src/jalview/appletgui/APopupMenu.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2006 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 \r
  20 package jalview.appletgui;\r
  21 \r
  22 import java.awt.*;\r
  23 import java.awt.event.*;\r
  24 import java.util.Vector;\r
  25 \r
  26 import jalview.analysis.*;\r
  27 import jalview.datamodel.*;\r
  28 import jalview.schemes.*;\r
  29 import jalview.commands.ChangeCaseCommand;\r
  30 \r
  31 public class APopupMenu\r
  32     extends java.awt.PopupMenu implements ActionListener, ItemListener\r
  33 {\r
  34   Menu groupMenu = new Menu();\r
  35   protected MenuItem clustalColour = new MenuItem();\r
  36   protected MenuItem zappoColour = new MenuItem();\r
  37   protected MenuItem taylorColour = new MenuItem();\r
  38   protected MenuItem hydrophobicityColour = new MenuItem();\r
  39   protected MenuItem helixColour = new MenuItem();\r
  40   protected MenuItem strandColour = new MenuItem();\r
  41   protected MenuItem turnColour = new MenuItem();\r
  42   protected MenuItem buriedColour = new MenuItem();\r
  43   protected CheckboxMenuItem abovePIDColour = new CheckboxMenuItem();\r
  44   protected MenuItem userDefinedColour = new MenuItem();\r
  45   protected MenuItem PIDColour = new MenuItem();\r
  46   protected MenuItem BLOSUM62Colour = new MenuItem();\r
  47   MenuItem noColourmenuItem = new MenuItem();\r
  48   protected CheckboxMenuItem conservationMenuItem = new CheckboxMenuItem();\r
  49 \r
  50   final AlignmentPanel ap;\r
  51   MenuItem unGroupMenuItem = new MenuItem();\r
  52   MenuItem nucleotideMenuItem = new MenuItem();\r
  53   Menu colourMenu = new Menu();\r
  54   CheckboxMenuItem showBoxes = new CheckboxMenuItem();\r
  55   CheckboxMenuItem showText = new CheckboxMenuItem();\r
  56   CheckboxMenuItem showColourText = new CheckboxMenuItem();\r
  57   Menu editMenu = new Menu("Edit");\r
  58   MenuItem copy = new MenuItem("Copy (Jalview Only)");\r
  59   MenuItem cut = new MenuItem("Cut (Jalview Only)");\r
  60   MenuItem toUpper = new MenuItem("To Upper Case");\r
  61   MenuItem toLower = new MenuItem("To Lower Case");\r
  62   MenuItem toggleCase = new MenuItem("Toggle Case");\r
  63   Menu outputmenu = new Menu();\r
  64   Menu seqMenu = new Menu();\r
  65   MenuItem pdb = new MenuItem();\r
  66   MenuItem hideSeqs = new MenuItem();\r
  67   MenuItem repGroup = new MenuItem();\r
  68 \r
  69   Sequence seq;\r
  70   MenuItem revealAll = new MenuItem();\r
  71   MenuItem menuItem1 = new MenuItem();\r
  72   Menu menu1 = new Menu();\r
  73 \r
  74   public APopupMenu(AlignmentPanel apanel, final Sequence seq, Vector links)\r
  75   {\r
  76     ///////////////////////////////////////////////////////////\r
  77     // If this is activated from the sequence panel, the user may want to\r
  78     // edit or annotate a particular residue. Therefore display the residue menu\r
  79     //\r
  80     // If from the IDPanel, we must display the sequence menu\r
  81     //////////////////////////////////////////////////////////\r
  82 \r
  83     this.ap = apanel;\r
  84     this.seq = seq;\r
  85 \r
  86     try\r
  87     {\r
  88       jbInit();\r
  89     }\r
  90     catch (Exception e)\r
  91     {\r
  92       e.printStackTrace();\r
  93     }\r
  94 \r
  95     for (int i = 0; i < jalview.io.AppletFormatAdapter.WRITEABLE_FORMATS.length; i++)\r
  96     {\r
  97       MenuItem item = new MenuItem( jalview.io.AppletFormatAdapter.WRITEABLE_FORMATS[i] );\r
  98 \r
  99       item.addActionListener(this);\r
 100       outputmenu.add(item);\r
 101     }\r
 102 \r
 103     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();\r
 104 \r
 105     if (sg != null && sg.getSize(false)>0)\r
 106     {\r
 107       showText.setState(sg.getDisplayText());\r
 108       showColourText.setState(sg.getColourText());\r
 109       showBoxes.setState(sg.getDisplayBoxes());\r
 110       if (!ap.av.alignment.getGroups().contains(sg))\r
 111       {\r
 112         groupMenu.remove(unGroupMenuItem);\r
 113       }\r
 114 \r
 115     }\r
 116     else\r
 117     {\r
 118       remove(hideSeqs);\r
 119       remove(groupMenu);\r
 120     }\r
 121 \r
 122     if (links!=null)\r
 123     {\r
 124       Menu linkMenu = new Menu("Link");\r
 125       MenuItem item;\r
 126       String link;\r
 127       for(int i=0; i<links.size(); i++)\r
 128       {\r
 129         link = links.elementAt(i).toString();\r
 130         final String target = link.substring(0, link.indexOf("|"));\r
 131         item = new MenuItem(target);\r
 132 \r
 133         final String url;\r
 134 \r
 135         if (link.indexOf("$SEQUENCE_ID$") > -1)\r
 136         {\r
 137           String id = seq.getName();\r
 138           if (id.indexOf("|") > -1)\r
 139             id = id.substring(id.lastIndexOf("|") + 1);\r
 140 \r
 141           url = link.substring(link.indexOf("|") + 1,\r
 142                                link.indexOf("$SEQUENCE_ID$"))\r
 143               + id +\r
 144               link.substring(link.indexOf("$SEQUENCE_ID$") + 13);\r
 145         }\r
 146         else\r
 147           url = link.substring(link.lastIndexOf("|")+1);\r
 148 \r
 149            item.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()\r
 150            {\r
 151                public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 152                {\r
 153                   ap.alignFrame.showURL(url, target);\r
 154                }\r
 155            });\r
 156           linkMenu.add(item);\r
 157       }\r
 158       if(seq!=null)\r
 159         seqMenu.add(linkMenu);\r
 160       else\r
 161         add(linkMenu);\r
 162     }\r
 163     if(seq!=null)\r
 164     {\r
 165       seqMenu.setLabel(seq.getName());\r
 166       repGroup.setLabel("Represent Group with " + seq.getName());\r
 167     }\r
 168     else\r
 169       remove(seqMenu);\r
 170 \r
 171     if(!ap.av.hasHiddenRows)\r
 172       remove(revealAll);\r
 173   }\r
 174 \r
 175   public void itemStateChanged(ItemEvent evt)\r
 176   {\r
 177     if(evt.getSource()==abovePIDColour)\r
 178       abovePIDColour_itemStateChanged();\r
 179     else if(evt.getSource()==showColourText)\r
 180       showColourText_itemStateChanged();\r
 181     else if(evt.getSource()==showText)\r
 182       showText_itemStateChanged();\r
 183     else if(evt.getSource()==showBoxes)\r
 184        showBoxes_itemStateChanged()   ;\r
 185   }\r
 186 \r
 187   public void actionPerformed(ActionEvent evt)\r
 188   {\r
 189     Object source = evt.getSource();\r
 190     if(source==clustalColour)\r
 191       clustalColour_actionPerformed();\r
 192     else if(source==zappoColour)\r
 193       zappoColour_actionPerformed();\r
 194     else if(source==taylorColour)\r
 195       taylorColour_actionPerformed();\r
 196     else if(source==hydrophobicityColour)\r
 197       hydrophobicityColour_actionPerformed();\r
 198     else if(source==helixColour)\r
 199       helixColour_actionPerformed();\r
 200     else if(source==strandColour)\r
 201       strandColour_actionPerformed();\r
 202     else if(source==turnColour)\r
 203       turnColour_actionPerformed();\r
 204     else if(source==buriedColour)\r
 205       buriedColour_actionPerformed();\r
 206     else if(source==nucleotideMenuItem)\r
 207       nucleotideMenuItem_actionPerformed();\r
 208 \r
 209     else if (source == userDefinedColour)\r
 210       userDefinedColour_actionPerformed();\r
 211     else if (source == PIDColour)\r
 212       PIDColour_actionPerformed();\r
 213     else if (source == BLOSUM62Colour)\r
 214       BLOSUM62Colour_actionPerformed();\r
 215     else if (source == noColourmenuItem)\r
 216       noColourmenuItem_actionPerformed();\r
 217     else if (source == conservationMenuItem)\r
 218       conservationMenuItem_itemStateChanged();\r
 219     else if (source == unGroupMenuItem)\r
 220       unGroupMenuItem_actionPerformed();\r
 221 \r
 222     else if(source == pdb)\r
 223       addPDB();\r
 224     else if(source == hideSeqs)\r
 225       hideSequences(false);\r
 226     else if(source == repGroup)\r
 227       hideSequences(true);\r
 228     else if(source == revealAll)\r
 229     {\r
 230         ap.av.showAllHiddenSeqs();\r
 231     }\r
 232 \r
 233     else if(source==copy)\r
 234       ap.alignFrame.copy_actionPerformed();\r
 235     else if(source==cut)\r
 236       ap.alignFrame.cut_actionPerformed();\r
 237     else if(source==toUpper || source==toLower || source==toggleCase)\r
 238     {\r
 239     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();\r
 240     Vector regions = new Vector();\r
 241     if (sg != null)\r
 242     {\r
 243       int start = sg.getStartRes();\r
 244       int end = sg.getEndRes() + 1;\r
 245 \r
 246       do\r
 247       {\r
 248         if (ap.av.hasHiddenColumns)\r
 249         {\r
 250           if(start==0)\r
 251             start = ap.av.colSel.adjustForHiddenColumns(start);\r
 252 \r
 253           end = ap.av.colSel.getHiddenBoundaryRight(start);\r
 254           if (start == end)\r
 255             end = sg.getEndRes() + 1;\r
 256           if (end > sg.getEndRes())\r
 257             end = sg.getEndRes() + 1;\r
 258         }\r
 259 \r
 260         regions.addElement(new int[]\r
 261                            {start, end});\r
 262 \r
 263         if (ap.av.hasHiddenColumns)\r
 264         {\r
 265           start = ap.av.colSel.adjustForHiddenColumns(end);\r
 266           start = ap.av.colSel.getHiddenBoundaryLeft(start) + 1;\r
 267         }\r
 268       }\r
 269       while (end < sg.getEndRes());\r
 270 \r
 271       int[][] startEnd = new int[regions.size()][2];\r
 272       for (int i = 0; i < regions.size(); i++)\r
 273       {\r
 274         startEnd[i] = (int[]) regions.elementAt(i);\r
 275       }\r
 276 \r
 277 \r
 278       String description;\r
 279       int caseChange;\r
 280 \r
 281       if(source==toggleCase)\r
 282       {\r
 283         description = "Toggle Case";\r
 284         caseChange = ChangeCaseCommand.TOGGLE_CASE;\r
 285       }\r
 286       else if(source==toUpper)\r
 287       {\r
 288         description = "To Upper Case";\r
 289         caseChange = ChangeCaseCommand.TO_UPPER;\r
 290       }\r
 291       else\r
 292       {\r
 293         description = "To Lower Case";\r
 294         caseChange = ChangeCaseCommand.TO_LOWER;\r
 295       }\r
 296 \r
 297       ChangeCaseCommand caseCommand = new ChangeCaseCommand(\r
 298           description, sg.getSequencesAsArray(true), startEnd, caseChange\r
 299           );\r
 300 \r
 301       ap.alignFrame.addHistoryItem(caseCommand);\r
 302 \r
 303 \r
 304       ap.av.firePropertyChange("alignment", null,\r
 305                                 ap.av.getAlignment().getSequences());\r
 306 \r
 307     }\r
 308     }\r
 309     else\r
 310       outputText(evt);\r
 311 \r
 312   }\r
 313 \r
 314   void outputText(ActionEvent e)\r
 315   {\r
 316     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(true, ap.alignFrame);\r
 317     Vector vseqs = new Vector();\r
 318 \r
 319       String [] selection = ap.av.getViewAsString(true);\r
 320       SequenceI [] seqs = ap.av.getSelectionAsNewSequence();\r
 321       if (selection != null)\r
 322       {\r
 323         for (int i = 0; i < selection.length; i++)\r
 324         {\r
 325           Sequence seq = new Sequence(\r
 326               seqs[i].getName(),\r
 327               selection[i],\r
 328               seqs[i].getStart(), seqs[i].getEnd());\r
 329           seq.setDescription(seqs[i].getDescription());\r
 330           vseqs.addElement( seq );\r
 331       }\r
 332     }\r
 333 \r
 334     Frame frame = new Frame();\r
 335     frame.add(cap);\r
 336     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame,\r
 337                                      "Selection output - " + e.getActionCommand(),\r
 338                                      600, 500);\r
 339 \r
 340     cap.setText(new jalview.io.AppletFormatAdapter().formatSequences(\r
 341         e.getActionCommand(),\r
 342         vseqs,\r
 343         ap.av.showJVSuffix));\r
 344 \r
 345   }\r
 346 \r
 347   void addPDB()\r
 348   {\r
 349     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(true, ap.alignFrame);\r
 350     cap.setText("Paste your PDB file here.");\r
 351     cap.setPDBImport(seq);\r
 352     Frame frame = new Frame();\r
 353     frame.add(cap);\r
 354     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, "Paste PDB file ", 400, 300);\r
 355   }\r
 356 \r
 357   private void jbInit()\r
 358       throws Exception\r
 359   {\r
 360     groupMenu.setLabel("Group");\r
 361     groupMenu.setLabel("Selection");\r
 362 \r
 363     unGroupMenuItem.setLabel("Remove Group");\r
 364     unGroupMenuItem.addActionListener(this);\r
 365 \r
 366     nucleotideMenuItem.setLabel("Nucleotide");\r
 367     nucleotideMenuItem.addActionListener(this);\r
 368     conservationMenuItem.addItemListener(this);\r
 369     abovePIDColour.addItemListener(this);\r
 370     colourMenu.setLabel("Group Colour");\r
 371     showBoxes.setLabel("Boxes");\r
 372     showBoxes.setState(true);\r
 373     showBoxes.addItemListener(this);\r
 374 \r
 375     showText.setLabel("Text");\r
 376     showText.addItemListener(this);\r
 377     showColourText.setLabel("Colour Text");\r
 378     showColourText.addItemListener(this);\r
 379     outputmenu.setLabel("Output to Textbox...");\r
 380     seqMenu.setLabel("Sequence");\r
 381     pdb.setLabel("View PDB Structure");\r
 382     hideSeqs.setLabel("Hide Sequences");\r
 383     repGroup.setLabel("Represent Group with");\r
 384     revealAll.setLabel("Reveal All");\r
 385     menuItem1.setLabel("Create Sequence Feature");\r
 386     menu1.setLabel("Group");\r
 387     add(groupMenu);\r
 388     this.add(seqMenu);\r
 389     this.add(hideSeqs);\r
 390     this.add(revealAll);\r
 391     groupMenu.add(editMenu);\r
 392     groupMenu.add(outputmenu);\r
 393     groupMenu.add(menuItem1);\r
 394     groupMenu.add(menu1);\r
 395     colourMenu.add(noColourmenuItem);\r
 396     colourMenu.add(clustalColour);\r
 397     colourMenu.add(BLOSUM62Colour);\r
 398     colourMenu.add(PIDColour);\r
 399     colourMenu.add(zappoColour);\r
 400     colourMenu.add(taylorColour);\r
 401     colourMenu.add(hydrophobicityColour);\r
 402     colourMenu.add(helixColour);\r
 403     colourMenu.add(strandColour);\r
 404     colourMenu.add(turnColour);\r
 405     colourMenu.add(buriedColour);\r
 406     colourMenu.add(nucleotideMenuItem);\r
 407     colourMenu.add(userDefinedColour);\r
 408     colourMenu.addSeparator();\r
 409     colourMenu.add(abovePIDColour);\r
 410     colourMenu.add(conservationMenuItem);\r
 411 \r
 412     noColourmenuItem.setLabel("None");\r
 413     noColourmenuItem.addActionListener(this);\r
 414 \r
 415     clustalColour.setLabel("Clustalx colours");\r
 416     clustalColour.addActionListener(this);\r
 417     zappoColour.setLabel("Zappo");\r
 418     zappoColour.addActionListener(this);\r
 419     taylorColour.setLabel("Taylor");\r
 420     taylorColour.addActionListener(this);\r
 421     hydrophobicityColour.setLabel("Hydrophobicity");\r
 422     hydrophobicityColour.addActionListener(this);\r
 423     helixColour.setLabel("Helix propensity");\r
 424     helixColour.addActionListener(this);\r
 425     strandColour.setLabel("Strand propensity");\r
 426     strandColour.addActionListener(this);\r
 427     turnColour.setLabel("Turn propensity");\r
 428     turnColour.addActionListener(this);\r
 429     buriedColour.setLabel("Buried Index");\r
 430     buriedColour.addActionListener(this);\r
 431     abovePIDColour.setLabel("Above % Identity");\r
 432 \r
 433     userDefinedColour.setLabel("User Defined");\r
 434     userDefinedColour.addActionListener(this);\r
 435     PIDColour.setLabel("Percentage Identity");\r
 436     PIDColour.addActionListener(this);\r
 437     BLOSUM62Colour.setLabel("BLOSUM62");\r
 438     BLOSUM62Colour.addActionListener(this);\r
 439     conservationMenuItem.setLabel("Conservation");\r
 440 \r
 441     editMenu.add(copy);\r
 442     copy.addActionListener(this);\r
 443     editMenu.add(cut);\r
 444     cut.addActionListener(this);\r
 445     editMenu.add(toUpper);\r
 446     toUpper.addActionListener(this);\r
 447     editMenu.add(toLower);\r
 448     toLower.addActionListener(this);\r
 449     editMenu.add(toggleCase);\r
 450     seqMenu.add(pdb);\r
 451     seqMenu.add(repGroup);\r
 452     menu1.add(unGroupMenuItem);\r
 453     menu1.add(colourMenu);\r
 454     menu1.add(showBoxes);\r
 455     menu1.add(showText);\r
 456     menu1.add(showColourText);\r
 457     toggleCase.addActionListener(this);\r
 458     pdb.addActionListener(this);\r
 459     hideSeqs.addActionListener(this);\r
 460     repGroup.addActionListener(this);\r
 461     revealAll.addActionListener(this);\r
 462 \r
 463   }\r
 464 \r
 465   void refresh()\r
 466   {\r
 467     ap.seqPanel.seqCanvas.repaint();\r
 468     if(ap.overviewPanel!=null)\r
 469       ap.overviewPanel.updateOverviewImage();\r
 470   }\r
 471 \r
 472   protected void clustalColour_actionPerformed()\r
 473   {\r
 474     SequenceGroup sg = getGroup();\r
 475     sg.cs = new ClustalxColourScheme(sg.getSequences(true), ap.av.alignment.getWidth());\r
 476     refresh();\r
 477   }\r
 478 \r
 479   protected void zappoColour_actionPerformed()\r
 480   {\r
 481     getGroup().cs = new ZappoColourScheme();\r
 482     refresh();\r
 483   }\r
 484 \r
 485   protected void taylorColour_actionPerformed()\r
 486   {\r
 487     getGroup().cs = new TaylorColourScheme();\r
 488     refresh();\r
 489   }\r
 490 \r
 491   protected void hydrophobicityColour_actionPerformed()\r
 492   {\r
 493     getGroup().cs = new HydrophobicColourScheme();\r
 494     refresh();\r
 495   }\r
 496 \r
 497   protected void helixColour_actionPerformed()\r
 498   {\r
 499     getGroup().cs = new HelixColourScheme();\r
 500     refresh();\r
 501   }\r
 502 \r
 503   protected void strandColour_actionPerformed()\r
 504   {\r
 505     getGroup().cs = new StrandColourScheme();\r
 506     refresh();\r
 507   }\r
 508 \r
 509   protected void turnColour_actionPerformed()\r
 510   {\r
 511     getGroup().cs = new TurnColourScheme();\r
 512     refresh();\r
 513   }\r
 514 \r
 515   protected void buriedColour_actionPerformed()\r
 516   {\r
 517     getGroup().cs = new BuriedColourScheme();\r
 518     refresh();\r
 519   }\r
 520 \r
 521   public void nucleotideMenuItem_actionPerformed()\r
 522   {\r
 523     getGroup().cs = new NucleotideColourScheme();\r
 524     refresh();\r
 525   }\r
 526 \r
 527   protected void abovePIDColour_itemStateChanged()\r
 528   {\r
 529     SequenceGroup sg = getGroup();\r
 530     if(sg.cs==null)\r
 531           return;\r
 532 \r
 533     if (abovePIDColour.getState())\r
 534     {\r
 535       sg.cs.setConsensus(AAFrequency.calculate(sg.getSequences(true), 0,\r
 536                                                ap.av.alignment.getWidth()));\r
 537       int threshold = SliderPanel.setPIDSliderSource(ap, sg.cs,\r
 538           getGroup().getName());\r
 539 \r
 540       sg.cs.setThreshold(threshold, ap.av.getIgnoreGapsConsensus());\r
 541 \r
 542       SliderPanel.showPIDSlider();\r
 543 \r
 544     }\r
 545     else // remove PIDColouring\r
 546     {\r
 547       sg.cs.setThreshold(0, ap.av.getIgnoreGapsConsensus());\r
 548     }\r
 549 \r
 550     refresh();\r
 551 \r
 552   }\r
 553 \r
 554   protected void userDefinedColour_actionPerformed()\r
 555   {\r
 556     new UserDefinedColours(ap, getGroup());\r
 557   }\r
 558 \r
 559   protected void PIDColour_actionPerformed()\r
 560   {\r
 561     SequenceGroup sg = getGroup();\r
 562     sg.cs = new PIDColourScheme();\r
 563     sg.cs.setConsensus(AAFrequency.calculate(sg.getSequences(true), 0,\r
 564                                              ap.av.alignment.getWidth()));\r
 565     refresh();\r
 566   }\r
 567 \r
 568   protected void BLOSUM62Colour_actionPerformed()\r
 569   {\r
 570     SequenceGroup sg = getGroup();\r
 571 \r
 572     sg.cs = new Blosum62ColourScheme();\r
 573 \r
 574     sg.cs.setConsensus(AAFrequency.calculate(sg.getSequences(true), 0,\r
 575                                              ap.av.alignment.getWidth()));\r
 576 \r
 577     refresh();\r
 578   }\r
 579 \r
 580   protected void noColourmenuItem_actionPerformed()\r
 581   {\r
 582     getGroup().cs = null;\r
 583     refresh();\r
 584   }\r
 585 \r
 586   protected void conservationMenuItem_itemStateChanged()\r
 587   {\r
 588     SequenceGroup sg = getGroup();\r
 589     if(sg.cs==null)\r
 590           return;\r
 591 \r
 592     if (conservationMenuItem.getState())\r
 593     {\r
 594 \r
 595       Conservation c = new Conservation("Group",\r
 596                                         ResidueProperties.propHash, 3,\r
 597                                         sg.getSequences(true), 0,\r
 598                                         ap.av.alignment.getWidth());\r
 599 \r
 600       c.calculate();\r
 601       c.verdict(false, ap.av.ConsPercGaps);\r
 602 \r
 603       sg.cs.setConservation(c);\r
 604 \r
 605       SliderPanel.setConservationSlider(ap, sg.cs, sg.getName());\r
 606       SliderPanel.showConservationSlider();\r
 607     }\r
 608     else // remove ConservationColouring\r
 609     {\r
 610       sg.cs.setConservation(null);\r
 611     }\r
 612 \r
 613     refresh();\r
 614   }\r
 615 \r
 616 \r
 617   SequenceGroup getGroup()\r
 618   {\r
 619     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();\r
 620 \r
 621     // this method won't add a new group if it already exists\r
 622     if(sg!=null)\r
 623       ap.av.alignment.addGroup(sg);\r
 624 \r
 625     return sg;\r
 626   }\r
 627 \r
 628   void unGroupMenuItem_actionPerformed()\r
 629   {\r
 630     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();\r
 631     ap.av.alignment.deleteGroup(sg);\r
 632     ap.av.setSelectionGroup(null);\r
 633     ap.repaint();\r
 634   }\r
 635 \r
 636   public void showColourText_itemStateChanged()\r
 637   {\r
 638     getGroup().setColourText(showColourText.getState());\r
 639     refresh();\r
 640   }\r
 641 \r
 642   public void showText_itemStateChanged()\r
 643   {\r
 644     getGroup().setDisplayText(showText.getState());\r
 645     refresh();\r
 646   }\r
 647 \r
 648   public void showBoxes_itemStateChanged()\r
 649   {\r
 650     getGroup().setDisplayBoxes(showBoxes.getState());\r
 651     refresh();\r
 652   }\r
 653 \r
 654   void hideSequences(boolean representGroup)\r
 655   {\r
 656     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();\r
 657     if(sg==null || sg.getSize(false)<1)\r
 658     {\r
 659       ap.av.hideSequence(new SequenceI[]{seq});\r
 660       return;\r
 661     }\r
 662 \r
 663     int gsize = sg.getSize(false);\r
 664     SequenceI [] hseqs;\r
 665 \r
 666     hseqs = new SequenceI[ representGroup ? gsize-1 : gsize ];\r
 667 \r
 668       int index = 0;\r
 669       for(int i=0; i<gsize; i++)\r
 670       {\r
 671         if(representGroup && sg.getSequenceAt(i)!=seq)\r
 672         {\r
 673           seq.addHiddenSequence(sg.getSequenceAt(i));\r
 674           hseqs[index++] = sg.getSequenceAt(i);\r
 675         }\r
 676         else if(!representGroup)\r
 677         {\r
 678           hseqs[index++] = sg.getSequenceAt(i);\r
 679         }\r
 680         }\r
 681 \r
 682       ap.av.hideSequence(hseqs);\r
 683 \r
 684       ap.av.setSelectionGroup(null);\r
 685     }\r
 686 \r
 687 }\r