src/jalview/appletgui/APopupMenu.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2007 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 \r
  20 package jalview.appletgui;\r
  21 \r
  22 import java.util.*;\r
  23 \r
  24 import java.awt.*;\r
  25 import java.awt.event.*;\r
  26 \r
  27 import jalview.analysis.*;\r
  28 import jalview.commands.*;\r
  29 import jalview.datamodel.*;\r
  30 import jalview.schemes.*;\r
  31 \r
  32 public class APopupMenu\r
  33     extends java.awt.PopupMenu implements ActionListener, ItemListener\r
  34 {\r
  35   Menu groupMenu = new Menu();\r
  36   MenuItem editGroupName = new MenuItem();\r
  37   protected MenuItem clustalColour = new MenuItem();\r
  38   protected MenuItem zappoColour = new MenuItem();\r
  39   protected MenuItem taylorColour = new MenuItem();\r
  40   protected MenuItem hydrophobicityColour = new MenuItem();\r
  41   protected MenuItem helixColour = new MenuItem();\r
  42   protected MenuItem strandColour = new MenuItem();\r
  43   protected MenuItem turnColour = new MenuItem();\r
  44   protected MenuItem buriedColour = new MenuItem();\r
  45   protected CheckboxMenuItem abovePIDColour = new CheckboxMenuItem();\r
  46   protected MenuItem userDefinedColour = new MenuItem();\r
  47   protected MenuItem PIDColour = new MenuItem();\r
  48   protected MenuItem BLOSUM62Colour = new MenuItem();\r
  49   MenuItem noColourmenuItem = new MenuItem();\r
  50   protected CheckboxMenuItem conservationMenuItem = new CheckboxMenuItem();\r
  51 \r
  52   final AlignmentPanel ap;\r
  53   MenuItem unGroupMenuItem = new MenuItem();\r
  54   MenuItem nucleotideMenuItem = new MenuItem();\r
  55   Menu colourMenu = new Menu();\r
  56   CheckboxMenuItem showBoxes = new CheckboxMenuItem();\r
  57   CheckboxMenuItem showText = new CheckboxMenuItem();\r
  58   CheckboxMenuItem showColourText = new CheckboxMenuItem();\r
  59   Menu editMenu = new Menu("Edit");\r
  60   MenuItem copy = new MenuItem("Copy (Jalview Only)");\r
  61   MenuItem cut = new MenuItem("Cut (Jalview Only)");\r
  62   MenuItem toUpper = new MenuItem("To Upper Case");\r
  63   MenuItem toLower = new MenuItem("To Lower Case");\r
  64   MenuItem toggleCase = new MenuItem("Toggle Case");\r
  65   Menu outputmenu = new Menu();\r
  66   Menu seqMenu = new Menu();\r
  67   MenuItem pdb = new MenuItem();\r
  68   MenuItem hideSeqs = new MenuItem();\r
  69   MenuItem repGroup = new MenuItem();\r
  70   MenuItem sequenceName = new MenuItem("Edit Name/Description");\r
  71   MenuItem sequenceFeature = new MenuItem("Create Sequence Feature");\r
  72 \r
  73   Sequence seq;\r
  74   MenuItem revealAll = new MenuItem();\r
  75   Menu menu1 = new Menu();\r
  76 \r
  77   public APopupMenu(AlignmentPanel apanel, final Sequence seq, Vector links)\r
  78   {\r
  79     ///////////////////////////////////////////////////////////\r
  80     // If this is activated from the sequence panel, the user may want to\r
  81     // edit or annotate a particular residue. Therefore display the residue menu\r
  82     //\r
  83     // If from the IDPanel, we must display the sequence menu\r
  84     //////////////////////////////////////////////////////////\r
  85 \r
  86     this.ap = apanel;\r
  87     this.seq = seq;\r
  88 \r
  89     try\r
  90     {\r
  91       jbInit();\r
  92     }\r
  93     catch (Exception e)\r
  94     {\r
  95       e.printStackTrace();\r
  96     }\r
  97 \r
  98     for (int i = 0; i < jalview.io.AppletFormatAdapter.WRITEABLE_FORMATS.length;\r
  99          i++)\r
 100     {\r
 101       MenuItem item = new MenuItem(jalview.io.AppletFormatAdapter.\r
 102                                    WRITEABLE_FORMATS[i]);\r
 103 \r
 104       item.addActionListener(this);\r
 105       outputmenu.add(item);\r
 106     }\r
 107 \r
 108     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();\r
 109 \r
 110     if (sg != null && sg.getSize() > 0)\r
 111     {\r
 112       editGroupName.setLabel(sg.getName());\r
 113       showText.setState(sg.getDisplayText());\r
 114       showColourText.setState(sg.getColourText());\r
 115       showBoxes.setState(sg.getDisplayBoxes());\r
 116       if (!ap.av.alignment.getGroups().contains(sg))\r
 117       {\r
 118         groupMenu.remove(unGroupMenuItem);\r
 119       }\r
 120 \r
 121     }\r
 122     else\r
 123     {\r
 124       remove(hideSeqs);\r
 125       remove(groupMenu);\r
 126     }\r
 127 \r
 128     if (links != null)\r
 129     {\r
 130       Menu linkMenu = new Menu("Link");\r
 131       MenuItem item;\r
 132       String link;\r
 133       for (int i = 0; i < links.size(); i++)\r
 134       {\r
 135         link = links.elementAt(i).toString();\r
 136         final String target = link.substring(0, link.indexOf("|"));\r
 137         item = new MenuItem(target);\r
 138 \r
 139         final String url;\r
 140 \r
 141         if (link.indexOf("$SEQUENCE_ID$") > -1)\r
 142         {\r
 143           String id = seq.getName();\r
 144           if (id.indexOf("|") > -1)\r
 145           {\r
 146             id = id.substring(id.lastIndexOf("|") + 1);\r
 147           }\r
 148 \r
 149           url = link.substring(link.indexOf("|") + 1,\r
 150                                link.indexOf("$SEQUENCE_ID$"))\r
 151               + id +\r
 152               link.substring(link.indexOf("$SEQUENCE_ID$") + 13);\r
 153         }\r
 154         else\r
 155         {\r
 156           url = link.substring(link.lastIndexOf("|") + 1);\r
 157         }\r
 158 \r
 159         item.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()\r
 160         {\r
 161           public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 162           {\r
 163             ap.alignFrame.showURL(url, target);\r
 164           }\r
 165         });\r
 166         linkMenu.add(item);\r
 167       }\r
 168       if (seq != null)\r
 169       {\r
 170         seqMenu.add(linkMenu);\r
 171       }\r
 172       else\r
 173       {\r
 174         add(linkMenu);\r
 175       }\r
 176     }\r
 177     if (seq != null)\r
 178     {\r
 179       seqMenu.setLabel(seq.getName());\r
 180       repGroup.setLabel("Represent Group with " + seq.getName());\r
 181     }\r
 182     else\r
 183     {\r
 184       remove(seqMenu);\r
 185     }\r
 186 \r
 187     if (!ap.av.hasHiddenRows)\r
 188     {\r
 189       remove(revealAll);\r
 190     }\r
 191   }\r
 192 \r
 193   public void itemStateChanged(ItemEvent evt)\r
 194   {\r
 195     if (evt.getSource() == abovePIDColour)\r
 196     {\r
 197       abovePIDColour_itemStateChanged();\r
 198     }\r
 199     else if (evt.getSource() == showColourText)\r
 200     {\r
 201       showColourText_itemStateChanged();\r
 202     }\r
 203     else if (evt.getSource() == showText)\r
 204     {\r
 205       showText_itemStateChanged();\r
 206     }\r
 207     else if (evt.getSource() == showBoxes)\r
 208     {\r
 209       showBoxes_itemStateChanged();\r
 210     }\r
 211   }\r
 212 \r
 213   public void actionPerformed(ActionEvent evt)\r
 214   {\r
 215     Object source = evt.getSource();\r
 216     if (source == clustalColour)\r
 217     {\r
 218       clustalColour_actionPerformed();\r
 219     }\r
 220     else if (source == zappoColour)\r
 221     {\r
 222       zappoColour_actionPerformed();\r
 223     }\r
 224     else if (source == taylorColour)\r
 225     {\r
 226       taylorColour_actionPerformed();\r
 227     }\r
 228     else if (source == hydrophobicityColour)\r
 229     {\r
 230       hydrophobicityColour_actionPerformed();\r
 231     }\r
 232     else if (source == helixColour)\r
 233     {\r
 234       helixColour_actionPerformed();\r
 235     }\r
 236     else if (source == strandColour)\r
 237     {\r
 238       strandColour_actionPerformed();\r
 239     }\r
 240     else if (source == turnColour)\r
 241     {\r
 242       turnColour_actionPerformed();\r
 243     }\r
 244     else if (source == buriedColour)\r
 245     {\r
 246       buriedColour_actionPerformed();\r
 247     }\r
 248     else if (source == nucleotideMenuItem)\r
 249     {\r
 250       nucleotideMenuItem_actionPerformed();\r
 251     }\r
 252 \r
 253     else if (source == userDefinedColour)\r
 254     {\r
 255       userDefinedColour_actionPerformed();\r
 256     }\r
 257     else if (source == PIDColour)\r
 258     {\r
 259       PIDColour_actionPerformed();\r
 260     }\r
 261     else if (source == BLOSUM62Colour)\r
 262     {\r
 263       BLOSUM62Colour_actionPerformed();\r
 264     }\r
 265     else if (source == noColourmenuItem)\r
 266     {\r
 267       noColourmenuItem_actionPerformed();\r
 268     }\r
 269     else if (source == conservationMenuItem)\r
 270     {\r
 271       conservationMenuItem_itemStateChanged();\r
 272     }\r
 273     else if (source == unGroupMenuItem)\r
 274     {\r
 275       unGroupMenuItem_actionPerformed();\r
 276     }\r
 277 \r
 278     else if (source == sequenceName)\r
 279     {\r
 280       editName();\r
 281     }\r
 282     else if (source == pdb)\r
 283     {\r
 284       addPDB();\r
 285     }\r
 286     else if (source == hideSeqs)\r
 287     {\r
 288       hideSequences(false);\r
 289     }\r
 290     else if (source == repGroup)\r
 291     {\r
 292       hideSequences(true);\r
 293     }\r
 294     else if (source == revealAll)\r
 295     {\r
 296       ap.av.showAllHiddenSeqs();\r
 297     }\r
 298 \r
 299     else if (source == editGroupName)\r
 300     {\r
 301       EditNameDialog dialog = new EditNameDialog(\r
 302           getGroup().getName(),\r
 303           getGroup().getDescription(),\r
 304           "       Group Name",\r
 305           "Group Description",\r
 306           ap.alignFrame,\r
 307           "Edit Group Name / Description",\r
 308           500,100);\r
 309 \r
 310       if (dialog.accept)\r
 311       {\r
 312 \r
 313         getGroup().setName(dialog.getName().replace(' ', '_'));\r
 314         getGroup().setDescription(dialog.getDescription());\r
 315       }\r
 316 \r
 317     }\r
 318     else if (source == copy)\r
 319     {\r
 320       ap.alignFrame.copy_actionPerformed();\r
 321     }\r
 322     else if (source == cut)\r
 323     {\r
 324       ap.alignFrame.cut_actionPerformed();\r
 325     }\r
 326     else if (source == toUpper || source == toLower || source == toggleCase)\r
 327     {\r
 328       SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();\r
 329       Vector regions = new Vector();\r
 330       if (sg != null)\r
 331       {\r
 332         int start = sg.getStartRes();\r
 333         int end = sg.getEndRes() + 1;\r
 334 \r
 335         do\r
 336         {\r
 337           if (ap.av.hasHiddenColumns)\r
 338           {\r
 339             if (start == 0)\r
 340             {\r
 341               start = ap.av.colSel.adjustForHiddenColumns(start);\r
 342             }\r
 343 \r
 344             end = ap.av.colSel.getHiddenBoundaryRight(start);\r
 345             if (start == end)\r
 346             {\r
 347               end = sg.getEndRes() + 1;\r
 348             }\r
 349             if (end > sg.getEndRes())\r
 350             {\r
 351               end = sg.getEndRes() + 1;\r
 352             }\r
 353           }\r
 354 \r
 355           regions.addElement(new int[]\r
 356                              {start, end});\r
 357 \r
 358           if (ap.av.hasHiddenColumns)\r
 359           {\r
 360             start = ap.av.colSel.adjustForHiddenColumns(end);\r
 361             start = ap.av.colSel.getHiddenBoundaryLeft(start) + 1;\r
 362           }\r
 363         }\r
 364         while (end < sg.getEndRes());\r
 365 \r
 366         int[][] startEnd = new int[regions.size()][2];\r
 367         for (int i = 0; i < regions.size(); i++)\r
 368         {\r
 369           startEnd[i] = (int[]) regions.elementAt(i);\r
 370         }\r
 371 \r
 372         String description;\r
 373         int caseChange;\r
 374 \r
 375         if (source == toggleCase)\r
 376         {\r
 377           description = "Toggle Case";\r
 378           caseChange = ChangeCaseCommand.TOGGLE_CASE;\r
 379         }\r
 380         else if (source == toUpper)\r
 381         {\r
 382           description = "To Upper Case";\r
 383           caseChange = ChangeCaseCommand.TO_UPPER;\r
 384         }\r
 385         else\r
 386         {\r
 387           description = "To Lower Case";\r
 388           caseChange = ChangeCaseCommand.TO_LOWER;\r
 389         }\r
 390 \r
 391         ChangeCaseCommand caseCommand = new ChangeCaseCommand(\r
 392             description, sg.getSequencesAsArray(ap.av.hiddenRepSequences),\r
 393             startEnd, caseChange\r
 394             );\r
 395 \r
 396         ap.alignFrame.addHistoryItem(caseCommand);\r
 397 \r
 398         ap.av.firePropertyChange("alignment", null,\r
 399                                  ap.av.getAlignment().getSequences());\r
 400 \r
 401       }\r
 402     }\r
 403     else if(source == sequenceFeature)\r
 404     {\r
 405       SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();\r
 406       if (sg == null)\r
 407       {\r
 408         return;\r
 409       }\r
 410 \r
 411       int gSize = sg.getSize();\r
 412       SequenceI[] seqs = new SequenceI[gSize];\r
 413       SequenceFeature[] features = new SequenceFeature[gSize];\r
 414 \r
 415       for (int i = 0; i < gSize; i++)\r
 416       {\r
 417         seqs[i] = sg.getSequenceAt(i);\r
 418         int start = sg.getSequenceAt(i).findPosition(sg.getStartRes());\r
 419         int end = sg.findEndRes(sg.getSequenceAt(i));\r
 420         features[i] = new SequenceFeature(null, null, null, start, end,\r
 421                                           "Jalview");\r
 422       }\r
 423 \r
 424       if (ap.seqPanel.seqCanvas.getFeatureRenderer()\r
 425           .createNewFeatures(seqs, features, ap))\r
 426       {\r
 427         ap.alignFrame.sequenceFeatures.setState(true);\r
 428         ap.av.showSequenceFeatures(true);\r
 429         ap.highlightSearchResults(null);\r
 430       }\r
 431     }\r
 432     else\r
 433     {\r
 434       outputText(evt);\r
 435     }\r
 436 \r
 437   }\r
 438 \r
 439   void outputText(ActionEvent e)\r
 440   {\r
 441     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(true, ap.alignFrame);\r
 442 \r
 443     Frame frame = new Frame();\r
 444     frame.add(cap);\r
 445     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame,\r
 446                                      "Selection output - " + e.getActionCommand(),\r
 447                                      600, 500);\r
 448 \r
 449     cap.setText(new jalview.io.AppletFormatAdapter().formatSequences(\r
 450         e.getActionCommand(),\r
 451         new Alignment(ap.av.getSelectionAsNewSequence()),\r
 452         ap.av.showJVSuffix));\r
 453 \r
 454   }\r
 455 \r
 456   void editName()\r
 457   {\r
 458     EditNameDialog dialog = new EditNameDialog(\r
 459         seq.getName(),\r
 460         seq.getDescription(),\r
 461         "       Sequence Name",\r
 462         "Sequence Description",\r
 463         ap.alignFrame,\r
 464         "Edit Sequence Name / Description",\r
 465         500,100);\r
 466 \r
 467     if (dialog.accept)\r
 468     {\r
 469       seq.setName(dialog.getName());\r
 470       seq.setDescription(dialog.getDescription());\r
 471       ap.paintAlignment(false);\r
 472     }\r
 473   }\r
 474 \r
 475   void addPDB()\r
 476   {\r
 477     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(true, ap.alignFrame);\r
 478     cap.setText("Paste your PDB file here.");\r
 479     cap.setPDBImport(seq);\r
 480     Frame frame = new Frame();\r
 481     frame.add(cap);\r
 482     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, "Paste PDB file ", 400, 300);\r
 483   }\r
 484 \r
 485   private void jbInit()\r
 486       throws Exception\r
 487   {\r
 488     groupMenu.setLabel("Group");\r
 489     groupMenu.setLabel("Selection");\r
 490     sequenceFeature.addActionListener(this);\r
 491 \r
 492     editGroupName.addActionListener(this);\r
 493     unGroupMenuItem.setLabel("Remove Group");\r
 494     unGroupMenuItem.addActionListener(this);\r
 495 \r
 496     nucleotideMenuItem.setLabel("Nucleotide");\r
 497     nucleotideMenuItem.addActionListener(this);\r
 498     conservationMenuItem.addItemListener(this);\r
 499     abovePIDColour.addItemListener(this);\r
 500     colourMenu.setLabel("Group Colour");\r
 501     showBoxes.setLabel("Boxes");\r
 502     showBoxes.setState(true);\r
 503     showBoxes.addItemListener(this);\r
 504     sequenceName.addActionListener(this);\r
 505 \r
 506     showText.setLabel("Text");\r
 507     showText.addItemListener(this);\r
 508     showColourText.setLabel("Colour Text");\r
 509     showColourText.addItemListener(this);\r
 510     outputmenu.setLabel("Output to Textbox...");\r
 511     seqMenu.setLabel("Sequence");\r
 512     pdb.setLabel("View PDB Structure");\r
 513     hideSeqs.setLabel("Hide Sequences");\r
 514     repGroup.setLabel("Represent Group with");\r
 515     revealAll.setLabel("Reveal All");\r
 516     menu1.setLabel("Group");\r
 517     add(groupMenu);\r
 518     this.add(seqMenu);\r
 519     this.add(hideSeqs);\r
 520     this.add(revealAll);\r
 521     groupMenu.add(editGroupName);\r
 522     groupMenu.add(editMenu);\r
 523     groupMenu.add(outputmenu);\r
 524     groupMenu.add(sequenceFeature);\r
 525     groupMenu.add(menu1);\r
 526 \r
 527     colourMenu.add(noColourmenuItem);\r
 528     colourMenu.add(clustalColour);\r
 529     colourMenu.add(BLOSUM62Colour);\r
 530     colourMenu.add(PIDColour);\r
 531     colourMenu.add(zappoColour);\r
 532     colourMenu.add(taylorColour);\r
 533     colourMenu.add(hydrophobicityColour);\r
 534     colourMenu.add(helixColour);\r
 535     colourMenu.add(strandColour);\r
 536     colourMenu.add(turnColour);\r
 537     colourMenu.add(buriedColour);\r
 538     colourMenu.add(nucleotideMenuItem);\r
 539     colourMenu.add(userDefinedColour);\r
 540     colourMenu.addSeparator();\r
 541     colourMenu.add(abovePIDColour);\r
 542     colourMenu.add(conservationMenuItem);\r
 543 \r
 544     noColourmenuItem.setLabel("None");\r
 545     noColourmenuItem.addActionListener(this);\r
 546 \r
 547     clustalColour.setLabel("Clustalx colours");\r
 548     clustalColour.addActionListener(this);\r
 549     zappoColour.setLabel("Zappo");\r
 550     zappoColour.addActionListener(this);\r
 551     taylorColour.setLabel("Taylor");\r
 552     taylorColour.addActionListener(this);\r
 553     hydrophobicityColour.setLabel("Hydrophobicity");\r
 554     hydrophobicityColour.addActionListener(this);\r
 555     helixColour.setLabel("Helix propensity");\r
 556     helixColour.addActionListener(this);\r
 557     strandColour.setLabel("Strand propensity");\r
 558     strandColour.addActionListener(this);\r
 559     turnColour.setLabel("Turn propensity");\r
 560     turnColour.addActionListener(this);\r
 561     buriedColour.setLabel("Buried Index");\r
 562     buriedColour.addActionListener(this);\r
 563     abovePIDColour.setLabel("Above % Identity");\r
 564 \r
 565     userDefinedColour.setLabel("User Defined");\r
 566     userDefinedColour.addActionListener(this);\r
 567     PIDColour.setLabel("Percentage Identity");\r
 568     PIDColour.addActionListener(this);\r
 569     BLOSUM62Colour.setLabel("BLOSUM62");\r
 570     BLOSUM62Colour.addActionListener(this);\r
 571     conservationMenuItem.setLabel("Conservation");\r
 572 \r
 573     editMenu.add(copy);\r
 574     copy.addActionListener(this);\r
 575     editMenu.add(cut);\r
 576     cut.addActionListener(this);\r
 577     editMenu.add(toUpper);\r
 578     toUpper.addActionListener(this);\r
 579     editMenu.add(toLower);\r
 580     toLower.addActionListener(this);\r
 581     editMenu.add(toggleCase);\r
 582     seqMenu.add(sequenceName);\r
 583     seqMenu.add(pdb);\r
 584     seqMenu.add(repGroup);\r
 585     menu1.add(unGroupMenuItem);\r
 586     menu1.add(colourMenu);\r
 587     menu1.add(showBoxes);\r
 588     menu1.add(showText);\r
 589     menu1.add(showColourText);\r
 590     toggleCase.addActionListener(this);\r
 591     pdb.addActionListener(this);\r
 592     hideSeqs.addActionListener(this);\r
 593     repGroup.addActionListener(this);\r
 594     revealAll.addActionListener(this);\r
 595   }\r
 596 \r
 597   void refresh()\r
 598   {\r
 599     ap.paintAlignment(true);\r
 600   }\r
 601 \r
 602   protected void clustalColour_actionPerformed()\r
 603   {\r
 604     SequenceGroup sg = getGroup();\r
 605     sg.cs = new ClustalxColourScheme(sg.getSequences(ap.av.hiddenRepSequences),\r
 606                                      ap.av.alignment.getWidth());\r
 607     refresh();\r
 608   }\r
 609 \r
 610   protected void zappoColour_actionPerformed()\r
 611   {\r
 612     getGroup().cs = new ZappoColourScheme();\r
 613     refresh();\r
 614   }\r
 615 \r
 616   protected void taylorColour_actionPerformed()\r
 617   {\r
 618     getGroup().cs = new TaylorColourScheme();\r
 619     refresh();\r
 620   }\r
 621 \r
 622   protected void hydrophobicityColour_actionPerformed()\r
 623   {\r
 624     getGroup().cs = new HydrophobicColourScheme();\r
 625     refresh();\r
 626   }\r
 627 \r
 628   protected void helixColour_actionPerformed()\r
 629   {\r
 630     getGroup().cs = new HelixColourScheme();\r
 631     refresh();\r
 632   }\r
 633 \r
 634   protected void strandColour_actionPerformed()\r
 635   {\r
 636     getGroup().cs = new StrandColourScheme();\r
 637     refresh();\r
 638   }\r
 639 \r
 640   protected void turnColour_actionPerformed()\r
 641   {\r
 642     getGroup().cs = new TurnColourScheme();\r
 643     refresh();\r
 644   }\r
 645 \r
 646   protected void buriedColour_actionPerformed()\r
 647   {\r
 648     getGroup().cs = new BuriedColourScheme();\r
 649     refresh();\r
 650   }\r
 651 \r
 652   public void nucleotideMenuItem_actionPerformed()\r
 653   {\r
 654     getGroup().cs = new NucleotideColourScheme();\r
 655     refresh();\r
 656   }\r
 657 \r
 658   protected void abovePIDColour_itemStateChanged()\r
 659   {\r
 660     SequenceGroup sg = getGroup();\r
 661     if (sg.cs == null)\r
 662     {\r
 663       return;\r
 664     }\r
 665 \r
 666     if (abovePIDColour.getState())\r
 667     {\r
 668       sg.cs.setConsensus(AAFrequency.calculate(sg.getSequences(ap.av.\r
 669           hiddenRepSequences), 0,\r
 670                                                ap.av.alignment.getWidth()));\r
 671       int threshold = SliderPanel.setPIDSliderSource(ap, sg.cs,\r
 672           getGroup().getName());\r
 673 \r
 674       sg.cs.setThreshold(threshold, ap.av.getIgnoreGapsConsensus());\r
 675 \r
 676       SliderPanel.showPIDSlider();\r
 677 \r
 678     }\r
 679     else // remove PIDColouring\r
 680     {\r
 681       sg.cs.setThreshold(0, ap.av.getIgnoreGapsConsensus());\r
 682     }\r
 683 \r
 684     refresh();\r
 685 \r
 686   }\r
 687 \r
 688   protected void userDefinedColour_actionPerformed()\r
 689   {\r
 690     new UserDefinedColours(ap, getGroup());\r
 691   }\r
 692 \r
 693   protected void PIDColour_actionPerformed()\r
 694   {\r
 695     SequenceGroup sg = getGroup();\r
 696     sg.cs = new PIDColourScheme();\r
 697     sg.cs.setConsensus(AAFrequency.calculate(sg.getSequences(ap.av.\r
 698         hiddenRepSequences), 0,\r
 699                                              ap.av.alignment.getWidth()));\r
 700     refresh();\r
 701   }\r
 702 \r
 703   protected void BLOSUM62Colour_actionPerformed()\r
 704   {\r
 705     SequenceGroup sg = getGroup();\r
 706 \r
 707     sg.cs = new Blosum62ColourScheme();\r
 708 \r
 709     sg.cs.setConsensus(AAFrequency.calculate(sg.getSequences(ap.av.\r
 710         hiddenRepSequences), 0,\r
 711                                              ap.av.alignment.getWidth()));\r
 712 \r
 713     refresh();\r
 714   }\r
 715 \r
 716   protected void noColourmenuItem_actionPerformed()\r
 717   {\r
 718     getGroup().cs = null;\r
 719     refresh();\r
 720   }\r
 721 \r
 722   protected void conservationMenuItem_itemStateChanged()\r
 723   {\r
 724     SequenceGroup sg = getGroup();\r
 725     if (sg.cs == null)\r
 726     {\r
 727       return;\r
 728     }\r
 729 \r
 730     if (conservationMenuItem.getState())\r
 731     {\r
 732 \r
 733       Conservation c = new Conservation("Group",\r
 734                                         ResidueProperties.propHash, 3,\r
 735                                         sg.getSequences(ap.av.\r
 736           hiddenRepSequences), 0,\r
 737                                         ap.av.alignment.getWidth());\r
 738 \r
 739       c.calculate();\r
 740       c.verdict(false, ap.av.ConsPercGaps);\r
 741 \r
 742       sg.cs.setConservation(c);\r
 743 \r
 744       SliderPanel.setConservationSlider(ap, sg.cs, sg.getName());\r
 745       SliderPanel.showConservationSlider();\r
 746     }\r
 747     else // remove ConservationColouring\r
 748     {\r
 749       sg.cs.setConservation(null);\r
 750     }\r
 751 \r
 752     refresh();\r
 753   }\r
 754 \r
 755   SequenceGroup getGroup()\r
 756   {\r
 757     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();\r
 758 \r
 759     // this method won't add a new group if it already exists\r
 760     if (sg != null)\r
 761     {\r
 762       ap.av.alignment.addGroup(sg);\r
 763     }\r
 764 \r
 765     return sg;\r
 766   }\r
 767 \r
 768   void unGroupMenuItem_actionPerformed()\r
 769   {\r
 770     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();\r
 771     ap.av.alignment.deleteGroup(sg);\r
 772     ap.av.setSelectionGroup(null);\r
 773     ap.paintAlignment(true);\r
 774   }\r
 775 \r
 776   public void showColourText_itemStateChanged()\r
 777   {\r
 778     getGroup().setColourText(showColourText.getState());\r
 779     refresh();\r
 780   }\r
 781 \r
 782   public void showText_itemStateChanged()\r
 783   {\r
 784     getGroup().setDisplayText(showText.getState());\r
 785     refresh();\r
 786   }\r
 787 \r
 788   public void showBoxes_itemStateChanged()\r
 789   {\r
 790     getGroup().setDisplayBoxes(showBoxes.getState());\r
 791     refresh();\r
 792   }\r
 793 \r
 794   void hideSequences(boolean representGroup)\r
 795   {\r
 796     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();\r
 797     if (sg == null || sg.getSize() < 1)\r
 798     {\r
 799       ap.av.hideSequence(new SequenceI[]\r
 800                          {seq});\r
 801       return;\r
 802     }\r
 803 \r
 804     ap.av.setSelectionGroup(null);\r
 805 \r
 806     if (representGroup)\r
 807     {\r
 808       ap.av.hideRepSequences(seq, sg);\r
 809 \r
 810       return;\r
 811     }\r
 812 \r
 813     int gsize = sg.getSize();\r
 814     SequenceI[] hseqs;\r
 815 \r
 816     hseqs = new SequenceI[gsize];\r
 817 \r
 818     int index = 0;\r
 819     for (int i = 0; i < gsize; i++)\r
 820     {\r
 821       hseqs[index++] = sg.getSequenceAt(i);\r
 822     }\r
 823 \r
 824     ap.av.hideSequence(hseqs);\r
 825   }\r
 826 \r
 827 }\r