src/jalview/appletgui/APopupMenu.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2007 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 \r
  20 package jalview.appletgui;\r
  21 \r
  22 import java.util.*;\r
  23 \r
  24 import java.awt.*;\r
  25 import java.awt.event.*;\r
  26 \r
  27 import jalview.analysis.*;\r
  28 import jalview.commands.*;\r
  29 import jalview.datamodel.*;\r
  30 import jalview.schemes.*;\r
  31 import jalview.io.AppletFormatAdapter;\r
  32 \r
  33 public class APopupMenu\r
  34     extends java.awt.PopupMenu implements ActionListener, ItemListener\r
  35 {\r
  36   Menu groupMenu = new Menu();\r
  37   MenuItem editGroupName = new MenuItem();\r
  38   protected MenuItem clustalColour = new MenuItem();\r
  39   protected MenuItem zappoColour = new MenuItem();\r
  40   protected MenuItem taylorColour = new MenuItem();\r
  41   protected MenuItem hydrophobicityColour = new MenuItem();\r
  42   protected MenuItem helixColour = new MenuItem();\r
  43   protected MenuItem strandColour = new MenuItem();\r
  44   protected MenuItem turnColour = new MenuItem();\r
  45   protected MenuItem buriedColour = new MenuItem();\r
  46   protected CheckboxMenuItem abovePIDColour = new CheckboxMenuItem();\r
  47   protected MenuItem userDefinedColour = new MenuItem();\r
  48   protected MenuItem PIDColour = new MenuItem();\r
  49   protected MenuItem BLOSUM62Colour = new MenuItem();\r
  50   MenuItem noColourmenuItem = new MenuItem();\r
  51   protected CheckboxMenuItem conservationMenuItem = new CheckboxMenuItem();\r
  52 \r
  53   final AlignmentPanel ap;\r
  54   MenuItem unGroupMenuItem = new MenuItem();\r
  55   MenuItem nucleotideMenuItem = new MenuItem();\r
  56   Menu colourMenu = new Menu();\r
  57   CheckboxMenuItem showBoxes = new CheckboxMenuItem();\r
  58   CheckboxMenuItem showText = new CheckboxMenuItem();\r
  59   CheckboxMenuItem showColourText = new CheckboxMenuItem();\r
  60   Menu editMenu = new Menu("Edit");\r
  61   MenuItem copy = new MenuItem("Copy (Jalview Only)");\r
  62   MenuItem cut = new MenuItem("Cut (Jalview Only)");\r
  63   MenuItem toUpper = new MenuItem("To Upper Case");\r
  64   MenuItem toLower = new MenuItem("To Lower Case");\r
  65   MenuItem toggleCase = new MenuItem("Toggle Case");\r
  66   Menu outputmenu = new Menu();\r
  67   Menu seqMenu = new Menu();\r
  68   MenuItem pdb = new MenuItem();\r
  69   MenuItem hideSeqs = new MenuItem();\r
  70   MenuItem repGroup = new MenuItem();\r
  71   MenuItem sequenceName = new MenuItem("Edit Name/Description");\r
  72   MenuItem sequenceFeature = new MenuItem("Create Sequence Feature");\r
  73   MenuItem editSequence = new MenuItem("Edit Sequence");\r
  74 \r
  75   Sequence seq;\r
  76   MenuItem revealAll = new MenuItem();\r
  77   Menu menu1 = new Menu();\r
  78 \r
  79   public APopupMenu(AlignmentPanel apanel, final Sequence seq, Vector links)\r
  80   {\r
  81     ///////////////////////////////////////////////////////////\r
  82     // If this is activated from the sequence panel, the user may want to\r
  83     // edit or annotate a particular residue. Therefore display the residue menu\r
  84     //\r
  85     // If from the IDPanel, we must display the sequence menu\r
  86     //////////////////////////////////////////////////////////\r
  87 \r
  88     this.ap = apanel;\r
  89     this.seq = seq;\r
  90 \r
  91     try\r
  92     {\r
  93       jbInit();\r
  94     }\r
  95     catch (Exception e)\r
  96     {\r
  97       e.printStackTrace();\r
  98     }\r
  99 \r
 100     for (int i = 0; i < jalview.io.AppletFormatAdapter.WRITEABLE_FORMATS.length;\r
 101          i++)\r
 102     {\r
 103       MenuItem item = new MenuItem(jalview.io.AppletFormatAdapter.\r
 104                                    WRITEABLE_FORMATS[i]);\r
 105 \r
 106       item.addActionListener(this);\r
 107       outputmenu.add(item);\r
 108     }\r
 109 \r
 110     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();\r
 111 \r
 112     if (sg != null && sg.getSize() > 0)\r
 113     {\r
 114       editGroupName.setLabel(sg.getName());\r
 115       showText.setState(sg.getDisplayText());\r
 116       showColourText.setState(sg.getColourText());\r
 117       showBoxes.setState(sg.getDisplayBoxes());\r
 118       if (!ap.av.alignment.getGroups().contains(sg))\r
 119       {\r
 120         groupMenu.remove(unGroupMenuItem);\r
 121       }\r
 122 \r
 123     }\r
 124     else\r
 125     {\r
 126       remove(hideSeqs);\r
 127       remove(groupMenu);\r
 128     }\r
 129 \r
 130     if (links != null)\r
 131     {\r
 132       Menu linkMenu = new Menu("Link");\r
 133       MenuItem item;\r
 134       String link;\r
 135       for (int i = 0; i < links.size(); i++)\r
 136       {\r
 137         link = links.elementAt(i).toString();\r
 138         final String target = link.substring(0, link.indexOf("|"));\r
 139         item = new MenuItem(target);\r
 140 \r
 141         final String url;\r
 142 \r
 143         if (link.indexOf("$SEQUENCE_ID$") > -1)\r
 144         {\r
 145           String id = seq.getName();\r
 146           if (id.indexOf("|") > -1)\r
 147           {\r
 148             id = id.substring(id.lastIndexOf("|") + 1);\r
 149           }\r
 150 \r
 151           url = link.substring(link.indexOf("|") + 1,\r
 152                                link.indexOf("$SEQUENCE_ID$"))\r
 153               + id +\r
 154               link.substring(link.indexOf("$SEQUENCE_ID$") + 13);\r
 155         }\r
 156         else\r
 157         {\r
 158           url = link.substring(link.lastIndexOf("|") + 1);\r
 159         }\r
 160 \r
 161         item.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()\r
 162         {\r
 163           public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 164           {\r
 165             ap.alignFrame.showURL(url, target);\r
 166           }\r
 167         });\r
 168         linkMenu.add(item);\r
 169       }\r
 170       if (seq != null)\r
 171       {\r
 172         seqMenu.add(linkMenu);\r
 173       }\r
 174       else\r
 175       {\r
 176         add(linkMenu);\r
 177       }\r
 178     }\r
 179     if (seq != null)\r
 180     {\r
 181       seqMenu.setLabel(seq.getName());\r
 182       repGroup.setLabel("Represent Group with " + seq.getName());\r
 183     }\r
 184     else\r
 185     {\r
 186       remove(seqMenu);\r
 187     }\r
 188 \r
 189     if (!ap.av.hasHiddenRows)\r
 190     {\r
 191       remove(revealAll);\r
 192     }\r
 193   }\r
 194 \r
 195   public void itemStateChanged(ItemEvent evt)\r
 196   {\r
 197     if (evt.getSource() == abovePIDColour)\r
 198     {\r
 199       abovePIDColour_itemStateChanged();\r
 200     }\r
 201     else if (evt.getSource() == showColourText)\r
 202     {\r
 203       showColourText_itemStateChanged();\r
 204     }\r
 205     else if (evt.getSource() == showText)\r
 206     {\r
 207       showText_itemStateChanged();\r
 208     }\r
 209     else if (evt.getSource() == showBoxes)\r
 210     {\r
 211       showBoxes_itemStateChanged();\r
 212     }\r
 213   }\r
 214 \r
 215   public void actionPerformed(ActionEvent evt)\r
 216   {\r
 217     Object source = evt.getSource();\r
 218     if (source == clustalColour)\r
 219     {\r
 220       clustalColour_actionPerformed();\r
 221     }\r
 222     else if (source == zappoColour)\r
 223     {\r
 224       zappoColour_actionPerformed();\r
 225     }\r
 226     else if (source == taylorColour)\r
 227     {\r
 228       taylorColour_actionPerformed();\r
 229     }\r
 230     else if (source == hydrophobicityColour)\r
 231     {\r
 232       hydrophobicityColour_actionPerformed();\r
 233     }\r
 234     else if (source == helixColour)\r
 235     {\r
 236       helixColour_actionPerformed();\r
 237     }\r
 238     else if (source == strandColour)\r
 239     {\r
 240       strandColour_actionPerformed();\r
 241     }\r
 242     else if (source == turnColour)\r
 243     {\r
 244       turnColour_actionPerformed();\r
 245     }\r
 246     else if (source == buriedColour)\r
 247     {\r
 248       buriedColour_actionPerformed();\r
 249     }\r
 250     else if (source == nucleotideMenuItem)\r
 251     {\r
 252       nucleotideMenuItem_actionPerformed();\r
 253     }\r
 254 \r
 255     else if (source == userDefinedColour)\r
 256     {\r
 257       userDefinedColour_actionPerformed();\r
 258     }\r
 259     else if (source == PIDColour)\r
 260     {\r
 261       PIDColour_actionPerformed();\r
 262     }\r
 263     else if (source == BLOSUM62Colour)\r
 264     {\r
 265       BLOSUM62Colour_actionPerformed();\r
 266     }\r
 267     else if (source == noColourmenuItem)\r
 268     {\r
 269       noColourmenuItem_actionPerformed();\r
 270     }\r
 271     else if (source == conservationMenuItem)\r
 272     {\r
 273       conservationMenuItem_itemStateChanged();\r
 274     }\r
 275     else if (source == unGroupMenuItem)\r
 276     {\r
 277       unGroupMenuItem_actionPerformed();\r
 278     }\r
 279 \r
 280     else if (source == sequenceName)\r
 281     {\r
 282       editName();\r
 283     }\r
 284     else if (source == pdb)\r
 285     {\r
 286       addPDB();\r
 287     }\r
 288     else if (source == hideSeqs)\r
 289     {\r
 290       hideSequences(false);\r
 291     }\r
 292     else if (source == repGroup)\r
 293     {\r
 294       hideSequences(true);\r
 295     }\r
 296     else if (source == revealAll)\r
 297     {\r
 298       ap.av.showAllHiddenSeqs();\r
 299     }\r
 300 \r
 301     else if (source == editGroupName)\r
 302     {\r
 303       EditNameDialog dialog = new EditNameDialog(\r
 304           getGroup().getName(),\r
 305           getGroup().getDescription(),\r
 306           "       Group Name",\r
 307           "Group Description",\r
 308           ap.alignFrame,\r
 309           "Edit Group Name / Description",\r
 310           500,100);\r
 311 \r
 312       if (dialog.accept)\r
 313       {\r
 314         getGroup().setName(dialog.getName().replace(' ', '_'));\r
 315         getGroup().setDescription(dialog.getDescription());\r
 316       }\r
 317 \r
 318     }\r
 319     else if (source == copy)\r
 320     {\r
 321       ap.alignFrame.copy_actionPerformed();\r
 322     }\r
 323     else if (source == cut)\r
 324     {\r
 325       ap.alignFrame.cut_actionPerformed();\r
 326     }\r
 327     else if(source == editSequence)\r
 328     {\r
 329       SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();\r
 330 \r
 331       if(sg!=null)\r
 332       {\r
 333         if (seq == null)\r
 334           seq = (Sequence) sg.getSequenceAt(0);\r
 335 \r
 336         EditNameDialog dialog = new EditNameDialog(seq.getSequenceAsString(\r
 337             sg.getStartRes(),\r
 338             sg.getEndRes() + 1),\r
 339                                                    null,\r
 340                                                    "Edit Sequence ",\r
 341                                                    null,\r
 342 \r
 343                                                    ap.alignFrame,\r
 344                                                    "Edit Sequence",\r
 345                                                    500, 100);\r
 346 \r
 347         if (dialog.accept)\r
 348         {\r
 349           EditCommand editCommand = new EditCommand(\r
 350               "Edit Sequences", EditCommand.REPLACE,\r
 351               dialog.getName(),\r
 352               sg.getSequencesAsArray(ap.av.hiddenRepSequences),\r
 353               sg.getStartRes(), sg.getEndRes()+1, ap.av.alignment\r
 354               );\r
 355 \r
 356           ap.alignFrame.addHistoryItem(editCommand);\r
 357 \r
 358           ap.av.firePropertyChange("alignment", null,\r
 359                                  ap.av.getAlignment().getSequences());\r
 360         }\r
 361       }\r
 362     }\r
 363     else if (source == toUpper || source == toLower || source == toggleCase)\r
 364     {\r
 365       SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();\r
 366       Vector regions = new Vector();\r
 367       if (sg != null)\r
 368       {\r
 369         int start = sg.getStartRes();\r
 370         int end = sg.getEndRes() + 1;\r
 371 \r
 372         do\r
 373         {\r
 374           if (ap.av.hasHiddenColumns)\r
 375           {\r
 376             if (start == 0)\r
 377             {\r
 378               start = ap.av.colSel.adjustForHiddenColumns(start);\r
 379             }\r
 380 \r
 381             end = ap.av.colSel.getHiddenBoundaryRight(start);\r
 382             if (start == end)\r
 383             {\r
 384               end = sg.getEndRes() + 1;\r
 385             }\r
 386             if (end > sg.getEndRes())\r
 387             {\r
 388               end = sg.getEndRes() + 1;\r
 389             }\r
 390           }\r
 391 \r
 392           regions.addElement(new int[]\r
 393                              {start, end});\r
 394 \r
 395           if (ap.av.hasHiddenColumns)\r
 396           {\r
 397             start = ap.av.colSel.adjustForHiddenColumns(end);\r
 398             start = ap.av.colSel.getHiddenBoundaryLeft(start) + 1;\r
 399           }\r
 400         }\r
 401         while (end < sg.getEndRes());\r
 402 \r
 403         int[][] startEnd = new int[regions.size()][2];\r
 404         for (int i = 0; i < regions.size(); i++)\r
 405         {\r
 406           startEnd[i] = (int[]) regions.elementAt(i);\r
 407         }\r
 408 \r
 409         String description;\r
 410         int caseChange;\r
 411 \r
 412         if (source == toggleCase)\r
 413         {\r
 414           description = "Toggle Case";\r
 415           caseChange = ChangeCaseCommand.TOGGLE_CASE;\r
 416         }\r
 417         else if (source == toUpper)\r
 418         {\r
 419           description = "To Upper Case";\r
 420           caseChange = ChangeCaseCommand.TO_UPPER;\r
 421         }\r
 422         else\r
 423         {\r
 424           description = "To Lower Case";\r
 425           caseChange = ChangeCaseCommand.TO_LOWER;\r
 426         }\r
 427 \r
 428         ChangeCaseCommand caseCommand = new ChangeCaseCommand(\r
 429             description, sg.getSequencesAsArray(ap.av.hiddenRepSequences),\r
 430             startEnd, caseChange\r
 431             );\r
 432 \r
 433         ap.alignFrame.addHistoryItem(caseCommand);\r
 434 \r
 435         ap.av.firePropertyChange("alignment", null,\r
 436                                  ap.av.getAlignment().getSequences());\r
 437 \r
 438       }\r
 439     }\r
 440     else if(source == sequenceFeature)\r
 441     {\r
 442       SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();\r
 443       if (sg == null)\r
 444       {\r
 445         return;\r
 446       }\r
 447 \r
 448       int gSize = sg.getSize();\r
 449       SequenceI[] seqs = new SequenceI[gSize];\r
 450       SequenceFeature[] features = new SequenceFeature[gSize];\r
 451 \r
 452       for (int i = 0; i < gSize; i++)\r
 453       {\r
 454         seqs[i] = sg.getSequenceAt(i);\r
 455         int start = sg.getSequenceAt(i).findPosition(sg.getStartRes());\r
 456         int end = sg.findEndRes(sg.getSequenceAt(i));\r
 457         features[i] = new SequenceFeature(null, null, null, start, end,\r
 458                                           "Jalview");\r
 459       }\r
 460 \r
 461       if (ap.seqPanel.seqCanvas.getFeatureRenderer()\r
 462           .createNewFeatures(seqs, features, ap))\r
 463       {\r
 464         ap.alignFrame.sequenceFeatures.setState(true);\r
 465         ap.av.showSequenceFeatures(true);\r
 466         ap.highlightSearchResults(null);\r
 467       }\r
 468     }\r
 469     else\r
 470     {\r
 471       outputText(evt);\r
 472     }\r
 473 \r
 474   }\r
 475 \r
 476   void outputText(ActionEvent e)\r
 477   {\r
 478     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(true, ap.alignFrame);\r
 479 \r
 480     Frame frame = new Frame();\r
 481     frame.add(cap);\r
 482     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame,\r
 483                                      "Selection output - " + e.getActionCommand(),\r
 484                                      600, 500);\r
 485 \r
 486     cap.setText(new jalview.io.AppletFormatAdapter().formatSequences(\r
 487         e.getActionCommand(),\r
 488         new Alignment(ap.av.getSelectionAsNewSequence()),\r
 489         ap.av.showJVSuffix));\r
 490 \r
 491   }\r
 492 \r
 493   void editName()\r
 494   {\r
 495     EditNameDialog dialog = new EditNameDialog(\r
 496         seq.getName(),\r
 497         seq.getDescription(),\r
 498         "       Sequence Name",\r
 499         "Sequence Description",\r
 500         ap.alignFrame,\r
 501         "Edit Sequence Name / Description",\r
 502         500,100);\r
 503 \r
 504     if (dialog.accept)\r
 505     {\r
 506       seq.setName(dialog.getName());\r
 507       seq.setDescription(dialog.getDescription());\r
 508       ap.paintAlignment(false);\r
 509     }\r
 510   }\r
 511 \r
 512   void addPDB()\r
 513   {\r
 514     if(seq.getPDBId()!=null)\r
 515     {\r
 516       PDBEntry entry = (PDBEntry)seq.getPDBId().firstElement();\r
 517 \r
 518       if ( ap.av.applet.jmolAvailable )\r
 519        new jalview.appletgui.AppletJmol(entry,\r
 520                                         new Sequence[]\r
 521                                         {seq},\r
 522                                         ap,\r
 523                                         AppletFormatAdapter.URL);\r
 524      else\r
 525 \r
 526        new MCview.AppletPDBViewer(entry,\r
 527                                   new Sequence[]\r
 528                                   {seq},\r
 529                                   ap,\r
 530                                   AppletFormatAdapter.URL);\r
 531 \r
 532     }\r
 533     else\r
 534     {\r
 535       CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(true, ap.alignFrame);\r
 536       cap.setText("Paste your PDB file here.");\r
 537       cap.setPDBImport(seq);\r
 538       Frame frame = new Frame();\r
 539       frame.add(cap);\r
 540       jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, "Paste PDB file ", 400, 300);\r
 541     }\r
 542   }\r
 543 \r
 544   private void jbInit()\r
 545       throws Exception\r
 546   {\r
 547     groupMenu.setLabel("Group");\r
 548     groupMenu.setLabel("Selection");\r
 549     sequenceFeature.addActionListener(this);\r
 550 \r
 551     editGroupName.addActionListener(this);\r
 552     unGroupMenuItem.setLabel("Remove Group");\r
 553     unGroupMenuItem.addActionListener(this);\r
 554 \r
 555     nucleotideMenuItem.setLabel("Nucleotide");\r
 556     nucleotideMenuItem.addActionListener(this);\r
 557     conservationMenuItem.addItemListener(this);\r
 558     abovePIDColour.addItemListener(this);\r
 559     colourMenu.setLabel("Group Colour");\r
 560     showBoxes.setLabel("Boxes");\r
 561     showBoxes.setState(true);\r
 562     showBoxes.addItemListener(this);\r
 563     sequenceName.addActionListener(this);\r
 564 \r
 565     showText.setLabel("Text");\r
 566     showText.addItemListener(this);\r
 567     showColourText.setLabel("Colour Text");\r
 568     showColourText.addItemListener(this);\r
 569     outputmenu.setLabel("Output to Textbox...");\r
 570     seqMenu.setLabel("Sequence");\r
 571     pdb.setLabel("View PDB Structure");\r
 572     hideSeqs.setLabel("Hide Sequences");\r
 573     repGroup.setLabel("Represent Group with");\r
 574     revealAll.setLabel("Reveal All");\r
 575     menu1.setLabel("Group");\r
 576     add(groupMenu);\r
 577     this.add(seqMenu);\r
 578     this.add(hideSeqs);\r
 579     this.add(revealAll);\r
 580     groupMenu.add(editGroupName);\r
 581     groupMenu.add(editMenu);\r
 582     groupMenu.add(outputmenu);\r
 583     groupMenu.add(sequenceFeature);\r
 584     groupMenu.add(menu1);\r
 585 \r
 586     colourMenu.add(noColourmenuItem);\r
 587     colourMenu.add(clustalColour);\r
 588     colourMenu.add(BLOSUM62Colour);\r
 589     colourMenu.add(PIDColour);\r
 590     colourMenu.add(zappoColour);\r
 591     colourMenu.add(taylorColour);\r
 592     colourMenu.add(hydrophobicityColour);\r
 593     colourMenu.add(helixColour);\r
 594     colourMenu.add(strandColour);\r
 595     colourMenu.add(turnColour);\r
 596     colourMenu.add(buriedColour);\r
 597     colourMenu.add(nucleotideMenuItem);\r
 598     colourMenu.add(userDefinedColour);\r
 599     colourMenu.addSeparator();\r
 600     colourMenu.add(abovePIDColour);\r
 601     colourMenu.add(conservationMenuItem);\r
 602 \r
 603     noColourmenuItem.setLabel("None");\r
 604     noColourmenuItem.addActionListener(this);\r
 605 \r
 606     clustalColour.setLabel("Clustalx colours");\r
 607     clustalColour.addActionListener(this);\r
 608     zappoColour.setLabel("Zappo");\r
 609     zappoColour.addActionListener(this);\r
 610     taylorColour.setLabel("Taylor");\r
 611     taylorColour.addActionListener(this);\r
 612     hydrophobicityColour.setLabel("Hydrophobicity");\r
 613     hydrophobicityColour.addActionListener(this);\r
 614     helixColour.setLabel("Helix propensity");\r
 615     helixColour.addActionListener(this);\r
 616     strandColour.setLabel("Strand propensity");\r
 617     strandColour.addActionListener(this);\r
 618     turnColour.setLabel("Turn propensity");\r
 619     turnColour.addActionListener(this);\r
 620     buriedColour.setLabel("Buried Index");\r
 621     buriedColour.addActionListener(this);\r
 622     abovePIDColour.setLabel("Above % Identity");\r
 623 \r
 624     userDefinedColour.setLabel("User Defined");\r
 625     userDefinedColour.addActionListener(this);\r
 626     PIDColour.setLabel("Percentage Identity");\r
 627     PIDColour.addActionListener(this);\r
 628     BLOSUM62Colour.setLabel("BLOSUM62");\r
 629     BLOSUM62Colour.addActionListener(this);\r
 630     conservationMenuItem.setLabel("Conservation");\r
 631 \r
 632     editMenu.add(copy);\r
 633     copy.addActionListener(this);\r
 634     editMenu.add(cut);\r
 635     cut.addActionListener(this);\r
 636 \r
 637     editMenu.add(editSequence);\r
 638     editSequence.addActionListener(this);\r
 639 \r
 640     editMenu.add(toUpper);\r
 641     toUpper.addActionListener(this);\r
 642     editMenu.add(toLower);\r
 643     toLower.addActionListener(this);\r
 644     editMenu.add(toggleCase);\r
 645     seqMenu.add(sequenceName);\r
 646     seqMenu.add(pdb);\r
 647     seqMenu.add(repGroup);\r
 648     menu1.add(unGroupMenuItem);\r
 649     menu1.add(colourMenu);\r
 650     menu1.add(showBoxes);\r
 651     menu1.add(showText);\r
 652     menu1.add(showColourText);\r
 653     toggleCase.addActionListener(this);\r
 654     pdb.addActionListener(this);\r
 655     hideSeqs.addActionListener(this);\r
 656     repGroup.addActionListener(this);\r
 657     revealAll.addActionListener(this);\r
 658   }\r
 659 \r
 660   void refresh()\r
 661   {\r
 662     ap.paintAlignment(true);\r
 663   }\r
 664 \r
 665   protected void clustalColour_actionPerformed()\r
 666   {\r
 667     SequenceGroup sg = getGroup();\r
 668     sg.cs = new ClustalxColourScheme(sg.getSequences(ap.av.hiddenRepSequences),\r
 669                                      ap.av.alignment.getWidth());\r
 670     refresh();\r
 671   }\r
 672 \r
 673   protected void zappoColour_actionPerformed()\r
 674   {\r
 675     getGroup().cs = new ZappoColourScheme();\r
 676     refresh();\r
 677   }\r
 678 \r
 679   protected void taylorColour_actionPerformed()\r
 680   {\r
 681     getGroup().cs = new TaylorColourScheme();\r
 682     refresh();\r
 683   }\r
 684 \r
 685   protected void hydrophobicityColour_actionPerformed()\r
 686   {\r
 687     getGroup().cs = new HydrophobicColourScheme();\r
 688     refresh();\r
 689   }\r
 690 \r
 691   protected void helixColour_actionPerformed()\r
 692   {\r
 693     getGroup().cs = new HelixColourScheme();\r
 694     refresh();\r
 695   }\r
 696 \r
 697   protected void strandColour_actionPerformed()\r
 698   {\r
 699     getGroup().cs = new StrandColourScheme();\r
 700     refresh();\r
 701   }\r
 702 \r
 703   protected void turnColour_actionPerformed()\r
 704   {\r
 705     getGroup().cs = new TurnColourScheme();\r
 706     refresh();\r
 707   }\r
 708 \r
 709   protected void buriedColour_actionPerformed()\r
 710   {\r
 711     getGroup().cs = new BuriedColourScheme();\r
 712     refresh();\r
 713   }\r
 714 \r
 715   public void nucleotideMenuItem_actionPerformed()\r
 716   {\r
 717     getGroup().cs = new NucleotideColourScheme();\r
 718     refresh();\r
 719   }\r
 720 \r
 721   protected void abovePIDColour_itemStateChanged()\r
 722   {\r
 723     SequenceGroup sg = getGroup();\r
 724     if (sg.cs == null)\r
 725     {\r
 726       return;\r
 727     }\r
 728 \r
 729     if (abovePIDColour.getState())\r
 730     {\r
 731       sg.cs.setConsensus(AAFrequency.calculate(sg.getSequences(ap.av.\r
 732           hiddenRepSequences), 0,\r
 733                                                ap.av.alignment.getWidth()));\r
 734       int threshold = SliderPanel.setPIDSliderSource(ap, sg.cs,\r
 735           getGroup().getName());\r
 736 \r
 737       sg.cs.setThreshold(threshold, ap.av.getIgnoreGapsConsensus());\r
 738 \r
 739       SliderPanel.showPIDSlider();\r
 740 \r
 741     }\r
 742     else // remove PIDColouring\r
 743     {\r
 744       sg.cs.setThreshold(0, ap.av.getIgnoreGapsConsensus());\r
 745     }\r
 746 \r
 747     refresh();\r
 748 \r
 749   }\r
 750 \r
 751   protected void userDefinedColour_actionPerformed()\r
 752   {\r
 753     new UserDefinedColours(ap, getGroup());\r
 754   }\r
 755 \r
 756   protected void PIDColour_actionPerformed()\r
 757   {\r
 758     SequenceGroup sg = getGroup();\r
 759     sg.cs = new PIDColourScheme();\r
 760     sg.cs.setConsensus(AAFrequency.calculate(sg.getSequences(ap.av.\r
 761         hiddenRepSequences), 0,\r
 762                                              ap.av.alignment.getWidth()));\r
 763     refresh();\r
 764   }\r
 765 \r
 766   protected void BLOSUM62Colour_actionPerformed()\r
 767   {\r
 768     SequenceGroup sg = getGroup();\r
 769 \r
 770     sg.cs = new Blosum62ColourScheme();\r
 771 \r
 772     sg.cs.setConsensus(AAFrequency.calculate(sg.getSequences(ap.av.\r
 773         hiddenRepSequences), 0,\r
 774                                              ap.av.alignment.getWidth()));\r
 775 \r
 776     refresh();\r
 777   }\r
 778 \r
 779   protected void noColourmenuItem_actionPerformed()\r
 780   {\r
 781     getGroup().cs = null;\r
 782     refresh();\r
 783   }\r
 784 \r
 785   protected void conservationMenuItem_itemStateChanged()\r
 786   {\r
 787     SequenceGroup sg = getGroup();\r
 788     if (sg.cs == null)\r
 789     {\r
 790       return;\r
 791     }\r
 792 \r
 793     if (conservationMenuItem.getState())\r
 794     {\r
 795 \r
 796       Conservation c = new Conservation("Group",\r
 797                                         ResidueProperties.propHash, 3,\r
 798                                         sg.getSequences(ap.av.\r
 799           hiddenRepSequences), 0,\r
 800                                         ap.av.alignment.getWidth());\r
 801 \r
 802       c.calculate();\r
 803       c.verdict(false, ap.av.ConsPercGaps);\r
 804 \r
 805       sg.cs.setConservation(c);\r
 806 \r
 807       SliderPanel.setConservationSlider(ap, sg.cs, sg.getName());\r
 808       SliderPanel.showConservationSlider();\r
 809     }\r
 810     else // remove ConservationColouring\r
 811     {\r
 812       sg.cs.setConservation(null);\r
 813     }\r
 814 \r
 815     refresh();\r
 816   }\r
 817 \r
 818   SequenceGroup getGroup()\r
 819   {\r
 820     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();\r
 821 \r
 822     // this method won't add a new group if it already exists\r
 823     if (sg != null)\r
 824     {\r
 825       ap.av.alignment.addGroup(sg);\r
 826     }\r
 827 \r
 828     return sg;\r
 829   }\r
 830 \r
 831   void unGroupMenuItem_actionPerformed()\r
 832   {\r
 833     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();\r
 834     ap.av.alignment.deleteGroup(sg);\r
 835     ap.av.setSelectionGroup(null);\r
 836     ap.paintAlignment(true);\r
 837   }\r
 838 \r
 839   public void showColourText_itemStateChanged()\r
 840   {\r
 841     getGroup().setColourText(showColourText.getState());\r
 842     refresh();\r
 843   }\r
 844 \r
 845   public void showText_itemStateChanged()\r
 846   {\r
 847     getGroup().setDisplayText(showText.getState());\r
 848     refresh();\r
 849   }\r
 850 \r
 851   public void showBoxes_itemStateChanged()\r
 852   {\r
 853     getGroup().setDisplayBoxes(showBoxes.getState());\r
 854     refresh();\r
 855   }\r
 856 \r
 857   void hideSequences(boolean representGroup)\r
 858   {\r
 859     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();\r
 860     if (sg == null || sg.getSize() < 1)\r
 861     {\r
 862       ap.av.hideSequence(new SequenceI[]\r
 863                          {seq});\r
 864       return;\r
 865     }\r
 866 \r
 867     ap.av.setSelectionGroup(null);\r
 868 \r
 869     if (representGroup)\r
 870     {\r
 871       ap.av.hideRepSequences(seq, sg);\r
 872 \r
 873       return;\r
 874     }\r
 875 \r
 876     int gsize = sg.getSize();\r
 877     SequenceI[] hseqs;\r
 878 \r
 879     hseqs = new SequenceI[gsize];\r
 880 \r
 881     int index = 0;\r
 882     for (int i = 0; i < gsize; i++)\r
 883     {\r
 884       hseqs[index++] = sg.getSequenceAt(i);\r
 885     }\r
 886 \r
 887     ap.av.hideSequence(hseqs);\r
 888   }\r
 889 \r
 890 }\r