src/jalview/appletgui/APopupMenu.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.2)
   3  * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.appletgui;
  22
  23 import java.util.*;
  24
  25 import java.awt.*;
  26 import java.awt.event.*;
  27
  28 import jalview.analysis.*;
  29 import jalview.commands.*;
  30 import jalview.datamodel.*;
  31 import jalview.schemes.*;
  32 import jalview.util.MessageManager;
  33 import jalview.util.UrlLink;
  34 import jalview.io.AppletFormatAdapter;
  35 import jalview.io.SequenceAnnotationReport;
  36
  37 public class APopupMenu extends java.awt.PopupMenu implements
  38         ActionListener, ItemListener
  39 {
  40   Menu groupMenu = new Menu();
  41
  42   MenuItem editGroupName = new MenuItem();
  43
  44   protected MenuItem clustalColour = new MenuItem();
  45
  46   protected MenuItem zappoColour = new MenuItem();
  47
  48   protected MenuItem taylorColour = new MenuItem();
  49
  50   protected MenuItem hydrophobicityColour = new MenuItem();
  51
  52   protected MenuItem helixColour = new MenuItem();
  53
  54   protected MenuItem strandColour = new MenuItem();
  55
  56   protected MenuItem turnColour = new MenuItem();
  57
  58   protected MenuItem buriedColour = new MenuItem();
  59
  60   protected CheckboxMenuItem abovePIDColour = new CheckboxMenuItem();
  61
  62   protected MenuItem userDefinedColour = new MenuItem();
  63
  64   protected MenuItem PIDColour = new MenuItem();
  65
  66   protected MenuItem BLOSUM62Colour = new MenuItem();
  67
  68   MenuItem noColourmenuItem = new MenuItem();
  69
  70   protected CheckboxMenuItem conservationMenuItem = new CheckboxMenuItem();
  71
  72   final AlignmentPanel ap;
  73
  74   MenuItem unGroupMenuItem = new MenuItem();
  75
  76   MenuItem createGroupMenuItem = new MenuItem();
  77
  78   MenuItem nucleotideMenuItem = new MenuItem();
  79
  80   Menu colourMenu = new Menu();
  81
  82   CheckboxMenuItem showBoxes = new CheckboxMenuItem();
  83
  84   CheckboxMenuItem showText = new CheckboxMenuItem();
  85
  86   CheckboxMenuItem showColourText = new CheckboxMenuItem();
  87
  88   CheckboxMenuItem displayNonconserved = new CheckboxMenuItem();
  89
  90   Menu editMenu = new Menu(MessageManager.getString("action.edit"));
  91
  92   MenuItem copy = new MenuItem(
  93           MessageManager.getString("label.jalview_copy"));
  94
  95   MenuItem cut = new MenuItem(MessageManager.getString("label.jalview_cut"));
  96
  97   MenuItem toUpper = new MenuItem(
  98           MessageManager.getString("label.to_upper_case"));
  99
 100   MenuItem toLower = new MenuItem(
 101           MessageManager.getString("label.to_lower_case"));
 102
 103   MenuItem toggleCase = new MenuItem(
 104           MessageManager.getString("label.toggle_case"));
 105
 106   Menu outputmenu = new Menu();
 107
 108   Menu seqMenu = new Menu();
 109
 110   MenuItem pdb = new MenuItem();
 111
 112   MenuItem hideSeqs = new MenuItem();
 113
 114   MenuItem repGroup = new MenuItem();
 115
 116   MenuItem sequenceName = new MenuItem(
 117           MessageManager.getString("label.edit_name_description"));
 118
 119   MenuItem sequenceFeature = new MenuItem(
 120           MessageManager.getString("label.create_sequence_feature"));
 121
 122   MenuItem editSequence = new MenuItem(
 123           MessageManager.getString("label.edit_sequence"));
 124
 125   MenuItem sequenceDetails = new MenuItem(
 126           MessageManager.getString("label.sequence_details") + "...");
 127
 128   MenuItem selSeqDetails = new MenuItem(
 129           MessageManager.getString("label.sequence_details") + "...");
 130
 131   Sequence seq;
 132
 133   MenuItem revealAll = new MenuItem();
 134
 135   MenuItem revealSeq = new MenuItem();
 136
 137   /**
 138    * index of sequence to be revealed
 139    */
 140   int revealSeq_index = -1;
 141
 142   Menu menu1 = new Menu();
 143
 144   public APopupMenu(AlignmentPanel apanel, final Sequence seq, Vector links)
 145   {
 146     // /////////////////////////////////////////////////////////
 147     // If this is activated from the sequence panel, the user may want to
 148     // edit or annotate a particular residue. Therefore display the residue menu
 149     //
 150     // If from the IDPanel, we must display the sequence menu
 151     // ////////////////////////////////////////////////////////
 152
 153     this.ap = apanel;
 154     this.seq = seq;
 155
 156     try
 157     {
 158       jbInit();
 159     } catch (Exception e)
 160     {
 161       e.printStackTrace();
 162     }
 163
 164     for (int i = 0; i < jalview.io.AppletFormatAdapter.WRITEABLE_FORMATS.length; i++)
 165     {
 166       MenuItem item = new MenuItem(
 167               jalview.io.AppletFormatAdapter.WRITEABLE_FORMATS[i]);
 168
 169       item.addActionListener(this);
 170       outputmenu.add(item);
 171     }
 172
 173     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
 174
 175     if (sg != null && sg.getSize() > 0)
 176     {
 177       editGroupName.setLabel(MessageManager.formatMessage(
 178               "label.name_param", new String[]
 179               { sg.getName() }));
 180       showText.setState(sg.getDisplayText());
 181       showColourText.setState(sg.getColourText());
 182       showBoxes.setState(sg.getDisplayBoxes());
 183       displayNonconserved.setState(sg.getShowNonconserved());
 184       if (!ap.av.getAlignment().getGroups().contains(sg))
 185       {
 186         menu1.setLabel(MessageManager.getString("action.edit_new_group"));
 187         groupMenu.remove(unGroupMenuItem);
 188       }
 189       else
 190       {
 191         menu1.setLabel(MessageManager.getString("action.edit_group"));
 192         groupMenu.remove(createGroupMenuItem);
 193       }
 194
 195     }
 196     else
 197     {
 198       remove(hideSeqs);
 199       remove(groupMenu);
 200     }
 201
 202     if (links != null && links.size() > 0)
 203     {
 204       Menu linkMenu = new Menu(MessageManager.getString("action.link"));
 205       String link;
 206       for (int i = 0; i < links.size(); i++)
 207       {
 208         link = links.elementAt(i).toString();
 209         UrlLink urlLink = new UrlLink(link);
 210         if (!urlLink.isValid())
 211         {
 212           System.err.println(urlLink.getInvalidMessage());
 213           continue;
 214         }
 215         final String target = urlLink.getTarget(); // link.substring(0,
 216         // link.indexOf("|"));
 217         final String label = urlLink.getLabel();
 218         if (seq != null && urlLink.isDynamic())
 219         {
 220
 221           // collect matching db-refs
 222           DBRefEntry[] dbr = jalview.util.DBRefUtils.selectRefs(
 223                   seq.getDBRef(), new String[]
 224                   { target });
 225           // collect id string too
 226           String id = seq.getName();
 227           String descr = seq.getDescription();
 228           if (descr != null && descr.length() < 1)
 229           {
 230             descr = null;
 231           }
 232           if (dbr != null)
 233           {
 234             for (int r = 0; r < dbr.length; r++)
 235             {
 236               if (id != null && dbr[r].getAccessionId().equals(id))
 237               {
 238                 // suppress duplicate link creation for the bare sequence ID
 239                 // string with this link
 240                 id = null;
 241               }
 242               // create Bare ID link for this RUL
 243               String[] urls = urlLink.makeUrls(dbr[r].getAccessionId(),
 244                       true);
 245               if (urls != null)
 246               {
 247                 for (int u = 0; u < urls.length; u += 2)
 248                 {
 249                   addshowLink(linkMenu, label + "|" + urls[u], urls[u + 1]);
 250                 }
 251               }
 252             }
 253           }
 254           if (id != null)
 255           {
 256             // create Bare ID link for this RUL
 257             String[] urls = urlLink.makeUrls(id, true);
 258             if (urls != null)
 259             {
 260               for (int u = 0; u < urls.length; u += 2)
 261               {
 262                 addshowLink(linkMenu, label, urls[u + 1]);
 263               }
 264             }
 265             // addshowLink(linkMenu, target, url_pref + id + url_suff);
 266           }
 267           // Now construct URLs from description but only try to do it for regex
 268           // URL links
 269           if (descr != null && urlLink.getRegexReplace() != null)
 270           {
 271             // create link for this URL from description only if regex matches
 272             String[] urls = urlLink.makeUrls(descr, true);
 273             if (urls != null)
 274             {
 275               for (int u = 0; u < urls.length; u += 2)
 276               {
 277                 addshowLink(linkMenu, label, urls[u + 1]);
 278               }
 279             }
 280           }
 281         }
 282         else
 283         {
 284           addshowLink(linkMenu, target, urlLink.getUrl_prefix()); // link.substring(link.lastIndexOf("|")+1));
 285         }
 286         /*
 287          * final String url;
 288          *
 289          * if (link.indexOf("$SEQUENCE_ID$") > -1) { // Substitute SEQUENCE_ID
 290          * string and any matching database reference accessions String url_pref
 291          * = link.substring(link.indexOf("|") + 1,
 292          * link.indexOf("$SEQUENCE_ID$"));
 293          *
 294          * String url_suff = link.substring(link.indexOf("$SEQUENCE_ID$") + 13);
 295          * // collect matching db-refs DBRefEntry[] dbr =
 296          * jalview.util.DBRefUtils.selectRefs(seq.getDBRef(), new
 297          * String[]{target}); // collect id string too String id =
 298          * seq.getName(); if (id.indexOf("|") > -1) { id =
 299          * id.substring(id.lastIndexOf("|") + 1); } if (dbr!=null) { for (int
 300          * r=0;r<dbr.length; r++) { if (dbr[r].getAccessionId().equals(id)) { //
 301          * suppress duplicate link creation for the bare sequence ID string with
 302          * this link id = null; } addshowLink(linkMenu,
 303          * dbr[r].getSource()+"|"+dbr[r].getAccessionId(), target,
 304          * url_pref+dbr[r].getAccessionId()+url_suff); } } if (id!=null) { //
 305          * create Bare ID link for this RUL addshowLink(linkMenu, target,
 306          * url_pref + id + url_suff); } } else { addshowLink(linkMenu, target,
 307          * link.substring(link.lastIndexOf("|")+1)); }
 308          */
 309       }
 310       if (linkMenu.getItemCount() > 0)
 311       {
 312         if (seq != null)
 313         {
 314           seqMenu.add(linkMenu);
 315         }
 316         else
 317         {
 318           add(linkMenu);
 319         }
 320       }
 321     }
 322     // TODO: add group link menu entry here
 323     if (seq != null)
 324     {
 325       seqMenu.setLabel(seq.getName());
 326       repGroup.setLabel(MessageManager.formatMessage(
 327               "label.represent_group_with", new String[]
 328               { seq.getName() }));
 329     }
 330     else
 331     {
 332       remove(seqMenu);
 333     }
 334
 335     if (!ap.av.hasHiddenRows())
 336     {
 337       remove(revealAll);
 338       remove(revealSeq);
 339     }
 340     else
 341     {
 342       final int index = ap.av.getAlignment().findIndex(seq);
 343
 344       if (ap.av.adjustForHiddenSeqs(index)
 345               - ap.av.adjustForHiddenSeqs(index - 1) > 1)
 346       {
 347         revealSeq_index = index;
 348       }
 349       else
 350       {
 351         remove(revealSeq);
 352       }
 353     }
 354   }
 355
 356   /**
 357    * add a show URL menu item to the given linkMenu
 358    *
 359    * @param linkMenu
 360    * @param target
 361    *          - menu label string
 362    * @param url
 363    *          - url to open
 364    */
 365   private void addshowLink(Menu linkMenu, final String target,
 366           final String url)
 367   {
 368     addshowLink(linkMenu, target, target, url);
 369   }
 370
 371   /**
 372    * add a show URL menu item to the given linkMenu
 373    *
 374    * @param linkMenu
 375    * @param target
 376    *          - URL target window
 377    * @param label
 378    *          - menu label string
 379    * @param url
 380    *          - url to open
 381    */
 382   private void addshowLink(Menu linkMenu, final String target,
 383           final String label, final String url)
 384   {
 385     MenuItem item = new MenuItem(label);
 386     item.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()
 387     {
 388       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 389       {
 390         ap.alignFrame.showURL(url, target);
 391       }
 392     });
 393     linkMenu.add(item);
 394   }
 395
 396   public void itemStateChanged(ItemEvent evt)
 397   {
 398     if (evt.getSource() == abovePIDColour)
 399     {
 400       abovePIDColour_itemStateChanged();
 401     }
 402     else if (evt.getSource() == showColourText)
 403     {
 404       showColourText_itemStateChanged();
 405     }
 406     else if (evt.getSource() == showText)
 407     {
 408       showText_itemStateChanged();
 409     }
 410     else if (evt.getSource() == showBoxes)
 411     {
 412       showBoxes_itemStateChanged();
 413     }
 414     else if (evt.getSource() == displayNonconserved)
 415     {
 416       this.showNonconserved_itemStateChanged();
 417     }
 418   }
 419
 420   public void actionPerformed(ActionEvent evt)
 421   {
 422     Object source = evt.getSource();
 423     if (source == clustalColour)
 424     {
 425       clustalColour_actionPerformed();
 426     }
 427     else if (source == zappoColour)
 428     {
 429       zappoColour_actionPerformed();
 430     }
 431     else if (source == taylorColour)
 432     {
 433       taylorColour_actionPerformed();
 434     }
 435     else if (source == hydrophobicityColour)
 436     {
 437       hydrophobicityColour_actionPerformed();
 438     }
 439     else if (source == helixColour)
 440     {
 441       helixColour_actionPerformed();
 442     }
 443     else if (source == strandColour)
 444     {
 445       strandColour_actionPerformed();
 446     }
 447     else if (source == turnColour)
 448     {
 449       turnColour_actionPerformed();
 450     }
 451     else if (source == buriedColour)
 452     {
 453       buriedColour_actionPerformed();
 454     }
 455     else if (source == nucleotideMenuItem)
 456     {
 457       nucleotideMenuItem_actionPerformed();
 458     }
 459
 460     else if (source == userDefinedColour)
 461     {
 462       userDefinedColour_actionPerformed();
 463     }
 464     else if (source == PIDColour)
 465     {
 466       PIDColour_actionPerformed();
 467     }
 468     else if (source == BLOSUM62Colour)
 469     {
 470       BLOSUM62Colour_actionPerformed();
 471     }
 472     else if (source == noColourmenuItem)
 473     {
 474       noColourmenuItem_actionPerformed();
 475     }
 476     else if (source == conservationMenuItem)
 477     {
 478       conservationMenuItem_itemStateChanged();
 479     }
 480     else if (source == unGroupMenuItem)
 481     {
 482       unGroupMenuItem_actionPerformed();
 483     }
 484
 485     else if (source == createGroupMenuItem)
 486     {
 487       createGroupMenuItem_actionPerformed();
 488     }
 489
 490     else if (source == sequenceName)
 491     {
 492       editName();
 493     }
 494     else if (source == sequenceDetails)
 495     {
 496       showSequenceDetails();
 497     }
 498     else if (source == selSeqDetails)
 499     {
 500       showSequenceSelectionDetails();
 501     }
 502     else if (source == pdb)
 503     {
 504       addPDB();
 505     }
 506     else if (source == hideSeqs)
 507     {
 508       hideSequences(false);
 509     }
 510     else if (source == repGroup)
 511     {
 512       hideSequences(true);
 513     }
 514     else if (source == revealSeq)
 515     {
 516       ap.av.showSequence(revealSeq_index);
 517     }
 518     else if (source == revealAll)
 519     {
 520       ap.av.showAllHiddenSeqs();
 521     }
 522
 523     else if (source == editGroupName)
 524     {
 525       EditNameDialog dialog = new EditNameDialog(getGroup().getName(),
 526               getGroup().getDescription(), "       Group Name",
 527               "Group Description", ap.alignFrame,
 528               "Edit Group Name / Description", 500, 100, true);
 529
 530       if (dialog.accept)
 531       {
 532         getGroup().setName(dialog.getName().replace(' ', '_'));
 533         getGroup().setDescription(dialog.getDescription());
 534       }
 535
 536     }
 537     else if (source == copy)
 538     {
 539       ap.alignFrame.copy_actionPerformed();
 540     }
 541     else if (source == cut)
 542     {
 543       ap.alignFrame.cut_actionPerformed();
 544     }
 545     else if (source == editSequence)
 546     {
 547       SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
 548
 549       if (sg != null)
 550       {
 551         if (seq == null)
 552           seq = (Sequence) sg.getSequenceAt(0);
 553
 554         EditNameDialog dialog = new EditNameDialog(seq.getSequenceAsString(
 555                 sg.getStartRes(), sg.getEndRes() + 1), null,
 556                 "Edit Sequence ", null,
 557
 558                 ap.alignFrame, "Edit Sequence", 500, 100, true);
 559
 560         if (dialog.accept)
 561         {
 562           EditCommand editCommand = new EditCommand(MessageManager.getString("label.edit_sequences"),
 563                   EditCommand.REPLACE, dialog.getName().replace(' ',
 564                           ap.av.getGapCharacter()),
 565                   sg.getSequencesAsArray(ap.av.getHiddenRepSequences()),
 566                   sg.getStartRes(), sg.getEndRes() + 1,
 567                   ap.av.getAlignment());
 568
 569           ap.alignFrame.addHistoryItem(editCommand);
 570
 571           ap.av.firePropertyChange("alignment", null, ap.av.getAlignment()
 572                   .getSequences());
 573         }
 574       }
 575     }
 576     else if (source == toUpper || source == toLower || source == toggleCase)
 577     {
 578       SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
 579       Vector regions = new Vector();
 580       if (sg != null)
 581       {
 582         int[][] startEnd = ap.av.getVisibleRegionBoundaries(
 583                 sg.getStartRes(), sg.getEndRes() + 1);
 584
 585         String description;
 586         int caseChange;
 587
 588         if (source == toggleCase)
 589         {
 590           description = "Toggle Case";
 591           caseChange = ChangeCaseCommand.TOGGLE_CASE;
 592         }
 593         else if (source == toUpper)
 594         {
 595           description = "To Upper Case";
 596           caseChange = ChangeCaseCommand.TO_UPPER;
 597         }
 598         else
 599         {
 600           description = "To Lower Case";
 601           caseChange = ChangeCaseCommand.TO_LOWER;
 602         }
 603
 604         ChangeCaseCommand caseCommand = new ChangeCaseCommand(description,
 605                 sg.getSequencesAsArray(ap.av.getHiddenRepSequences()),
 606                 startEnd, caseChange);
 607
 608         ap.alignFrame.addHistoryItem(caseCommand);
 609
 610         ap.av.firePropertyChange("alignment", null, ap.av.getAlignment()
 611                 .getSequences());
 612
 613       }
 614     }
 615     else if (source == sequenceFeature)
 616     {
 617       SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
 618       if (sg == null)
 619       {
 620         return;
 621       }
 622
 623       int rsize = 0, gSize = sg.getSize();
 624       SequenceI[] rseqs, seqs = new SequenceI[gSize];
 625       SequenceFeature[] tfeatures, features = new SequenceFeature[gSize];
 626
 627       for (int i = 0; i < gSize; i++)
 628       {
 629         int start = sg.getSequenceAt(i).findPosition(sg.getStartRes());
 630         int end = sg.findEndRes(sg.getSequenceAt(i));
 631         if (start <= end)
 632         {
 633           seqs[rsize] = sg.getSequenceAt(i);
 634           features[rsize] = new SequenceFeature(null, null, null, start,
 635                   end, "Jalview");
 636           rsize++;
 637         }
 638       }
 639       rseqs = new SequenceI[rsize];
 640       tfeatures = new SequenceFeature[rsize];
 641       System.arraycopy(seqs, 0, rseqs, 0, rsize);
 642       System.arraycopy(features, 0, tfeatures, 0, rsize);
 643       features = tfeatures;
 644       seqs = rseqs;
 645
 646       if (ap.seqPanel.seqCanvas.getFeatureRenderer().amendFeatures(seqs,
 647               features, true, ap))
 648       {
 649         ap.alignFrame.sequenceFeatures.setState(true);
 650         ap.av.showSequenceFeatures(true);
 651         ap.highlightSearchResults(null);
 652       }
 653     }
 654     else
 655     {
 656       outputText(evt);
 657     }
 658
 659   }
 660
 661   void outputText(ActionEvent e)
 662   {
 663     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(true, ap.alignFrame);
 664
 665     Frame frame = new Frame();
 666     frame.add(cap);
 667     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, MessageManager.formatMessage(
 668             "label.selection_output_command", new String[]
 669             { e.getActionCommand() }), 600, 500);
 670     // JBPNote: getSelectionAsNewSequence behaviour has changed - this method
 671     // now returns a full copy of sequence data
 672     // TODO consider using getSequenceSelection instead here
 673
 674     cap.setText(new jalview.io.AppletFormatAdapter().formatSequences(
 675             e.getActionCommand(),
 676             ap.av.showJVSuffix, ap.av, true));
 677
 678   }
 679
 680   protected void showSequenceSelectionDetails()
 681   {
 682     createSequenceDetailsReport(ap.av.getSequenceSelection());
 683   }
 684
 685   protected void showSequenceDetails()
 686   {
 687     createSequenceDetailsReport(new SequenceI[]
 688     { seq });
 689   }
 690
 691   public void createSequenceDetailsReport(SequenceI[] sequences)
 692   {
 693
 694     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(false, ap.alignFrame);
 695
 696     StringBuffer contents = new StringBuffer();
 697     for (SequenceI seq : sequences)
 698     {
 699       contents.append(MessageManager.formatMessage(
 700               "label.annotation_for_displayid", new String[]
 701               { seq.getDisplayId(true) }));
 702       new SequenceAnnotationReport(null)
 703               .createSequenceAnnotationReport(
 704                       contents,
 705                       seq,
 706                       true,
 707                       true,
 708                       false,
 709                       (ap.seqPanel.seqCanvas.fr != null) ? ap.seqPanel.seqCanvas.fr.minmax
 710                               : null);
 711       contents.append("</p>");
 712     }
 713     Frame frame = new Frame();
 714     frame.add(cap);
 715     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, "Sequence Details for "
 716             + (sequences.length == 1 ? sequences[0].getDisplayId(true)
 717                     : "Selection"), 600, 500);
 718     cap.setText(MessageManager.formatMessage("label.html_content",
 719             new String[]
 720             { contents.toString() }));
 721   }
 722
 723   void editName()
 724   {
 725     EditNameDialog dialog = new EditNameDialog(seq.getName(),
 726             seq.getDescription(), "       Sequence Name",
 727             "Sequence Description", ap.alignFrame,
 728             "Edit Sequence Name / Description", 500, 100, true);
 729
 730     if (dialog.accept)
 731     {
 732       seq.setName(dialog.getName());
 733       seq.setDescription(dialog.getDescription());
 734       ap.paintAlignment(false);
 735     }
 736   }
 737
 738   void addPDB()
 739   {
 740     if (seq.getPDBId() != null)
 741     {
 742       PDBEntry entry = (PDBEntry) seq.getPDBId().firstElement();
 743
 744       if (ap.av.applet.jmolAvailable)
 745         new jalview.appletgui.AppletJmol(entry, new Sequence[]
 746         { seq }, null, ap, AppletFormatAdapter.URL);
 747       else
 748         new MCview.AppletPDBViewer(entry, new Sequence[]
 749         { seq }, null, ap, AppletFormatAdapter.URL);
 750
 751     }
 752     else
 753     {
 754       CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(true, ap.alignFrame);
 755       cap.setText(MessageManager.getString("label.paste_pdb_file"));
 756       cap.setPDBImport(seq);
 757       Frame frame = new Frame();
 758       frame.add(cap);
 759       jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, MessageManager.formatMessage(
 760               "label.paste_pdb_file_for_sequence", new String[]
 761               { seq.getName() }), 400, 300);
 762     }
 763   }
 764
 765   private void jbInit() throws Exception
 766   {
 767     groupMenu.setLabel(MessageManager.getString("label.selection"));
 768     sequenceFeature.addActionListener(this);
 769
 770     editGroupName.addActionListener(this);
 771     unGroupMenuItem.setLabel(MessageManager
 772             .getString("action.remove_group"));
 773     unGroupMenuItem.addActionListener(this);
 774
 775     createGroupMenuItem.setLabel(MessageManager
 776             .getString("action.create_group"));
 777     createGroupMenuItem.addActionListener(this);
 778
 779     nucleotideMenuItem.setLabel(MessageManager
 780             .getString("label.nucleotide"));
 781     nucleotideMenuItem.addActionListener(this);
 782     conservationMenuItem.addItemListener(this);
 783     abovePIDColour.addItemListener(this);
 784     colourMenu.setLabel(MessageManager.getString("label.group_colour"));
 785     showBoxes.setLabel(MessageManager.getString("action.boxes"));
 786     showBoxes.setState(true);
 787     showBoxes.addItemListener(this);
 788     sequenceName.addActionListener(this);
 789     sequenceDetails.addActionListener(this);
 790     selSeqDetails.addActionListener(this);
 791     displayNonconserved.setLabel(MessageManager
 792             .getString("label.show_non_conversed"));
 793     displayNonconserved.setState(false);
 794     displayNonconserved.addItemListener(this);
 795     showText.setLabel(MessageManager.getString("action.text"));
 796     showText.addItemListener(this);
 797     showColourText.setLabel(MessageManager.getString("label.colour_text"));
 798     showColourText.addItemListener(this);
 799     outputmenu.setLabel(MessageManager.getString("label.out_to_textbox"));
 800     seqMenu.setLabel(MessageManager.getString("label.sequence"));
 801     pdb.setLabel(MessageManager.getString("label.view_pdb_structure"));
 802     hideSeqs.setLabel(MessageManager.getString("action.hide_sequences"));
 803     repGroup.setLabel(MessageManager.formatMessage(
 804             "label.represent_group_with", new String[]
 805             { "" }));
 806     revealAll.setLabel(MessageManager.getString("action.reveal_all"));
 807     revealSeq.setLabel(MessageManager.getString("action.reveal_sequences"));
 808     menu1.setLabel(MessageManager.getString("label.group") + ":");
 809     add(groupMenu);
 810     this.add(seqMenu);
 811     this.add(hideSeqs);
 812     this.add(revealSeq);
 813     this.add(revealAll);
 814     // groupMenu.add(selSeqDetails);
 815     groupMenu.add(editMenu);
 816     groupMenu.add(outputmenu);
 817     groupMenu.add(sequenceFeature);
 818     groupMenu.add(createGroupMenuItem);
 819     groupMenu.add(unGroupMenuItem);
 820     groupMenu.add(menu1);
 821
 822     colourMenu.add(noColourmenuItem);
 823     colourMenu.add(clustalColour);
 824     colourMenu.add(BLOSUM62Colour);
 825     colourMenu.add(PIDColour);
 826     colourMenu.add(zappoColour);
 827     colourMenu.add(taylorColour);
 828     colourMenu.add(hydrophobicityColour);
 829     colourMenu.add(helixColour);
 830     colourMenu.add(strandColour);
 831     colourMenu.add(turnColour);
 832     colourMenu.add(buriedColour);
 833     colourMenu.add(nucleotideMenuItem);
 834     colourMenu.add(userDefinedColour);
 835     colourMenu.addSeparator();
 836     colourMenu.add(abovePIDColour);
 837     colourMenu.add(conservationMenuItem);
 838
 839     noColourmenuItem.setLabel(MessageManager.getString("label.none"));
 840     noColourmenuItem.addActionListener(this);
 841
 842     clustalColour.setLabel(MessageManager.getString("label.clustalx_colours"));
 843     clustalColour.addActionListener(this);
 844     zappoColour.setLabel(MessageManager.getString("label.zappo"));
 845     zappoColour.addActionListener(this);
 846     taylorColour.setLabel(MessageManager.getString("label.taylor"));
 847     taylorColour.addActionListener(this);
 848     hydrophobicityColour.setLabel(MessageManager.getString("label.hydrophobicity"));
 849     hydrophobicityColour.addActionListener(this);
 850     helixColour.setLabel(MessageManager.getString("label.helix_propensity"));
 851     helixColour.addActionListener(this);
 852     strandColour.setLabel(MessageManager.getString("label.strand_propensity"));
 853     strandColour.addActionListener(this);
 854     turnColour.setLabel(MessageManager.getString("label.turn_propensity"));
 855     turnColour.addActionListener(this);
 856     buriedColour.setLabel(MessageManager.getString("label.buried_index"));
 857     buriedColour.addActionListener(this);
 858     abovePIDColour.setLabel(MessageManager.getString("label.above_identity_percentage"));
 859
 860     userDefinedColour.setLabel(MessageManager.getString("action.user_defined"));
 861     userDefinedColour.addActionListener(this);
 862     PIDColour.setLabel(MessageManager.getString("action.percentage_identity"));
 863     PIDColour.addActionListener(this);
 864     BLOSUM62Colour.setLabel("BLOSUM62");
 865     BLOSUM62Colour.addActionListener(this);
 866     conservationMenuItem.setLabel(MessageManager.getString("label.conservation"));
 867
 868     editMenu.add(copy);
 869     copy.addActionListener(this);
 870     editMenu.add(cut);
 871     cut.addActionListener(this);
 872
 873     editMenu.add(editSequence);
 874     editSequence.addActionListener(this);
 875
 876     editMenu.add(toUpper);
 877     toUpper.addActionListener(this);
 878     editMenu.add(toLower);
 879     toLower.addActionListener(this);
 880     editMenu.add(toggleCase);
 881     seqMenu.add(sequenceName);
 882     // seqMenu.add(sequenceDetails);
 883
 884     if (!ap.av.applet.useXtrnalSviewer)
 885     {
 886       seqMenu.add(pdb);
 887     }
 888     seqMenu.add(repGroup);
 889     menu1.add(editGroupName);
 890     menu1.add(colourMenu);
 891     menu1.add(showBoxes);
 892     menu1.add(showText);
 893     menu1.add(showColourText);
 894     menu1.add(displayNonconserved);
 895     toggleCase.addActionListener(this);
 896     pdb.addActionListener(this);
 897     hideSeqs.addActionListener(this);
 898     repGroup.addActionListener(this);
 899     revealAll.addActionListener(this);
 900     revealSeq.addActionListener(this);
 901   }
 902
 903   void refresh()
 904   {
 905     ap.paintAlignment(true);
 906   }
 907
 908   protected void clustalColour_actionPerformed()
 909   {
 910     SequenceGroup sg = getGroup();
 911     sg.cs = new ClustalxColourScheme(sg, ap.av.getHiddenRepSequences());
 912     refresh();
 913   }
 914
 915   protected void zappoColour_actionPerformed()
 916   {
 917     getGroup().cs = new ZappoColourScheme();
 918     refresh();
 919   }
 920
 921   protected void taylorColour_actionPerformed()
 922   {
 923     getGroup().cs = new TaylorColourScheme();
 924     refresh();
 925   }
 926
 927   protected void hydrophobicityColour_actionPerformed()
 928   {
 929     getGroup().cs = new HydrophobicColourScheme();
 930     refresh();
 931   }
 932
 933   protected void helixColour_actionPerformed()
 934   {
 935     getGroup().cs = new HelixColourScheme();
 936     refresh();
 937   }
 938
 939   protected void strandColour_actionPerformed()
 940   {
 941     getGroup().cs = new StrandColourScheme();
 942     refresh();
 943   }
 944
 945   protected void turnColour_actionPerformed()
 946   {
 947     getGroup().cs = new TurnColourScheme();
 948     refresh();
 949   }
 950
 951   protected void buriedColour_actionPerformed()
 952   {
 953     getGroup().cs = new BuriedColourScheme();
 954     refresh();
 955   }
 956
 957   public void nucleotideMenuItem_actionPerformed()
 958   {
 959     getGroup().cs = new NucleotideColourScheme();
 960     refresh();
 961   }
 962
 963   protected void abovePIDColour_itemStateChanged()
 964   {
 965     SequenceGroup sg = getGroup();
 966     if (sg.cs == null)
 967     {
 968       return;
 969     }
 970
 971     if (abovePIDColour.getState())
 972     {
 973       sg.cs.setConsensus(AAFrequency.calculate(sg.getSequences(ap.av
 974               .getHiddenRepSequences()), 0, ap.av.getAlignment().getWidth()));
 975       int threshold = SliderPanel.setPIDSliderSource(ap, sg.cs, getGroup()
 976               .getName());
 977
 978       sg.cs.setThreshold(threshold, ap.av.getIgnoreGapsConsensus());
 979
 980       SliderPanel.showPIDSlider();
 981
 982     }
 983     else
 984     // remove PIDColouring
 985     {
 986       sg.cs.setThreshold(0, ap.av.getIgnoreGapsConsensus());
 987     }
 988
 989     refresh();
 990
 991   }
 992
 993   protected void userDefinedColour_actionPerformed()
 994   {
 995     new UserDefinedColours(ap, getGroup());
 996   }
 997
 998   protected void PIDColour_actionPerformed()
 999   {
1000     SequenceGroup sg = getGroup();
1001     sg.cs = new PIDColourScheme();
1002     sg.cs.setConsensus(AAFrequency.calculate(sg.getSequences(ap.av
1003             .getHiddenRepSequences()), 0, ap.av.getAlignment().getWidth()));
1004     refresh();
1005   }
1006
1007   protected void BLOSUM62Colour_actionPerformed()
1008   {
1009     SequenceGroup sg = getGroup();
1010
1011     sg.cs = new Blosum62ColourScheme();
1012
1013     sg.cs.setConsensus(AAFrequency.calculate(sg.getSequences(ap.av
1014             .getHiddenRepSequences()), 0, ap.av.getAlignment().getWidth()));
1015
1016     refresh();
1017   }
1018
1019   protected void noColourmenuItem_actionPerformed()
1020   {
1021     getGroup().cs = null;
1022     refresh();
1023   }
1024
1025   protected void conservationMenuItem_itemStateChanged()
1026   {
1027     SequenceGroup sg = getGroup();
1028     if (sg.cs == null)
1029     {
1030       return;
1031     }
1032
1033     if (conservationMenuItem.getState())
1034     {
1035
1036       sg.cs.setConservation(Conservation.calculateConservation("Group",
1037               ResidueProperties.propHash, 3, sg.getSequences(ap.av
1038                       .getHiddenRepSequences()), 0, ap.av.getAlignment()
1039                       .getWidth(), false, ap.av.getConsPercGaps(), false));
1040       SliderPanel.setConservationSlider(ap, sg.cs, sg.getName());
1041       SliderPanel.showConservationSlider();
1042     }
1043     else
1044     // remove ConservationColouring
1045     {
1046       sg.cs.setConservation(null);
1047     }
1048
1049     refresh();
1050   }
1051
1052   SequenceGroup getGroup()
1053   {
1054     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
1055
1056     // this method won't add a new group if it already exists
1057     if (sg != null)
1058     {
1059       ap.av.getAlignment().addGroup(sg);
1060     }
1061
1062     return sg;
1063   }
1064
1065   void unGroupMenuItem_actionPerformed()
1066   {
1067     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
1068     ap.av.getAlignment().deleteGroup(sg);
1069     ap.av.setSelectionGroup(null);
1070     ap.paintAlignment(true);
1071   }
1072
1073   void createGroupMenuItem_actionPerformed()
1074   {
1075     getGroup(); // implicitly create group
1076     refresh();
1077   }
1078
1079   public void showColourText_itemStateChanged()
1080   {
1081     getGroup().setColourText(showColourText.getState());
1082     refresh();
1083   }
1084
1085   public void showText_itemStateChanged()
1086   {
1087     getGroup().setDisplayText(showText.getState());
1088     refresh();
1089   }
1090
1091   public void showNonconserved_itemStateChanged()
1092   {
1093     getGroup().setShowNonconserved(this.displayNonconserved.getState());
1094     refresh();
1095   }
1096
1097   public void showBoxes_itemStateChanged()
1098   {
1099     getGroup().setDisplayBoxes(showBoxes.getState());
1100     refresh();
1101   }
1102
1103   void hideSequences(boolean representGroup)
1104   {
1105     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
1106     if (sg == null || sg.getSize() < 1)
1107     {
1108       ap.av.hideSequence(new SequenceI[]
1109       { seq });
1110       return;
1111     }
1112
1113     ap.av.setSelectionGroup(null);
1114
1115     if (representGroup)
1116     {
1117       ap.av.hideRepSequences(seq, sg);
1118
1119       return;
1120     }
1121
1122     int gsize = sg.getSize();
1123     SequenceI[] hseqs;
1124
1125     hseqs = new SequenceI[gsize];
1126
1127     int index = 0;
1128     for (int i = 0; i < gsize; i++)
1129     {
1130       hseqs[index++] = sg.getSequenceAt(i);
1131     }
1132
1133     ap.av.hideSequence(hseqs);
1134     ap.av.sendSelection();
1135   }
1136
1137 }