src/jalview/appletgui/APopupMenu.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 \r
  20 package jalview.appletgui;\r
  21 \r
  22 import java.awt.*;\r
  23 import java.awt.event.*;\r
  24 import java.util.Vector;\r
  25 \r
  26 import jalview.analysis.*;\r
  27 import jalview.datamodel.*;\r
  28 import jalview.schemes.*;\r
  29 \r
  30 public class APopupMenu\r
  31     extends java.awt.PopupMenu implements ActionListener, ItemListener\r
  32 {\r
  33   Menu groupMenu = new Menu();\r
  34   protected MenuItem clustalColour = new MenuItem();\r
  35   protected MenuItem zappoColour = new MenuItem();\r
  36   protected MenuItem taylorColour = new MenuItem();\r
  37   protected MenuItem hydrophobicityColour = new MenuItem();\r
  38   protected MenuItem helixColour = new MenuItem();\r
  39   protected MenuItem strandColour = new MenuItem();\r
  40   protected MenuItem turnColour = new MenuItem();\r
  41   protected MenuItem buriedColour = new MenuItem();\r
  42   protected CheckboxMenuItem abovePIDColour = new CheckboxMenuItem();\r
  43   protected MenuItem userDefinedColour = new MenuItem();\r
  44   protected MenuItem PIDColour = new MenuItem();\r
  45   protected MenuItem BLOSUM62Colour = new MenuItem();\r
  46   MenuItem noColourmenuItem = new MenuItem();\r
  47   protected CheckboxMenuItem conservationMenuItem = new CheckboxMenuItem();\r
  48 \r
  49   final AlignmentPanel ap;\r
  50   MenuItem unGroupMenuItem = new MenuItem();\r
  51   MenuItem nucleotideMenuItem = new MenuItem();\r
  52   Menu colourMenu = new Menu();\r
  53   CheckboxMenuItem showBoxes = new CheckboxMenuItem();\r
  54   CheckboxMenuItem showText = new CheckboxMenuItem();\r
  55   CheckboxMenuItem showColourText = new CheckboxMenuItem();\r
  56   Menu editMenu = new Menu("Edit");\r
  57   MenuItem copy = new MenuItem("Copy (Jalview Only)");\r
  58   MenuItem cut = new MenuItem("Cut (Jalview Only)");\r
  59   MenuItem toUpper = new MenuItem("To Upper Case");\r
  60   MenuItem toLower = new MenuItem("To Lower Case");\r
  61   MenuItem toggleCase = new MenuItem("Toggle Case");\r
  62   Menu outputmenu = new Menu();\r
  63   Menu seqMenu = new Menu();\r
  64   MenuItem pdb = new MenuItem();\r
  65   MenuItem hideSeqs = new MenuItem();\r
  66   MenuItem repGroup = new MenuItem();\r
  67 \r
  68   Sequence seq;\r
  69   MenuItem revealAll = new MenuItem();\r
  70 \r
  71   public APopupMenu(AlignmentPanel apanel, final Sequence seq, Vector links)\r
  72   {\r
  73     ///////////////////////////////////////////////////////////\r
  74     // If this is activated from the sequence panel, the user may want to\r
  75     // edit or annotate a particular residue. Therefore display the residue menu\r
  76     //\r
  77     // If from the IDPanel, we must display the sequence menu\r
  78     //////////////////////////////////////////////////////////\r
  79 \r
  80     this.ap = apanel;\r
  81     this.seq = seq;\r
  82 \r
  83     try\r
  84     {\r
  85       jbInit();\r
  86     }\r
  87     catch (Exception e)\r
  88     {\r
  89       e.printStackTrace();\r
  90     }\r
  91 \r
  92     for (int i = 0; i < jalview.io.AppletFormatAdapter.WRITEABLE_FORMATS.length; i++)\r
  93     {\r
  94       MenuItem item = new MenuItem( jalview.io.AppletFormatAdapter.WRITEABLE_FORMATS[i] );\r
  95 \r
  96       item.addActionListener(this);\r
  97       outputmenu.add(item);\r
  98     }\r
  99 \r
 100     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();\r
 101 \r
 102     if (sg != null && sg.getSize(false)>0)\r
 103     {\r
 104       showText.setState(sg.getDisplayText());\r
 105       showColourText.setState(sg.getColourText());\r
 106       showBoxes.setState(sg.getDisplayBoxes());\r
 107       if (!ap.av.alignment.getGroups().contains(sg))\r
 108       {\r
 109         groupMenu.remove(unGroupMenuItem);\r
 110       }\r
 111 \r
 112     }\r
 113     else\r
 114     {\r
 115       remove(hideSeqs);\r
 116       remove(groupMenu);\r
 117     }\r
 118 \r
 119     if (links!=null)\r
 120     {\r
 121       Menu linkMenu = new Menu("Link");\r
 122       MenuItem item;\r
 123       String link;\r
 124       for(int i=0; i<links.size(); i++)\r
 125       {\r
 126         link = links.elementAt(i).toString();\r
 127         final String target = link.substring(0, link.indexOf("|"));\r
 128         item = new MenuItem(target);\r
 129 \r
 130         final String url;\r
 131 \r
 132         if (link.indexOf("$SEQUENCE_ID$") > -1)\r
 133         {\r
 134           String id = seq.getName();\r
 135           if (id.indexOf("|") > -1)\r
 136             id = id.substring(id.lastIndexOf("|") + 1);\r
 137 \r
 138           url = link.substring(link.indexOf("|") + 1,\r
 139                                link.indexOf("$SEQUENCE_ID$"))\r
 140               + id +\r
 141               link.substring(link.indexOf("$SEQUENCE_ID$") + 13);\r
 142         }\r
 143         else\r
 144           url = link.substring(link.lastIndexOf("|")+1);\r
 145 \r
 146         System.out.println("add "+url +" "+target);\r
 147            item.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()\r
 148            {\r
 149                public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 150                {\r
 151                   ap.alignFrame.showURL(url, target);\r
 152                }\r
 153            });\r
 154           linkMenu.add(item);\r
 155       }\r
 156       if(seq!=null)\r
 157         seqMenu.add(linkMenu);\r
 158       else\r
 159         add(linkMenu);\r
 160     }\r
 161     if(seq!=null)\r
 162     {\r
 163       seqMenu.setLabel(seq.getName());\r
 164       repGroup.setLabel("Represent Group with " + seq.getName());\r
 165     }\r
 166     else\r
 167       remove(seqMenu);\r
 168 \r
 169     if(!ap.av.hasHiddenRows)\r
 170       remove(revealAll);\r
 171   }\r
 172 \r
 173   public void itemStateChanged(ItemEvent evt)\r
 174   {\r
 175     if(evt.getSource()==abovePIDColour)\r
 176       abovePIDColour_itemStateChanged();\r
 177     else if(evt.getSource()==showColourText)\r
 178       showColourText_itemStateChanged();\r
 179     else if(evt.getSource()==showText)\r
 180       showText_itemStateChanged();\r
 181     else if(evt.getSource()==showBoxes)\r
 182        showBoxes_itemStateChanged()   ;\r
 183   }\r
 184 \r
 185   public void actionPerformed(ActionEvent evt)\r
 186   {\r
 187     Object source = evt.getSource();\r
 188     if(source==clustalColour)\r
 189       clustalColour_actionPerformed();\r
 190     else if(source==zappoColour)\r
 191       zappoColour_actionPerformed();\r
 192     else if(source==taylorColour)\r
 193       taylorColour_actionPerformed();\r
 194     else if(source==hydrophobicityColour)\r
 195       hydrophobicityColour_actionPerformed();\r
 196     else if(source==helixColour)\r
 197       helixColour_actionPerformed();\r
 198     else if(source==strandColour)\r
 199       strandColour_actionPerformed();\r
 200     else if(source==clustalColour)\r
 201       turnColour_actionPerformed();\r
 202     else if(source==buriedColour)\r
 203       buriedColour_actionPerformed();\r
 204     else if(source==nucleotideMenuItem)\r
 205       nucleotideMenuItem_actionPerformed();\r
 206 \r
 207     else if (source == userDefinedColour)\r
 208       userDefinedColour_actionPerformed();\r
 209     else if (source == PIDColour)\r
 210       PIDColour_actionPerformed();\r
 211     else if (source == BLOSUM62Colour)\r
 212       BLOSUM62Colour_actionPerformed();\r
 213     else if (source == noColourmenuItem)\r
 214       noColourmenuItem_actionPerformed();\r
 215     else if (source == conservationMenuItem)\r
 216       conservationMenuItem_itemStateChanged();\r
 217     else if (source == unGroupMenuItem)\r
 218       unGroupMenuItem_actionPerformed();\r
 219 \r
 220     else if(source == pdb)\r
 221       addPDB();\r
 222     else if(source == hideSeqs)\r
 223       hideSequences(false);\r
 224     else if(source == repGroup)\r
 225       hideSequences(true);\r
 226     else if(source == revealAll)\r
 227     {\r
 228         ap.av.showAllHiddenSeqs();\r
 229         ap.repaint();\r
 230     }\r
 231 \r
 232     else if(source==copy)\r
 233       ap.alignFrame.copy_actionPerformed();\r
 234     else if(source==cut)\r
 235       ap.alignFrame.cut_actionPerformed();\r
 236     else if(source==toUpper || source==toLower || source==toggleCase)\r
 237     {\r
 238       SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();\r
 239       if (sg != null)\r
 240       {\r
 241         for (int g = 0; g < sg.getSize(true); g++)\r
 242         {\r
 243           if (source == toggleCase)\r
 244            ((SequenceI) sg.getSequences(true).elementAt(g))\r
 245           .toggleCase(sg.getStartRes(), sg.getEndRes() + 1);\r
 246           else\r
 247             ((SequenceI) sg.getSequences(true).elementAt(g))\r
 248                 .changeCase(source == toUpper, sg.getStartRes(),\r
 249                                            sg.getEndRes() + 1);\r
 250         }\r
 251         ap.seqPanel.seqCanvas.repaint();\r
 252       }\r
 253     }\r
 254     else\r
 255       outputText(evt);\r
 256 \r
 257   }\r
 258 \r
 259   void outputText(ActionEvent e)\r
 260   {\r
 261     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(false, ap.alignFrame);\r
 262     Vector vseqs = new Vector();\r
 263 \r
 264       String [] selection = ap.av.getViewAsString(true);\r
 265       SequenceI [] seqs = ap.av.getSelectionAsNewSequence();\r
 266       if (selection != null)\r
 267       {\r
 268         for (int i = 0; i < selection.length; i++)\r
 269         {\r
 270           Sequence seq = new Sequence(\r
 271               seqs[i].getName(),\r
 272               selection[i],\r
 273               seqs[i].getStart(), seqs[i].getEnd());\r
 274           seq.setDescription(seqs[i].getDescription());\r
 275           vseqs.addElement( seq );\r
 276       }\r
 277     }\r
 278 \r
 279     Frame frame = new Frame();\r
 280     frame.add(cap);\r
 281     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame,\r
 282                                      "Selection output - " + e.getActionCommand(),\r
 283                                      600, 500);\r
 284 \r
 285     cap.setText(new jalview.io.AppletFormatAdapter().formatSequences(\r
 286         e.getActionCommand(),\r
 287         vseqs,\r
 288         ap.av.showJVSuffix));\r
 289 \r
 290   }\r
 291 \r
 292   void addPDB()\r
 293   {\r
 294     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(true, ap.alignFrame);\r
 295     cap.setText("Paste your PDB file here.");\r
 296     cap.setPDBImport(seq);\r
 297     Frame frame = new Frame();\r
 298     frame.add(cap);\r
 299     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, "Paste PDB file ", 400, 300);\r
 300   }\r
 301 \r
 302   private void jbInit()\r
 303       throws Exception\r
 304   {\r
 305     groupMenu.setLabel("Group");\r
 306     groupMenu.setLabel("Selection");\r
 307 \r
 308     unGroupMenuItem.setLabel("Remove Group");\r
 309     unGroupMenuItem.addActionListener(this);\r
 310 \r
 311     nucleotideMenuItem.setLabel("Nucleotide");\r
 312     nucleotideMenuItem.addActionListener(this);\r
 313     conservationMenuItem.addItemListener(this);\r
 314     abovePIDColour.addItemListener(this);\r
 315     colourMenu.setLabel("Group Colour");\r
 316     showBoxes.setLabel("Boxes");\r
 317     showBoxes.setState(true);\r
 318     showBoxes.addItemListener(this);\r
 319 \r
 320     showText.setLabel("Text");\r
 321     showText.addItemListener(this);\r
 322     showColourText.setLabel("Colour Text");\r
 323     showColourText.addItemListener(this);\r
 324     outputmenu.setLabel("Output to Textbox...");\r
 325     seqMenu.setLabel("Sequence");\r
 326     pdb.setLabel("View PDB Structure");\r
 327     hideSeqs.setLabel("Hide Sequences");\r
 328     repGroup.setLabel("Represent Group with");\r
 329     revealAll.setLabel("Reveal All");\r
 330 \r
 331     add(groupMenu);\r
 332     this.add(seqMenu);\r
 333     this.add(hideSeqs);\r
 334     this.add(revealAll);\r
 335     groupMenu.add(editMenu);\r
 336     groupMenu.add(outputmenu);\r
 337     groupMenu.addSeparator();\r
 338     groupMenu.add(unGroupMenuItem);\r
 339     groupMenu.add(colourMenu);\r
 340     groupMenu.add(showBoxes);\r
 341     groupMenu.add(showText);\r
 342     groupMenu.add(showColourText);\r
 343     colourMenu.add(noColourmenuItem);\r
 344     colourMenu.add(clustalColour);\r
 345     colourMenu.add(BLOSUM62Colour);\r
 346     colourMenu.add(PIDColour);\r
 347     colourMenu.add(zappoColour);\r
 348     colourMenu.add(taylorColour);\r
 349     colourMenu.add(hydrophobicityColour);\r
 350     colourMenu.add(helixColour);\r
 351     colourMenu.add(strandColour);\r
 352     colourMenu.add(turnColour);\r
 353     colourMenu.add(buriedColour);\r
 354     colourMenu.add(nucleotideMenuItem);\r
 355     colourMenu.add(userDefinedColour);\r
 356     colourMenu.addSeparator();\r
 357     colourMenu.add(abovePIDColour);\r
 358     colourMenu.add(conservationMenuItem);\r
 359 \r
 360     noColourmenuItem.setLabel("None");\r
 361     noColourmenuItem.addActionListener(this);\r
 362 \r
 363     clustalColour.setLabel("Clustalx colours");\r
 364     clustalColour.addActionListener(this);\r
 365     zappoColour.setLabel("Zappo");\r
 366     zappoColour.addActionListener(this);\r
 367     taylorColour.setLabel("Taylor");\r
 368     taylorColour.addActionListener(this);\r
 369     hydrophobicityColour.setLabel("Hydrophobicity");\r
 370     hydrophobicityColour.addActionListener(this);\r
 371     helixColour.setLabel("Helix propensity");\r
 372     helixColour.addActionListener(this);\r
 373     strandColour.setLabel("Strand propensity");\r
 374     strandColour.addActionListener(this);\r
 375     turnColour.setLabel("Turn propensity");\r
 376     turnColour.addActionListener(this);\r
 377     buriedColour.setLabel("Buried Index");\r
 378     buriedColour.addActionListener(this);\r
 379     abovePIDColour.setLabel("Above % Identity");\r
 380 \r
 381     userDefinedColour.setLabel("User Defined");\r
 382     userDefinedColour.addActionListener(this);\r
 383     PIDColour.setLabel("Percentage Identity");\r
 384     PIDColour.addActionListener(this);\r
 385     BLOSUM62Colour.setLabel("BLOSUM62");\r
 386     BLOSUM62Colour.addActionListener(this);\r
 387     conservationMenuItem.setLabel("Conservation");\r
 388 \r
 389     editMenu.add(copy);\r
 390     copy.addActionListener(this);\r
 391     editMenu.add(cut);\r
 392     cut.addActionListener(this);\r
 393     editMenu.add(toUpper);\r
 394     toUpper.addActionListener(this);\r
 395     editMenu.add(toLower);\r
 396     toLower.addActionListener(this);\r
 397     editMenu.add(toggleCase);\r
 398     seqMenu.add(pdb);\r
 399     seqMenu.add(repGroup);\r
 400     toggleCase.addActionListener(this);\r
 401     pdb.addActionListener(this);\r
 402     hideSeqs.addActionListener(this);\r
 403     repGroup.addActionListener(this);\r
 404     revealAll.addActionListener(this);\r
 405 \r
 406   }\r
 407 \r
 408   void refresh()\r
 409   {\r
 410     ap.seqPanel.seqCanvas.repaint();\r
 411     if(ap.overviewPanel!=null)\r
 412       ap.overviewPanel.updateOverviewImage();\r
 413   }\r
 414 \r
 415   protected void clustalColour_actionPerformed()\r
 416   {\r
 417     SequenceGroup sg = getGroup();\r
 418     sg.cs = new ClustalxColourScheme(sg.getSequences(true), ap.av.alignment.getWidth());\r
 419     refresh();\r
 420   }\r
 421 \r
 422   protected void zappoColour_actionPerformed()\r
 423   {\r
 424     getGroup().cs = new ZappoColourScheme();\r
 425     refresh();\r
 426   }\r
 427 \r
 428   protected void taylorColour_actionPerformed()\r
 429   {\r
 430     getGroup().cs = new TaylorColourScheme();\r
 431     refresh();\r
 432   }\r
 433 \r
 434   protected void hydrophobicityColour_actionPerformed()\r
 435   {\r
 436     getGroup().cs = new HydrophobicColourScheme();\r
 437     refresh();\r
 438   }\r
 439 \r
 440   protected void helixColour_actionPerformed()\r
 441   {\r
 442     getGroup().cs = new HelixColourScheme();\r
 443     refresh();\r
 444   }\r
 445 \r
 446   protected void strandColour_actionPerformed()\r
 447   {\r
 448     getGroup().cs = new StrandColourScheme();\r
 449     refresh();\r
 450   }\r
 451 \r
 452   protected void turnColour_actionPerformed()\r
 453   {\r
 454     getGroup().cs = new TurnColourScheme();\r
 455     refresh();\r
 456   }\r
 457 \r
 458   protected void buriedColour_actionPerformed()\r
 459   {\r
 460     getGroup().cs = new BuriedColourScheme();\r
 461     refresh();\r
 462   }\r
 463 \r
 464   public void nucleotideMenuItem_actionPerformed()\r
 465   {\r
 466     getGroup().cs = new NucleotideColourScheme();\r
 467     refresh();\r
 468   }\r
 469 \r
 470   protected void abovePIDColour_itemStateChanged()\r
 471   {\r
 472     SequenceGroup sg = getGroup();\r
 473     if(sg.cs==null)\r
 474           return;\r
 475 \r
 476     if (abovePIDColour.getState())\r
 477     {\r
 478       sg.cs.setConsensus(AAFrequency.calculate(sg.getSequences(true), 0,\r
 479                                                ap.av.alignment.getWidth()));\r
 480       int threshold = SliderPanel.setPIDSliderSource(ap, sg.cs,\r
 481           getGroup().getName());\r
 482 \r
 483       sg.cs.setThreshold(threshold, ap.av.getIgnoreGapsConsensus());\r
 484 \r
 485       SliderPanel.showPIDSlider();\r
 486 \r
 487     }\r
 488     else // remove PIDColouring\r
 489     {\r
 490       sg.cs.setThreshold(0, ap.av.getIgnoreGapsConsensus());\r
 491     }\r
 492 \r
 493     refresh();\r
 494 \r
 495   }\r
 496 \r
 497   protected void userDefinedColour_actionPerformed()\r
 498   {\r
 499     new UserDefinedColours(ap, getGroup());\r
 500   }\r
 501 \r
 502   protected void PIDColour_actionPerformed()\r
 503   {\r
 504     SequenceGroup sg = getGroup();\r
 505     sg.cs = new PIDColourScheme();\r
 506     sg.cs.setConsensus(AAFrequency.calculate(sg.getSequences(true), 0,\r
 507                                              ap.av.alignment.getWidth()));\r
 508     refresh();\r
 509   }\r
 510 \r
 511   protected void BLOSUM62Colour_actionPerformed()\r
 512   {\r
 513     SequenceGroup sg = getGroup();\r
 514 \r
 515     sg.cs = new Blosum62ColourScheme();\r
 516 \r
 517     sg.cs.setConsensus(AAFrequency.calculate(sg.getSequences(true), 0,\r
 518                                              ap.av.alignment.getWidth()));\r
 519 \r
 520     refresh();\r
 521   }\r
 522 \r
 523   protected void noColourmenuItem_actionPerformed()\r
 524   {\r
 525     getGroup().cs = null;\r
 526     refresh();\r
 527   }\r
 528 \r
 529   protected void conservationMenuItem_itemStateChanged()\r
 530   {\r
 531     SequenceGroup sg = getGroup();\r
 532     if(sg.cs==null)\r
 533           return;\r
 534 \r
 535     if (conservationMenuItem.getState())\r
 536     {\r
 537 \r
 538       Conservation c = new Conservation("Group",\r
 539                                         ResidueProperties.propHash, 3,\r
 540                                         sg.getSequences(true), 0,\r
 541                                         ap.av.alignment.getWidth());\r
 542 \r
 543       c.calculate();\r
 544       c.verdict(false, ap.av.ConsPercGaps);\r
 545 \r
 546       sg.cs.setConservation(c);\r
 547 \r
 548       SliderPanel.setConservationSlider(ap, sg.cs, sg.getName());\r
 549       SliderPanel.showConservationSlider();\r
 550     }\r
 551     else // remove ConservationColouring\r
 552     {\r
 553       sg.cs.setConservation(null);\r
 554     }\r
 555 \r
 556     refresh();\r
 557   }\r
 558 \r
 559 \r
 560   SequenceGroup getGroup()\r
 561   {\r
 562     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();\r
 563 \r
 564     // this method won't add a new group if it already exists\r
 565     if(sg!=null)\r
 566       ap.av.alignment.addGroup(sg);\r
 567 \r
 568     return sg;\r
 569   }\r
 570 \r
 571   void unGroupMenuItem_actionPerformed()\r
 572   {\r
 573     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();\r
 574     ap.av.alignment.deleteGroup(sg);\r
 575     ap.av.setSelectionGroup(null);\r
 576     ap.repaint();\r
 577   }\r
 578 \r
 579   public void showColourText_itemStateChanged()\r
 580   {\r
 581     getGroup().setColourText(showColourText.getState());\r
 582     refresh();\r
 583   }\r
 584 \r
 585   public void showText_itemStateChanged()\r
 586   {\r
 587     getGroup().setDisplayText(showText.getState());\r
 588     refresh();\r
 589   }\r
 590 \r
 591   public void showBoxes_itemStateChanged()\r
 592   {\r
 593     getGroup().setDisplayBoxes(showBoxes.getState());\r
 594     refresh();\r
 595   }\r
 596 \r
 597   void hideSequences(boolean representGroup)\r
 598   {\r
 599     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();\r
 600     if(sg==null || sg.getSize(false)<1)\r
 601     {\r
 602       ap.av.hideSequence(seq);\r
 603       return;\r
 604     }\r
 605 \r
 606       int index = 0;\r
 607       while(index < sg.getSize(false))\r
 608       {\r
 609         if(representGroup && sg.getSequenceAt(index)!=seq)\r
 610         {\r
 611           seq.addHiddenSequence(sg.getSequenceAt(index));\r
 612           ap.av.hideSequence(sg.getSequenceAt(index));\r
 613         }\r
 614         else if(!representGroup)\r
 615         {\r
 616           ap.av.hideSequence(sg.getSequenceAt(index));\r
 617         }\r
 618         index ++;\r
 619       }\r
 620 \r
 621       ap.av.setSelectionGroup(null);\r
 622       ap.repaint();\r
 623       refresh();\r
 624     }\r
 625 \r
 626 }\r