src/jalview/appletgui/APopupMenu.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 \r
  20 package jalview.appletgui;\r
  21 \r
  22 import java.awt.*;\r
  23 import java.awt.event.*;\r
  24 import java.util.Vector;\r
  25 \r
  26 import jalview.analysis.*;\r
  27 import jalview.datamodel.*;\r
  28 import jalview.schemes.*;\r
  29 \r
  30 public class APopupMenu\r
  31     extends java.awt.PopupMenu implements ActionListener, ItemListener\r
  32 {\r
  33   Menu groupMenu = new Menu();\r
  34   protected MenuItem clustalColour = new MenuItem();\r
  35   protected MenuItem zappoColour = new MenuItem();\r
  36   protected MenuItem taylorColour = new MenuItem();\r
  37   protected MenuItem hydrophobicityColour = new MenuItem();\r
  38   protected MenuItem helixColour = new MenuItem();\r
  39   protected MenuItem strandColour = new MenuItem();\r
  40   protected MenuItem turnColour = new MenuItem();\r
  41   protected MenuItem buriedColour = new MenuItem();\r
  42   protected CheckboxMenuItem abovePIDColour = new CheckboxMenuItem();\r
  43   protected MenuItem userDefinedColour = new MenuItem();\r
  44   protected MenuItem PIDColour = new MenuItem();\r
  45   protected MenuItem BLOSUM62Colour = new MenuItem();\r
  46   MenuItem noColourmenuItem = new MenuItem();\r
  47   protected CheckboxMenuItem conservationMenuItem = new CheckboxMenuItem();\r
  48 \r
  49   final AlignmentPanel ap;\r
  50   MenuItem unGroupMenuItem = new MenuItem();\r
  51   MenuItem nucleotideMenuItem = new MenuItem();\r
  52   Menu colourMenu = new Menu();\r
  53   CheckboxMenuItem showBoxes = new CheckboxMenuItem();\r
  54   CheckboxMenuItem showText = new CheckboxMenuItem();\r
  55   CheckboxMenuItem showColourText = new CheckboxMenuItem();\r
  56   Menu editMenu = new Menu("Edit");\r
  57   MenuItem copy = new MenuItem("Copy (Jalview Only)");\r
  58   MenuItem cut = new MenuItem("Cut (Jalview Only)");\r
  59   MenuItem toUpper = new MenuItem("To Upper Case");\r
  60   MenuItem toLower = new MenuItem("To Lower Case");\r
  61 \r
  62   public APopupMenu(AlignmentPanel apanel, final Sequence seq, Vector links)\r
  63   {\r
  64     ///////////////////////////////////////////////////////////\r
  65     // If this is activated from the sequence panel, the user may want to\r
  66     // edit or annotate a particular residue. Therefore display the residue menu\r
  67     //\r
  68     // If from the IDPanel, we must display the sequence menu\r
  69     //////////////////////////////////////////////////////////\r
  70 \r
  71     this.ap = apanel;\r
  72 \r
  73     try\r
  74     {\r
  75       jbInit();\r
  76     }\r
  77     catch (Exception e)\r
  78     {\r
  79       e.printStackTrace();\r
  80     }\r
  81 \r
  82     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();\r
  83     if (sg != null)\r
  84     {\r
  85       showText.setState(sg.getDisplayText());\r
  86       showColourText.setState(sg.getColourText());\r
  87       showBoxes.setState(sg.getDisplayBoxes());\r
  88     }\r
  89 \r
  90     if (!ap.av.alignment.getGroups().contains(sg))\r
  91     {\r
  92       groupMenu.remove(unGroupMenuItem);\r
  93     }\r
  94 \r
  95     if (seq != null && links!=null)\r
  96     {\r
  97       Menu linkMenu = new Menu("Link");\r
  98       MenuItem item;\r
  99       String link;\r
 100       for(int i=0; i<links.size(); i++)\r
 101       {\r
 102         link = links.elementAt(i).toString();\r
 103         final String target = link.substring(0, link.indexOf("|"));\r
 104         item = new MenuItem(target);\r
 105         String id = seq.getName();\r
 106         if(id.indexOf("|")>-1)\r
 107              id = id.substring(id.lastIndexOf("|")+1);\r
 108 \r
 109         final String url = link.substring(link.indexOf("|")+1, link.indexOf("$SEQUENCE_ID$"))\r
 110                + id +\r
 111                link.substring(link.indexOf("$SEQUENCE_ID$") + 13);\r
 112 \r
 113            item.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()\r
 114            {\r
 115                public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 116                {\r
 117                   ap.alignFrame.showURL(url, target);\r
 118                }\r
 119            });\r
 120           linkMenu.add(item);\r
 121       }\r
 122       add(linkMenu);\r
 123 \r
 124       item = new MenuItem("Show PDB Structure");\r
 125       item.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()\r
 126            {\r
 127                public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 128                {\r
 129                   addPDB(seq);\r
 130                }\r
 131            });\r
 132 \r
 133       add(item);\r
 134 \r
 135 \r
 136     }\r
 137   }\r
 138 \r
 139   public void itemStateChanged(ItemEvent evt)\r
 140   {\r
 141     if(evt.getSource()==abovePIDColour)\r
 142       abovePIDColour_itemStateChanged();\r
 143     else if(evt.getSource()==showColourText)\r
 144       showColourText_itemStateChanged();\r
 145     else if(evt.getSource()==showText)\r
 146       showText_itemStateChanged();\r
 147     else if(evt.getSource()==showBoxes)\r
 148        showBoxes_itemStateChanged()   ;\r
 149   }\r
 150 \r
 151   public void actionPerformed(ActionEvent evt)\r
 152   {\r
 153     Object source = evt.getSource();\r
 154     if(source==clustalColour)\r
 155       clustalColour_actionPerformed();\r
 156     else if(source==zappoColour)\r
 157       zappoColour_actionPerformed();\r
 158     else if(source==taylorColour)\r
 159       taylorColour_actionPerformed();\r
 160     else if(source==hydrophobicityColour)\r
 161       hydrophobicityColour_actionPerformed();\r
 162     else if(source==helixColour)\r
 163       helixColour_actionPerformed();\r
 164     else if(source==strandColour)\r
 165       strandColour_actionPerformed();\r
 166     else if(source==clustalColour)\r
 167       turnColour_actionPerformed();\r
 168     else if(source==buriedColour)\r
 169       buriedColour_actionPerformed();\r
 170     else if(source==nucleotideMenuItem)\r
 171       nucleotideMenuItem_actionPerformed();\r
 172 \r
 173     else if(source==userDefinedColour)\r
 174           userDefinedColour_actionPerformed();\r
 175         else if(source==PIDColour)\r
 176        PIDColour_actionPerformed();\r
 177      else if(source==BLOSUM62Colour)\r
 178       BLOSUM62Colour_actionPerformed();\r
 179     else if(source==noColourmenuItem)\r
 180       noColourmenuItem_actionPerformed();\r
 181     else if(source==conservationMenuItem)\r
 182         conservationMenuItem_itemStateChanged();\r
 183       else if(source==unGroupMenuItem)\r
 184       unGroupMenuItem_actionPerformed();\r
 185 \r
 186     else if(source==copy)\r
 187       ap.alignFrame.copy_actionPerformed();\r
 188     else if(source==cut)\r
 189       ap.alignFrame.cut_actionPerformed();\r
 190     else if(source==toUpper)\r
 191     {\r
 192       SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();\r
 193       if (sg != null)\r
 194       {\r
 195         for (int g = 0; g < sg.getSize(); g++)\r
 196         {\r
 197           sg.getSequenceAt(g).changeCase(true, sg.getStartRes(),\r
 198                                          sg.getEndRes() + 1);\r
 199         }\r
 200         ap.seqPanel.seqCanvas.repaint();\r
 201       }\r
 202     }\r
 203     else if(source==toLower)\r
 204     {\r
 205       SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();\r
 206       if (sg != null)\r
 207       {\r
 208         for (int g = 0; g < sg.getSize(); g++)\r
 209         {\r
 210           sg.getSequenceAt(g).changeCase(false, sg.getStartRes(),\r
 211                                          sg.getEndRes() + 1);\r
 212         }\r
 213         ap.seqPanel.seqCanvas.repaint();\r
 214       }\r
 215     }\r
 216 \r
 217   }\r
 218 \r
 219   void addPDB(Sequence seq)\r
 220   {\r
 221     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(true, ap.alignFrame);\r
 222     cap.setText("Paste your PDB file here.");\r
 223     cap.setPDBImport(seq);\r
 224     Frame frame = new Frame();\r
 225     frame.add(cap);\r
 226     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, "Paste PDB file ", 400, 300);\r
 227   }\r
 228 \r
 229   private void jbInit()\r
 230       throws Exception\r
 231   {\r
 232     groupMenu.setLabel("Group");\r
 233     groupMenu.setLabel("Define");\r
 234 \r
 235     unGroupMenuItem.setLabel("Remove Group");\r
 236     unGroupMenuItem.addActionListener(this);\r
 237 \r
 238     nucleotideMenuItem.setLabel("Nucleotide");\r
 239     nucleotideMenuItem.addActionListener(this);\r
 240     conservationMenuItem.addItemListener(this);\r
 241     abovePIDColour.addItemListener(this);\r
 242     colourMenu.setLabel("Group Colour");\r
 243     showBoxes.setLabel("Boxes");\r
 244     showBoxes.setState(true);\r
 245     showBoxes.addItemListener(this);\r
 246 \r
 247     showText.setLabel("Text");\r
 248     showText.addItemListener(this);\r
 249     showColourText.setLabel("Colour Text");\r
 250     showColourText.addItemListener(this);\r
 251 \r
 252     add(groupMenu);\r
 253     groupMenu.add(unGroupMenuItem);\r
 254     groupMenu.add(colourMenu);\r
 255     groupMenu.addSeparator();\r
 256     groupMenu.add(showBoxes);\r
 257     groupMenu.add(showText);\r
 258     groupMenu.add(showColourText);\r
 259     colourMenu.add(noColourmenuItem);\r
 260     colourMenu.add(clustalColour);\r
 261     colourMenu.add(BLOSUM62Colour);\r
 262     colourMenu.add(PIDColour);\r
 263     colourMenu.add(zappoColour);\r
 264     colourMenu.add(taylorColour);\r
 265     colourMenu.add(hydrophobicityColour);\r
 266     colourMenu.add(helixColour);\r
 267     colourMenu.add(strandColour);\r
 268     colourMenu.add(turnColour);\r
 269     colourMenu.add(buriedColour);\r
 270     colourMenu.add(nucleotideMenuItem);\r
 271     colourMenu.add(userDefinedColour);\r
 272     colourMenu.addSeparator();\r
 273     colourMenu.add(abovePIDColour);\r
 274     colourMenu.add(conservationMenuItem);\r
 275 \r
 276     noColourmenuItem.setLabel("None");\r
 277     noColourmenuItem.addActionListener(this);\r
 278 \r
 279     clustalColour.setLabel("Clustalx colours");\r
 280     clustalColour.addActionListener(this);\r
 281     zappoColour.setLabel("Zappo");\r
 282     zappoColour.addActionListener(this);\r
 283     taylorColour.setLabel("Taylor");\r
 284     taylorColour.addActionListener(this);\r
 285     hydrophobicityColour.setLabel("Hydrophobicity");\r
 286     hydrophobicityColour.addActionListener(this);\r
 287     helixColour.setLabel("Helix propensity");\r
 288     helixColour.addActionListener(this);\r
 289     strandColour.setLabel("Strand propensity");\r
 290     strandColour.addActionListener(this);\r
 291     turnColour.setLabel("Turn propensity");\r
 292     turnColour.addActionListener(this);\r
 293     buriedColour.setLabel("Buried Index");\r
 294     buriedColour.addActionListener(this);\r
 295     abovePIDColour.setLabel("Above % Identity");\r
 296 \r
 297     userDefinedColour.setLabel("User Defined");\r
 298     userDefinedColour.addActionListener(this);\r
 299     PIDColour.setLabel("Percentage Identity");\r
 300     PIDColour.addActionListener(this);\r
 301     BLOSUM62Colour.setLabel("BLOSUM62");\r
 302     BLOSUM62Colour.addActionListener(this);\r
 303     conservationMenuItem.setLabel("Conservation");\r
 304 \r
 305     add(editMenu);\r
 306     editMenu.add(copy);\r
 307     copy.addActionListener(this);\r
 308     editMenu.add(cut);\r
 309     cut.addActionListener(this);\r
 310     editMenu.add(toUpper);\r
 311     toUpper.addActionListener(this);\r
 312     editMenu.add(toLower);\r
 313     toLower.addActionListener(this);\r
 314 \r
 315   }\r
 316 \r
 317   void refresh()\r
 318   {\r
 319     ap.seqPanel.seqCanvas.repaint();\r
 320     if(ap.overviewPanel!=null)\r
 321       ap.overviewPanel.updateOverviewImage();\r
 322   }\r
 323 \r
 324   protected void clustalColour_actionPerformed()\r
 325   {\r
 326     SequenceGroup sg = getGroup();\r
 327     sg.cs = new ClustalxColourScheme(sg.sequences, ap.av.alignment.getWidth());\r
 328     refresh();\r
 329   }\r
 330 \r
 331   protected void zappoColour_actionPerformed()\r
 332   {\r
 333     getGroup().cs = new ZappoColourScheme();\r
 334     refresh();\r
 335   }\r
 336 \r
 337   protected void taylorColour_actionPerformed()\r
 338   {\r
 339     getGroup().cs = new TaylorColourScheme();\r
 340     refresh();\r
 341   }\r
 342 \r
 343   protected void hydrophobicityColour_actionPerformed()\r
 344   {\r
 345     getGroup().cs = new HydrophobicColourScheme();\r
 346     refresh();\r
 347   }\r
 348 \r
 349   protected void helixColour_actionPerformed()\r
 350   {\r
 351     getGroup().cs = new HelixColourScheme();\r
 352     refresh();\r
 353   }\r
 354 \r
 355   protected void strandColour_actionPerformed()\r
 356   {\r
 357     getGroup().cs = new StrandColourScheme();\r
 358     refresh();\r
 359   }\r
 360 \r
 361   protected void turnColour_actionPerformed()\r
 362   {\r
 363     getGroup().cs = new TurnColourScheme();\r
 364     refresh();\r
 365   }\r
 366 \r
 367   protected void buriedColour_actionPerformed()\r
 368   {\r
 369     getGroup().cs = new BuriedColourScheme();\r
 370     refresh();\r
 371   }\r
 372 \r
 373   public void nucleotideMenuItem_actionPerformed()\r
 374   {\r
 375     getGroup().cs = new NucleotideColourScheme();\r
 376     refresh();\r
 377   }\r
 378 \r
 379   protected void abovePIDColour_itemStateChanged()\r
 380   {\r
 381     SequenceGroup sg = getGroup();\r
 382     if(sg.cs==null)\r
 383           return;\r
 384 \r
 385     if (abovePIDColour.getState())\r
 386     {\r
 387       sg.cs.setConsensus(AAFrequency.calculate(sg.sequences, 0,\r
 388                                                ap.av.alignment.getWidth()));\r
 389       int threshold = SliderPanel.setPIDSliderSource(ap, sg.cs,\r
 390           getGroup().getName());\r
 391 \r
 392       sg.cs.setThreshold(threshold, ap.av.getIgnoreGapsConsensus());\r
 393 \r
 394       SliderPanel.showPIDSlider();\r
 395 \r
 396     }\r
 397     else // remove PIDColouring\r
 398     {\r
 399       sg.cs.setThreshold(0, ap.av.getIgnoreGapsConsensus());\r
 400     }\r
 401 \r
 402     refresh();\r
 403 \r
 404   }\r
 405 \r
 406   protected void userDefinedColour_actionPerformed()\r
 407   {\r
 408     new UserDefinedColours(ap, getGroup());\r
 409   }\r
 410 \r
 411   protected void PIDColour_actionPerformed()\r
 412   {\r
 413     SequenceGroup sg = getGroup();\r
 414     sg.cs = new PIDColourScheme();\r
 415     sg.cs.setConsensus(AAFrequency.calculate(sg.sequences, 0,\r
 416                                              ap.av.alignment.getWidth()));\r
 417     refresh();\r
 418   }\r
 419 \r
 420   protected void BLOSUM62Colour_actionPerformed()\r
 421   {\r
 422     SequenceGroup sg = getGroup();\r
 423 \r
 424     sg.cs = new Blosum62ColourScheme();\r
 425 \r
 426     sg.cs.setConsensus(AAFrequency.calculate(sg.sequences, 0,\r
 427                                              ap.av.alignment.getWidth()));\r
 428 \r
 429     refresh();\r
 430   }\r
 431 \r
 432   protected void noColourmenuItem_actionPerformed()\r
 433   {\r
 434     getGroup().cs = null;\r
 435     refresh();\r
 436   }\r
 437 \r
 438   protected void conservationMenuItem_itemStateChanged()\r
 439   {\r
 440     SequenceGroup sg = getGroup();\r
 441     if(sg.cs==null)\r
 442           return;\r
 443 \r
 444     if (conservationMenuItem.getState())\r
 445     {\r
 446 \r
 447       Conservation c = new Conservation("Group",\r
 448                                         ResidueProperties.propHash, 3,\r
 449                                         sg.sequences, 0,\r
 450                                         ap.av.alignment.getWidth());\r
 451 \r
 452       c.calculate();\r
 453       c.verdict(false, ap.av.ConsPercGaps);\r
 454 \r
 455       sg.cs.setConservation(c);\r
 456 \r
 457       SliderPanel.setConservationSlider(ap, sg.cs, sg.getName());\r
 458       SliderPanel.showConservationSlider();\r
 459     }\r
 460     else // remove ConservationColouring\r
 461     {\r
 462       sg.cs.setConservation(null);\r
 463     }\r
 464 \r
 465     refresh();\r
 466   }\r
 467 \r
 468 \r
 469   SequenceGroup getGroup()\r
 470   {\r
 471     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();\r
 472 \r
 473     // this method won't add a new group if it already exists\r
 474     if(sg!=null)\r
 475       ap.av.alignment.addGroup(sg);\r
 476 \r
 477     return sg;\r
 478   }\r
 479 \r
 480   void unGroupMenuItem_actionPerformed()\r
 481   {\r
 482     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();\r
 483     ap.av.alignment.deleteGroup(sg);\r
 484     ap.av.setSelectionGroup(null);\r
 485     ap.repaint();\r
 486   }\r
 487 \r
 488   public void showColourText_itemStateChanged()\r
 489   {\r
 490     getGroup().setColourText(showColourText.getState());\r
 491     refresh();\r
 492   }\r
 493 \r
 494   public void showText_itemStateChanged()\r
 495   {\r
 496     getGroup().setDisplayText(showText.getState());\r
 497     refresh();\r
 498   }\r
 499 \r
 500   public void showBoxes_itemStateChanged()\r
 501   {\r
 502     getGroup().setDisplayBoxes(showBoxes.getState());\r
 503     refresh();\r
 504   }\r
 505 \r
 506 }\r