   protected void taylorColour_actionPerformed()\r
 640   {\r
 641     getGroup().cs = new TaylorColourScheme();\r
 642     refresh();\r
 643   }\r
 644 \r
 645   protected void hydrophobicityColour_actionPerformed()\r
 646   {\r
 647     getGroup().cs = new HydrophobicColourScheme();\r
 648     refresh();\r
 649   }\r
 650 \r
 651   protected void helixColour_actionPerformed()\r
 652   {\r
 653     getGroup().cs = new HelixColourScheme();\r
 654     refresh();\r
 655   }\r
 656 \r
 657   protected void strandColour_actionPerformed()\r
 658   {\r
 659     getGroup().cs = new StrandColourScheme();\r
 660     refresh();\r
 661   }\r
 662 \r
 663   protected void turnColour_actionPerformed()\r
 664   {\r
 665     getGroup().cs = new TurnColourScheme();\r
 666     refresh();\r
 667   }\r
 668 \r
 669   protected void buriedColour_actionPerformed()\r
 670   {\r
 671     getGroup().cs = new BuriedColourScheme();\r
 672     refresh();\r
 673   }\r
 674 \r
 675   public void nucleotideMenuItem_actionPerformed()\r
 676   {\r
 677     getGroup().cs = new NucleotideColourScheme();\r
 678     refresh();\r
 679   }\r
 680 \r
 681   protected void abovePIDColour_itemStateChanged()\r
 682   {\r
 683     SequenceGroup sg = getGroup();\r
 684     if (sg.cs == null)\r
 685     {\r
 686       return;\r
 687     }\r
 688 \r
 689     if (abovePIDColour.getState())\r
 690     {\r
 691       sg.cs.setConsensus(AAFrequency.calculate(sg.getSequences(ap.av.\r
 692           hiddenRepSequences), 0,\r
 693                                                ap.av.alignment.getWidth()));\r
 694       int threshold = SliderPanel.setPIDSliderSource(ap, sg.cs,\r
 695           getGroup().getName());\r
 696 \r
 697       sg.cs.setThreshold(threshold, ap.av.getIgnoreGapsConsensus());\r
 698 \r
 699       SliderPanel.showPIDSlider();\r
 700 \r
 701     }\r
 702     else // remove PIDColouring\r
 703     {\r
 704       sg.cs.setThreshold(0, ap.av.getIgnoreGapsConsensus());\r
 705     }\r
 706 \r
 707     refresh();\r
 708 \r
 709   }\r
 710 \r
 711   protected void userDefinedColour_actionPerformed()\r
 712   {\r
 713     new UserDefinedColours(ap, getGroup());\r
 714   }\r
 715 \r
 716   protected void PIDColour_actionPerformed()\r
 717   {\r
 718     SequenceGroup sg = getGroup();\r
 719     sg.cs = new PIDColourScheme();\r
 720     sg.cs.setConsensus(AAFrequency.calculate(sg.getSequences(ap.av.\r
 721         hiddenRepSequences), 0,\r
 722                                              ap.av.alignment.getWidth()));\r
 723     refresh();\r
 724   }\r
 725 \r
 726   protected void BLOSUM62Colour_actionPerformed()\r
 727   {\r
 728     SequenceGroup sg = getGroup();\r
 729 \r
 730     sg.cs = new Blosum62ColourScheme();\r
 731 \r
 732     sg.cs.setConsensus(AAFrequency.calculate(sg.getSequences(ap.av.\r
 733         hiddenRepSequences), 0,\r
 734                                              ap.av.alignment.getWidth()));\r
 735 \r
 736     refresh();\r
 737   }\r
 738 \r
 739   protected void noColourmenuItem_actionPerformed()\r
 740   {\r
 741     getGroup().cs = null;\r
 742     refresh();\r
 743   }\r
 744 \r
 745   protected void conservationMenuItem_itemStateChanged()\r
 746   {\r
 747     SequenceGroup sg = getGroup();\r
 748     if (sg.cs == null)\r
 749     {\r
 750       return;\r
 751     }\r
 752 \r
 753     if (conservationMenuItem.getState())\r
 754     {\r
 755 \r
 756       Conservation c = new Conservation("Group",\r
 757                                         ResidueProperties.propHash, 3,\r
 758                                         sg.getSequences(ap.av.\r
 759           hiddenRepSequences), 0,\r
 760                                         ap.av.alignment.getWidth());\r
 761 \r
 762       c.calculate();\r
 763       c.verdict(false, ap.av.ConsPercGaps);\r
 764 \r
 765       sg.cs.setConservation(c);\r
 766 \r
 767       SliderPanel.setConservationSlider(ap, sg.cs, sg.getName());\r
 768       SliderPanel.showConservationSlider();\r
 769     }\r
 770     else // remove ConservationColouring\r
 771     {\r
 772       sg.cs.setConservation(null);\r
 773     }\r
 774 \r
 775     refresh();\r
 776   }\r
 777 \r
 778   SequenceGroup getGroup()\r
 779   {\r
 780     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();\r
 781 \r
 782     // this method won't add a new group if it already exists\r
 783     if (sg != null)\r
 784     {\r
 785       ap.av.alignment.addGroup(sg);\r
 786     }\r
 787 \r
 788     return sg;\r
 789   }\r
 790 \r
 791   void unGroupMenuItem_actionPerformed()\r
 792   {\r
 793     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();\r
 794     ap.av.alignment.deleteGroup(sg);\r
 795     ap.av.setSelectionGroup(null);\r
 796     ap.paintAlignment(true);\r
 797   }\r
 798 \r
 799   public void showColourText_itemStateChanged()\r
 800   {\r
 801     getGroup().setColourText(showColourText.getState());\r
 802     refresh();\r
 803   }\r
 804 \r
 805   public void showText_itemStateChanged()\r
 806   {\r
 807     getGroup().setDisplayText(showText.getState());\r
 808     refresh();\r
 809   }\r
 810 \r
 811   public void showBoxes_itemStateChanged()\r
 812   {\r
 813     getGroup().setDisplayBoxes(showBoxes.getState());\r
 814     refresh();\r
 815   }\r
 816 \r
 817   void hideSequences(boolean representGroup)\r
 818   {\r
 819     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();\r
 820     if (sg == null || sg.getSize() < 1)\r
 821     {\r
 822       ap.av.hideSequence(new SequenceI[]\r
 823                          {seq});\r
 824       return;\r
 825     }\r
 826 \r
 827     ap.av.setSelectionGroup(null);\r
 828 \r
 829     if (representGroup)\r
 830     {\r
 831       ap.av.hideRepSequences(seq, sg);\r
 832 \r
 833       return;\r
 834     }\r
 835 \r
 836     int gsize = sg.getSize();\r
 837     SequenceI[] hseqs;\r
 838 \r
 839     hseqs = new SequenceI[gsize];\r
 840 \r
 841     int index = 0;\r
 842     for (int i = 0; i < gsize; i++)\r
 843     {\r
 844       hseqs[index++] = sg.getSequenceAt(i);\r
 845     }\r
 846 \r
 847     ap.av.hideSequence(hseqs);\r
 848   }\r
 849 \r
 850 }\r