src/jalview/appletgui/APopupMenu.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2006 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 \r
  20 package jalview.appletgui;\r
  21 \r
  22 import java.awt.*;\r
  23 import java.awt.event.*;\r
  24 import java.util.Vector;\r
  25 \r
  26 import jalview.analysis.*;\r
  27 import jalview.datamodel.*;\r
  28 import jalview.schemes.*;\r
  29 import jalview.commands.ChangeCaseCommand;\r
  30 \r
  31 public class APopupMenu\r
  32     extends java.awt.PopupMenu implements ActionListener, ItemListener\r
  33 {\r
  34   Menu groupMenu = new Menu();\r
  35   protected MenuItem clustalColour = new MenuItem();\r
  36   protected MenuItem zappoColour = new MenuItem();\r
  37   protected MenuItem taylorColour = new MenuItem();\r
  38   protected MenuItem hydrophobicityColour = new MenuItem();\r
  39   protected MenuItem helixColour = new MenuItem();\r
  40   protected MenuItem strandColour = new MenuItem();\r
  41   protected MenuItem turnColour = new MenuItem();\r
  42   protected MenuItem buriedColour = new MenuItem();\r
  43   protected CheckboxMenuItem abovePIDColour = new CheckboxMenuItem();\r
  44   protected MenuItem userDefinedColour = new MenuItem();\r
  45   protected MenuItem PIDColour = new MenuItem();\r
  46   protected MenuItem BLOSUM62Colour = new MenuItem();\r
  47   MenuItem noColourmenuItem = new MenuItem();\r
  48   protected CheckboxMenuItem conservationMenuItem = new CheckboxMenuItem();\r
  49 \r
  50   final AlignmentPanel ap;\r
  51   MenuItem unGroupMenuItem = new MenuItem();\r
  52   MenuItem nucleotideMenuItem = new MenuItem();\r
  53   Menu colourMenu = new Menu();\r
  54   CheckboxMenuItem showBoxes = new CheckboxMenuItem();\r
  55   CheckboxMenuItem showText = new CheckboxMenuItem();\r
  56   CheckboxMenuItem showColourText = new CheckboxMenuItem();\r
  57   Menu editMenu = new Menu("Edit");\r
  58   MenuItem copy = new MenuItem("Copy (Jalview Only)");\r
  59   MenuItem cut = new MenuItem("Cut (Jalview Only)");\r
  60   MenuItem toUpper = new MenuItem("To Upper Case");\r
  61   MenuItem toLower = new MenuItem("To Lower Case");\r
  62   MenuItem toggleCase = new MenuItem("Toggle Case");\r
  63   Menu outputmenu = new Menu();\r
  64   Menu seqMenu = new Menu();\r
  65   MenuItem pdb = new MenuItem();\r
  66   MenuItem hideSeqs = new MenuItem();\r
  67   MenuItem repGroup = new MenuItem();\r
  68 \r
  69   Sequence seq;\r
  70   MenuItem revealAll = new MenuItem();\r
  71   Menu menu1 = new Menu();\r
  72 \r
  73   public APopupMenu(AlignmentPanel apanel, final Sequence seq, Vector links)\r
  74   {\r
  75     ///////////////////////////////////////////////////////////\r
  76     // If this is activated from the sequence panel, the user may want to\r
  77     // edit or annotate a particular residue. Therefore display the residue menu\r
  78     //\r
  79     // If from the IDPanel, we must display the sequence menu\r
  80     //////////////////////////////////////////////////////////\r
  81 \r
  82     this.ap = apanel;\r
  83     this.seq = seq;\r
  84 \r
  85     try\r
  86     {\r
  87       jbInit();\r
  88     }\r
  89     catch (Exception e)\r
  90     {\r
  91       e.printStackTrace();\r
  92     }\r
  93 \r
  94     for (int i = 0; i < jalview.io.AppletFormatAdapter.WRITEABLE_FORMATS.length; i++)\r
  95     {\r
  96       MenuItem item = new MenuItem( jalview.io.AppletFormatAdapter.WRITEABLE_FORMATS[i] );\r
  97 \r
  98       item.addActionListener(this);\r
  99       outputmenu.add(item);\r
 100     }\r
 101 \r
 102     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();\r
 103 \r
 104     if (sg != null && sg.getSize(false)>0)\r
 105     {\r
 106       showText.setState(sg.getDisplayText());\r
 107       showColourText.setState(sg.getColourText());\r
 108       showBoxes.setState(sg.getDisplayBoxes());\r
 109       if (!ap.av.alignment.getGroups().contains(sg))\r
 110       {\r
 111         groupMenu.remove(unGroupMenuItem);\r
 112       }\r
 113 \r
 114     }\r
 115     else\r
 116     {\r
 117       remove(hideSeqs);\r
 118       remove(groupMenu);\r
 119     }\r
 120 \r
 121     if (links!=null)\r
 122     {\r
 123       Menu linkMenu = new Menu("Link");\r
 124       MenuItem item;\r
 125       String link;\r
 126       for(int i=0; i<links.size(); i++)\r
 127       {\r
 128         link = links.elementAt(i).toString();\r
 129         final String target = link.substring(0, link.indexOf("|"));\r
 130         item = new MenuItem(target);\r
 131 \r
 132         final String url;\r
 133 \r
 134         if (link.indexOf("$SEQUENCE_ID$") > -1)\r
 135         {\r
 136           String id = seq.getName();\r
 137           if (id.indexOf("|") > -1)\r
 138             id = id.substring(id.lastIndexOf("|") + 1);\r
 139 \r
 140           url = link.substring(link.indexOf("|") + 1,\r
 141                                link.indexOf("$SEQUENCE_ID$"))\r
 142               + id +\r
 143               link.substring(link.indexOf("$SEQUENCE_ID$") + 13);\r
 144         }\r
 145         else\r
 146           url = link.substring(link.lastIndexOf("|")+1);\r
 147 \r
 148            item.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()\r
 149            {\r
 150                public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 151                {\r
 152                   ap.alignFrame.showURL(url, target);\r
 153                }\r
 154            });\r
 155           linkMenu.add(item);\r
 156       }\r
 157       if(seq!=null)\r
 158         seqMenu.add(linkMenu);\r
 159       else\r
 160         add(linkMenu);\r
 161     }\r
 162     if(seq!=null)\r
 163     {\r
 164       seqMenu.setLabel(seq.getName());\r
 165       repGroup.setLabel("Represent Group with " + seq.getName());\r
 166     }\r
 167     else\r
 168       remove(seqMenu);\r
 169 \r
 170     if(!ap.av.hasHiddenRows)\r
 171       remove(revealAll);\r
 172   }\r
 173 \r
 174   public void itemStateChanged(ItemEvent evt)\r
 175   {\r
 176     if(evt.getSource()==abovePIDColour)\r
 177       abovePIDColour_itemStateChanged();\r
 178     else if(evt.getSource()==showColourText)\r
 179       showColourText_itemStateChanged();\r
 180     else if(evt.getSource()==showText)\r
 181       showText_itemStateChanged();\r
 182     else if(evt.getSource()==showBoxes)\r
 183        showBoxes_itemStateChanged()   ;\r
 184   }\r
 185 \r
 186   public void actionPerformed(ActionEvent evt)\r
 187   {\r
 188     Object source = evt.getSource();\r
 189     if(source==clustalColour)\r
 190       clustalColour_actionPerformed();\r
 191     else if(source==zappoColour)\r
 192       zappoColour_actionPerformed();\r
 193     else if(source==taylorColour)\r
 194       taylorColour_actionPerformed();\r
 195     else if(source==hydrophobicityColour)\r
 196       hydrophobicityColour_actionPerformed();\r
 197     else if(source==helixColour)\r
 198       helixColour_actionPerformed();\r
 199     else if(source==strandColour)\r
 200       strandColour_actionPerformed();\r
 201     else if(source==turnColour)\r
 202       turnColour_actionPerformed();\r
 203     else if(source==buriedColour)\r
 204       buriedColour_actionPerformed();\r
 205     else if(source==nucleotideMenuItem)\r
 206       nucleotideMenuItem_actionPerformed();\r
 207 \r
 208     else if (source == userDefinedColour)\r
 209       userDefinedColour_actionPerformed();\r
 210     else if (source == PIDColour)\r
 211       PIDColour_actionPerformed();\r
 212     else if (source == BLOSUM62Colour)\r
 213       BLOSUM62Colour_actionPerformed();\r
 214     else if (source == noColourmenuItem)\r
 215       noColourmenuItem_actionPerformed();\r
 216     else if (source == conservationMenuItem)\r
 217       conservationMenuItem_itemStateChanged();\r
 218     else if (source == unGroupMenuItem)\r
 219       unGroupMenuItem_actionPerformed();\r
 220 \r
 221     else if(source == pdb)\r
 222       addPDB();\r
 223     else if(source == hideSeqs)\r
 224       hideSequences(false);\r
 225     else if(source == repGroup)\r
 226       hideSequences(true);\r
 227     else if(source == revealAll)\r
 228     {\r
 229         ap.av.showAllHiddenSeqs();\r
 230     }\r
 231 \r
 232     else if(source==copy)\r
 233       ap.alignFrame.copy_actionPerformed();\r
 234     else if(source==cut)\r
 235       ap.alignFrame.cut_actionPerformed();\r
 236     else if(source==toUpper || source==toLower || source==toggleCase)\r
 237     {\r
 238     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();\r
 239     Vector regions = new Vector();\r
 240     if (sg != null)\r
 241     {\r
 242       int start = sg.getStartRes();\r
 243       int end = sg.getEndRes() + 1;\r
 244 \r
 245       do\r
 246       {\r
 247         if (ap.av.hasHiddenColumns)\r
 248         {\r
 249           if(start==0)\r
 250             start = ap.av.colSel.adjustForHiddenColumns(start);\r
 251 \r
 252           end = ap.av.colSel.getHiddenBoundaryRight(start);\r
 253           if (start == end)\r
 254             end = sg.getEndRes() + 1;\r
 255           if (end > sg.getEndRes())\r
 256             end = sg.getEndRes() + 1;\r
 257         }\r
 258 \r
 259         regions.addElement(new int[]\r
 260                            {start, end});\r
 261 \r
 262         if (ap.av.hasHiddenColumns)\r
 263         {\r
 264           start = ap.av.colSel.adjustForHiddenColumns(end);\r
 265           start = ap.av.colSel.getHiddenBoundaryLeft(start) + 1;\r
 266         }\r
 267       }\r
 268       while (end < sg.getEndRes());\r
 269 \r
 270       int[][] startEnd = new int[regions.size()][2];\r
 271       for (int i = 0; i < regions.size(); i++)\r
 272       {\r
 273         startEnd[i] = (int[]) regions.elementAt(i);\r
 274       }\r
 275 \r
 276 \r
 277       String description;\r
 278       int caseChange;\r
 279 \r
 280       if(source==toggleCase)\r
 281       {\r
 282         description = "Toggle Case";\r
 283         caseChange = ChangeCaseCommand.TOGGLE_CASE;\r
 284       }\r
 285       else if(source==toUpper)\r
 286       {\r
 287         description = "To Upper Case";\r
 288         caseChange = ChangeCaseCommand.TO_UPPER;\r
 289       }\r
 290       else\r
 291       {\r
 292         description = "To Lower Case";\r
 293         caseChange = ChangeCaseCommand.TO_LOWER;\r
 294       }\r
 295 \r
 296       ChangeCaseCommand caseCommand = new ChangeCaseCommand(\r
 297           description, sg.getSequencesAsArray(true), startEnd, caseChange\r
 298           );\r
 299 \r
 300       ap.alignFrame.addHistoryItem(caseCommand);\r
 301 \r
 302 \r
 303       ap.av.firePropertyChange("alignment", null,\r
 304                                 ap.av.getAlignment().getSequences());\r
 305 \r
 306     }\r
 307     }\r
 308     else\r
 309       outputText(evt);\r
 310 \r
 311   }\r
 312 \r
 313   void outputText(ActionEvent e)\r
 314   {\r
 315     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(true, ap.alignFrame);\r
 316     Vector vseqs = new Vector();\r
 317 \r
 318       String [] selection = ap.av.getViewAsString(true);\r
 319       SequenceI [] seqs = ap.av.getSelectionAsNewSequence();\r
 320       if (selection != null)\r
 321       {\r
 322         for (int i = 0; i < selection.length; i++)\r
 323         {\r
 324           Sequence seq = new Sequence(\r
 325               seqs[i].getName(),\r
 326               selection[i],\r
 327               seqs[i].getStart(), seqs[i].getEnd());\r
 328           seq.setDescription(seqs[i].getDescription());\r
 329           vseqs.addElement( seq );\r
 330       }\r
 331     }\r
 332 \r
 333     Frame frame = new Frame();\r
 334     frame.add(cap);\r
 335     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame,\r
 336                                      "Selection output - " + e.getActionCommand(),\r
 337                                      600, 500);\r
 338 \r
 339     cap.setText(new jalview.io.AppletFormatAdapter().formatSequences(\r
 340         e.getActionCommand(),\r
 341         vseqs,\r
 342         ap.av.showJVSuffix));\r
 343 \r
 344   }\r
 345 \r
 346   void addPDB()\r
 347   {\r
 348     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(true, ap.alignFrame);\r
 349     cap.setText("Paste your PDB file here.");\r
 350     cap.setPDBImport(seq);\r
 351     Frame frame = new Frame();\r
 352     frame.add(cap);\r
 353     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, "Paste PDB file ", 400, 300);\r
 354   }\r
 355 \r
 356   private void jbInit()\r
 357       throws Exception\r
 358   {\r
 359     groupMenu.setLabel("Group");\r
 360     groupMenu.setLabel("Selection");\r
 361 \r
 362     unGroupMenuItem.setLabel("Remove Group");\r
 363     unGroupMenuItem.addActionListener(this);\r
 364 \r
 365     nucleotideMenuItem.setLabel("Nucleotide");\r
 366     nucleotideMenuItem.addActionListener(this);\r
 367     conservationMenuItem.addItemListener(this);\r
 368     abovePIDColour.addItemListener(this);\r
 369     colourMenu.setLabel("Group Colour");\r
 370     showBoxes.setLabel("Boxes");\r
 371     showBoxes.setState(true);\r
 372     showBoxes.addItemListener(this);\r
 373 \r
 374     showText.setLabel("Text");\r
 375     showText.addItemListener(this);\r
 376     showColourText.setLabel("Colour Text");\r
 377     showColourText.addItemListener(this);\r
 378     outputmenu.setLabel("Output to Textbox...");\r
 379     seqMenu.setLabel("Sequence");\r
 380     pdb.setLabel("View PDB Structure");\r
 381     hideSeqs.setLabel("Hide Sequences");\r
 382     repGroup.setLabel("Represent Group with");\r
 383     revealAll.setLabel("Reveal All");\r
 384     menu1.setLabel("Group");\r
 385     add(groupMenu);\r
 386     this.add(seqMenu);\r
 387     this.add(hideSeqs);\r
 388     this.add(revealAll);\r
 389     groupMenu.add(editMenu);\r
 390     groupMenu.add(outputmenu);\r
 391     groupMenu.add(menu1);\r
 392     colourMenu.add(noColourmenuItem);\r
 393     colourMenu.add(clustalColour);\r
 394     colourMenu.add(BLOSUM62Colour);\r
 395     colourMenu.add(PIDColour);\r
 396     colourMenu.add(zappoColour);\r
 397     colourMenu.add(taylorColour);\r
 398     colourMenu.add(hydrophobicityColour);\r
 399     colourMenu.add(helixColour);\r
 400     colourMenu.add(strandColour);\r
 401     colourMenu.add(turnColour);\r
 402     colourMenu.add(buriedColour);\r
 403     colourMenu.add(nucleotideMenuItem);\r
 404     colourMenu.add(userDefinedColour);\r
 405     colourMenu.addSeparator();\r
 406     colourMenu.add(abovePIDColour);\r
 407     colourMenu.add(conservationMenuItem);\r
 408 \r
 409     noColourmenuItem.setLabel("None");\r
 410     noColourmenuItem.addActionListener(this);\r
 411 \r
 412     clustalColour.setLabel("Clustalx colours");\r
 413     clustalColour.addActionListener(this);\r
 414     zappoColour.setLabel("Zappo");\r
 415     zappoColour.addActionListener(this);\r
 416     taylorColour.setLabel("Taylor");\r
 417     taylorColour.addActionListener(this);\r
 418     hydrophobicityColour.setLabel("Hydrophobicity");\r
 419     hydrophobicityColour.addActionListener(this);\r
 420     helixColour.setLabel("Helix propensity");\r
 421     helixColour.addActionListener(this);\r
 422     strandColour.setLabel("Strand propensity");\r
 423     strandColour.addActionListener(this);\r
 424     turnColour.setLabel("Turn propensity");\r
 425     turnColour.addActionListener(this);\r
 426     buriedColour.setLabel("Buried Index");\r
 427     buriedColour.addActionListener(this);\r
 428     abovePIDColour.setLabel("Above % Identity");\r
 429 \r
 430     userDefinedColour.setLabel("User Defined");\r
 431     userDefinedColour.addActionListener(this);\r
 432     PIDColour.setLabel("Percentage Identity");\r
 433     PIDColour.addActionListener(this);\r
 434     BLOSUM62Colour.setLabel("BLOSUM62");\r
 435     BLOSUM62Colour.addActionListener(this);\r
 436     conservationMenuItem.setLabel("Conservation");\r
 437 \r
 438     editMenu.add(copy);\r
 439     copy.addActionListener(this);\r
 440     editMenu.add(cut);\r
 441     cut.addActionListener(this);\r
 442     editMenu.add(toUpper);\r
 443     toUpper.addActionListener(this);\r
 444     editMenu.add(toLower);\r
 445     toLower.addActionListener(this);\r
 446     editMenu.add(toggleCase);\r
 447     seqMenu.add(pdb);\r
 448     seqMenu.add(repGroup);\r
 449     menu1.add(unGroupMenuItem);\r
 450     menu1.add(colourMenu);\r
 451     menu1.add(showBoxes);\r
 452     menu1.add(showText);\r
 453     menu1.add(showColourText);\r
 454     toggleCase.addActionListener(this);\r
 455     pdb.addActionListener(this);\r
 456     hideSeqs.addActionListener(this);\r
 457     repGroup.addActionListener(this);\r
 458     revealAll.addActionListener(this);\r
 459 \r
 460   }\r
 461 \r
 462   void refresh()\r
 463   {\r
 464     ap.seqPanel.seqCanvas.repaint();\r
 465     if(ap.overviewPanel!=null)\r
 466       ap.overviewPanel.updateOverviewImage();\r
 467   }\r
 468 \r
 469   protected void clustalColour_actionPerformed()\r
 470   {\r
 471     SequenceGroup sg = getGroup();\r
 472     sg.cs = new ClustalxColourScheme(sg.getSequences(true), ap.av.alignment.getWidth());\r
 473     refresh();\r
 474   }\r
 475 \r
 476   protected void zappoColour_actionPerformed()\r
 477   {\r
 478     getGroup().cs = new ZappoColourScheme();\r
 479     refresh();\r
 480   }\r
 481 \r
 482   protected void taylorColour_actionPerformed()\r
 483   {\r
 484     getGroup().cs = new TaylorColourScheme();\r
 485     refresh();\r
 486   }\r
 487 \r
 488   protected void hydrophobicityColour_actionPerformed()\r
 489   {\r
 490     getGroup().cs = new HydrophobicColourScheme();\r
 491     refresh();\r
 492   }\r
 493 \r
 494   protected void helixColour_actionPerformed()\r
 495   {\r
 496     getGroup().cs = new HelixColourScheme();\r
 497     refresh();\r
 498   }\r
 499 \r
 500   protected void strandColour_actionPerformed()\r
 501   {\r
 502     getGroup().cs = new StrandColourScheme();\r
 503     refresh();\r
 504   }\r
 505 \r
 506   protected void turnColour_actionPerformed()\r
 507   {\r
 508     getGroup().cs = new TurnColourScheme();\r
 509     refresh();\r
 510   }\r
 511 \r
 512   protected void buriedColour_actionPerformed()\r
 513   {\r
 514     getGroup().cs = new BuriedColourScheme();\r
 515     refresh();\r
 516   }\r
 517 \r
 518   public void nucleotideMenuItem_actionPerformed()\r
 519   {\r
 520     getGroup().cs = new NucleotideColourScheme();\r
 521     refresh();\r
 522   }\r
 523 \r
 524   protected void abovePIDColour_itemStateChanged()\r
 525   {\r
 526     SequenceGroup sg = getGroup();\r
 527     if(sg.cs==null)\r
 528           return;\r
 529 \r
 530     if (abovePIDColour.getState())\r
 531     {\r
 532       sg.cs.setConsensus(AAFrequency.calculate(sg.getSequences(true), 0,\r
 533                                                ap.av.alignment.getWidth()));\r
 534       int threshold = SliderPanel.setPIDSliderSource(ap, sg.cs,\r
 535           getGroup().getName());\r
 536 \r
 537       sg.cs.setThreshold(threshold, ap.av.getIgnoreGapsConsensus());\r
 538 \r
 539       SliderPanel.showPIDSlider();\r
 540 \r
 541     }\r
 542     else // remove PIDColouring\r
 543     {\r
 544       sg.cs.setThreshold(0, ap.av.getIgnoreGapsConsensus());\r
 545     }\r
 546 \r
 547     refresh();\r
 548 \r
 549   }\r
 550 \r
 551   protected void userDefinedColour_actionPerformed()\r
 552   {\r
 553     new UserDefinedColours(ap, getGroup());\r
 554   }\r
 555 \r
 556   protected void PIDColour_actionPerformed()\r
 557   {\r
 558     SequenceGroup sg = getGroup();\r
 559     sg.cs = new PIDColourScheme();\r
 560     sg.cs.setConsensus(AAFrequency.calculate(sg.getSequences(true), 0,\r
 561                                              ap.av.alignment.getWidth()));\r
 562     refresh();\r
 563   }\r
 564 \r
 565   protected void BLOSUM62Colour_actionPerformed()\r
 566   {\r
 567     SequenceGroup sg = getGroup();\r
 568 \r
 569     sg.cs = new Blosum62ColourScheme();\r
 570 \r
 571     sg.cs.setConsensus(AAFrequency.calculate(sg.getSequences(true), 0,\r
 572                                              ap.av.alignment.getWidth()));\r
 573 \r
 574     refresh();\r
 575   }\r
 576 \r
 577   protected void noColourmenuItem_actionPerformed()\r
 578   {\r
 579     getGroup().cs = null;\r
 580     refresh();\r
 581   }\r
 582 \r
 583   protected void conservationMenuItem_itemStateChanged()\r
 584   {\r
 585     SequenceGroup sg = getGroup();\r
 586     if(sg.cs==null)\r
 587           return;\r
 588 \r
 589     if (conservationMenuItem.getState())\r
 590     {\r
 591 \r
 592       Conservation c = new Conservation("Group",\r
 593                                         ResidueProperties.propHash, 3,\r
 594                                         sg.getSequences(true), 0,\r
 595                                         ap.av.alignment.getWidth());\r
 596 \r
 597       c.calculate();\r
 598       c.verdict(false, ap.av.ConsPercGaps);\r
 599 \r
 600       sg.cs.setConservation(c);\r
 601 \r
 602       SliderPanel.setConservationSlider(ap, sg.cs, sg.getName());\r
 603       SliderPanel.showConservationSlider();\r
 604     }\r
 605     else // remove ConservationColouring\r
 606     {\r
 607       sg.cs.setConservation(null);\r
 608     }\r
 609 \r
 610     refresh();\r
 611   }\r
 612 \r
 613 \r
 614   SequenceGroup getGroup()\r
 615   {\r
 616     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();\r
 617 \r
 618     // this method won't add a new group if it already exists\r
 619     if(sg!=null)\r
 620       ap.av.alignment.addGroup(sg);\r
 621 \r
 622     return sg;\r
 623   }\r
 624 \r
 625   void unGroupMenuItem_actionPerformed()\r
 626   {\r
 627     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();\r
 628     ap.av.alignment.deleteGroup(sg);\r
 629     ap.av.setSelectionGroup(null);\r
 630     ap.repaint();\r
 631   }\r
 632 \r
 633   public void showColourText_itemStateChanged()\r
 634   {\r
 635     getGroup().setColourText(showColourText.getState());\r
 636     refresh();\r
 637   }\r
 638 \r
 639   public void showText_itemStateChanged()\r
 640   {\r
 641     getGroup().setDisplayText(showText.getState());\r
 642     refresh();\r
 643   }\r
 644 \r
 645   public void showBoxes_itemStateChanged()\r
 646   {\r
 647     getGroup().setDisplayBoxes(showBoxes.getState());\r
 648     refresh();\r
 649   }\r
 650 \r
 651   void hideSequences(boolean representGroup)\r
 652   {\r
 653     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();\r
 654     if(sg==null || sg.getSize(false)<1)\r
 655     {\r
 656       ap.av.hideSequence(new SequenceI[]{seq});\r
 657       return;\r
 658     }\r
 659 \r
 660     int gsize = sg.getSize(false);\r
 661     SequenceI [] hseqs;\r
 662 \r
 663     hseqs = new SequenceI[ representGroup ? gsize-1 : gsize ];\r
 664 \r
 665       int index = 0;\r
 666       for(int i=0; i<gsize; i++)\r
 667       {\r
 668         if(representGroup && sg.getSequenceAt(i)!=seq)\r
 669         {\r
 670           seq.addHiddenSequence(sg.getSequenceAt(i));\r
 671           hseqs[index++] = sg.getSequenceAt(i);\r
 672         }\r
 673         else if(!representGroup)\r
 674         {\r
 675           hseqs[index++] = sg.getSequenceAt(i);\r
 676         }\r
 677         }\r
 678 \r
 679       ap.av.hideSequence(hseqs);\r
 680 \r
 681       ap.av.setSelectionGroup(null);\r
 682     }\r
 683 \r
 684 }\r