src/jalview/appletgui/APopupMenu.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.7)
   3  * Copyright (C) 2011 J Procter, AM Waterhouse, J Engelhardt, LM Lui, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  10  *
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15  *
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  17  */
  18 package jalview.appletgui;
  19
  20 import java.util.*;
  21
  22 import java.awt.*;
  23 import java.awt.event.*;
  24
  25 import jalview.analysis.*;
  26 import jalview.commands.*;
  27 import jalview.datamodel.*;
  28 import jalview.schemes.*;
  29 import jalview.util.UrlLink;
  30 import jalview.io.AppletFormatAdapter;
  31 import jalview.io.SequenceAnnotationReport;
  32
  33 public class APopupMenu extends java.awt.PopupMenu implements
  34         ActionListener, ItemListener
  35 {
  36   Menu groupMenu = new Menu();
  37
  38   MenuItem editGroupName = new MenuItem();
  39
  40   protected MenuItem clustalColour = new MenuItem();
  41
  42   protected MenuItem zappoColour = new MenuItem();
  43
  44   protected MenuItem taylorColour = new MenuItem();
  45
  46   protected MenuItem hydrophobicityColour = new MenuItem();
  47
  48   protected MenuItem helixColour = new MenuItem();
  49
  50   protected MenuItem strandColour = new MenuItem();
  51
  52   protected MenuItem turnColour = new MenuItem();
  53
  54   protected MenuItem buriedColour = new MenuItem();
  55
  56   protected CheckboxMenuItem abovePIDColour = new CheckboxMenuItem();
  57
  58   protected MenuItem userDefinedColour = new MenuItem();
  59
  60   protected MenuItem PIDColour = new MenuItem();
  61
  62   protected MenuItem BLOSUM62Colour = new MenuItem();
  63
  64   MenuItem noColourmenuItem = new MenuItem();
  65
  66   protected CheckboxMenuItem conservationMenuItem = new CheckboxMenuItem();
  67
  68   final AlignmentPanel ap;
  69
  70   MenuItem unGroupMenuItem = new MenuItem();
  71
  72   MenuItem nucleotideMenuItem = new MenuItem();
  73
  74   Menu colourMenu = new Menu();
  75
  76   CheckboxMenuItem showBoxes = new CheckboxMenuItem();
  77
  78   CheckboxMenuItem showText = new CheckboxMenuItem();
  79
  80   CheckboxMenuItem showColourText = new CheckboxMenuItem();
  81
  82   CheckboxMenuItem displayNonconserved = new CheckboxMenuItem();
  83
  84   Menu editMenu = new Menu("Edit");
  85
  86   MenuItem copy = new MenuItem("Copy (Jalview Only)");
  87
  88   MenuItem cut = new MenuItem("Cut (Jalview Only)");
  89
  90   MenuItem toUpper = new MenuItem("To Upper Case");
  91
  92   MenuItem toLower = new MenuItem("To Lower Case");
  93
  94   MenuItem toggleCase = new MenuItem("Toggle Case");
  95
  96   Menu outputmenu = new Menu();
  97
  98   Menu seqMenu = new Menu();
  99
 100   MenuItem pdb = new MenuItem();
 101
 102   MenuItem hideSeqs = new MenuItem();
 103
 104   MenuItem repGroup = new MenuItem();
 105
 106   MenuItem sequenceName = new MenuItem("Edit Name/Description");
 107
 108   MenuItem sequenceFeature = new MenuItem("Create Sequence Feature");
 109
 110   MenuItem editSequence = new MenuItem("Edit Sequence");
 111
 112   MenuItem sequenceDetails = new MenuItem("Sequence Details ...");
 113
 114   MenuItem selSeqDetails = new MenuItem("Sequence Details ...");
 115
 116   Sequence seq;
 117
 118   MenuItem revealAll = new MenuItem();
 119
 120   MenuItem revealSeq = new MenuItem();
 121   /**
 122    * index of sequence to be revealed
 123    */
 124   int revealSeq_index=-1;
 125   Menu menu1 = new Menu();
 126
 127   public APopupMenu(AlignmentPanel apanel, final Sequence seq, Vector links)
 128   {
 129     // /////////////////////////////////////////////////////////
 130     // If this is activated from the sequence panel, the user may want to
 131     // edit or annotate a particular residue. Therefore display the residue menu
 132     //
 133     // If from the IDPanel, we must display the sequence menu
 134     // ////////////////////////////////////////////////////////
 135
 136     this.ap = apanel;
 137     this.seq = seq;
 138
 139     try
 140     {
 141       jbInit();
 142     } catch (Exception e)
 143     {
 144       e.printStackTrace();
 145     }
 146
 147     for (int i = 0; i < jalview.io.AppletFormatAdapter.WRITEABLE_FORMATS.length; i++)
 148     {
 149       MenuItem item = new MenuItem(
 150               jalview.io.AppletFormatAdapter.WRITEABLE_FORMATS[i]);
 151
 152       item.addActionListener(this);
 153       outputmenu.add(item);
 154     }
 155
 156     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
 157
 158     if (sg != null && sg.getSize() > 0)
 159     {
 160       editGroupName.setLabel("Name: "+sg.getName());
 161       showText.setState(sg.getDisplayText());
 162       showColourText.setState(sg.getColourText());
 163       showBoxes.setState(sg.getDisplayBoxes());
 164       displayNonconserved.setState(sg.getShowNonconserved());
 165       if (!ap.av.getAlignment().getGroups().contains(sg))
 166       {
 167         groupMenu.remove(unGroupMenuItem);
 168       }
 169
 170     }
 171     else
 172     {
 173       remove(hideSeqs);
 174       remove(groupMenu);
 175     }
 176
 177     if (links != null && links.size() > 0)
 178     {
 179       Menu linkMenu = new Menu("Link");
 180       String link;
 181       for (int i = 0; i < links.size(); i++)
 182       {
 183         link = links.elementAt(i).toString();
 184         UrlLink urlLink = new UrlLink(link);
 185         if (!urlLink.isValid())
 186         {
 187           System.err.println(urlLink.getInvalidMessage());
 188           continue;
 189         }
 190         final String target = urlLink.getTarget(); // link.substring(0,
 191         // link.indexOf("|"));
 192         final String label = urlLink.getLabel();
 193         if (seq!=null && urlLink.isDynamic())
 194         {
 195
 196           // collect matching db-refs
 197           DBRefEntry[] dbr = jalview.util.DBRefUtils.selectRefs(
 198                   seq.getDBRef(), new String[]
 199                   { target });
 200           // collect id string too
 201           String id = seq.getName();
 202           String descr = seq.getDescription();
 203           if (descr != null && descr.length() < 1)
 204           {
 205             descr = null;
 206           }
 207           if (dbr != null)
 208           {
 209             for (int r = 0; r < dbr.length; r++)
 210             {
 211               if (id != null && dbr[r].getAccessionId().equals(id))
 212               {
 213                 // suppress duplicate link creation for the bare sequence ID
 214                 // string with this link
 215                 id = null;
 216               }
 217               // create Bare ID link for this RUL
 218               String[] urls = urlLink.makeUrls(dbr[r].getAccessionId(),
 219                       true);
 220               if (urls != null)
 221               {
 222                 for (int u = 0; u < urls.length; u += 2)
 223                 {
 224                   addshowLink(linkMenu, label + "|" + urls[u], urls[u + 1]);
 225                 }
 226               }
 227             }
 228           }
 229           if (id != null)
 230           {
 231             // create Bare ID link for this RUL
 232             String[] urls = urlLink.makeUrls(id, true);
 233             if (urls != null)
 234             {
 235               for (int u = 0; u < urls.length; u += 2)
 236               {
 237                 addshowLink(linkMenu, label, urls[u + 1]);
 238               }
 239             }
 240             // addshowLink(linkMenu, target, url_pref + id + url_suff);
 241           }
 242           // Now construct URLs from description but only try to do it for regex
 243           // URL links
 244           if (descr != null && urlLink.getRegexReplace() != null)
 245           {
 246             // create link for this URL from description only if regex matches
 247             String[] urls = urlLink.makeUrls(descr, true);
 248             if (urls != null)
 249             {
 250               for (int u = 0; u < urls.length; u += 2)
 251               {
 252                 addshowLink(linkMenu, label, urls[u + 1]);
 253               }
 254             }
 255           }
 256         }
 257         else
 258         {
 259           addshowLink(linkMenu, target, urlLink.getUrl_prefix()); // link.substring(link.lastIndexOf("|")+1));
 260         }
 261         /*
 262          * final String url;
 263          *
 264          * if (link.indexOf("$SEQUENCE_ID$") > -1) { // Substitute SEQUENCE_ID
 265          * string and any matching database reference accessions String url_pref
 266          * = link.substring(link.indexOf("|") + 1,
 267          * link.indexOf("$SEQUENCE_ID$"));
 268          *
 269          * String url_suff = link.substring(link.indexOf("$SEQUENCE_ID$") + 13);
 270          * // collect matching db-refs DBRefEntry[] dbr =
 271          * jalview.util.DBRefUtils.selectRefs(seq.getDBRef(), new
 272          * String[]{target}); // collect id string too String id =
 273          * seq.getName(); if (id.indexOf("|") > -1) { id =
 274          * id.substring(id.lastIndexOf("|") + 1); } if (dbr!=null) { for (int
 275          * r=0;r<dbr.length; r++) { if (dbr[r].getAccessionId().equals(id)) { //
 276          * suppress duplicate link creation for the bare sequence ID string with
 277          * this link id = null; } addshowLink(linkMenu,
 278          * dbr[r].getSource()+"|"+dbr[r].getAccessionId(), target,
 279          * url_pref+dbr[r].getAccessionId()+url_suff); } } if (id!=null) { //
 280          * create Bare ID link for this RUL addshowLink(linkMenu, target,
 281          * url_pref + id + url_suff); } } else { addshowLink(linkMenu, target,
 282          * link.substring(link.lastIndexOf("|")+1)); }
 283          */
 284       }
 285       if (linkMenu.getItemCount() > 0)
 286       {
 287         if (seq != null)
 288         {
 289           seqMenu.add(linkMenu);
 290         }
 291         else
 292         {
 293           add(linkMenu);
 294         }
 295       }
 296     }
 297     // TODO: add group link menu entry here
 298     if (seq != null)
 299     {
 300       seqMenu.setLabel(seq.getName());
 301       repGroup.setLabel("Represent Group with " + seq.getName());
 302     }
 303     else
 304     {
 305       remove(seqMenu);
 306     }
 307
 308     if (!ap.av.hasHiddenRows())
 309     {
 310       remove(revealAll);
 311       remove(revealSeq);
 312     } else {
 313       final int index = ap.av.getAlignment().findIndex(seq);
 314
 315       if (ap.av.adjustForHiddenSeqs(index)
 316               - ap.av.adjustForHiddenSeqs(index - 1) > 1)
 317       {
 318         revealSeq_index=index;
 319       } else {
 320         remove(revealSeq);
 321       }
 322     }
 323   }
 324
 325   /**
 326    * add a show URL menu item to the given linkMenu
 327    *
 328    * @param linkMenu
 329    * @param target
 330    *          - menu label string
 331    * @param url
 332    *          - url to open
 333    */
 334   private void addshowLink(Menu linkMenu, final String target,
 335           final String url)
 336   {
 337     addshowLink(linkMenu, target, target, url);
 338   }
 339
 340   /**
 341    * add a show URL menu item to the given linkMenu
 342    *
 343    * @param linkMenu
 344    * @param target
 345    *          - URL target window
 346    * @param label
 347    *          - menu label string
 348    * @param url
 349    *          - url to open
 350    */
 351   private void addshowLink(Menu linkMenu, final String target,
 352           final String label, final String url)
 353   {
 354     MenuItem item = new MenuItem(label);
 355     item.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()
 356     {
 357       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 358       {
 359         ap.alignFrame.showURL(url, target);
 360       }
 361     });
 362     linkMenu.add(item);
 363   }
 364
 365   public void itemStateChanged(ItemEvent evt)
 366   {
 367     if (evt.getSource() == abovePIDColour)
 368     {
 369       abovePIDColour_itemStateChanged();
 370     }
 371     else if (evt.getSource() == showColourText)
 372     {
 373       showColourText_itemStateChanged();
 374     }
 375     else if (evt.getSource() == showText)
 376     {
 377       showText_itemStateChanged();
 378     }
 379     else if (evt.getSource() == showBoxes)
 380     {
 381       showBoxes_itemStateChanged();
 382     }
 383     else if (evt.getSource() == displayNonconserved)
 384     {
 385       this.showNonconserved_itemStateChanged();
 386     }
 387   }
 388
 389   public void actionPerformed(ActionEvent evt)
 390   {
 391     Object source = evt.getSource();
 392     if (source == clustalColour)
 393     {
 394       clustalColour_actionPerformed();
 395     }
 396     else if (source == zappoColour)
 397     {
 398       zappoColour_actionPerformed();
 399     }
 400     else if (source == taylorColour)
 401     {
 402       taylorColour_actionPerformed();
 403     }
 404     else if (source == hydrophobicityColour)
 405     {
 406       hydrophobicityColour_actionPerformed();
 407     }
 408     else if (source == helixColour)
 409     {
 410       helixColour_actionPerformed();
 411     }
 412     else if (source == strandColour)
 413     {
 414       strandColour_actionPerformed();
 415     }
 416     else if (source == turnColour)
 417     {
 418       turnColour_actionPerformed();
 419     }
 420     else if (source == buriedColour)
 421     {
 422       buriedColour_actionPerformed();
 423     }
 424     else if (source == nucleotideMenuItem)
 425     {
 426       nucleotideMenuItem_actionPerformed();
 427     }
 428
 429     else if (source == userDefinedColour)
 430     {
 431       userDefinedColour_actionPerformed();
 432     }
 433     else if (source == PIDColour)
 434     {
 435       PIDColour_actionPerformed();
 436     }
 437     else if (source == BLOSUM62Colour)
 438     {
 439       BLOSUM62Colour_actionPerformed();
 440     }
 441     else if (source == noColourmenuItem)
 442     {
 443       noColourmenuItem_actionPerformed();
 444     }
 445     else if (source == conservationMenuItem)
 446     {
 447       conservationMenuItem_itemStateChanged();
 448     }
 449     else if (source == unGroupMenuItem)
 450     {
 451       unGroupMenuItem_actionPerformed();
 452     }
 453
 454     else if (source == sequenceName)
 455     {
 456       editName();
 457     }
 458     else if (source == sequenceDetails)
 459     {
 460       showSequenceDetails();
 461     }
 462     else if (source == selSeqDetails)
 463     {
 464       showSequenceSelectionDetails();
 465     }
 466     else if (source == pdb)
 467     {
 468       addPDB();
 469     }
 470     else if (source == hideSeqs)
 471     {
 472       hideSequences(false);
 473     }
 474     else if (source == repGroup)
 475     {
 476       hideSequences(true);
 477     }
 478     else if (source == revealSeq)
 479     {
 480       ap.av.showSequence(revealSeq_index);
 481     }
 482     else if (source == revealAll)
 483     {
 484       ap.av.showAllHiddenSeqs();
 485     }
 486
 487     else if (source == editGroupName)
 488     {
 489       EditNameDialog dialog = new EditNameDialog(getGroup().getName(),
 490               getGroup().getDescription(), "       Group Name",
 491               "Group Description", ap.alignFrame,
 492               "Edit Group Name / Description", 500, 100, true);
 493
 494       if (dialog.accept)
 495       {
 496         getGroup().setName(dialog.getName().replace(' ', '_'));
 497         getGroup().setDescription(dialog.getDescription());
 498       }
 499
 500     }
 501     else if (source == copy)
 502     {
 503       ap.alignFrame.copy_actionPerformed();
 504     }
 505     else if (source == cut)
 506     {
 507       ap.alignFrame.cut_actionPerformed();
 508     }
 509     else if (source == editSequence)
 510     {
 511       SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
 512
 513       if (sg != null)
 514       {
 515         if (seq == null)
 516           seq = (Sequence) sg.getSequenceAt(0);
 517
 518         EditNameDialog dialog = new EditNameDialog(seq.getSequenceAsString(
 519                 sg.getStartRes(), sg.getEndRes() + 1), null,
 520                 "Edit Sequence ", null,
 521
 522                 ap.alignFrame, "Edit Sequence", 500, 100, true);
 523
 524         if (dialog.accept)
 525         {
 526           EditCommand editCommand = new EditCommand("Edit Sequences",
 527                   EditCommand.REPLACE, dialog.getName().replace(' ',
 528                           ap.av.getGapCharacter()),
 529                   sg.getSequencesAsArray(ap.av.getHiddenRepSequences()),
 530                   sg.getStartRes(), sg.getEndRes() + 1, ap.av.getAlignment());
 531
 532           ap.alignFrame.addHistoryItem(editCommand);
 533
 534           ap.av.firePropertyChange("alignment", null, ap.av.getAlignment()
 535                   .getSequences());
 536         }
 537       }
 538     }
 539     else if (source == toUpper || source == toLower || source == toggleCase)
 540     {
 541       SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
 542       Vector regions = new Vector();
 543       if (sg != null)
 544       {
 545         int[][] startEnd = ap.av.getVisibleRegionBoundaries(sg.getStartRes(),
 546                 sg.getEndRes() + 1);
 547
 548         String description;
 549         int caseChange;
 550
 551         if (source == toggleCase)
 552         {
 553           description = "Toggle Case";
 554           caseChange = ChangeCaseCommand.TOGGLE_CASE;
 555         }
 556         else if (source == toUpper)
 557         {
 558           description = "To Upper Case";
 559           caseChange = ChangeCaseCommand.TO_UPPER;
 560         }
 561         else
 562         {
 563           description = "To Lower Case";
 564           caseChange = ChangeCaseCommand.TO_LOWER;
 565         }
 566
 567         ChangeCaseCommand caseCommand = new ChangeCaseCommand(description,
 568                 sg.getSequencesAsArray(ap.av.getHiddenRepSequences()), startEnd,
 569                 caseChange);
 570
 571         ap.alignFrame.addHistoryItem(caseCommand);
 572
 573         ap.av.firePropertyChange("alignment", null, ap.av.getAlignment()
 574                 .getSequences());
 575
 576       }
 577     }
 578     else if (source == sequenceFeature)
 579     {
 580       SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
 581       if (sg == null)
 582       {
 583         return;
 584       }
 585
 586       int rsize = 0, gSize = sg.getSize();
 587       SequenceI[] rseqs, seqs = new SequenceI[gSize];
 588       SequenceFeature[] tfeatures, features = new SequenceFeature[gSize];
 589
 590       for (int i = 0; i < gSize; i++)
 591       {
 592         int start = sg.getSequenceAt(i).findPosition(sg.getStartRes());
 593         int end = sg.findEndRes(sg.getSequenceAt(i));
 594         if (start <= end)
 595         {
 596           seqs[rsize] = sg.getSequenceAt(i);
 597           features[rsize] = new SequenceFeature(null, null, null, start,
 598                   end, "Jalview");
 599           rsize++;
 600         }
 601       }
 602       rseqs = new SequenceI[rsize];
 603       tfeatures = new SequenceFeature[rsize];
 604       System.arraycopy(seqs, 0, rseqs, 0, rsize);
 605       System.arraycopy(features, 0, tfeatures, 0, rsize);
 606       features = tfeatures;
 607       seqs = rseqs;
 608
 609       if (ap.seqPanel.seqCanvas.getFeatureRenderer().amendFeatures(seqs,
 610               features, true, ap))
 611       {
 612         ap.alignFrame.sequenceFeatures.setState(true);
 613         ap.av.showSequenceFeatures(true);
 614         ap.highlightSearchResults(null);
 615       }
 616     }
 617     else
 618     {
 619       outputText(evt);
 620     }
 621
 622   }
 623
 624
 625   void outputText(ActionEvent e)
 626   {
 627     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(true, ap.alignFrame);
 628
 629     Frame frame = new Frame();
 630     frame.add(cap);
 631     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame,
 632             "Selection output - " + e.getActionCommand(), 600, 500);
 633     // JBPNote: getSelectionAsNewSequence behaviour has changed - this method now returns a full copy of sequence data
 634     // TODO consider using getSequenceSelection instead here
 635
 636     cap.setText(new jalview.io.AppletFormatAdapter().formatSequences(
 637             e.getActionCommand(),
 638             new Alignment(ap.av.getSelectionAsNewSequence()),
 639             ap.av.showJVSuffix));
 640
 641   }
 642   protected void showSequenceSelectionDetails()
 643   {
 644     createSequenceDetailsReport(ap.av.getSequenceSelection());
 645   }
 646
 647   protected void showSequenceDetails()
 648   {
 649     createSequenceDetailsReport(new SequenceI[]{seq});
 650   }
 651   public void createSequenceDetailsReport(SequenceI[] sequences)
 652   {
 653
 654     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(false, ap.alignFrame);
 655
 656     StringBuffer contents = new StringBuffer();
 657     for (SequenceI seq:sequences)
 658     {
 659     contents.append("<p><h2>Annotation for "+seq.getDisplayId(true)+"</h2></p><p>");
 660     new SequenceAnnotationReport(null)
 661             .createSequenceAnnotationReport(
 662                     contents,
 663                     seq,
 664                     true,
 665                     true,false,
 666                     (ap.seqPanel.seqCanvas.fr != null) ? ap.seqPanel.seqCanvas.fr.minmax
 667                             : null);
 668     contents.append("</p>");
 669     }
 670     Frame frame = new Frame();
 671     frame.add(cap);
 672     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame,
 673             "Sequence Details for " + (sequences.length==1 ? sequences[0].getDisplayId(true) : "Selection")
 674             , 600, 500);
 675     cap.setText("<html>" + contents.toString() + "</html>");
 676   }
 677
 678   void editName()
 679   {
 680     EditNameDialog dialog = new EditNameDialog(seq.getName(),
 681             seq.getDescription(), "       Sequence Name",
 682             "Sequence Description", ap.alignFrame,
 683             "Edit Sequence Name / Description", 500, 100, true);
 684
 685     if (dialog.accept)
 686     {
 687       seq.setName(dialog.getName());
 688       seq.setDescription(dialog.getDescription());
 689       ap.paintAlignment(false);
 690     }
 691   }
 692
 693   void addPDB()
 694   {
 695     if (seq.getPDBId() != null)
 696     {
 697       PDBEntry entry = (PDBEntry) seq.getPDBId().firstElement();
 698
 699       if (ap.av.applet.jmolAvailable)
 700         new jalview.appletgui.AppletJmol(entry, new Sequence[]
 701         { seq }, null, ap, AppletFormatAdapter.URL);
 702       else
 703         new MCview.AppletPDBViewer(entry, new Sequence[]
 704         { seq }, null, ap, AppletFormatAdapter.URL);
 705
 706     }
 707     else
 708     {
 709       CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(true, ap.alignFrame);
 710       cap.setText("Paste your PDB file here.");
 711       cap.setPDBImport(seq);
 712       Frame frame = new Frame();
 713       frame.add(cap);
 714       jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, "Paste PDB file for sequence "+seq.getName(), 400, 300);
 715     }
 716   }
 717
 718   private void jbInit() throws Exception
 719   {
 720     groupMenu.setLabel("Group");
 721     groupMenu.setLabel("Selection");
 722     sequenceFeature.addActionListener(this);
 723
 724     editGroupName.addActionListener(this);
 725     unGroupMenuItem.setLabel("Remove Group");
 726     unGroupMenuItem.addActionListener(this);
 727
 728     nucleotideMenuItem.setLabel("Nucleotide");
 729     nucleotideMenuItem.addActionListener(this);
 730     conservationMenuItem.addItemListener(this);
 731     abovePIDColour.addItemListener(this);
 732     colourMenu.setLabel("Group Colour");
 733     showBoxes.setLabel("Boxes");
 734     showBoxes.setState(true);
 735     showBoxes.addItemListener(this);
 736     sequenceName.addActionListener(this);
 737     sequenceDetails.addActionListener(this);
 738     selSeqDetails.addActionListener(this);
 739     displayNonconserved.setLabel("Show Nonconserved");
 740     displayNonconserved.setState(false);
 741     displayNonconserved.addItemListener(this);
 742     showText.setLabel("Text");
 743     showText.addItemListener(this);
 744     showColourText.setLabel("Colour Text");
 745     showColourText.addItemListener(this);
 746     outputmenu.setLabel("Output to Textbox...");
 747     seqMenu.setLabel("Sequence");
 748     pdb.setLabel("View PDB Structure");
 749     hideSeqs.setLabel("Hide Sequences");
 750     repGroup.setLabel("Represent Group with");
 751     revealAll.setLabel("Reveal All");
 752     revealSeq.setLabel("Reveal Sequences");
 753     menu1.setLabel("Group");
 754     add(groupMenu);
 755     this.add(seqMenu);
 756     this.add(hideSeqs);
 757     this.add(revealSeq);
 758     this.add(revealAll);
 759     // groupMenu.add(selSeqDetails);
 760     groupMenu.add(editGroupName);
 761     groupMenu.add(editMenu);
 762     groupMenu.add(outputmenu);
 763     groupMenu.add(sequenceFeature);
 764     groupMenu.add(menu1);
 765
 766     colourMenu.add(noColourmenuItem);
 767     colourMenu.add(clustalColour);
 768     colourMenu.add(BLOSUM62Colour);
 769     colourMenu.add(PIDColour);
 770     colourMenu.add(zappoColour);
 771     colourMenu.add(taylorColour);
 772     colourMenu.add(hydrophobicityColour);
 773     colourMenu.add(helixColour);
 774     colourMenu.add(strandColour);
 775     colourMenu.add(turnColour);
 776     colourMenu.add(buriedColour);
 777     colourMenu.add(nucleotideMenuItem);
 778     colourMenu.add(userDefinedColour);
 779     colourMenu.addSeparator();
 780     colourMenu.add(abovePIDColour);
 781     colourMenu.add(conservationMenuItem);
 782
 783     noColourmenuItem.setLabel("None");
 784     noColourmenuItem.addActionListener(this);
 785
 786     clustalColour.setLabel("Clustalx colours");
 787     clustalColour.addActionListener(this);
 788     zappoColour.setLabel("Zappo");
 789     zappoColour.addActionListener(this);
 790     taylorColour.setLabel("Taylor");
 791     taylorColour.addActionListener(this);
 792     hydrophobicityColour.setLabel("Hydrophobicity");
 793     hydrophobicityColour.addActionListener(this);
 794     helixColour.setLabel("Helix propensity");
 795     helixColour.addActionListener(this);
 796     strandColour.setLabel("Strand propensity");
 797     strandColour.addActionListener(this);
 798     turnColour.setLabel("Turn propensity");
 799     turnColour.addActionListener(this);
 800     buriedColour.setLabel("Buried Index");
 801     buriedColour.addActionListener(this);
 802     abovePIDColour.setLabel("Above % Identity");
 803
 804     userDefinedColour.setLabel("User Defined");
 805     userDefinedColour.addActionListener(this);
 806     PIDColour.setLabel("Percentage Identity");
 807     PIDColour.addActionListener(this);
 808     BLOSUM62Colour.setLabel("BLOSUM62");
 809     BLOSUM62Colour.addActionListener(this);
 810     conservationMenuItem.setLabel("Conservation");
 811
 812     editMenu.add(copy);
 813     copy.addActionListener(this);
 814     editMenu.add(cut);
 815     cut.addActionListener(this);
 816
 817     editMenu.add(editSequence);
 818     editSequence.addActionListener(this);
 819
 820     editMenu.add(toUpper);
 821     toUpper.addActionListener(this);
 822     editMenu.add(toLower);
 823     toLower.addActionListener(this);
 824     editMenu.add(toggleCase);
 825     seqMenu.add(sequenceName);
 826     // seqMenu.add(sequenceDetails);
 827
 828     if (!ap.av.applet.useXtrnalSviewer)
 829     {
 830       seqMenu.add(pdb);
 831     }
 832     seqMenu.add(repGroup);
 833     menu1.add(unGroupMenuItem);
 834     menu1.add(colourMenu);
 835     menu1.add(showBoxes);
 836     menu1.add(showText);
 837     menu1.add(showColourText);
 838     menu1.add(displayNonconserved);
 839     toggleCase.addActionListener(this);
 840     pdb.addActionListener(this);
 841     hideSeqs.addActionListener(this);
 842     repGroup.addActionListener(this);
 843     revealAll.addActionListener(this);
 844     revealSeq.addActionListener(this);
 845   }
 846
 847   void refresh()
 848   {
 849     ap.paintAlignment(true);
 850   }
 851
 852   protected void clustalColour_actionPerformed()
 853   {
 854     SequenceGroup sg = getGroup();
 855     sg.cs = new ClustalxColourScheme(
 856             sg,ap.av.getHiddenRepSequences());
 857     refresh();
 858   }
 859
 860   protected void zappoColour_actionPerformed()
 861   {
 862     getGroup().cs = new ZappoColourScheme();
 863     refresh();
 864   }
 865
 866   protected void taylorColour_actionPerformed()
 867   {
 868     getGroup().cs = new TaylorColourScheme();
 869     refresh();
 870   }
 871
 872   protected void hydrophobicityColour_actionPerformed()
 873   {
 874     getGroup().cs = new HydrophobicColourScheme();
 875     refresh();
 876   }
 877
 878   protected void helixColour_actionPerformed()
 879   {
 880     getGroup().cs = new HelixColourScheme();
 881     refresh();
 882   }
 883
 884   protected void strandColour_actionPerformed()
 885   {
 886     getGroup().cs = new StrandColourScheme();
 887     refresh();
 888   }
 889
 890   protected void turnColour_actionPerformed()
 891   {
 892     getGroup().cs = new TurnColourScheme();
 893     refresh();
 894   }
 895
 896   protected void buriedColour_actionPerformed()
 897   {
 898     getGroup().cs = new BuriedColourScheme();
 899     refresh();
 900   }
 901
 902   public void nucleotideMenuItem_actionPerformed()
 903   {
 904     getGroup().cs = new NucleotideColourScheme();
 905     refresh();
 906   }
 907
 908   protected void abovePIDColour_itemStateChanged()
 909   {
 910     SequenceGroup sg = getGroup();
 911     if (sg.cs == null)
 912     {
 913       return;
 914     }
 915
 916     if (abovePIDColour.getState())
 917     {
 918       sg.cs.setConsensus(AAFrequency.calculate(
 919               sg.getSequences(ap.av.getHiddenRepSequences()), 0,
 920               ap.av.getAlignment().getWidth()));
 921       int threshold = SliderPanel.setPIDSliderSource(ap, sg.cs, getGroup()
 922               .getName());
 923
 924       sg.cs.setThreshold(threshold, ap.av.getIgnoreGapsConsensus());
 925
 926       SliderPanel.showPIDSlider();
 927
 928     }
 929     else
 930     // remove PIDColouring
 931     {
 932       sg.cs.setThreshold(0, ap.av.getIgnoreGapsConsensus());
 933     }
 934
 935     refresh();
 936
 937   }
 938
 939   protected void userDefinedColour_actionPerformed()
 940   {
 941     new UserDefinedColours(ap, getGroup());
 942   }
 943
 944   protected void PIDColour_actionPerformed()
 945   {
 946     SequenceGroup sg = getGroup();
 947     sg.cs = new PIDColourScheme();
 948     sg.cs.setConsensus(AAFrequency.calculate(
 949             sg.getSequences(ap.av.getHiddenRepSequences()), 0,
 950             ap.av.getAlignment().getWidth()));
 951     refresh();
 952   }
 953
 954   protected void BLOSUM62Colour_actionPerformed()
 955   {
 956     SequenceGroup sg = getGroup();
 957
 958     sg.cs = new Blosum62ColourScheme();
 959
 960     sg.cs.setConsensus(AAFrequency.calculate(
 961             sg.getSequences(ap.av.getHiddenRepSequences()), 0,
 962             ap.av.getAlignment().getWidth()));
 963
 964     refresh();
 965   }
 966
 967   protected void noColourmenuItem_actionPerformed()
 968   {
 969     getGroup().cs = null;
 970     refresh();
 971   }
 972
 973   protected void conservationMenuItem_itemStateChanged()
 974   {
 975     SequenceGroup sg = getGroup();
 976     if (sg.cs == null)
 977     {
 978       return;
 979     }
 980
 981     if (conservationMenuItem.getState())
 982     {
 983
 984       sg.cs.setConservation(Conservation.calculateConservation("Group",
 985               ResidueProperties.propHash, 3,
 986               sg.getSequences(ap.av.getHiddenRepSequences()), 0,
 987               ap.av.getAlignment().getWidth(),
 988               false, ap.av.getConsPercGaps(),false));
 989       SliderPanel.setConservationSlider(ap, sg.cs, sg.getName());
 990       SliderPanel.showConservationSlider();
 991     }
 992     else
 993     // remove ConservationColouring
 994     {
 995       sg.cs.setConservation(null);
 996     }
 997
 998     refresh();
 999   }
1000
1001   SequenceGroup getGroup()
1002   {
1003     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
1004
1005     // this method won't add a new group if it already exists
1006     if (sg != null)
1007     {
1008       ap.av.getAlignment().addGroup(sg);
1009     }
1010
1011     return sg;
1012   }
1013
1014   void unGroupMenuItem_actionPerformed()
1015   {
1016     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
1017     ap.av.getAlignment().deleteGroup(sg);
1018     ap.av.setSelectionGroup(null);
1019     ap.paintAlignment(true);
1020   }
1021
1022   public void showColourText_itemStateChanged()
1023   {
1024     getGroup().setColourText(showColourText.getState());
1025     refresh();
1026   }
1027
1028   public void showText_itemStateChanged()
1029   {
1030     getGroup().setDisplayText(showText.getState());
1031     refresh();
1032   }
1033
1034   public void showNonconserved_itemStateChanged()
1035   {
1036     getGroup().setShowNonconserved(this.displayNonconserved.getState());
1037     refresh();
1038   }
1039
1040   public void showBoxes_itemStateChanged()
1041   {
1042     getGroup().setDisplayBoxes(showBoxes.getState());
1043     refresh();
1044   }
1045
1046   void hideSequences(boolean representGroup)
1047   {
1048     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
1049     if (sg == null || sg.getSize() < 1)
1050     {
1051       ap.av.hideSequence(new SequenceI[]
1052       { seq });
1053       return;
1054     }
1055
1056     ap.av.setSelectionGroup(null);
1057
1058     if (representGroup)
1059     {
1060       ap.av.hideRepSequences(seq, sg);
1061
1062       return;
1063     }
1064
1065     int gsize = sg.getSize();
1066     SequenceI[] hseqs;
1067
1068     hseqs = new SequenceI[gsize];
1069
1070     int index = 0;
1071     for (int i = 0; i < gsize; i++)
1072     {
1073       hseqs[index++] = sg.getSequenceAt(i);
1074     }
1075
1076     ap.av.hideSequence(hseqs);
1077     ap.av.sendSelection();
1078   }
1079
1080 }