src/jalview/appletgui/APopupMenu.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer
   3  * Copyright (C) 2007 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8  * of the License, or (at your option) any later version.
   9  *
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13  * GNU General Public License for more details.
  14  *
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA
  18  */
  19
  20 package jalview.appletgui;
  21
  22 import java.util.*;
  23
  24 import java.awt.*;
  25 import java.awt.event.*;
  26
  27 import jalview.analysis.*;
  28 import jalview.commands.*;
  29 import jalview.datamodel.*;
  30 import jalview.schemes.*;
  31 import jalview.io.AppletFormatAdapter;
  32
  33 public class APopupMenu
  34     extends java.awt.PopupMenu implements ActionListener, ItemListener
  35 {
  36   Menu groupMenu = new Menu();
  37   MenuItem editGroupName = new MenuItem();
  38   protected MenuItem clustalColour = new MenuItem();
  39   protected MenuItem zappoColour = new MenuItem();
  40   protected MenuItem taylorColour = new MenuItem();
  41   protected MenuItem hydrophobicityColour = new MenuItem();
  42   protected MenuItem helixColour = new MenuItem();
  43   protected MenuItem strandColour = new MenuItem();
  44   protected MenuItem turnColour = new MenuItem();
  45   protected MenuItem buriedColour = new MenuItem();
  46   protected CheckboxMenuItem abovePIDColour = new CheckboxMenuItem();
  47   protected MenuItem userDefinedColour = new MenuItem();
  48   protected MenuItem PIDColour = new MenuItem();
  49   protected MenuItem BLOSUM62Colour = new MenuItem();
  50   MenuItem noColourmenuItem = new MenuItem();
  51   protected CheckboxMenuItem conservationMenuItem = new CheckboxMenuItem();
  52
  53   final AlignmentPanel ap;
  54   MenuItem unGroupMenuItem = new MenuItem();
  55   MenuItem nucleotideMenuItem = new MenuItem();
  56   Menu colourMenu = new Menu();
  57   CheckboxMenuItem showBoxes = new CheckboxMenuItem();
  58   CheckboxMenuItem showText = new CheckboxMenuItem();
  59   CheckboxMenuItem showColourText = new CheckboxMenuItem();
  60   Menu editMenu = new Menu("Edit");
  61   MenuItem copy = new MenuItem("Copy (Jalview Only)");
  62   MenuItem cut = new MenuItem("Cut (Jalview Only)");
  63   MenuItem toUpper = new MenuItem("To Upper Case");
  64   MenuItem toLower = new MenuItem("To Lower Case");
  65   MenuItem toggleCase = new MenuItem("Toggle Case");
  66   Menu outputmenu = new Menu();
  67   Menu seqMenu = new Menu();
  68   MenuItem pdb = new MenuItem();
  69   MenuItem hideSeqs = new MenuItem();
  70   MenuItem repGroup = new MenuItem();
  71   MenuItem sequenceName = new MenuItem("Edit Name/Description");
  72   MenuItem sequenceFeature = new MenuItem("Create Sequence Feature");
  73   MenuItem editSequence = new MenuItem("Edit Sequence");
  74
  75   Sequence seq;
  76   MenuItem revealAll = new MenuItem();
  77   Menu menu1 = new Menu();
  78
  79   public APopupMenu(AlignmentPanel apanel, final Sequence seq, Vector links)
  80   {
  81     ///////////////////////////////////////////////////////////
  82     // If this is activated from the sequence panel, the user may want to
  83     // edit or annotate a particular residue. Therefore display the residue menu
  84     //
  85     // If from the IDPanel, we must display the sequence menu
  86     //////////////////////////////////////////////////////////
  87
  88     this.ap = apanel;
  89     this.seq = seq;
  90
  91     try
  92     {
  93       jbInit();
  94     }
  95     catch (Exception e)
  96     {
  97       e.printStackTrace();
  98     }
  99
 100     for (int i = 0; i < jalview.io.AppletFormatAdapter.WRITEABLE_FORMATS.length;
 101          i++)
 102     {
 103       MenuItem item = new MenuItem(jalview.io.AppletFormatAdapter.
 104                                    WRITEABLE_FORMATS[i]);
 105
 106       item.addActionListener(this);
 107       outputmenu.add(item);
 108     }
 109
 110     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
 111
 112     if (sg != null && sg.getSize() > 0)
 113     {
 114       editGroupName.setLabel(sg.getName());
 115       showText.setState(sg.getDisplayText());
 116       showColourText.setState(sg.getColourText());
 117       showBoxes.setState(sg.getDisplayBoxes());
 118       if (!ap.av.alignment.getGroups().contains(sg))
 119       {
 120         groupMenu.remove(unGroupMenuItem);
 121       }
 122
 123     }
 124     else
 125     {
 126       remove(hideSeqs);
 127       remove(groupMenu);
 128     }
 129
 130     if (links != null && links.size()>0)
 131     {
 132       Menu linkMenu = new Menu("Link");
 133       String link;
 134       for (int i = 0; i < links.size(); i++)
 135       {
 136         link = links.elementAt(i).toString();
 137         final String target = link.substring(0, link.indexOf("|"));
 138
 139         final String url;
 140
 141         if (link.indexOf("$SEQUENCE_ID$") > -1)
 142         {
 143           // Substitute SEQUENCE_ID string and any matching database reference accessions
 144           String url_pref = link.substring(link.indexOf("|") + 1,
 145                   link.indexOf("$SEQUENCE_ID$"));
 146
 147           String url_suff = link.substring(link.indexOf("$SEQUENCE_ID$") + 13);
 148
 149           // collect matching db-refs
 150           DBRefEntry[] dbr = jalview.util.DBRefUtils.selectRefs(seq.getDBRef(), new String[]{target});
 151           // collect id string too
 152           String id = seq.getName();
 153           if (id.indexOf("|") > -1)
 154           {
 155             id = id.substring(id.lastIndexOf("|") + 1);
 156           }
 157           if (dbr!=null)
 158           {
 159             for (int r=0;r<dbr.length; r++)
 160             {
 161               if (dbr[r].getAccessionId().equals(id))
 162               {
 163                 // suppress duplicate link creation for the bare sequence ID string with this link
 164                 id = null;
 165               }
 166               addshowLink(linkMenu, dbr[r].getSource()+"|"+dbr[r].getAccessionId(), target,
 167                       url_pref+dbr[r].getAccessionId()+url_suff);
 168             }
 169           }
 170           if (id!=null)
 171           {
 172             // create Bare ID link for this RUL
 173             addshowLink(linkMenu, target,  url_pref + id + url_suff);
 174           }
 175         } else {
 176           addshowLink(linkMenu, target, link.substring(link.lastIndexOf("|")+1));
 177         }
 178       }
 179
 180       if (seq != null)
 181       {
 182         seqMenu.add(linkMenu);
 183       }
 184       else
 185       {
 186         add(linkMenu);
 187       }
 188     }
 189     if (seq != null)
 190     {
 191       seqMenu.setLabel(seq.getName());
 192       repGroup.setLabel("Represent Group with " + seq.getName());
 193     }
 194     else
 195     {
 196       remove(seqMenu);
 197     }
 198
 199     if (!ap.av.hasHiddenRows)
 200     {
 201       remove(revealAll);
 202     }
 203   }
 204   /**
 205    * add a show URL menu item to the given linkMenu
 206    * @param linkMenu
 207    * @param target - menu label string
 208    * @param url - url to open
 209    */
 210   private void addshowLink(Menu linkMenu, final String target, final String url)
 211   {
 212     addshowLink(linkMenu, target, target, url);
 213   }
 214   /**
 215    * add a show URL menu item to the given linkMenu
 216    * @param linkMenu
 217    * @param target - URL target window
 218    * @param label - menu label string
 219    * @param url - url to open
 220    */
 221   private void addshowLink(Menu linkMenu, final String target, final String label, final String url)
 222   {
 223     MenuItem item = new MenuItem(label);
 224     item.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()
 225     {
 226       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 227       {
 228         ap.alignFrame.showURL(url, target);
 229       }
 230     });
 231     linkMenu.add(item);
 232   }
 233
 234
 235   public void itemStateChanged(ItemEvent evt)
 236   {
 237     if (evt.getSource() == abovePIDColour)
 238     {
 239       abovePIDColour_itemStateChanged();
 240     }
 241     else if (evt.getSource() == showColourText)
 242     {
 243       showColourText_itemStateChanged();
 244     }
 245     else if (evt.getSource() == showText)
 246     {
 247       showText_itemStateChanged();
 248     }
 249     else if (evt.getSource() == showBoxes)
 250     {
 251       showBoxes_itemStateChanged();
 252     }
 253   }
 254
 255   public void actionPerformed(ActionEvent evt)
 256   {
 257     Object source = evt.getSource();
 258     if (source == clustalColour)
 259     {
 260       clustalColour_actionPerformed();
 261     }
 262     else if (source == zappoColour)
 263     {
 264       zappoColour_actionPerformed();
 265     }
 266     else if (source == taylorColour)
 267     {
 268       taylorColour_actionPerformed();
 269     }
 270     else if (source == hydrophobicityColour)
 271     {
 272       hydrophobicityColour_actionPerformed();
 273     }
 274     else if (source == helixColour)
 275     {
 276       helixColour_actionPerformed();
 277     }
 278     else if (source == strandColour)
 279     {
 280       strandColour_actionPerformed();
 281     }
 282     else if (source == turnColour)
 283     {
 284       turnColour_actionPerformed();
 285     }
 286     else if (source == buriedColour)
 287     {
 288       buriedColour_actionPerformed();
 289     }
 290     else if (source == nucleotideMenuItem)
 291     {
 292       nucleotideMenuItem_actionPerformed();
 293     }
 294
 295     else if (source == userDefinedColour)
 296     {
 297       userDefinedColour_actionPerformed();
 298     }
 299     else if (source == PIDColour)
 300     {
 301       PIDColour_actionPerformed();
 302     }
 303     else if (source == BLOSUM62Colour)
 304     {
 305       BLOSUM62Colour_actionPerformed();
 306     }
 307     else if (source == noColourmenuItem)
 308     {
 309       noColourmenuItem_actionPerformed();
 310     }
 311     else if (source == conservationMenuItem)
 312     {
 313       conservationMenuItem_itemStateChanged();
 314     }
 315     else if (source == unGroupMenuItem)
 316     {
 317       unGroupMenuItem_actionPerformed();
 318     }
 319
 320     else if (source == sequenceName)
 321     {
 322       editName();
 323     }
 324     else if (source == pdb)
 325     {
 326       addPDB();
 327     }
 328     else if (source == hideSeqs)
 329     {
 330       hideSequences(false);
 331     }
 332     else if (source == repGroup)
 333     {
 334       hideSequences(true);
 335     }
 336     else if (source == revealAll)
 337     {
 338       ap.av.showAllHiddenSeqs();
 339     }
 340
 341     else if (source == editGroupName)
 342     {
 343       EditNameDialog dialog = new EditNameDialog(
 344           getGroup().getName(),
 345           getGroup().getDescription(),
 346           "       Group Name",
 347           "Group Description",
 348           ap.alignFrame,
 349           "Edit Group Name / Description",
 350           500,100, true);
 351
 352       if (dialog.accept)
 353       {
 354         getGroup().setName(dialog.getName().replace(' ', '_'));
 355         getGroup().setDescription(dialog.getDescription());
 356       }
 357
 358     }
 359     else if (source == copy)
 360     {
 361       ap.alignFrame.copy_actionPerformed();
 362     }
 363     else if (source == cut)
 364     {
 365       ap.alignFrame.cut_actionPerformed();
 366     }
 367     else if(source == editSequence)
 368     {
 369       SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
 370
 371       if(sg!=null)
 372       {
 373         if (seq == null)
 374           seq = (Sequence) sg.getSequenceAt(0);
 375
 376         EditNameDialog dialog = new EditNameDialog(seq.getSequenceAsString(
 377             sg.getStartRes(),
 378             sg.getEndRes() + 1),
 379                                                    null,
 380                                                    "Edit Sequence ",
 381                                                    null,
 382
 383                                                    ap.alignFrame,
 384                                                    "Edit Sequence",
 385                                                    500, 100, true);
 386
 387         if (dialog.accept)
 388         {
 389           EditCommand editCommand = new EditCommand(
 390               "Edit Sequences", EditCommand.REPLACE,
 391               dialog.getName().replace(' ', ap.av.getGapCharacter()),
 392               sg.getSequencesAsArray(ap.av.hiddenRepSequences),
 393               sg.getStartRes(), sg.getEndRes()+1, ap.av.alignment
 394               );
 395
 396           ap.alignFrame.addHistoryItem(editCommand);
 397
 398           ap.av.firePropertyChange("alignment", null,
 399                                  ap.av.getAlignment().getSequences());
 400         }
 401       }
 402     }
 403     else if (source == toUpper || source == toLower || source == toggleCase)
 404     {
 405       SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
 406       Vector regions = new Vector();
 407       if (sg != null)
 408       {
 409         int start = sg.getStartRes();
 410         int end = sg.getEndRes() + 1;
 411
 412         do
 413         {
 414           if (ap.av.hasHiddenColumns)
 415           {
 416             if (start == 0)
 417             {
 418               start = ap.av.colSel.adjustForHiddenColumns(start);
 419             }
 420
 421             end = ap.av.colSel.getHiddenBoundaryRight(start);
 422             if (start == end)
 423             {
 424               end = sg.getEndRes() + 1;
 425             }
 426             if (end > sg.getEndRes())
 427             {
 428               end = sg.getEndRes() + 1;
 429             }
 430           }
 431
 432           regions.addElement(new int[]
 433                              {start, end});
 434
 435           if (ap.av.hasHiddenColumns)
 436           {
 437             start = ap.av.colSel.adjustForHiddenColumns(end);
 438             start = ap.av.colSel.getHiddenBoundaryLeft(start) + 1;
 439           }
 440         }
 441         while (end < sg.getEndRes());
 442
 443         int[][] startEnd = new int[regions.size()][2];
 444         for (int i = 0; i < regions.size(); i++)
 445         {
 446           startEnd[i] = (int[]) regions.elementAt(i);
 447         }
 448
 449         String description;
 450         int caseChange;
 451
 452         if (source == toggleCase)
 453         {
 454           description = "Toggle Case";
 455           caseChange = ChangeCaseCommand.TOGGLE_CASE;
 456         }
 457         else if (source == toUpper)
 458         {
 459           description = "To Upper Case";
 460           caseChange = ChangeCaseCommand.TO_UPPER;
 461         }
 462         else
 463         {
 464           description = "To Lower Case";
 465           caseChange = ChangeCaseCommand.TO_LOWER;
 466         }
 467
 468         ChangeCaseCommand caseCommand = new ChangeCaseCommand(
 469             description, sg.getSequencesAsArray(ap.av.hiddenRepSequences),
 470             startEnd, caseChange
 471             );
 472
 473         ap.alignFrame.addHistoryItem(caseCommand);
 474
 475         ap.av.firePropertyChange("alignment", null,
 476                                  ap.av.getAlignment().getSequences());
 477
 478       }
 479     }
 480     else if(source == sequenceFeature)
 481     {
 482       SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
 483       if (sg == null)
 484       {
 485         return;
 486       }
 487
 488       int gSize = sg.getSize();
 489       SequenceI[] seqs = new SequenceI[gSize];
 490       SequenceFeature[] features = new SequenceFeature[gSize];
 491
 492       for (int i = 0; i < gSize; i++)
 493       {
 494         seqs[i] = sg.getSequenceAt(i);
 495         int start = sg.getSequenceAt(i).findPosition(sg.getStartRes());
 496         int end = sg.findEndRes(sg.getSequenceAt(i));
 497         features[i] = new SequenceFeature(null, null, null, start, end,
 498                                           "Jalview");
 499       }
 500
 501       if (ap.seqPanel.seqCanvas.getFeatureRenderer()
 502           .amendFeatures(seqs, features, true, ap))
 503       {
 504         ap.alignFrame.sequenceFeatures.setState(true);
 505         ap.av.showSequenceFeatures(true);
 506         ap.highlightSearchResults(null);
 507       }
 508     }
 509     else
 510     {
 511       outputText(evt);
 512     }
 513
 514   }
 515
 516   void outputText(ActionEvent e)
 517   {
 518     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(true, ap.alignFrame);
 519
 520     Frame frame = new Frame();
 521     frame.add(cap);
 522     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame,
 523                                      "Selection output - " + e.getActionCommand(),
 524                                      600, 500);
 525
 526     cap.setText(new jalview.io.AppletFormatAdapter().formatSequences(
 527         e.getActionCommand(),
 528         new Alignment(ap.av.getSelectionAsNewSequence()),
 529         ap.av.showJVSuffix));
 530
 531   }
 532
 533   void editName()
 534   {
 535     EditNameDialog dialog = new EditNameDialog(
 536         seq.getName(),
 537         seq.getDescription(),
 538         "       Sequence Name",
 539         "Sequence Description",
 540         ap.alignFrame,
 541         "Edit Sequence Name / Description",
 542         500,100, true);
 543
 544     if (dialog.accept)
 545     {
 546       seq.setName(dialog.getName());
 547       seq.setDescription(dialog.getDescription());
 548       ap.paintAlignment(false);
 549     }
 550   }
 551
 552   void addPDB()
 553   {
 554     if(seq.getPDBId()!=null)
 555     {
 556       PDBEntry entry = (PDBEntry)seq.getPDBId().firstElement();
 557
 558       if ( ap.av.applet.jmolAvailable )
 559        new jalview.appletgui.AppletJmol(entry,
 560                                         new Sequence[]{seq},
 561                                         null,
 562                                         ap,
 563                                         AppletFormatAdapter.URL);
 564      else
 565        new MCview.AppletPDBViewer(entry,
 566                                   new Sequence[]{seq},
 567                                   null,
 568                                   ap,
 569                                   AppletFormatAdapter.URL);
 570
 571     }
 572     else
 573     {
 574       CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(true, ap.alignFrame);
 575       cap.setText("Paste your PDB file here.");
 576       cap.setPDBImport(seq);
 577       Frame frame = new Frame();
 578       frame.add(cap);
 579       jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, "Paste PDB file ", 400, 300);
 580     }
 581   }
 582
 583   private void jbInit()
 584       throws Exception
 585   {
 586     groupMenu.setLabel("Group");
 587     groupMenu.setLabel("Selection");
 588     sequenceFeature.addActionListener(this);
 589
 590     editGroupName.addActionListener(this);
 591     unGroupMenuItem.setLabel("Remove Group");
 592     unGroupMenuItem.addActionListener(this);
 593
 594     nucleotideMenuItem.setLabel("Nucleotide");
 595     nucleotideMenuItem.addActionListener(this);
 596     conservationMenuItem.addItemListener(this);
 597     abovePIDColour.addItemListener(this);
 598     colourMenu.setLabel("Group Colour");
 599     showBoxes.setLabel("Boxes");
 600     showBoxes.setState(true);
 601     showBoxes.addItemListener(this);
 602     sequenceName.addActionListener(this);
 603
 604     showText.setLabel("Text");
 605     showText.addItemListener(this);
 606     showColourText.setLabel("Colour Text");
 607     showColourText.addItemListener(this);
 608     outputmenu.setLabel("Output to Textbox...");
 609     seqMenu.setLabel("Sequence");
 610     pdb.setLabel("View PDB Structure");
 611     hideSeqs.setLabel("Hide Sequences");
 612     repGroup.setLabel("Represent Group with");
 613     revealAll.setLabel("Reveal All");
 614     menu1.setLabel("Group");
 615     add(groupMenu);
 616     this.add(seqMenu);
 617     this.add(hideSeqs);
 618     this.add(revealAll);
 619     groupMenu.add(editGroupName);
 620     groupMenu.add(editMenu);
 621     groupMenu.add(outputmenu);
 622     groupMenu.add(sequenceFeature);
 623     groupMenu.add(menu1);
 624
 625     colourMenu.add(noColourmenuItem);
 626     colourMenu.add(clustalColour);
 627     colourMenu.add(BLOSUM62Colour);
 628     colourMenu.add(PIDColour);
 629     colourMenu.add(zappoColour);
 630     colourMenu.add(taylorColour);
 631     colourMenu.add(hydrophobicityColour);
 632     colourMenu.add(helixColour);
 633     colourMenu.add(strandColour);
 634     colourMenu.add(turnColour);
 635     colourMenu.add(buriedColour);
 636     colourMenu.add(nucleotideMenuItem);
 637     colourMenu.add(userDefinedColour);
 638     colourMenu.addSeparator();
 639     colourMenu.add(abovePIDColour);
 640     colourMenu.add(conservationMenuItem);
 641
 642     noColourmenuItem.setLabel("None");
 643     noColourmenuItem.addActionListener(this);
 644
 645     clustalColour.setLabel("Clustalx colours");
 646     clustalColour.addActionListener(this);
 647     zappoColour.setLabel("Zappo");
 648     zappoColour.addActionListener(this);
 649     taylorColour.setLabel("Taylor");
 650     taylorColour.addActionListener(this);
 651     hydrophobicityColour.setLabel("Hydrophobicity");
 652     hydrophobicityColour.addActionListener(this);
 653     helixColour.setLabel("Helix propensity");
 654     helixColour.addActionListener(this);
 655     strandColour.setLabel("Strand propensity");
 656     strandColour.addActionListener(this);
 657     turnColour.setLabel("Turn propensity");
 658     turnColour.addActionListener(this);
 659     buriedColour.setLabel("Buried Index");
 660     buriedColour.addActionListener(this);
 661     abovePIDColour.setLabel("Above % Identity");
 662
 663     userDefinedColour.setLabel("User Defined");
 664     userDefinedColour.addActionListener(this);
 665     PIDColour.setLabel("Percentage Identity");
 666     PIDColour.addActionListener(this);
 667     BLOSUM62Colour.setLabel("BLOSUM62");
 668     BLOSUM62Colour.addActionListener(this);
 669     conservationMenuItem.setLabel("Conservation");
 670
 671     editMenu.add(copy);
 672     copy.addActionListener(this);
 673     editMenu.add(cut);
 674     cut.addActionListener(this);
 675
 676     editMenu.add(editSequence);
 677     editSequence.addActionListener(this);
 678
 679     editMenu.add(toUpper);
 680     toUpper.addActionListener(this);
 681     editMenu.add(toLower);
 682     toLower.addActionListener(this);
 683     editMenu.add(toggleCase);
 684     seqMenu.add(sequenceName);
 685     seqMenu.add(pdb);
 686     seqMenu.add(repGroup);
 687     menu1.add(unGroupMenuItem);
 688     menu1.add(colourMenu);
 689     menu1.add(showBoxes);
 690     menu1.add(showText);
 691     menu1.add(showColourText);
 692     toggleCase.addActionListener(this);
 693     pdb.addActionListener(this);
 694     hideSeqs.addActionListener(this);
 695     repGroup.addActionListener(this);
 696     revealAll.addActionListener(this);
 697   }
 698
 699   void refresh()
 700   {
 701     ap.paintAlignment(true);
 702   }
 703
 704   protected void clustalColour_actionPerformed()
 705   {
 706     SequenceGroup sg = getGroup();
 707     sg.cs = new ClustalxColourScheme(sg.getSequences(ap.av.hiddenRepSequences),
 708                                      ap.av.alignment.getWidth());
 709     refresh();
 710   }
 711
 712   protected void zappoColour_actionPerformed()
 713   {
 714     getGroup().cs = new ZappoColourScheme();
 715     refresh();
 716   }
 717
 718   protected void taylorColour_actionPerformed()
 719   {
 720     getGroup().cs = new TaylorColourScheme();
 721     refresh();
 722   }
 723
 724   protected void hydrophobicityColour_actionPerformed()
 725   {
 726     getGroup().cs = new HydrophobicColourScheme();
 727     refresh();
 728   }
 729
 730   protected void helixColour_actionPerformed()
 731   {
 732     getGroup().cs = new HelixColourScheme();
 733     refresh();
 734   }
 735
 736   protected void strandColour_actionPerformed()
 737   {
 738     getGroup().cs = new StrandColourScheme();
 739     refresh();
 740   }
 741
 742   protected void turnColour_actionPerformed()
 743   {
 744     getGroup().cs = new TurnColourScheme();
 745     refresh();
 746   }
 747
 748   protected void buriedColour_actionPerformed()
 749   {
 750     getGroup().cs = new BuriedColourScheme();
 751     refresh();
 752   }
 753
 754   public void nucleotideMenuItem_actionPerformed()
 755   {
 756     getGroup().cs = new NucleotideColourScheme();
 757     refresh();
 758   }
 759
 760   protected void abovePIDColour_itemStateChanged()
 761   {
 762     SequenceGroup sg = getGroup();
 763     if (sg.cs == null)
 764     {
 765       return;
 766     }
 767
 768     if (abovePIDColour.getState())
 769     {
 770       sg.cs.setConsensus(AAFrequency.calculate(sg.getSequences(ap.av.
 771           hiddenRepSequences), 0,
 772                                                ap.av.alignment.getWidth()));
 773       int threshold = SliderPanel.setPIDSliderSource(ap, sg.cs,
 774           getGroup().getName());
 775
 776       sg.cs.setThreshold(threshold, ap.av.getIgnoreGapsConsensus());
 777
 778       SliderPanel.showPIDSlider();
 779
 780     }
 781     else // remove PIDColouring
 782     {
 783       sg.cs.setThreshold(0, ap.av.getIgnoreGapsConsensus());
 784     }
 785
 786     refresh();
 787
 788   }
 789
 790   protected void userDefinedColour_actionPerformed()
 791   {
 792     new UserDefinedColours(ap, getGroup());
 793   }
 794
 795   protected void PIDColour_actionPerformed()
 796   {
 797     SequenceGroup sg = getGroup();
 798     sg.cs = new PIDColourScheme();
 799     sg.cs.setConsensus(AAFrequency.calculate(sg.getSequences(ap.av.
 800         hiddenRepSequences), 0,
 801                                              ap.av.alignment.getWidth()));
 802     refresh();
 803   }
 804
 805   protected void BLOSUM62Colour_actionPerformed()
 806   {
 807     SequenceGroup sg = getGroup();
 808
 809     sg.cs = new Blosum62ColourScheme();
 810
 811     sg.cs.setConsensus(AAFrequency.calculate(sg.getSequences(ap.av.
 812         hiddenRepSequences), 0,
 813                                              ap.av.alignment.getWidth()));
 814
 815     refresh();
 816   }
 817
 818   protected void noColourmenuItem_actionPerformed()
 819   {
 820     getGroup().cs = null;
 821     refresh();
 822   }
 823
 824   protected void conservationMenuItem_itemStateChanged()
 825   {
 826     SequenceGroup sg = getGroup();
 827     if (sg.cs == null)
 828     {
 829       return;
 830     }
 831
 832     if (conservationMenuItem.getState())
 833     {
 834
 835       Conservation c = new Conservation("Group",
 836                                         ResidueProperties.propHash, 3,
 837                                         sg.getSequences(ap.av.
 838           hiddenRepSequences), 0,
 839                                         ap.av.alignment.getWidth());
 840
 841       c.calculate();
 842       c.verdict(false, ap.av.ConsPercGaps);
 843
 844       sg.cs.setConservation(c);
 845
 846       SliderPanel.setConservationSlider(ap, sg.cs, sg.getName());
 847       SliderPanel.showConservationSlider();
 848     }
 849     else // remove ConservationColouring
 850     {
 851       sg.cs.setConservation(null);
 852     }
 853
 854     refresh();
 855   }
 856
 857   SequenceGroup getGroup()
 858   {
 859     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
 860
 861     // this method won't add a new group if it already exists
 862     if (sg != null)
 863     {
 864       ap.av.alignment.addGroup(sg);
 865     }
 866
 867     return sg;
 868   }
 869
 870   void unGroupMenuItem_actionPerformed()
 871   {
 872     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
 873     ap.av.alignment.deleteGroup(sg);
 874     ap.av.setSelectionGroup(null);
 875     ap.paintAlignment(true);
 876   }
 877
 878   public void showColourText_itemStateChanged()
 879   {
 880     getGroup().setColourText(showColourText.getState());
 881     refresh();
 882   }
 883
 884   public void showText_itemStateChanged()
 885   {
 886     getGroup().setDisplayText(showText.getState());
 887     refresh();
 888   }
 889
 890   public void showBoxes_itemStateChanged()
 891   {
 892     getGroup().setDisplayBoxes(showBoxes.getState());
 893     refresh();
 894   }
 895
 896   void hideSequences(boolean representGroup)
 897   {
 898     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
 899     if (sg == null || sg.getSize() < 1)
 900     {
 901       ap.av.hideSequence(new SequenceI[]
 902                          {seq});
 903       return;
 904     }
 905
 906     ap.av.setSelectionGroup(null);
 907
 908     if (representGroup)
 909     {
 910       ap.av.hideRepSequences(seq, sg);
 911
 912       return;
 913     }
 914
 915     int gsize = sg.getSize();
 916     SequenceI[] hseqs;
 917
 918     hseqs = new SequenceI[gsize];
 919
 920     int index = 0;
 921     for (int i = 0; i < gsize; i++)
 922     {
 923       hseqs[index++] = sg.getSequenceAt(i);
 924     }
 925
 926     ap.av.hideSequence(hseqs);
 927   }
 928
 929 }