src/jalview/appletgui/APopupMenu.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.appletgui;
  22
  23 import jalview.analysis.AAFrequency;
  24 import jalview.analysis.AlignmentAnnotationUtils;
  25 import jalview.analysis.AlignmentUtils;
  26 import jalview.analysis.Conservation;
  27 import jalview.commands.ChangeCaseCommand;
  28 import jalview.commands.EditCommand;
  29 import jalview.commands.EditCommand.Action;
  30 import jalview.datamodel.AlignmentAnnotation;
  31 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  32 import jalview.datamodel.DBRefEntry;
  33 import jalview.datamodel.PDBEntry;
  34 import jalview.datamodel.SequenceFeature;
  35 import jalview.datamodel.SequenceGroup;
  36 import jalview.datamodel.SequenceI;
  37 import jalview.io.AppletFormatAdapter;
  38 import jalview.io.SequenceAnnotationReport;
  39 import jalview.schemes.Blosum62ColourScheme;
  40 import jalview.schemes.BuriedColourScheme;
  41 import jalview.schemes.ClustalxColourScheme;
  42 import jalview.schemes.HelixColourScheme;
  43 import jalview.schemes.HydrophobicColourScheme;
  44 import jalview.schemes.NucleotideColourScheme;
  45 import jalview.schemes.PIDColourScheme;
  46 import jalview.schemes.ResidueProperties;
  47 import jalview.schemes.StrandColourScheme;
  48 import jalview.schemes.TaylorColourScheme;
  49 import jalview.schemes.TurnColourScheme;
  50 import jalview.schemes.ZappoColourScheme;
  51 import jalview.util.MessageManager;
  52 import jalview.util.UrlLink;
  53
  54 import java.awt.CheckboxMenuItem;
  55 import java.awt.Frame;
  56 import java.awt.Menu;
  57 import java.awt.MenuItem;
  58 import java.awt.event.ActionEvent;
  59 import java.awt.event.ActionListener;
  60 import java.awt.event.ItemEvent;
  61 import java.awt.event.ItemListener;
  62 import java.util.Arrays;
  63 import java.util.Collections;
  64 import java.util.LinkedHashMap;
  65 import java.util.List;
  66 import java.util.Map;
  67 import java.util.TreeMap;
  68 import java.util.Vector;
  69
  70 public class APopupMenu extends java.awt.PopupMenu implements
  71         ActionListener, ItemListener
  72 {
  73   private static final String ALL_ANNOTATIONS = "All";
  74
  75   Menu groupMenu = new Menu();
  76
  77   MenuItem editGroupName = new MenuItem();
  78
  79   protected MenuItem clustalColour = new MenuItem();
  80
  81   protected MenuItem zappoColour = new MenuItem();
  82
  83   protected MenuItem taylorColour = new MenuItem();
  84
  85   protected MenuItem hydrophobicityColour = new MenuItem();
  86
  87   protected MenuItem helixColour = new MenuItem();
  88
  89   protected MenuItem strandColour = new MenuItem();
  90
  91   protected MenuItem turnColour = new MenuItem();
  92
  93   protected MenuItem buriedColour = new MenuItem();
  94
  95   protected CheckboxMenuItem abovePIDColour = new CheckboxMenuItem();
  96
  97   protected MenuItem userDefinedColour = new MenuItem();
  98
  99   protected MenuItem PIDColour = new MenuItem();
 100
 101   protected MenuItem BLOSUM62Colour = new MenuItem();
 102
 103   MenuItem noColourmenuItem = new MenuItem();
 104
 105   protected CheckboxMenuItem conservationMenuItem = new CheckboxMenuItem();
 106
 107   final AlignmentPanel ap;
 108
 109   MenuItem unGroupMenuItem = new MenuItem();
 110
 111   MenuItem createGroupMenuItem = new MenuItem();
 112
 113   MenuItem nucleotideMenuItem = new MenuItem();
 114
 115   Menu colourMenu = new Menu();
 116
 117   CheckboxMenuItem showBoxes = new CheckboxMenuItem();
 118
 119   CheckboxMenuItem showText = new CheckboxMenuItem();
 120
 121   CheckboxMenuItem showColourText = new CheckboxMenuItem();
 122
 123   CheckboxMenuItem displayNonconserved = new CheckboxMenuItem();
 124
 125   Menu seqShowAnnotationsMenu = new Menu(
 126           MessageManager.getString("label.show_annotations"));
 127
 128   Menu seqHideAnnotationsMenu = new Menu(
 129           MessageManager.getString("label.hide_annotations"));
 130
 131   MenuItem seqAddReferenceAnnotations = new MenuItem(
 132           MessageManager.getString("label.add_reference_annotations"));
 133
 134   Menu groupShowAnnotationsMenu = new Menu(
 135           MessageManager.getString("label.show_annotations"));
 136
 137   Menu groupHideAnnotationsMenu = new Menu(
 138           MessageManager.getString("label.hide_annotations"));
 139
 140   MenuItem groupAddReferenceAnnotations = new MenuItem(
 141           MessageManager.getString("label.add_reference_annotations"));
 142
 143   Menu editMenu = new Menu(MessageManager.getString("action.edit"));
 144
 145   MenuItem copy = new MenuItem(MessageManager.getString("action.copy"));
 146
 147   MenuItem cut = new MenuItem(MessageManager.getString("action.cut"));
 148
 149   MenuItem toUpper = new MenuItem(
 150           MessageManager.getString("label.to_upper_case"));
 151
 152   MenuItem toLower = new MenuItem(
 153           MessageManager.getString("label.to_lower_case"));
 154
 155   MenuItem toggleCase = new MenuItem(
 156           MessageManager.getString("label.toggle_case"));
 157
 158   Menu outputmenu = new Menu();
 159
 160   Menu seqMenu = new Menu();
 161
 162   MenuItem pdb = new MenuItem();
 163
 164   MenuItem hideSeqs = new MenuItem();
 165
 166   MenuItem repGroup = new MenuItem();
 167
 168   MenuItem sequenceName = new MenuItem(
 169           MessageManager.getString("label.edit_name_description"));
 170
 171   MenuItem sequenceFeature = new MenuItem(
 172           MessageManager.getString("label.create_sequence_feature"));
 173
 174   MenuItem editSequence = new MenuItem(
 175           MessageManager.getString("label.edit_sequence"));
 176
 177   MenuItem sequenceDetails = new MenuItem(
 178           MessageManager.getString("label.sequence_details"));
 179
 180   MenuItem selSeqDetails = new MenuItem(
 181           MessageManager.getString("label.sequence_details"));
 182
 183   MenuItem makeReferenceSeq = new MenuItem();
 184
 185   SequenceI seq;
 186
 187   MenuItem revealAll = new MenuItem();
 188
 189   MenuItem revealSeq = new MenuItem();
 190
 191   /**
 192    * index of sequence to be revealed
 193    */
 194   int revealSeq_index = -1;
 195
 196   Menu menu1 = new Menu();
 197
 198   public APopupMenu(AlignmentPanel apanel, final SequenceI seq,
 199           Vector<String> links)
 200   {
 201     // /////////////////////////////////////////////////////////
 202     // If this is activated from the sequence panel, the user may want to
 203     // edit or annotate a particular residue. Therefore display the residue menu
 204     //
 205     // If from the IDPanel, we must display the sequence menu
 206     // ////////////////////////////////////////////////////////
 207
 208     this.ap = apanel;
 209     this.seq = seq;
 210
 211     try
 212     {
 213       jbInit();
 214     } catch (Exception e)
 215     {
 216       e.printStackTrace();
 217     }
 218
 219     for (int i = 0; i < jalview.io.AppletFormatAdapter.WRITEABLE_FORMATS.length; i++)
 220     {
 221       MenuItem item = new MenuItem(
 222               jalview.io.AppletFormatAdapter.WRITEABLE_FORMATS[i]);
 223
 224       item.addActionListener(this);
 225       outputmenu.add(item);
 226     }
 227
 228     buildAnnotationSubmenus();
 229
 230     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
 231     if (sg != null && sg.getSize() > 0)
 232     {
 233       editGroupName.setLabel(MessageManager.formatMessage(
 234               "label.name_param", new Object[] { sg.getName() }));
 235       showText.setState(sg.getDisplayText());
 236       showColourText.setState(sg.getColourText());
 237       showBoxes.setState(sg.getDisplayBoxes());
 238       displayNonconserved.setState(sg.getShowNonconserved());
 239       if (!ap.av.getAlignment().getGroups().contains(sg))
 240       {
 241         menu1.setLabel(MessageManager.getString("action.edit_new_group"));
 242         groupMenu.remove(unGroupMenuItem);
 243       }
 244       else
 245       {
 246         menu1.setLabel(MessageManager.getString("action.edit_group"));
 247         groupMenu.remove(createGroupMenuItem);
 248       }
 249
 250     }
 251     else
 252     {
 253       remove(hideSeqs);
 254       remove(groupMenu);
 255     }
 256
 257     if (links != null && links.size() > 0)
 258     {
 259       Menu linkMenu = new Menu(MessageManager.getString("action.link"));
 260       for (int i = 0; i < links.size(); i++)
 261       {
 262         String link = links.elementAt(i);
 263         UrlLink urlLink = new UrlLink(link);
 264         if (!urlLink.isValid())
 265         {
 266           System.err.println(urlLink.getInvalidMessage());
 267           continue;
 268         }
 269         final String target = urlLink.getTarget(); // link.substring(0,
 270         // link.indexOf("|"));
 271         final String label = urlLink.getLabel();
 272         if (seq != null && urlLink.isDynamic())
 273         {
 274
 275           // collect matching db-refs
 276           DBRefEntry[] dbr = jalview.util.DBRefUtils.selectRefs(
 277                   seq.getDBRefs(), new String[] { target });
 278           // collect id string too
 279           String id = seq.getName();
 280           String descr = seq.getDescription();
 281           if (descr != null && descr.length() < 1)
 282           {
 283             descr = null;
 284           }
 285           if (dbr != null)
 286           {
 287             for (int r = 0; r < dbr.length; r++)
 288             {
 289               if (id != null && dbr[r].getAccessionId().equals(id))
 290               {
 291                 // suppress duplicate link creation for the bare sequence ID
 292                 // string with this link
 293                 id = null;
 294               }
 295               // create Bare ID link for this RUL
 296               String[] urls = urlLink.makeUrls(dbr[r].getAccessionId(),
 297                       true);
 298               if (urls != null)
 299               {
 300                 for (int u = 0; u < urls.length; u += 2)
 301                 {
 302                   addshowLink(linkMenu, label + "|" + urls[u], urls[u + 1]);
 303                 }
 304               }
 305             }
 306           }
 307           if (id != null)
 308           {
 309             // create Bare ID link for this RUL
 310             String[] urls = urlLink.makeUrls(id, true);
 311             if (urls != null)
 312             {
 313               for (int u = 0; u < urls.length; u += 2)
 314               {
 315                 addshowLink(linkMenu, label, urls[u + 1]);
 316               }
 317             }
 318             // addshowLink(linkMenu, target, url_pref + id + url_suff);
 319           }
 320           // Now construct URLs from description but only try to do it for regex
 321           // URL links
 322           if (descr != null && urlLink.getRegexReplace() != null)
 323           {
 324             // create link for this URL from description only if regex matches
 325             String[] urls = urlLink.makeUrls(descr, true);
 326             if (urls != null)
 327             {
 328               for (int u = 0; u < urls.length; u += 2)
 329               {
 330                 addshowLink(linkMenu, label, urls[u + 1]);
 331               }
 332             }
 333           }
 334         }
 335         else
 336         {
 337           addshowLink(linkMenu, target, urlLink.getUrl_prefix()); // link.substring(link.lastIndexOf("|")+1));
 338         }
 339         /*
 340          * final String url;
 341          *
 342          * if (link.indexOf("$SEQUENCE_ID$") > -1) { // Substitute SEQUENCE_ID
 343          * string and any matching database reference accessions String url_pref
 344          * = link.substring(link.indexOf("|") + 1,
 345          * link.indexOf("$SEQUENCE_ID$"));
 346          *
 347          * String url_suff = link.substring(link.indexOf("$SEQUENCE_ID$") + 13);
 348          * // collect matching db-refs DBRefEntry[] dbr =
 349          * jalview.util.DBRefUtils.selectRefs(seq.getDBRef(), new
 350          * String[]{target}); // collect id string too String id =
 351          * seq.getName(); if (id.indexOf("|") > -1) { id =
 352          * id.substring(id.lastIndexOf("|") + 1); } if (dbr!=null) { for (int
 353          * r=0;r<dbr.length; r++) { if (dbr[r].getAccessionId().equals(id)) { //
 354          * suppress duplicate link creation for the bare sequence ID string with
 355          * this link id = null; } addshowLink(linkMenu,
 356          * dbr[r].getSource()+"|"+dbr[r].getAccessionId(), target,
 357          * url_pref+dbr[r].getAccessionId()+url_suff); } } if (id!=null) { //
 358          * create Bare ID link for this RUL addshowLink(linkMenu, target,
 359          * url_pref + id + url_suff); } } else { addshowLink(linkMenu, target,
 360          * link.substring(link.lastIndexOf("|")+1)); }
 361          */
 362       }
 363       if (linkMenu.getItemCount() > 0)
 364       {
 365         if (seq != null)
 366         {
 367           seqMenu.add(linkMenu);
 368         }
 369         else
 370         {
 371           add(linkMenu);
 372         }
 373       }
 374     }
 375     // TODO: add group link menu entry here
 376     if (seq != null)
 377     {
 378       seqMenu.setLabel(seq.getName());
 379       if (seq == ap.av.getAlignment().getSeqrep())
 380       {
 381         makeReferenceSeq.setLabel(MessageManager
 382                 .getString("action.unmark_as_reference"));// Unmark
 383                                                           // representative");
 384       }
 385       else
 386       {
 387         makeReferenceSeq.setLabel(MessageManager
 388                 .getString("action.set_as_reference")); // );
 389       }
 390       repGroup.setLabel(MessageManager.formatMessage(
 391               "label.represent_group_with", new Object[] { seq.getName() }));
 392     }
 393     else
 394     {
 395       remove(seqMenu);
 396     }
 397
 398     if (!ap.av.hasHiddenRows())
 399     {
 400       remove(revealAll);
 401       remove(revealSeq);
 402     }
 403     else
 404     {
 405       final int index = ap.av.getAlignment().findIndex(seq);
 406
 407       if (ap.av.adjustForHiddenSeqs(index)
 408               - ap.av.adjustForHiddenSeqs(index - 1) > 1)
 409       {
 410         revealSeq_index = index;
 411       }
 412       else
 413       {
 414         remove(revealSeq);
 415       }
 416     }
 417   }
 418
 419   /**
 420    * Build menus for annotation types that may be shown or hidden, and for
 421    * 'reference annotations' that may be added to the alignment.
 422    */
 423   private void buildAnnotationSubmenus()
 424   {
 425     /*
 426      * First for the currently selected sequence (if there is one):
 427      */
 428     final List<SequenceI> selectedSequence = (seq == null ? Collections
 429             .<SequenceI> emptyList() : Arrays.asList(seq));
 430     buildAnnotationTypesMenus(seqShowAnnotationsMenu,
 431             seqHideAnnotationsMenu, selectedSequence);
 432     configureReferenceAnnotationsMenu(seqAddReferenceAnnotations,
 433             selectedSequence);
 434
 435     /*
 436      * and repeat for the current selection group (if there is one):
 437      */
 438     final List<SequenceI> selectedGroup = (ap.av.getSelectionGroup() == null ? Collections
 439             .<SequenceI> emptyList() : ap.av.getSelectionGroup()
 440             .getSequences());
 441     buildAnnotationTypesMenus(groupShowAnnotationsMenu,
 442             groupHideAnnotationsMenu, selectedGroup);
 443     configureReferenceAnnotationsMenu(groupAddReferenceAnnotations,
 444             selectedGroup);
 445   }
 446
 447   /**
 448    * Determine whether or not to enable 'add reference annotations' menu item.
 449    * It is enable if there are any annotations, on any of the selected
 450    * sequences, which are not yet on the alignment (visible or not).
 451    *
 452    * @param menu
 453    * @param forSequences
 454    */
 455   private void configureReferenceAnnotationsMenu(MenuItem menuItem,
 456           List<SequenceI> forSequences)
 457   {
 458     menuItem.setEnabled(false);
 459
 460     /*
 461      * Temporary store to hold distinct calcId / type pairs for the tooltip.
 462      * Using TreeMap means calcIds are shown in alphabetical order.
 463      */
 464     Map<String, String> tipEntries = new TreeMap<String, String>();
 465     final Map<SequenceI, List<AlignmentAnnotation>> candidates = new LinkedHashMap<SequenceI, List<AlignmentAnnotation>>();
 466     AlignmentI al = this.ap.av.getAlignment();
 467     AlignmentUtils.findAddableReferenceAnnotations(forSequences,
 468             tipEntries, candidates, al);
 469     if (!candidates.isEmpty())
 470     {
 471       StringBuilder tooltip = new StringBuilder(64);
 472       tooltip.append(MessageManager.getString("label.add_annotations_for"));
 473
 474       /*
 475        * Found annotations that could be added. Enable the menu item, and
 476        * configure its action.
 477        */
 478       menuItem.setEnabled(true);
 479
 480       menuItem.addActionListener(new ActionListener()
 481       {
 482         @Override
 483         public void actionPerformed(ActionEvent e)
 484         {
 485           addReferenceAnnotations_actionPerformed(candidates);
 486         }
 487       });
 488     }
 489   }
 490
 491   /**
 492    * Add annotations to the sequences and to the alignment.
 493    *
 494    * @param candidates
 495    *          a map whose keys are sequences on the alignment, and values a list
 496    *          of annotations to add to each sequence
 497    */
 498   protected void addReferenceAnnotations_actionPerformed(
 499           Map<SequenceI, List<AlignmentAnnotation>> candidates)
 500   {
 501     final SequenceGroup selectionGroup = this.ap.av.getSelectionGroup();
 502     final AlignmentI alignment = this.ap.getAlignment();
 503     AlignmentUtils.addReferenceAnnotations(candidates, alignment,
 504             selectionGroup);
 505     refresh();
 506   }
 507
 508   /**
 509    * add a show URL menu item to the given linkMenu
 510    *
 511    * @param linkMenu
 512    * @param target
 513    *          - menu label string
 514    * @param url
 515    *          - url to open
 516    */
 517   private void addshowLink(Menu linkMenu, final String target,
 518           final String url)
 519   {
 520     addshowLink(linkMenu, target, target, url);
 521   }
 522
 523   /**
 524    * add a show URL menu item to the given linkMenu
 525    *
 526    * @param linkMenu
 527    * @param target
 528    *          - URL target window
 529    * @param label
 530    *          - menu label string
 531    * @param url
 532    *          - url to open
 533    */
 534   private void addshowLink(Menu linkMenu, final String target,
 535           final String label, final String url)
 536   {
 537     MenuItem item = new MenuItem(label);
 538     item.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()
 539     {
 540       @Override
 541       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 542       {
 543         ap.alignFrame.showURL(url, target);
 544       }
 545     });
 546     linkMenu.add(item);
 547   }
 548
 549   @Override
 550   public void itemStateChanged(ItemEvent evt)
 551   {
 552     if (evt.getSource() == abovePIDColour)
 553     {
 554       abovePIDColour_itemStateChanged();
 555     }
 556     else if (evt.getSource() == showColourText)
 557     {
 558       showColourText_itemStateChanged();
 559     }
 560     else if (evt.getSource() == showText)
 561     {
 562       showText_itemStateChanged();
 563     }
 564     else if (evt.getSource() == showBoxes)
 565     {
 566       showBoxes_itemStateChanged();
 567     }
 568     else if (evt.getSource() == displayNonconserved)
 569     {
 570       this.showNonconserved_itemStateChanged();
 571     }
 572   }
 573
 574   @Override
 575   public void actionPerformed(ActionEvent evt)
 576   {
 577     Object source = evt.getSource();
 578     if (source == clustalColour)
 579     {
 580       clustalColour_actionPerformed();
 581     }
 582     else if (source == zappoColour)
 583     {
 584       zappoColour_actionPerformed();
 585     }
 586     else if (source == taylorColour)
 587     {
 588       taylorColour_actionPerformed();
 589     }
 590     else if (source == hydrophobicityColour)
 591     {
 592       hydrophobicityColour_actionPerformed();
 593     }
 594     else if (source == helixColour)
 595     {
 596       helixColour_actionPerformed();
 597     }
 598     else if (source == strandColour)
 599     {
 600       strandColour_actionPerformed();
 601     }
 602     else if (source == turnColour)
 603     {
 604       turnColour_actionPerformed();
 605     }
 606     else if (source == buriedColour)
 607     {
 608       buriedColour_actionPerformed();
 609     }
 610     else if (source == nucleotideMenuItem)
 611     {
 612       nucleotideMenuItem_actionPerformed();
 613     }
 614
 615     else if (source == userDefinedColour)
 616     {
 617       userDefinedColour_actionPerformed();
 618     }
 619     else if (source == PIDColour)
 620     {
 621       PIDColour_actionPerformed();
 622     }
 623     else if (source == BLOSUM62Colour)
 624     {
 625       BLOSUM62Colour_actionPerformed();
 626     }
 627     else if (source == noColourmenuItem)
 628     {
 629       noColourmenuItem_actionPerformed();
 630     }
 631     else if (source == conservationMenuItem)
 632     {
 633       conservationMenuItem_itemStateChanged();
 634     }
 635     else if (source == unGroupMenuItem)
 636     {
 637       unGroupMenuItem_actionPerformed();
 638     }
 639
 640     else if (source == createGroupMenuItem)
 641     {
 642       createGroupMenuItem_actionPerformed();
 643     }
 644
 645     else if (source == sequenceName)
 646     {
 647       editName();
 648     }
 649     else if (source == makeReferenceSeq)
 650     {
 651       makeReferenceSeq_actionPerformed();
 652     }
 653     else if (source == sequenceDetails)
 654     {
 655       showSequenceDetails();
 656     }
 657     else if (source == selSeqDetails)
 658     {
 659       showSequenceSelectionDetails();
 660     }
 661     else if (source == pdb)
 662     {
 663       addPDB();
 664     }
 665     else if (source == hideSeqs)
 666     {
 667       hideSequences(false);
 668     }
 669     else if (source == repGroup)
 670     {
 671       hideSequences(true);
 672     }
 673     else if (source == revealSeq)
 674     {
 675       ap.av.showSequence(revealSeq_index);
 676     }
 677     else if (source == revealAll)
 678     {
 679       ap.av.showAllHiddenSeqs();
 680     }
 681
 682     else if (source == editGroupName)
 683     {
 684       EditNameDialog dialog = new EditNameDialog(getGroup().getName(),
 685               getGroup().getDescription(), "       Group Name",
 686               "Group Description", ap.alignFrame,
 687               "Edit Group Name / Description", 500, 100, true);
 688
 689       if (dialog.accept)
 690       {
 691         getGroup().setName(dialog.getName().replace(' ', '_'));
 692         getGroup().setDescription(dialog.getDescription());
 693       }
 694
 695     }
 696     else if (source == copy)
 697     {
 698       ap.alignFrame.copy_actionPerformed();
 699     }
 700     else if (source == cut)
 701     {
 702       ap.alignFrame.cut_actionPerformed();
 703     }
 704     else if (source == editSequence)
 705     {
 706       SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
 707
 708       if (sg != null)
 709       {
 710         if (seq == null)
 711         {
 712           seq = sg.getSequenceAt(0);
 713         }
 714
 715         EditNameDialog dialog = new EditNameDialog(seq.getSequenceAsString(
 716                 sg.getStartRes(), sg.getEndRes() + 1), null,
 717                 "Edit Sequence ", null,
 718
 719                 ap.alignFrame, "Edit Sequence", 500, 100, true);
 720
 721         if (dialog.accept)
 722         {
 723           EditCommand editCommand = new EditCommand(
 724                   MessageManager.getString("label.edit_sequences"),
 725                   Action.REPLACE, dialog.getName().replace(' ',
 726                           ap.av.getGapCharacter()),
 727                   sg.getSequencesAsArray(ap.av.getHiddenRepSequences()),
 728                   sg.getStartRes(), sg.getEndRes() + 1,
 729                   ap.av.getAlignment());
 730
 731           ap.alignFrame.addHistoryItem(editCommand);
 732
 733           ap.av.firePropertyChange("alignment", null, ap.av.getAlignment()
 734                   .getSequences());
 735         }
 736       }
 737     }
 738     else if (source == toUpper || source == toLower || source == toggleCase)
 739     {
 740       SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
 741       if (sg != null)
 742       {
 743         List<int[]> startEnd = ap.av.getVisibleRegionBoundaries(
 744                 sg.getStartRes(), sg.getEndRes() + 1);
 745
 746         String description;
 747         int caseChange;
 748
 749         if (source == toggleCase)
 750         {
 751           description = "Toggle Case";
 752           caseChange = ChangeCaseCommand.TOGGLE_CASE;
 753         }
 754         else if (source == toUpper)
 755         {
 756           description = "To Upper Case";
 757           caseChange = ChangeCaseCommand.TO_UPPER;
 758         }
 759         else
 760         {
 761           description = "To Lower Case";
 762           caseChange = ChangeCaseCommand.TO_LOWER;
 763         }
 764
 765         ChangeCaseCommand caseCommand = new ChangeCaseCommand(description,
 766                 sg.getSequencesAsArray(ap.av.getHiddenRepSequences()),
 767                 startEnd, caseChange);
 768
 769         ap.alignFrame.addHistoryItem(caseCommand);
 770
 771         ap.av.firePropertyChange("alignment", null, ap.av.getAlignment()
 772                 .getSequences());
 773
 774       }
 775     }
 776     else if (source == sequenceFeature)
 777     {
 778       SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
 779       if (sg == null)
 780       {
 781         return;
 782       }
 783
 784       int rsize = 0, gSize = sg.getSize();
 785       SequenceI[] rseqs, seqs = new SequenceI[gSize];
 786       SequenceFeature[] tfeatures, features = new SequenceFeature[gSize];
 787
 788       for (int i = 0; i < gSize; i++)
 789       {
 790         int start = sg.getSequenceAt(i).findPosition(sg.getStartRes());
 791         int end = sg.findEndRes(sg.getSequenceAt(i));
 792         if (start <= end)
 793         {
 794           seqs[rsize] = sg.getSequenceAt(i);
 795           features[rsize] = new SequenceFeature(null, null, null, start,
 796                   end, "Jalview");
 797           rsize++;
 798         }
 799       }
 800       rseqs = new SequenceI[rsize];
 801       tfeatures = new SequenceFeature[rsize];
 802       System.arraycopy(seqs, 0, rseqs, 0, rsize);
 803       System.arraycopy(features, 0, tfeatures, 0, rsize);
 804       features = tfeatures;
 805       seqs = rseqs;
 806
 807       if (ap.seqPanel.seqCanvas.getFeatureRenderer().amendFeatures(seqs,
 808               features, true, ap))
 809       {
 810         ap.alignFrame.sequenceFeatures.setState(true);
 811         ap.av.setShowSequenceFeatures(true);
 812         ;
 813         ap.highlightSearchResults(null);
 814       }
 815     }
 816     else
 817     {
 818       outputText(evt);
 819     }
 820
 821   }
 822
 823   void outputText(ActionEvent e)
 824   {
 825     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(true, ap.alignFrame);
 826
 827     Frame frame = new Frame();
 828     frame.add(cap);
 829     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, MessageManager.formatMessage(
 830             "label.selection_output_command",
 831             new Object[] { e.getActionCommand() }), 600, 500);
 832     // JBPNote: getSelectionAsNewSequence behaviour has changed - this method
 833     // now returns a full copy of sequence data
 834     // TODO consider using getSequenceSelection instead here
 835
 836     cap.setText(new jalview.io.AppletFormatAdapter().formatSequences(
 837             e.getActionCommand(), ap.av.getShowJVSuffix(), ap, true));
 838
 839   }
 840
 841   protected void showSequenceSelectionDetails()
 842   {
 843     createSequenceDetailsReport(ap.av.getSequenceSelection());
 844   }
 845
 846   protected void showSequenceDetails()
 847   {
 848     createSequenceDetailsReport(new SequenceI[] { seq });
 849   }
 850
 851   public void createSequenceDetailsReport(SequenceI[] sequences)
 852   {
 853
 854     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(false, ap.alignFrame);
 855
 856     StringBuffer contents = new StringBuffer();
 857     for (SequenceI seq : sequences)
 858     {
 859       contents.append(MessageManager.formatMessage(
 860               "label.annotation_for_displayid",
 861               new Object[] { seq.getDisplayId(true) }));
 862       new SequenceAnnotationReport(null).createSequenceAnnotationReport(
 863               contents,
 864               seq,
 865               true,
 866               true,
 867               false,
 868               (ap.seqPanel.seqCanvas.fr != null) ? ap.seqPanel.seqCanvas.fr
 869                       .getMinMax() : null);
 870       contents.append("</p>");
 871     }
 872     Frame frame = new Frame();
 873     frame.add(cap);
 874     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, "Sequence Details for "
 875             + (sequences.length == 1 ? sequences[0].getDisplayId(true)
 876                     : "Selection"), 600, 500);
 877     cap.setText(MessageManager.formatMessage("label.html_content",
 878             new Object[] { contents.toString() }));
 879   }
 880
 881   void editName()
 882   {
 883     EditNameDialog dialog = new EditNameDialog(seq.getName(),
 884             seq.getDescription(), "       Sequence Name",
 885             "Sequence Description", ap.alignFrame,
 886             "Edit Sequence Name / Description", 500, 100, true);
 887
 888     if (dialog.accept)
 889     {
 890       seq.setName(dialog.getName());
 891       seq.setDescription(dialog.getDescription());
 892       ap.paintAlignment(false);
 893     }
 894   }
 895
 896   void addPDB()
 897   {
 898     if (seq.getAllPDBEntries() != null)
 899     {
 900       PDBEntry entry = seq.getAllPDBEntries().firstElement();
 901
 902       if (ap.av.applet.jmolAvailable)
 903       {
 904         new jalview.appletgui.AppletJmol(entry, new SequenceI[] { seq },
 905                 null, ap, AppletFormatAdapter.URL);
 906       }
 907       else
 908       {
 909         new MCview.AppletPDBViewer(entry, new SequenceI[] { seq }, null,
 910                 ap, AppletFormatAdapter.URL);
 911       }
 912
 913     }
 914     else
 915     {
 916       CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(true, ap.alignFrame);
 917       cap.setText(MessageManager.getString("label.paste_pdb_file"));
 918       cap.setPDBImport(seq);
 919       Frame frame = new Frame();
 920       frame.add(cap);
 921       jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, MessageManager.formatMessage(
 922               "label.paste_pdb_file_for_sequence",
 923               new Object[] { seq.getName() }), 400, 300);
 924     }
 925   }
 926
 927   private void jbInit() throws Exception
 928   {
 929     groupMenu.setLabel(MessageManager.getString("label.selection"));
 930     sequenceFeature.addActionListener(this);
 931
 932     editGroupName.addActionListener(this);
 933     unGroupMenuItem.setLabel(MessageManager
 934             .getString("action.remove_group"));
 935     unGroupMenuItem.addActionListener(this);
 936
 937     createGroupMenuItem.setLabel(MessageManager
 938             .getString("action.create_group"));
 939     createGroupMenuItem.addActionListener(this);
 940
 941     nucleotideMenuItem.setLabel(MessageManager
 942             .getString("label.nucleotide"));
 943     nucleotideMenuItem.addActionListener(this);
 944     conservationMenuItem.addItemListener(this);
 945     abovePIDColour.addItemListener(this);
 946     colourMenu.setLabel(MessageManager.getString("label.group_colour"));
 947     showBoxes.setLabel(MessageManager.getString("action.boxes"));
 948     showBoxes.setState(true);
 949     showBoxes.addItemListener(this);
 950     sequenceName.addActionListener(this);
 951     sequenceDetails.addActionListener(this);
 952     selSeqDetails.addActionListener(this);
 953     displayNonconserved.setLabel(MessageManager
 954             .getString("label.show_non_conversed"));
 955     displayNonconserved.setState(false);
 956     displayNonconserved.addItemListener(this);
 957     showText.setLabel(MessageManager.getString("action.text"));
 958     showText.addItemListener(this);
 959     showColourText.setLabel(MessageManager.getString("label.colour_text"));
 960     showColourText.addItemListener(this);
 961     outputmenu.setLabel(MessageManager.getString("label.out_to_textbox"));
 962     seqMenu.setLabel(MessageManager.getString("label.sequence"));
 963     pdb.setLabel(MessageManager.getString("label.view_pdb_structure"));
 964     hideSeqs.setLabel(MessageManager.getString("action.hide_sequences"));
 965     repGroup.setLabel(MessageManager.formatMessage(
 966             "label.represent_group_with", new Object[] { "" }));
 967     revealAll.setLabel(MessageManager.getString("action.reveal_all"));
 968     revealSeq.setLabel(MessageManager.getString("action.reveal_sequences"));
 969     menu1.setLabel(MessageManager.getString("label.group") + ":");
 970     add(groupMenu);
 971     this.add(seqMenu);
 972     this.add(hideSeqs);
 973     this.add(revealSeq);
 974     this.add(revealAll);
 975     // groupMenu.add(selSeqDetails);
 976     groupMenu.add(groupShowAnnotationsMenu);
 977     groupMenu.add(groupHideAnnotationsMenu);
 978     groupMenu.add(groupAddReferenceAnnotations);
 979     groupMenu.add(editMenu);
 980     groupMenu.add(outputmenu);
 981     groupMenu.add(sequenceFeature);
 982     groupMenu.add(createGroupMenuItem);
 983     groupMenu.add(unGroupMenuItem);
 984     groupMenu.add(menu1);
 985
 986     colourMenu.add(noColourmenuItem);
 987     colourMenu.add(clustalColour);
 988     colourMenu.add(BLOSUM62Colour);
 989     colourMenu.add(PIDColour);
 990     colourMenu.add(zappoColour);
 991     colourMenu.add(taylorColour);
 992     colourMenu.add(hydrophobicityColour);
 993     colourMenu.add(helixColour);
 994     colourMenu.add(strandColour);
 995     colourMenu.add(turnColour);
 996     colourMenu.add(buriedColour);
 997     colourMenu.add(nucleotideMenuItem);
 998     colourMenu.add(userDefinedColour);
 999     colourMenu.addSeparator();
1000     colourMenu.add(abovePIDColour);
1001     colourMenu.add(conservationMenuItem);
1002
1003     noColourmenuItem.setLabel(MessageManager.getString("label.none"));
1004     noColourmenuItem.addActionListener(this);
1005
1006     clustalColour.setLabel(MessageManager
1007             .getString("label.clustalx_colours"));
1008     clustalColour.addActionListener(this);
1009     zappoColour.setLabel(MessageManager.getString("label.zappo"));
1010     zappoColour.addActionListener(this);
1011     taylorColour.setLabel(MessageManager.getString("label.taylor"));
1012     taylorColour.addActionListener(this);
1013     hydrophobicityColour.setLabel(MessageManager
1014             .getString("label.hydrophobicity"));
1015     hydrophobicityColour.addActionListener(this);
1016     helixColour
1017             .setLabel(MessageManager.getString("label.helix_propensity"));
1018     helixColour.addActionListener(this);
1019     strandColour.setLabel(MessageManager
1020             .getString("label.strand_propensity"));
1021     strandColour.addActionListener(this);
1022     turnColour.setLabel(MessageManager.getString("label.turn_propensity"));
1023     turnColour.addActionListener(this);
1024     buriedColour.setLabel(MessageManager.getString("label.buried_index"));
1025     buriedColour.addActionListener(this);
1026     abovePIDColour.setLabel(MessageManager
1027             .getString("label.above_identity_percentage"));
1028
1029     userDefinedColour.setLabel(MessageManager
1030             .getString("action.user_defined"));
1031     userDefinedColour.addActionListener(this);
1032     PIDColour.setLabel(MessageManager
1033             .getString("label.percentage_identity"));
1034     PIDColour.addActionListener(this);
1035     BLOSUM62Colour.setLabel("BLOSUM62");
1036     BLOSUM62Colour.addActionListener(this);
1037     conservationMenuItem.setLabel(MessageManager
1038             .getString("label.conservation"));
1039
1040     editMenu.add(copy);
1041     copy.addActionListener(this);
1042     editMenu.add(cut);
1043     cut.addActionListener(this);
1044
1045     editMenu.add(editSequence);
1046     editSequence.addActionListener(this);
1047
1048     editMenu.add(toUpper);
1049     toUpper.addActionListener(this);
1050     editMenu.add(toLower);
1051     toLower.addActionListener(this);
1052     editMenu.add(toggleCase);
1053     seqMenu.add(seqShowAnnotationsMenu);
1054     seqMenu.add(seqHideAnnotationsMenu);
1055     seqMenu.add(seqAddReferenceAnnotations);
1056     seqMenu.add(sequenceName);
1057     seqMenu.add(makeReferenceSeq);
1058     // seqMenu.add(sequenceDetails);
1059
1060     if (!ap.av.applet.useXtrnalSviewer)
1061     {
1062       seqMenu.add(pdb);
1063     }
1064     seqMenu.add(repGroup);
1065     menu1.add(editGroupName);
1066     menu1.add(colourMenu);
1067     menu1.add(showBoxes);
1068     menu1.add(showText);
1069     menu1.add(showColourText);
1070     menu1.add(displayNonconserved);
1071     toggleCase.addActionListener(this);
1072     pdb.addActionListener(this);
1073     hideSeqs.addActionListener(this);
1074     repGroup.addActionListener(this);
1075     revealAll.addActionListener(this);
1076     revealSeq.addActionListener(this);
1077     makeReferenceSeq.addActionListener(this);
1078   }
1079
1080   void refresh()
1081   {
1082     ap.paintAlignment(true);
1083   }
1084
1085   protected void clustalColour_actionPerformed()
1086   {
1087     SequenceGroup sg = getGroup();
1088     sg.cs = new ClustalxColourScheme(sg, ap.av.getHiddenRepSequences());
1089     refresh();
1090   }
1091
1092   protected void zappoColour_actionPerformed()
1093   {
1094     getGroup().cs = new ZappoColourScheme();
1095     refresh();
1096   }
1097
1098   protected void taylorColour_actionPerformed()
1099   {
1100     getGroup().cs = new TaylorColourScheme();
1101     refresh();
1102   }
1103
1104   protected void hydrophobicityColour_actionPerformed()
1105   {
1106     getGroup().cs = new HydrophobicColourScheme();
1107     refresh();
1108   }
1109
1110   protected void helixColour_actionPerformed()
1111   {
1112     getGroup().cs = new HelixColourScheme();
1113     refresh();
1114   }
1115
1116   protected void strandColour_actionPerformed()
1117   {
1118     getGroup().cs = new StrandColourScheme();
1119     refresh();
1120   }
1121
1122   protected void turnColour_actionPerformed()
1123   {
1124     getGroup().cs = new TurnColourScheme();
1125     refresh();
1126   }
1127
1128   protected void buriedColour_actionPerformed()
1129   {
1130     getGroup().cs = new BuriedColourScheme();
1131     refresh();
1132   }
1133
1134   public void nucleotideMenuItem_actionPerformed()
1135   {
1136     getGroup().cs = new NucleotideColourScheme();
1137     refresh();
1138   }
1139
1140   protected void abovePIDColour_itemStateChanged()
1141   {
1142     SequenceGroup sg = getGroup();
1143     if (sg.cs == null)
1144     {
1145       return;
1146     }
1147
1148     if (abovePIDColour.getState())
1149     {
1150       sg.cs.setConsensus(AAFrequency.calculate(sg.getSequences(ap.av
1151               .getHiddenRepSequences()), 0, ap.av.getAlignment().getWidth()));
1152       int threshold = SliderPanel.setPIDSliderSource(ap, sg.cs, getGroup()
1153               .getName());
1154
1155       sg.cs.setThreshold(threshold, ap.av.isIgnoreGapsConsensus());
1156
1157       SliderPanel.showPIDSlider();
1158
1159     }
1160     else
1161     // remove PIDColouring
1162     {
1163       sg.cs.setThreshold(0, ap.av.isIgnoreGapsConsensus());
1164     }
1165
1166     refresh();
1167
1168   }
1169
1170   protected void userDefinedColour_actionPerformed()
1171   {
1172     new UserDefinedColours(ap, getGroup());
1173   }
1174
1175   protected void PIDColour_actionPerformed()
1176   {
1177     SequenceGroup sg = getGroup();
1178     sg.cs = new PIDColourScheme();
1179     sg.cs.setConsensus(AAFrequency.calculate(sg.getSequences(ap.av
1180             .getHiddenRepSequences()), 0, ap.av.getAlignment().getWidth()));
1181     refresh();
1182   }
1183
1184   protected void BLOSUM62Colour_actionPerformed()
1185   {
1186     SequenceGroup sg = getGroup();
1187
1188     sg.cs = new Blosum62ColourScheme();
1189
1190     sg.cs.setConsensus(AAFrequency.calculate(sg.getSequences(ap.av
1191             .getHiddenRepSequences()), 0, ap.av.getAlignment().getWidth()));
1192
1193     refresh();
1194   }
1195
1196   protected void noColourmenuItem_actionPerformed()
1197   {
1198     getGroup().cs = null;
1199     refresh();
1200   }
1201
1202   protected void conservationMenuItem_itemStateChanged()
1203   {
1204     SequenceGroup sg = getGroup();
1205     if (sg.cs == null)
1206     {
1207       return;
1208     }
1209
1210     if (conservationMenuItem.getState())
1211     {
1212
1213       sg.cs.setConservation(Conservation.calculateConservation("Group",
1214               ResidueProperties.propHash, 3, sg.getSequences(ap.av
1215                       .getHiddenRepSequences()), 0, ap.av.getAlignment()
1216                       .getWidth(), false, ap.av.getConsPercGaps(), false));
1217       SliderPanel.setConservationSlider(ap, sg.cs, sg.getName());
1218       SliderPanel.showConservationSlider();
1219     }
1220     else
1221     // remove ConservationColouring
1222     {
1223       sg.cs.setConservation(null);
1224     }
1225
1226     refresh();
1227   }
1228
1229   SequenceGroup getGroup()
1230   {
1231     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
1232
1233     // this method won't add a new group if it already exists
1234     if (sg != null)
1235     {
1236       ap.av.getAlignment().addGroup(sg);
1237     }
1238
1239     return sg;
1240   }
1241
1242   void unGroupMenuItem_actionPerformed()
1243   {
1244     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
1245     ap.av.getAlignment().deleteGroup(sg);
1246     ap.av.setSelectionGroup(null);
1247     ap.paintAlignment(true);
1248   }
1249
1250   void createGroupMenuItem_actionPerformed()
1251   {
1252     getGroup(); // implicitly create group
1253     refresh();
1254   }
1255
1256   public void showColourText_itemStateChanged()
1257   {
1258     getGroup().setColourText(showColourText.getState());
1259     refresh();
1260   }
1261
1262   public void showText_itemStateChanged()
1263   {
1264     getGroup().setDisplayText(showText.getState());
1265     refresh();
1266   }
1267
1268   public void makeReferenceSeq_actionPerformed()
1269   {
1270     if (!ap.av.getAlignment().hasSeqrep())
1271     {
1272       // initialise the display flags so the user sees something happen
1273       ap.av.setDisplayReferenceSeq(true);
1274       ap.av.setColourByReferenceSeq(true);
1275       ap.av.getAlignment().setSeqrep(seq);
1276     }
1277     else
1278     {
1279       if (ap.av.getAlignment().getSeqrep() == seq)
1280       {
1281         ap.av.getAlignment().setSeqrep(null);
1282       }
1283       else
1284       {
1285         ap.av.getAlignment().setSeqrep(seq);
1286       }
1287     }
1288     refresh();
1289   }
1290
1291   public void showNonconserved_itemStateChanged()
1292   {
1293     getGroup().setShowNonconserved(this.displayNonconserved.getState());
1294     refresh();
1295   }
1296
1297   public void showBoxes_itemStateChanged()
1298   {
1299     getGroup().setDisplayBoxes(showBoxes.getState());
1300     refresh();
1301   }
1302
1303   void hideSequences(boolean representGroup)
1304   {
1305     ap.av.hideSequences(seq, representGroup);
1306   }
1307
1308   /**
1309    * Add annotation types to 'Show annotations' and/or 'Hide annotations' menus.
1310    * "All" is added first, followed by a separator. Then add any annotation
1311    * types associated with the current selection. Separate menus are built for
1312    * the selected sequence group (if any), and the selected sequence.
1313    * <p>
1314    * Some annotation rows are always rendered together - these can be identified
1315    * by a common graphGroup property > -1. Only one of each group will be marked
1316    * as visible (to avoid duplication of the display). For such groups we add a
1317    * composite type name, e.g.
1318    * <p>
1319    * IUPredWS (Long), IUPredWS (Short)
1320    *
1321    * @param seq
1322    */
1323   protected void buildAnnotationTypesMenus(Menu showMenu, Menu hideMenu,
1324           List<SequenceI> forSequences)
1325   {
1326     showMenu.removeAll();
1327     hideMenu.removeAll();
1328
1329     final List<String> all = Arrays.asList(ALL_ANNOTATIONS);
1330     addAnnotationTypeToShowHide(showMenu, forSequences, "", all, true, true);
1331     addAnnotationTypeToShowHide(hideMenu, forSequences, "", all, true,
1332             false);
1333     showMenu.addSeparator();
1334     hideMenu.addSeparator();
1335
1336     final AlignmentAnnotation[] annotations = ap.getAlignment()
1337             .getAlignmentAnnotation();
1338
1339     /*
1340      * Find shown/hidden annotations types, distinguished by source (calcId),
1341      * and grouped by graphGroup. Using LinkedHashMap means we will retrieve in
1342      * the insertion order, which is the order of the annotations on the
1343      * alignment.
1344      */
1345     Map<String, List<List<String>>> shownTypes = new LinkedHashMap<String, List<List<String>>>();
1346     Map<String, List<List<String>>> hiddenTypes = new LinkedHashMap<String, List<List<String>>>();
1347     AlignmentAnnotationUtils.getShownHiddenTypes(shownTypes, hiddenTypes,
1348             AlignmentAnnotationUtils.asList(annotations), forSequences);
1349
1350     for (String calcId : hiddenTypes.keySet())
1351     {
1352       for (List<String> type : hiddenTypes.get(calcId))
1353       {
1354         addAnnotationTypeToShowHide(showMenu, forSequences, calcId, type,
1355                 false, true);
1356       }
1357     }
1358     // grey out 'show annotations' if none are hidden
1359     showMenu.setEnabled(!hiddenTypes.isEmpty());
1360
1361     for (String calcId : shownTypes.keySet())
1362     {
1363       for (List<String> type : shownTypes.get(calcId))
1364       {
1365         addAnnotationTypeToShowHide(hideMenu, forSequences, calcId, type,
1366                 false, false);
1367       }
1368     }
1369     // grey out 'hide annotations' if none are shown
1370     hideMenu.setEnabled(!shownTypes.isEmpty());
1371   }
1372
1373   /**
1374    * Add one annotation type to the 'Show Annotations' or 'Hide Annotations'
1375    * menus.
1376    *
1377    * @param showOrHideMenu
1378    *          the menu to add to
1379    * @param forSequences
1380    *          the sequences whose annotations may be shown or hidden
1381    * @param calcId
1382    * @param types
1383    *          the label to add
1384    * @param allTypes
1385    *          if true this is a special label meaning 'All'
1386    * @param actionIsShow
1387    *          if true, the select menu item action is to show the annotation
1388    *          type, else hide
1389    */
1390   protected void addAnnotationTypeToShowHide(Menu showOrHideMenu,
1391           final List<SequenceI> forSequences, String calcId,
1392           final List<String> types, final boolean allTypes,
1393           final boolean actionIsShow)
1394   {
1395     String label = types.toString(); // [a, b, c]
1396     label = label.substring(1, label.length() - 1);
1397     final MenuItem item = new MenuItem(label);
1398     item.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()
1399     {
1400       @Override
1401       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1402       {
1403         AlignmentUtils.showOrHideSequenceAnnotations(ap.getAlignment(),
1404                 types, forSequences, allTypes, actionIsShow);
1405         refresh();
1406       }
1407     });
1408     showOrHideMenu.add(item);
1409   }
1410
1411 }