elementAt instead of get for 1.1 compatibility
[jalview.git] / src / jalview / appletgui / APopupMenu.java
1 /*\r
2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
4  *\r
5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
9  *\r
10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
13  * GNU General Public License for more details.\r
14  *\r
15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
18  */\r
19 \r
20 package jalview.appletgui;\r
21 \r
22 import java.awt.*;\r
23 import java.awt.event.*;\r
24 import java.util.Vector;\r
25 \r
26 import jalview.analysis.*;\r
27 import jalview.datamodel.*;\r
28 import jalview.schemes.*;\r
29 \r
30 public class APopupMenu\r
31     extends java.awt.PopupMenu implements ActionListener, ItemListener\r
32 {\r
33   Menu groupMenu = new Menu();\r
34   protected MenuItem clustalColour = new MenuItem();\r
35   protected MenuItem zappoColour = new MenuItem();\r
36   protected MenuItem taylorColour = new MenuItem();\r
37   protected MenuItem hydrophobicityColour = new MenuItem();\r
38   protected MenuItem helixColour = new MenuItem();\r
39   protected MenuItem strandColour = new MenuItem();\r
40   protected MenuItem turnColour = new MenuItem();\r
41   protected MenuItem buriedColour = new MenuItem();\r
42   protected CheckboxMenuItem abovePIDColour = new CheckboxMenuItem();\r
43   protected MenuItem userDefinedColour = new MenuItem();\r
44   protected MenuItem PIDColour = new MenuItem();\r
45   protected MenuItem BLOSUM62Colour = new MenuItem();\r
46   MenuItem noColourmenuItem = new MenuItem();\r
47   protected CheckboxMenuItem conservationMenuItem = new CheckboxMenuItem();\r
48 \r
49   final AlignmentPanel ap;\r
50   MenuItem unGroupMenuItem = new MenuItem();\r
51   MenuItem nucleotideMenuItem = new MenuItem();\r
52   Menu colourMenu = new Menu();\r
53   CheckboxMenuItem showBoxes = new CheckboxMenuItem();\r
54   CheckboxMenuItem showText = new CheckboxMenuItem();\r
55   CheckboxMenuItem showColourText = new CheckboxMenuItem();\r
56   Menu editMenu = new Menu("Edit");\r
57   MenuItem copy = new MenuItem("Copy (Jalview Only)");\r
58   MenuItem cut = new MenuItem("Cut (Jalview Only)");\r
59   MenuItem toUpper = new MenuItem("To Upper Case");\r
60   MenuItem toLower = new MenuItem("To Lower Case");\r
61   MenuItem toggleCase = new MenuItem("Toggle Case");\r
62   Menu outputmenu = new Menu();\r
63   Menu seqMenu = new Menu();\r
64   MenuItem pdb = new MenuItem();\r
65   MenuItem hideSeqs = new MenuItem();\r
66   MenuItem repGroup = new MenuItem();\r
67 \r
68   Sequence seq;\r
69   MenuItem revealAll = new MenuItem();\r
70 \r
71   public APopupMenu(AlignmentPanel apanel, final Sequence seq, Vector links)\r
72   {\r
73     ///////////////////////////////////////////////////////////\r
74     // If this is activated from the sequence panel, the user may want to\r
75     // edit or annotate a particular residue. Therefore display the residue menu\r
76     //\r
77     // If from the IDPanel, we must display the sequence menu\r
78     //////////////////////////////////////////////////////////\r
79 \r
80     this.ap = apanel;\r
81     this.seq = seq;\r
82 \r
83     try\r
84     {\r
85       jbInit();\r
86     }\r
87     catch (Exception e)\r
88     {\r
89       e.printStackTrace();\r
90     }\r
91 \r
92     for (int i = 0; i < jalview.io.AppletFormatAdapter.formats.size()-1; i++)\r
93     {\r
94       MenuItem item = new MenuItem( (String) jalview.io.AppletFormatAdapter.formats.\r
95                                      elementAt(\r
96                                          i));\r
97       item.addActionListener(this);\r
98       outputmenu.add(item);\r
99     }\r
100 \r
101     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();\r
102 \r
103     if (sg != null && sg.getSize(false)>0)\r
104     {\r
105       showText.setState(sg.getDisplayText());\r
106       showColourText.setState(sg.getColourText());\r
107       showBoxes.setState(sg.getDisplayBoxes());\r
108       if (!ap.av.alignment.getGroups().contains(sg))\r
109       {\r
110         groupMenu.remove(unGroupMenuItem);\r
111       }\r
112 \r
113     }\r
114     else\r
115     {\r
116       remove(hideSeqs);\r
117       remove(groupMenu);\r
118     }\r
119 \r
120     if (links!=null)\r
121     {\r
122       Menu linkMenu = new Menu("Link");\r
123       MenuItem item;\r
124       String link;\r
125       for(int i=0; i<links.size(); i++)\r
126       {\r
127         link = links.elementAt(i).toString();\r
128         final String target = link.substring(0, link.indexOf("|"));\r
129         item = new MenuItem(target);\r
130 \r
131         final String url;\r
132 \r
133         if (link.indexOf("$SEQUENCE_ID$") > -1)\r
134         {\r
135           String id = seq.getName();\r
136           if (id.indexOf("|") > -1)\r
137             id = id.substring(id.lastIndexOf("|") + 1);\r
138 \r
139           url = link.substring(link.indexOf("|") + 1,\r
140                                link.indexOf("$SEQUENCE_ID$"))\r
141               + id +\r
142               link.substring(link.indexOf("$SEQUENCE_ID$") + 13);\r
143         }\r
144         else\r
145           url = link.substring(link.lastIndexOf("|")+1);\r
146 \r
147         System.out.println("add "+url +" "+target);\r
148            item.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()\r
149            {\r
150                public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
151                {\r
152                   ap.alignFrame.showURL(url, target);\r
153                }\r
154            });\r
155           linkMenu.add(item);\r
156       }\r
157       if(seq!=null)\r
158         seqMenu.add(linkMenu);\r
159       else\r
160         add(linkMenu);\r
161     }\r
162     if(seq!=null)\r
163     {\r
164       seqMenu.setLabel(seq.getName());\r
165       repGroup.setLabel("Represent Group with " + seq.getName());\r
166     }\r
167     else\r
168       remove(seqMenu);\r
169 \r
170     if(!ap.av.hasHiddenRows)\r
171       remove(revealAll);\r
172   }\r
173 \r
174   public void itemStateChanged(ItemEvent evt)\r
175   {\r
176     if(evt.getSource()==abovePIDColour)\r
177       abovePIDColour_itemStateChanged();\r
178     else if(evt.getSource()==showColourText)\r
179       showColourText_itemStateChanged();\r
180     else if(evt.getSource()==showText)\r
181       showText_itemStateChanged();\r
182     else if(evt.getSource()==showBoxes)\r
183        showBoxes_itemStateChanged()   ;\r
184   }\r
185 \r
186   public void actionPerformed(ActionEvent evt)\r
187   {\r
188     Object source = evt.getSource();\r
189     if(source==clustalColour)\r
190       clustalColour_actionPerformed();\r
191     else if(source==zappoColour)\r
192       zappoColour_actionPerformed();\r
193     else if(source==taylorColour)\r
194       taylorColour_actionPerformed();\r
195     else if(source==hydrophobicityColour)\r
196       hydrophobicityColour_actionPerformed();\r
197     else if(source==helixColour)\r
198       helixColour_actionPerformed();\r
199     else if(source==strandColour)\r
200       strandColour_actionPerformed();\r
201     else if(source==clustalColour)\r
202       turnColour_actionPerformed();\r
203     else if(source==buriedColour)\r
204       buriedColour_actionPerformed();\r
205     else if(source==nucleotideMenuItem)\r
206       nucleotideMenuItem_actionPerformed();\r
207 \r
208     else if (source == userDefinedColour)\r
209       userDefinedColour_actionPerformed();\r
210     else if (source == PIDColour)\r
211       PIDColour_actionPerformed();\r
212     else if (source == BLOSUM62Colour)\r
213       BLOSUM62Colour_actionPerformed();\r
214     else if (source == noColourmenuItem)\r
215       noColourmenuItem_actionPerformed();\r
216     else if (source == conservationMenuItem)\r
217       conservationMenuItem_itemStateChanged();\r
218     else if (source == unGroupMenuItem)\r
219       unGroupMenuItem_actionPerformed();\r
220 \r
221     else if(source == pdb)\r
222       addPDB();\r
223     else if(source == hideSeqs)\r
224       hideSequences(false);\r
225     else if(source == repGroup)\r
226       hideSequences(true);\r
227     else if(source == revealAll)\r
228     {\r
229         ap.av.showAllHiddenSeqs();\r
230         ap.repaint();\r
231     }\r
232 \r
233     else if(source==copy)\r
234       ap.alignFrame.copy_actionPerformed();\r
235     else if(source==cut)\r
236       ap.alignFrame.cut_actionPerformed();\r
237     else if(source==toUpper || source==toLower || source==toggleCase)\r
238     {\r
239       SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();\r
240       if (sg != null)\r
241       {\r
242         for (int g = 0; g < sg.getSize(true); g++)\r
243         {\r
244           if (source == toggleCase)\r
245            ((SequenceI) sg.getSequences(true).elementAt(g))\r
246           .toggleCase(sg.getStartRes(), sg.getEndRes() + 1);\r
247           else\r
248             ((SequenceI) sg.getSequences(true).elementAt(g))\r
249                 .changeCase(source == toUpper, sg.getStartRes(),\r
250                                            sg.getEndRes() + 1);\r
251         }\r
252         ap.seqPanel.seqCanvas.repaint();\r
253       }\r
254     }\r
255     else\r
256       outputText(evt);\r
257 \r
258   }\r
259 \r
260   void outputText(ActionEvent e)\r
261   {\r
262     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(false, ap.alignFrame);\r
263     Vector vseqs = new Vector();\r
264 \r
265       String [] selection = ap.av.getViewAsString(true);\r
266       SequenceI [] seqs = ap.av.getSelectionAsNewSequence();\r
267       if (selection != null)\r
268       {\r
269         for (int i = 0; i < selection.length; i++)\r
270         {\r
271           Sequence seq = new Sequence(\r
272               seqs[i].getName(),\r
273               selection[i],\r
274               seqs[i].getStart(), seqs[i].getEnd());\r
275           seq.setDescription(seqs[i].getDescription());\r
276           vseqs.addElement( seq );\r
277       }\r
278     }\r
279 \r
280     Frame frame = new Frame();\r
281     frame.add(cap);\r
282     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame,\r
283                                      "Selection output - " + e.getActionCommand(),\r
284                                      600, 500);\r
285 \r
286     cap.setText(new jalview.io.AppletFormatAdapter().formatSequences(\r
287         e.getActionCommand(),\r
288         vseqs,\r
289         ap.av.showJVSuffix));\r
290 \r
291   }\r
292 \r
293   void addPDB()\r
294   {\r
295     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(true, ap.alignFrame);\r
296     cap.setText("Paste your PDB file here.");\r
297     cap.setPDBImport(seq);\r
298     Frame frame = new Frame();\r
299     frame.add(cap);\r
300     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, "Paste PDB file ", 400, 300);\r
301   }\r
302 \r
303   private void jbInit()\r
304       throws Exception\r
305   {\r
306     groupMenu.setLabel("Group");\r
307     groupMenu.setLabel("Selection");\r
308 \r
309     unGroupMenuItem.setLabel("Remove Group");\r
310     unGroupMenuItem.addActionListener(this);\r
311 \r
312     nucleotideMenuItem.setLabel("Nucleotide");\r
313     nucleotideMenuItem.addActionListener(this);\r
314     conservationMenuItem.addItemListener(this);\r
315     abovePIDColour.addItemListener(this);\r
316     colourMenu.setLabel("Group Colour");\r
317     showBoxes.setLabel("Boxes");\r
318     showBoxes.setState(true);\r
319     showBoxes.addItemListener(this);\r
320 \r
321     showText.setLabel("Text");\r
322     showText.addItemListener(this);\r
323     showColourText.setLabel("Colour Text");\r
324     showColourText.addItemListener(this);\r
325     outputmenu.setLabel("Output to Textbox...");\r
326     seqMenu.setLabel("Sequence");\r
327     pdb.setLabel("View PDB Structure");\r
328     hideSeqs.setLabel("Hide Sequences");\r
329     repGroup.setLabel("Represent Group with");\r
330     revealAll.setLabel("Reveal All");\r
331 \r
332     add(groupMenu);\r
333     this.add(seqMenu);\r
334     this.add(hideSeqs);\r
335     this.add(revealAll);\r
336     groupMenu.add(editMenu);\r
337     groupMenu.add(outputmenu);\r
338     groupMenu.addSeparator();\r
339     groupMenu.add(unGroupMenuItem);\r
340     groupMenu.add(colourMenu);\r
341     groupMenu.add(showBoxes);\r
342     groupMenu.add(showText);\r
343     groupMenu.add(showColourText);\r
344     colourMenu.add(noColourmenuItem);\r
345     colourMenu.add(clustalColour);\r
346     colourMenu.add(BLOSUM62Colour);\r
347     colourMenu.add(PIDColour);\r
348     colourMenu.add(zappoColour);\r
349     colourMenu.add(taylorColour);\r
350     colourMenu.add(hydrophobicityColour);\r
351     colourMenu.add(helixColour);\r
352     colourMenu.add(strandColour);\r
353     colourMenu.add(turnColour);\r
354     colourMenu.add(buriedColour);\r
355     colourMenu.add(nucleotideMenuItem);\r
356     colourMenu.add(userDefinedColour);\r
357     colourMenu.addSeparator();\r
358     colourMenu.add(abovePIDColour);\r
359     colourMenu.add(conservationMenuItem);\r
360 \r
361     noColourmenuItem.setLabel("None");\r
362     noColourmenuItem.addActionListener(this);\r
363 \r
364     clustalColour.setLabel("Clustalx colours");\r
365     clustalColour.addActionListener(this);\r
366     zappoColour.setLabel("Zappo");\r
367     zappoColour.addActionListener(this);\r
368     taylorColour.setLabel("Taylor");\r
369     taylorColour.addActionListener(this);\r
370     hydrophobicityColour.setLabel("Hydrophobicity");\r
371     hydrophobicityColour.addActionListener(this);\r
372     helixColour.setLabel("Helix propensity");\r
373     helixColour.addActionListener(this);\r
374     strandColour.setLabel("Strand propensity");\r
375     strandColour.addActionListener(this);\r
376     turnColour.setLabel("Turn propensity");\r
377     turnColour.addActionListener(this);\r
378     buriedColour.setLabel("Buried Index");\r
379     buriedColour.addActionListener(this);\r
380     abovePIDColour.setLabel("Above % Identity");\r
381 \r
382     userDefinedColour.setLabel("User Defined");\r
383     userDefinedColour.addActionListener(this);\r
384     PIDColour.setLabel("Percentage Identity");\r
385     PIDColour.addActionListener(this);\r
386     BLOSUM62Colour.setLabel("BLOSUM62");\r
387     BLOSUM62Colour.addActionListener(this);\r
388     conservationMenuItem.setLabel("Conservation");\r
389 \r
390     editMenu.add(copy);\r
391     copy.addActionListener(this);\r
392     editMenu.add(cut);\r
393     cut.addActionListener(this);\r
394     editMenu.add(toUpper);\r
395     toUpper.addActionListener(this);\r
396     editMenu.add(toLower);\r
397     toLower.addActionListener(this);\r
398     editMenu.add(toggleCase);\r
399     seqMenu.add(pdb);\r
400     seqMenu.add(repGroup);\r
401     toggleCase.addActionListener(this);\r
402     pdb.addActionListener(this);\r
403     hideSeqs.addActionListener(this);\r
404     repGroup.addActionListener(this);\r
405     revealAll.addActionListener(this);\r
406 \r
407   }\r
408 \r
409   void refresh()\r
410   {\r
411     ap.seqPanel.seqCanvas.repaint();\r
412     if(ap.overviewPanel!=null)\r
413       ap.overviewPanel.updateOverviewImage();\r
414   }\r
415 \r
416   protected void clustalColour_actionPerformed()\r
417   {\r
418     SequenceGroup sg = getGroup();\r
419     sg.cs = new ClustalxColourScheme(sg.getSequences(true), ap.av.alignment.getWidth());\r
420     refresh();\r
421   }\r
422 \r
423   protected void zappoColour_actionPerformed()\r
424   {\r
425     getGroup().cs = new ZappoColourScheme();\r
426     refresh();\r
427   }\r
428 \r
429   protected void taylorColour_actionPerformed()\r
430   {\r
431     getGroup().cs = new TaylorColourScheme();\r
432     refresh();\r
433   }\r
434 \r
435   protected void hydrophobicityColour_actionPerformed()\r
436   {\r
437     getGroup().cs = new HydrophobicColourScheme();\r
438     refresh();\r
439   }\r
440 \r
441   protected void helixColour_actionPerformed()\r
442   {\r
443     getGroup().cs = new HelixColourScheme();\r
444     refresh();\r
445   }\r
446 \r
447   protected void strandColour_actionPerformed()\r
448   {\r
449     getGroup().cs = new StrandColourScheme();\r
450     refresh();\r
451   }\r
452 \r
453   protected void turnColour_actionPerformed()\r
454   {\r
455     getGroup().cs = new TurnColourScheme();\r
456     refresh();\r
457   }\r
458 \r
459   protected void buriedColour_actionPerformed()\r
460   {\r
461     getGroup().cs = new BuriedColourScheme();\r
462     refresh();\r
463   }\r
464 \r
465   public void nucleotideMenuItem_actionPerformed()\r
466   {\r
467     getGroup().cs = new NucleotideColourScheme();\r
468     refresh();\r
469   }\r
470 \r
471   protected void abovePIDColour_itemStateChanged()\r
472   {\r
473     SequenceGroup sg = getGroup();\r
474     if(sg.cs==null)\r
475           return;\r
476 \r
477     if (abovePIDColour.getState())\r
478     {\r
479       sg.cs.setConsensus(AAFrequency.calculate(sg.getSequences(true), 0,\r
480                                                ap.av.alignment.getWidth()));\r
481       int threshold = SliderPanel.setPIDSliderSource(ap, sg.cs,\r
482           getGroup().getName());\r
483 \r
484       sg.cs.setThreshold(threshold, ap.av.getIgnoreGapsConsensus());\r
485 \r
486       SliderPanel.showPIDSlider();\r
487 \r
488     }\r
489     else // remove PIDColouring\r
490     {\r
491       sg.cs.setThreshold(0, ap.av.getIgnoreGapsConsensus());\r
492     }\r
493 \r
494     refresh();\r
495 \r
496   }\r
497 \r
498   protected void userDefinedColour_actionPerformed()\r
499   {\r
500     new UserDefinedColours(ap, getGroup());\r
501   }\r
502 \r
503   protected void PIDColour_actionPerformed()\r
504   {\r
505     SequenceGroup sg = getGroup();\r
506     sg.cs = new PIDColourScheme();\r
507     sg.cs.setConsensus(AAFrequency.calculate(sg.getSequences(true), 0,\r
508                                              ap.av.alignment.getWidth()));\r
509     refresh();\r
510   }\r
511 \r
512   protected void BLOSUM62Colour_actionPerformed()\r
513   {\r
514     SequenceGroup sg = getGroup();\r
515 \r
516     sg.cs = new Blosum62ColourScheme();\r
517 \r
518     sg.cs.setConsensus(AAFrequency.calculate(sg.getSequences(true), 0,\r
519                                              ap.av.alignment.getWidth()));\r
520 \r
521     refresh();\r
522   }\r
523 \r
524   protected void noColourmenuItem_actionPerformed()\r
525   {\r
526     getGroup().cs = null;\r
527     refresh();\r
528   }\r
529 \r
530   protected void conservationMenuItem_itemStateChanged()\r
531   {\r
532     SequenceGroup sg = getGroup();\r
533     if(sg.cs==null)\r
534           return;\r
535 \r
536     if (conservationMenuItem.getState())\r
537     {\r
538 \r
539       Conservation c = new Conservation("Group",\r
540                                         ResidueProperties.propHash, 3,\r
541                                         sg.getSequences(true), 0,\r
542                                         ap.av.alignment.getWidth());\r
543 \r
544       c.calculate();\r
545       c.verdict(false, ap.av.ConsPercGaps);\r
546 \r
547       sg.cs.setConservation(c);\r
548 \r
549       SliderPanel.setConservationSlider(ap, sg.cs, sg.getName());\r
550       SliderPanel.showConservationSlider();\r
551     }\r
552     else // remove ConservationColouring\r
553     {\r
554       sg.cs.setConservation(null);\r
555     }\r
556 \r
557     refresh();\r
558   }\r
559 \r
560 \r
561   SequenceGroup getGroup()\r
562   {\r
563     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();\r
564 \r
565     // this method won't add a new group if it already exists\r
566     if(sg!=null)\r
567       ap.av.alignment.addGroup(sg);\r
568 \r
569     return sg;\r
570   }\r
571 \r
572   void unGroupMenuItem_actionPerformed()\r
573   {\r
574     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();\r
575     ap.av.alignment.deleteGroup(sg);\r
576     ap.av.setSelectionGroup(null);\r
577     ap.repaint();\r
578   }\r
579 \r
580   public void showColourText_itemStateChanged()\r
581   {\r
582     getGroup().setColourText(showColourText.getState());\r
583     refresh();\r
584   }\r
585 \r
586   public void showText_itemStateChanged()\r
587   {\r
588     getGroup().setDisplayText(showText.getState());\r
589     refresh();\r
590   }\r
591 \r
592   public void showBoxes_itemStateChanged()\r
593   {\r
594     getGroup().setDisplayBoxes(showBoxes.getState());\r
595     refresh();\r
596   }\r
597 \r
598   void hideSequences(boolean representGroup)\r
599   {\r
600     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();\r
601     if(sg==null || sg.getSize(false)<1)\r
602     {\r
603       ap.av.hideSequence(seq);\r
604       return;\r
605     }\r
606 \r
607       int index = 0;\r
608       while(index < sg.getSize(false))\r
609       {\r
610         if(representGroup && sg.getSequenceAt(index)!=seq)\r
611         {\r
612           seq.addHiddenSequence(sg.getSequenceAt(index));\r
613           ap.av.hideSequence(sg.getSequenceAt(index));\r
614         }\r
615         else if(!representGroup)\r
616         {\r
617           ap.av.hideSequence(sg.getSequenceAt(index));\r
618         }\r
619         index ++;\r
620       }\r
621 \r
622       ap.av.setSelectionGroup(null);\r
623       ap.repaint();\r
624       refresh();\r
625     }\r
626 \r
627 }\r