src/jalview/appletgui/APopupMenu.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2006 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 \r
  20 package jalview.appletgui;\r
  21 \r
  22 import java.awt.*;\r
  23 import java.awt.event.*;\r
  24 import java.util.Vector;\r
  25 \r
  26 import jalview.analysis.*;\r
  27 import jalview.datamodel.*;\r
  28 import jalview.schemes.*;\r
  29 \r
  30 public class APopupMenu\r
  31     extends java.awt.PopupMenu implements ActionListener, ItemListener\r
  32 {\r
  33   Menu groupMenu = new Menu();\r
  34   protected MenuItem clustalColour = new MenuItem();\r
  35   protected MenuItem zappoColour = new MenuItem();\r
  36   protected MenuItem taylorColour = new MenuItem();\r
  37   protected MenuItem hydrophobicityColour = new MenuItem();\r
  38   protected MenuItem helixColour = new MenuItem();\r
  39   protected MenuItem strandColour = new MenuItem();\r
  40   protected MenuItem turnColour = new MenuItem();\r
  41   protected MenuItem buriedColour = new MenuItem();\r
  42   protected CheckboxMenuItem abovePIDColour = new CheckboxMenuItem();\r
  43   protected MenuItem userDefinedColour = new MenuItem();\r
  44   protected MenuItem PIDColour = new MenuItem();\r
  45   protected MenuItem BLOSUM62Colour = new MenuItem();\r
  46   MenuItem noColourmenuItem = new MenuItem();\r
  47   protected CheckboxMenuItem conservationMenuItem = new CheckboxMenuItem();\r
  48 \r
  49   final AlignmentPanel ap;\r
  50   MenuItem unGroupMenuItem = new MenuItem();\r
  51   MenuItem nucleotideMenuItem = new MenuItem();\r
  52   Menu colourMenu = new Menu();\r
  53   CheckboxMenuItem showBoxes = new CheckboxMenuItem();\r
  54   CheckboxMenuItem showText = new CheckboxMenuItem();\r
  55   CheckboxMenuItem showColourText = new CheckboxMenuItem();\r
  56   Menu editMenu = new Menu("Edit");\r
  57   MenuItem copy = new MenuItem("Copy (Jalview Only)");\r
  58   MenuItem cut = new MenuItem("Cut (Jalview Only)");\r
  59   MenuItem toUpper = new MenuItem("To Upper Case");\r
  60   MenuItem toLower = new MenuItem("To Lower Case");\r
  61   MenuItem toggleCase = new MenuItem("Toggle Case");\r
  62   Menu outputmenu = new Menu();\r
  63   Menu seqMenu = new Menu();\r
  64   MenuItem pdb = new MenuItem();\r
  65   MenuItem hideSeqs = new MenuItem();\r
  66   MenuItem repGroup = new MenuItem();\r
  67 \r
  68   Sequence seq;\r
  69   MenuItem revealAll = new MenuItem();\r
  70 \r
  71   public APopupMenu(AlignmentPanel apanel, final Sequence seq, Vector links)\r
  72   {\r
  73     ///////////////////////////////////////////////////////////\r
  74     // If this is activated from the sequence panel, the user may want to\r
  75     // edit or annotate a particular residue. Therefore display the residue menu\r
  76     //\r
  77     // If from the IDPanel, we must display the sequence menu\r
  78     //////////////////////////////////////////////////////////\r
  79 \r
  80     this.ap = apanel;\r
  81     this.seq = seq;\r
  82 \r
  83     try\r
  84     {\r
  85       jbInit();\r
  86     }\r
  87     catch (Exception e)\r
  88     {\r
  89       e.printStackTrace();\r
  90     }\r
  91 \r
  92     for (int i = 0; i < jalview.io.AppletFormatAdapter.WRITEABLE_FORMATS.length; i++)\r
  93     {\r
  94       MenuItem item = new MenuItem( jalview.io.AppletFormatAdapter.WRITEABLE_FORMATS[i] );\r
  95 \r
  96       item.addActionListener(this);\r
  97       outputmenu.add(item);\r
  98     }\r
  99 \r
 100     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();\r
 101 \r
 102     if (sg != null && sg.getSize(false)>0)\r
 103     {\r
 104       showText.setState(sg.getDisplayText());\r
 105       showColourText.setState(sg.getColourText());\r
 106       showBoxes.setState(sg.getDisplayBoxes());\r
 107       if (!ap.av.alignment.getGroups().contains(sg))\r
 108       {\r
 109         groupMenu.remove(unGroupMenuItem);\r
 110       }\r
 111 \r
 112     }\r
 113     else\r
 114     {\r
 115       remove(hideSeqs);\r
 116       remove(groupMenu);\r
 117     }\r
 118 \r
 119     if (links!=null)\r
 120     {\r
 121       Menu linkMenu = new Menu("Link");\r
 122       MenuItem item;\r
 123       String link;\r
 124       for(int i=0; i<links.size(); i++)\r
 125       {\r
 126         link = links.elementAt(i).toString();\r
 127         final String target = link.substring(0, link.indexOf("|"));\r
 128         item = new MenuItem(target);\r
 129 \r
 130         final String url;\r
 131 \r
 132         if (link.indexOf("$SEQUENCE_ID$") > -1)\r
 133         {\r
 134           String id = seq.getName();\r
 135           if (id.indexOf("|") > -1)\r
 136             id = id.substring(id.lastIndexOf("|") + 1);\r
 137 \r
 138           url = link.substring(link.indexOf("|") + 1,\r
 139                                link.indexOf("$SEQUENCE_ID$"))\r
 140               + id +\r
 141               link.substring(link.indexOf("$SEQUENCE_ID$") + 13);\r
 142         }\r
 143         else\r
 144           url = link.substring(link.lastIndexOf("|")+1);\r
 145 \r
 146            item.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()\r
 147            {\r
 148                public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 149                {\r
 150                   ap.alignFrame.showURL(url, target);\r
 151                }\r
 152            });\r
 153           linkMenu.add(item);\r
 154       }\r
 155       if(seq!=null)\r
 156         seqMenu.add(linkMenu);\r
 157       else\r
 158         add(linkMenu);\r
 159     }\r
 160     if(seq!=null)\r
 161     {\r
 162       seqMenu.setLabel(seq.getName());\r
 163       repGroup.setLabel("Represent Group with " + seq.getName());\r
 164     }\r
 165     else\r
 166       remove(seqMenu);\r
 167 \r
 168     if(!ap.av.hasHiddenRows)\r
 169       remove(revealAll);\r
 170   }\r
 171 \r
 172   public void itemStateChanged(ItemEvent evt)\r
 173   {\r
 174     if(evt.getSource()==abovePIDColour)\r
 175       abovePIDColour_itemStateChanged();\r
 176     else if(evt.getSource()==showColourText)\r
 177       showColourText_itemStateChanged();\r
 178     else if(evt.getSource()==showText)\r
 179       showText_itemStateChanged();\r
 180     else if(evt.getSource()==showBoxes)\r
 181        showBoxes_itemStateChanged()   ;\r
 182   }\r
 183 \r
 184   public void actionPerformed(ActionEvent evt)\r
 185   {\r
 186     Object source = evt.getSource();\r
 187     if(source==clustalColour)\r
 188       clustalColour_actionPerformed();\r
 189     else if(source==zappoColour)\r
 190       zappoColour_actionPerformed();\r
 191     else if(source==taylorColour)\r
 192       taylorColour_actionPerformed();\r
 193     else if(source==hydrophobicityColour)\r
 194       hydrophobicityColour_actionPerformed();\r
 195     else if(source==helixColour)\r
 196       helixColour_actionPerformed();\r
 197     else if(source==strandColour)\r
 198       strandColour_actionPerformed();\r
 199     else if(source==turnColour)\r
 200       turnColour_actionPerformed();\r
 201     else if(source==buriedColour)\r
 202       buriedColour_actionPerformed();\r
 203     else if(source==nucleotideMenuItem)\r
 204       nucleotideMenuItem_actionPerformed();\r
 205 \r
 206     else if (source == userDefinedColour)\r
 207       userDefinedColour_actionPerformed();\r
 208     else if (source == PIDColour)\r
 209       PIDColour_actionPerformed();\r
 210     else if (source == BLOSUM62Colour)\r
 211       BLOSUM62Colour_actionPerformed();\r
 212     else if (source == noColourmenuItem)\r
 213       noColourmenuItem_actionPerformed();\r
 214     else if (source == conservationMenuItem)\r
 215       conservationMenuItem_itemStateChanged();\r
 216     else if (source == unGroupMenuItem)\r
 217       unGroupMenuItem_actionPerformed();\r
 218 \r
 219     else if(source == pdb)\r
 220       addPDB();\r
 221     else if(source == hideSeqs)\r
 222       hideSequences(false);\r
 223     else if(source == repGroup)\r
 224       hideSequences(true);\r
 225     else if(source == revealAll)\r
 226     {\r
 227         ap.av.showAllHiddenSeqs();\r
 228     }\r
 229 \r
 230     else if(source==copy)\r
 231       ap.alignFrame.copy_actionPerformed();\r
 232     else if(source==cut)\r
 233       ap.alignFrame.cut_actionPerformed();\r
 234     else if(source==toUpper || source==toLower || source==toggleCase)\r
 235     {/*\r
 236       SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();\r
 237       if (sg != null)\r
 238       {\r
 239         for (int g = 0; g < sg.getSize(true); g++)\r
 240         {\r
 241           int start = sg.getStartRes();\r
 242           int end = sg.getEndRes() + 1;\r
 243 \r
 244           do\r
 245           {\r
 246             if (ap.av.hasHiddenColumns)\r
 247             {\r
 248               end = ap.av.colSel.getHiddenBoundaryRight(start);\r
 249               if (start == end)\r
 250                 end = sg.getEndRes() + 1;\r
 251               if (end > sg.getEndRes())\r
 252                 end = sg.getEndRes() + 1;\r
 253             }\r
 254 \r
 255             if (source == toggleCase)\r
 256               ( (SequenceI) sg.getSequences(true).elementAt(g))\r
 257                   .toggleCase(start, end);\r
 258             else\r
 259               ( (SequenceI) sg.getSequences(true).elementAt(g))\r
 260                   .changeCase(source == toUpper, start, end);\r
 261 \r
 262             if (ap.av.hasHiddenColumns)\r
 263             {\r
 264               start = ap.av.colSel.adjustForHiddenColumns(end);\r
 265               start = ap.av.colSel.getHiddenBoundaryLeft(start) + 1;\r
 266             }\r
 267 \r
 268           }\r
 269         while (end < sg.getEndRes());\r
 270         }\r
 271         ap.seqPanel.seqCanvas.repaint();\r
 272       }*/\r
 273     }\r
 274     else\r
 275       outputText(evt);\r
 276 \r
 277   }\r
 278 \r
 279   void outputText(ActionEvent e)\r
 280   {\r
 281     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(false, ap.alignFrame);\r
 282     Vector vseqs = new Vector();\r
 283 \r
 284       String [] selection = ap.av.getViewAsString(true);\r
 285       SequenceI [] seqs = ap.av.getSelectionAsNewSequence();\r
 286       if (selection != null)\r
 287       {\r
 288         for (int i = 0; i < selection.length; i++)\r
 289         {\r
 290           Sequence seq = new Sequence(\r
 291               seqs[i].getName(),\r
 292               selection[i],\r
 293               seqs[i].getStart(), seqs[i].getEnd());\r
 294           seq.setDescription(seqs[i].getDescription());\r
 295           vseqs.addElement( seq );\r
 296       }\r
 297     }\r
 298 \r
 299     Frame frame = new Frame();\r
 300     frame.add(cap);\r
 301     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame,\r
 302                                      "Selection output - " + e.getActionCommand(),\r
 303                                      600, 500);\r
 304 \r
 305     cap.setText(new jalview.io.AppletFormatAdapter().formatSequences(\r
 306         e.getActionCommand(),\r
 307         vseqs,\r
 308         ap.av.showJVSuffix));\r
 309 \r
 310   }\r
 311 \r
 312   void addPDB()\r
 313   {\r
 314     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(true, ap.alignFrame);\r
 315     cap.setText("Paste your PDB file here.");\r
 316     cap.setPDBImport(seq);\r
 317     Frame frame = new Frame();\r
 318     frame.add(cap);\r
 319     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, "Paste PDB file ", 400, 300);\r
 320   }\r
 321 \r
 322   private void jbInit()\r
 323       throws Exception\r
 324   {\r
 325     groupMenu.setLabel("Group");\r
 326     groupMenu.setLabel("Selection");\r
 327 \r
 328     unGroupMenuItem.setLabel("Remove Group");\r
 329     unGroupMenuItem.addActionListener(this);\r
 330 \r
 331     nucleotideMenuItem.setLabel("Nucleotide");\r
 332     nucleotideMenuItem.addActionListener(this);\r
 333     conservationMenuItem.addItemListener(this);\r
 334     abovePIDColour.addItemListener(this);\r
 335     colourMenu.setLabel("Group Colour");\r
 336     showBoxes.setLabel("Boxes");\r
 337     showBoxes.setState(true);\r
 338     showBoxes.addItemListener(this);\r
 339 \r
 340     showText.setLabel("Text");\r
 341     showText.addItemListener(this);\r
 342     showColourText.setLabel("Colour Text");\r
 343     showColourText.addItemListener(this);\r
 344     outputmenu.setLabel("Output to Textbox...");\r
 345     seqMenu.setLabel("Sequence");\r
 346     pdb.setLabel("View PDB Structure");\r
 347     hideSeqs.setLabel("Hide Sequences");\r
 348     repGroup.setLabel("Represent Group with");\r
 349     revealAll.setLabel("Reveal All");\r
 350 \r
 351     add(groupMenu);\r
 352     this.add(seqMenu);\r
 353     this.add(hideSeqs);\r
 354     this.add(revealAll);\r
 355     groupMenu.add(editMenu);\r
 356     groupMenu.add(outputmenu);\r
 357     groupMenu.addSeparator();\r
 358     groupMenu.add(unGroupMenuItem);\r
 359     groupMenu.add(colourMenu);\r
 360     groupMenu.add(showBoxes);\r
 361     groupMenu.add(showText);\r
 362     groupMenu.add(showColourText);\r
 363     colourMenu.add(noColourmenuItem);\r
 364     colourMenu.add(clustalColour);\r
 365     colourMenu.add(BLOSUM62Colour);\r
 366     colourMenu.add(PIDColour);\r
 367     colourMenu.add(zappoColour);\r
 368     colourMenu.add(taylorColour);\r
 369     colourMenu.add(hydrophobicityColour);\r
 370     colourMenu.add(helixColour);\r
 371     colourMenu.add(strandColour);\r
 372     colourMenu.add(turnColour);\r
 373     colourMenu.add(buriedColour);\r
 374     colourMenu.add(nucleotideMenuItem);\r
 375     colourMenu.add(userDefinedColour);\r
 376     colourMenu.addSeparator();\r
 377     colourMenu.add(abovePIDColour);\r
 378     colourMenu.add(conservationMenuItem);\r
 379 \r
 380     noColourmenuItem.setLabel("None");\r
 381     noColourmenuItem.addActionListener(this);\r
 382 \r
 383     clustalColour.setLabel("Clustalx colours");\r
 384     clustalColour.addActionListener(this);\r
 385     zappoColour.setLabel("Zappo");\r
 386     zappoColour.addActionListener(this);\r
 387     taylorColour.setLabel("Taylor");\r
 388     taylorColour.addActionListener(this);\r
 389     hydrophobicityColour.setLabel("Hydrophobicity");\r
 390     hydrophobicityColour.addActionListener(this);\r
 391     helixColour.setLabel("Helix propensity");\r
 392     helixColour.addActionListener(this);\r
 393     strandColour.setLabel("Strand propensity");\r
 394     strandColour.addActionListener(this);\r
 395     turnColour.setLabel("Turn propensity");\r
 396     turnColour.addActionListener(this);\r
 397     buriedColour.setLabel("Buried Index");\r
 398     buriedColour.addActionListener(this);\r
 399     abovePIDColour.setLabel("Above % Identity");\r
 400 \r
 401     userDefinedColour.setLabel("User Defined");\r
 402     userDefinedColour.addActionListener(this);\r
 403     PIDColour.setLabel("Percentage Identity");\r
 404     PIDColour.addActionListener(this);\r
 405     BLOSUM62Colour.setLabel("BLOSUM62");\r
 406     BLOSUM62Colour.addActionListener(this);\r
 407     conservationMenuItem.setLabel("Conservation");\r
 408 \r
 409     editMenu.add(copy);\r
 410     copy.addActionListener(this);\r
 411     editMenu.add(cut);\r
 412     cut.addActionListener(this);\r
 413     editMenu.add(toUpper);\r
 414     toUpper.addActionListener(this);\r
 415     editMenu.add(toLower);\r
 416     toLower.addActionListener(this);\r
 417     editMenu.add(toggleCase);\r
 418     seqMenu.add(pdb);\r
 419     seqMenu.add(repGroup);\r
 420     toggleCase.addActionListener(this);\r
 421     pdb.addActionListener(this);\r
 422     hideSeqs.addActionListener(this);\r
 423     repGroup.addActionListener(this);\r
 424     revealAll.addActionListener(this);\r
 425 \r
 426   }\r
 427 \r
 428   void refresh()\r
 429   {\r
 430     ap.seqPanel.seqCanvas.repaint();\r
 431     if(ap.overviewPanel!=null)\r
 432       ap.overviewPanel.updateOverviewImage();\r
 433   }\r
 434 \r
 435   protected void clustalColour_actionPerformed()\r
 436   {\r
 437     SequenceGroup sg = getGroup();\r
 438     sg.cs = new ClustalxColourScheme(sg.getSequences(true), ap.av.alignment.getWidth());\r
 439     refresh();\r
 440   }\r
 441 \r
 442   protected void zappoColour_actionPerformed()\r
 443   {\r
 444     getGroup().cs = new ZappoColourScheme();\r
 445     refresh();\r
 446   }\r
 447 \r
 448   protected void taylorColour_actionPerformed()\r
 449   {\r
 450     getGroup().cs = new TaylorColourScheme();\r
 451     refresh();\r
 452   }\r
 453 \r
 454   protected void hydrophobicityColour_actionPerformed()\r
 455   {\r
 456     getGroup().cs = new HydrophobicColourScheme();\r
 457     refresh();\r
 458   }\r
 459 \r
 460   protected void helixColour_actionPerformed()\r
 461   {\r
 462     getGroup().cs = new HelixColourScheme();\r
 463     refresh();\r
 464   }\r
 465 \r
 466   protected void strandColour_actionPerformed()\r
 467   {\r
 468     getGroup().cs = new StrandColourScheme();\r
 469     refresh();\r
 470   }\r
 471 \r
 472   protected void turnColour_actionPerformed()\r
 473   {\r
 474     getGroup().cs = new TurnColourScheme();\r
 475     refresh();\r
 476   }\r
 477 \r
 478   protected void buriedColour_actionPerformed()\r
 479   {\r
 480     getGroup().cs = new BuriedColourScheme();\r
 481     refresh();\r
 482   }\r
 483 \r
 484   public void nucleotideMenuItem_actionPerformed()\r
 485   {\r
 486     getGroup().cs = new NucleotideColourScheme();\r
 487     refresh();\r
 488   }\r
 489 \r
 490   protected void abovePIDColour_itemStateChanged()\r
 491   {\r
 492     SequenceGroup sg = getGroup();\r
 493     if(sg.cs==null)\r
 494           return;\r
 495 \r
 496     if (abovePIDColour.getState())\r
 497     {\r
 498       sg.cs.setConsensus(AAFrequency.calculate(sg.getSequences(true), 0,\r
 499                                                ap.av.alignment.getWidth()));\r
 500       int threshold = SliderPanel.setPIDSliderSource(ap, sg.cs,\r
 501           getGroup().getName());\r
 502 \r
 503       sg.cs.setThreshold(threshold, ap.av.getIgnoreGapsConsensus());\r
 504 \r
 505       SliderPanel.showPIDSlider();\r
 506 \r
 507     }\r
 508     else // remove PIDColouring\r
 509     {\r
 510       sg.cs.setThreshold(0, ap.av.getIgnoreGapsConsensus());\r
 511     }\r
 512 \r
 513     refresh();\r
 514 \r
 515   }\r
 516 \r
 517   protected void userDefinedColour_actionPerformed()\r
 518   {\r
 519     new UserDefinedColours(ap, getGroup());\r
 520   }\r
 521 \r
 522   protected void PIDColour_actionPerformed()\r
 523   {\r
 524     SequenceGroup sg = getGroup();\r
 525     sg.cs = new PIDColourScheme();\r
 526     sg.cs.setConsensus(AAFrequency.calculate(sg.getSequences(true), 0,\r
 527                                              ap.av.alignment.getWidth()));\r
 528     refresh();\r
 529   }\r
 530 \r
 531   protected void BLOSUM62Colour_actionPerformed()\r
 532   {\r
 533     SequenceGroup sg = getGroup();\r
 534 \r
 535     sg.cs = new Blosum62ColourScheme();\r
 536 \r
 537     sg.cs.setConsensus(AAFrequency.calculate(sg.getSequences(true), 0,\r
 538                                              ap.av.alignment.getWidth()));\r
 539 \r
 540     refresh();\r
 541   }\r
 542 \r
 543   protected void noColourmenuItem_actionPerformed()\r
 544   {\r
 545     getGroup().cs = null;\r
 546     refresh();\r
 547   }\r
 548 \r
 549   protected void conservationMenuItem_itemStateChanged()\r
 550   {\r
 551     SequenceGroup sg = getGroup();\r
 552     if(sg.cs==null)\r
 553           return;\r
 554 \r
 555     if (conservationMenuItem.getState())\r
 556     {\r
 557 \r
 558       Conservation c = new Conservation("Group",\r
 559                                         ResidueProperties.propHash, 3,\r
 560                                         sg.getSequences(true), 0,\r
 561                                         ap.av.alignment.getWidth());\r
 562 \r
 563       c.calculate();\r
 564       c.verdict(false, ap.av.ConsPercGaps);\r
 565 \r
 566       sg.cs.setConservation(c);\r
 567 \r
 568       SliderPanel.setConservationSlider(ap, sg.cs, sg.getName());\r
 569       SliderPanel.showConservationSlider();\r
 570     }\r
 571     else // remove ConservationColouring\r
 572     {\r
 573       sg.cs.setConservation(null);\r
 574     }\r
 575 \r
 576     refresh();\r
 577   }\r
 578 \r
 579 \r
 580   SequenceGroup getGroup()\r
 581   {\r
 582     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();\r
 583 \r
 584     // this method won't add a new group if it already exists\r
 585     if(sg!=null)\r
 586       ap.av.alignment.addGroup(sg);\r
 587 \r
 588     return sg;\r
 589   }\r
 590 \r
 591   void unGroupMenuItem_actionPerformed()\r
 592   {\r
 593     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();\r
 594     ap.av.alignment.deleteGroup(sg);\r
 595     ap.av.setSelectionGroup(null);\r
 596     ap.repaint();\r
 597   }\r
 598 \r
 599   public void showColourText_itemStateChanged()\r
 600   {\r
 601     getGroup().setColourText(showColourText.getState());\r
 602     refresh();\r
 603   }\r
 604 \r
 605   public void showText_itemStateChanged()\r
 606   {\r
 607     getGroup().setDisplayText(showText.getState());\r
 608     refresh();\r
 609   }\r
 610 \r
 611   public void showBoxes_itemStateChanged()\r
 612   {\r
 613     getGroup().setDisplayBoxes(showBoxes.getState());\r
 614     refresh();\r
 615   }\r
 616 \r
 617   void hideSequences(boolean representGroup)\r
 618   {\r
 619     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();\r
 620     if(sg==null || sg.getSize(false)<1)\r
 621     {\r
 622       ap.av.hideSequence(new SequenceI[]{seq});\r
 623       return;\r
 624     }\r
 625 \r
 626     int gsize = sg.getSize(false);\r
 627     SequenceI [] hseqs;\r
 628 \r
 629     hseqs = new SequenceI[ representGroup ? gsize-1 : gsize ];\r
 630 \r
 631       int index = 0;\r
 632       for(int i=0; i<gsize; i++)\r
 633       {\r
 634         if(representGroup && sg.getSequenceAt(i)!=seq)\r
 635         {\r
 636           seq.addHiddenSequence(sg.getSequenceAt(i));\r
 637           hseqs[index++] = sg.getSequenceAt(i);\r
 638         }\r
 639         else if(!representGroup)\r
 640         {\r
 641           hseqs[index++] = sg.getSequenceAt(i);\r
 642         }\r
 643         }\r
 644 \r
 645       ap.av.hideSequence(hseqs);\r
 646 \r
 647       ap.av.setSelectionGroup(null);\r
 648     }\r
 649 \r
 650 }\r