src/jalview/appletgui/APopupMenu.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8)
   3  * Copyright (C) 2012 J Procter, AM Waterhouse, LM Lui, J Engelhardt, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  10  *
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15  *
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  17  */
  18 package jalview.appletgui;
  19
  20 import java.util.*;
  21
  22 import java.awt.*;
  23 import java.awt.event.*;
  24
  25 import jalview.analysis.*;
  26 import jalview.commands.*;
  27 import jalview.datamodel.*;
  28 import jalview.schemes.*;
  29 import jalview.util.UrlLink;
  30 import jalview.io.AppletFormatAdapter;
  31 import jalview.io.SequenceAnnotationReport;
  32
  33 public class APopupMenu extends java.awt.PopupMenu implements
  34         ActionListener, ItemListener
  35 {
  36   Menu groupMenu = new Menu();
  37
  38   MenuItem editGroupName = new MenuItem();
  39
  40   protected MenuItem clustalColour = new MenuItem();
  41
  42   protected MenuItem zappoColour = new MenuItem();
  43
  44   protected MenuItem taylorColour = new MenuItem();
  45
  46   protected MenuItem hydrophobicityColour = new MenuItem();
  47
  48   protected MenuItem helixColour = new MenuItem();
  49
  50   protected MenuItem strandColour = new MenuItem();
  51
  52   protected MenuItem turnColour = new MenuItem();
  53
  54   protected MenuItem buriedColour = new MenuItem();
  55
  56   protected CheckboxMenuItem abovePIDColour = new CheckboxMenuItem();
  57
  58   protected MenuItem userDefinedColour = new MenuItem();
  59
  60   protected MenuItem PIDColour = new MenuItem();
  61
  62   protected MenuItem BLOSUM62Colour = new MenuItem();
  63
  64   MenuItem noColourmenuItem = new MenuItem();
  65
  66   protected CheckboxMenuItem conservationMenuItem = new CheckboxMenuItem();
  67
  68   final AlignmentPanel ap;
  69
  70   MenuItem unGroupMenuItem = new MenuItem();
  71
  72   MenuItem nucleotideMenuItem = new MenuItem();
  73
  74   Menu colourMenu = new Menu();
  75
  76   CheckboxMenuItem showBoxes = new CheckboxMenuItem();
  77
  78   CheckboxMenuItem showText = new CheckboxMenuItem();
  79
  80   CheckboxMenuItem showColourText = new CheckboxMenuItem();
  81
  82   CheckboxMenuItem displayNonconserved = new CheckboxMenuItem();
  83
  84   Menu editMenu = new Menu("Edit");
  85
  86   MenuItem copy = new MenuItem("Copy (Jalview Only)");
  87
  88   MenuItem cut = new MenuItem("Cut (Jalview Only)");
  89
  90   MenuItem toUpper = new MenuItem("To Upper Case");
  91
  92   MenuItem toLower = new MenuItem("To Lower Case");
  93
  94   MenuItem toggleCase = new MenuItem("Toggle Case");
  95
  96   Menu outputmenu = new Menu();
  97
  98   Menu seqMenu = new Menu();
  99
 100   MenuItem pdb = new MenuItem();
 101
 102   MenuItem hideSeqs = new MenuItem();
 103
 104   MenuItem repGroup = new MenuItem();
 105
 106   MenuItem sequenceName = new MenuItem("Edit Name/Description");
 107
 108   MenuItem sequenceFeature = new MenuItem("Create Sequence Feature");
 109
 110   MenuItem editSequence = new MenuItem("Edit Sequence");
 111
 112   MenuItem sequenceDetails = new MenuItem("Sequence Details ...");
 113
 114   MenuItem selSeqDetails = new MenuItem("Sequence Details ...");
 115
 116   Sequence seq;
 117
 118   MenuItem revealAll = new MenuItem();
 119
 120   MenuItem revealSeq = new MenuItem();
 121
 122   /**
 123    * index of sequence to be revealed
 124    */
 125   int revealSeq_index = -1;
 126
 127   Menu menu1 = new Menu();
 128
 129   public APopupMenu(AlignmentPanel apanel, final Sequence seq, Vector links)
 130   {
 131     // /////////////////////////////////////////////////////////
 132     // If this is activated from the sequence panel, the user may want to
 133     // edit or annotate a particular residue. Therefore display the residue menu
 134     //
 135     // If from the IDPanel, we must display the sequence menu
 136     // ////////////////////////////////////////////////////////
 137
 138     this.ap = apanel;
 139     this.seq = seq;
 140
 141     try
 142     {
 143       jbInit();
 144     } catch (Exception e)
 145     {
 146       e.printStackTrace();
 147     }
 148
 149     for (int i = 0; i < jalview.io.AppletFormatAdapter.WRITEABLE_FORMATS.length; i++)
 150     {
 151       MenuItem item = new MenuItem(
 152               jalview.io.AppletFormatAdapter.WRITEABLE_FORMATS[i]);
 153
 154       item.addActionListener(this);
 155       outputmenu.add(item);
 156     }
 157
 158     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
 159
 160     if (sg != null && sg.getSize() > 0)
 161     {
 162       editGroupName.setLabel("Name: " + sg.getName());
 163       showText.setState(sg.getDisplayText());
 164       showColourText.setState(sg.getColourText());
 165       showBoxes.setState(sg.getDisplayBoxes());
 166       displayNonconserved.setState(sg.getShowNonconserved());
 167       if (!ap.av.getAlignment().getGroups().contains(sg))
 168       {
 169         groupMenu.remove(unGroupMenuItem);
 170       }
 171
 172     }
 173     else
 174     {
 175       remove(hideSeqs);
 176       remove(groupMenu);
 177     }
 178
 179     if (links != null && links.size() > 0)
 180     {
 181       Menu linkMenu = new Menu("Link");
 182       String link;
 183       for (int i = 0; i < links.size(); i++)
 184       {
 185         link = links.elementAt(i).toString();
 186         UrlLink urlLink = new UrlLink(link);
 187         if (!urlLink.isValid())
 188         {
 189           System.err.println(urlLink.getInvalidMessage());
 190           continue;
 191         }
 192         final String target = urlLink.getTarget(); // link.substring(0,
 193         // link.indexOf("|"));
 194         final String label = urlLink.getLabel();
 195         if (seq != null && urlLink.isDynamic())
 196         {
 197
 198           // collect matching db-refs
 199           DBRefEntry[] dbr = jalview.util.DBRefUtils.selectRefs(
 200                   seq.getDBRef(), new String[]
 201                   { target });
 202           // collect id string too
 203           String id = seq.getName();
 204           String descr = seq.getDescription();
 205           if (descr != null && descr.length() < 1)
 206           {
 207             descr = null;
 208           }
 209           if (dbr != null)
 210           {
 211             for (int r = 0; r < dbr.length; r++)
 212             {
 213               if (id != null && dbr[r].getAccessionId().equals(id))
 214               {
 215                 // suppress duplicate link creation for the bare sequence ID
 216                 // string with this link
 217                 id = null;
 218               }
 219               // create Bare ID link for this RUL
 220               String[] urls = urlLink.makeUrls(dbr[r].getAccessionId(),
 221                       true);
 222               if (urls != null)
 223               {
 224                 for (int u = 0; u < urls.length; u += 2)
 225                 {
 226                   addshowLink(linkMenu, label + "|" + urls[u], urls[u + 1]);
 227                 }
 228               }
 229             }
 230           }
 231           if (id != null)
 232           {
 233             // create Bare ID link for this RUL
 234             String[] urls = urlLink.makeUrls(id, true);
 235             if (urls != null)
 236             {
 237               for (int u = 0; u < urls.length; u += 2)
 238               {
 239                 addshowLink(linkMenu, label, urls[u + 1]);
 240               }
 241             }
 242             // addshowLink(linkMenu, target, url_pref + id + url_suff);
 243           }
 244           // Now construct URLs from description but only try to do it for regex
 245           // URL links
 246           if (descr != null && urlLink.getRegexReplace() != null)
 247           {
 248             // create link for this URL from description only if regex matches
 249             String[] urls = urlLink.makeUrls(descr, true);
 250             if (urls != null)
 251             {
 252               for (int u = 0; u < urls.length; u += 2)
 253               {
 254                 addshowLink(linkMenu, label, urls[u + 1]);
 255               }
 256             }
 257           }
 258         }
 259         else
 260         {
 261           addshowLink(linkMenu, target, urlLink.getUrl_prefix()); // link.substring(link.lastIndexOf("|")+1));
 262         }
 263         /*
 264          * final String url;
 265          *
 266          * if (link.indexOf("$SEQUENCE_ID$") > -1) { // Substitute SEQUENCE_ID
 267          * string and any matching database reference accessions String url_pref
 268          * = link.substring(link.indexOf("|") + 1,
 269          * link.indexOf("$SEQUENCE_ID$"));
 270          *
 271          * String url_suff = link.substring(link.indexOf("$SEQUENCE_ID$") + 13);
 272          * // collect matching db-refs DBRefEntry[] dbr =
 273          * jalview.util.DBRefUtils.selectRefs(seq.getDBRef(), new
 274          * String[]{target}); // collect id string too String id =
 275          * seq.getName(); if (id.indexOf("|") > -1) { id =
 276          * id.substring(id.lastIndexOf("|") + 1); } if (dbr!=null) { for (int
 277          * r=0;r<dbr.length; r++) { if (dbr[r].getAccessionId().equals(id)) { //
 278          * suppress duplicate link creation for the bare sequence ID string with
 279          * this link id = null; } addshowLink(linkMenu,
 280          * dbr[r].getSource()+"|"+dbr[r].getAccessionId(), target,
 281          * url_pref+dbr[r].getAccessionId()+url_suff); } } if (id!=null) { //
 282          * create Bare ID link for this RUL addshowLink(linkMenu, target,
 283          * url_pref + id + url_suff); } } else { addshowLink(linkMenu, target,
 284          * link.substring(link.lastIndexOf("|")+1)); }
 285          */
 286       }
 287       if (linkMenu.getItemCount() > 0)
 288       {
 289         if (seq != null)
 290         {
 291           seqMenu.add(linkMenu);
 292         }
 293         else
 294         {
 295           add(linkMenu);
 296         }
 297       }
 298     }
 299     // TODO: add group link menu entry here
 300     if (seq != null)
 301     {
 302       seqMenu.setLabel(seq.getName());
 303       repGroup.setLabel("Represent Group with " + seq.getName());
 304     }
 305     else
 306     {
 307       remove(seqMenu);
 308     }
 309
 310     if (!ap.av.hasHiddenRows())
 311     {
 312       remove(revealAll);
 313       remove(revealSeq);
 314     }
 315     else
 316     {
 317       final int index = ap.av.getAlignment().findIndex(seq);
 318
 319       if (ap.av.adjustForHiddenSeqs(index)
 320               - ap.av.adjustForHiddenSeqs(index - 1) > 1)
 321       {
 322         revealSeq_index = index;
 323       }
 324       else
 325       {
 326         remove(revealSeq);
 327       }
 328     }
 329   }
 330
 331   /**
 332    * add a show URL menu item to the given linkMenu
 333    *
 334    * @param linkMenu
 335    * @param target
 336    *          - menu label string
 337    * @param url
 338    *          - url to open
 339    */
 340   private void addshowLink(Menu linkMenu, final String target,
 341           final String url)
 342   {
 343     addshowLink(linkMenu, target, target, url);
 344   }
 345
 346   /**
 347    * add a show URL menu item to the given linkMenu
 348    *
 349    * @param linkMenu
 350    * @param target
 351    *          - URL target window
 352    * @param label
 353    *          - menu label string
 354    * @param url
 355    *          - url to open
 356    */
 357   private void addshowLink(Menu linkMenu, final String target,
 358           final String label, final String url)
 359   {
 360     MenuItem item = new MenuItem(label);
 361     item.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()
 362     {
 363       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 364       {
 365         ap.alignFrame.showURL(url, target);
 366       }
 367     });
 368     linkMenu.add(item);
 369   }
 370
 371   public void itemStateChanged(ItemEvent evt)
 372   {
 373     if (evt.getSource() == abovePIDColour)
 374     {
 375       abovePIDColour_itemStateChanged();
 376     }
 377     else if (evt.getSource() == showColourText)
 378     {
 379       showColourText_itemStateChanged();
 380     }
 381     else if (evt.getSource() == showText)
 382     {
 383       showText_itemStateChanged();
 384     }
 385     else if (evt.getSource() == showBoxes)
 386     {
 387       showBoxes_itemStateChanged();
 388     }
 389     else if (evt.getSource() == displayNonconserved)
 390     {
 391       this.showNonconserved_itemStateChanged();
 392     }
 393   }
 394
 395   public void actionPerformed(ActionEvent evt)
 396   {
 397     Object source = evt.getSource();
 398     if (source == clustalColour)
 399     {
 400       clustalColour_actionPerformed();
 401     }
 402     else if (source == zappoColour)
 403     {
 404       zappoColour_actionPerformed();
 405     }
 406     else if (source == taylorColour)
 407     {
 408       taylorColour_actionPerformed();
 409     }
 410     else if (source == hydrophobicityColour)
 411     {
 412       hydrophobicityColour_actionPerformed();
 413     }
 414     else if (source == helixColour)
 415     {
 416       helixColour_actionPerformed();
 417     }
 418     else if (source == strandColour)
 419     {
 420       strandColour_actionPerformed();
 421     }
 422     else if (source == turnColour)
 423     {
 424       turnColour_actionPerformed();
 425     }
 426     else if (source == buriedColour)
 427     {
 428       buriedColour_actionPerformed();
 429     }
 430     else if (source == nucleotideMenuItem)
 431     {
 432       nucleotideMenuItem_actionPerformed();
 433     }
 434
 435     else if (source == userDefinedColour)
 436     {
 437       userDefinedColour_actionPerformed();
 438     }
 439     else if (source == PIDColour)
 440     {
 441       PIDColour_actionPerformed();
 442     }
 443     else if (source == BLOSUM62Colour)
 444     {
 445       BLOSUM62Colour_actionPerformed();
 446     }
 447     else if (source == noColourmenuItem)
 448     {
 449       noColourmenuItem_actionPerformed();
 450     }
 451     else if (source == conservationMenuItem)
 452     {
 453       conservationMenuItem_itemStateChanged();
 454     }
 455     else if (source == unGroupMenuItem)
 456     {
 457       unGroupMenuItem_actionPerformed();
 458     }
 459
 460     else if (source == sequenceName)
 461     {
 462       editName();
 463     }
 464     else if (source == sequenceDetails)
 465     {
 466       showSequenceDetails();
 467     }
 468     else if (source == selSeqDetails)
 469     {
 470       showSequenceSelectionDetails();
 471     }
 472     else if (source == pdb)
 473     {
 474       addPDB();
 475     }
 476     else if (source == hideSeqs)
 477     {
 478       hideSequences(false);
 479     }
 480     else if (source == repGroup)
 481     {
 482       hideSequences(true);
 483     }
 484     else if (source == revealSeq)
 485     {
 486       ap.av.showSequence(revealSeq_index);
 487     }
 488     else if (source == revealAll)
 489     {
 490       ap.av.showAllHiddenSeqs();
 491     }
 492
 493     else if (source == editGroupName)
 494     {
 495       EditNameDialog dialog = new EditNameDialog(getGroup().getName(),
 496               getGroup().getDescription(), "       Group Name",
 497               "Group Description", ap.alignFrame,
 498               "Edit Group Name / Description", 500, 100, true);
 499
 500       if (dialog.accept)
 501       {
 502         getGroup().setName(dialog.getName().replace(' ', '_'));
 503         getGroup().setDescription(dialog.getDescription());
 504       }
 505
 506     }
 507     else if (source == copy)
 508     {
 509       ap.alignFrame.copy_actionPerformed();
 510     }
 511     else if (source == cut)
 512     {
 513       ap.alignFrame.cut_actionPerformed();
 514     }
 515     else if (source == editSequence)
 516     {
 517       SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
 518
 519       if (sg != null)
 520       {
 521         if (seq == null)
 522           seq = (Sequence) sg.getSequenceAt(0);
 523
 524         EditNameDialog dialog = new EditNameDialog(seq.getSequenceAsString(
 525                 sg.getStartRes(), sg.getEndRes() + 1), null,
 526                 "Edit Sequence ", null,
 527
 528                 ap.alignFrame, "Edit Sequence", 500, 100, true);
 529
 530         if (dialog.accept)
 531         {
 532           EditCommand editCommand = new EditCommand("Edit Sequences",
 533                   EditCommand.REPLACE, dialog.getName().replace(' ',
 534                           ap.av.getGapCharacter()),
 535                   sg.getSequencesAsArray(ap.av.getHiddenRepSequences()),
 536                   sg.getStartRes(), sg.getEndRes() + 1,
 537                   ap.av.getAlignment());
 538
 539           ap.alignFrame.addHistoryItem(editCommand);
 540
 541           ap.av.firePropertyChange("alignment", null, ap.av.getAlignment()
 542                   .getSequences());
 543         }
 544       }
 545     }
 546     else if (source == toUpper || source == toLower || source == toggleCase)
 547     {
 548       SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
 549       Vector regions = new Vector();
 550       if (sg != null)
 551       {
 552         int[][] startEnd = ap.av.getVisibleRegionBoundaries(
 553                 sg.getStartRes(), sg.getEndRes() + 1);
 554
 555         String description;
 556         int caseChange;
 557
 558         if (source == toggleCase)
 559         {
 560           description = "Toggle Case";
 561           caseChange = ChangeCaseCommand.TOGGLE_CASE;
 562         }
 563         else if (source == toUpper)
 564         {
 565           description = "To Upper Case";
 566           caseChange = ChangeCaseCommand.TO_UPPER;
 567         }
 568         else
 569         {
 570           description = "To Lower Case";
 571           caseChange = ChangeCaseCommand.TO_LOWER;
 572         }
 573
 574         ChangeCaseCommand caseCommand = new ChangeCaseCommand(description,
 575                 sg.getSequencesAsArray(ap.av.getHiddenRepSequences()),
 576                 startEnd, caseChange);
 577
 578         ap.alignFrame.addHistoryItem(caseCommand);
 579
 580         ap.av.firePropertyChange("alignment", null, ap.av.getAlignment()
 581                 .getSequences());
 582
 583       }
 584     }
 585     else if (source == sequenceFeature)
 586     {
 587       SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
 588       if (sg == null)
 589       {
 590         return;
 591       }
 592
 593       int rsize = 0, gSize = sg.getSize();
 594       SequenceI[] rseqs, seqs = new SequenceI[gSize];
 595       SequenceFeature[] tfeatures, features = new SequenceFeature[gSize];
 596
 597       for (int i = 0; i < gSize; i++)
 598       {
 599         int start = sg.getSequenceAt(i).findPosition(sg.getStartRes());
 600         int end = sg.findEndRes(sg.getSequenceAt(i));
 601         if (start <= end)
 602         {
 603           seqs[rsize] = sg.getSequenceAt(i);
 604           features[rsize] = new SequenceFeature(null, null, null, start,
 605                   end, "Jalview");
 606           rsize++;
 607         }
 608       }
 609       rseqs = new SequenceI[rsize];
 610       tfeatures = new SequenceFeature[rsize];
 611       System.arraycopy(seqs, 0, rseqs, 0, rsize);
 612       System.arraycopy(features, 0, tfeatures, 0, rsize);
 613       features = tfeatures;
 614       seqs = rseqs;
 615
 616       if (ap.seqPanel.seqCanvas.getFeatureRenderer().amendFeatures(seqs,
 617               features, true, ap))
 618       {
 619         ap.alignFrame.sequenceFeatures.setState(true);
 620         ap.av.showSequenceFeatures(true);
 621         ap.highlightSearchResults(null);
 622       }
 623     }
 624     else
 625     {
 626       outputText(evt);
 627     }
 628
 629   }
 630
 631   void outputText(ActionEvent e)
 632   {
 633     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(true, ap.alignFrame);
 634
 635     Frame frame = new Frame();
 636     frame.add(cap);
 637     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame,
 638             "Selection output - " + e.getActionCommand(), 600, 500);
 639     // JBPNote: getSelectionAsNewSequence behaviour has changed - this method
 640     // now returns a full copy of sequence data
 641     // TODO consider using getSequenceSelection instead here
 642
 643     cap.setText(new jalview.io.AppletFormatAdapter().formatSequences(
 644             e.getActionCommand(),
 645             new Alignment(ap.av.getSelectionAsNewSequence()),
 646             ap.av.showJVSuffix));
 647
 648   }
 649
 650   protected void showSequenceSelectionDetails()
 651   {
 652     createSequenceDetailsReport(ap.av.getSequenceSelection());
 653   }
 654
 655   protected void showSequenceDetails()
 656   {
 657     createSequenceDetailsReport(new SequenceI[]
 658     { seq });
 659   }
 660
 661   public void createSequenceDetailsReport(SequenceI[] sequences)
 662   {
 663
 664     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(false, ap.alignFrame);
 665
 666     StringBuffer contents = new StringBuffer();
 667     for (SequenceI seq : sequences)
 668     {
 669       contents.append("<p><h2>Annotation for " + seq.getDisplayId(true)
 670               + "</h2></p><p>");
 671       new SequenceAnnotationReport(null)
 672               .createSequenceAnnotationReport(
 673                       contents,
 674                       seq,
 675                       true,
 676                       true,
 677                       false,
 678                       (ap.seqPanel.seqCanvas.fr != null) ? ap.seqPanel.seqCanvas.fr.minmax
 679                               : null);
 680       contents.append("</p>");
 681     }
 682     Frame frame = new Frame();
 683     frame.add(cap);
 684     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, "Sequence Details for "
 685             + (sequences.length == 1 ? sequences[0].getDisplayId(true)
 686                     : "Selection"), 600, 500);
 687     cap.setText("<html>" + contents.toString() + "</html>");
 688   }
 689
 690   void editName()
 691   {
 692     EditNameDialog dialog = new EditNameDialog(seq.getName(),
 693             seq.getDescription(), "       Sequence Name",
 694             "Sequence Description", ap.alignFrame,
 695             "Edit Sequence Name / Description", 500, 100, true);
 696
 697     if (dialog.accept)
 698     {
 699       seq.setName(dialog.getName());
 700       seq.setDescription(dialog.getDescription());
 701       ap.paintAlignment(false);
 702     }
 703   }
 704
 705   void addPDB()
 706   {
 707     if (seq.getPDBId() != null)
 708     {
 709       PDBEntry entry = (PDBEntry) seq.getPDBId().firstElement();
 710
 711       if (ap.av.applet.jmolAvailable)
 712         new jalview.appletgui.AppletJmol(entry, new Sequence[]
 713         { seq }, null, ap, AppletFormatAdapter.URL);
 714       else
 715         new MCview.AppletPDBViewer(entry, new Sequence[]
 716         { seq }, null, ap, AppletFormatAdapter.URL);
 717
 718     }
 719     else
 720     {
 721       CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(true, ap.alignFrame);
 722       cap.setText("Paste your PDB file here.");
 723       cap.setPDBImport(seq);
 724       Frame frame = new Frame();
 725       frame.add(cap);
 726       jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame,
 727               "Paste PDB file for sequence " + seq.getName(), 400, 300);
 728     }
 729   }
 730
 731   private void jbInit() throws Exception
 732   {
 733     groupMenu.setLabel("Group");
 734     groupMenu.setLabel("Selection");
 735     sequenceFeature.addActionListener(this);
 736
 737     editGroupName.addActionListener(this);
 738     unGroupMenuItem.setLabel("Remove Group");
 739     unGroupMenuItem.addActionListener(this);
 740
 741     nucleotideMenuItem.setLabel("Nucleotide");
 742     nucleotideMenuItem.addActionListener(this);
 743     conservationMenuItem.addItemListener(this);
 744     abovePIDColour.addItemListener(this);
 745     colourMenu.setLabel("Group Colour");
 746     showBoxes.setLabel("Boxes");
 747     showBoxes.setState(true);
 748     showBoxes.addItemListener(this);
 749     sequenceName.addActionListener(this);
 750     sequenceDetails.addActionListener(this);
 751     selSeqDetails.addActionListener(this);
 752     displayNonconserved.setLabel("Show Nonconserved");
 753     displayNonconserved.setState(false);
 754     displayNonconserved.addItemListener(this);
 755     showText.setLabel("Text");
 756     showText.addItemListener(this);
 757     showColourText.setLabel("Colour Text");
 758     showColourText.addItemListener(this);
 759     outputmenu.setLabel("Output to Textbox...");
 760     seqMenu.setLabel("Sequence");
 761     pdb.setLabel("View PDB Structure");
 762     hideSeqs.setLabel("Hide Sequences");
 763     repGroup.setLabel("Represent Group with");
 764     revealAll.setLabel("Reveal All");
 765     revealSeq.setLabel("Reveal Sequences");
 766     menu1.setLabel("Group");
 767     add(groupMenu);
 768     this.add(seqMenu);
 769     this.add(hideSeqs);
 770     this.add(revealSeq);
 771     this.add(revealAll);
 772     // groupMenu.add(selSeqDetails);
 773     groupMenu.add(editGroupName);
 774     groupMenu.add(editMenu);
 775     groupMenu.add(outputmenu);
 776     groupMenu.add(sequenceFeature);
 777     groupMenu.add(menu1);
 778
 779     colourMenu.add(noColourmenuItem);
 780     colourMenu.add(clustalColour);
 781     colourMenu.add(BLOSUM62Colour);
 782     colourMenu.add(PIDColour);
 783     colourMenu.add(zappoColour);
 784     colourMenu.add(taylorColour);
 785     colourMenu.add(hydrophobicityColour);
 786     colourMenu.add(helixColour);
 787     colourMenu.add(strandColour);
 788     colourMenu.add(turnColour);
 789     colourMenu.add(buriedColour);
 790     colourMenu.add(nucleotideMenuItem);
 791     colourMenu.add(userDefinedColour);
 792     colourMenu.addSeparator();
 793     colourMenu.add(abovePIDColour);
 794     colourMenu.add(conservationMenuItem);
 795
 796     noColourmenuItem.setLabel("None");
 797     noColourmenuItem.addActionListener(this);
 798
 799     clustalColour.setLabel("Clustalx colours");
 800     clustalColour.addActionListener(this);
 801     zappoColour.setLabel("Zappo");
 802     zappoColour.addActionListener(this);
 803     taylorColour.setLabel("Taylor");
 804     taylorColour.addActionListener(this);
 805     hydrophobicityColour.setLabel("Hydrophobicity");
 806     hydrophobicityColour.addActionListener(this);
 807     helixColour.setLabel("Helix propensity");
 808     helixColour.addActionListener(this);
 809     strandColour.setLabel("Strand propensity");
 810     strandColour.addActionListener(this);
 811     turnColour.setLabel("Turn propensity");
 812     turnColour.addActionListener(this);
 813     buriedColour.setLabel("Buried Index");
 814     buriedColour.addActionListener(this);
 815     abovePIDColour.setLabel("Above % Identity");
 816
 817     userDefinedColour.setLabel("User Defined");
 818     userDefinedColour.addActionListener(this);
 819     PIDColour.setLabel("Percentage Identity");
 820     PIDColour.addActionListener(this);
 821     BLOSUM62Colour.setLabel("BLOSUM62");
 822     BLOSUM62Colour.addActionListener(this);
 823     conservationMenuItem.setLabel("Conservation");
 824
 825     editMenu.add(copy);
 826     copy.addActionListener(this);
 827     editMenu.add(cut);
 828     cut.addActionListener(this);
 829
 830     editMenu.add(editSequence);
 831     editSequence.addActionListener(this);
 832
 833     editMenu.add(toUpper);
 834     toUpper.addActionListener(this);
 835     editMenu.add(toLower);
 836     toLower.addActionListener(this);
 837     editMenu.add(toggleCase);
 838     seqMenu.add(sequenceName);
 839     // seqMenu.add(sequenceDetails);
 840
 841     if (!ap.av.applet.useXtrnalSviewer)
 842     {
 843       seqMenu.add(pdb);
 844     }
 845     seqMenu.add(repGroup);
 846     menu1.add(unGroupMenuItem);
 847     menu1.add(colourMenu);
 848     menu1.add(showBoxes);
 849     menu1.add(showText);
 850     menu1.add(showColourText);
 851     menu1.add(displayNonconserved);
 852     toggleCase.addActionListener(this);
 853     pdb.addActionListener(this);
 854     hideSeqs.addActionListener(this);
 855     repGroup.addActionListener(this);
 856     revealAll.addActionListener(this);
 857     revealSeq.addActionListener(this);
 858   }
 859
 860   void refresh()
 861   {
 862     ap.paintAlignment(true);
 863   }
 864
 865   protected void clustalColour_actionPerformed()
 866   {
 867     SequenceGroup sg = getGroup();
 868     sg.cs = new ClustalxColourScheme(sg, ap.av.getHiddenRepSequences());
 869     refresh();
 870   }
 871
 872   protected void zappoColour_actionPerformed()
 873   {
 874     getGroup().cs = new ZappoColourScheme();
 875     refresh();
 876   }
 877
 878   protected void taylorColour_actionPerformed()
 879   {
 880     getGroup().cs = new TaylorColourScheme();
 881     refresh();
 882   }
 883
 884   protected void hydrophobicityColour_actionPerformed()
 885   {
 886     getGroup().cs = new HydrophobicColourScheme();
 887     refresh();
 888   }
 889
 890   protected void helixColour_actionPerformed()
 891   {
 892     getGroup().cs = new HelixColourScheme();
 893     refresh();
 894   }
 895
 896   protected void strandColour_actionPerformed()
 897   {
 898     getGroup().cs = new StrandColourScheme();
 899     refresh();
 900   }
 901
 902   protected void turnColour_actionPerformed()
 903   {
 904     getGroup().cs = new TurnColourScheme();
 905     refresh();
 906   }
 907
 908   protected void buriedColour_actionPerformed()
 909   {
 910     getGroup().cs = new BuriedColourScheme();
 911     refresh();
 912   }
 913
 914   public void nucleotideMenuItem_actionPerformed()
 915   {
 916     getGroup().cs = new NucleotideColourScheme();
 917     refresh();
 918   }
 919
 920   protected void abovePIDColour_itemStateChanged()
 921   {
 922     SequenceGroup sg = getGroup();
 923     if (sg.cs == null)
 924     {
 925       return;
 926     }
 927
 928     if (abovePIDColour.getState())
 929     {
 930       sg.cs.setConsensus(AAFrequency.calculate(sg.getSequences(ap.av
 931               .getHiddenRepSequences()), 0, ap.av.getAlignment().getWidth()));
 932       int threshold = SliderPanel.setPIDSliderSource(ap, sg.cs, getGroup()
 933               .getName());
 934
 935       sg.cs.setThreshold(threshold, ap.av.getIgnoreGapsConsensus());
 936
 937       SliderPanel.showPIDSlider();
 938
 939     }
 940     else
 941     // remove PIDColouring
 942     {
 943       sg.cs.setThreshold(0, ap.av.getIgnoreGapsConsensus());
 944     }
 945
 946     refresh();
 947
 948   }
 949
 950   protected void userDefinedColour_actionPerformed()
 951   {
 952     new UserDefinedColours(ap, getGroup());
 953   }
 954
 955   protected void PIDColour_actionPerformed()
 956   {
 957     SequenceGroup sg = getGroup();
 958     sg.cs = new PIDColourScheme();
 959     sg.cs.setConsensus(AAFrequency.calculate(sg.getSequences(ap.av
 960             .getHiddenRepSequences()), 0, ap.av.getAlignment().getWidth()));
 961     refresh();
 962   }
 963
 964   protected void BLOSUM62Colour_actionPerformed()
 965   {
 966     SequenceGroup sg = getGroup();
 967
 968     sg.cs = new Blosum62ColourScheme();
 969
 970     sg.cs.setConsensus(AAFrequency.calculate(sg.getSequences(ap.av
 971             .getHiddenRepSequences()), 0, ap.av.getAlignment().getWidth()));
 972
 973     refresh();
 974   }
 975
 976   protected void noColourmenuItem_actionPerformed()
 977   {
 978     getGroup().cs = null;
 979     refresh();
 980   }
 981
 982   protected void conservationMenuItem_itemStateChanged()
 983   {
 984     SequenceGroup sg = getGroup();
 985     if (sg.cs == null)
 986     {
 987       return;
 988     }
 989
 990     if (conservationMenuItem.getState())
 991     {
 992
 993       sg.cs.setConservation(Conservation.calculateConservation("Group",
 994               ResidueProperties.propHash, 3, sg.getSequences(ap.av
 995                       .getHiddenRepSequences()), 0, ap.av.getAlignment()
 996                       .getWidth(), false, ap.av.getConsPercGaps(), false));
 997       SliderPanel.setConservationSlider(ap, sg.cs, sg.getName());
 998       SliderPanel.showConservationSlider();
 999     }
1000     else
1001     // remove ConservationColouring
1002     {
1003       sg.cs.setConservation(null);
1004     }
1005
1006     refresh();
1007   }
1008
1009   SequenceGroup getGroup()
1010   {
1011     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
1012
1013     // this method won't add a new group if it already exists
1014     if (sg != null)
1015     {
1016       ap.av.getAlignment().addGroup(sg);
1017     }
1018
1019     return sg;
1020   }
1021
1022   void unGroupMenuItem_actionPerformed()
1023   {
1024     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
1025     ap.av.getAlignment().deleteGroup(sg);
1026     ap.av.setSelectionGroup(null);
1027     ap.paintAlignment(true);
1028   }
1029
1030   public void showColourText_itemStateChanged()
1031   {
1032     getGroup().setColourText(showColourText.getState());
1033     refresh();
1034   }
1035
1036   public void showText_itemStateChanged()
1037   {
1038     getGroup().setDisplayText(showText.getState());
1039     refresh();
1040   }
1041
1042   public void showNonconserved_itemStateChanged()
1043   {
1044     getGroup().setShowNonconserved(this.displayNonconserved.getState());
1045     refresh();
1046   }
1047
1048   public void showBoxes_itemStateChanged()
1049   {
1050     getGroup().setDisplayBoxes(showBoxes.getState());
1051     refresh();
1052   }
1053
1054   void hideSequences(boolean representGroup)
1055   {
1056     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
1057     if (sg == null || sg.getSize() < 1)
1058     {
1059       ap.av.hideSequence(new SequenceI[]
1060       { seq });
1061       return;
1062     }
1063
1064     ap.av.setSelectionGroup(null);
1065
1066     if (representGroup)
1067     {
1068       ap.av.hideRepSequences(seq, sg);
1069
1070       return;
1071     }
1072
1073     int gsize = sg.getSize();
1074     SequenceI[] hseqs;
1075
1076     hseqs = new SequenceI[gsize];
1077
1078     int index = 0;
1079     for (int i = 0; i < gsize; i++)
1080     {
1081       hseqs[index++] = sg.getSequenceAt(i);
1082     }
1083
1084     ap.av.hideSequence(hseqs);
1085     ap.av.sendSelection();
1086   }
1087
1088 }